פרשת הקישון

אגן ההיקוות של נחל הקישון, 2016.
אגן נחל הקישון
צילום אוויר באדיבות 'חץ הצפון מיפוי והנדסה בע"מ' 2016.}}.
פרשת הקישון היא שם כולל להזרמת שפכים של מפעלי התעשייה והיישובים באגן ההיקוות של נחל הקישון במחצית השנייה של המאה ה-20. מצבו של הנחל התדרדר במהלך שנות ה-80 ושנות ה-90 של המאה ה-20. ניסיונות ניקוי הנחל לא הועילו, ובמאי 2000 הפרשה התפוצצה עם פרסום תחקיר של צדוק יחזקאלי וענת טלשיר בכותרת "צלילה ממארת". הכתבה סקרה את הנזקים הבריאותיים, ביניהם סרטן, שהתגלו בלוחמי שייטת 13, אשר ייחסו את מחלתם לצלילה במי הנמל והנחל שזוהמו. לאחר מכן, גם דייגים שדגו במי הנחל התלוננו על מחלות שנגרמו להם, לטענתם, בגלל הנחל המזוהם.

כתוצאה מחשיפת הפרשה, הוקמה ועדת חקירה בראשות השופט בדימוס שמגר שחקרה את הסוגיה. הוועדה המליצה לפצות את החיילים שחלו בזמן שירותם הצבאי, אם כי לא קבעה קשר חד משמעי בין הצלילות לתחלואת החיילים. משרד הביטחון אימץ את מסקנות הוועדה. בהמשך, קבוצת חיילים נוספת ששירתה בסביבת הנחל ודייגים שהתפרנסו ממנו תבעו פיצויים על הנזקים שנגרמו להם לדבריהם. תביעותיהם נדחו בסופו של דבר פה אחד, על ידי בית המשפט העליון ב-24 בספטמבר 2015.

==הנחל ומקורות הזיהום==

נחל הקישון מנקז אגן היקוות גדול מדרום-מזרח הרי השומרון ומהגליל התחתון. בניית בתי הזיקוק בשנות ה-30 של המאה ה-20 ומפעלים שבאו אחריו והשתמשו בנחל כתעלת ביוב פתוחה. בתחילת שנות ה-50 הוקם סכר שהפנה את המים הנאגרים לשימוש תעשייתי ונמנעה הזרימה החורפית שתנקז את הפסולת לים. בשנות ה-60 הפך הנחל לתעלת ביוב פתוחה. הסחף גרם לסתימת האפיק מה שהביא בשנת 1992 לשיטפון באזורים נרחבים.
בסקר שנערך בשנת 1970 נמצאו במורד הנחל 33 מיליון מ"ק מתוכם 14 מיליון הצטברות חופשית. 14 מיליון כתוצר של מערכת הטיפול בביוב של חיפה ו-5 מיליון נוזלים מהתעשייה. נוצר נחל אשר בחלקו העליון הוא נחל חי נקי וטבעי אולם כתוצאה מהזרמת השפכים, סובל מורד הנחל - שבעת הק"מ האחרונים עד לשפך הנחל לים - מזיהום קשה. 

הזיהום בנחל הקישון נגרם בעיקר מביוב תעשייתי. לפי ממצאי הדו"ח המזהמים העיקריים הם: מתקן טיהור שפכים חיפה וחמשת המפעלים - חיפה כימיקלים, גדות כימיקלים, בתי הזיקוק, כרמל אולפינים ודשנים. לאורך הנחל נמצאים מפעלים נוספים, אשר שפכיהם מתנקזים לנחל ומהווים מזהמים משניים, ובהם חברת החשמל, מפעל שמן, פז, סונול, דור אנרגיה, סולתם, תלמה, אגד.
במעלה הנחל ישנם מפעלים נוספים ששפכיהם זורמים לנחל ציפורי ומשם לנחל הקישון ובהם המפעלים כרומגן בשער העמקים ו'ויטקו כימיקלים' באלוני אבא. נמצא כי המשקע בקרקעית בנחל הקישון הוא המזוהם מבין נחלי החוף במתכות, כולל במתכת הרעילה כספית.לאורך שנים הוקמו מפעלי התעשייה על גדות נחל הקישון. במשך שנים רבות הוזרמו לנחל הקישון מאות אלפי טונות של שפכים מזהמים (ספיקה יומית של עד 20,000 מ"ק/יום של שפכים תעשייתיים), אשר גרמו נזק לסביבה, לחי, לצומח, לתוואי הנחל ולתושבי האזור והציבור כולו.

הגורם המעורב בזיהום הנחל לאורך השנים היה מפעל חיפה כימיקלים, אשר ייצר חומצה חנקתית, חנקת אשלגן וחומצה זרחתית בכמויות עצומות (6,500 מק"י ליממה) והזרים את שפכים חומציים אשר לא עברו תהליכי ניטרול לנחל באופן שוטף. 
ערכי החומציות הגבוהים אשר על פי דיווחי חיפה כימיקלים הגיעו לערכים חמורים של מתחת למינוס 1 pH לעומת תקן של ערכים נייטרליים הנע בין 6.5-9 pH. התנאים ששררו בנחל לא ניתן לקיים חיים, הנחל הפך לתעלת ביוב. כתוצאה מכך נעלמו מנופי הנחל דגים, צבים וכל עולם החי והצומח המאפיין את הסביבה הטבעית של הנחל והיווה חלק מהייחוד שלו. 

דוגמה לערכי החומציות המסוכנים ניתן למצוא בדוחות רשות נחל הקישון, אשר עובדיה מדווחים כי נמנעו מהחדרת מכשירי הבדיקה למים עקב רמת החומציות הגבוהה ששררה בהם ומהחשש כי המכשיר ייהרס בחשיפה לרמת חומציות כזו 
השפכים שהוזרמו לנחל באין מפריע גרמו נזקים ישירים לבני האדם המשתמשים ולכל מי שבא במגע ישיר עם הנחל. רציפי מעגן הדייג, מספנות ישראל, ומתקני נמל חיפה ניזוקו. דייגים ובעלי ספינות אשר ספינותיהם עגנו באזור שפך הנחל ניזוקו קשות. מועדוני השיוט והחתירה, בפתח נמל הקישון סבלו. ובמידה מועטה יותר גם מתקני תחנת הכוח של חברת חשמל.

==מודעות והוראות להקטנת זיהום ==
מניעת זיהום הקישון בשפכי תעשייה סקר ראשוני
בשנת 1975 הוכן לפי הזמנת איגוד ערים חיפה (ביוב) סקר כללי. והועלו הצעות לפתרון שלא מומשו.
בשנת 1978 פורסם צו לתיקון המעוות על ידי נציב המים נועד להקטין את היקפי הזיהום, אולם בפועל הצו לא הצליח להקטין את היקפי הזיהום.

טיפול המדינה בזיהום הקישון החל מראשית שנות ה-80, תחילה באמצעות האגף למניעת זיהום ים ב'שרות לאיכות הסביבה' ובהמשך המשרד להגנת הסביבה שהוקם ב-1990. ההתמודדות עם הגורמים המזהמים מהיבט אכיפת חוק החל בשימוש בפקודה למניעת זיהום ים בשמן. המשרד להגות הסביבה יזם 'חוק מניעת זיהום הים ממקורות יבשתיים', התשמ"ח 1988 אוסר על הזרמת שפכים ממקור יבשתי במטרה לסלקם לים, אלא אם ניתן היתר בהתאם לחוק ול'תקנות למניעת זיהום הים ממקורות יבשתיים', התש"ן-1990.

כמו כן הוחלט כי לשם הגברת האכיפה יש לפעול להזרמת השפכים במתכונת של היתרי הזרמה לים בלבד. החל מ-1999 הוצאו היתרים לשפיכת פסולת מכוח החוק על ידי וועדה בין-משרדית כקבוע בחוק והשפכים הוזרמו על פי מתכונת זו במקום הצו לתיקון המעוות.

===רשות נחל הקישון===
ב-1994 הקים יוסי שריד, שכיהן בתפקיד השר להגנת הסביבה תאגיד 'רשות נחל הקישון'. הפועל מכוח 'חוק רשויות נחלים ומעיינות', תשכ"ה 1965 ובהתאם ל'צו רשויות נחלים ומעיינות', התשנ"ה - 1994. חברי רשות נחל הקישון היו נציגים ממשרדי ממשלה, מרשויות מקומיות, ממפעלים, בעלי מקרקעין ומגופים ציבוריים נוספים. הרשות החלה לפעול להקמת מסד נתונים במקביל לפעילות להפסקת או הקטנת רמות הזיהום בנחל באמצעות הליכי אכיפה פיקוח וניטור מוסדרים. במקביל הכין התאגיד תוכנית האב לשיקום הנחל. 
בשנת 1997, לאור ממצאים חמורים של ערכי חומציות בנחל, הוציא משרד החינוך צו הפסקת כל פעילות חינוכית מטעמו בנחל הקישון.
החל משנת 1998 מפיקה 'רשות נחל הקישון' דו"ח שנתי מסכם בו פורטה פעילות הרשות לאורך השנה וממצאי הניטורים ואנליזות איכות המים ורמת הזיהום במדדים השונים. וייחוסם למזהמים העיקריים: דשנים, גדות תעשיות ביוכימיה, גדיב תעשיות פטרוכימיה, כרמל אולפינים, בתי זיקוק, חיפה כימיקלים.

===הצעה לפינוי השפכים לים===
בדו"ח בלשה ילון משנת 1975 ובתוכניות אחרות נקבע כי יעשה ריכוז השפכים למיכל אגירה ומשם בצינור לתוך הים. מועד השלמת הצינור נקבע ל-31 בדצמבר שנת 2003. החברות במפרץ הסכימו לכך ואף החלו בבניית הצינור. אך ארגוני איכות הסביבה כולל ארגון גרינפיס העולמי הביעו התנגדות. ישראל אשררה עוד בשנת 1978 את מחויבותה לאמנת ברצלונה - שמור על איכות מי הים התיכון. והשרה יהודית נאות הורתה לחפש חלופה לצינור השפכים לים.

===גלריית זיהומים בקישון===
<gallery mode="packed" heights="170px">
קובץ:CollectingFuelNearFishingPier1982.jpg|שאיבת זיהום שמן צף ברציף נמל הדיג על ידי המשרד להגנת הסביבה, 1982
קובץ:LeakingFuelPipe toRiver1984.jpg|צינור דלק מבתי הזיקוק למפעל נשר דולף ומגיע לנחל, 1984
קובץ:PollutioninRiver1984.jpg|זיהום צף בנחל הקישון 1984
קובץ:OilinRiver1984.jpg|זיהום דלק בנחל קישון 1984
קובץ:ShipFuel toPort1984.jpg|זיהום בנמל הקישון שמקורו באנייה ברציף הגלנוע, 1984
קובץ:PollutingPipes1987.jpg|מקור זיהום בדליפת צינורות דלק מבתי הזיקוק למיכלי נמל חיפה, 1987
קובץ:PollutionControlBarrier1987.jpg|מניעת התפשטות זיהום דלק על ידי מחסום צף וכריות ספיגה, 1987
קובץ:ABMFisheryControl.jpg| זיהום בשמנים שחורים התרחש בשל הגלשת מכלי הסערה של בתי זיקוק לנפט לאחר מערכת גשם כבדה. צולמה על ידי מגשר ההסתדרות, ב-13 בינואר 2012.
</gallery>

==נמל הקישון==

סירות דיג באורות ברציף הדיג לאחר בנייתו, 1958

נמל הקישון הוקם בשנות החמישים מזרחית לבריכת תחנת הכוח של חברת החשמל, במוצא הנחל אל הים. בתחילה תוכנן לעשותו אזור סחר חופשי אך שנות השישים צורף מנהלית לנמל חיפה. עם השנים התפתח וכלל רציף מטענים מסוף כימיקלים של חברת גדות, רציף כימיקלים, רציפי מספנות ישראל ובריכת המבדוק. בשנות התשעים נבנה רציף מטענים חדש.
בין מסוף הכימיקלים של 'גדות' לבריכת ההשקטה של חברת החשמל, נבנה בתחילת שנות השישים מעגן סירות של 'שייטי כרמל', האגודות הימיות ומועדון החתירה. אשר הוצאו ממקומם הקודם במערב נמל חיפה.

מעגן הדיג - שטח מוצא נחל הקישון לים נמצא בבעלות רשות הנמלים. בסוף שנות החמישים נבנה על ידי משרד החקלאות רציף לעגינת ספינות הדיג. במקום עגנו דרך קבע כ-40 כלי שיט ובחוף נבנו בתי מלאכה ומחסני קירור. נוכחות הדייגים במוצא הנחל השפעה מועטת על הזיהום.

מספנות ישראל שנבנו בצד הצפון מזרחי של הנמל הייתה השפעה על הזיהום. אוניות שמיועדות לעלות להספנה מנקות מכל הנוזלים המיותרים שלהם. כלי שיט שנבנו עבור חיל הים עגנו ליד הרציפים תקופה ארוכה להשלמת הבניה. כל אותה עת נערכו במקום בדיקות תחתית על ידי צוללים מצוותי כלי השיט ומקבוצת צוללי מילואים.

מסוף גדות ורציף הכימיקלים תפעול אוניות הכימיקלים בדרך כלל תקין אך מדי פעם קורות דליפות, שטיפות ניקוי, תקלות צנרת וכימקלים זרמו למי הנמל.

