SARS-CoV-2

SARS-CoV-2 (בשמו המלא: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2), הוא זן של נגיף RNA חד-גדילי חיובי מתת-משפחת נגיפי קורונה.

הנגיף מידבק באדם ועלול לגרום למחלה נשימתית, מחלת נגיף קורונה 2019 (COVID-19).

הנגיף, שתועד לראשונה בעיר ווהאן שבמחוז חוביי בסין בדצמבר 2019, התפשט במהירות ברחבי העולם וחולל את מגפת הקורונה העולמית.

== פילוגנטיקה ושם הזן ==
משפחת נגיפי קורונה היא תת-משפחה בת כ-1,000 סוגי נגיפים, מתוכם שבעה הפוגעים בבני אדם. לנגיפים חלבונים על פני המעטפת הנראים במיקרוסקופ אלקטרונים כהילת השמש, ומכאן שמם (corona בלטינית היא כתר או הילת השמש).

הנגיף נבדל גנטית מנגיפי קורונה אחרים, כמו הנגיף שגרם להתפרצות SARS (תסמונת נשימתית חריפה חמורה) ב-2002, או נגיף הקורונה MERS-CoV (הגורם לתסמונת נשימתית חריפה ים תיכונית), או נגיף הקורונה SARS-CoV המשתייך לתת-סוג .

ב-5 בינואר 2020, חמישה ימים לאחר שרשויות הבריאות בסין דיווחו לארגון הבריאות העולמי על וירוס מסתורי הגורם לדלקת ריאות בעיר ווהאן, צוות המחקר של החוקר הסיני ג'אנג יונ-ז'ן, מהמרכז הקליני לבריאות הציבור בשנגחאי, הצליח לקבוע את הרצף הגנטי של הווירוס. חמישה גנומים של הנגיף החדש נבדקו ודווחו על ידי המכון הלאומי הסיני לבקרה ולמניעת מחלות נגיפיות, המכון הסיני לביולוגיה פתוגנית, ובית החולים ווהאן ג'יניינטן,<ref name=":1"></ref>; אורך רצף ה-RNA הוא כ-29,903 נוקלאוטידים.

השם הראשוני שניתן לנגיף החדש שהתגלה היה 2019-nCoV, קיצור של Novel Coronavirus (נגיף קורונה החדש) ושנת תחילת ההתפרצות. שם לא רשמי נוסף הוא "נגיף קורונה-ווהאן" על שם העיר ווהאן שבה תועדה לראשונה ההתפרצות. עם זאת, שימוש במיקום גאוגרפי ובגורמי מחלה בשמות רשמיים של מחלות מנוגד להנחיות ארגון הבריאות העולמי משנת 2015. במהלך השבוע השני של פברואר 2020 קבעה שם רשמי חדש לנגיף: SARS-CoV-2, שהוא ראשי תיבות של Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2. בחוקי מדינת ישראל קרוי הנגיף נגיף הקורונה החדש 2019.

== מקור הנגיף ==
מקרה ההדבקה המאומת הראשון התגלה בווהאן שבסין. המקור להעברת הנגיף לבני אדם אינו ברור.

מחקרים למציאת חיית המאגר של זן נגיף הקורונה שגרם להתפרצות הסארס ב-2002, גילו נגיפי קורונה רבים דמויי SARS בעטלפים, רובם בעטלפים מהסוג Rhinolophus הנפוץ באזור סין, ושני רצפים של RNA נגיפי שבודדו מעטלפים מהמין Rhinolophus sinicus היו בעלי קרבה של 79.5% לנגיף SARS-CoV-2. רצף נוסף שבודד מעטלף ממין Rhinolophus affinis הנקרא גם RaTG13, שנלכד במחוז יונאן שבדרום-מערב סין, היה בעל קרבה של 96.2% לנגיף SARS-CoV-2. ארגון הבריאות העולמי סבור שחיות המאגר הטבעי של הנגיף הם ככל הנראה עטלפים, אך הבדלים בין נגיפי הקורונה של העטלפים לעומת SARS-CoV-2, מצביעים על כך שייתכן שהנגיף עבר לבני אדם בתיווך בעלי חיים מאכסנים אחרים.

