Payamvdn/NorthPersian_fa_wiki huggingface dataset:
مقیم و مسافر رساله ای سیاسی از نورالله نجفی اصفهانی است. تاریخ اتمام کتابت رساله، رجب سال ۱۳۲۷ ه .ق است که در اصفهان منتشر شده است. این رساله در سال های فترت میان مشروطیت اول و مشروطیت دوم نگاشته شده است. نویسنده در این رساله، روایتی اسلامی از نظام سیاسی مشروطیت ارائه می دهد. رساله مکالمات مقیم و مسافر که در ماجرای مشروطیت به نگارش درآمد جایگاه ممتازی در رساله های سیاسی آن روزگار کسب کرد و با اندیشه «دولت قدر مقدور» به تبیین فقهی-سیاسی مشروطیت پرداخت. بر اساس اصل قدر مقدور اثبات می شود که در قیاس با حکومت پادشاهی، مظالم دولت مشروطه کمتر و تا حد زیادی قابل کنترل است؛ و البته درعین حال معتقد است اگر مشروطه به استبداد جمعی منجر شود، ظلمی فراوان پدید می آید که اصلاح آن به راحتی مقدور نیست. در اولین صفحه کتاب در چهار گوشه صفحه، کلمات عدالت، حُریت، مساوات و آزادی نقش بسته شده است. موضوع. مضمون این کتاب بر دفاع فکری از نوعی قرائت شرعی از مشروطیت بوده و نویسنده درصدد پاسخ گویی به سوالات نظام پارلمانی و مشروطه برآمده است. این کتاب طرحی نظریه پردازانه در قالب مباحثه و گفتگو است که طی آن عالم مشروطه خواه با عالم مشروعه
خواه به گفتگو می پردازد و در نهایت عالم مشروطه خواه به اشکالات عالم مشروعه خواه، جواب داده و او نیز به وجوب مشروطه حکم می کند. این کتاب به عنوان سرفصل مردم سالاری دینی محسوب می شود. نورالله نجفی اصفهانی در این رساله درصدد پاسخگویی به پرسش های مخالفین مشروطه است که از موضع استبدادی یا از موضع مذهبی به مخالفت با مشروطیت می پرداختند یا با حرکات مشروطه خواهان افراطی مخالفت می کردند. هم زمان با تألیف این کتاب میرزای نائینی مشهورترین اثر دینی خود، رساله تنبیه الامه و تنزیه المله را در دفاع از مشروطه نوشت. سبک نوشتاری. سبک کتاب که مبتنی بر گفتگو است، در قالب پرسش و پاسخ تهیه شده و از این لحاظ در نوع خود تازه است و حکایت از ذوق لطیف نویسنده دارد که مجتهدی اصولی و عالمی آشنا با زمانه است. در این رساله، «حاج آقا نورالله» به عنوان «مسافر» که نماد یک مشروطه خواه دینی است با «حاجی مقیم» که نماینده چهره های دینداری است که بر اثر اقدامات ضد دینی برخی مشروطه خواهان نسبت به مشروطیت بدبین شده بودند، با حضور ناظری به نام «میرزا هدایت الله» به گفتگویی خیالی دربارهٔ حکومت و نظام مشروطیت می نشیند. در پایان رساله مذکور می خوانیم: ا
ین عبارت نشان دهنده این است که مجلدات دیگری نیز یا نگاشته یا قصد نگارش آن را داشته؛ اما تاکنون اثری از مجلدات دیگر یافت نشده است. منبع اصلی اندیشه سیاسی حاج آقا نورالله، رساله مکالمات مقیم و مسافر است. رساله مقیم و مسافر مستندترین متنی است که می تواند اندیشه سیاسی حوزه علمیه اصفهان را در عصر مشروطه به صورت مکتوب به تصویر بکشد. این رساله همانند رساله فلسفی-فقهی تنبیه الامه و تنزیه المله که آن نیز در تبیین مشروطه اسلامی و حکومت از دیدگاه اسلام نوشته شده بود در سالهای فترت بین مشروطیت اول و مشروطیت دوم نگاشته شده است. نویسنده رساله همانند مرحوم نائینی در تنبیه الامه و تنزیه المله اما به زبانی ساده، روایتی اسلامی از نظام سیاسی مشروطیت ارائه می کند. اصل مستندسازی. از نکاتی که مؤلف در این رساله از آن بهره جسته، اصل مستندسازی و ذکر شواهد متعدد در مباحث گوناگون است؛ به گونه ای که این اصل به غنای متن افزوده، خواننده را به این مطلب آگاه می کند که نویسنده رساله به خلاف مدعیان اصلاحات و مشروطه، خود مصلح، آشنا به مسائل و در مصدر امور است؛ برای مثال، در بیان تأکید مشروطه از ناحیه مراجع تقلید حوزه نجف اشرف، احکام هر یک از آ
ن ها را دربارهٔ آن ذکر می کند یا در بیان اختلاف بین مشروطه خواهان و مستبدان کوشیده است در هر مورد، نمونه ای از وضعیت استبدادی حاکم بر جامعه ایرانی را ذکر کند. گذر از روبنا به تحلیل مبانی و پیش فرض ها. مؤلف در این نوشتار، دامنه استدلال ها و مطالب خود را به مباحث روبنایی محدود نکرده؛ بلکه با گسترش آن به تحلیل زیرساختی و پیش فرض های نظری، مباحث خود را تکمیل می کند. «مقیم» هنگامی که شبهه جدیدالتاسیس بودن مشروطه را از طرف برخی از افراد با این عنوان که «مشروطه خواهی مطلب جدیدی است و در اسلام سابقه ای نداشته است،» می کند، بحث را از نقد «اندیشه سیاسی» فراتر برده، تحلیل «فلسفه سیاسی» را مورد توجه قرار می دهد تا در این رویکرد، نشان دهد، مشروطه خواهی نه تنها ابداع اروپائیان نبوده؛ بلکه در اسلام و مبانی دینی ریشه داشته؛ به همین سبب،بر این اساس، در این رساله تا حدودی پیش فرض های نظری مباحث نیز نقادی و پردازش شده است.