רציפי הנמל – האוניות בנמל גרמו מדי פעם לזיהומים במי השיפוליים ושאריות מטען. בתקופת מלחמת ההתשה ועד סוף שנות השמונים, נערכו בדיקות תחתית לאוניות כימיקלים שנחשבו בעלות סיכון גבוה במקשר גדות וברציף הכימיקלים. הבדיקות נערכו על ידי יחידה 707 וקבוצת צוללי מילואים שהוקמה לשם כך.

צנרת בתי הזיקוק - בתי הזיקוק לנפט הנמצאים מזרחית לנמל הקישון, מעבירים מוצרי נפט למיכלים ולרציף הדלק בנמל חיפה. הצינורות מושקעים מתחת למים וחוצים את מוצא הנחל בקטע שבין בריכת הנמל למעגנת שביט. לעיתים רחוקות קורה שאחד הצינורות נפרץ ודלק מגיע למימי הנמל. לשמירה על הצינורות מופעלת מערכת הגנה קתודית אקטיבית. השדה החשמלי מבטיח את שלמות הצינורות על חשבון מתקני מתכת אחרים בסביבה.

===בנית מרינה שביט===
בתחילת שנות התשעים נוצר ביקוש למעגנת סירות מפרש פרטיות בחיפה. השטח שהוקצה לכך בקרבת ראש הכרמל לים היה קשה לביצוע. הדרישה הופנתה להקצות שטח במערב הנמל היכן שהייתה פעילות אגודות ימיות לפני קום המדינה.

כאשר נכנס שורש לרר לניהול רשות הנמלים. קיבל את הצעתו של יגאל שץ שהיה מנהל נמל הדיג בקישון לבנית מעגנה מול רציף הדיג. לאחר שהתייעץ עם ידידו יהודה רותם מניסיונו כמנהל צים וכדייג. תוכנית עסקית רב שנתית הראתה שהבניה תשתלם תוך כעשרים שנה. התנאי היה שהניהול הכללי יחזור לרשות הנמלים. נחתם חוזה בין משרד החקלאות לרשות הנמלים ובו נשמרו כל הזכויות והחובות של הדייגים במעגן. יהודה רותם נקבע כמנהל הפרויקט ויגאל שץ נעשה מנהל המעגנה מטעם רשות הנמלים. בשנת 1996 החלה רשות הנמלים בבניה. 

בפרויקט בניית המעגנה שיקום המעגן הדיג הפעילה רשות הנמלים חברות קבלניות שונות חברת 'מעגן' בנתה את קיר השיגומים הצפוני והמזרחי. חברת 'מרטר' בנתה רציפים בגדה דרומית ורציפים צפים. חברת 'סולל בונה' ביצעה עבודות פיתוח בעורף הרציפים. חברת 'אוקיאנה' עסקה בחפירה ימית שאיבה ישירה לבריכות שהקימה 'רשות ניקוז ונחלים קישון' בעורף המעגן.

בשנת 1999 נסתיימה הבניה המעגנה נקראת על שם משה שביט איש קיבוץ נווה ים שהיה מנהל אגף הדייג בשנים 1953 - 1963 והלך לעולמו במאי 1984.
במעגנה יש רציפי עגינה לכ-250 כלי שיט קטנים. כל המקומות מלאים ויש רשימה ארוכה של ספינות ממתינות למקום שיתפנה.

===גלריה מעגנת שביט===
<gallery mode="packed" heights="170px">
קובץ:ShoreshShats1994.jpg|מנהל רשות הנמלים שורש לרר עם מנהל נמל הדיג יגאל שץ בשלב תכנון המעגנה, 1994.
קובץ:RabaRotem1995.jpg|מנהל פרויקט המעגנה יהודה רותם שני משמאל, והדייגים משה רבה מימין, על רציף נמל הדיג בעת בניית מעגנת שביט, 1995
קובץ:MarinaShavitinBuilding1996.jpg|שלב הצפת אזור הרציף המזרחי במהלך בניית מרינה שביט, 1996
קובץ:MarinaShavitWatering1996.jpg|הצפת אזור הרציף החדש במרינה שביט, 1996.
קובץ:MarinaShavitinBuilding1997.jpg|מבט מהרציף המזרחי החדש על שטח מרינה שביט, 1997.
קובץ:MarinaShavitinBuilding1998.jpg|מנהל מעגנת שביט יגאל שץ מפקח על עבודת בניית המזחים, 1998.
קובץ:FishingBoatsPier1997.jpg|נמל הדיג בקישון 1997.
קובץ:MarinaShavitl1999.jpg|מרינה שביט במהלך בנייתה 1999.
</gallery>

==נזקים למבנים ימיים ותביעות==
ב של רציפי הנמל נוצר עיכול מתכת עד כדי חורים. נראה שהחורים נגרמו מהחומציות והחומרים במי הנחל במשולב עם ההגנה קתודית ששומרת על צינורות הדלק של בתי הזיקוק.
ברציף נמל הדיג התגלתה התופעה בשנת 1990 נעשו בהם תיקוני טלאים. ובשנת 1993 נבנה הרציף מחדש עם שיגומי פלדה צבועים. עלות התיקון כוסתה על ידי משרד החקלאות.
ברציף הכימיקלים בנמל הקישון נאכלו לוחות השיגומים החול יצא ובאספלט ליד קצה הרציף נוצר בור ורכב שקע בו. בשנת 1991 ביצעה רשות הנמלים תיקון.
ברציף המספנות אותה בעיה נוצרה ברציף המספנות וגם שם היה צורך להחליף שיגומים.

===תביעות משפטיות===
אדם טבע ודין: בשנת 1994 פתחו מספר חברות דייג בקובלנה פלילית כנגד מפעל חיפה כימיקלים בגין גרימת זיהום הים וזיהום המים, וטענו כי הזיהום והחומציות השוררת בנחל גורמות לקורוזיה ונזקים לספינותיהם<ref>ק.פ 5970/94</ref>. עמותת אדם טבע ודין לקחה את ניהול הקובלנה תחת חסותה כחלק מהמטרות הכלליות של העמותה בשמירה וקידום ערכי הסביבה בישראל. בשנת 1996 הושג הסכם פשרה, במסגרתו התחייבה חיפה כימיקלים להציג תוכניות לטיפול בשפכים לפי לוחות זמנים מוגדרים, וליישמן. בגין הנזקים שנגרמו לכלי השייט, נקבעו לחברות הדייג סכומי שיפוי של כ-25,000 ₪ לכל אחת (כ-150,000 ₪ סה"כ), וכן נקבע כי חיפה כימיקלים תשלם לעמותת אדם טבע ודין הוצאות משפט בסך של 475,000$. 
הפער הגדול בין סכומי הפיצויים שנפסקו לטובת המשתתפים בקובלנה נובע מכך שהסכום הפיצויים כולל תשלום עבור ניטור המשך הפעילות בקישון אותו תבצע עמותת אדם טבע ודין.

כרמלית ושחף: מפעילי ספינת התיור 'כרמלית' והדוברת העגינה 'שחף' הגישו באמצעות משרד עו"ד גלסברג תביעה לבית המשפט בחיפה על נזק לכלי השיט.נזק לספינות דיג: ב-6 בספטמבר 2001 הגיש משרד עו"ד גלסברג מחיפה תביעה אזרחית בשם 68 בעלי סירות דיג העוגנות בנמל הדיג בקישון על נזקי גוף לכלי השיט. הדיון בשתי התביעות אוחד, הדיונים התמשכו במשך כשש שנים והסתיימו בשנת 2006 במתן פיצוי בהסכמה<ref>ת"א 1153/00 כרמלית ואח' נ' חיפה כימיקלים בע"מ ואח' (05.01.2006)[https://www.psakdin.co.il/Court/פסק-דין-בתיק-א-1153-00#.Yi4mO3rP23A]</ref>.

עמותת דייגי המכמורת: בשנת 2001 הגישה עמותת דייגי המכמורת בקישון עתירה מנהלית נגד חיפה כימיקלים. בית המשפט המחוזי נתן צו מניעה לאיסור על חיפה כימיקלים להזרים מעבר לקבוע בהיתר ההזרמה, ובמקביל הורה לרשות נחל הקישון להגביר את תדירות הדיגומים בסופי השבוע<ref>ת"א (חיפה) 278/01 עמותת דייגי המכמורת נ' חיפה כימיקלים</ref>.

נזק למבדוק: חברת מספנות ישראל מכרה בשנת 2005 לחברה טורקית את אזור המבדוק בנמל (אזור בנמל לבדיקה ולתיקון כלי שיט). בטורקיה התגלו נזקי קורוזיה שחייבו התאמות ותיקונים. החברה הטורקית תבעה פיצוי ממספנות ישראל וזו תבעה את חיפה כימיקלים. התביעה נסגרה בפשרה דיסקרטית והצדדים הסכמו שלא לפרסם פרטים על ההסדר.

===גלריה תיקוני נזקים===
<gallery mode="packed" heights="170px">
קובץ:MarteamPilesRenewal1991.jpg|בנית רציף חדש שיגומים חדשים במקביל לרציף הישן, 1991
קובץ:PierRenewalbyMarteam1991.jpg|בניית קיר שיגומים במהלך חידוש רציף נמל הדייג, 1991.
קובץ:FisheryPierRenewal.jpg|בניית רציף חדש בנמל הדיג בקישון עקב נזקי קורוזיה בקיר השיגומים הישן, 1991.
קובץ:RepairChemikalsJetty16071996.jpg|עבודת תיקון שיגומי רציף הכימיקלים בנמל הקישון, יולי 1996.
קובץ:FishingBtDamaged Prop.jpg|נזקים למדחף סירת דיג שפעלה מנמל הקישון נשוא תביעת נזיקין בשנת 2001.
קובץ:DammageDockTurkia2005.jpg|נזקים מתכת בתחתית המבדוק מספנות ישראל שהועלה לתיקונים בטורקיה, ספטמבר 2005.
קובץ:IS DockRepairs21052005.jpg|תיקון נזקים במבדוק מספנות ישראל שנמכר לחברה טורקית והועלה שם לתיקונים, מאי 2005.
</gallery>

==פינוי הבוצה מהנחל ומהנמל==
בין השנים 1982–1984 בוצעה רבה בנמל הקישון. חברת הרקולס-סנפיר הפעילה מחפר כפות שהובא במיוחד מהולנד. נעשתה העמקה עד ל-15 מטר מהכניסה לנמל רחבת התמרון ובאזור המבדוקים של מספנות ישראל. החומר החפור הובל בדוברת הטלה עם קרקעית נפתחת והוטל במרחק כ-3 מיל מפתח הנמל. 
באזור נמל הדיג נחפר באמצעות מחפרים יבשתיים שהוצבו על דוברה. החומר הוטל לים באותה שיטה.

במשך שנים רבות הוטלו חומרים שנאספו מחפירה תחזוקתית של נמלי חיפה הקישון ומעגן הדיג, במפרץ חיפה. הדבר גרם להרס אזורי המחיה של הדגים והדיג במפרץ כמעט נעלם.
בשיטפונות חורף 1991/2 החסימות בנחל גרמו להצפה רבתי באזור הקריות בשנת 1992. 'רשות ניקוז ונחלים קישון' עשתה עבודת דוברת חפירה שאבה כמות גדולה של בוצה אשר לא טופלה. פינוי הבוצה מהנחל לבריכת שיקוע מדרום לו.
בעת בניית מעגנת הסירות מדרום לנמל הדיג שנעשתה על ידי רשות הנמלים והרכבות הוטל חלק מהחומר לאותן בריכות שיקוע על גדת הנחל ומרביתו שימש לביסוס פארק הקישון.
בקרה - מאז שנת 1995 מבצע המשרד הגנת הסביבה בקרה באמצעות הוועדה למן היתרים. חומרי חפירה ממעגן הדיג ונמל הקישון, מוגדרים כמזוהמים, ומוטלים באתר "אלפא". האתר נמצא בנ"צ 32̊ 56'N ; 34̊ 36'E בערך 290 19 מייל מראש כרמל בעומק של 1,300 מטר. 
באותן שנים הועסקה על ידי רשות הנמלים אוניית מחפר רוסית 'ירבנסקי' שאספה אליה כמויות גדולות של החומר החפור הפליגה והטילה אותו באתר אלפא.

אתר אלפא שימש גם כאתר להטלת בוצה של מפעל חיפה כימיקלים. ההטלה שם נפסקה בשנת 1998 לאחר שהמפעל מצא פתרון יבשתי לטיפול בשפכים התעשייתיים. לאחר הטיפול השפכים מוזרמים לנחל הקישון לפי היתר הטלה מתחדש.
משנת 2006 הועסקה אוניית מחפר הולנדית Amazon בפינוי הבוצה מנמל הקישון ונמל הכרמל בבניה. הצוות ההולנדי ביצע את החפירה בתלבושת מגן. דגימה מהבוצה נשלחה לבדיקת מעבדה בהולנד ונמצאה מסוכנת.

בשנים 2013 – 2014 בוצעה חפירה נרחבת במעגן הדיג וכ-40,000 מ"ק חומרי חפירה הוטלו באתר אלפא. כמות גדולה של פסולת: רשתות, כבלים, גרוטאות וכו' הועברה לאתר פינוי יבשתי.
במקביל, באותן שנים חפרה 'רשות ניקוז ונחלים קישון' את ערוץ הנחל מדרום לבתי זיקוק לנפט עד לפני מעגנת שביט. במקום עבד מחפר קנדי והבוצה הועברה בצינור לטיפול באתר סמוך למכון הטיהור של חיפה. האדמה המטופלת יועדה להרחבת פארק נחל הקישון.

