רון שמיר

רון שמיר (נולד ב-29 בנובמבר 1953) הוא פרופסור אמריטוס ישראלי למדעי המחשב, הידוע בעבודתו בתורת הגרפים ובביולוגיה חישובית. המייסד של מרכז אדמונד י' ספרא לביואינפורמטיקה באוניברסיטת תל אביב ועמד בראשו בשנים 2006-2022.

== ראשית חייו ==
רון שמיר נולד בירושלים בשנת 1953, בנם הבכור של ורדה ורפאל שמיר ונכדו של העיתונאי ישראל שוכמן. משפחתו הספרדית של אביו גרה בעיר העתיקה בירושלים בבית ברוך מזרחי למעלה מ-400 שנה. הוריה של אמו היו חלוצים שעלו מרוסיה לישראל בעלייה השלישית בראשית שנות העשרים. יש לו שתי אחיות צעירות יותר, דפנה וגדית. שמיר גדל בשכונת רחביה ולמד בגימנסיה העברית רחביה בירושלים (סיים בשנת 1971). בתיכון הוא היה פעיל בשבט מצדה - צופי ירושלים ובאתלטיקה, ובין הישגיו זכה באליפות ירושלים בהדיפת כדור ברזל.

שמיר החל לימודי תואר ראשון במתמטיקה ופיזיקה באוניברסיטת תל אביב (1973–1975) וסיימו באוניברסיטה העברית בירושלים (1975–1977). בהמשך החל לימודים לתואר שני בחקר ביצועים באוניברסיטת תל אביב בהנחיית אורי יחיאלי, ולאחר מכן הצטרף לתוכנית הדוקטורט במחלקת IEOR באוניברסיטת קליפורניה בברקלי, שם למד בין השנים 1981–1984. עבודת הדוקטורט שלו נערכה בהנחיית ריצ'רד קרפ ואילן אדלר.

== קריירה ==
=== השנים הראשונות ===
שמיר החל את הקריירה המדעית שלו<ref></ref><ref>.</ref><ref></ref><ref name="ReferenceA3"></ref> בחקר ביצועים, בחן בעיות אופטימיזציה הקשורות לתכנון ליניארי ולשיטת הסימפלקס. עבודת הדוקטורט שלו עם אדלר וקרפ עסקה בניתוח מקרים ממוצע של שיטת סימפלקס והראתה כי גרסה מסוימת של סימפלקס הייתה ריבועית במודל נתוני קלט פשוט<ref></ref>. תוצאות דומות ניתנו במקביל על ידי מייקל טוד ועל ידי אדלר ונמרוד מגידו. בהמשך עבד עם דורית הוכבאום על אלגוריתמים יעילים לבעיות אופטימיזציה מובנות.<ref name="HochbaumShamir19912"></ref>

=== תורת הגרפים האלגוריתמיים ===
בתחילת שנות ה-90 שמיר הפנה את עיקר מרצו לתורת הגרפים האלגוריתמיים. יחד עם תלמידיו, חיים קפלן ומרטין גולומביץ', הוא חקר בעיות של כריכי גרפים<ref></ref>, בעיות השלמת גרפים ומגוון בעיות הקשורות לתרשימי מרווחים<ref></ref><ref></ref>. אחד המאמרים שלו בנושא בעיית הסקה עיתית הוחל מאוחר יותר על חקר המיפוי הפיזי של ה-DNA; <ref></ref> הדבר סימן את כניסתו לתחום הביולוגיה החישובית.

=== ביואינפורמטיקה ===
שמיר השתמש במומחיות שלו בתורת הגרפים לפיתוח אלגוריתמי קיבוץ (clustering) לניתוח בעיות ביטוי גנים. המאמר הראשון שלו בתחום זה, עם ארז הרטוב, הציג את אלגוריתם הקיבוץ HCS<ref></ref>. אלגוריתם ה- CAST שלו, עם זוהר יכיני ועמיר בן דור, פורסם בשנת 1999<ref></ref> ומשך תשומת לב רבה מקהילת הביואינפורמטיקה; הטכניקות המתוארות במאמרו בנושא זה, הפכו פופולריות בניתוח נתונים גנומיים. אלגוריתם האשכולות CLICK<ref></ref> עם רודד שרן ואלגוריתם SAMBA עם עמוס תנאי ורודד שרן לדו-גלגל<ref></ref> מצויים בשימוש רחב.

ברבות הזמן, הרחיב שמיר את מחקרו כך שיכלול היבטים נוספים של ביואינפורמטיקה, כגון ניתוח רשתות ביולוגיות<ref></ref><ref></ref>, סידורי גנום מחדש<ref></ref>, מציאת מוטיבים רצפים<ref></ref><ref></ref>, וויסות תעתיק<ref></ref><ref></ref>. כלים רבים שפותחו במעבדתו זמינים כחלק מחבילת EXPANDER המספקת סביבה משולבת לניתוח נתונים ביולוגיים בעלי תפוקה גבוהה.