ניתוח מטאגנומי שהתפרסם ב-2019 מצא שנגיפים מהזן SARS-CoV שגורם לסארס, הוא נגיף הקורונה הנפוץ ביותר בקרב אוכלוסיית הפנגולין המלאי. בראשית פברואר 2020 פורסם שחוקרים מגואנגג'ואו גילו פנגולין שבדגימה שנלקחה ממנו נמצא RNA נגיפי עם דמיון של 99% לרצף של נגיף SARS-CoV-2, ולפי פרסום זה אזור ההיקשרות לקולטן שבחלבון S שלו שונה בחומצה אמינית אחת בלבד מאותו אזור בחלבון של הנגיף SARS-CoV-2. הפנגולינים, המוגנים בחוק הסיני, נסחרים בשווקים באופן לא חוקי לצורכי רפואה סינית מסורתית.
מיקרוביולוגים וגנטיקאים מטקסס מצאו גם הם ראיות לשחלוף שהתרחש בגנום הנגיפי המצביע על מעורבות של הפנגולין. עם זאת הדמיון בין הנגיף שנמצא בפנגולין לנגיף שגרם למגפה הוא של 92% בלבד (רחוק יותר מהגנום הנגיפי שנמצא בעטלף), ואינו מספיק להוכיח שהחיה המתווכת היא פנגולין.

בשל הדמיון הגנטי הרב בין וירוס SARS-CoV-2 לווירוס SARS-CoV, נחשד בהתחלה כי החולים בווהאן נדבקו בסארס עד שהחוקרים הסינים גילו כי מדובר בווירוס חדש ממשפחת Coronaviridae. למרות הדמיון הגנטי הגבוה, SARS-CoV-2 שונה באופן משמעותי מווירוס SARS-CoV ו-MERS-CoV ששייך גם לאותה משפחה.

לאחר פרוץ מגפת הקורונה, חקר צוות משולב של חוקרים מארצות הברית, מבריטניה ומאוסטרליה את מבנה הנגיף, ופרסם מאמר בכתב העת "Nature Medicine" לפיו הנגיף לא יוצר במעבדה ואינו נגיף מוכר שעבר מניפולציות מכוונות של הנדסה גנטית, אלא נגיף שהתפתח באופן טבעי.

במחקר חדש שנערך בספטמבר 2021, חוקרים ממכון פסטר שבצרפת ומאוניברסיטת לאוס תפסו 645 עטלפים ממערות גיר בצפון לאוס וסינו אותם לאיתור וירוסים הקשורים ל-SARS-CoV-2. הם מצאו שלושה וירוסים שנקראים BANAL-52, BANAL-103 ו-BANAL-236 שהדביקו "עטלפי פרסה" וחלקו יותר מ-95 אחוזים מהגנום הכולל שלהם עם SARS-CoV-2. אחד הווירוסים, BANAL-52, היה זהה ב-96.8% ל-SARS-CoV-2, על פי Nature News. זה הופך את BANAL-52 לדומה יותר מבחינה גנטית ל-SARS-CoV-2 מכל וירוס ידוע אחר. הממצאים, שפורסמו בכיכר המחקר המוקדמת של שרת ההדפסה בלאוס ב-17 בספטמבר 2021, מחזקים את ההנחה שמקור SARS-CoV-2 הוא טבעי, ולא נגיף שדלף ממעבדה.

== הדבקה וחדירה לתאים ==
אוכלוסיית המטרה של הנגיף, המפתחת מחלה בעקבות ההידבקות כוללת את האדם, וככל הנראה גם חתולים.
הנגיף עובר מאדם לאדם כאשר נשא נושם החוצה נתז נשימתי ואירוסולים המרחפים באוויר, אשר מכילים את הווירוס.<ref></ref> אדם אחר עלול לנשום פנימה את הנתז הנשימתי והאירוסולים. כמו כן הם יכולים לנחות על העיניים, האף והפה, במיוחד במקרה של שיעול ועיטוש. הדבקה ממשטחים נגועים וממגע של הידיים בעיניים, באף ובפה אינה נחשבת נפוצה. RNA נגיפי נמצא גם בדגימות צואה של אנשים שנדבקו. ייתכן שהנגיף מידבק כבר בתקופת הדגירה, אך השערה זו טרם הוכחה.

ניסוי מודלי חלבון מצביע על כך שלחלבון של הזיזים (spikes) של הנגיף יש אפיניות מספקת כדי להיקשר לקולטני ACE2 שבתאי האדם ולחדור באמצעותם לתא. ב-22 בינואר 2020 הראו קבוצות מחקר שונות מסין ומארצות הברית ש-ACE2 עשוי לתפקד כקולטן לנגיף. קולטן זה משמש נגיפי אלפא-קוביד הגורמים לצינון. לאחרונה התגלה כי גם חלבון בשם Neuropilin-1 (NRP1), רצפטור שנמצא על תאי עצב מהווה נקודת חדירה נוספת לנגיף. בכוחו של ממצא זה להסביר חלק מהתסמינים הנוירולוגים הנלווים למחלה לה גורם הנגיף באדם.