====גלריה חפירות ופינוי הבוצה====
<gallery mode="packed" heights="170px">
ToharTecDreger1993.jpg|מחפר צף מפנה את הבוצה לגדת הנחל, עבור 'רשות ניקוז ונחלים קישון' 1993.
DredgerIrbenskiy.jpg|אנית מחפר רוסית 'ירבנסקי' שחפרה את נמל הקישון באמצע שנות ה-90.
DredgerHolma.jpg|אוניית המחפר 'הולמה' שהופעלה על ידי חברת מארטים לחפירות בנמל הקישון והעבירה את החול החפור לאתר 'אלפא' בלב ים, 2005.
DutchDredgerAmazon2007.jpg|עבודת חפירה בנמל הקישון של אוניית מחפר הולנדית Amazon הצוות בחליפת מיגון מלאה עקב החומר המסוכן בבוצה, יוני 2007.
SiltDredgingBarge.jpg|דוברת מחפר של חברה קנדית שהעמיקה והרחיבה את נחל הקישון עבור 'רשות ניקוז ונחלים קישון' 2015.
</gallery>

==נזקי בריאות==
בשנת 2000 פורסמה כתבה בעניין הנזק הבריאותי הנובע מהמצב במי הקישון, לאור תלונות לוחמי שייטת 13 על תחלואה רבה ובגיל צעיר, כשהמשותף להם הוא צלילה בעבר במי הנהר, במהלך שירותם הצבאי<ref>יחזקאלי, צדוק, וענת טל־שיר (2000) צלילה ממארת. ידיעות אחרונות, מוסף 7 ימים, 26.5.</ref>.

עוד באותו יום החליט קצין רפואה ראשי אל"ם גיורא מרטונוביץ' להפסיק את הצלילות בכל הנמלים. הוקמה ועדת בדיקה, במטרה לבדוק האם מי נחל הקישון והשפעות הסביבה הם שגרמו למחלות הקשות. בוועדה השתתפו ראש ענף בריאות הצבא - סא"ל ד"ר שלמה משה פרופ' פרום, מומחה לרפואה תעסוקתית - פרופסור יוסף ריבק, רשם הסרטן הלאומי במשרד הבריאות - ד"ר מיכה ברחנא, וכן מומחית לרפואה תעסוקתית - ד"ר יהודית שחם. הוועדה קבעה ביום 15 במאי 2000 כי אין קשר סיבתי בין התחלואה לצלילות בקישון.

קבוצת יוצאי שייטת 13 שאורגנה על ידי יובל תמיר לא הסכימה עם מסקנות הבדיקה הצה"לית והגישה ביום 18 ביוני 2000 עתירה לבית המשפט העליון במטרה לבטל את מינויה של ועדת הבדיקה הפנימית, ולמנות תחתיה ועדת חקירה חיצונית ובלתי תלויה. העותרים תבעו להכירם כנכי צה"ל, לממן את הוצאותיהם הרפואיות ולפצות את משפחות הצוללים שנפטרו.

===ועדת שמגר<ref>[https://web.archive.org/web/20160303190351/http://www.ismal.co.il/imgs/uploads/refua-umishpat-29-144.pdf דו"ח ועדת החקירה בעניין נחל הקישון] - תמצית מסקנות ועדת החקירה בעניין ההשלכות של פעילות צבאית בנחל הקישון ומימי הסביבה על בריאותם של חיילי צה"ל שהופעלו במקום</ref>===

בתגובה לתביעת לוחמי המילואים בבג"ץ לקיים ועדת חקירה חוץ-צבאית, הציע היועץ המשפטי לממשלה לשר הביטחון לקיים את הדרישה בלא צורך בהחלטת בג"ץ ולאחר משא ומתן בין הצדדים הושגה הסכמה, וזו לשונה: 

הרמטכ"ל שאול מופז מינה את שופט העליון (בדימ') מאיר שמגר כיו"ר הוועדה, וחבריה היו פרופסור מאיר וילצ'יק - כימאי ומומחה לחומרים מסוכנים, וד"ר גדי רנרט - מנהל המחלקה האפידמיולוגית בבית החולים כרמל. משימת הוועדה, כהגדרתה, הייתה לבחון ארבע סוגיות:
# לחקור האם מי נחל הקישון, נמל הקישון, חוף שמן או מימי האזורים הסמוכים להם (כמותווה במפה המצורפת לכתב המינוי), מכילים, או הכילו, חומרים מסכני בריאות.
# לחקור מהם הסיכונים הרפואיים העלולים להיגרם למי ששהה במים אלה, במסגרת אימונים או פעילות צבאית אחרת.
# מבלי לפגוע בכלליות שאלה 2, לחקור האם יש קשר סיבתי אפשרי בין מצב המים (כפי שייקבע בהתאם בסעיפים 1 ו-2 לעיל) לבין מחלת הסרטן לסוגיה.
# לאור החומר שיובא בפני הוועדה והמסקנות העולות מסעיפים א', ב' וג'- לחקור מה האחריות של הגורמים הצבאיים העולה מהם.
בנוסף, הוסמכה הוועדה בכתב המינוי גם לקבוע עובדות, להמליץ המלצות ולהסיק מסקנות.

ועדת שמגר עסקה בחקירה משך שלוש שנים, קיימה 27 ישיבות, שמעה 103 עדים, קיבלה 619 מוצגים, סיירה בשטח הקישון והורתה על קיום בדיקות רפואיות ללוחמים.

====חלק ראשון - המלצות להתנהגות בנחל הקישון====
ביום 3 ביולי 2001 הגישה הוועדה לרמטכ"ל את חלקו הראשון של הדו"ח. פרק י"ד לחלק זה כלל שורת המלצות ומסקנות, הנוגעות להתנהגות בנחל ובקרבתו וביניהן: איסור צלילה במי הקישון ובנמל חיפה, הפסקת הזרמה של שפכים לסוגיהם, המשך מבדקי בריאות לקבוצות הסיכון, הקמת מנגנון התקשרות בין חיל הים לבין גורמים אזרחיים העוסקים בניטור ובדיקה של איכות מים, ועוד.

להלן פירוט ההמלצות:
# אין לצלול במי הקישון, כולל כניסה למים או ביצוע אימונים הכרוכים בכניסה למים, עד טיהור הנמל והנחל. הוועדה המליצה כי ייאסרו גם כל פעולות הספורט, השחייה, החתירה או האימונים המימיים של תנועות הספורט ושל תנועות הנוער הפעילות בקישון.
# אין לצלול בנמל חיפה.
# אין להתאמן בשטח מים כלשהו לפני שנבדק מבחינה בריאותית (עד שלא הוכח בבדיקות מוסמכות כי השטח חופשי מסיכוני בריאות). עד אז התאמנו בשטח כל עוד לא נשמעות טענות על זיהום בו.
# בדיקת תחומי הפעולה של רשות נחל קישון לשם ניטור ופיקוח קבועים. כל המסקנות שנלמדות מהדוח בכל הקשור לנחל קישון ולנמל קישון ולאופן הטיפול בהם יחייבו גם בעתיד הסדרי פיקוח וניטור קבועים וסדירים מכוח החקיקה. בהקשר זה הוצע כי גורמי איכות הסביבה ישקלו, בין היתר, את הרחבת תחומי הפעולה הגאוגרפיים של רשות נחל קישון, כדי שיקיפו גם את חלקו העליון של הנחל.
# הפסקת הזרמתם של שפכים לנחל קישון - הוועדה המליצה להפסיק בהקדם האפשרי כל הזרמה של שפכים תעשייתיים וביוב לתוך נחל קישון ונמל קישון. בהמלצות נאמר כי על גורמי השלטון המוסמכים להפעיל את הסמכויות המשפטיות הקיימות למטרה זו כדי להביא להפסקת הזיהום בהקדם.
# הפסקת הזרמתם של שפכים לים - דרוש פתרון שאינו מעביר את הבעיה מהנחל ומהנמל אל הים, אלא פתרון תעשייתי-מדעי המונע זיהום.
# ניקוי הזיהום בנחלים ובים והפסקת ההזרמה התעשייתית והביוב אליהם - הוועדה הדגישה כי ההמלצות בדבר הזרמת שפכים לקישון יפות לכל נחל ונמל, וכי דרושה פעולה החלטית ורצופה של רשויות הבריאות ואיכות הסביבה להפסקת כל הזרמה וכל אפשרות הזרמה של שפכים תעשייתיים או ביוב לנחלים או לנמלים.

ועדת מעקב ממשלתית - בהחלטת הממשלה מ-24 בפברואר 2002 אימצה הממשלה את החלק הראשון בדוח ועדת - שמגר, לגבי הפעילות הצבאית האזרחית בקישון. בהחלטת הממשלה נקבע כי השר 18 להגנת הסביבה יכונן בהשתתפות נציגי משרדי ממשלה עיריית חיפה ורשות נחל קישון.
מומחים מהאקדמיה ומרשות נחל קישון בודקים תדיר את איכות המים באזור. ממצאי הניטור מוגשים לוועדה הבין-משרדית למעקב אחר יישום מסקנות ועדת-שמגר.

==== חשופים שהוזמנו לבדיקות====
חיל הים מסר לוועדה רשימה הכוללת האנשים שהיו חשופים למימי הקישון במידה כלשהי בעת שירותם.
הרשימה כללה:
{| class="wikitable mw-collapsible " border="1" align="center""
|+
|-
|הקבוצה ||כמות חשופים|| || הקבוצה ||כמות חשופים
|-
|חניכי קורס לוחמים משייטת 13 ||3,989|| || חניכי קורס צוללן שייטת הצוללות ||
|-
|"יחידת 707"/ ילת"ם|| 251|| || חיילי יחידת הנצלה חילית|| 58
|-
|מדריכות צלילה ||8|| || צוללי מים רדודים בסיס חיפה ||1,046
|-
|צוללי מים רדודים שייטת 13|| 260|| || צוללי מים רדודים כללי || 2,392
|-
|צוללי מים רדודים ילת"ם||145|| || צוללי מים רדודים אגד הצליחה||125
|-
|חניכי קורס חובלים עד שנת 1980 ||1535|| || רופאי שייטת 13||91
|-
|צוללי מים רדודים שייטת ספינות הטילים|| 297|| || מדריכי גדנ"ע ים בנמל הקישון ||
|-
| |||| || סה"כ החשופים מחיל הים || 10,197 
|-
|}

למופיעים ברשימה נשלח בינואר 2001 מכתב ממפקד חיל הים אלוף ידידיה יערי המזמין להיבדק. השופט שמגר לא הספק במכתבו של מפקד חיל הים ובחודש פברואר 2001 הוציא גם הוא מכתב הזמנה. להזמנות נענו כ־3000 איש. הבדיקות נעשו בארבעה בתי חולים: סורוקה בבאר שבע, בילינסון בפתח תקווה, שערי צדק בירושלים וכרמל בחיפה, תחת פיקוחו של ד"ר רנרט. במהלך הבדיקות נמצאו 19 אנשים שהתגלו בגופם תופעות סרטניות בנוסף ל-107 התובעים הראשונים.

לאחר סיום הבדיקות הרפואיות שנערכו לאוכלוסיית החשופים, ולאחר עריכת סטטיסטיקה מדעית של תוצאותיהן של בדיקות אלה. התגלעה מחלוקת בין יו"ר הוועדה, כב' הנשיא (בדימוס) שמגר, לבין שני חברי הוועדה האחרים, פרופ' וילצ'יק וד"ר רנרט, בכל הנוגע לשאלת הקשר בין השהות במים המזוהמים לבין התחלואה בסרטן. המחלוקת הייתה ששני חברי הוועדה המדענים, פרופ' וילצ'יק וד"ר רנרט, בחנו את נושא הקשר בין השהות במים, לבין התחלואה, על פי אמות מידה מדעיות מקובלות, הדורשות מובהקות סטטיסטית. מסקנותיהם של שני חברי הוועדה פרופ' וילצ'יק וד"ר רנרט הן שמבחינה מדעית לא הוכח שזיהום הקישון גרם לתחלואה עודפת בעלת מובהקות סטטיסטית, זאת בין היתר בשל מיעוט יחסי של מספר מקרי הסרטן שאובחנו.

המלצת חברי הוועדה פרופ' וילצ'יק וד"ר רנרט: :

השופט מאיר שמגר בחן את הסוגיה על פי אמות מידה משפטיות, ולא מדעיות. הסביר בחוות דעתו ציין כי על פי אמות מידה אלה, אין צורך להשתכנע בקיומו של קשר ברמה של מובהקות סטטיסטית. די לו למשפטן, להבדיל מהמדען, בהטיית מאזן ההסתברויות לטובת האפשרות שקיים קשר בין השהיה במים לבין התחלואה כדי לקבוע, משפטית, קיומו של קשר כזה. השופט שמגר סקר בחוות דעתו את כל המבחנים המשפטיים המקובלים לקביעתו של קשר סיבתי, סקר את דיני הנזיקין ואת דיני השיקום הרלוונטיים ואת חוות דעת המומחים שקיבלה הוועדה, והגיע למסקנה שקיים קשר סיבתי משפטי והגיוני בין השהיה במים המזוהמים לבין התחלואה בסרטן. לפיכך, קבע כב' הנשיא (בדימוס) שמגר כי יש להכיר בכל הלוחמים שנחשפו למים המזוהמים, ללא קשר לתקופה או למידת החשיפה, כדין.