بازسازی دی ان ای به مجموعه ای از فرایندهای مولکولی گفته می شود که در آن یک سلول شناسایی و آسیب وارد شده به دی ان ای آن اصلاح می گردد. به عبارت دیگر، در فرایند بازسازی دی ان ای، ژنوم سلول مجدداً کدگذاری می شود. در سلول های انسان، هم فعالیت های متابولیکی طبیعی و هم فاکتورهای زیست محیطی مانند نور و تشعشع فرابنفش می تواند باعث آسیب به دی ان ای شود. آسیب ژنوم سلول های انسان به میزان ۱ میلیون ضایعه مولکولی به ازای هر سلول در هر روز رخ می دهد. بیشتر این آسیب ها مربوط به ساختار مولکول دی ان ای است و می تواند توانایی سلول را برای رونویسی ژن مؤثر در کدگذاری دی ان ای تحت تأثیر قرار دهد. آسیب های دیگر به صورت بالقوه منجر به ایجاد جهش های مضر در ژنوم سلولی می شوند که بر روی زنده ماندن سلول های دختر بعد از رشتمان اثر می گذارد. فرایند بازسازی دی ان ای به صورت دائمی فعال است و به آسیب وارد شده بر ساختار دی ان ای پاسخ می دهد. زمانی که فرایند بازسازی نرمال دچار مشکل شده و خزان یاخته ای رخ نمی دهد، این امکان وجود دارد که دی ان ای آسیب دیده و بازسازی ناپذیری ایجاد شود. این وضعیت با شکستگی ها در رشته دوگانه و هم بری یا اتصال عرضی
دی ان ای همراه خواهد بود. پیوند اشتراکی بین دو تیمین مجاور نتیجه این جهش است. (اتصال عرضی بین رشته ای یا ICL میزان بازسازی دی ان ای بستگی به فاکتورهای زیادی دارد که شامل نوع، سن و محیط درون سلول می باشد. یک سلول ممکن است شامل مقدار زیادی از دی ان ای های آسیب دیده یا به صورت بازسازی های نامؤثری باشد. چنین شرایطی می تواند در یکی از سه حالت زیر رخ دهد: توانایی بازسازی دی ان ای در یک سلول برای یکپارچگی ژنوم و بنابراین برای عملکرد طبیعی ارگانیسم نیز حیاتی است. بیشتر ژن ها به صورت ابتدایی مؤثر بر طول عمر نشان داده شده است که بر روی بازسازی دی ان ای آسیب دیده و حفاظت از آن تأثیر دارد. جایزهٔ نوبل ۲۰۱۵ شیمی به منظور کار بر روی سازوکار مولکولی فرایندهای بازسازی دی ان ای، به توماس لیندال، پال مودریچ و عزیز سنجر اعطا گردید. آسیب به دی ان ای. دی ان ای آسیب دیده ناشی از فاکتورهای زیست محیطی و فرایندهای متابولیک طبیعی در درون سلول، به میزان ۱۰۰۰۰ تا ۱۰۰۰۰۰۰ آسیب و زخم مولکولی به ازای هر سلول در هر روز اتفاق می افتد. در حالی که این تنها شامل ۰۰۰۱۶۵/۰ درصد از تقریباً ۶ بیلیون ژنوم بازی (۳ بیلیون جفت باز) است، زخم های (آسیب
های) بازسازی نشده در ژن های حیاتی (مانند ژن سرکوبگر غده) می توانند مانع توانایی سلول برای اجرای عملکردشان و افزایش ارزیابی احتمال شکل گیری تومور و مشارکت در ناهمسانی توموری شود. اکثر دی ان ای های آسیب دیده بر روی ساختار اولیه هلیکس دوگانه اثر می گذارند که در این صورت بازها خودشان از نظر شیمیایی تغییر می یابند. این تغییرها می تواند در ابتدا منجر به تخریب ساختار مارپیچی منظم مولکولی با معرفی پیوندهای شیمیایی غیر وابسته به مکان خاصی یا ترکیب های افزایشی حجیم شود که متناسب با ساختار مارپیچی دوگانه استاندارد نیست. برخلاف پروتئین ها و آران ای، دی ان ای معمولاً فاقد ساختار جابه جاسازی سه اتم یا بنیان است و بنابراین آسیب یا فروپاشی در این سطح رخ نمی دهد. به هر حال دی ان ای فوق مارپیچ و زخم در اطراف پروتئین های بسته بندی کننده، هیستون نام دارد (در یوکاریوت ها) و هر دو ساختار فوق به اثرات مربوط به آسیب دی ان ای آسیب پذیر هستند. منابع آسیب. آسیب دی ان ای می تواند به دو نوع اصلی تقسیم گردد: تکرار دی ان ای آسیب دیده پیش از تقسیم سلولی می تواند منجر به درآمیختن غلط بازهای مخالف که آسیب زا هستند، شود. سلول های دختری که از ا
