Upstream_und_downstream
Schematische Darstellung der DNA
Mit den Begriffen upstream und downstream bezeichnet man in der Molekularbiologie und in der Genetik die Transkriptionsrichtung und die Position von Nukleotidsequenzen, die eine codierende Region () umgeben. Die codierende Region darf hierbei nicht mit dem Exon oder Exom verwechselt werden, da ein Exon neben einer codierenden Region auch einen 3′- und 5′-untranslatierten Bereich enthält, der nicht für das eigentliche Protein codiert.
Jeder DNA- oder RNA-Strang besitzt ein 5′- und 3′-Ende, welches sich auf bestimmte Kohlenstoffatome der (Desoxy-)Ribose bezieht. Hierbei wurde festgelegt, dass sich ''upstream'' oder ''downstream'' auf die 5′→3′-Richtung der DNA-Transkription bezieht. Dabei wird die Transkriptionsrichtung zum 3′-Ende als ''downstream'' bezeichnet. Die entgegengesetzte Richtung zum 5′-Ende wird als ''upstream'' bezeichnet. Bei der doppelsträngigen DNA richtet sich dies stets nach dem codogenen Strang (Matrizen-Strang) des jeweiligen Gens. Aufgrund der Antiparallelität der DNA sind ''upstream'' und ''downstream'' beim Nichtmatrizen-Strang – vom Matrizen-Strang aus betrachtet – umgekehrt.
Dem ersten transkribierten Nukleotid (Transkriptionsstartpunkt) wird die Position +1 zugeordnet. Nukleotiden, die sich ''downstream'' vom Transkriptionsstartpunkt befinden, werden positive Zahlen zugeordnet; solche, die sich ''upstream'' vom Startpunkt befinden, werden dagegen mit negativen Positionen versehen. Ein Nukleotid, dem die Position +34 zugeordnet wird, befindet sich 34 Nukleotide ''downstream'' vom Transkriptionsstartpunkt, wohingegen ein Nukleotid mit der Position –75 sich 75 Nukleotide ''upstream'' vom Transkriptionsstartpunkt befindet. Ein Nukleotid mit der Position 0 existiert nicht.
Upstream_und_downstream
Schematische Darstellung der DNA
Mit den Begriffen upstream und downstream bezeichnet man in der Molekularbiologie und in der Genetik die Transkriptionsrichtung und die Position von Nukleotidsequenzen, die eine codierende Region () umgeben. Die codierende Region darf hierbei nicht mit dem Exon oder Exom verwechselt werden, da ein Exon neben einer codierenden Region auch einen 3′- und 5′-untranslatierten Bereich enthält, der nicht für das eigentliche Protein codiert.
Jeder DNA- oder RNA-Strang besitzt ein 5′- und 3′-Ende, welches sich auf bestimmte Kohlenstoffatome der (Desoxy-)Ribose bezieht. Hierbei wurde festgelegt, dass sich ''upstream'' oder ''downstream'' auf die 5′→3′-Richtung der DNA-Transkription bezieht. Dabei wird die Transkriptionsrichtung zum 3′-Ende als ''downstream'' bezeichnet. Die entgegengesetzte Richtung zum 5′-Ende wird als ''upstream'' bezeichnet. Bei der doppelsträngigen DNA richtet sich dies stets nach dem codogenen Strang (Matrizen-Strang) des jeweiligen Gens. Aufgrund der Antiparallelität der DNA sind ''upstream'' und ''downstream'' beim Nichtmatrizen-Strang – vom Matrizen-Strang aus betrachtet – umgekehrt.
Dem ersten transkribierten Nukleotid (Transkriptionsstartpunkt) wird die Position +1 zugeordnet. Nukleotiden, die sich ''downstream'' vom Transkriptionsstartpunkt befinden, werden positive Zahlen zugeordnet; solche, die sich ''upstream'' vom Startpunkt befinden, werden dagegen mit negativen Positionen versehen. Ein Nukleotid, dem die Position +34 zugeordnet wird, befindet sich 34 Nukleotide ''downstream'' vom Transkriptionsstartpunkt, wohingegen ein Nukleotid mit der Position –75 sich 75 Nukleotide ''upstream'' vom Transkriptionsstartpunkt befindet. Ein Nukleotid mit der Position 0 existiert nicht.