SARS-CoV-2 במיקרוגרף אלקטרונים, בצביעה דיגיטלית:
<gallery mode="packed" widths="200" heights="150">
קובץ:SARS-CoV-2 (yellow).jpg|ויריוני SARS-CoV-2 (בצהוב) מגיחים מתא אנושי
קובץ:Novel Coronavirus SARS-CoV-2 (49534370233).jpg|ויריוני SARS-CoV-2 עם הילת הזיזים
קובץ:SARS-CoV-2 49534865371.jpg|ויריוני SARS-CoV-2 עם הילת הזיזים
קובץ:SARS-CoV-2.jpg|ויריוני SARS-CoV-2 (בצהוב) מגיחים מתא אנושי (בתרביות תאים במעבדה)
קובץ:SARS-CoV scanning electron microscope image.jpg|ויריוני SARS-CoV-2 (בצהוב) מגיחים מתא אנושי (בתרביות תאים במעבדה)
קובץ:Novel Coronavirus SARS-CoV-2 (49597020718).jpg|ויריוני הנגיף (באדום) בדגימה שנלקחה מחולה במהלך מגפת הקורונה
</gallery>

תקופת הדגירה של הנגיף, במהלכה לא מופיעים תסמינים, היא בעלת שונות מסוימת. החציון הוא 5.1 ימים, אך התקופה יכולה לנוע בין יומיים ל-14 יום (99% מהמקרים). ההערכה היא שבמהלך תקופה זו הנשא יכול להדביק אחרים. במעט מקרים, כאחוז אחד, יתגלו סימפטומים רק לאחר 14 יום.

==שרידות הנגיף==
על פי דו"ח מיוחד שפורסם על ידי המרכזים לבקרת מחלות ומניעתן (CDC) נתגלו עקבות גנטיים ברורים של הנגיף על פני מגוון גדול של משטחים בתאי המגורים של נוסעים בשתי ספינות תענוגות דיימונד פרינסס וגרנד פרינסס שבהן היו התפרצויות של המחלה, גם 17 יום לאחר שהנוסעים פינו את התאים ועזבו את האוניות. עקבות הנגיף נמצאו הן בתאים של חולים סימפטומטיים והן בתאים של חולים אסימפטומטיים, העקבות התגלו לפני שנעשו פעולות חיטוי בספינות. עם זאת, שרידות חומצות הגרעין הנגיפיות שנמצאה אינה מעידה על יכולתו של הנגיף להדביק לאחר שהייה ממושכת מחוץ למאכסן.

מחקר קודם שלא עבר ביקורת עמיתים בחן זמני שרידות של הנגיף באוויר ועל משטחים שונים.

== מבנה ==
קוטר הוויריון בסביבות 50–200 ננומטר. כמו נגיפי קורונה אחרים, גם לנגיף מזן SARS-CoV-2 יש 4 חלבונים מבניים: חלבון S (spike, זיז), חלבון E (envelope, מעטפת), חלבון M (membrane, ממברנה) וחלבון N (nucleocapsid, קופסית גרעינית). החלבון N מכיל את הגנום, ושלושת החלבונים האחרים יוצרים ביחד את המעטפת הנגיפית. חלבון ה-S הוא שמתקשר לקולטן התאי ומאפשר חדירה לתא.

==מוטציות עיקריות==
במשך הזמן התפתחו וריאנטים של נגיף הקורונה . באופן דומה לנגיפים אחרים, זנים/וריאנטים חדשים יכולים להיווצר כתוצאה ממוטציות בנגיף המקורי.<ref></ref> מוטציות הן שינויים אקראיים בקוד הגנטי שנוצרות עקב טעויות בתהליך השכפול של הנגיף והעדר מנגנוני בקרה יעילים, זה יכול להיות הוספה/החסרה/החלפה של נוקלאוטידים ובדרך כלל הן פוגעות בנגיף או לפחות לא משפיעות על תפקודו בשום צורה. אולם קיים חשש שהשינויים ישפיעו על התנהגות הנגיף בגוף האדם לרעה, אם באמצעות הדבקה חזקה יותר, ואם באמצעות חמיקה מנוגדנים. הווריאנט לעיתים מכונה מוטציה.<ref></ref><ref></ref> מנגד, כמות השינויים שיכול לצבור הנגיף בחלבון העוקץ הנקשר לקולטן ACE2 בתא הוא מוגבל, שכן שינויים מהותיים ימנעו ממנו להיקשר לקולטן, ועל כן מופנים המאמצים לפיתוח חיסון לפיתוח נוגדנים לחלק זה של הנגיף. ההערכה היא כי חולים עם מערכת חיסון חלשה הם כר נרחב להתפתחות מוטציות, מאחר שהנגיף שוהה בגופם זמן רב, ומערכת החיסון מתקשה להשמידו לחלוטין.