ین بازهای غلط به ارث رسیده اند جهش هایی را انتقال می دهند که از توالی اصلی دی ان ای غیرقابل جبران هستند (به جز در مورد نادری که به عنوان مثل جهش رو به عقب از طریق تبدیل ژن صورت می گیرد). انواع آسیب ها. چندین نوع آسیب به دی ان ای وجود دارد که ناشی از فرایندهای سلولی داخلی هستند: آسیب ایجاد شده توسط عوامل خارجی به شکل های مختلفی بروز می کند. برخی از مثال ها در این زمینه عبارتند از: آسیب UV، قلیایی شدن، متیلی شدن، آسیب اشعه ایکس و آسیب اکسیدی شدن مثال هایی از آسیب های ذکر شده هستند. آسیب خود به خودی می تواند شامل از دست دادن باز، دامانسیون، شکستن حلقه شکر و تغییر در تاتومریک باشد. آسیب هسته ای در مقابل آسیب به دی ان ای میتوکندری. در سلول های انسان، و در سلول های یوکاریوتی به صورت کلی، دی ان ای در دو موقعیت سلولی در درون هسته ها و در درون میتوکندری یافت می گردد. دی ان ای هسته یا nدی ان ای به صورت کروماتین در مراحل غیر همانند چرخه سلولی وجود دارد و به صورت ساختار دانه ای متراکم تحت عنوان کروموزوم ها در طول تقسیم یاخته متراکم شده است. در هر مرحله، دی ان ای به مقدار زیادی فشرده می گردد و در اطراف پروتئین های مهره ما
نند به نام هیستون ها چرخش می یابد. در هر جایی که سلول نیاز به بیان اطلاعات ژنتیکی کدگذاری شده در nدی ان ای خودش داشته باشد در این صورت ناحیه کروموزومی مورد نیاز از هم می پاشد، ژن های واقع بر روی آن بیان می گردند و سپس ناحیه به ساختار استراحت خود به حالت متراکم بازمی گردد. دی ان ای میتوکندری یا mtدی ان ای درون اندامکهای میتوکندری قرار دارد، که از آن چندین کپی وجود دارد و علاوه بر این به مقدار زیادی در ارتباط با تعدادی از شکل های پروتئینی پیچیده است که تحت عنوان نوکلوئید شناخته شده اند. درون میتوکندری، گونه های اکسیژن رآکتیو یا ROS یا رادیکال های آزاد محصولات جانبی تولید ثابت آدنوزین تری فسفات یا ATP از طریق فسفرگیری اکسایشی هستند که ایجاد محیطی اکسیداتیو می کنند که برای آسیب به mtدی ان ای شناخته شده است. آنزیم اصلی برای مقابله با سمیت این گونه ها سوپر اکسید دیسموتاز است که هم در میتوکندری و هم در سیتوپلاسم سلول های یوکاریوتی وجود دارد. پیری و آپوپتوز. پیری یک وضعیت غیرقابل برگشت است که تقسیم سلول و پاسخ حفاظتی به کوتاه شدن کروموزوم به پایان می رسد. تلومرها نواحی طولانی از دی ان ای غیرکدگذاری شده تکراری هستند ک
ه کروموزوم ها را پوشش می دهند و در نهایت تخریب جزئی مربوط به تقسیم سلولی در هر زمان را تحت کنترل دارند (حد هایفلیک را ببینید). برعکس، خاموشی یک حالت برگشت پذیر برای خواب سلولی است که در ارتباط با آسیب ژنومی نیست (چرخه یاخته ای را ببینید). پیری در سلول ها ممکن است به عنوان تغییر عملکردی برای آپوپتوز در مواردی عمل نماید که حضور فیزیکی سلول برای دلایل مکانی و فضایی به وسیله ارگانیسم مورد نیاز است که به صورت مکانیسم بازسازی نهایی برای جلوگیری از آسیب تکرار شدن نامناسب دی ان ای در غیاب رشد نشانه گذاری یاخته به کار برده می شود. تقسیم سلولی بی نظم می تواند منجر به شکل گیری تومور شود (سرطان را ببینید) که به صورت بالقوه ای برای ارگانیسم کشنده است؛ بنابراین القا پیری و آپوپتوز به عنوان بخشی از استراتژی حفاظت در مقابل سرطان در نظر گرفته می شود. آسیب دی ان ای و جهش. تشخیص میان دی ان ای آسیب دیده و جهش مهم است، این دو حالت دو نوع اصلی از خطا در دی ان ای هستند. آسیب های دی ان ای و جهش به صورت اساسی با هم متفاوت هستند. آسیب ها به صورت وضعیت های فیزیکی غیرطبیعی در دی ان ای هستند مانند شکستن رشته دوتایی یا مجزا، بقایای ۸-اوکس