המחקר הנוכחי של שמיר מתמקד בניתוח אינטגרטיבי של נתונים ביו-רפואיים הטרוגניים עם תפוקה גבוהה, סידורי גנום בסרטן, ויסות גנים.

=== פעילויות נוספות ===
שמיר היה בוועדת ההיגוי המייסדת של כנס RECOMB<ref>[http://www.recomb.org/Steering-Committee RECOMB steering committee], including former member Ron Shamir. Accessed January 12, 2014</ref>, הכנס העיוני הראשי בביואינפורמטיקה, וכיהן בה במשך 13 שנה. הוא הקים את החברה הישראלית לביואינפורמטיקה וביולוגיה חישובית והיה נשיא החברה בין השנים 2004–2006. הוא הקים את [https://safrabio.cs.tau.ac.il/ מרכז אדמונד י' ספרא לביואינפורמטיקה] באוניברסיטת תל אביב ועמד בראשו בשנים 2006-2022, ומכהן כראש הקתדרה לביואינפורמטיקה ע"ש ריימונד ובברלי סאקלר<ref>http://safrabio.cs.tau.ac.il/steering_committee.htm Members of the steering committee of the Edmond J. Safra Center for Bioinformatics</ref>. שמיר מקדיש זמן גם לחינוך ביואינפורמטיקה. הוא כתב סיכומי הרצאות מקיפים הנמצאים בשימוש נרחב, בנושאי גנומיקה חישובית (אלגוריתמים לביולוגיה מולקולרית), ניתוח ביטוי גנים, שבבי DNA ורשתות גנים. הוא הקים את התוכנית המשותפת למדעי החיים ומדעי המחשב לתואר ראשון בביואינפורמטיקה באוניברסיטת תל אביב, וכן לימד קורסי הליבה של התוכנית ופיקח על תארים מתקדמים במסגרת תוכנית זו. כמו כן, ערך יחד עם פבל א' פבזנר את הספר "ביואינפורמטיקה לביולוגים"<ref></ref> .

== פרסים והוקרה ==
* פרס המדען הבכיר של האגודה הבינלאומית לביולוגיה חישובית<ref></ref> (2022)
* [https://english.tau.ac.il/kadar_prizewinner_video_gallery/?itemID=4945 פרס משפחת קדר] למחקר מצטיין, אוניברסיטת תל אביב (2017)
* "פרס מבחן הזמן" עבור המאמר "זיהוי מתחמי חלבונים" משנת 2004 <ref></ref> (2016)
* חבר האגודה הבינלאומית לביולוגיה חישובית (2012)
* עמית ACM מטעם האגודה למכונות מחשוב <ref>[http://awards.acm.org/award_winners/shamir_3130614.cfm ACM fellow profile], Association for Computing Machinery</ref> (2012)
* "פרס מבחן הזמן" על מאמרו "דפוסי ביטוי גנים באשכולות" משנת 1999 <ref>[http://www.recomb.org/22470/RECOMB-Awards RECOMB award winners]. Accessed January 12, 2014</ref> (2011)
* הפרס הלאומי ע"ש מייקל לנדאו למדעים בתחום הביואינפורמטיקה <ref>[http://www.pais.co.il/Foundations/Landau/Pages/AwardOfScienceAndResearch-2010.aspx Landau Prize Winners for 2010] (Hebrew). Accessed January 12, 2014</ref> (2010)
* פרס המאמר הטוב ביותר של ISMB על מאמרו "יישור ספקטרום" <ref>Intelligent System for Molecular Biology (ISMB) keynote speakers, ISMB. Accessed January 12, 2014.</ref> (2000)
* מלגת אלון מהאקדמיה הלאומית הישראלית למדעים (1987)

== חיים אישיים ==
שמיר נשוי למיכל אורן-שמיר, פרופסור במכון וולקני ובתו של ההיסטוריון פרופ' ניסן אורן. לרון ומיכל שמיר שלושה בנים והם מתגוררים ברחובות.

גיסו היה הבנקאי עודד ערן, וגיס נוסף הוא פרופ' חיים (חגי) פיק מהפקולטה לרפואה באוניברסיטת תל אביב.

==קישורים חיצוניים==

==הערות שוליים==

קטגוריה:מדענים ישראלים
קטגוריה:מדעני מחשב ישראלים
קטגוריה:זוכי מלגת אלון
קטגוריה:סגל אוניברסיטת תל אביב
קטגוריה:בוגרי גימנסיה רחביה
קטגוריה:בוגרי האוניברסיטה העברית בירושלים
קטגוריה:בעלי תואר דוקטור מאוניברסיטת קליפורניה בברקלי
קטגוריה:רחובות: אישים
קטגוריה:בוגרי תנועת הצופים בישראל
קטגוריה:עמיתי ACM
קטגוריה:ישראלים שנולדו ב-1953