החל מיוני 2021, ארגון הבריאות העולמי החל לקרוא לווריאנטים החדשים של וירוס SARS-CoV-2 לפי אלפבית יווני.<ref name=":4"></ref>

=== Cluster 5 ===

Cluster 5, מקבץ 5 או קלסטר 5 (כונה גם קורונת החורפנים) התפתח אצל חורפנים בצפון יוטלנד הדנית, והועבר אל בני אדם באמצעות תעשיית הפרוות. הגוף פחות מפתח נוגדנים למוטציה זו, ופיתוח החיסון לנגיף הקורונה היה עלול לא להיות יעיל בעבורה. התגלה במהלך מגפת הקורונה בדנמרק והוביל לסגר בצפונה. ב-19 בנובמבר 2020 דווח שמשרד הבריאות של דנמרק הודיעו כי מקבץ 5 ככל הנראה נכחד.

=== וריאנט אלפא ("הווריאנט הבריטי") ===
מדינות שתועדו בהם מקרים מאומתים של הזן הבריטי
נקרא גם B.1.1.7<ref name=":4" /> ומכונה המוטציה הבריטית. המוטציה אותרה לראשונה ב-21 בספטמבר 2020 בבריטניה בדגימה בודדת, אך החלה להתפשט במהירות עד אמצע חודש דצמבר. מוטציה זו מכילה כ-29,884 נוקלאוטידים.<ref></ref><ref></ref> בשבוע הראשון של דצמבר הוא היה אחראי ל-62 אחוזים מההדבקות בלונדון. לפי התיאוריה המקובלת מקורו נעוץ בחולה שמערכת החיסון שלו לא תפקדה כראוי.

המוטציה היא הסבר אפשרי לעלייה משמעותית בתחלואת קורונה בבריטניה. נכון ל-20 בדצמבר 2020, משרד הבריאות באנגליה מאשר כי אין ראיה לכך שהמוטציה החדשה עמידה בפני החיסון של חברת פייזר, וכי המחוסנים אמורים להיות מוגנים גם מפניו.

גילוי המוטציה הוביל לכך שיותר מ-30 מדינות אסרו על כניסת טיסות מבריטניה. בארצות הברית השבים מבריטניה נדרשו להיבדק. בהמשך המוטציה השפיעה על הנחיות הריחוק.

ב-23 בדצמבר 2020 דיווח משרד הבריאות בישראל כי התגלו 23 מקרים של נגיף קורונה מהזן שהתגלה באחרונה באנגליה. אותרו כמה בדנמרק, הולנד אוסטרליה, איטליה, דרום אפריקה ובצרפת בזמנים שונים. אליהן הצטרפו ארצות הברית ומדינות רבות אחרות.

=== וריאנט בטא ("הווריאנט הדרום אפריקאי") ===

מדינות שתועדו בהם מקרים מאומתים של הזן הדרום אפריקאי מלבד דרום אפריקה (13 בינואר 2021)
נקרא גם B.1.351<ref name=":4" /> או V2.501. המוטציה התגלתה לראשונה בדרום אפריקה, כאשר מחלקת הבריאות של המדינה דיווחה על כך ב-18 בדצמבר 2020. חוקרים ובכירים דיווחו כי שכיחות המוטציה גבוהה יותר בקרב אנשים צעירים ללא רקע רפואי מורכב, אך עודנה גורמת לחולי רציני. מחלקת הבריאות הדרום אפריקאית ציינה כי המוטציה עלולה להביא לגל נוסף של התפרצות מגפת קורונה במדינה, בשל מהירות התפשטותה העולה על זו של נגיף הקורונה המוקדם יותר.

הזן כנראה השפיע על תוצאות הניסויים הקליניים לפיתוח חיסון נגד COVID-19 של חברות ג'ונסון אנד ג'ונסון ונובה ווקס.<ref></ref><ref></ref><ref></ref>

=== וריאנט גמא ("הווריאנט הברזילאי") ===
דרך ההדבקה לא ידועה}}
נקרא גם P.1 הוא וריאנט שנוצר במהלך מגפת הקורונה בברזיל. התגלה לראשונה ביפן, בנוסעים שחזרו מברזיל. הוא הופיע כנראה בדצמבר 2020 במנאוס<ref></ref> ועד סוף מרץ 2021 לפחות 50% ממקרי הקורונה החדשים בברזיל נגרמו על ידו. משם התפשט למקומות אחרים.<ref></ref> כפי הנראה הוא מדבק פי 1.4–2.2 מהזן הרגיל. ממחקר שנערך עלה שבין 25% ל-65% מהמחלימים מווריאנטים אחרים עלולים להידבק ב-P.1.<ref></ref>