و-۲-دئوکسی گوآنوزین و مواد افزودنی هیدرو کربن های آروماتیک پلی سایکلیک. آسیب های دی ان ای می تواند به وسیله آنزیم ها شناسایی گردد و بنابراین آن ها می توانند به درستی بازسازی گردند در صورتی که اطلاعات اضافی مانند توالی غیرآسیب دیده و سالم در رشته مکمل دی ان ای یا در کروموزوم همولوگ برای کپی کردن در دسترس باشند. اگر سلول آسیب دیده دی ان ای حفظ گردد، در این صورت مانع از نسخه نویسی ژن می شود و بنابراین ترجمه به پروتئین نیز مسدود می گردد. تکرار نیز ممکن است مسدود گردد یا سلول ممکن است بمیرد. برعکس دی ان ای آسیب دیده، جهش تغییر در توالی بازی دی ان ای است. جهش نمی تواند با کمک آنزیم ها در زمان وجود تغییر بازی در هر دو رشته دی ان ای تشخیص داده شود و بنابراین جهش قابل بازسازی یافتن نیست. در سطح سلولی، جهش ها می توانند باعث تغیر در عملکرد پروتئین و نظم آن ها شوند. جهش ها در زمانی تکرار می شوند که سلول تکثیر می گردد. در سلول ها، سلول های جهش یافته به صورت مکرر در حال افزایش یا کاهش بر طبق اثرات جهش روی توانایی سلول به منظور زنده ماندن یا تکثیر هستند. اگر چه به صورت مطلق با یکدیگر تفاوت دارند، دی ان ای آسیب دیده یا جهش ی
افته به هم مرتبط هستند زیرا دی ان ای های آسیب دیده اغلب منجر به ایجاد خطاهایی در سنتز دی ان ای در طول فرایند تکثیر یا بازسازی می شوند، این خطاها منبع اصلی جهش هستند. این مشخصات هم برای دی ان ای آسیب دیده و هم جهش یافته مشخص شده اند که می توان در آسیب های دی ان ای مشاهده کرد که مسئله ای خاص در زمینه عدم تقسیم شدن یا تقسیم شدن آهسته سلول ها به حساب می آید که در این صورت آسیب های بازسازی نیافته می تواند در طول زمان تجمع یابند. از سوی دیگر در تقسیم سلولی سریع، دی ان ای های آسیب دیده و بازسازی نیافته به نابودی سلول با استفاده از مسدود ساختن تکثیر نمی پردازند بلکه منجر به ایجاد خطاهایی در تکثیر و بنابراین جهش می شوند. اکثر جهش ها دارای تأثیری خنثی و بی اثر بر روی بقای سلول و زنده ماندن آن ها نیستند؛ بنابراین در سلول های یک بافت دارای تکثیر سلول، سلول های جهش یافته تمایل به از بین رفتن دارند. به هر حال جهش های نادری ممکن است منجر به ایجاد برتری زنده ماندن با توجه به کلونی توسعه یافته در مجاورت سلول های بافت شود. این مزیت برای یک سلول به عنوان عیبی برای کل ارگانیسم به شمار می آید زیرا چنین سلول های جهش یافته ای می تو
اند منجر به ایجاد سرطان شوند؛ بنابراین دی ان ای های آسیب دیده در اثر تقسیم سلولی های مکرر منجر به افزایش جهش ها می شوند و در نتیجه سرطان شکل می گیرد. برعکس، دی ان ای های آسیب دیده در تقسیم سلولی نادر می تواند منجر به ایجاد پیری زودهنگام شود. مکانیسم های بازسازی دی ان ای. سلول ها در صورتی که دی ان ای آسیب دیده منجر به از دست دادن یکپارچگی و عدم دسترسی به اطلاعات ضروری ژنوم گردد نمی توانند فعالیت نمایند (اما بقیه سلول در زمانی که ژن های غیر اساسی از بین می روند یا آسیب می بینند تا حدی به فعالیت می پردازند). بسته به نوع آسیب وارد شده به ساختار دوگانه مارپیچ دی ان ای، روش های بازسازی