היסטוריה של העם היהודי בארץ ישראל

אסטלת הניצחון המצרית [[מצבת ישראל, שנוצרה בסביבות 1209–1208 לפנה"ס והתגלתה לראשונה ב-1896 בתבאי שבמצרים, היא הראייה הארכאולוגית המוקדמת ביותר שמזכירה את "ישראל".]]

ערש תרבותו של העם היהודי היא ארץ ישראל. בארץ ישראל הוא התגבש כעם, ומאז ועד היום, שמר על זיקה פיזית, תרבותית ודתית אל מכורתו.

על פי המסורת היהודית, תחילת התגבשותו של העם היהודי עובר כולן דרך נקודות מפתח בארץ ישראל, החל בשלושת האבות ובהם יעקב, אבי העם היהודי, המשכו בהפיכת האוכלוסייה לעם לאחר יציאת מצרים במעמד הר סיני, ולאחר מכן כינון ריבונות בארץ בהקמת ממלכת ישראל המאוחדת במאה ה-11 לפנה"ס. בשנת 586 לפנה"ס, כאשר גרמה האימפריה הנאו-בבלית לחורבן בית ראשון, התרחשה, על פי המסורת, הגליית עשרת השבטים, והנותרים היו בני שבט יהודה, שעל שמם העם היהודי.

במחקר, האזכור החוץ מקראי המוקדם ביותר לשם "ישראל" הוא במצבת ישראל (מצבת מרנפתח המצרית), אשר מתוארכת לשנת 1200 לפנה"ס. בחקר ההיסטוריה של המזרח הקדום ישנן כמה גישות להתגבשות העם היהודי, כאשר חלקן קוראות תיגר על התפיסה המסורתית העתיקה, מטילות ספק בקיומה של ממלכה מאוחדת במאה ה-11 לפנה"ס, ורואות את תהליך התגבשותה של זהות משותפת כתהליך ארוך ומורכב יותר מזה שמוצג במקרא. גישות שונות במחקר מציעות אירועים מכוננים שונים בהם התגבשה זהות תרבותית אחידה, ביניהם חורבן ממלכת ישראל על ידי האימפריה הנאו-אשורית (בערך בשנת 722 לפנה"ס) כשנמלטו הוגים ישראלים אל ממלכת יהודה, או חורבנות בית ראשון ושני שאילצו את הקהילה "להמציא את עצמה מחדש"<ref></ref>.

בין חורבן הבית הראשון לשני, הייתה תקופת גלות בבל, ועם תבוסתה של האימפריה הנאו-בבלית על ידי האימפריה האחמנית בהנהגת כורש הגדול (538 לפנה"ס), החלה שיבת ציון, שהובילה להקמת בית המקדש השני בתחילת תקופת בית שני.

בשנת 332 לפנה"ס כבשו היוונים תחת הנהגתו של אלכסנדר מוקדון את האימפריה האחמנית, שכללה את יהוד מדינתא. בתקופה זו התנהל בעולם היהודי מאבק דתי ארוך, שפיצל את האוכלוסייה לזרמים שונים, בהם צדוקים, פרושים, איסיים, ויהודים-הלניסטיים. בשנת 165 לפנה"ס, לאחר מרד החשמונאים, הוקמה ממלכה חשמונאית עצמאית. בשנת 64 לפנה"ס כבשו הרומאים את יהודה, והפכו אותה לפרובינקיה רומית.

על אף שהאוכלוסייה היהודית הייתה תחת שליטת אימפריות שונות ועל אף שחיו בארץ ישראל מגוון קבוצות אתניות, הייתה ארץ ישראל לאורך מרבית תקופת הבית השני תחת שלטון יהודי עד למרידות יהודה ברומא בשנים 66–136 לספירה, שבמהלכן ביצעו הרומאים מספר מהלכים בניסיון לנתק בין היהודים לישראל, כמו גירוש של רוב היהודים מאזורים שונים בישראל, ובמיוחד מאזור ירושלים, שהוחלפה בעיר הלניסטית, ושילובה של פרובינציית יהודה תחת פרובינציית סוריה פלשתינה. לאחר תקופה זו, היהודים הפכו למיעוט ברוב האזורים בארץ ישראל, למעט באזור הגליל. תקופה זו חקוקה בזיכרון הקולקטיבי המודרני של העם היהודי כתחילת תקופת הגלות היהודית, אולם בתקופה זו עדיין התנהלה באזור הגליל פעילות יהודית משמעותית כמו חידוש הסנהדרין וכתיבת התלמוד הירושלמי.

חורבן בית שני מנע הלכה למעשה את יכולת פולחן המקדש שהייתה חלק מרכזי מהיהדות עד אז. בחלל שנוצר עלתה בהדרגה חשיבותם של היהדות הרבנית ושל התורה שבעל פה.

לאחר המאה ה-3 לספירה אזור ארץ ישראל הפך בהדרגה נוצרי יותר ויותר. עד הכיבוש הערבי של ארץ ישראל במאה השביעית, מספר היישובים היהודיים בארץ ישראל ירד מ-160 ל-50. לטענת מיכאל אבי-יונה האוכלוסייה היהודית היוותה 10%–15% מאוכלוסיית ארץ ישראל בעת כיבוש ירושלים בידי הפרסים בשנת 614, ואילו לטענת משה גיל, בעת הכיבוש הערבי בשנת 638 לספירה היה בארץ ישראל "יישוב יהודי גדול".

בשנת 1099 כבשו הצלבנים את ירושלים ואת שטחי החוף הסמוכים. 200 שנים לאחר מכן נכבשה ממלכת ירושלים ונהרסה על ידי הממלוכים ב-1291. ב־1517 כבשה האימפריה העות'מאנית את האזור, ושלטה באזור עד שהבריטים כבשו את ארץ ישראל ב־1917, ושלטו בו בתקופת המנדט הבריטי עד 1948, עם הכרזת עצמאותה של מדינת ישראל, שהוקמה הודות לזיקה שנשמרה בין היהודים לישראל, לפועלם של חברי התנועה הציונית והעלייה לארץ ישראל.

== אטימולוגיה ==
המונחים "יהודים" ו"יהודי" מופיע 6 פעמים במקרא, 3 פעמים בספר ירמיהו, פעמיים במגילת אסתר ופעם אחת בספר זכריה<ref></ref>, ובמשמעותה המקורית התייחסה המילה לשבט יהודה או לעמי ממלכת יהודה. שם השבט והממלכה נבע משמו של יהודה, בנו הרביעי של יעקב. במקור, המונח העברי "יהודי" התייחס רק לבני שבט יהודה. מאוחר יותר, לאחר חורבן ממלכת ישראל, המונח "יהודי" הוחל על כל בני ישראל שחיו בממלכת יהודה.

ארץ ישראל, אשר נחשבת בעיני היהודים כארץ המובטחת, הייתה המקום בו נוצרה הזהות היהודית. הזהות היהודית התגבשה במיוחד לצורתה הנוכחית בתקופת גלות בבל ותקופה שלאחר הגלות.

== בעת העתיקה ==
=== תקופת הברונזה המאוחרת ===

טרם התגבשות זהות יהודית או ישראלית ברורה בארץ ישראל, נשלטה הארץ על ידי מצרים, החל מסביבות שנת 1500 לפני הספירה ועד לשלב כלשהו במאה ה-12 לפנה"ס. במקרא, ישראל של תקופה זו מכונה כנען, ויושביה נקראים שבעת עמי כנען. במקרא מתוארת תקופה זו כתקופה מכוננת של התגבשות זהות בני ישראל כעם, עם כיבוש הארץ והתנחלות השבטים לאחר יציאת מצרים.

השם "ישראל" מופיע לראשונה במצבת ישראל משנת 1209 לפנה"ס, "ישראל הושם אין זרע לו". ראיה חוץ מקראית זו מאמתת שהייתה באזור ישות תרבותית בשם "ישראל", שייתכן והייתה גם ישות פוליטית-אתנית, גם אם סביר שלא היה מדובר במדינה מאורגנת. אבותיהם של בני ישראל היו עשויים לכלול עמים שמים אשר כבשו את כנען ואת גויי הים.

על פי המתואר במקרא, תקופת המעבר לפני הקמת הממלכות היא תקופת השופטים, תקופה שמאחר שהתאפיינה בהיעדר יישובים גדולים ומרכזיים, ישנו מיעוט ממצאים לגבי המחקר, וניתן ללמוד עליה בעיקר מין הטקסט המקראי<ref></ref>. במקרא מתואר כיצד חיו בני ישראל בעיקר מחקלאות ורעיית צאן.

הראיות הארכאולוגיות מעידות על כך שבתקופה זו היישובים – סביבם תצמח בהדרגה התרבות הישראלית והיהודית – היו יישובים קטנים, עם משאבים מוגבלים ועם אוכלוסייה קטנה.

=== ממלכת ישראל וממלכת ויהודה ===

מפת [[ממלכת ישראל המאוחדת כפי שהיא מתוארת במקרא]]
מהממצאים הארכאולוגיים עולה שממלכת ישראל וממלכת יהודה נוסדו בהדרגה בתקופת הברזל הקדומה מהתרבות הכנענית של תקופת הברונזה המאוחרת, במקביל להיווסדן של הממלכות השכנות – תחילה הממלכות הצפוניות דוגמת ארם ופיניקיה, הסמוכות לישראל, ובהמשך הממלכות הדרומיות דוגמת אדום ומואב, הסמוכות ליהודה. לפי ארכאולוגים מודרניים, במהלך תקופת הברזל קבוצת אוכלוסייה החלה לזהות עצמה כ"ישראלית", ולהבדיל את עצמה מן הכנענים בין היתר על ידי איסור על נישואי תערובת, והשמת חשיבות רבה יותר לפולחן של הקבוצה.

ממצאים ארכאולוגיים שונים מצביעים על קיומה של שושלת בית דוד המזוהה עם אזור יהודה, וכן על קיומה של שושלת בית עמרי הצפונית. הממצאים מצביעים על פער של עשרות שנים בין היווצרותן של הממלכות הצפוניות יותר, כמו ישראל, לעומת הממלכות הדרומיות יותר, כמו יהודה. עצם קיומה של ממלכה מאוחדת של ישראל ויהודה נמצא במחלוקת במחקר.

לפי התנ"ך ייסד דוד שושלת מלכים, ובנו שלמה בנה את בית המקדש הראשון, ולאחר מותו של שלמה פוצלה הממלכה המאוחדת לממלכת יהודה בדרום וממלכת ישראל בצפון.

על פי ניתוח הממצאים במחקר, התמונה המקובלת היא שכאשר היו שתי הממלכות זו לצד זו, לכל אחת מהן היו מאפיינים נבדלים שאפיינו אותן, ומבין השתיים הייתה ממלכת ישראל הגדולה, המשגשגת והחזקה לעומת שכנתה הדרומית<ref></ref><ref></ref>.

באמצע המאה ה-9 לפנה"ס, ייתכן שברית בין אחאב לבין בן חדד השני מדמשק הצליחה להדוף את הפלישות של המלך האשורי שלמנאסר השלישי, בעקבות הניצחון בקרב קרקר (854 לפנה"ס). תל דן מספרת על מותו של מלך ישראל, כנראה יורם, על ידי מלך ארמי. ממצאים נוספים מצביעים על הפסדן של ישראל ויהודה לארם-דמשק ועל שינויים גאופוליטיים באזור על רקע מלחמות אזוריות, אולם מנגד מצביעים על כך שלאחר תום סדרת המלחמות, נכנסה ממלכת יהודה לתקופת של התפשטות והתרחבות, גם על חשבון ממלכות אחרות שנופלות בתקופה זו, וגם מבחינת התפתחות חסרת תקדים של פקידות, מערכת מנהל, עושר, מותרות ומעמד אליטה. בתקופה זו מתחדדים ההבדלים בין הממצאים של ממלכת יהודה לעומת אלו של ממלכות שכנות כמו מואב או אדום.