=== וריאנט דלתא ("הווריאנט ההודי") ===

נקרא גם B.1.617.2. וריאנט שנוצר במהלך מגפת הקורונה בהודו. אותר ב-5 באוקטובר 2020<ref></ref> ונודע לציבור הרחב במרץ 2021 לאחר שבהודו פורסם שהזן אותר ברבות מהמדינות והטריטוריות של הודו.<ref></ref> מוטציה זו מכילה כ-29,789 נוקלאוטידים. עד יוני 2021, אותר ב-60 במדינות. מדובר בזן בעל שתי מוטציות שכל אחת מהן נמצאה כבר בנגיפי קורונה קודמים, אולם לראשונה הן נמצאו יחד בנגיף אחד. שתיהן משפיעות על חלבון המעטפת המסייע לנגיף להיצמד לתא הנדבק ולחמוק מנוגדנים מסוימים.<ref></ref><ref></ref> לפי הבריטים, וריאנט דלתא מדבק ב-40% יותר מווריאנט אלפא, שהוא כשלעצמו מדבק הרבה יותר מהווירוס המקורי שיצא מסין.<ref></ref><ref>SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation_17 - Gov.uk</ref> ביוני 2021 אמרו בארגון הבריאות העולמי שהווריאנט ההודי החליף את הווריאנט הבריטי בתור הווריאנט הדומיננטי ביותר ברחבי העולם. בבריטניה (שבה העלייה במקרי ההדבקה נראתה בעיקר בקרב צעירים ולא מחוסנים), נטען שהתסמינים של נדבקי הקורונה היו שונים בחלקם. שיעול הפך לפחות שכיח, ואובדן חוש ריח וטעם כבר לא הופיע ברשימת 10 הסימפטומים הנפוצים. התסמינים הבולטים היו כאב ראש, כאב גרון, נזלת וחום. עד סוף יולי 2021, הזן אותר ב-132 מדינות.<ref></ref>

=== וריאנט אומיקרון ("הווריאנט הדרום אפריקאי השני") ===

נקרא גם B.1.1.529.<ref></ref> וריאנט שנוצר במהלך מגפת הקורונה בבוטסואנה ומגפת הקורונה בדרום אפריקה. בודד לראשונה ב-11 בנובמבר 2021. הווריאנט מכיל לפחות 50 מוטציות שונות, מתוכן יותר מ-30 מוטציות בחלבון הספייק, מספר חריג ביחס לווריאנטים שקדמו לו. חלק מהמוטציות מוכרות מווריאנטים אחרים, חלק חדשות.<ref name=":5" /> הוא גרם לצעדי מנע בתחום הטיס בחלק מהמדינות.<ref></ref>

== מוטציות נוספות ==
=== וריאנט "אטא" ===
נקרא על שם האות היוונית η, וגם בשם B.1.525. וריאנט שנוצר במהלך מגפת הקורונה בבריטניה. התגלה לראשונה בדצמבר 2020 וב-9 ביולי דווח על "אטא" ב-68 מדינות ברחבי העולם, על-פי GISAID.

הווריאנט נושא כמה מאותן מוטציות שנראות בשושלת "אלפא" (B.1.1.7), כולל מוטציה בחלבון S המסייעת לווירוס להתחמק מנוגדנים מסוימים, ומחיקת חומצת אמינו, שמשנה את צורת חלבון הספייק ועשויה גם לסייע לווריאנט להימנע מנוגדנים, על פי הניו יורק טיימס. נכון לתחילת 2021, עדיין לא ברור אם "אטא" מדבק יותר מווריאנטים קודמים של הווירוס. החיסון של מודרנה מייצר נוגדנים מנטרלים שמכוונים לווריאנט "אטא", אם כי השפעתם המנטרלת מעט פחות חזקה "ביחס לאלה נגד זן אבות", כך הודיעה החברה ב-29 ביוני 2021.

=== וריאנט "איוטה" ===
נקרא גם B.1.526, וריאנט שנוצר במהלך מגפת הקורונה בארצות הברית. זוהה לראשונה בנובמבר 2020 בעיר ניו יורק. וריאנט ה-"איוטה" זוהה בלפחות 43 מדינות ובכל מדינות ארצות הברית. בארצות הברית, וריאנט זה מהווה 6% מכלל דגימות ה-SARS-CoV-2 שרוצפו מאז שזוהה הווריאנט, על פי אוניברסיטת סטנפורד. ברחבי העולם, "איוטה" מהווה 2% מרצפי וירוס קורונה. לווריאנט יש שתי מוטציות בולטות של חלבון הספייק: המוטציה הראשונה, שנמצאת בכמה זנים אחרים של SARS-CoV-2, ייתכן שמסייעת לווירוס להתחבר בצורה יציבה יותר לקולטני ACE2 בתאים אנושיים. המוטציה השנייה, ייתכן שמסייעת לווריאנט להתחמק מנוגדני מערכת החיסון. מחקר ראשוני, המפורט בדו"ח CDC ב-16 במאי, טוען כי זן ה"איוטה" אינו גורם למחלה חמורה יותר וכי אינו קשור לסיכון מוגבר לזיהום לאחר שאדם מתחסן, או להדבקה מחודשת. עם זאת, סוגי המוטציות שנמצאו מצביעים על פוטנציאל להעברה מוגברת של הווירוס ולהתחמקות מנוגדנים מסוימים במערכת החיסון. מחקרים שפורסמו ב-24 במרץ 2021 בכתב העת bioRxiv מצביעים על כך שחיסוני ה-mRNA על ידי מודרנה ופייזר מגינים מפני זן ה"איוטה".