====חלק שני - מסקנות להכרה בחשופים====
חלקו השני של הדו"ח, המסכם את עבודת הוועדה, ניתן בסוף חודש מרץ 2003. מסקנת יו"ר הוועדה: המחלוקת בין חברי הוועדה הצטמצמה לנושא זה בלבד. בכל יתר הנושאים הייתה הסכמה, כפי שפורטו בחלקו הראשון של הדו"ח. מסקנתם של חברי הוועדה כי מי הקישון ונמל חיפה מכילים חומרים מסרטנים בכמויות גדולות נותרה בעינה, והם המשיכו להחזיק בעמדתם כי אין לצלול במי הקישון ובנמל חיפה.

הוועדה לא מצאה קשר ישיר בין תחלואת החיילים שצללו בקישון במסגרת שירותם לזיהום בנחל, אולם גם לא שללה את אפשרות קיומו של קשר כזה, לנוכח התחלואה הגבוהה בקרב החיילים שצללו בקישון לעומת האוכלוסייה הכללית וחיילים שצללו במקומות אחרים. הוועדה המליצה להכיר לפנים משורת הדין בחיילים שחלו כמי שחלו במהלך שירותם הצבאי ובעקבותיו, ולהמשיך לטפל בהם במימון מערכת הביטחון. בהתחשב בחשיפה של הצוללים למי הקישון המליצה הוועדה על מעקב אחר אוכלוסיית החשופים שיכלול פעולות סקר כגון בדיקות רופא, בדיקות מעבדה ושימור המידע.

עוד המליצה הוועדה משרדי הביטחון והמשפטים יבדקו את ההצעה לתקן את חוק הנכים וחוק משפחות חיילים שנספו במערכה,,כדי שתיכלל בהם הוראה בקשר לתביעות של חיילים שחלו בסרטן בזמן שירותם ועקב פעילותם הצבאית.
לגבי האחריות של הגורמים הצבאיים השונים לתחלואה, מסקנת הוועדה הייתה שהיו גורמים רבים אך פעלו בתום לב אך לא קבעה אחריות פרטנית.

===החלטת שר הביטחון ומימושה ===
בישיבת הממשלה באפריל 2003 הצהיר שר הביטחון שאול מופז כי למערכת הביטחון ומפקדי הצבא יש אחריות ללוחמים ולבריאותם שניזוקה עקב פעילות אימונים ולחימה. וכי לאחר שנועץ ברמטכ"ל ובמנכ"ל משרד הביטחון החליט לאמץ את ממצאי דו"ח ועדת שמגר כי החיילים שצללו במי הקישון עקב שירותם וחלו במחלת הסרטן יהיו זכאים לזכויות לפי חוק הנכים (תגמולים ושיקום) או חוק משפחות חיילים שנספו במערכה (תגמולים ושיקום).

נוהלי הטיפול - במשרד הביטחון הוקמה 'מנהלת הקישון' שתפקידו לבחון נפגעים ולאשר את זכאותם לפי חוק נכי צה"ל או חוק המשפחות השכולות. לאחר שהוברר כי אין רישום מדויק לגבי מי מתי ואיפה נערכו הצלילות בקישון. הוציא היועץ המשפטי למערכת הביטחון, גב רחל סטוביצקי, ב-18 בספטמבר 2003, נוהל וקריטריונים להכרת קצין התגמולים בחולים שנחשפו למי הקישון כנכי צה"ל.

החולים זומנו לוועדות רפואיות, לקביעת אחוזי נכות בגין נכותם, על-פי תקנות הנכים (מבחנים לקביעת דרגות נכות) התש"ל-1969, משפחות לוחמים שהלכו לעולמם הוכרו מכח חוק משפחות חיילים שנספו במערכה תש"י - 1950, ההכרה נעשתה ללא כל אבחנה למועד ולמשך חשיפתם למים המזוהמים, לאופי היחידה בה שרתו בצה"ל, או לסוג הסרטן בו לקו.

כך משך שנים, הוכרו חיילים ששרתו בחיל הים: צוללנים, חובלים, צוללי קורס מים רדודים, חיילים מחיל ההנדסה, מחיל רגלים, חיילים שנחשפו למי הקישון חיילים שנחשפו למי נמל חיפה, חיילים שנחשפו בשנות החמישים, השישים, השבעים, והשמונים. חיילים שחלו במחלת סרטן הריאות, סרטן העור, סרטן הקיבה, סרטן הלימפומה, סרטן הבטן, סרטן הערמונית, סרטן הראש, סרטן בלוטת התריס ועוד.

מועד קובע - בדו"ח ועדת שמגר הייתה התייחסות לשנת 1975 כשנת חיתוך לניתוח הנתונים. ואחרי שנה זו הזיהום היה יותר קשה. לכן נקבע כי לגבי חולים הטוענים שנחשפו למימי הקישון לפני שנת 1975 תבדק כל פנייה לגופה בהתעלם משאלת ההתיישנות. 
חולים שלא נכנסו לקריטריונים האלה תבדק טענתם בדרך הרגילה. המדובר אך ורק בחולים במחלה ממארת. חולים במחלות אחרות הרואים קשר בין מחלתם לחשיפה למי הקישון חייבים להוכיח זאת.
אנשים ששירתו ביחידות אחרות וטוענים שחלו עקב חשיפה במימי הקישון. טענתם תיבדק לפי נתוני צה"ל. בכל מקרה מדובר בחשיפה מאורגנת לאורך זמן ולא בחשיפה מקרית או חד פעמית.
הקריטריונים לא פורסמו ברבים ואף לא הגיעו לידיעת פרקליטי המדינה עד סוף שנת 2007 במסגרת הערעור שהגישה דורית אלימלך בשם אחד הנפגעים שבקשתו נדחתה. ולטענת המערער לא היה מסמך הקריטריונים הנחיה מנהלית מחייבת אשר מצמצמת את החלטת שר הביטחון מופז. סיכמה עו"ד אלימלך 

===הכללת יוצאי אגד הצליחה===
רשימת החשופים שהוגשה לוועדת שמגר כללה אנשי חיל הים בלבד. אגד הצליחה של חיל ההנדסה התבסס, בראשית פעולתו, בחורשת אקליפטוס על שפת נחל הקישון וערך את האימונים בנחל. לאחר שחולים מאגד הצליחה לא הוכרו על ידי קצין התגמולים בנוהל המיוחד. פנתה עו"ד אלימלך בנושא הכללת אנשי אגד הצליחה בנוהל המקל. 
עו"ד רחל סטוביצקי השיבה במכתב מיום 28 בינואר 2004, 

===הכללת שטח נמל חיפה===
במהלך שנת 2004 דחה קצין התגמולים בקשות להכרה מצד נפגעים שצללו בנמל חיפה. אלמנות נפגעים שנפטרו פנו בעתירה כנגד שר הביטחון בה טענו שכבר בכתב המינוי לוועדת שמגר נכלל חלקו המזרחי של הנמל בהגדרת הנחל מה גם שמופיעה בו המילה נחל הקישון וסביבתו הוכנס אזור נמל חיפה בהכללה להגדרה כמימי הקישון. התשובה כי העתירה נמחקה בהסכמה. מאז המשמעות היא כי צלילה בנמל חיפה כמוה כצלילה בנחל הקישון.

===ועדת בדיקה===
הפניה הראשונית נעשתה על ידי 107 חולים ובבדיקות ועדת שמגר נוספו עוד 19. כאשר התקבלה ההחלטה הצפיות היו לכ-150 חולים. לאחר שהסתבר למערכת הביטחון כי כמות הפונים גדולה בהרבה. וכי החולים ממשיכים ותובעים בבתי המשפט את המפעלים המזהמים ואלה מצרפים את המדינה לתביעה נוצר מצב המחייב בדיקה.
בחודש יולי 2009 החליט מנכ"ל משרד הביטחון אלוף אהוד שני לבדוק את יישום מסקנות ועדת שמגר. המנכ"ל מינה ועדה בראשות ד"ר עדי שני מומחה למחלות הסרטן. הוועדה ריכזה למעשה רק בנושאים הנוגעים למשרד הביטחון. היינו: בדיקת היחס לחולים שרואים עצמם נפגעים מהזיהום בקישון. הוועדה התכנסה ודנה במשך כמעט שנה וב - 1 ביוני 2010 הגישה את מסקנותיה למנכ"ל משרד הביטחון.

על סמך המידע שהצטבר הסכימו חברי הוועדה עם הקביעה המקצועית של ועדת שמגר היינו ש. ועל כן מן הראוי לבדוק כל מקרה לגופו של עניין. 

עם זאת המליצה להמשיך בנוהל שקראו לו 'מסלול ירוק' לגבי מי שיעמוד בתנאים מצטברים:
*חשיפה משמעותית - תקופת חשיפה של משנת 1975 עד 1993 לגבי חיילי שייטת 13 או לגבי חיילי ילת"ם עד שנת 2000 שאז פסקה הפעילות בקישון בכלל.
*תקופת חביון מינימלית בין מועד החשיפה לבין הופעת המחלה. 3 שנים למחלות כלי דם ו-10 שנים למחלות גידולים. ועדה המליצה לא לקבוע תקופת חביון מרבית.
*קבוצת מחלות – החולה במחלה ממארת מהמחלות המוכרות שעלולות להיגרם מחומרים שהיו בקישון. נקבעה רשימה של מחלות שאינן ידועות כעלולות להיווצר מחשיפה למימי הקישון: מזותליומה, סרטני עור, סרטני ריאה, סרטן המעי הגס והחלחולת, סרטן הערמונית, סרטן השד (בגברים), סרטן הקיבה, סרטן הכליה, גידולי מח ומערכת העצבים המרכזית, סרטן בלוטת התריס וסרטן האשך.

הוועדה המליצה שרשימה זו תעודכן מדי פעם עם התקדמות המחקר הרפואי. מי שיעמוד בתנאים המצטברים הללו לא ידרש להוכיח את הקשר הסיבתי אולם תתבצע בדיקה פרטנית של מחלתו, חשיפה לסיכונים בעבודתו שלא במסגרת צה"ל, היסטוריה של מחלות ממאירות במשפחתו ועישון.

מאידך הועלתה טענה כי הוועדה פעלה מבלי לידע את העותרים. בין חבריה היו אנשים המייצגים את משרד הביטחון כנגד הפונים ואלה נהגו בניגוד עניינים. וכי למעשה ביטלה את החלות ועדת שמגר בחוסר סמכות.

===ועדת מומחים למעקב===
בחודש מרץ 2012 ביקש אגף השיקום במשרד הביטחון להקים ועדת מומחים כדי לדון בקשר הסיבתי בין חשיפה למי הקישון ובין שש קבוצות מחלות ממאירות: סרטן הערמונית, סרטני העור, סרטן בלוטת התריס, סרטן המעי הגס, סרטן קיבה, סרטן כליות. הוועדה הורכבה מארבעה רופאים מומחים למחלות השונות, היא הגישה את הדו"ח בינואר 2013.

סיכום הוועדה לא מצא ביסוס מדעי לקשר סיבתי בין חשיפה למי הקישון לבין שש מחלות הסרטן שאותן נדרשה לבדוק. עם זאת הכירה בכך שתיתכן השפעה מסוימת לחשיפה הסביבתית של מי הקישון על מחלות סרטן למעט סרטן העור שיוחסו לחשיפה לשמש. המליצה להכיר בחולים שהיו בחזקת והמחלה אובחנה אצלם בגיל צעיר באופן החורג במידה נכרת מהממוצע באוכלוסייה. בתנאי ולא היה מעשן כבד.

{| class="wikitable mw-collapsible " border="1" align="center""
|+
|-
|סוג הסרטן|| גיל ממוצע בישראל ||גיל שממנו ממטה מומלץ להכיר|
|-
|בלוטת התריס||52||42
|-
|קיבה||70||60
|-
|מעי גס||71||61
|-
|כליות||64||49
|-
|ערמונית ||70||55
|-
|}
הועדה הבהירה שהמלצתה אינה סותרת את מסקנתה העיקרית הברורה . וכי הכללים שנקבעו בוועדת שני בנוסף כל מקרה שיעמוד בתנאים ולא יידרש לבחינת קשר סיבתי במסלול הרגיל יעמוד לבדיקה פרטנית של נתוניו כמפורט בדו"ח ועדת שני, בכל הנוגע לגורמי סיכון רלוונטיים שמחוץ לשירות הצבאי ומשקלם.

====הודעת השר ברק====
שר הביטחון אהוד ברק הודיע לתקשורת ביום 12 ביולי 2010, בהודעתו התעלם ברק מכך שסיכום ועדת שני כולל שינויים מהותיים מסיכום ועדת שמגר וכי החלטתו היא בניגוד להחלטת קודמו בתפקיד שאול מופז שקיבל את מסקנת היו"ר שמגר. 

שלושה ימים מאוחר יותר הוציא עוזר ראש מטה שר הביטחון אליה אשל מכתב המבהיר שהתמיכה היא במסקנות ועדת שני ולא הזכיר את ועדת שמגר. והיועץ המשפטי לשר הביטחון אחז בן ארי הבהיר למעשה המצב הוא שלאחר החלטת ברק המסלול המיוחד שיוחד לתביעות קישון, אינו קיים. כל אחד מהתובעים, נדרש להוכיח קשר סיבתי.