מאמצע המאה ה-8 לפנה"ס ישראל נכנסה לעימות גובר עם האימפריה הנאו-אשורית המתרחבת. תגלת-פלאסר השלישי חילק את שטחה של מדינת ישראל לכמה יחידות קטנות יותר ולאחר מכן הרס את בירתה שומרון (722 לפנה"ס). לפי המקורות התנ"כיים והאשוריים בוצע גירוש מאסיבי של יושבי ישראל אשר הוחלף במספר לא מבוטל של מתיישבים שגורשו למקום בכפייה מחלקים אחרים של האימפריה האשורית – חילופי אוכלוסין אלה היו חלק מהמדיניות של האימפריה האשורית, כאמצעי לשבירת מבנה הכוח הישן – ובשל כך ממלכת ישראל לא חזרה להיות ישות פוליטית עצמאית. חלק מפליטי מאבקים אלו ברחו משטחי ישראל אל ממלכת יהודה. על פי חלק מההערכות, בין פליטים אלו היו מלומדים ישראלים שהביאו איתם מסורות צפוניות, וייתכן שהתרחשות זו הייתה בין הגורמים שהולידו "עם יהודי" מאוחד של אנשי ישראל ויהודה גם יחד. גירוש זה גם הוליד במסורת את הרעיון של השבטים האבודים של ישראל. העם השומרוני טוען שהם צאצאי ניצולי הכיבוש האשורי.

החותם של אחז (אשר חי בסביבות 732–716 לפנה"ס) אשר התגלה בחפירות ארכאולוגיות, מאמת שהוא היה מלך ממלכת יהודה. המלך האשורי סנחריב, ניסה לכבוש את יהודה. מנסרת סנחריב מספרת על כך שהוא החריב 46 ערים מוקפות חומה וערך מצור על ירושלים, אך עזב לבסוף בתמורה למחווה. בתקופת שלטונו של חזקיהו (שחי בסביבות 687–716 לפנה"ס) בולטת עלייה בכוחה של מדינת יהודה אשר בא לידי ביטוי באתרים ארכאולוגיים ובממצאים כגון החומה הרחבה, ונקבת השילוח בירושלים.

יהודה שגשגה במאה ה-7 לפני הספירה, ככל הנראה בעקבות הסדר עם האשורים, שהפך את יהודה לווסל אשורי (למרות מרד שכשל נגד שלטון המלך האשורי סנחריב).

בסוף המאה ה-7 לפני הספירה האימפריה האשורית החלה בתהליך התמוטטות, ולתקופת ביניים קצרה לא הייתה יהודה כפופה למרותה של אימפריה חיצונית. תקופת ביניים זו היא הרקע לרפורמות של יאשיהו, שמלך על יהודה באותה התקופה. רפורמה זו סימנה שינוי דרמטי מבחינה אידאולוגית ותאולוגית, והתמקדה באופן מעשי בעקירת פולחן האלילים, וריכוז הפולחן לה' בירושלים תוך הריסת מקומות הפולחן ברחבי הארץ. על פי השערת התעודות, עוד קודם לכן החלה להתגבש כחלק מהאליטה של יהודה קבוצה אידאולוגית אשר מזוהה עם "האסכולה הדויטרונומיסטית", וחוקרי מקרא רבים מקשרים את תקופה זו לתחילת כתיבתו של ספר דברים.

תקופת ביניים זו נמשכה שנים ספורות בלבד, ולאחריהן נשלטה יהודה באופן זמני וחלקי על ידי מצרים, עד שהובס הצבא המצרי בידי נבוכדנצר השני שהומלך למלך בבל, והשלים את השתלטות הבבלים על השטחים שהיו שייכים בעבר לאשורים, ביניהם ממלכת יהודה.
<gallery widths="210px">
קובץ:Khirbet Qeiyafa Ostracon.jpg|איור של שבר חרס המתוארך למאה ה-10 לפנה"ס, שנכתב באלפבית הפרוטו-כנעני ונתגלה במבצר האלה. משום שמכיל את המונחים "אל תעש" ו"עבד" הייחודיים בעת ההיא לשפה העברית. שבר החרס נחשב לחרס הקדום ביותר, הידוע כיום, הכתוב בשפה העברית.
איור של דוד המלך לצד כתובת תל דן.png|איור של דוד המלך לצד כתובת תל דן – הראייה הארכאולוגית החוץ מקראית החשובה ביותר אשר מזכירה את "בית דוד" (מתוארכת בין המאות ה-9 וה-8 לפנה"ס)
קובץ:Louvre 042010 01.jpg|מצבת מישע המתארת את ניצחונותיה של ממלכת מואב על ממלכת ישראל בתקופת שושלת בית עמרי (המאה ה-9 לפנה"ס) אשר התגלתה בשנת 1868 הייתה העדות החוץ-מקראית הראשונה למתואר בתנ"ך.
קובץ:Lmlk-seal impression-h2d-gg22 2003-02-21.jpg|אחת מחותמות למלך שהתגלו באזור יהודה, המכילות טקסט באלפבית פליאו-עברי ומתוארכות לתקופת שלטונו של חזקיהו. (סוף המאה ה-8 לפנה"ס ותחילת המאה ה-7 לפנה"ס)
קובץ:Birkat_kohanim_22.jpg|טקסט מקראי על גבי אחת משתי לוחיות ברכת כהנים שנתגלו בכתף הינום המתוארכת לסוף המאה השביעית לפני הספירה, ומספקת את המועד המוקדם ביותר, הידוע כיום לחוקרים, לחיבורו של טקסט מקראי.
קובץ:Shiloach.jpg|כתובת השילוח, שנוצרה במהלך המאה ה-8 לפנה"ס ומתעדת את בניית נקבת השילוח. זהו אחד מהממצאים הארכאולוגיים העתיקים ביותר מסוגו אשר נכתבו בעברית באמצעות האלפבית הפליאו-עברי
קובץ:Close-Up.jpg|דגם ממוחשב תלת ממדי של בית המקדש הראשון
</gallery>

=== בתקופת גלות בבל (586–538 לפנה"ס) ===

יהודי ממלכת יהודה לבבל וחורבן ירושלים ובית המקדש הראשון בציורו של ג'יימס טיסו, מהשנים 1896–1902]]
נפילתה הסופית של ממלכת יהודה הייתה בשנת 586 לפנה"ס, כאשר כבש המלך נבוכדנצר השני מבבל את יהודה. על פי המקרא הוא החריב את בית המקדש הראשון והגלה את היהודים לבבל. האירוע מתועד גם על ידי ממצאים ארכאולוגיים מבבל. על פי תפיסה נפוצה, כללה הגלות בפועל בעיקר של האליטה היהודית ואת יושבי ירושלים<ref name=":0"></ref><ref></ref>.

יהודה תחת שלטון בבל סבלה מדעיכה בכלכלה ובכמות האוכלוסייה. ירושלים, על אף שכנראה לא ננטשה לחלוטין, הייתה בהרבה יותר קטנה מבעבר, והעיירה מצפה, שבתחום שבט בנימין באזור הצפוני יחסית של הממלכה, הפכה לבירת המחוז הבבלי החדש יהוד מדינתא. (זה היה נוהג בבלי סטנדרטי – כאשר נכבשה העיר הפלשתית אשקלון ב-604, האליטה הפוליטית, הדתית והכלכלית – אך לא רוב האוכלוסייה – גורשה והמרכז המנהלי עבר למקום חדש). ייתכן מאוד גם שבמשך רוב התקופה או התקופה כולה המקדש בבית אל החליף את המקדש בירושלים, והעלה את יוקרתם של כוהני בית אל (אהרונים) על כוהני ירושלים (צדוקיים), אשר היו באותה העת בגולה בבבל.

הכיבוש הבבלי היה כרוך לא רק בחורבן ירושלים ובית המקדש הראשון, אלא גם בהרס כל התשתית של ממלכת יהודה שהתקיימה במשך מאות שנים. הנפגע המשמעותי ביותר היה האידאולוגיה של "תאולוגיית ציון" לפיה יהוה, אלוהי עם ישראל, בחר בירושלים כמקום משכנו ושהשושלת של בית דוד תמשיך להתקיים שם לנצח. נפילת העיר וסיום מלכות בית דוד אילצו את מנהיגי הקהילה הגולה – מלכים, כוהנים, סופרים ונביאים – לנסח מחדש את מושגי הקהילה, האמונה, הפוליטיקה ואת האתוס ההיסטורי של העם המתגבש. בעקבות כך חלק ניכר מהתנ"ך מוקדש לגלות בבל – ספר ישעיהו, ספר יחזקאל, הגרסה הסופית של ספר ירמיהו, המקור הכהני, והגרסה הסופית של תולדות ישראל מספר דברים ועד ספר מלכים<ref name=":0" />. מבחינה תאולוגית הם היו אחראים לגיבוש דוקטרינות של אחריות אישית ואוניברסלית (הרעיון שאל אחד שולט בעולם כולו), ועל הדגש המוגבר על טוהר וקדושה. הטראומה של הגלות הובילה לפיתוח תחושה חזקה של זהות כעם נבדל מיתר העמים, וכן שמה דגש מוגבר על מנהגים כגון ברית מילה וקיום שבת אשר מסייעים למנוע היטמעות באוכלוסייה הלא יהודית.

כמו כן, במהלך תקופה זו היהודים הפסיקו בהדרגה לכתוב באמצעות האלפבית הפליאו-עברי ובמקום זאת החלו להשתמש באלפבית הארמי לכתיבת טקסטים בשפה העברית, אשר הפך בהדרגה לאלפבית ייחודי לקהילות היהודיות כאשר החלו להשתמש בסגנון מרובע ייחודי של האלפבית הארמי כדי להאיץ את מלאכת הכתיבה של ספרי התורה.

== התקופה הקלאסית (538 לפנה"ס – 636 לספירה) ==
=== בתקופה הפרסית (538–332 לפנה"ס) ===

יהוד מדינתא", הנושאים את השם "יהד" (באלפבית עברי עתיק), שהוטבעו על ידי יהוד מדינתא, רשות הממשל העצמי היהודי בארץ ישראל בחבל יהודה במאה ה-6 לפנה"ס.]]
בשנת 538 לפנה"ס, כורש הגדול, מלכה הראשון של הממלכה הפרסית, כבש את בבל והשתלט על כל שטחי האימפריה הבבלית. כורש פרסם את "הכרזת כורש" אשר אפשרה לכל העמים תחת מלכותו לחזור לפולחן אלוהיהם. כמו כן, ליהודים שהוגלו לבבל עם חורבן הבית הראשון אפשר כורש אף לחזור לארץ ישראל ולהקים בה ממשל עצמי יהודי. בעקבות כך, בעוד שרוב היהודים שהוגלו נשארו בבל, קבוצה גדולה – על פי המקרא, בסביבות 50,000 גולים יהודים מבבל, אשר הונהגו על ידי זרבבל בן שאלתיאל – חזרו לאזור ארץ ישראל בתמיכה ובעידוד האימפריה הפרסית, התיישבו במחוז יהוד מדינתא, והחלו להקים מחדש את בית המקדש, אשר הקמתו הושלמה בשנת 516 לפנה"ס.

בסביבות השנים 458 לפנה"ס, ו-445 לפנה"ס שתי קבוצות נוספת שמנו בסביבות 5,000 גולים יהודים מבבל, ואשר הונהגו על ידי עזרא ונחמיה שבו ליהודה. לעזרא ולנחמיה הייתה השפעה רבה על היישוב היהודי בארץ ישראל באותה התקופה שכן המלך הפרסי ארתחששתא העביר לעזרא סמכויות בתחום השיפוט והדת, אשר באמצעותן עזרא חוקק חוקים חדשים, שתכליתם הייתה שמירה מפני נישואי תערובת עם יתר העמים, החדרת התורה וקיום מצוותיה לתודעת העם ביהודה. בנוסף לכך, נחמיה, אשר היה שר המשקים בממלכת פרס ובן-אמון של המלך ארתחששתא, עלה לארץ ישראל במטרה לבנות מחדש את חומות ירושלים ולצורך כך המלך הפרסי ארתחששתא מינה את נחמיה לשליט הבלעדי מבחינה מדינית של פחוות יהוד.