=== וריאנט "קאפה" ===
נקרא על שם האות היוונית קאפה, נקרא גם B.1.617.1, וריאנט שנוצר במהלך מגפה הקורונה בהודו. זוהה לראשונה באוקטובר 2020. הווריאנט זוהה בלפחות 52 מדינות וב-31 מדינות בארצות הברית, על פי אוניברסיטת סטנפורד. נכון ל-24 ביוני, "קאפה" היווה פחות מ-0.5% מכל רצפי ה-SARS-CoV-2 שרוצפו מאז הופעת הופעתו. ל"קאפה" יש שבע עד שמונה מוטציות על חלבון הספייק, על פי דיווח של ה-CDC ב-12 במאי. שתיים מאותן מוטציות, נמצאות בתחום הקושר של הקולטן. שתי המוטציות הללו עוזרות לווירוס להיקשר חזק יותר לקולטני ACE2 בתאים אנושיים, ומקשות על זיהויו על ידי מערכת החיסון. מוטציה אחרת של חלבון הספייק נחשבת כמגבירה את יכולת ההדבקה של הווירוס. זן זה עשוי להיות מועבר יותר ומעט פחות רגיש לחיסוני mRNA בהשוואה לזן הווירוס המקורי. החיסונים mRNA (מתוצרת מודרנה ופייזר) אינם יעילים באותה מידה לנטרל זן זה, על פי התכתבות שפורסמה ב-7 ביולי ב-New England Journal of Medicine.

=== וריאנט "למבדה" ===

נקרא גם C.37, התגלה לראשונה בפרו באוגוסט 2020. עד כה אותר "למבדה" ב-29 מדינות, עם רמות התפשטות גבוהות במדינות דרום אמריקה. לווריאנט יש שבע מוטציות בחלבון הספייק של הווירוס בהשוואה לזן המקורי של SARS-CoV-2 שהתגלה בווהאן. לחלק מהמוטציות הללו יש פוטנציאל להגביר את העברת הווירוס או להפחית את יכולתם של נוגדנים מסוימים לנטרל או להשבית את הווירוס. בבחינת העדויות המוקדמות שהצטברו, טרם נמצאו הוכחות לכך שווריאנט זה גורם למחלה קשה יותר או הופך את החיסונים הנמצאים כיום ליעילים פחות, על-פי משרד הבריאות של אנגליה.

== מניעה וטיפול ==

למניעת הדבקה בנגיף, ארגון הבריאות העולמי המליץ על רחצת ידיים נכונה עם מים וסבון, עטיית מסכות, היגיינה בשיעול והתעטשות לשקע המרפק כחלק מהיגיינת הפה, והישמרות מתחלואה נשימתית כגון הצטננות ושיעול על ידי הימנעות ממגע וחשיפה לאנשים בעלי תחלואה נשימתית.

אמצעים נוספים שהומלצו למניעת הדבקה הם ריחוק פיזי, אוורור ושימוש במסננים.<ref></ref>

בנוסף ארגון הבריאות העולמי פרסם שאין כמעט חשש להידבקות בנגיף באמצעות קבלת חבילה, שחיסון נגד דלקת ריאות לא מתאים למניעת הידבקות הנגיף, ששטיפת האף או שימוש בשטיפת פה אינם יעילים למניעת הדבקה בנגיף, וששימוש בשום או בשמן שומשום אינם מועילים למניעת המחלה.

בדצמבר 2020 אישר מנהל המזון והתרופות האמריקאי את החיסון של חברות פייזר ומודרנה לשימוש חירום, ובעקבות זאת נשלחו מיליוני מנות חיסון לכלל מדינות העולם, ביניהן ישראל, ארצות הברית, גרמניה ובריטניה.