مختلفی برای حفظ بقیه اطلاعات به کار برده می شود. در صورت امکان، این سلول ها از رشته مکمل تغییر نیافته دی ان ای یا کروماتید خواهری به عنوان الگویی برای بازیابی اطلاعات اولیه استفاده می کنند. بدون دسترسی به الگو، سلول ها از مکانیسم بازیابی خطای به عنوان سنتز ترنسلیژن یا ترجمه آسیب و زخم به عنوان آخرین چاره استفاده می کنند. آسیب به دی ان ای شکل گیری فضایی مارپیچ را تغییر می دهد و چنین تغییراتی می تواند به وسیله سلول نشان داده شود. در اب
تدا آسیب دی ان ای به صورت موضعی تعیین می گردد، مولکول های خاص برای بازسازی دی ان ای به آن یا در نزدیکی مکان آسیب اتصال می یابند که منجر به القای اتصال مولکول های دیگر و ایجاد ساختار پیچیده ای می شود که منجر به ایجاد بازسازی حقیقی و واقعی می گردد. برگشت مستقیم. سلول هایی که محدودکننده این سه نوع آسیب به دی ان ای هایشان توسط برگشت شیمیایی آن هستند شناخته شده اند. این مکانیسم ها نیازی به بازسازی نمونه ندارد زیرا انواع آسیب هایی که آن ها می توانند ایجاد نمایند تنها در یکی از چهار باز رخ می دهد. چنین مکانیسم های برگشت مستقیم در ارتباط با نوع آسیب وارده و شکستگی پایه فسفو دی استر ربطی ندارد. شکل گیری دایمرهای پیریمیدین بر اثر اشعه UV منجر به ایجاد پیوندهای کووالانسی غیرطبیعی بین بازهای پیریمیدن جفت شده می شود. فرایند فوتونی اکتیویشن (فعال شدن در اثر نور) به صورت مستقیم منجر به برگشت آسیب توسط فعالیت آنزیم فوتولیاز می شود که کار فعال ساختن را به صورت اجباری و ناخواسته انجام می دهد و این فعالیت بستگی به انرژی جذب شده توسط نور آبی UV برای انجام کاتالیز دارد (طول موج ۳۰۰ تا ۵۰۰ نانومتر). نوع دیگر آسیب مربوط به متیلاسیو
ن باز گوانین است که به صورت مستقیم توسط پروتئین متیل گوانین متیل ترنسفراز یا MGMT معکوس می گردد و معادل باکتریایی آن ogt نامیده می شود. این یک فرایند پر هزینه ای است زیرا هر مولکول MGMT می تواند تنها برای یک بار مورد استفاده قرار گیرد از این رو واکنش در مقایسه با فرکافتی به صورت استوکیومتری است. پاسخ کلی به عوامل متیل کننده در باکتری به صورت پاسخ سازگارانه نشان داده شده است و اشاره به سطح مقاومت عوامل قلیایی یا آلکیله کننده در معرض تنظیم ارتقا یافته آنزیم های بازسازی آلکیل دار شدن می نماید. نوع سوم از دی ان ای آسیب دیده در ارتباط با سلول هایی است که دارای متیلاسیون معینی برای بازهای سیتوزین و آدنین هستند. آسیب تک رشته ای. زمانی که تنها یکی از دو رشته مارپیچی دوگانه دچار مشکل می شوند، رشته دیگر می تواند به عنوان یک الگو به منظور هدایت صحیح رشته مورد نیاز به کار برده شود. به منظور بازسازی آسیب یکی از دو مولکول جفت شده دی ان ای، تعدادی مکانیسم های بازسازی برش وجود دارد که نوکلئوتید آسیب دیده را حذف می نماید و آن را با نوکلئوتید سالم جایگزین کرده و به این شکل رشته دی ان ای سالم را به وجود می آورد. شکستگی های رشته