מחוז יהוד מדינתא המשיך להיות פחווה של האימפריה הפרסית עד אשר אלכסנדר מוקדון כבש את האזור בשנת 332 לפנה"ס.

=== התקופה ההלניסטית והחשמונאית (332–64 לפנה"ס) ===

ממלכת החשמונאים בשיאה
בשנת 332 לפנה"ס כבש אלכסנדר מוקדון את האזור מידי האימפריה הפרסית. לאחר מותו של אלכסנדר מוקדון בשנת 322 לפנה"ס התנהל מאבק ירושה מר בין הגנרלים הבכירים של צבאו על שטחי האימפריה של מוקדון. מריבות עזות ניטשו בעיקר בין בית סלאוקוס שמרכזו בסוריה לבין בית תלמי המצרי.

בשנת 301 לפנה"ס השתלט תלמי הראשון על יהודה לתקופה של כמאה שנה. בית תלמי העניק ליהודה אוטונומיה, הכיר בפריווילגיות שניתנו ליהודים במהלך תקופת השלטון של האימפריה הפרסית ותקופת השלטון של אלכסנדר מוקדון, והכיר במעמדה ההנהגתי של הכהונה הגדולה ומועצת הזקנים.

בשנת 200 לפנה"ס, במהלך המלחמה הקואלה-סורית החמישית, הצליח שליט האימפריה הסלאוקית, אנטיוכוס השלישי, לכבוש את ארץ ישראל. אנטיוכוס השלישי העניק ליהודים מגילת זכויות חשובה ב־198 לפנה"ס, אשר העניקה ליהודים מידה רבה של אוטונומיה, וחיזקה את מוסד הכהונה.

הפסד של הסלאוקים לרומאים בשנת 191 לפנה"ס בקרב תרמופילאי הכניס את הסלאוקים לחובות כבדים מול האימפריה הרומית, והם שינו את גישתם כלפי העמים שתחת שליטתם, והגבירו ניסיונות אגרסיביים להשיג ממון רב ככל האפשר, מהלך שבירושלים הגיע לשיא, על פי המתואר בספר מקבים ב', בניסיון כושל לבזוז את בית המקדש<ref></ref>.

את משבר זה בקרב הסלאוקים, ניצלו בעלי עניין שחשקו בתפקיד הכוהן הגדול, דוגמת יהושוע מבין חוניו, שכרתו הסכם עם אנטיוכוס הרביעי "אפיפנס" שיקבלו את התפקיד בתמורה לסכומי כסף גדולים<ref name=":1"></ref>.

בשנת 167 לפנה"ס, על רקע התרחשויות אלו, פרסם אנטיוכוס הרביעי שורה ארוכה של גזירות נגד עם ישראל ודתו (איסור לימוד תורה, איסור לעשות ברית מילה, איסור שמירת שבת), והטיל מיסים כבדים בארץ ישראל ובשאר האימפריה, כדי לעמוד בחובותיו הכבדים לרומא. כתוצאה מגורמים אלו ואחרים, החל מרד לאומי בהנהגת החשמונאים, ונפתחה מלחמה מתמשכת בין המיליציות המקומיות לבין כוחות סלאוקים, כאשר השלטון על ירושלים וסביבתה מתחלף בין החשמונאים לסלאוקים. בהדרגה – על רקע התפוררות האימפריה הסלאוקית, התמודדותה עם עלייתה של האימפריה הפרתית שכבשה שטחים במזרח הממלכה, ועם בחישתה של האימפריה הרומית בענייניה – החלה עקשנותם של הלוחמים המכבים להשתלם והסלאוקים החלו לתת להם אוטונומיה הולכת וגדלה, ולשתף פעולה עם המכבים<ref name=":1" /><ref name=":2"></ref>. בסביבות 140–130 לפנה"ס כבר שלטו החשמונאים באופן קבוע על שטח בסביבות ירושלים, ייסדו את ממלכת החשמונאים, ובהמשך הרחיבו את השטח בהדרגה<ref name=":2" />.

בסביבות שנת 150 לפנה"ס, בזמן כלשהו הקרוב למרד החשמונאים, החלו לצוץ בקרב יהודי ארץ ישראל מחלוקות דתיות, אשר פיצלו את העם לזרמים דתיים שונים אשר ביניהן התקיימו מאבקי כוח אלימים, כאשר הבולטים שבהן היו הפרושים, האיסיים והצדוקים. ההיסטוריון היהודי יוסף בן מתתיהו ("יוספוס פלביוס") מתעד בכתביו את הזרמים הללו.

מערכת המשפט באותה העת נוהלה על ידי הסנהדרין ומנהיגה של הסנהדרין היה נשיא הסנהדרין. הסמכות הדתית של נשיא הסנהדרין החליפה בהדרגה את זו של הכהן הגדול (אשר בתקופת הממלכה החשמונאית היה למעשה גם נשיא האומה העצמאית ומאוחר יותר מלכה).

בשנת 125 לפנה"ס המלך החשמונאי יוחנן הורקנוס הראשון כבש את אדום והמיר בכפייה את דתם של התושבים ליהדות כדי להוסיף כוח ועוצמה לממלכה החשמונאית.

חוקרים שונים מצביעים בתקופה זו גם על שינוי בתפיסה של היהודים לארץ ישראל שמשתקף בין היתר בספר היובלים שכתיבתו משויכת לאמצע המאה ה-2 לפנה"ס. ספר בראשית מתאר שבתחילה ניתנה הארץ לכנען בן חם<ref>בראשית י יט, והפסוקים סביבו</ref>, ואילו תיאור זה מתפתח בספר היובלים, בו מתוארת הארץ כ"נחלת בני שם" והתיאור הכרונלוגי משתנה כך שכנען קיבל את הארץ רק לאחר שגזל את הנחלות באופן בלתי מוצדק משם<ref></ref>.

תקופת השלטון של ממלכת החשמונאים הסתיימה בשנת 64 לפנה"ס כאשר המנהיג הרומאי פומפיוס הגדול כבש את ממלכת החשמונאים (למידע נוסף ראו חשמונאים#מלכי חשמונאי האחרונים).

<gallery widths="210px">
קובץ:John Hyrcanus.jpg|מטבע מהתקופה החשמונאית בארץ ישראל עם הכיתוב "יהוחנן כהן גדול חבר היהודים" באלפבית עברי עתיק, המיוחס ליוחנן הורקנוס הראשון או השני.
קובץ:The Death of Eleazar (cropped).jpg|ציור של אלעזר המכבי דוקר בבטנו פיל מלחמה סלוקי ונמחץ תחתיו בקרב בית זכריה שהתקיים במהלך מרד החשמונאים
קובץ:143.Judas Maccabeus Pursues Timotheus.jpg|ציור של יהודה המכבי וכוחותיו הרודפים אחרי כוחותיו של טימותיאוס במערכה בגלעד
</gallery>

=== התקופה הרומית (64 לפנה"ס – 324 לספירה) ===
{| style="background-color: #F9F9F9; border: 1px solid #AAAAAA; clear: left; color: black; float: left; font-size: 88%; line-height: 1.5em; margin: 0 15px 15px 0px; padding: 0.2em; text-align: right;"
|-
! style="background: #ccf; text-align: center;" | אירועים בולטים ביישוב היהודי בארץ ישראלבין 64 לפנה"ס עד 324 לספירה
|-
|
64 לפנה"ס
רומא כובשת את יהודה וירושלים
40–37 לפנה"ס
מתתיהו אנטיגונוס השני, אחרון מלכי בית חשמונאי, שלט על יהודה
37 לפנה"ס
הורדוס תפס את השלטון ביהודה בעזרתם של הרומאים
20 לפנה"ס
מתחילה בנייתו של מקדש הורדוס
10 לפנה"ס
נחנך בנין בית המקדש המחודש.
6 לספירה
נוצרה פרובינקיית יהודה
20 לספירה
הורדוס אנטיפס מקים את טבריה
66–73 לספירה<br>
המרד הגדול
:67 לספירה
:הרומאים מדכאים את המרד בגמלא וביודפת
:70 לספירה
: חורבן בית המקדש השני
:73 לספירה
:כיבוש מצדה על ידי האימפריה הרומית וסיומו של המרד הגדול
בסביבות 70 לספירה<br>
הושלמה הקאנוניזציה של התנ"ך
130 לספירה<br>
מקדש המוקדש לאל יופיטר מוקם על חורבות הר הבית.
132 לספירה<br>
פרובינקיית יהודה מבוטלת והופכת לחלק מפרובינקייתסוריה פלשתינה<br>
132–136 לספירה<br>
מרד בר כוכבא<br>
בסביבות 200 לספירה<br>
הושלמה כתיבת המשנה
|}
בשנת 64 לפנה"ס כבש את ארץ ישראל פומפיוס, המצביא מטעם האימפריה הרומית המתפשטת, כמעט ללא התנגדות. בעקבות כך נהפכה הממלכה היהודית למדינה קליינטית של רומא. אף על פי כן, בעקבות מותם של פומפיי הגדול בשנת 48 לפנה"ס ושל יוליוס קיסר בשנת 44 לפנה"ס, ובעקבות מלחמות האזרחים ברומא, החלה להתפוגג אחיזתה של רומא בממלכת יהודה. כתוצאה מכך האימפריה הפרתית בשיתוף פעולה עם מתתיהו אנטיגונוס השני (בנו הצעיר של אריסטובולוס השני) הצליחו להביס את כוחות היהודים הפרו-רומאיים (הכהן הגדול הורקנוס השני, הנסיך פצאל מבית הורדוס, והורדוס) בשנת 40 לפנה"ס. בעקבות כך אנטיגונוס הפך למלך יהודה.

בינתיים הורדוס ברח לרומא והוכתר שם על ידי הסנאט הרומי בתור "מלך יודיאה" וראש שושלת בית הורדוס. הסנאט הרומי הורה לו לכבוש מחדש את ממלכת יהודה. בעקבות כך הורדוס חזר לאזור ארץ ישראל והמלחמה בינו ובין בעלי בריתו הרומאים לבין אנטיגונוס שבה להתנהל בארץ ישראל. בסופו של דבר, אחרי שורת קרבות ברחבי הארץ הצליח הורדוס לעלות לירושלים ולצור עליה. במהלך תקופה זו הורדוס נשא את מרים החשמונאית לאישה כדי להשיג לתביעתו על העיר לגיטימציה. חמישה חודשים של מצור הטילו עול קשה מנשוא על תושבי ירושלים, ובסופם נכבשה העיר ומאוחר יותר גם הר הבית. בכך הגיע לסיומו שלטון שושלת החשמונאים בממלכת יהודה.

במהלך שנת 20 לפנה"ס, הורדוס החל לשפץ ולהרחיב את המקדש באופן יסודי, והפכו למבנה מפואר. שיפוץ המקדש נמשך גם לאחר מותו של הורדוס, כמעט עד לחורבנו.

בשנת 20 לספירה בנו של הורדוס, הורדוס אנטיפס, הקים את העיר היהודית טבריה על חוף הכנרת אשר נקראה על שם הקיסר הרומאי טיבריוס, שהיה ידידו של אנטיפס.