==בדיקות סקר תקופתיות==
בשנת 2005 החלה קופת החולים "מכבי" לבצע בעבור צה"ל בדיקות מעקב אחר 1,400 חיילים שנחשפו למי הקישון במהלך שירותם. במסגרת המעקב נרשמים נתונים בדבר כל מחלה ממאירה, כרונית או אחרת. משנת 2010 הועברו הבדיקות לרשת מרכזים רפואיים של חברת רפואה פרטית מדיטון המזמינה ומבצעת מבדקים לאוכלוסיית החשופים. הבדיקות נעשות בחמשת סניפי החברה מלון מרידיאן בחיפה, מלון הילטון תל אביב, מלון מצודת דוד בירושלים, סניף בשד' קוגל בחולון וסניף בקניון הנגב בבאר שבע.

===טיפולים בגרמניה===
בשנים 2001-2003 יצאו קבוצת נפגעים עם יובל תמיר למרכז רפואי הנמצא בבאד אבלינג, בוואריה, בראשות פרופ' דאווס. המטפל בסרטן בשיטה היפר-טרמית - חימום הגוף בעזרת מנורות תת-אדומות. התאוריה שעם החום הגוף מצליח לאתר את גורמי הסרטן ולסלק אותם. המשתתפים בבדיקה היו נחושים להבריא. מה שהוגדר על ידי פרופ' דאווס כאלמנט חשוב בתהליך הריפוי, מחלתם של חלק מהמטופלים נעצרה וחלקם לא הבריאו. ההוצאה לטיפול הייתה גבוהה וכוסתה על ידי משרד הביטחון. 
מומחים של חיל הרפואה חקרו את הנושא והגיעו למסקנה שאין בטיפול יתרון. לדעתם אף יש בו סיכון לתפקדו איברים פנימיים בגוף והמליצו שלא לעשות זאת. לא הייתה לכך המשכיות.

==תביעות משפטיות ==
===תובענה ייצוגית של מועדון החתירה===
מועדון החתירה בחיפה מאורגן כעמותה רשומה, ממוקם באזור מוצא הנחל לים הנקי יותר אך עיקר פעילות החתירה הייתה נעשית אל תוך הנחל עצמו. לאחר הפרסומים והגברת המודעות בציבור לנזקים הפוטנציאליים ממי הנחל המזוהמים. נוכחו אנשי המועדון כי חותרים צעירים הפסיקו להצטרף אליו. בשנת 2001 נציג המועדון משרד עו"ד אפרים גלסברג מחיפה הגיש תובענה ייצוגית לבית משפט השלום בחיפה. כנגד 4 חברות שנראו כמזהמים העיקריים חיפה כימיקלים, 'גדות תעשיות ביוכימיה', דשנים וחומרים כימיים ו'פז שמנים וכימיקלים'. על הפרת 'החוק למניעת מפגעים סביבתיים' (תביעות אזרחיות), התשנ"ב 1992 הנתבעים נדרשו: לתקן את המעוות, להקטין את הנזק ולפעול להשבת המצב לקדמותו.

עורכי הדין של הנתבעים טענו שאין לעמותת מועדון החתירה זכות לתבוע ודרשו הסרה על הסף. במקביל הגישו הנתבעים המקוריים הודעת צד גימל ל-24 מפעלים, רשויות והמדינה עצמה. בכך נעשו אלה נתבעים נוספים. השופט שקל וערך מאזן נוחיות כלכלית. הפסקת הזיהום משמעותה הפסקת הייצור והנזק הכלכלי הצפוי מכך היה גדול. ב-29 במרץ 2007 נדחתה התביעה על ידי השופט יעקב וגנר.

המועדון הגיש ערעור לבית המשפט המחוזי בחיפה. בדין ישבו השופט גדעון גינת השופטת שושנה שטמר והשופט ד"ר עדי זרנקין.
ב-24 בספטמבר 2008 החליט בית המשפט המחוזי בהליכי הערעור. בית המשפט מתח ביקורת על התנהלות הנתבעים ובאופן חריג חייב אותם בתשלום הוצאות משפט למועדון השיט.

===עמותת דייגי המכמורת===
בשנת 2001 הגישה עמותת דייגי המכמורת בקישון עתירה מנהלית (ת.א 278/01) כנגד חיפה כימיקלים ובמסגרתה ניתן על ידי בית המשפט המחוזי צו מניעה האוסר על חיפה כימיקלים להזרים מעבר לקבוע בהיתר ההזרמה, ובמקביל בית המשפט הורה לרשות נחל הקישון להגביר את תדירות הדיגומים בסופי השבוע (החלטה מיום 21.11.01).

===תביעת הדייגים החולים ===
כחודש יוני 2000 פורסם בידיעות אחרונות מאמר נוסף על דייגים שעבדו בקישון ומתו מסרטן הדייגים ראו את ההתנהלות מול לוחמי השייטת והסיקו מסקנות הנוגעות לעצמם. החל משנת 2001 ועד שנת 2005 הוגשו שבע תביעות קבוצתיות סך הכל חמישים תובעים נגד המפעלים המזהמים וחיפה כימיקלים בראשם התביעות רוכזו יחד ונידונו בבת משפט בחיפה בפני השופט רון שפירא. במשך הזמן נשרו חלק מהתובעים.

ההגנה במשפט פעלה להרחיב את הנתבעים בטענה כי לקישון היו מזהמים רבים. וכי מי ששלח את הלוחמים לצלול הייתה המדינה. פטר נשיץ עו"ד של חיפה כימיקלים הגיש הודעות צד ג' ורשימת הנתבעים הגיעה לששים. ביום 3 בנובמבר 2013. פרסם השופט שפירא פסק דין מנומק ובו נדחו כל התביעות בפירוט הסיבות לכל אחד מ-50 התובעים. ריכוז החומרים הוא בבוצת הקרקעית ולדייגים לא היה מגע עם הבוצה. מנגד התברר כי התובעים ניהלו אורח חיים שייתכן ופגע בבריאותם. כך עבודה רבה בחשיפה לשמש יוקדת, למנועי דיזל, וכן תופעות של תזונה בלתי בריאה, עישון כבד של סיגריות וחומרים נוספים ושתיית אלכוהול. בהחלט ייתכן כי מציאות עבודה וחיים זו תרמה למחלות בהן לקו חלק מהעוסקים בתחום זה, ובהם התובעים. הציעה לצדדים להגיע לסיכום בנושא הוצאות המשפט אך לא נתקבלה הסכמה.

התובעים שנותרו לא הוכיחו את התשתית העובדתית שנטענה על ידם. חלקם נחשפו בצורה זניחה, חלקם היו דייגים מנמלים אחרים. חלקם לא היו דייגים כלל או שפרשו מהמקצוע לפני שנת 1970.
ביום 5 בינואר 2014 ניתנה החלטה בבית המשפט המחוזי בחיפה תביעת הדייגים נדחתה. הנתבעים דרשו החזר הוצאות משפטיות. התובעים חויבו לשלם למפעלים הנתבעים 4.5 מיליון ₪ הוצאות משפט.

הדייגים שקיוו לפיצוי על בריאותם שהידרדרה חויבו לפצות את הנתבעים. על קבוצה הכוללת 30 תובעים – שהתברר כי פעילותם לא הייתה בנחל הקישון – הוטלו הוצאות בסכום של 137,663 ש"ח כל אחד. על קבוצה המונה 9 תובעים, אשר היה יסוד סביר יותר לתביעתם הוטלו הוצאות בסכום של 50,986 ש"ח כל אחד.

הנתבעים ובראשם חיפה כימיקלים התבקשו על ידי עורכי דין בחיפה ועל ידי שר החקלאות לא לגבות את ההוצאות המשפטיות שנפסקו לטובתם. בתגובתה הודיעה חברת חיפה כימיקלים כי תסכים למחול את החוב אם הדייגים לא יערערו על הפסיקה ובכך יפסקו תשלומיה לעורכי הדין. הדייגים המשיכו וערערו בפועל לא ממשו הנתבעים את גבית הוצאות המשפט מהדייגים.

אגרות משפטיות - חלק מהם פנו וביקשו לפטור אותם מתשלום אגרות משפט. הנושא נידון בפני השופט רון שפירא בבית המשפט המחוזי בחיפה. שיקוליו היו גודל ההוצאות - שעד אז התקיימו כ-225 ישיבות ונכתבו למעלה מ-23,500 דפי פרוטוקול ועוד בכמות הזאת עדויות מקצועיות. היו ב-1 בפברואר 2017 דחה בית המשפט את בקשת הדייגים והם חויבו לשלם אגרות למדינה 290,000 ₪ אגרות - 42,000 ₪ לכל אחת משבע קבוצות התובעים. לדייגים ניתנה ארכה לשקול אם ברצונם להגיש בקשות פרטניות לפטור מהאגרה וקבע כי לא ינקטו הליכי גביה עד 1 באפריל 2017.

===תביעת חיילי צה"ל החולים===
קבוצת לוחמים שחלו בסרטן, וקשרו את מחלתם לזיהום בקישון, הגישו בשנת 2000 על ידי עו"ד משה קפלנסקי, תביעת פיצויים על בריאותם שהידרדרה, כנגד ארבעה גורמים מזהמים: חיפה כימיקלים, איגוד ערים אזור יפה (ביוב), עיריית חיפה ובתי זיקוק לנפט. בשנת 2004 הצטרפו לוחמים נוספים בשלוש קבוצות תביעה דומה. התביעות אוחדו לדיון משפטי אחד.

הגדלת רשימת הנתבעים עו"ד פטר גד נשיץ שייצג את חיפה כימיקלים הרחיב את רשימת הנתבעים בהליך של הודעה לצד שלישי וכלל מפעלים נוספים, קיבוצים, מושבים, רשויות עירוניות, חברות ביטוח ואת מדינת ישראל. הרשימה שנודעה כרשימת נשיץ כללה 50 נתבעים נוספים. 
הדיונים נערכו שנים רבות. התובעים שחשבו כי מגיע להם פיצוי בנוסף למה שקיבלו מהמדינה לפי חוק שיקום נכי צה"ל. נוכחו שעליהם לעמוד בחקירות צולבות. מסקנות ועדת שמגר - שלא היו חד משמעיות - לא היו קבילות בתביעה אזרחית. וכי האמפתיה שגילתה כלפיהם התקשורת והשפיעה בהליכים מול משרד הביטחון משפיעה פחות על בית משפט הדן בתביעה אזרחית.
פרקליטי הנתבעים אספו מידע על כל תובע והציגו כי למרבית הלוחמים התובעים הייתה היסטוריה של חשיפה בשמש ועישון. המדינה שמצאה את עצמה נתבעת אף כי לא ישירות על ידי הלוחמים אלא בעקיפין באמצעות הליך הודעה לצד שלישי. נהייתה מודעות לכך שבתהליך ההכרה בנכות על ידי המדינה יוצרת לנפגע מעמד של תובע פוטנציאלי. מכאן נבעה מוטיבציה להקשות על תהליך ההכרה ולהקטין את כמות התובעים הפוטנציאליים.

פשרה שנדחתה – בחודש יולי 2011 העלה השופט עדי זרנקין הצעת פשרה. במטרה לצמצם הוצאות לשני הצדדים ולחסוך בזמן. הציע השופט כי המפעלים נתבעים ובראשם חיפה כימיקלים ישלמו סכום בין 10 ל-20 מיליון ₪ שיחולקו בין התובעים. צפיות התובעים היו לסכום גבוה יותר והצעת הפשרה נדחתה.

החלטת בית המשפט - ב-17 ביוני 2013 דחה השופט עדי זרנקין בבית המשפט המחוזי בחיפה את תביעות החיילים. בנימוק שלא הוכח הקשר סיבתי משפטי בין הצלילות בנחל ובין המחלות בהן חלו התובעים, או חלק מהם. האמפתיה לתובעים פעלה גם כאן ובשונה מהדייגים הלוחמים לא חויבו לשלם הוצאות משפטיות לנתבעים, ואף לא חויבו באגרות בית המשפט כפי שחויבו הדייגים.

ההחלטה מיום 7 בפברואר 2022: שר הביטחון בני גנץ החליט לאמץ את המלצת ועדת המומחים בראשות רן בשביץ ולהרחיב את ההכרה בנכי צה"ל מקרב הלוחמים שהתאמנו בקישון.

===בית המשפט העליון – כבית דין לערעורים===
לוחמים שהוגדרו כחשופים והדייגים שהוטל עליהם תשלום פיצויים ערערו על הפסיקה ועל החיוב בפיצויים לבית המשפט העליון כבית דין לערעורים. הנתבעים בתביעת הצוללים הגישו ערעור שכנגד על כך שלא נפסקו הוצאות משפט לזכותם.

הרכב שכלל את השופטים יצחק עמית, צבי זילברטל ונעם סולברג, דן בכל הערעורים והערעורים שכנגד. ב-24 בספטמבר 2015 דחה בית המשפט העליון, בהחלטה פה אחד, את תביעות הלוחמים והדייגים נגד המפעלים המזהמים. נפסק כי הוצאות משפטיות - בנושא זה שקל בית המשפט את תביעת הנתבעים לקבל הוצאות מהלוחמים כפי שחויבו הדייגים בבית המשפט המחוזי. פסיקתו הייתה: . משכך, הלוחמים לא נדרשו לשלם הוצאות משפטיות לנתבעים, בעוד שהחלטת בית המשפט המחוזי לחיוב הדייגים נשאר בעינה.