دوتایی. شکستگی های رشته دوتایی که در آن هر دو رشته در یک مارپیچ دوگانه هستند و به صورت خاصی به سلول آسیب وارد می کنند زیرا منجر به شکل گیری چیدمان مجدد ژنوم می شود. سه مکانیسم موجود برای بازسازی بریک ها یا شکستگی های رشته دوگانه (DSB) وجود دارد که عبارتند از: اتصال پایانی غیر همولوگی (NHEJ)، اتصال پایانی سطح میکرو همولوژی (MMEJ) و ترکیب مجدد همولوگ ها. PVN Acharya اشاره به شکستگی های رشته دوگانه و اتصال متقاطع هر دو رشته در نقطه یکسانی دارد که جبران پذیر نیست زیرا هر رشته می تواند به عنوان الگویی برای بازسازی مورد استفاده قرار گیرد. سلول در میتوزهای بعدی می میرد یا این که در برخی موارد نادر جهش می یابد. در NHEJ، آنزیم دی ان ای لیگاز ۴ که به صورت آنزیم دی ان ای لیگاز خاصی است ترکیبی را با کوفاکتور XRCC4 شکل می دهد که به صورت مستقیم به دو انتها اتصال می یابد. به منظور راهنمایی برای بازسازی دقیق، NHEJ به توالی همولوگی کوتاهی اشاره دارد که میکرو همولوگ ها نام دارد که در دنباله های رشته ای تکی در انتهای دی ان ای برای اتصال وجود دارد. اگر این این مشکلات هم سو هستند در این صورت بازسازی معمولاً دقیق است. NHEJ نیز می
تواند جهش هایی را در طول بازسازی معرفی نماید. از دست دادن نوکلئوتیدهای آسیب دیده در مکان شکستن می تواند منجر به حذف و اتصال شکل های غیر منطبق تغییر مکان یافته شود. NHEJ به صورت خاصی قبل از زمان تکثیر شدن سلول در دی ان ای خودش دارای اهمیت است زیرا هیچ گونه الگوی در دسترسی برای بازسازی به وسیله ترکیب مجدد همولوگ ها وجود ندارد. نسخه پشتیبانی برای مسیرهای NHEJ در یوکاریوت های عالی تر وجود دارد. به غیر از نقش آن به عنوان ژنوم سرپرست، NHEJ نیاز به اتصال هپارین به رشته دوگانه دارد که در طول ترکیب مجدد V(D)J شکل می گیرد، این فرایند ایجادکننده گوناگونی در سلول بی و گیرنده لنفوسیت تی در دستگاه ایمنی مهره داران است. ترکیب مجدد همولوگ ها نیاز به حضور توالی اتفاقی نزدیک به هم و منطبق دارد که به عنوان الگویی برای بازسازی شکستگی مورد استفاده قرار می گیرد. پاسخ خودکار آنزیمی برای این فرایند بازسازی تقریباً مساوی با پاسخ خودکار برای کراسینگ اور کروموزوم ها در میوز است. این مسیر به کروموزوم های آسیب دیده اجازه بازسازی را با کمک کروماتید خواهری (در G2 بعد از تکثیر دی ان ای در دسترس است) یا کروموزوم همتا به عنوان الگو را می دهد
. DSBها منجر به تکثیر خودکار فرایند سنتز در طول رشته شکسته مجزا یا آسیب بازسازی نیافته حاصل از فروپاشی دوشاخه همتاسازی می شوند و اساساً به وسیله ترکیب شدن مجدد بازسازی می یابند. توپوایزومرازها هم در شکستگی های تک رشته ای و هم دوتایی در زمان تغییر حالت دی ان ای سوپرکولینگ معرفی شده اند که به صورت خاصی در نواحی نزدیک به دوشاخه همتاسازی باز رایج است. چنین شکستگی هایی به صورت دی ان ای آسیب دیده در نظر گرفته نمی شوند زیرا آن ها سطح مشترک طبیعی در توپوایزومرازها با مکانیسم بیوشیمیایی هستند و فوراً به وسیله آنزیم هایی بازسازی می یابند که آن ها را ایجاد کرده اند. تیمی از محققان فرانسوی به مطالعه مکانیسم بازسازی دی ان ای با رشته دوگان شکسته در موجود زنده پرداخته اند. حداقل دو کپی از ژنوم با شکستگی های تصادفی دی ان ای می تواند بخش های دی ان ای را از طریق شکل گیری مجدد شکل دهد. به صورت خاصی بخش های هم پوشانی کننده سپس برای سنتز نواحی هم ساختی از طریق حرکت حلقه دی مورد استفاده قرار می گیرند که می تواند برای گسترش دادن ادامه یابد تا زمانی که آن ها رشته های مکمل همتایی را بیابند. در مرحله نهایی متقاطع به وسیله RecA وابسته