לאחר מותו של הורדוס החלה תקופת הנציבות, שבה שלטו נציבים רומאים בארץ ישראל, אך לא היה זה מספיק כדי לשלוט ללא עוררין בארץ ישראל ומשום כך במהלך התקופה הראשונה רוב הנציבים העדיפו שלא להתנגש עם היישוב היהודי ולתת לו לנהל את ענייניו (יוצא דופן הוא פונטיוס פילאטוס שהיה אכזרי ביותר). בתקופת הנציבים השנייה היו הנציבים מעורבים הרבה יותר ביישוב היהודי. התסיסה של התקופה הזו בשילוב עם פילוג ביישוב היהודי (הקנאים ובהמשך הפרושים הצדוקים והאיסיים) הובילה לבסוף לכך שבשנת 66 לספירה החל המרד הראשון של היישוב היהודי בארץ ישראל נגד השלטון הרומאי. האירועים מתוארים בפירוט רב בספר מלחמת היהודים מאת ההיסטוריון היהודי יוספוס פלאוויוס, בו פלאוויוס תיאר את המלחמה על היישוב יודפת, המצור על ירושלים (69–70 לספירה), הקרב ההירואי בגמלא שבו אלפי יהודים נטבחו, בעוד אחרים בחרו לקפוץ אל מותם מראש הצוק של העיר (בסך הכל נהרגו בקרב זה בסביבות 9,000 יהודים), ואת המצור על מצדה (בשנת 72–73 לספירה) שבסופו, המורדים היהודים העלו באש את כל המבנים ולאחר מכן בסביבות 900 יהודים ביצעו התאבדות המונית שכן שהעדיפו לעשות זאת על נפילה בשבי או תבוסה ודאית. המרד הראשון של היישוב היהודי נגד השלטון הרומאי דוכא לבסוף על ידי הקיסרים הרומאיים אספסיאנוס וטיטוס. הרומאים הרסו את רוב בית המקדש בירושלים ולקחו עימם חזרה לרומא את מנורת בית המקדש ואת אוצרות בית המקדש. יוספוס פלאוויוס ציין בכתביו כי בסביבות 1,100,000 יהודים נספו במהלך המרד, וכי 97,000 יהודים נלקחו בשבי.

על אף שהמרד היהודי דוכא ועל אף שיהודים רבים הוגלו מארץ ישראל לאחר המרד, כמות משמעותית של יהודים המשיכה לחיות בארץ ישראל לאחר המרד, והם הורשו להמשיך לקיים את מצוות דתם. ההערכה היא שבסביבות 2/3 מאוכלוסיית אזור הגליל ושליש מאוכלוסיית אזור החוף באותה העת היו יהודים.

חורבן בית שני מנע מיכולתם של היהודים לקיים את הפולחן שהיה מקובל עד אז, ושמט מתחת לרגליהם כמה מיסודות דתם – מקום הפולחן המרכזי, תפקיד הכוהנים, פולחן המזבח, מצוות רבות מתרי"ג המצוות שעוסקות בפולחן שלא ניתן כעת לקיים ועוד – כולם לא יכלו להמשיך כמו שהיו. המצב גרם להתפתחותה של היהדות, ולעלייתם של הפרושים, שגיבשו את יסודותיה של היהדות הרבנית העולה, שהציעה פרקטיקות חלופיות, למשל, רבנים תפסו בהדרגה את מקומם של הכוהנים כהנהגה הרוחנית, נוסדו מוסדות ישיבה, והתחזק מעמדה של התורה שבעל פה שהפכה לאחד מהיסודות המרכזיים בהגות היהודית החל מתקופה זו.

הסברה המקובלת במחקר כיום היא כי בסביבות שנת 70 לספירה הושלמה הקאנוניזציה של התנ"ך וכי ייתכן שחורבן בית המקדש השני היווה אחד הזרזים לקאנוניזציה.

בשנת 132 לספירה החל מרד בר כוכבא. בראש המרד עמד שמעון בר כוכבא, אשר זכה לתמיכת חכמי דורו ובראשם רבי עקיבא. בתחילתו של המרד, נחל בר כוכבא, באמצעות צבאו שמנה כמה אלפי חיילים, הצלחות מסוימות, הצליח להגן על העיר ביתר ולקיים בה יישוב יהודי גדול ועצמאי, כשהוא מכתיר את עצמו כ"נשיא ישראל" ופועל כמלך לכל דבר. לבסוף הצליח הקיסר הרומאי אדריאנוס לדכא את המרד ביד קשה. היישוב היהודי בארץ ישראל כמעט והוכחד במהלך מרד בר כוכבא כאשר על פי ההיסטוריון הרומי דיו קסיוס, בסביבות 580,000 יהודים נהרגו במרד זה, ובנוסף לכך הרומאים החריבו בסביבות 50 ערים מבוצרות ו-985 כפרים. תקופת שלוש השנים שבהן שלט בר כוכבא בממלכת יהודה, הייתה תקופת העצמאות האחרונה של עם ישראל בארצו, עד הקמתה של מדינת ישראל.

לאחר שדיכא את המרד, החליט אדריאנוס, לאסור על קיום מצוות בסיס של העם היהודי (אסר על המילה ועל שמירת השבת, וכן על התפילה, ושמירת המצוות). את ירושלים החריב כליל והקים עליה בשנת 131 לספירה את העיר "איליה קפיטולינה" ובמקום בו עמד בית המקדש היהודי אדריאנוס בנה מקדש ליופיטר. כמו כן, השלטון הרומי אסר על יהודים להיכנס לירושלים וביטל את הפרובינקיה "יהודה" (Judaea) והקים במקומה את הפרובינקיה "סוריה פלשתינה" (Syria Palestinae). שינוי שמה של הארץ כפי שמו של העם הפלשתי שנכחד זה מכבר, נעשה במטרה לנתק את הקשר בין עם ישראל לארץ ישראל. בתקופה זו נרצחו גם עשרת הרוגי מלכות באכזריות ובייסורים, על שניסו לשמור על גחלת העם היהודי, ולשמור על התורה ועל המצוות בזמנים קשים אלו.

כמו כן, במהלך תקופת שלטונו של אדריאנוס התפלגו סופית הנוצרים מן העם היהודי. זה היה תהליך איטי שהיה כרוך בהתפשרות על קיום מצוות מצד היהודים הנוצרים לטובת קליטה קלה של גויים אל תוך הקהילה. בסיכומו של תהליך נוצרה דת חדשה, היא הנצרות. במהלך תקופת שלטונו של אדריאנוס שני מנהיגי הנוצרים, קודרטוס ואריסטידס, פנו אל הקיסר והודיעו לו באיגרת כי אין כל קשר בין הנצרות ובין היהודים.

האוכלוסייה היהודית שנותרה בארץ ישראל הייתה מרוכזת כעת בעיקר באזור הגליל. במהלך תקופה זו התנאים והאמוראים ליקטו וחידשו מסורות שנחשבו לחלק מהתורה שבעל פה, שעל פי המסורת מכילה את מכלול הפירושים וההלכות שאינם כתובים בתורה שבכתב. כמו כן, בתחילת המאה השלישית לספירה נוצרה המשנה, שנערכה והועלתה על הכתב על ידי רבי יהודה הנשיא, אשר התקבלה כטקסט המרכזי של תורה שבעל פה. בנוסף לכך, כתבים נוספים, בהם הברייתא והתוספתא, נוצרו גם כן במהלך תקופה זו. הכתבים הללו היוו בהמשך את הבסיס ליצירת התלמוד הירושלמי בסביבות שנת 400 לספירה, אשר מפרש את המשנה, מוסיף עליה ומרחיב אותה. המשנה נוצרה ככל הנראה בטבריה, שהייתה מקום התורה הגדול ביותר באותה תקופה.

הרדיפה המתמשכת של היהודים בארץ ישראל והמשבר הכלכלי שפקד את האימפריה הרומית במהלך המאה ה-3 הובילו גם לכך שיהודים רבים היגרו באותה העת מארץ ישראל לאימפריה הפרסית הסאסאנית אשר הייתה יותר סובלנית כלפי יהודים, כאשר הקהילה היהודית שגשגה במיוחד באותה התקופה בבבל. בהמשך התערערה הסובלנות, אולם הקהילה הבבלית נותרה איתנה עוד זמן ממושך.

<gallery widths="210">
קובץ:0021מגדלא רהיט אבן מבית הכנסת כנראה שימש להנחת ספר תורה.jpg|תבליט מנורת שבעת הקנים על רהיט אבן ששימש להנחת ספר תורה מבית הכנסת במגדלא המתוארך למחצית הראשונה של המאה הראשונה לספירה. הממצא הקדום ביותר של מנורת שבעת קנים בבית כנסת
קובץ:Second Temple.jpg|דגם של בית המקדש השני (בניין הורדוס), מתוך דגם ירושלים בסוף ימי בית שני. (מוזיאון ישראל)
קובץ:Half Shekel.jpg|מחצית השקל שנוצר על ידי תושבי ארץ ישראל היהודים בשנת 68, במהלך המרד הגדול. הכיתוב – מצד אחד האותיות "שג" שפירושם "השנה השלישית למרד". מצד שני – "ירושלים הקדושה" ומסביב לשוליים כיתוב "שקל ישראל"
קובץ:Barkokhba-silver-tetradrachm.jpg|מטבע כסף יהודי מתקופת מרד בר כוכבא. על צדו של המטבע חזית בית המקדש כשעליה כוכב והכתובת "שמעון". על צדו השני לולב ואתרוג והכתובת "לחרות ירושלים"
קובץ:Roberts Siege and Destruction of Jerusalem.jpg|חורבן בית שני. ציור משנת 1850 מאת דייוויד רוברטס
קובץ:Arch of Titus Menorah.png|תבליט בשער טיטוס המתאר את ביזת בית המקדש לאחר חורבן ירושלים.
</gallery>

=== התקופה הביזנטית (324–638) ===
{| style="background-color: #F9F9F9; border: 1px solid #AAAAAA; clear: left; color: black; float: left; font-size: 88%; line-height: 1.5em; margin: 0 15px 15px 0px; padding: 0.2em; text-align: right;"
|-
! style="background: #ccf; text-align: center;" | אירועים בולטים ביישוב היהודי בארץ ישראלבין 324–638 לספירה
|-
|
351–352<br>
מרד גאלוס<br>
359<br>
נקבע לוח שנה עברי קבוע על ידי הלל נשיאה<br>
361–363<br>
ניסיון כושל לבנות את בית המקדש השלישיבאישורו של הקיסר הרומי, יוליאנוס הכופר
425<br>
רבן גמליאל השישי, נשיא הסנהדרין האחרון,מת ולא משאיר אחריו יורש<br>
429<br>
הקיסר הביזנטי תיאודוסיוס השני מבטל אתמוסד הסנהדרין<br>
438<br>
הקיסרית אליה אודוקיה מאפשרת ליהודים
להתפלל בהר הבית<br>
בסביבות 450<br>
הושלמה כתיבת התלמוד הירושלמי<br>
613–617<br>
מרד היהודים נגד הרקליוס
|}
בשנת 324, לאחר שנים רבות של אי סדר באימפריה הרומית, השתלט על השלטון הקיסר קונסטנטינוס הגדול אשר הפך לשליט האימפריה הביזנטית. קונסטנטינוס הכריז על הדת הנוצרית כעל הדת הרשמית של האימפריה ובעקבות כך ירושלים הפכה לעיר נוצרית כאשר קונסטנטינוס חידש את אכיפת האיסור על התיישבות יהודים בירושלים כחלק ממאמציו לבסס את ירושלים כעיר נוצרית. רובו של היישוב היהודי שנותר בארץ ישראל ולא ירד לבבל, ישב באותה תקופה באזור גליל, ורק מעטים במישור החוף ובהרי יהודה. על אף שקונסטנטינוס הקפיד יותר מקודמיו על החוקים האנטי-יהודיים שנחקקו קודם לכן על ידי הקיסרים הרומאיים (כגון איסור גיור, איסור התיישבות יהודית בירושלים ועוד), היהודים זכו בשנים אלו לרווחה יחסית ולמדיניות מתונה. אך בתוך זמן קצר הפכו הנוצרים לרוב מכריע בארץ, והיישוב היהודי איבד מכוחו הפוליטי והחברתי, והוטלו עליו גזירות נוספות.