==קבורה והנצחה==
מסלול המכשולים אותו עוברת משפחת חולה מהחשופים לקישון לא מסתיים עם הגדרתו כנכה צה"ל. כאשר אדם כזה שהוכר הולך לעולמו מהמחלה אינו נקבר בבית קברות צבאי אלא בקבורה אזרחית רגילה. לכך יש חריגים:
ד"ר אריק רוזנטל – הקורבן הצעיר ביותר של נחל הקישון, ביקש להיקבר בטקס צבאי מלא. ובקשתו מולאה חלקית כשנקבר בבית העלמין קריית שאול בטקס אזרחי.
רן אדר - כאשר חש בוגר השייטת רס"ן מיל בעל עיטור העוז רן אדר שיום מותו קרב פנה במכתב לשר הביטחון שאול מופז וביקש להיקבר בבית קברות צבאי. בקשתו אושרה והוא נקבר בבית העלמין קריית שאול.

ככלל לוחמים שהוכרו כחשופים לקישון שנפטרו ממחלתם לאחר השירות הצבאי אינם מוזכרים ביד לחללי חיל הים בגן אלישבע באשדוד וגם לא באתר ההנצחה לחללי שייטת 13 בבסיס היחידה. פעילות בני המשפחה לכלול את יקיריהם במצבות ההנצחה הושבו עד עתה ריקם.

הפורום לישראל ירוקה: בעקבות האובדן, ומתוך הבנה שחלק ניכר מהזיהום והפגיעה בסביבה במדינת ישראל מתבצע על ידי תאגידי ענק ממניעים כלכליים, והיעדר הטיפול והאכיפה האפקטיבית כנגד הפגיעה בסביבה הכוללת השחתה של מרחבים ומשאבים רבים בישראל, הוקמה עמותת 'הפורום לישראל ירוקה' במטרה לתעד, לחשוף ולפעול נגד גורמים עסקיים הפוגעים בסביבה.

==מצב הנחל משתפר==

מעגנת שביט מלאה בסירות פרטיות היוצאות ממנה להפלגות בים. לאורך הנחל הוקם פארק ואנשים מגיעים לבקר בו. מועדון החתירה, שהיה מראשוני התובעים לשיפור, ממשיך את פעילותו והחותרים נכנסים לתוך הנחל שהורחב והועמק. באביב 2014 נערכה בו תחרות חתירה ארצית בהשתתפות מועדונים אחרים.

השיפור באיכות מי הקישון הביא לחידוש חיים בו. מיני דגים חזרו לבקר ולהתרבות באזור. הבוצה בקרקעית רעילה ביותר ודגים הגדלים בקישון סופגים לגופם את הרעל. איסור הדיג בנמל הקישון שהוטל עוד בשנות ה-50 נמצא בתוקף וחודש. אך יש דייגים עבריינים הפורשים רשתות בשעות הלילה ומביאים את דגים למכירה. איגוד הדייגים שולל את התופעות הללו הגורמות נזק לענף כולו. פקחי הדיג מדווחים והמשטרה נכנסת לפעולה.

פינוי אל הנחל - ההשקעה והפיקוח לאורך השנים נשאו פרי. שפיכת חומר אל הנחל מוגדרת כהטלה לים ומחייבת אישור המשרד להגנת הסביבה. לחמישה מפעלים יש אישורי הטלה מתחדשים: ל'בתי הזיקוק לנפט', 'כרמל אולפינים', 'חיפה כימיקלים', 'גדות ביוכימיה' ו'דשנים וחומרים כימיים'.

==גלריה==
<gallery mode="packed" heights="170px">
קובץ:ABMFisheryControl2.jpg|מניעת דיג בלתי חוקי. ד"ר עוז גופמן מאגף הדייג בעזרת פקח רשות נחל הקישון מוציאים רשת דייגים גדולה מערוץ נחל קישון, 23 באוקטובר 2011.
קובץ:KishonPortandRiver 07.jpg|תעלת הכניסה למעגן – "מים עמוקים סכנת טביעה"
קובץ:KishonPortandRiver 03.jpg|חוף הנחל חזר להיות ירוק טבעי.
File:KishonPortandRiver 01.jpg|גשר ביילי בתקופה טובה יותר.
קובץ:KishonPortandRiver 06.jpg|מתחת לגשר 'ביילי' הישן שאינו בשימוש
קובץ:KishonPortandRiver 02.jpg|מבט מהמרינה אל רציף הדיג בשלט: 'הדיג אסור'.
קובץ:KishonPortandRiver 04.jpg|כניסה לנחל ממעגן שביט.
קובץ:KishonPortandRiver 05.jpg|מראה מהגשר הישן לכיוון מזרח.
</gallery>

==קביעת תקן לצלילות==
על מנת שהפרשה לא תחזור מינה מנכ"ל משרד הביטחון ב-2 באוגוסט 2001, את תא"ל ד"ר גיורא מרטונוביץ' לעמוד בראש ועדה רב תחומית שתקבע תקן לצלילה במים במקומות השונים. וזאת בהתאם להמלצת הביניים של ועדת שמגר בראש הוועדה עמד כנציג משרד הביטחון שהמשיך בתפקידו גם כאשר סיים תפקיד של קצין רפואה ראשי. חברים בוועדה היו זאב פיש - מפקח ארצי לבריאות הסביבה במשרד הבריאות, רני עמיר – ראש אגף ים וחופים, המשרד להגנת הסביבה. פרופ' ברק חרות – מנהל המכון לחקר ימים ואגמים. הפעילות לוותה על ידי היועצים המשפטיים של חיל הרפואה: סא"ל תמיר מוריץ, סא"ל אשר הלפרין וסא"ל תמר תבורי. מזכירת הוועדה הייתה סרן לבנת אדרי-קוסקס. הרכב הוועדה התקבל על דעתו של השופט שמגר.
מולם בצה"ל היה עוזר ראש אג"ם אלוף דן הראל וראש מספן הים בחיל הים אלוף דוד בן בעש"ט. כעזרה מקצועית הוקמה ועדת מומחים מייעצת בראשותו של פרופסור יונה אמיתי וכללה את: ד"ר שלמה אלמוג פרופ' מתי ליפשיץ, ד"ר אשר פרדו וד"ר מריו סקולסקי, מומחים בתחומי חקר הסרטן.

הוועדה נדרשה לגבש קווים מחייבים לצוללי חיל הים. החלה לפעול במקביל לועדת שמגר והחלה לבדוק את כל האזורים בהם עשויה להידרש צלילה למעט תחום נחל ונמל הקישון שבו עסקה ועדת שמגר. היות שלא נמצא תקן דומה בעולם המערבי היווה תקן מי השתייה את הבסיס לתקן הצלילה.
לאחר עשרות ישיבות והצגת מסקנות ביניים בפני מומחים נוספים גובש התקן והנוהלים.
המכון לחקר ימים ואגמים יחד עם חיל הים ערכו לקיום כ-150 חומרים מסוכנים, ב-150 נקודות נמלים אגמים נחלים ומקוי מים ברחבי הארץ. לא כולל נחל ונמל הקישון שבהם הייתה קביעה של ועדת שמגר שלא צוללים בו. דו"ח הוועדה הוגש באוגוסט 2011 למנכ"ל משרד הביטחון, מפקד חיל הים וקצין הרפואה הראשי. מערכת המדידות מתקיימת ומופקת מפה גמישה ומעודכנת המסמנת משטר הצלילה האפשרי בכל מקומות הצלילה.

==משתתפים בפרשה==
מספר המעורבים בפרשה גדול מאוד. ברשימת החשופים שהוגשה לועדת שמגר היו 10,039 חיילים. מתוכם הגיעו לבדיקות הראשוניות כ-3000 ובין הנבדקים נתגלו 19 חולים. על אף המשתמע מסיכום ועדת שמגר כי בעתיד יש צורך לעשות בדיקה סטטיסטית כפי שנעשתה במהלך דיוני הוועדה עד עתה לא נעשתה או לא פורסמה בדיקה כזאת.

חולים - לוחמים חולים שהחלו את התהליך בשנת 2000 היו כ-107. בבדיקות שנערכו לפי דרישת הוועדה נתגלו 19 חולים נוספים. בשנת 2008 היו 500 חולים. מידע עדכני כמה מתוך אוכלוסיית החשופים חלו כמה מתוכם הוכרו כנכי צה"ל וכמה נפטרו ממחלתם מצוי במשרד הביטחון אך עדיין לא הובא לידיעת הציבור.

נבדקים בבדיקות סקר שנתיות – עריכת בדיקות סקר על ידי משרד הביטחון היוותה חלק משמעותי מתוצאות ועדת שמגר. קיימת סבירות שחלק מהחולים יבריאו אם המחלה תאותר בזמן ויחלו בטיפול מוקדם. כ-4000 איש מוזמנים לבדיקות סקר רפואיות על חשבון משרד הביטחון. משנת 2003 עד 2009 ביצעה קופת חולים מכבי את בדיקות הסקר. מאז שנת 2010 מבצעת חברת 'מדיטון' את הבדיקות.

תביעות - חמישים דייגים תבעו את המפעלים חלקם נשרו במשך הזמן ונותרו 39. לוחמים שתבעו את המפעלים בארבע קבוצות. בתביעות בערעורים הועסקו עשרות עורכי דין.

===רשימת המעורבים===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" border="1" align="center""
|+
|-
! תאר ושם !! תפקיד !!פעילות 
|-
|עו"ד דורית אלימלך אבן||מייצגת משפטית||מייצגת חולים ומשפחות מול מנהלת הקישון.
|-
|ד"ר שלמה אלמוג||מנהל המעבדה לטוקסיקולוגיה בבי"ח שיבא ||עמית ליו"ר הוועדה המיעצת לקביעת תקן הצלילה בחיל הים
|-
|ד"ר יוסף אלקלעי||מומחה למחלות עור ומין||חבר ועדת המומחים ינואר 2013.
|-
|פרופ' יונה אמיתי||נשיא החברה הישראלית לטוקסיקולוגיה ||יו"ר הוועדה המייעצת לוועדה הבין משרדית לקביעת תקן הצלילה
|-
| אליה אשל|| עוזר ראש מטה שר הביטחון|| ליישב את הסתירה בדברי ברק והודיע שמקבלים את מסקנות ועדת שני.
|-
|עו"ד אחז בן-ארי||יועץ משפטי למערכת הביטחון||
|-
|ד"ר סמדר בן-אשר||פסיכולוגית אלמנת הלוחם יואל בן-אשר||חקרה את הפרשה וכתבה עליה.
|-
|פרופ' ג'ק בניאל||מומחה לכירורגיה אורולוגית|| חבר ועדת המומחים ינואר 2013.

|-
|סא"ל אהרון בן-יוסף||מפקד שייטת 13||שירת עד תחילת 1967 חלה ונפטר בשנת 1977 הוכר כחלל צה"ל נפגע ממימי הקישון.
|-
|ד"ר מיכה ברחנא||ראש היחידה לרישום סרטן במשרד הבריאות||השתתף בוועדת הבדיקה שהקים קצין רפואה ראשי.
|-
|אהוד ברק||שר הביטחון||הודיע שמקבל את המלצות ועדת שמגר וועדת שני בהתעלם מהסתירה ביניהם.
|-
|ד"ר עוז גופמן||מפקח בענף הדייג||מומחה ביולוגיה של דגים
|-