== חסינות ==
במהלך מגפת הקורונה השקיעו חוקרים ברחבי העולם משאבים רבים בניסיון לאפיין את מידת החסינות שנותרת בגופו של אדם שהחלים מהנגיף, ואת משך הזמן שלה. בחודשים הראשונים של המגפה, מתוך יותר מ-14 מיליון מאומתים לנגיף, היו מקרים בודדים שבהם דווח על הידבקות מחדש בנגיף, והם שויכו בדרך כלל במחקר למרווח הטעות הסטטיסטית של הבדיקה.<ref></ref> בסוף אוגוסט 2020 דווח על אדם מהונג קונג שנדבק מחדש בנגיף, ארבעה וחצי חודשים לאחר שהחלים מהמחלה. דיווחים דומים התקבלו גם מהולנד ומבלגיה (וגם בישראל<ref></ref>). מוטציות בנגיף שגורמות להופעת זנים (וריאנטים) חדשים יכולות לגרום להדבקה חוזרת.<ref></ref>

על פי הנתונים שנבדקו נכון לסוף חודש נובמבר 2020, כ-90 אחוזים מהחולים מפתחים נוגדנים. במקרים בהם לא מתפתחים נוגדנים מדובר בדרך כלל במערכת חיסון מוחלשת שלא מצליחה לפתח נוגדנים יעילים, או במקרים בהם ההדבקה הייתה קלה במיוחד ולא הספיקה כדי לגרום להיווצרות נוגדנים. משך הזמן שהנוגדנים נשארים בגוף דומה לזה של נגיפים דומים – עם רמת נוגדנים גבוהה בחודשים הראשונים וירידה הדרגתית לאורך זמן. נכון לנובמבר 2020 עדיין לא ידועה מידת היעילות של הנוגדנים במניעת הידבקות חוזרת. מחקר שבוצע במרכז הרפואי שערי צדק הראה שבקרב ילדים מתרחשת ירידה מהירה במיוחד של כמות הנוגדנים לאחר הידבקות, כאשר כבר ארבעה חודשים לאחר הידבקות לא נמצאו כלל נוגדנים בקרב מרבית מהילדים שנבדקו.<ref></ref>

על פי מספר מחקרים, זני קורונה נוספים שקרובים לנגיף, שנפוצו באזורים שונים בעבר, אולי הקנו לחלק מהאוכלוסייה באזורים מסוימים חסינות מהנגיף, עוד לפני החשיפה לנגיף עצמו. לפי מחקר שהתפרסם בקיץ 2020 בכתב העת Cell , בקרב כ-60% מהאנשים בקליפורניה, שלא נחשפו מעולם ל-SARS-CoV-2, קיימים תאי זיכרון חיסוני שמזהים את הנגיף, ואולי מקנים חסינות מסוימת מפניו. מחקר אחר בגרמניה הצביע על אפשרות ל-81% חסינות באוכלוסייה<ref name=":2" />. יש המשערים שתאי הזיכרון החיסוני קובעים מי יחלה קשה בקורונה. תאים אלה אולי מעניקים ל-20% מהאוכלוסייה או יותר הגנה מסוימת בעקבות חשיפה קודמת לנגיפים אחרים ממשפחת הקורונה.<ref name=":3" /> לטענת ד"ר קרוטי מלה-ג'ולה, שהיה מחבר שותף למחקר הראשון שהראה שקיימים תאי זיכרון חיסוני (תאי T) בדם, "ייתכן שהם עוזרים. ייתכן שהם לא עושים כלום. וייתכן שהם מזיקים".<ref></ref> לפי מומחים, הקשר בין מערכת החיסון לנגיף עדיין אינו מספיק ברור. בסוף שנת 2020 במקומות בודדים בלבד ניתן היה לבחון נתונים של חסינות אוכלוסייה במקרים של הדבקה נרחבת בנגיף. בעיר מנאוס בברזיל, שבה התפשטות הנגיף לא נבלמה, המגפה החלה לדעוך רק לאחר שנדבקו למעלה מ-60% מהאוכלוסייה, אולם גם מגמת הדעיכה הזו התהפכה עם הזמן וכמות הנדבקים החדשים שבה לעלות.

== אפידמיולוגיה והתפרצות הנגיף ==

הנגיף התגלה לראשונה בעיר ווהאן במחוז חוביי שבסין, לאחר שבבדיקת חומצות גרעין בדגימה מחולה בדלקת ריאות, שנחשד שחלה בסארס, נמצא נגיף קורונה בעל רצף גנטי חדש<ref name=":1" /><ref name=":0"></ref>. ב-19 בינואר 2020 הוכח כי המחלה מועברת מאדם לאדם, לאחר ששני אנשים בפרובינציית גואנגדונג שבסין נדבקו מקרובי משפחה.

במהלך חודש ינואר הנגיף התפשט במהירות לכל מחוזות סין ולמדינות רבות ברחבי העולם בכל היבשות. הדבקה מאדם לאדם אומתה בכל האזורים. ב-30 בינואר 2020 המחלה הוכרזה על ידי ארגון הבריאות הבין-לאומי כמצב חירום בריאותי בין-לאומי וב-11 במרץ 2020 כפנדמיה (מגפה רבתי).