בשנת 351 פרץ בציפורי מרד גאלוס כנגד הקיסר קונסטנטיוס השני. המורדים היהודים ניצלו את שעת הכושר עת הייתה מתיחות רבה בין הרומאים לפרסים במזרח. המרד דוכא עד מהרה על ידי כוחותיו של הגנרל אורסיקינוס.

על פי המסורת היהודית בשנת 359 נשיא הסנהדרין הלל השני קבע את כללי לוח השנה העברי כאשר הוא תיקן את מעבר הלוח העברי לקביעות על פי חישוב, במקום על פי ראיית הלבנה, כפי שהיה מקובל עד אז.

בתקופת שלטונו הקצרה, כחלק ממאבקו בנצרות, ביקש הקיסר יוליאנוס לסייע ליהודים שחיו בארץ ישראל על ידי הגברת הנוכחות היהודית לעומת זו הנוצרית. בשנת 362 נפגש יוליאנוס עם ראשי היהודים באנטיוכיה והבטיח להם כי ידאג להחזיר להם את השליטה על ירושלים ויסייע להם להקים מחדש את בית המקדש. פעולה זו של ניסיון הבנייה מחדש של בית המקדש, לא יצאה בסופו של דבר לפועל – תחילה בגלל רעידת האדמה הגדולה של שנת 363 שהרסה את מה שכבר הספיקו לבנות, ולאחר מכן בשל מותו של יוליאנוס.

בשנת 438, הסירה הקיסרית ליקיניה אודוקסיה את האיסור על היהודים להתפלל בהר הבית ובעקבות כך ראשי הקהילה היהודית בגליל הפיצו הודעה לעם היהודי כי סוף הגלות הגיעה.

בסביבות שנת 450 הושלמה יצירת התלמוד הירושלמי.

בשנת 613 פלשו הפרסים לארץ ישראל. היהודים בארץ ישראל, אשר היו נתונים לרדיפות מצד הביזנטים, חברו לפרסים במרד נגד הקיסר הרקליוס. השליטה בירושלים (איליה קפיטולינה) נפלה לידי הכוחות היהודים-פרסיים בהנהגת בנימין מטבריה והגנרל הפרסי שאהאברז, לאחר קרב ומצור בן עשרים יום (ראו כיבוש ירושלים בידי הפרסים). במהלך כיבושה של העיר נשרפו כל המנזרים והכנסיות בירושלים, וכמו כן עשרות אלפי נוצרים נטבחו. תחת הרשאה פרסית, היהודים שלטו בירושלים במשך חמש השנים הבאות ובחלק גדול מיהודה והגליל. באותה העת ישבו ברחבי ארץ ישראל כ-150,000 יהודים, פזורים ב-43 יישובים.

לבסוף, בשנת 625 הצבא הביזנטי כבש מחדש את ארץ ישראל. למרות הבטחתו שלא לפגוע ביהודים על התחברותם לפרסים, נכנע הרקליוס ללחץ, והנוצרים ערכו ביהודים טבח, שדילדל מאוד את אוכלוסיית היהודים בארץ. מאז ועד תחילת המאה ה-20 (1,400 שנה בקירוב) היישוב היהודי לא היווה גורם מדיני מרכזי בארץ ישראל.

המלחמה הארוכה הותירה גם את הפרסים וגם את הביזנטים חלשים ופגיעים, ובשנת 638 ניצלו זאת הערבים, והשתלטו תוך זמן קצר על אזורים נרחבים, כולל ארץ ישראל<ref name=":3"></ref>.

<gallery widths="210px">
קובץ:Eshtemoa menorah.jpg|תבליט המנורה שנתגלה בבית הכנסת באשתמוע ושנוצר במהלך המאה ה-3 או ה-4. מוצג כיום במוזיאון רוקפלר
קובץ:Nabratein synagogue, 2005.jpg|שרידי בית הכנסת העתיק בחורבת נבוריה אשר חרב ברעידת אדמה שאירעה באזור הגליל בשנת 363
קובץ:Beit Alpha.jpg|פסיפס בית הכנסת בבית אלפא, המציג את גלגל המזלות. המאה ה-5 לספירה
קובץ:OemElKanaatier.JPG|שרידי בית הכנסת העתיק של הכפר הקדום "אם הקשתות" אשר מתוארך לתקופה שבין המאה ה-6 למאה ה-8
קובץ:Kapernaum Synagoga.jpg|שרידי בית הכנסת בכפר נחום אשר נבנה במהלך המאה ה-4 לספירה
</gallery>

== תקופת ימי הביניים (636–1517) ==
{| style="background-color: #F9F9F9; border: 1px solid #AAAAAA; clear: left; color: black; float: left; font-size: 88%; line-height: 1.5em; margin: 0 15px 15px 0px; padding: 0.2em; text-align: right;"
|-
! style="background: #ccf; text-align: center;" | אירועים בולטים ביישוב היהודי בארץ ישראלבין 636–1517 לספירה
|-
|
638
הח'ליף עומר בן אל-ח'טאב מאפשר ליהודים לחזור לירושלים
691–705
האיסלאמיזציה של הר הבית
720
נאסר על יהודים באופן קבוע לעלות להר הבית<br>
749
רעש שביעית
המאה העשירית
הושלמה כתיבת המָסוֹרָה
1099
ירושלים נכבשת על ידי הצלבנים ותושביה נטבחו.
1204
הרמב"ם נקבר בטבריה.
1266
נאסר על יהודים להיכנס למערת המכפלה.
1267
הוקם בית כנסת הרמב"ן.
1474
המון ערבי הורס את בית הכנסתהגדול בירושלים
|}
=== תחת שלטון האסלאם (638–1099) ===
המלחמה הארוכה הותירה גם את הפרסים וגם את הביזנטים חלשים ופגיעים, ובשנת 638 ניצלו זאת הערבים<ref name=":3" />. על פי התפיסה ההיסטורית המסורתית, הח'ליף עומר בן אל-ח'טאב, שעמד בראש האימפריה המוסלמית-ערבית, כבש באותה השנה את אזור ארץ ישראל בנוסף למסופוטמיה, סוריה ומצרים, ותוך זמן קצר התחלפה החברה בישראל מכזו עם אופי נוצרי מובהק לכזו עם אופי מוסלמי מובהק. תפיסה מסורתית זו ספגה ביקורות רבות במחקר, וממצאים רבים מערערים על תפיסה זו. גישה עדכנית שעלתה מתוך הממצאים, מציעה שמה שקרה בפועל היה תהליך איטי, ארוך ומורכב, שהתרחש בקצב ובעוצמה שונה בכל אחד מאזורי הארץ<ref name=":4"></ref>. ארץ ישראל נשלטה בתחילה על ידי ח'ליפות ראשידון מאל-מדינה, ולאחר מכן על ידי ח'ליפות בית אומיה מדמשק, ולבסוף על ידי הח'ליפות העבאסית מבגדאד.

האוכלוסייה טרם הגעת האסלאם לישראל כללה 3 דתות מרכזיות – יהדות, נצרות והדת השומרונית. לפי אחת ההערכות, האוכלוסייה היהודית בארץ ישראל באותה העת מנתה בין 300 אלף ל־400 אלף אנשים.

על פי ניתוחו של גדעון אבני, תהליך האסלום של החברה היה איטי, ובמשך מאות שנים שמרו האוכלוסיות המקומיות על זהותן הדתית, זאת עד למאה ה-11, בה ממצאים מצביעים על שינויים חדים באופי היישובים בישראל, לצד ירידה דרמטית בהיקף ההתיישבות בכל רחבי הארץ<ref name=":4" />.

במאות השנים הללו, בהדרגה האוכלוסייה המוסלמית הפכה לרוב בארץ ישראל, כאשר התרבות הערבית, השפה הערבית, ודת האסלאם הפכו דומיננטיים. עם זאת, עד למאה ה-11 בארץ ישראל עדיין היה אחד ממרכזי הסמכות החשובים ליהודים, ישיבת גאון יעקב. מהמאה ה-6 ראשי ההנהגה הדתית בישראל ובבבל כונו גאונים. במאות השנים הללו היו מאבקי סמכות וכוח בין מוקדי הכוח היהודיים המרכזיים בבבל לבין ישיבת גאון יעקב<ref name=":5" />.

כמו בני מיעוטים אחרים באימפריה המוסלמית, גם היהודים היו חייבים מיסים מיוחדים שלא היו תקפים למוסלמים, והיו כפופים לאפליות שונות בחוק, כמו איסור על הקמת בתי כנסת חדשים. לרוב לא היה מקובל לכפות התאסלמות על התושבים הלא-מוסלמים, בין היתר כדי לא לפגוע ברווחיות מיסים אלו. מבין המיעוטים הדתיים, נהנו היהודים והנוצרים ממעמד מיוחד בתור "אנשי הספר", והם נהנו מחסות של השליטים ומזכות לחייהם, רכושם וזכויות נוספות לקביעת דרך חייהם. בנוסף, במקרים רבים לא אכפו השליטים בפועל חלק מההגבלות על היהודים מתוך שיקולים שונים, כלכליים או פוליטיים. מציאות זו אפשרה, למרות ההגבלות והאפליה, גם תקופות של שגשוג תרבותי וכלכלי בקרב היהודים<ref name=":5"></ref>.

הח'ליף עומר בן אל-ח'טאב עודד יהודים להתיישב בירושלים. זו הייתה הפעם הראשונה, אחרי כמעט 500 שנה של שלטון נוצרי, שהיהודים הורשו להיכנס ולעבוד בחופשיות בעיר הקודש. שבעים משפחות יהודיות מטבריה עברו בעקבות כך לירושלים על מנת לחזק את הקהילה היהודית בעיר. אף על פי כן, עם בניית כיפת הסלע בשנת 691 ומסגד אל-אקצא בשנת 705 השליטים המוסלמים הפכו את הר הבית לאתר קדוש למוסלמים. הכיפה נבנתה מעל לאבן השתייה, המקום הקדוש ביותר בהר הבית ליהודים אשר נמצאה בקודש הקודשים בבית המקדש. לפני מותו של עומר עבד אל-עזיז בשנת 720 הוא אסר על היהודים להתפלל בהר הבית, מדיניות שנותרה על קנה במשך אלף השנים הבאות של השלטון האסלאמי באזור.

ברעידת האדמה של שנת 749 (רעש שביעית) נחרבו בין היתר שלושים בתי כנסת בטבריה לבדה.

בסוף המאה ה-8 ובמאה ה-9, תחת שלטון בית עבאס, הוחמר היחס אל חלק מהמיעוטים ובהם גם ההיהודים. בתקופה זו הוחמרו ההגבלות לאיסור בניית מבני דת, נקבעו ליהודים חוקים משפילים כמו ענידת סמל בצורת עגל הזהב במרחצאות או הצבת פסלי שדים בפתח הבית. היחס הוחמר פעם נוספת גם במאה ה-11<ref name=":5" />.

בעלי המסורה שהופיעו בטבריה במאה ה-10 לספירה, עמלו לקבוע מערכת אחידה של נוסח המסורה, שישמר את הנוסח שהיה קיים בזמנם (על שיבושיו) ותסייע בהעתקה מדויקת שלו. כך הם פיתחו את סימני הניקוד, את סימני טעמי המקרא, ואת חיבורי המסורה (מסורה גדולה ומסורה קטנה) הנותנים מערך שלם של סימנים לזכירת מופעים חריגים של מילה בטקסט, ועוד.

בשנת 1073 כבשו הסלג'וקים את ארץ ישראל למשך קרוב ל-30 שנה. לאחר הכיבוש נאלצה ישיבת גאון יעקב למלט עצמה מירושלים לצור, ובהמשך למצרים<ref name=":5" />, ובכך תמה ההנהגה היהודית-ישראלית עד לתקופה הטרום-מודרנית.