|גדעון גינת ||סגן נשיא בית המשפט המחוזי בחיפה||דן בערעור מועדון החתירה
|-
|אפרים גלסברג||משרד עו"ד מחיפה||הגיש את תביעת מועדון החתירה. נמנע מלהגיש את תביעת הדייגים.
|-
| עמי דבש||אך של בנימין דבש שהוכר כנפגע הקישון || מקיים דרישה להשלמת ההכרה בנפגעי הקישון וציון שמם במצבת הזיכרון.
|-
|גב' יהודית דויטש || ראש היחידה לתביעות וקביעת זכאות באגף השיקום|| חברה בוועדת שני.
|-
|השופט יצחק דר||בית המשפט המחוזי בחיפה||דן בתביעת הנזיקין של הדייגים.
|-
|השופט יעקב וגנר||בית משפט השלום בחיפה||דן בתובענה ייצוגית של מועדון החתירה ודחה אותה
|-
|פרופ' מאיר וילצ'ק ||ממכון ויצמן למדע - חבר ועדת בירור||הגיע למסקנה שאין קשר ישיר בין הזיהום למחלות המשתמשים.
|-
|צבי זילברטל||שופט בית המשפט העליון||דן בערעור הלוחמים נגד המפעלים, צלל בעצמו כשעבר קורס צלילה בחיל הים.
|-
| ד"ר עדי זרנקין||שופט בית המשפט המחוזי בחיפה|| דן בערעור מועדון החתירה
|-
|ד"ר ישראל טרייבר||קצין רפואה חיל הים || ב-1989 פירט את הנזקים העשויים להיגרם ודרש הפסקת הצלילות בקישון.
|-
|סיגל וארז יער|| עורכי דין ||מתמחים בסיוע לנכי צה”ל ומערכת הביטחון
|-
|אלוף ידידיה יערי||מפקד חיל הים|| קיבל את מסקנות הוועדה והחלטת הרמטכ"ל יזם בדיקת מי שאר הנמלים.
|-
|ד"ר חיים כהן||מומחה לרפואה תעסוקתית|| חבר ועדת המומחים ינואר 2013.
|-
|עו"ד איתן לדרר||סגן פרקליט המחוז||ייצג את המדינה בתביעת הצוללים. השתתף בוועדת הבדיקה.
|-
|ד"ר חזי לוי|| קצין רפואה ראשי 2003 - 2005||בתקופת ועדת שמגר ארגן את הבדיקות הראשוניות.
|-
|גב' אריקה לזר||ראש תחום תביעות באגף השיקום במשרד הביטחון ||ממיינת תביעות להכרה.
|-
|סא"ל רפי ליבנה||נפטר ממחלת הסרט בגיל 49 ||כתב שהסיבה מהקישון.
|-
|פרופ' שי לין||אפידמיולוג||נתן חוות דעת בתמיכה לתביעת הדייגים.
|-
|השופט מיכאל לינדנשטראוס|| בית המשפט המחוזי בחיפה||דן בתביעת הנזיקין של הדייגים
|-
|שורש לרר||מנכ"ל רשות הנמלים והרכבות1993–1997||פיתח את מעגנת שביט והכניס מקום לכלי שיט רבים בקישון.
|-
|שמחה מגל||לוחם שייטת 13 ||לאחר שחרורו עסק בצלילה אזרחית בקישון הנפטר הראשון.
|-
|רב-אלוף שאול מופז||כרמטכ"ל ושר ביטחון||מינה את ועדת שמגר החליט לקבל את דעת המיעוט, ומאוחר יותר כשר ביטחון הכיר באחריות המדינה לנפגעים.
|-
|עו"ד הלן מור|| יועצת משפטית של אגף השיקום ||חברים נוספים בוועדת שני.
|-
|ניר יחיאל מלחי||מאסטר באמנויות הלחימה||לוחם שייטת ומקים 'המרכז הישראלי לטאי צ'י' חלה בסרטן.
|-
|ד"ר יהודה מלמד||רופא צלילה חיל הים||העיד בועדת שמגר ומשוכנע שאין קשר סיבתי בין הרעלים בקישון ומחלות הנפגעים.
|-
|תא"ל ד"ר גיורא מרטונוביץ'||קצין רפואה ראשי 1999–2003||מעורב בבדיקות משמעויות הזיהום בנחל ובנמלים.
|-
|סא"ל ד"ר שלמה משה||ראש ענף בריאות הצבא בחיל הרפואה||השתתף בוועדת הבדיקה שהקים קצין רפואה ראשי.
|-
|פרופ' יהודית נאות||שרה לאיכות הסביבה ||הורתה לחפש פתרון חלופה לצינור השפיכה לים.
|-
|ד"ר יהלום ניוטון||ראש מנהלת הקישון במשרד הביטחון||מנהל את בדיקות הסקר השנתיות
|-
|שרון נסים||מנהלת רשות נחל הקישון||מפקחת על מניעת הזיהום
|-
|פטר גד נשיץ||עו"ד מייצג את חיפה כימיקלים||הרחיב את רשימת הנתבעים ל-50 נוספים והצליח לגרום לתביעות להידחות.
|-
|סא"ל אלי סורסקי||מפקד גדוד הנדסה 605||נפטר ממחלת הסרטן
|-
|עו"ד רחל סטוביצקי||המשנה ליועץ המשפטי למערכת הביטחון||הוציאה את מסמך הקריטריונים בספטמבר 2003.
|-
|השופט יצחק עמית||בי"מ מחוזי בחיפה ובעליון||דן בתביעת הנזיקין של הדייגים. ובערעור הלוחמים החשופים
|-
|עו"ד אליעזר פיכמן|| הגיש את תביעת הדייגים ונפטר במהלך הדיונים|| לאחר מותו עו"ד אבנר אמוראי.
|-
|עו"ד מנחם פינקלשטיין||הפרקליט הצבאי הראשי||תיאם את הסרת תביעת הנפגעים והמרה לועדת שמגר
|-
|אלכס קושניר ||מנהל רשות המים|| טרם נתן אישור להשבת המים המטוהרים לנחל הקישון.
|-
|פרופ' רפאל קטן||מומחה למחלות אונקולוגיות|| חבר ועדת המומחים ינואר 2013.
|-
|פרופ' ברוך קימור|| מחלוצי חקר הימים והאגמים בישראל||עריכת סקר תברואה של נחל הקישון ויובליו עבור משרד הבריאות.
|-
|פרופ' ליטל קינן בוקר|| מומחית לאפידמיולוגיה של סרטן באוניברסיטת חיפה || חברה בוועדת שני.
|-
|עו"ד משה קפלנסקי||ייצג את הלוחמים החולים ||בתביעה נגד המפעלים.
|-
|רוברט ראובן||מנהל מחוז חיפה במשרד להגנת הסביבה||בתקופת שנות ה-2000
|-
|משה רבה||ראש ארגון הדייגים ||.
|-
| ד"ר אריה רוזנטל ||לוחם שייטת שנפטר מסרטן|| הקורבן הצעיר ביותר של נחל הקישון, החל לצלול בשנת 1989.
|-
|יהודה רותם||מותיקי הדיג ומנהל צים בעבר||מרכז פרויקט בניית מרינה שביט.
|-
|פרופ' יוסף ריבק||בריאות תעסוקתית||השתתף בוועדת הבדיקה שהקים קצין רפואה ראשי.
|-
| ד"ר גד רנרט, ||מנהל המחלקה לאפידמיולוגיה בבית החולים כרמל - חבר ועדת בירור ||הגיע למסקנה שאין קשר ישיר בין הזיהום למחלות המשתמשים.
|-
|משה שביט||מנהל אגף הדיג 1953 - 1964||הקים את מעגן הדיג ועל שמו מעגנת שביט.
|-
|פרופ' תמי שוחט|| מנהלת המרכז הלאומי לבקרת מחלות || חברה בוועדת שני.
|-
|ד"ר יהודית שחם||מומחית לרפואה תעסוקתית||השתתפה בוועדת הבדיקה של קצין רפואה ראשי.
|-
| שושנה שטמר||שופטת בית המשפט המחוזי בחיפה|| דנה בערעור מועדון החתירה
|-
|השופט מאיר שמגר||יו"ר ועדת בירור ||מסקנות לשר הביטחון בדעת מיעוט שיש להכיר בחולים כנפגעי צה"ל.
|-
|פרופ' עדי שני||אונקולוג ||יו"ר ועדה לבדיקת יישום המלצות ועדת שמגר ומסר דו"ח למנכ"ל משרד הביטחון
|-
|אלוף (מיל) אהוד שני||מנכ"ל משרד הביטחון||הקים ועדה לבחינת יישום דו"ח ועדת שמגר. ביולי 2009
|-
|ד"ר סורין שפירא|| ראש מנהלת הקישון במשרד הביטחון||שימש בתפקידו עד שנת 2010.
|-
|רון שפירא||שופט בית משפט המחוזי בחיפה||דחה את תביעת הדייגים
|-
|יגאל שץ||מנהל נמל הדיג ומעגנת שביט||בקיא בנושא הקישון וצולל מים רדודים בעצמו.
|-
| יובל תמיר||קצין ומפקד בית הספר בילת"ם ||מעורר קבוצת הנפגעים שניצח את מחלת הסרטן
|-
|}

==לוח אירועים==
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" border="1" align="center""
|+
|-
! תאריך !! מקום או גוף מבצע !!תיאור האירוע ו תוצאות
|-
|1953||הקמת סכר לאגירת המים באגם מלאכותי||הופסקה הזרימה הטבעית בנחל.
|-
|1953||הקמת מפעלים כימיים במפרץ חיפה||תמותה של החי והצומח בנחל הקישון.
|-
|1958||נחל הקישון||הקמת מעגן הדיג בקישון
|-
|28 בספטמבר 1975||איגוד ערים אזור חיפה [ביוב]||סקר ראשוני מניעת זיהום הקישון בשופכי תעשייה על ידי בלשה –ילון מהנדסים יועצים.
|-
|1980||קורס חובלים||לאחר מגפת הקאות ושלשולים מועברת סדרת הימאות הפותחת את קורס החובלים מנמל הקישון לחוף הארגמן בעכו.
|-
|אוגוסט 1985||בסיס ילת"ם||לאחר כוויה של צולל מחליט מפקד היחידה על הפסקת צלילות ילת"ם בקישון.
|-
|1989||שייטת 13||מכתב מד"ר ישראל טרייבר וסיכום דיון הוראה שצלילות בקישון יעשו רק באישור מפקד השייטת.
|-
|1992||ילת"ם||מפקד ילת"ם יוסי דר מפסיק את צלילות ילת"ם בקישון בעקבות צריבה שקיבל צולל מילואים בעת בדיקת אונית כימיקלים.
|-
|1994||רשות נחל קישון||הקמת רשות נחל הקישון במטרה לשקם את נחל הקישון ויובליו.
|-
|1995||רשות הנמלים||ניהול מעגן הדיג ובנית מרינה 'שביט'
|-
|25 בנובמבר 1996||בית המשפט בחיפה||הסכם פשרה בין חיפה כימיקלים לאדם טבע ודין ושש חברות המפעילות ספינות דיג.
|-
|26 במאי 2000||ידיעות אחרונות||מתפרסמת כתבת תחקיר "צלילה ממארת" קשר בין צלילות בקישון לתחלואה בסרטן.
|-
|15 ביוני 2000||מפקדת חיל הים||חקירה פנימית בחיל הים קובעת שאין קשר בין הצלילות לתחלואה בסרטן.
|-
|18 ביוני 2000||בג"ץ||קבוצת צוללים יובל תמיר, עותרת לבית המשפט העליון, להוציא את החקירה מצה"ל לגורם חיצוני.
|-
|27 ביוני 2000|| ידיעות אחרונות||כתבה הדייגים שעבדו בקישון מתו מסרטן
|-
|24 ביולי 2000||המטכ"ל בתל אביב||הרמטכ"ל שאול מופז ממנה ועדה לחקור באם יש במי הקישון חמרים מסוכנים ויש קשר סיבתי בין מצב המים לתחלואה.
|-
|1 באוגוסט 2000||ועדת שמגר ||ועדת החקירה מתחילה בפעולתה.
|-
|27 באוגוסט 2000||בית המשפט השלום בחיפה||תביעת נזיקין מפעילי ה'כרמלית'.
|-
|ב-30 בדצמבר 2000|| מרחביה (קיבוץ)||מפגש הורי לוחמים בשייטת 13 עם מפקד חיל הים ידידיה יערי הסיכום "כולם ייבדקו"
|-
|21 בינואר 2001||ועדת שמגר||דו"ח ביניים הוועדה מציעה למשרד הביטחון לטפל בלוחמים שחלו ולקיים בדיקות רפואיות למי שבאו במגע עם מי הקישון
|-
|2001||בית משפט השלום בחיפה||עמותת מועדון החתירה מגישה תובענה ייצוגית נגד מפעלים בדרישה להחזיר את המצב לקדמותו.
|-
|14 ביוני 2001||משרד הביטחון||שר הביטחון בנימין בן-אליעזר חותם על צו המכיר בלוחמי שייטת 13, יחידה 707 וגדוד הצליחה שנפטרו מסרטן כחללי צה"ל, מבלי להודות באחריות.
|-
|27 ביולי 2001||ועדת שמגר||דו"ח ביניים הממליץ שמשרד הביטחון יקבל עליו את האחריות לטיפול רפואי בלוחמים שחלו בסרטן, לפני הגשת מסקנות סופיות.
|-
|2 באוגוסט 2001||משרד הביטחון||מינוי ועדה הבינמשרדית לקביעת תקן לצלילה עבור צוללי חיל הים
|-
|6 בספטמבר 2001||בית המשפט השלום||תביעת נזיקין של 68 בעלי סירות דיג.
|-
|21 בנובמבר 2001||בית המשפט המחוזי חיפה||החלטה בתביעת דייגי המכמורת נגד חיפה כימיקלים ורשות נחל קישון. להפסיק לאלתר הטלת שפכים לנחל קישון.
|-
|24 בפברואר 2002||ישיבת ממשלה||אישור המלצות ביניים של ועדת שמגר
|-
|30 במרץ 2003||ועדת שמגר||הגשת הדו"ח הסופי: דעת היו"ר יש קשר סיבתי, דעת שני חברי הוועדה גרסה כי לא הוכח שהזיהום הביא לתחלואה עודפת.
|-
|27 באפריל 2003 ||בישיבת הממשלה||שר הביטחון מופז בהחלטה ערכית קיבל את דעת המיעוט של יו"ר הוועדה וקבע 
|-
|18 בספטמבר 2003||משרד הביטחון||קביעת הקריטריונים להכרה בחשופים למי הקישון שחלו בסרטן כנכי צה"ל
|-
| 28 בינואר 2004||משרד הביטחון||הכללת אנשי גדוד הצליחה כחשופים מוכרים.
|-
|2006||בית המשפט המחוזי בחיפה||הסכם פשרה בתביעת נזיקין של הדייגים ובעלי סירת התיור 'כרמלית'.
|-
|29 במרץ 2007 ||בית משפט השלום בחיפה||השופט יעקב וגנר דוחה את תביעת מועדון החתירה.
|-

|26 בדצמבר 2007||הוועדה הבין משרדית ליישום המלצות ועדת שמגר||התירה לצופי ים לחזור לפעילות מבסיסם במוצא הקישון, בהגבלות מסוימות.
|-
|24 בספטמבר 2008||בית המשפט המחוזי בחיפה||דחיית ערעור מועדון החתירה
|-
|1 ביוני 2010||משרד הביטחון||דו"ח ועדת פרופ עדי שני לבדיקת יישום ועדת שמגר.
|-
|12 ביולי 2010||שר הביטחון אהוד ברק|| הודיע כי יישם את המלצות ועדת שמגר וועדת שני.
|-
|אוגוסט 2011||משרד הביטחון|| דו"ח הוועדה הבינמשרדית לקביעת תקן לצלילה עבור צוללי חיל הים.
|-
|מרץ 2012||משרד הביטחון||הקמת ועדת מומחים לבקשת אגף השיקום לבדיקת הקשר בין מי הקישון למחלות סרטן שונות.
|-
|מאי 2012 ||הכרה במחלת פרקינסון||בית המשפט הכיר בקשר בין צלילה בקישון לבין מחלת פרקינסון.
|-
|ינואר 2013||משרד הביטחון||דו"ח מסכם ועדת המומחים.
|-
| 17 ביוני 2013||בית המשפט המחוזי בחיפה|| השופט זרנקין דחה את תביעת הלוחמים החולים לפיצויים.
|-
|3 בנובמבר 2013||בית המשפט המחוזי בחיפה||השופט ר שפירא דוחה את תביעות 50הדייגים.
|-
|5 בינואר 2014||בית המשפט המחוזי בחיפה||חיוב הדייגים בהוצאות משפט לתובעים.
|-
|דצמבר 2014||משרד הביטחון||ועדת מומחים בוחנת מחדש מחלות שהוחרגו ולא הוכרו כנובעות מחשיפה למימי הקישון. תהליך החקיקה לא הסתיים.
|-
|24 בספטמבר 2015||בית המשפט העליון בירושלים||בהרכב עמית, זילברטל וסולברג, דחה את תביעות הלוחמים והדייגים נגד המפעלים המזהמים. אך ביטל את חיוב הדייגים בהוצאות משפט.
|-
|1 בפברואר 2017.||בית המשפט המחוזי בחיפה||השופט רון שפירא דחה את בקשת הדייגים לפטור מתשלום הוצאות משפט שנפסקו.
|-
|}
== בתרבות ==
* בעונה השישית של סדרת הסאטירה "היהודים באים" שודר שיר פרודי על השיר של להקת חיל הים, אנשי הדממה. השיר, הנקרא "אנשי הצפרדע", מתייחס להתעלמות המערכת הצה"לית מחיילי צה"ל שנפגעו במהלך שירותם, בהם פרשת הקישון.