به ترکیب مجدد یا نوترکیبی همولوگی وجود دارد. سنتز ترانسلسیون. سنتز ترانسلسیون یا TLS به صورت فرایند مقاوم به آسیب دی ان ای است که به مکانیسم تکثیر دی ان ای اجازه همانندسازی زخم های قبلی دی ان ای را مانند دیمرهای تیامین یا مکان های ای پی را می دهد. این شامل سوئیچینگ منظم پلیمرازهای دی ان ای برای ترنسلیشن پلیمرازهای خاص است که اغلب با مکان های فعال بزرگ تری در ارتباط است که می تواند جفت شدن بازهای مخالف مربوط به نوکلئوتیدهای آسیب دیده را فراهم سازد. پلیمراز سوئیچینگ به عنوان واسطه ای در بین فاکتورهای دیگر عمل می کند، اصلاح معمولاً بعد از ترجمه و رونویسی فاکتور تکثیر PCNA صورت می گیرد. پلیمراز سنتز ترنسلیژن اغلب دارای اتصال سستی براساس الگوهای سالم مرتبط با پلیمرازهای منظم است. به هر حال بیشتر آن ها به مقدار زیادی بر روی بازهای صحیح و متضاد با انواع خاصی از آسیب ها تأثیر دارند. به عنوان مثال Pol η به عنوان سطحی عاری از خطا برای جبران زخم های ایجاد شده توسط اشعه فرابنفش است در حالی که Pol ι جهش هایی را در این مکان ها ایجاد می کنند. Pol η به عنوان یک عامل اضافه کننده به آدنین در راستای فوتودیمر T^T با استفاده از ج
فت شدن بازی واتسون- کریک شناخته شده است و آدنین ثانویه به شکل گیری syn آن با استفاده از جفت باز هاگستین اضافه می گردد. از نظر سلولی، خطر مربوط به معرفی جهش های نقطه ای در طول سنتز ترنسلیژن ممکن است برای بازسازی مجدد نسبت به بیشتر مکانیسم های قوی تر برای بازسازی دی ان ای ترجیح داده شود که در این صورت ممکن است باعث توده ای شدن کروموزومی یا مرگ سلولی شود. به طور مختصر، فرایند شامل پلیمراز شدن خاصی است که هر یک به جبران یا بازسازی زخم ها در مکان هایی می پردازد که محل تکثیر دی ان ای است. به عنوان مثال پلیمراز دی ان ای انسانی اتا می تواند با زخم های دی ان ای پیچیده ای مانند جهش های شبه هدف بازسازی گردد. پارومیتا راچادهاری و آشیس باسو سمیت و جهش زا بودن زخم یکسانی را در اشرشیا کولای با استفاده از تکثیر G[8,5-Me]T تغییر دهنده پلاسمید در اشرشیا کولای با پلیمراز خاص دی ان ای مورد مطالعه قرار دادند. قابلیت زیستن در رشته فاقد pol II, pol IV و pol V بسیار کم بود، سه SOS محرک پلیمرازهای دی ان ای نشان دادند که سنتز ترسلیژن با کمک این پلیمرازهای خاص دی ان ای صورت می گیرد. پلت فرم بای پس برای این پلیمرازها توسط تکثیر آنتی ژن
هسته ای سلول یا PCNA فراهم می گردد. تحت شرایط نرمال، PCNA پلیمرازهای تکثیرکننده دی ان ای اتصال می یابد. در مکان زخم، PCNA با کمک پروتئینهای RAD6/ RAD18 به منظور فراهم ساختن پلت فرمی برای پلیمرازهای خاص بای پس زخم و تکثیر دی ان ای تغییر می یابد. بعد از سنتز ترنسلیژن، اکستانسیون مورد نیاز است. این اکستانسیون یا کشش می تواند با کمک پلیمرازهای تکرار شونده صورت گیرد در صورتی که TLS عاری از خطا باشد، چنانچه در مورد Pol η، اگر TLS حاصل انطباق و اتصال اشتباه باشد در این صورت پلیمراز خاصی برای ادامه دارد آن مورد نیاز است که آن Pol ζ است. Pol ζ منحصر به فرد است و می تواند در انطباق های اشتباه در بخش پایانی گسترش یابد در حالی که بیشتر پلیمرازهای دیگر توانایی این کار را ندارند؛ بنابراین در زمانی که زخم رخ می دهد، دو شاخه تکثیر مشغول فعالیت خواهد شد، PCNA از پلیمراز processiveبه سمت پلیمراز TLS مانند Pol ι به منظور بازسازی زخم راه اندازی می گردد، سپس PCNA ممکن است به راه اندازی Pol ζ برای گسترش دادن عدم مطابقت می پردازد و PCNA نهایی نسبت به پلیمراز processive راه اندازی خواهد شد. پاسخ سراسری و کلی به دی ان ای آسیب دیده. س