=== התקופה הצלבנית (1099–1291) ===
כיבוש ירושלים בשנת 1099 במהלך מסע הצלב הראשון, בציור מהמאה ה-19]]
הצלבנים הגיעו לארץ ישראל מאירופה במטרה לשחרר את ארץ הקודש, כאשר הם רצחו מוסלמים ויהודים רבים ומכרו חלק מהם לעבדות. לטענת החוקר מרטין גילברט בין השנים 1099 ל-1291 הצלבנים בארץ ישראל "רדפו ושחטו את יהודי ארץ ישראל ללא רחמים".

בשנת 1099 היהודים הצטרפו ליתר אוכלוסיית ירושלים בניסיון להגן לשווא על ירושלים מפני הפלישה הצלבנית. כאשר נפלה העיר, הצלבנים רצחו בסביבות 6,000 יהודים כאשר בית הכנסת בו הם שהו הוצת.

תחת השלטון הצלבני יהודים לא הורשו להחזיק קרקעות ובשל כך היו מעורבים במסחר בערי החוף. רוב היהודים בארץ ישראל באותה העת היו בעלי מלאכה. בשלב זה הקהילות היהודיות היו פזורות בכל רחבי ארץ ישראל, כולל בירושלים, בטבריה, ברמלה, באשקלון, בקיסריה, ובעזה.

בשנת 1165 הרמב"ם ביקר בירושלים והתפלל בהר הבית. בשנת 1141 המשורר הספרדי יהודה הלוי קרא ליהודים לעלות לארץ ישראל, והוא עשה זאת בעצמו.

השלטון הצלבני בארץ ישראל השפיע באופן ניכר על האוכלוסייה היהודית בארץ ישראל. המצב של היהודים בארץ ישראל השתפר לבסוף לאחר שב־1187 צבאותיו של הסולטאן המוסלמי צלאח א-דין הביסו את הצלבנים בקרב קרני חיטין, ובהמשך כבשו את ירושלים ואת רוב אזור ארץ ישראל. (מדינה צלבנית שהתרכזה באזור עכו שרדה בסביבות מאה שנה נוספות). צלאח א-דין הוציא בהמשך כרוז המזמין את כל היהודים לחזור ולהתיישב בירושלים, ולטענת רבי יהודה אל-חריזי יהודים החלו בעקבות כך לחזור לארץ הקודש ולהתיישב בירושלים. אל-חריזי השווה את הצו של צלאח א-דין, אשר איפשר ליהודים לחזור ולגור בירושלים, לצו שהוציא כורש הגדול כ-1,600 שנים קודם לכן.

למרות המדיניות הרשמית של צלאח א-דין, בתקופות בהן שלטו הצלבנים על חלקים מארץ ישראל, הקרבה והמתח בין הנצרות לאסלאם גרמו לעלייתם של זרמים אסלאמים קיצוניים, והתעוררו בתקופה זו מספר גלים של אסלום בכפייה באזורי ארץ ישראל שהיו בשליטת המוסלמים. על יהודים שלא המירו את דתם הופעלו לחצים לעזוב ולהגר<ref name=":5" />.

בשנת 1211 הגיעה לישראל עליית בעלי התוספות, שהייתה קבוצה של מעל ל-300 רבנים מצרפת ומאנגליה, אשר כללה את רבי שמשון משאנץ. יהודי אירופה אשר בחרו להגר לארץ הקודש במאה ה-13 עשו זאת לרוב בשל הרדיפות באירופה, או כתוצאה ממצוקה כלכלית. בכתביו של רבי יהודה אלחריזי משנת 1217 הוא ציין שהוא מצא את המראה של המבנים הלא-יהודיים בהר הבית מפריע מאוד: "איזה ייסורים לראות את בית המקדש שלנו הפך למקדש זר!".

בשנות ה-20 של המאה ה-13 הצליחו הצלבנים לכבוש מחדש את ירושלים, אולם איבדו אותה מחדש בקרב הירביה בשנת 1244, שעלה לצלבנים במרבית שטחם, והותיר אותם עם שטח מצומצם באזור עכו. בתקופה זו נשלטה רובה המוחלט של הארץ על ידי כוחות מוסלמים. בשנת 1291 נכבש גם החלק האחרון שהיה בשליטה צלבנית.

=== התקופה הממלוכית ===
[[בית כנסת הרמב"ן ברובע היהודי הוקם בעיר העתיקה בירושלים במאה ה-16]]
בשנת 1250 במהלך סכסוך פנימי בצמרת הסולטנות האיובית ששלטה על ישראל, מרדו מנהיגי הממלוכים – צבא של חיילים-עבדים ששרתו את הסולטנות – חיסלו את הסולטאן, והקימו במצרים את הסולטנות הממלוכית, ששלטה על ישראל קרוב ל-300 שנה.

בשנת 1267 הרמב"ן הגיע לירושלים ומצא רק שני תושבים יהודים. מתוך רצון להחיות את הקהילה היהודית בירושלים הרמב"ן הביא עימו לירושלים ספר תורה משכם והקים בירושלים בית כנסת. מאוחר יותר התיישב הרמב"ן בעכו, שם עמד בראש ישיבה יחד עם רבי יחיאל בר יוסף הלוי מפריז, אשר עלה לארץ ישראל בשנת 1260 יחד עם בנו ועם קבוצה גדולה של מאמינים. עם הגעתו הוא הקים את בית מדרש.

במחצית השנייה של המאה ה-13 הפכה ארץ ישראל נתונה לתקיפות מונגוליות מרובות. העימותים עם המונגולים גרמו לכך שרבים מתושבי ארץ ישראל, והיהודים בפרט, מצאו את מותם במהלך אותה התקופה. צבאות הסולטאן קוטוז ממצרים ניצחו בסופו של דבר את המונגולים בקרב עין ג'לוט (סמוך למקום בו הוקם היישוב עין חרוד המורדני).

בשנת 1266 הפך הסולטן הממלוכי ביברס את מערת המכפלה בחברון למקדש מוסלמי, ואסר על כניסתם של נוצרים ויהודים למקום, אשר קודם לכן הורשו להיכנס למקום תמורת תשלום. האיסור נשאר בתוקף עד שנת 1967 כאשר ישראל כבשה את אזור יהודה ושומרון והשתלטה על מבנה מערת המכפלה. בשנת 1286 המנהיג היהודי מאיר מרוטנבורג נכלא על שניסה לארגן קבוצה גדולה של יהודים מגרמניה שתעלה לארץ ישראל. שני המקובלים הספרדים חננאל אבן אסקארה ושם טוב אבן גאון היגרו לצפת בתקופה זו. בימי שלטונו הסובלני של הסולטן הממלוכי מוחמד בן קלאון הורשו עולי רגל יהודים ממצרים ומסוריה לחגוג חגים יהודיים בירושלים. רבים מיהודי ירושלים עסקו בלימוד קבלה. אחרים היו אומנים, סוחרים, קליגרפים או רופאים. הקהילה היהודית התוססת בחברון עסקה בין היתר באריגה, צביעה וייצור כלי זכוכית.

לניסיון של יהודים מגרמניה לרכוש בשנת 1428 מבנים בהר ציון, במקום בו היה קבר דוד המלך, היו תוצאות חמורות. הפרנציסקנים ששהו באתר מאז 1335 עתרו לאפיפיור, מרטינוס החמישי, אשר הוציא בתגובה את צו גזירת הים האוסר על העברת יהודים מאירופה (בעיקר מערי המסחר של איטליה כוונציה וג'נובה) לארץ ישראל.

בשנת 1455 נעצרה קבוצה גדולה של יהודים מסיציליה שניסתה להפליג לארץ ישראל. מאחר שלא רצו להפסיד את ההכנסות מהמסים המיוחדים שנלקחו מהיהודיים השלטונות התנגדו להגירה המונית של יהודים מתחומם והאשימו את הקבוצה בכך שניסו להבריח זהב שלא כדין מסיציליה. לאחר ששהו במאסר במשך תשעה חודשים, 24 היהודים שנכלאו שוחררו לאחר ששילמו כופר ובעקבות כן קיבלו אישור לנסוע לארץ ישראל כל עוד ישאירו מאחוריהם את כל רכושם.

== היסטוריה מודרנית (1517 ואילך) ==

=== השלטון העות'מאני (1517–1917) ===

{| style="background-color: #F9F9F9; border: 1px solid #AAAAAA; clear: left; color: black; float: left; font-size: 88%; line-height: 1.5em; margin: 0 15px 15px 0px; padding: 0.2em; text-align: right;"
|-
! style="background: #ccf; text-align: center;" | אירועים בולטים ביישוב היהודי בארץ ישראלבין 1517–1917 לספירה
|-
|
1538–1542
הסולטאן סולימאן הראשון בונה את חומות ירושלים. כדי למנוע כביכול את ביאת משיח היהודים, הוא חוסם אתשער הרחמים, ומקים בית קברות מוסלמי גדול בצמוד אליו.
1663
שבתי צבי מייסד תנועת השבתאות
1 בינואר 1837
רעידת האדמה בצפת (1837) – רעידת אדמה הרסניתהחריבה את העיר צפת וסביבותיה והותירהאלפי הרוגים.
1860
הושלמה בניית משכנות שאננים, השכונה היהודיתהראשונה שהוקמה בירושלים מחוץ לחומותהעיר העתיקה.
1881–1903
תקופת העלייה הראשונה אשר במהלכה כ-35,000 יהודיםעלו והשתקעו בארץ ישראל.
11 באפריל 1909
נוסדה תל אביב בפאתי העיר יפו.
6 באפריל 1917
גירוש תל אביב
2 בנובמבר 1917
מתפרסמת הצהרת בלפור בה הצהירו הבריטים על תמיכתםבהקמת בית לאומי ליהודים בארץ ישראל.
|}
ארץ ישראל נכבשה על ידי צבאות הסולטן הטורקי סלים השני בשנים 1516–1517, והפכה למחוז של סוריה העות'מאנית במשך ארבעת מאות השנים הבאות.

בשנת 1534 הפליט הספרדי רבי יעקב בירב התיישב בצפת. בירב, אשר נחשב לאחד מגדולי חכמי ארץ ישראל במחצית הראשונה של המאה ה-16, ניסה ליזום ב-1539 את חידוש הסמיכה, אשר הייתה אמורה לגרום לכך שתהיה רשות מרכזית מוכרת אחת לכל היהודים ברחבי העולם. בשנת 1538 אספת רבנים בצפת שכללה 25 רבנים ואת בירב, ניסו להוביל מהלך שיגרום להקמה מחדש של הסנהדרין. אף על פי כן תוכניתם נעצרה בעקבות מחאה חזקה מצד הרב הראשי של ירושלים לוי בן חביב. נוסף על כך, העות'מאנים אשר חששו שהתוכנית של בירב תהווה צעד ראשון לקראת הקמתה של מדינה יהודית, גירשו את בירב מארץ ישראל. במאה ה-16 בכל זאת חלה צמיחה בקרב הקהילה היהודית בארץ ישראל. הרבנים בארץ ישראל לקחו חלק ביצירת מדריך העוסק בהלכה היהודית וכמה מהשירים הליטורגיים היפים ביותר. חלק גדול מהפעילות הזו התרחשה בצפת שהפכה למרכז רוחני מרכזי ליהודים. כמה מן המזמורים המפורסמים ביותר נכתבו בצפת על ידי משוררים כמו ישראל נג'ארה ושלמה אלקבץ. צפת הפכה גם למרכז למיסטיקה יהודית, כאשר מקובלים בולטים בצפת באותה העת כללו את משה קורדוברו ונפתלי הרץ בן יעקב אלחנן. שיטה חדשה להבנת הקבלה פותחה על ידי המיסטיקן יצחק לוריא, ואומצה על ידי תלמידו חיים ויטאל. בצפת פיתחו היהודים מספר ענפי מסחר, בעיקר גידולי דגנים, תבלינים, ובדים. בשנת 1577 הוקם בצפת בית דפוס עברי. בשנת 1555 מנתה הקהילה היהודית בצפת בסביבות 8,000 עד 10,000 יהודים. עד סוף המאה ה-16 תגדל הקהילה היהודית בצפת פי שניים לערך.