==מקורות והסברים==
===ראו גם===

===ספרים וסרטים===
* סמדר בן-אשר, פרשת הקישון צלול ועכור, הוצאת הקיבוץ המאוחד, מכון מופ"ת, 2015.
* שחר סגל, ענת טלשיר, צדוק יחזקאלי אנשי הדממה ראיונות עם הנפגעים וקטעים מעדויות בועדת שמגר שודר לראשונה בערוץ 2 ב-20 בנובמבר 2001.
* עומר ברקמן, אמנות הלחימה "שיחות עם מאסטר ניר מלחי", הוצאת אסיה, 2016.
* אהוד גורן, [https://www.youtube.com/watch?v=YYBBJOCrDm8&feature=youtu.be הקרב האחרון של לוחמי הקישון] 30 ביולי 2018.

===נתונים ומחקרים ===
* פרופ ברוך קימור, סקר תברואה של נחל הקישון ויובליו עבור לשכת הבריאות המחוזית חיפה, 1972.
* בלשה–ילון מהנדסים יועצים, מניעת זיהום הקישון בשופכי תעשייה סקר ראשוני בהזמנת 'איגוד ערים אזור חיפה [ביוב]', ספטמבר 1975.
*רחל סטוביצקי, דו"ח הקישון –קריטריונים, אגף היועץ המשפטי למערכת הביטחון, 18 בספטמבר 2003.
* יאיר סקלסקי [http://www.ismal.co.il/imgs/uploads/refua-umishpat-29-144.pdf תמצית מסקנות ועדת החקירה בעניין נחל הקישון] 'רפואה ומשפט' גיליון 29 נובמבר 2003.
* פרופסור דורון מנשה [https://web.archive.org/web/20160925185957/http://weblaw.haifa.ac.il/he/Journals/lawatch1/lawatchF/2004a_shamgar.htm דוח ועדת החקירה בעניין ההשלכות הבריאותיות של פעולות צבאיות בנחל הקישון - הערה ביקורתית] באתר הפקולטה למשפטים של אוניברסיטת חיפה
* אורי טל, [http://www.knesset.gov.il/mmm/data/pdf/m01958.pdf נחל הקישון: מצב המחקר וחידוש הפעילות] מרכז המחקר והמידע של הכנסת, 7 בינואר 2008.
* רשימות לוחמים ובוגרי קורס צוללים בשייטת, וביחידה 707 בשנים 1948 - 1994, שייטת 13, 1995, טרם שוחרר לפרסום.
* רשות נחל הקישון, [http://kishon.org.il/תקציר-תכנית-האב-2/ תוכנית אב לשיקום נחל הקישון] באתר הרשות.
* רשות נחל הקישון, [http://kishon.org.il/wp-content/uploads/2015/05/------------------5--------------------------------------95-99.pdf דו"ח מסכם לחמש השנים הראשונות 1995 - 1999] באתר הרשות.*פרופ' עדי שני, ועדה לבחינת יישום דו"ח ועדת שמגר –המלצות 1 ביוני 2010.
* תא"ל ד"ר גיורא מרטונוביץ', סיכום והמלצות של הוועדה הבינמשרדית לקביעת תקן לצלילה עבור צוללי חיל הים, אוגוסט 2011.
* אלקלעי, בניאל, כהן וקטן, ועדת מומחים לבחינת הקשר הסביבתי האפשרי בין חשיפת צוללים למי הקישון ובין מספר מחלות סרטן ינואר 2013.
* רשות נחל הקישון [http://kishon.org.il/wp-content/uploads/2015/08/doh.pdf דו"ח מסכם שנת 2014] באתר הרשות.
*[https://web.archive.org/web/20170309141251/http://www.israports.co.il/PropertyManage/shavit/about/Pages/AboutMarina.aspx מרינה ומעגן הדיג "שביט"] באתר חברת נמלי ישראל.
* סמדר בן-אשר, א' בן עטר, [https://web.archive.org/web/20161108170400/http://bsmadar.co.il/articles/Kishon/Kishon_doc12.pdf בין סולידריות לניכור בסיקורה של העיתונות המקומית את מאבקם של דייגי הקישון.] בתוך: אפרת שהם ושלומי דורון (עורכים) בין נראות יתר לשקיפות, היחס ל"אחר" בחברה הישראלית. הוצאת המכללה האקדמית אשקלון ומוסד ביאליק, ירושלים 2016. עמ' 68 - 95
* [http://www.rnkishon.co.il/פרויקט-ניקוי-קרקעית-הקישון הפרויקט הלאומי לניקוי קרקעית הקישון ושיקום הנחל], באתר רשות ניקוז ונחלים קישון
<div style="direction: ltr;">
* Tal GolanThe Kishon Affair: Science, Law, and Politics of Causation University of California, San Diego 2010.
</div>

===היתרים===
מאז שנת 1999 הטלת שפכים לנחל הקישון נעשית בבקרה של המשרד להגנת הסביבה בנוהל של היתר ובקורת כמו בהטלת פסולת לים. היתרים שבתוקף בעת האחרונה.
*המשרד לאיכות הסביבה, [http://www.sviva.gov.il/InfoServices/ReservoirInfo/doclib3/2014/33-2014/33-2014-bzh.pdf היתר הזרמת שפכים לבתי הזיקוק לנפט חיפה.] 30 ביוני 2014
*המשרד לאיכות הסביבה [http://www.sviva.gov.il/InfoServices/ReservoirInfo/doclib3/2014/32-2014/32-2014%20carmel-olfinim.pdf כרמל אולפינים - היתר הזרמה לים] דרך נחל קישון, 24 באפריל 2014.
*המשרד לאיכות הסביבה, [http://www.sviva.gov.il/InfoServices/ReservoirInfo/doclib3/2015/29-2015/29-2015-hc.pdf "חיפה כימיקלים" –היתר הזרמה לים] דרך נחל קישון, 21 באפריל 2015.
*המשרד לאיכות הסביבה, [http://www.sviva.gov.il/InfoServices/ReservoirInfo/doclib3/2015/25-2015/25-2015-gbi.pdf גדות ביוכימיה – היתר להזרמת תמלחות תעשיות לים] דרל נחל קישון, 29 באוקטובר 2015.
*המשרד לאיכות הסביבה, [http://www.sviva.gov.il/InfoServices/ReservoirInfo/doclib3/2015/40-2015/40-2015%20deshanim.pdf דשנים וחומרים כימיים בע"מ –היתר הזרמה לים] דרך נחל קישון, 14 באוקטובר 2015.

=== תביעות ופסקי דין===
* 
* מ, לינדנשטראוס, ', דר ויוסף עמית [http://www.glazberg.com/wp-content/uploads/TortLaw_Judgment_1.pdf החלטה בתביעת דייגי המכמורת נגד חיפה כימיקלים ורשות נחל קישון], בית המשפט המחוזי בחיפה, 21 בנובמבר 2001.
*עו"ד דורית אלימלך, עתירה לבית המשפט העליון, 6044/08 שנת 2008.
* השופט ד"ר עדי זרנקין [http://www.haaretz.co.il/st/inter/Hheb/images/psakdinkishon.doc פסק דין בתיק אזרחי 972/00 מיכאל עצמון ואחרים נגד חיפה כימיקלים ואחרים] 17 ביוני 2013.
* השופט ר. שפירא פסק דין בתביעת הדייגים - תיק אזרחי חיפה 732/01 לוי תולי ו-49 אחרים נגד חיפה כימיקלים בע"ם ו-60 אחרים - 3 בנובמבר 2013.
* השופט יצחק עמית בית המשפט העליון פסק דין – דחיית ערעור לוחמי השייטת, ע"א 6102/13 וערעור שכנגד ע"א 2880/14 24 בספטמבר 2015.
*השופט רון שפירא, החלטה בעניין בקשת הדייגים לפטור מתשלום הוצאות משפט 1 בפברואר 2017.

===מאמרים קישורים וכתבות===
* 
* 
* 
* ד"ר דוד מנקוטה וד"ר שלמה משה, [https://beingalim.files.wordpress.com/2021/02/2001-10-bg.pdf צלילה בטוחה - לקחי פרשת הקישון], "בין גלים" גיליון 1 אוקטובר 2001 עמ' 42.
* 
* 
* צדוק יחזקאלי וענת טל שיר פתאום כל העולם צלל בקישון –ריאיון עם מפקד חיל הים אלוף ידידיה יערי, ידיעות אחרונות, 2 במאי 2003.
* 
* עידו לאור, [https://beingalim.files.wordpress.com/2021/02/2005-9-bg-9.pdf נהרות בישראל - הקישון במגמת שיפור, הירקון יהיה נקי], "בין גלים", 9 ספטמבר 2005 עמ' 82.
* 
* 
* 
* בת משפחה נפגעת, [http://www.tapuz.co.il/blogs/viewentry/2208996 אנשי הצפרדע,אנשי הדממה-נפתח הפה] 7 בדצמבר 2011.
* צפריר רינת, הפרויקט לטיהור הקישון מתחיל, המימון טרם הובטח, הארץ 17 בינואר 2012.
* 
* איתי טרילניק, פורסם המכרז להטיית נחל קישון, הארץ, 6 ביוני 2012.
* 
* 
* רן אדליסט פרשת צוללני הקישון, מעריב, 21 ביוני 2013.
* חדיד רשי, [http://www.mynet.co.il/articles/0,7340,L-4396757,00.html חשש: דגים רעילים מהקישון נמכרים בשווקים] ידיעות חיפה 26 ביוני 2013.
* צפריר רינת, בוצה עם אורניום עלולה לסכן נופשים בפארק הארץ, 6 בפברואר 2014.
* ערוץ הכנסת, [https://www.youtube.com/watch?v=muTHoFythRk ביהמ"ש החליט: הדייגים ישלמו], 17 בפברואר 2014.
* תוכנית אורלי וגיא [https://www.youtube.com/watch?v=AxQgBM7xFD0 הדייגים שתביעתם נדחתה חויבו לשלם 4.5 מיליון ₪.] 24 בפברואר 2014.
* איילה חסון, [https://www.youtube.com/watch?v=C_O_3eHPr3E&feature=youtu.be עיוות דין לדייגי הקישון] כתבה בערוץ 1, 21 במרץ 2014.
* 
* 
* 
* 
*[http://kishon.org.il/wp-content/uploads/2015/10/28114.pdf החיים חוזרים אל הנחל] ריאיון עם גב' שרון נסים מנכ"ל רשות נחל הקישון, דה מרקר אוקטובר 2015.
* רמי סדנאי, [https://www.youtube.com/watch?v=vT5hawX6_ls&feature=youtu.be מזימה לשפוך בוצה מהקישון על הצוללת שירה] 23 ינואר 2011.
* רינו צרור, [https://glz.co.il/גלצ/תוכניות/רינו-צרור/רינו-צרור15-11-2017-1201 פרשת הקישון - הלוחמים עתרו: למעלה מ-500 לוחמים חלו בסרטן] באתר גלי צה"ל, 15 בנובמבר 2017.
* מוטי מנדלסון, [https://haipo.co.il/item/163657 תחיית מי הקישון השחורים] – סקירה וצילומים ב'חי פה' 30 בנובמבר 2019.
<div style="direction: ltr;">
*Spira Yechiel, Nachal Kishon and The IDF Naval Commandos, Special Report Yeshiva World News, 11 May 2008.
</div>

==ביאורים==

==הערות שוליים==

קטגוריה:חיל הים הישראלי
קישון
קטגוריה:איומים ומפגעים סביבתיים בישראל