לפי ההערכות מספר ההתרבות הבסיסי (<math>R_0</math>) של הנגיף נע בין 1.4 ל-3.9, ומשמעות הדבר שללא נקיטת אמצעי הגנה, כל הדבקה חדשה צפויה להביא ל-1.4 עד 3.9 הדבקות חדשות כאשר כל הקהילה אינה מחוסנת. מספר ההתרבות עשוי להיות גבוה יותר במקומות צפופים כגון באוניות תענוגות.

מקרה המוות הראשון תועד ב-9 בינואר 2020 ודווח יומיים אחר כך, ועד לסוף אותו חודש מאות חולים מתו ונרשמו אלפי מקרי הידבקות בסין. הנגיף התפשט בכל העולם ודרש אמצעי תגובה מגוונים כמו שימוש בריחוק חברתי ופיתוח תרופות וחיסונים. אמצעים אלה סייעו לצמצם הדבקה או להקטין את נזקי המחלה. האמצעים הקיימים ואופי הזן גרמו לתגובה מותאמת.<ref name=":6"></ref>

מחלת נגיף קורונה 2019 שגרם הנגיף היא מחלה יוצאת דופן בין מחלות הנשימה הויראליות. בין הסיבות לכך:

א. באוכלוסייה בסיכון נרשמת (בכל הזנים העיקריים שאותרו עד 2022) מחלה קשה משמעותית – אוכלוסייה הכוללת נשים בהריון, נשים וגברים עם השמנת יתר, חולים כרוניים ומבוגרים. היה קשה להגן מהדבקה על אוכלוסיות אלו באופן ממוקד בעת התפשטות נרחבת.

ב. בילדים, נגרמת מחלה דלקתית רב-מערכתית קשה (PIMS/MIS-Cׂ<ref></ref><ref></ref>) בשיעור משמעותי (1 ל-2,500) בכל הזנים עד לאומיקרון (המידע על וריאנט אומיקרון של נגיף הקורונה נחקר בינואר 2022).

ג. המחלה מסוגלת לגרום השפעה משמעותית חוץ-ריאתית, ונמצאה קשורה לשכיחות יתר של אירועים קרדיאלים, נוירולוגים, כלייתים ועוד, כמו לתסמינים מתמשכים בקרב חלק לא מבוטל מהחולים (כמו לונג קוביד).

ד. מדבקת מאוד – גם כשהיא טרום-תסמינית וכאשר היא א-תסמינית.

ה. בשל מוטציות בנגיף, היא עשויה להשתנות באותן תדיר ויכולה להפוך בכל שלב לחמורה (או קלה) יותר קלינית / מדבקת יותר / פורצת חסינות.

===בישראל===

התפשטות מגפת הקורונה העולמית בישראל החלה לקראת סוף פברואר 2020. המקרה הראשון של חולה בקורונה התגלה בישראל ב-27 בפברואר 2020.

ההתמודדות עם התפרצות הנגיף כללה הנחיות של משרד הבריאות שנועדו למנוע את התפשטותו, ובכללן ריחוק חברתי, וכן בידוד בית למי ששהו בקרבת חולים או שבו ממדינות שבהן התפרצה המחלה, ביטול אירועים המוניים, ומתן טיפול רפואי בבתי החולים למי שהתגלו כחולים. מספר הטסים מישראל אל מחוצה לה והמגיעים אליה, צומצם בהדרגה. מטעם משרד הבריאות פורסמו גם הנחיות כמו הימנעות מלחיצות ידיים, שמירה על מרחק של לפחות 2 מטרים מאדם לאדם ובהמשך שימוש במסכות והקפדה על כללי היגיינה כגון רחצת ידיים.

==ראו גם==
* MERS-CoV
* SARS-CoV
*השפעות ארוכות טווח של הקורונה

== קישורים חיצוניים ==

* 
* [https://doctorsonly.co.il/2020/03/186458/ נגיף הקורונה עבר מוטציה לשני סוגי זנים - אחד מהם אגרסיבי ומתפשט יותר] 9 במרץ 2020, באתר doctorsonly
* 
* [https://coronabythenumbers.org/ קורונה במספרים], מכון ויצמן למדע
* - שיטות שונות לטיפול וזיהוי הנגיף
* [https://www.nature.com/articles/s41467-020-17436-6 Transplacental transmission of SARS-CoV-2 infection], 14 ביולי 2020, באתר כתב העת Nature
* 
* 
* [https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/ Tracking SARS-CoV-2 variants], ארגון הבריאות העולמי

==הערות שוליים==

*
קטגוריה:נגיפי קורונה
קטגוריה:מגפת הקורונה