בסביבות שנת 1560 העניק סולימאן המפואר הכרה רשמית בזכות היהודים להתפלל בכותל המערבי.

בסביבות שנת 1563 קיבל יוסף הנשיא אישור מהסולטן סלים השני לרכוש את טבריה ושבעה כפרים סמוכים על מנת להקים במקום עיר יהודית. יוסף הנשיא קיווה שמספר גדול של פליטים יהודים ישתקעו שם. ואכן, פליטים יהודים מהעיר קורי שבאיטליה, המונה כ־200 נפשות, החליטו להגר לטבריה. יוסף הנשיא הוביל בנייה מחדש של חומות העיר בשנת 1564 וניסה להפוך את טבריה למרכז לייצור טקסטיל, על ידי שתילת עצי תות בתחומי העיר בתקווה להפיק מהם משי. עם זאת, בשנים שלאחר מכן מספר גורמים תרמו לכך שהתוכנית כשלה לבסוף. דודתו של יוסף הנשיא, דונה גרציה נשיא, תמכה בישיבה בעיר במשך שנים רבות עד מותה בשנת 1569.

בשנת 1576 החליטו העות'מאנים לגרש 1,000 משפחות משגשגות מהקהילה היהודית בצפת לקפריסין "לטובת האי", וכי 500 אנשים נוספים יגורשו לקפריסין בשנה שלאחר מכן. הצו בוטל מאוחר יותר. ב־1586 הסכימו יהודי איסטנבול להקים חאן מבוצר על מנת לספק מקלט ליהודי צפת מפני "שודדי לילה וגנבים חמושים".

בשנת 1569 עבר הרדב"ז לירושלים, אך עד מהרה בחר לעבור לצפת על מנת להימלט מהמיסים הגבוהים שהטילו העות'מאנים על היהודים.

בשנת 1610 הושלם בית הכנסת יוחנן בן זכאי בירושלים. בית הכנסת הפך בעקבות כך לבית הכנסת הראשי של היהודים הספרדים, והמקום שבו פעל הרב הראשי של יהודי ספרד. אולם הלימוד הסמוך שנוסף ב-1625 הפך מאוחר יותר לבית הכנסת של אליהו הנביא.

במרד חמלניצקי שאירע באוקראינה בשנים 1648–1654 נרצחו קרוב ל-100,000 יהודים. בעקבות כך חלה הגירה גדולה של יהודים לארץ ישראל. ב-1660 היישוב צפת וטבריה בהם היה רוב יהודי נחרבו על ידי דרוזים בעקבות מאבקי כוחות שהתקיימו באותה העת בגליל. בשנת 1665 האירועים סביב הגעתו של שבתי צבי לירושלים הובילו לכך שבוצע טבח ביהודים בירושלים. רעידת האדמה של 1759 גרמה להחרבה של חלק ניכר מהעיר צפת וטבריה ולמותם של כאלפיים אנשים, כאשר מתוכם מתו כ-190 יהודים.

תלמידיו של הגאון מווילנה התיישבו בארץ ישראל כמעט עשור לאחר בואם של שניים מתלמידיו, הרב חיים מווילנה והרב ישראל בן שמואל משקלוב. בסך הכל שלוש קבוצות של תלמידי הגאון מווילנה היגרו לארץ ישראל. הם היוו את הבסיס לקהילות האשכנזיות של ירושלים ושל צפת, שהקימו את מה שהיה ידוע כ"כולל פרושים". הגעתם עודדה התעוררות של הקהילה האשכנזית בירושלים, שעד אז הייתה בעיקר ספרדית. רבים מהצאצאים של תלמידי הגאון מווילנה הפכו לדמויות מובילות בחברה הישראלית המודרנית.

במהלך המצור על עכו ב-1799 נפוליאון פרסם כרוז ליהודי אסיה ואפריקה שיסייעו לו לכבוש את ירושלים. אך לבסוף המצור הסתיים והתוכנית מעולם לא בוצעה.

במהלך מרד האיכרים בארץ ישראל שהתקיים ב-1834 אשר בוצע בזמן שלטונו של השליט המצרי מוחמד עלי בוצעו פרעות ומעשי טבח נגד האוכלוסייה היהודית בארץ ישראל – בצפת ובחברון . עם זאת, באופן כללי בתקופה הטרום-ציונית, נחשבו היהודים לנתינים נאמנים, וכך למשל, כאשר בשנת 1860 היו פרעות אלימות כנגד בני מיעוטים נוצרים ברחבי האימפריה העות'מאנית, הן פסחו על המיעוט היהודי<ref></ref>.

לפי מקורות מסוימים עד 1844 היהודים הפכו לקבוצת האוכלוסייה הגדולה ביותר בירושלים ובשנת 1890 לרוב הדומיננטי בעיר. אף על פי כן האוכלוסייה היהודית עדיין היוותה פחות מ-10% מאוכלוסיית האזור.

<gallery widths="210px">
קובץ:Jerusalem city gate 1898.jpg|בשנת 1541 הסולטאן העות'מאני סולימאן הראשון חוסם את שער הרחמים, ומקים בית קברות מוסלמי גדול מולו כדי למנוע את ביאת משיח היהודים. תצלום משנת 1898.
קובץ:Jews in Jerusalem 1895.jpg|אנשי היישוב הישן, בלבושי קהילות ספרד, אשכנז וארצות האסלאם. צולם בירושלים ב-1895
קובץ:Hurva Synagogue (before 1899).jpg|בית הכנסת החורבה במרכז הרובע היהודי בעיר העתיקה בירושלים נבנה פעמיים בתקופה העות'מאנית – בתחילת המאה ה-18 ולאחר שנחרבה על ידי מוסלמים בשל אי תשלום חובות נבנתה בשנית באמצע המאה ה-19.
קובץ:Mishkenot1.jpg|בשנת 1860 הושלמה בניית משכנות שאננים, השכונה היהודית הראשונה שהוקמה בירושלים מחוץ לחומות העיר העתיקה.
קובץ:TelAviv-Founding.jpg|ב-11 באפריל 1909 מתקיימת הגרלת המגרשים לאחוזת בית מצפון ליפו, מאורע שנחשב כיום ההולדת של תל אביב, ולמיזם היהודי הראשון לבניית עיר בארץ ישראל בתקופת שיבת ציון המודרנית
</gallery>

=== המנדט הבריטי (1917–1948) ===
תוכנית החלוקה של האו"ם
בעוד שבמאה ה-18 ובמאה ה-19 היו גלי עלייה אחדים לישראל אשר היו רק ממניע דתי וכללו מספר נמוך יחסית של מהגרים יהודים, בין השנים 1882 עד 1948, בעקבות תחילתה של התנועה הציונית, הגיעו יהודים לארץ ישראל מתוך מטרות אחרות ובנסיבות אחרות – הם ביקשו לחיות חיי עבודה ומתוך הכרה לאומית חדשה, שנוצרה עקב שינוי תדמיתו של היהודי בגלות. כמו כן חלק גדול מהם עלו לארץ ישראל בעקבות משברים, גילויי אנטישמיות, רדיפות ופוגרומים שהתרחשו כנגד היהודים בארצות מוצאם. עליות אלו הגיעו בגלים גדולים של הגירה המונית. לכל אחת מהעליות היו אפיוניים ייחודיים משלה, לפי ארצות המוצא ואופי העולים. כל עלייה הביאה מנהגים, הרגלים ותרבות חדשה ושונה לארץ ישראל.

בשנת 1917, לקראת סוף מלחמת העולם הראשונה, בעקבות התבוסה של האימפריה העות'מאנית, נכבשה ארץ ישראל על ידי הבריטים. בריטניה השתלטה על השטח שממערב לנהר הירדן, המונה כיום את מדינת ישראל, יהודה ושומרון, ורצועת עזה (המנדט הבריטי), והאזור שממזרח לנהר הירדן הפך בהמשך למדינת ירדן (במסגרת מנדט נפרד) בועידת השלום בפריז ב-1919 שאורגנה על ידי חבר הלאומים. הרברט סמואל, שהיה בעבר ממונה על שירותי הדואר ושר הפנים בממשל הבריטי, החל לפעול לגיבוש הצהרת בלפור, ומונה למשרת הנציב העליון בשנת 1920 לאחר תחילת המנדט הבריטי על ארץ ישראל. במלחמת העולם הראשונה העניקו הבריטים שתי הבטחות בנוגע לאזור ארץ ישראל – בריטניה הבטיחה לאוכלוסייה הערבית בארץ ישראל, באמצעות תומאס אדוארד לורנס, מדינה ערבית עצמאית מאוחדת שהייתה אמורה להשתרע על רוב האזור הערבי של המזרח התיכון, בתמורה לתמיכתם בבריטים, ובמקביל בריטניה הבטיחה להקים ולטפח בית לאומי יהודי כפי שנקבע בהצהרת בלפור ב-1917.

בשואה נספו שישה מיליון יהודים בידי הנאצים. לעובדה זו הייתה השפעה ניכרת על המצב בארץ ישראל. במהלך המלחמה הבריטים לא התירו כניסת יהודים רבים שנמלטו מידי הנאצים, ושלחו את אלו שניסו להגיע למחנות מעצר במאוריציוס ובקפריסין. היה זה צעד מחושב שנועד להגביר את התמיכה בקרב האוכלוסייה הערבית, שכן תמיכת האוכלוסייה היהודית במטרת בנות הברית הייתה מובטחת.

לאחר המלחמה החל להתברר כי הבריטים עומדים לעזוב את הארץ ולהכריז על סיום המנדט, והם מחפשים אך דרך מכובדת לעשות זאת, תוך גרימת נזק מזערי לעצמם ולתושבי ארץ ישראל. על מנת לבחון את פתרון הבעיה, מינה האו"ם ועדה מיוחדת לעניין ארץ ישראל – ועדת אונסקו"פ, אשר כללה נציגים מארצות שונות. ועדת אונסקו"פ המליצה לפצל את השטח המנדטורי בארץ ישראל בין שתי מדינות – מדינה יהודית אשר תהיה מורכבת מרוב יהודי ומדינה ערבית אשר תהיה מורכבת מרוב ערבי, כאשר עיר הבירה, ירושלים, תהיה תחת מנדט בינלאומי והאוכלוסייה היהודית והערבית בה יהיו פחות או יותר שוות בגודלם. ההמלצה של ועדת אונסקו"פ, אשר נודעה בשם "תוכנית החלוקה" קבעה את כמות הקרקעות אשר הוקצו לכל צד. המדינה היהודית הייתה אמורה להיות בגודל 15,000 קילומטרים רבועים בקירוב והייתה אמורה לכלול מיעוט ערבי. המדינה הערבית הייתה אמורה להיות בגודל 11,000 קילומטרים רבועים בקירוב והייתה אמורה לכלול מיעוט יהודי. לפי תוכנית החלוקה אף מדינה לא הייתה אמורה להיות רציפה בשטחה. כמו כן, בית לחם הייתה אמורה להיות גם היא תחת שליטת האומות המאוחדות.

אף אחד מהצדדים לא היה מרוצה מתוכנית החלוקה. היהודים לא היו מרוצים משום שלפי התוכנית הם היו אמורים לאבד את ירושלים – אשר הכילה באותה העת רוב יהודי – וכמו כן חששו מיכולת העמידה של מדינה שלא תהיה בעלת שטח רציף. עם זאת, רוב הציבור היהודי בארץ ישראל קיבל את התוכנית ובהן הסוכנות היהודית אשר תפקדה כממשלה בפועל של היישוב ופעלה לקדם את אישור התוכנית. מנגד, חלקים מן הציבור היהודי, בהם ארגון האצ"ל, דחו בתוקף את תוכנית החלוקה. בניגוד למחלוקת שהייתה בהנהגת היישוב היהודי בנוגע לתוכנית, בהנהגה הערבית דחו את התוכנית מכול וכול. המנהיגות הערבית טענה כי תוכנית החלוקה הפרה את זכויותיהם של מרבית התושבים בארץ ישראל – באותה העת 67% מכלל אוכלוסיית ארץ ישראל הייתה לא יהודית (1,237,000 אנשים) בעוד ש-33% היו יהודים (608,000 אנשים). המנהיגים הערבים טענו גם שאם תיושם התוכנית מספר רב של ערבים יהיו לכודים בשטחי המדינה היהודית. המנהיגים הערבים באותה העת התנגדו באופן עקרוני לזכותם של היהודים למדינה עצמאית בארץ ישראל ושיקפו בכך את מדיניותה של הליגה הערבית.