لول هایی که در معرض تشعشع یونی کننده، نور فرابنفش یا مواد شیمیایی قرار دارند مستعد برای ایجاد ضایعات مختلف دی ان ای و شکستگی های دو رشته می باشد. به هر حال، عوامل آسیب رسان به دی ان ای می تواند دیگر زیستمولکولها مانند پروتئین ها، کربوهیدراتها، لیپیدها و RNA باشد. به صورت خاصی با تجمع آسیب، شکستگی های رشته دوگانه یا ترکیبات افزوده شده به دوشاخه های همتاسازی یا تکثیر سیگنال های تحریک شناخته شده ای را برای پاسخ کلی به آسیب دی ان ای تولید می کنند. پاسخ کلی به آسیب به صورت فعالیتی مستقیم نسبت به خود سلول عمل می نمایند و چندین مسیر بازسازی برای ماکرو مولکول های بزرگ، بای پس ضایعه و مقاومت یا آپوپتوزیس فراهم می سازد. مشخصه های اصلی مربوط به پاسخ کلی القا ژن های متعدد، آسیب به چرخه سلولی و بازدارندگی از تقسیم سلولی است. نقاط وارسی آسیب دی ان ای. بعد از آسیب وارد شدن به دی ان ای، نقاط وارسی چرخه سلولی فعال می گردد. فعال شدن نقاط کنترل منجر به توقف چرخه سلولی می شود و به سلول زمانی را برای بازسازی آسیب قبل از ادامه دادن فعالیت تقسیم می دهد. نقاط وارسی آسیب واردشده به دی ان ای در مرزهای گام نخستین رشد/مرحله اس و گام دوم
ین رشد/مرحله ام رخ می دهد. در داخل نقطه کنترل اس نیز وجود دارد. فعال شدن نقطه کنترل با کمک دو کیناز ATM و ATR صورت می گیرد. ATM به شکستگی های رشته دوگانه دی ان ای و توزیع در ساختار کروموزوم پاسخ می دهد، در حالی که ATR به صورت ابتدایی به توقف دوشاخه همتاسازی پاسخ می دهد. این کینازها مناطق هدف را در نظر دارند و در نهایت منجر به توقف چرخه سلولی می شوند. کلاسی از پروتئین های واسطه شامل BRCA1, MDC1 و 53BP1 نیز تشخیص داده می شوند. این پروتئین ها به نظر می رسد که برای انتقال سیگنال فعال کننده نقطه کنترل به پروتئین های بخش های پایینی مورد نیاز است. مهم ترین اهداف ATM و ATR در حرکت رو به پایین پی۵۳ است چنانچه برای القای خزان یاخته ای به دنبال آسیب به دی ان ای مورد نیاز است. بازدارنده پی۲۱ کیناز وابسته به سایکلین به وسیله مکانیسم های وابسته p53 و مستقل p53 القا می گردد و می تواند منجر به توقف چرخه سلولی در نقاط کنترل G1/S و G2/M به وسیله غیرفعال کردن ترکیبات سایکلین/ کیناز وابسته به سایکلین شود. پاسخ ساس (SOS) پروکاریوت. پاسخ ساس تغییر در بیان ژن در اشریشیا کلی و دیگر باکتری ها در پاسخ به آسیب دی ان ای است. سیستم SOS پ
روکاریوت به وسیله دو پروتئین اصلی تنظیم می گردد: LexA و RecA. LexA همودیمر یک رپرسور رونویسی است که به توالی اپراتور پیوند یافته است و معمولاً اشاره به جعبه های SOS می کند. در اشرشیا کولای LexA به عنوان تنظیم کننده رونویسی تقریباً ۴۸ ژن شناخته شده است که شامل ژن های lexA و recA است (۳۷). پاسخ دهنده SOS در حیطه باکتریایی در سرتاسر دنیا شناخته شده است اما به مقدار زیادی در برخی از راسته های باکتریایی مانند اسپیروکتها وجود ندارد. سیگنال های سلولی بسیار رایج کار فعال نمودن پاسخ SOS را انجام می دهند که به عنوان نواحی دی ان ای تک رشته هستند (ssدی ان ای) که حاصل از توقف دو شاخه های همتاسازی یا شکستگی های رشته دوگانه است که به وسیله دی ان ای هلیکاز برای جداسازی دو رشته دی ان ای انجام می شود. در مرحله اولیه، پروتئین RecA به ssدی ان ای در ATP هیدرولیز شده پیسوند می یابد که حاصل واکنش ایجاد شده به صورت فیلامنت های RecA–ssدی ان ای است. فیلامنت های RecA–ssدی ان ای فعال کننده فعالیت اتوپروتئازهای LexA هستند که به مقدار زیادی منجر به کلیواژ شدن دیمر LexA و تنزل توالی LexA می شوند. از دست دادن رپرسور LexA ایجادکننده و تلقیح