תוכנית החלוקה אומצה על ידי מליאת האו"ם, על מנת שתיושם עם סיום המנדט, ב-29 בנובמבר 1947 ברוב של 33 קולות מול 13 מתנגדים ו־10 נמנעים. תוכנית החלוקה הייתה אמורה להיכנס לתוקפה בלילה שבין ה-14 ל-15 במאי 1948, התאריך בו הבריטים נדרשו להתפנות מארץ ישראל ולסיים את המנדט. אישור תוכנית החלוקה הוביל למאבק מזוין נגד היישוב היהודי אשר בוצע על ידי הארגונים העיקריים של ערביי ארץ ישראל שנעזרו בכוחות מתנדבים מארצות ערב. המאבק כלל הן פיגועים ובעיקר מלחמה על צירי התחבורה ובשלב מאוחר יותר גם ניסיונות השתלטות על יישובים. מאבק מזוין זה, שהיה עדיין מוגדר כמלחמת אזרחים, והתגובות לו מצד הציבור היהודי, היוו את ראשיתה של מלחמת העצמאות.

ב-14 במאי 1948, יום לפני תום המנדט הבריטי, הכריז בתל אביב ראש ממשלת ישראל דוד בן-גוריון על: 

<gallery widths="210px">
קובץ:Commencing a Jewish settlement. Types of settlers. Approximately 1920 to 1930. matpc.02355.jpg|חלוצים יהודים במגדל בתקופת העלייה השנייה. צולם בשנת 1912.
קובץ:Weizmann and feisal 1918.jpg|תצלום מהפגישה הראשונה בין הנסיך החג'אזי האמיר פייסל (מימין) והמנהיג הציוני חיים ויצמן, שהתקיימה כחלק מהמאמצים להסדיר את היחסים בין התנועה הציונית לבין ממלכה ערבית מאוחדת בראשות פייסל שהייתה אמורה לקום בעקבות תוצאות מלחמת העולם הראשונה והמרד הערבי. צולם ביוני 1918.
קובץ:Jewish legion hakotel 1917.jpg|חיילי הגדודים העבריים בכותל המערבי לאחר כיבוש ירושלים. תצלום משנת 1918
קובץ:Bundesarchiv Bild 183-R68235, Naharija, Landung jüdischer Auswanderer.jpg|מעפילים יהודים, אשר היגרו לשטחי המנדט הבריטי באופן בלתי חוקי, יורדים מספינת מעפילים ליד נהריה. צולם ב-1948.
</gallery>

=== מדינת ישראל (1948 ואילך) ===

[[הכותל המערבי בירושלים, 2008]]

עם סיום המנדט הבריטי בארץ ישראל והכרזת הקמתה של מדינת ישראל ב-14 במאי 1948 הפכה מלחמת העצמאות ממלחמת אזרחים בין היהודים והערבים בארץ ישראל למלחמה כוללת בין המדינה היהודית למדינות ערב המקיפות אותה. בעקבות ההכרזה פלשו לארץ ישראל צבאותיהן של חמש מדינות: לבנון, סוריה, ירדן, עיראק ומצרים ותקפו את מדינת ישראל שזה עתה קמה. המלחמה הסתיימה בניצחונו של צה"ל, שהדף את צבאות ערב והרחיב את תחום המדינה מעבר לגבולות שנקבעו למדינה היהודית בהחלטת עצרת האו"ם. בדצמבר 1948 שלטה ישראל בחלק הארי של המנדט ממערב לנהר הירדן. שאר שטחי המנדט לשעבר אשר לא היו בשליטת ישראל היו – יהודה ושומרון (בשליטת ירדן) ורצועת עזה (בשליטת מצרים). לפני הסכסוך ובמהלכו 711,000 מערביי ארץ ישראל גורשו או נמלטו מבתיהם והפכו לפליטים. שליש מהפליטים עבר ליהודה ושומרון ושליש לרצועת עזה, והשאר עברו לירדן, לסוריה, ללבנון ולמדינות אחרות.

לאחר קום המדינה, הגיע לישראל גל גדול של מהגרים יהודים שכלל ניצולי השואה מאירופה ופליטים יהודים ממדינות ערב אשר הכפיל את אוכלוסיית מדינת ישראל תוך שנה מיום הכרזת העצמאות. בשנים שלאחר מכן נמלטו או גורשו ממדינות ערב, איראן ואפגניסטן כ-850,000 יהודים ספרדים ומזרחים. מתוכם כ-680 אלף התיישבו בישראל.

המדינה קמה תחת אתוס של כור היתוך, המצפה ממהגרים יהודים מכל העולם להשאיר מאחור חלק ממאפייניהם התרבותיים הגלותיים ולאמץ זהות אתנית ותרבותית חדשה, ישראלית – הצבר. בפועל, התרבות הישראלית החדשה עוצבה עד אמצע המאה ה-20 בעיקר על ידי גלי העלייה הראשונים בהם הייתה דומיננטיות ממזרח אירופה. בשנות ה-80 הושפעה ישראל ממגמה עולמית של רב תרבותיות והמדינה התייחסה באופן מעודד יותר לטיפוח זהות תרבותית נוספת בהתאם למוצא המשפחתי. למרות אחוזים גבוהים של נישואי תערובת בין העדות, מתחים על בסיס זהות תרבותית לא נדירים גם בעשור השני של המאה ה-21<ref></ref>.

האוכלוסייה היהודית בישראל המשיכה לצמוח בקצב גבוה מאוד במשך שנים, בעיקר הודות לגלי הגירה של יהודים מכל העולם, כולל גל עלייה גדול במיוחד של יהודים מברית המועצות, שהגיעו לישראל בתחילת שנות ה-90 על פי חוק השבות. בשנת ה'תשנ"א לבדה (1990–1991) כ-380 אלף עולים היגרו לישראל מברית המועצות.

מאז 1948 קיימת מתיחות ביטחונית בין ישראל לשכנותיה, ובעיקר בין ישראל לארגוני טרור הפועלים בישראל ובשכנותיה. מתיחות זו התלקחה מספר פעמים למלחמות, בהן מלחמת סיני ב-1956, מלחמת ששת הימים ב-1967, מלחמת יום הכיפורים ב-1973, מלחמת לבנון הראשונה ב-1982, מלחמת לבנון השנייה ב-2006 ומלחמת חרבות ברזל ב-2023, וכמו גם שלל סכסוכים נוספים, ובהם הסכסוך הישראלי-פלסטיני המתמשך. למרות האיומים הביטחוניים המתמידים, ישראל – מדינה עם רוב יהודי מובהק – צמחה כלכלית, תרבותית וביטחונית ואף הגיע להסכמי שלום עם מצרים, ירדן, איחוד האמירויות, בחריין, מרוקו וסודאן.

<gallery widths="240px" heights="180px">
קובץ:Declaration of State of Israel 1948.jpg|ההכרזה על הקמת מדינת ישראל, 14 במאי 1948
Zoltan_Kluger._Rosh_Ha-Ayin_1950.jpg|יהודי תימן במעברת ראש העין, 1950
Raising_the_Ink_Flag_at_Umm_Rashrash_(cropped).jpg|הנפת דגל הדיו לאחר מלחמת העצמאות
Israeli troops in sinai war.jpg|כוחות ישראלים מתכוננים ללחימה בחצי האי סיני, 1956
</gallery>

== ראו גם ==
*לוח התקופות בארץ ישראל
*תולדות האסלאם בארץ ישראל
*יהדות ישראל
*היישוב

==לקריאה נוספת==

===כללי===
*אלכסנדר זיסקינד רבינוביץ, תולדות היהודים בארץ ישראל משנת ג’ אלפים תת"ל ליצירה עד ה’ אלפים תרע"ה, דפוס איתן ושושני, יפו, תרפ"א.
*שמואל קליין, תולדות היישוב היהודי בארץ-ישראל: מחתימת התלמוד עד תנועת ישוב ארץ ישראל, 1935.
*אברהם יערי, זכרונות ארץ ישראל (וכן מספריו האחרים בנושא)
*דן בהט, בנימין זאב קידר, זאב וילנאי, רציפות היישוב היהודי בארץ ישראל, תל אביב: הוצאת משרד הביטחון, תשל"ד.
*מיכאל איש שלום, בצילן של מלכויות – תולדות היישוב היהודי בארץ ישראל, , תל אביב, תשל"ו/ 1975.
*אריה חורשי, [http://blogia.co.il/Communa/ViewmsgCommuna.asp?Communaid=3877&msgid=3340430&archive=1 תולדות היהודים בארץ ישראל], ראשון לציון, 2005.
* יואל רפל, תולדות ארץ-ישראל, משרד הביטחון – ההוצאה לאור, 1980 ;

===לפי תקופה===
*גדליה אלון, תולדות היהודים בארץ-ישראל בתקופת המשנה והתלמוד, הוצאת הקיבוץ המאוחד, תשל"ו (1975–1977).
*אריה חורשי, תולדות היהודים בארץ ישראל תחת שלטון המוסלמים, תל אביב, הוצאת יסוד, תשל"ו.
* בנימין זאב קדר, היישוב היהודי בתקופה הערבית, בתוך: יואל רפל, תולדות ארץ-ישראל, תש"מ.
*
* יהושע פראוור, תולדות היהודים בממלכת הצלבנים. ירושלים: יד יצחק בן-צבי, תשס"א/ 2000.

====היישוב בעת החדשה====
*ישעיהו פרס, היישוב היהודי בירושלים במאה הי"ט, הוצאת ספרים ע"ש י"ל מאגנס, תשי"ב.
*יצחק בן-צבי, ארץ ישראל ויישובה בימי השלטון העות'מאני, הוצאת יד בן-צבי, תשט"ו–1955 (מהדורה ראשונה), תשל"ו (מהדורה שלישית)
*מרדכי אליאב, ארץ ישראל וישובה במאה הי"ט, 1777–1917, הוצאת כתר, ירושלים, 1978.
*בן-ציון גת, הישוב היהודי בארץ-ישראל בשנים ת"ר–תרמ"א, (1840–1881), הוצאת יד בן-צבי, תשל"ד.

===לפי מקום===
* חברון: עודד אבישר, ספר חברון – עיר האבות ויישובה בראי הדורות, ירושלים: הוצאת כתר, 1970, 1978.
* טבריה: עודד אבישר, ספר טבריה – עיר כינרות ויישובה בראי הדורות, ירושלים: הוצאת כתר, תשל"ג. משרד החינוך והתרבות – אגף הנוער, תשמ"ז.
* יריחו:
** אריה קליין, יריחו העברית ואתריה, הוצאת "מדרשת יריחו", תשמ"ז.
** זאב ארליך, יריחו היהודית לדורותיה, אדר ה'תשנ"ד.
* ג'נין: אהרן אורבך, , אוריאל שרעבי, עין גנים: ההיסטוריה היהודית בג'נין, עמותת גלעד, 2005/ תשס"ה.

==קישורים חיצוניים==
*
*
*
* [https://beta.wikiversity.org/wiki/תולדות_היישוב_היהודי_בארץ_ישראל תולדות היישוב היהודי בארץ ישראל], באתר ויקיברסיטה (בטא)
* 

==הערות שוליים==

*
*
קטגוריה:התקופה הישראלית
קטגוריה:דפים עם תרגומים שלא נסקרו