מוטיב מבני

במולקולה ביולוגית דמוית שרשרת, כגון חלבון או חומצת גרעין, מוטיב מבני הוא מבנה תלת־ממדי נפוץ המופיע במגוון מולקולות שונות, לא קשורות מבחינה אבולוציונית.<ref></ref> מוטיב מבני אינו חייב להיות משויך למוטיב רצף; הוא יכול להיות מיוצג על ידי רצפים שונים ובלתי קשורים לחלוטין בחלבונים שונים או ב-RNA.

== בחומצות גרעין ==
בהתאם לרצף ולתנאים אחרים כגון חום או pH, חומצות גרעין יכולות ליצור מגוון מוטיבים מבניים אשר נחשבים כבעלי משמעות ביולוגית.

; לולאת גזע
: זיווג בסיסים תוך-מולקולרי של לולאת גזע הוא דפוס שיכול להתרחש ב-DNA חד-גדילי או, בדרך כלל, ב-RNA.<ref></ref> המבנה ידוע גם בתור סיכת ראש או לולאת סיכת ראש. זה מתרחש כאשר שני אזורים של אותו גדיל, בדרך כלל משלימים ברצף הנוקלאוטידים כאשר קוראים בכיוונים מנוגדים, מזווגים בסיסים ליצירת סליל כפול שמסתיים בלולאה לא מזווגת. המבנה המתקבל הוא אבן בניין מפתח של מבנים משניים רבים של RNA.

; DNA צלב
: DNA צלב הוא צורה של DNA שאינו B הדורש לפחות רצף של 6 נוקלאוטידים של חזרות הפוכות כדי ליצור מבנה המורכב מגזע, נקודת הסתעפות ולולאה בצורת צלב, המיוצבים על ידי סלילת-על DNA שלילי.<ref name="pmid9653031"></ref> שתי קבוצות של DNA צלב תוארו; מקופל ונפרש.

; G-quadruplex
: מבנים משניים של G-quadruplex (G4) נוצרים בחומצות גרעין על ידי רצפים עשירים בגואנין.<ref></ref> הם בצורת סליל ומכילים טטרד גואנין שיכולים להיווצר מגדיל אחד,<ref name="Springer"></ref> שני<ref name="ReferenceC"></ref> או ארבעה.<ref name="ReferenceB"></ref>

; D-loop
: לולאת עקירה או לולאת D היא מבנה DNA שבו שני הגדילים של מולקולת DNA דו-גדילית מופרדים למתיחה ומוחזקים בנפרד על ידי גדיל שלישי של DNA.<ref></ref> לולאת R דומה ללולאת D, אך במקרה זה הגדיל השלישי הוא RNA ולא DNA.<ref></ref> לגדיל השלישי יש רצף בסיסים המשלים לאחד הגדילים הראשיים ומזדווג עמו, ובכך מחליף את הגדיל הראשי המשלים השני באזור. בתוך אותו אזור המבנה הוא אפוא צורה של DNA משולש גדילים. תרשים במאמר המציג את המונח הממחיש את לולאת ה-D עם צורה הדומה ל-D גדול, כאשר הגדיל הנעקר יצר את לולאת ה-D.<ref name="Kasamatsu"></ref>

== בחלבונים ==
בחלבונים, מוטיב מבני מתאר את הקישוריות בין אלמנטים מבניים משניים. מוטיב אינדיבידואלי מורכב בדרך כלל מכמה אלמנטים בלבד, למשל, מוטיב 'סליל-סיבוב-סליל' שיש לו רק שלושה. שים לב שבעוד שהרצף המרחבי של אלמנטים עשוי להיות זהה בכל המקרים של מוטיב, הם עשויים להיות מקודדים בכל סדר בתוך הגן הבסיסי. בנוסף לאלמנטים מבניים משניים, מוטיבים מבניים חלבונים כוללים לרוב לולאות באורך משתנה ומבנה לא מוגדר. מוטיבים מבניים עשויים להופיע גם כחזרות טנדם.

; סיכת ראש בטא
: נפוץ ביותר. שני גדילי ביתא אנטי מקבילים המחוברים בסיבוב חזק של כמה חומצות אמינו ביניהם.
; מפתח יווני
: ארבעה גדילי בטא, שלושה מחוברים בסיכות ראש, הרביעי מקופל למעלה.
; אומגה לולאה
: לולאה שבה השאריות המרכיבות את ההתחלה והסוף של הלולאה קרובות מאוד זו לזו.<ref></ref>
; הליקס-לולאה-הליקס
: מורכב מסלילי אלפא הקשורים ברצועת לולאה של חומצות אמינו. מוטיב זה נראה בגורמי תמלול.
; אצבע אבץ
: שני גדילי בטא עם קצה אלפא סליל מקופל כדי לקשור יון אבץ. חשוב בחלבונים קושרים ל-DNA.
; סליל-סיבוב-סליל
: שני סלילי α המחוברים על ידי גדיל קצר של חומצות אמינו ונמצאים בחלבונים רבים המווסתים את ביטוי הגנים.<ref></ref>
; קֵן
: נפוץ ביותר. שלוש שאריות חומצות אמינו עוקבות יוצרות קעורה קושרת אניונים.<ref></ref>
; גוּמחָה
: נפוץ ביותר. שלושה או ארבעה שיירי חומצות אמינו עוקבים יוצרים תכונה קושרת קטונים.<ref></ref>

== לקריאה נוספת ==
* 

==קישורים חיצוניים==

* PROSITE [http://www.expasy.org/prosite מסד נתונים של משפחות ותחומים חלבונים]
* SCOP [https://web.archive.org/web/20070911012207/http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ סיווג מבני של חלבונים]
* טופולוגיה של [http://www.cathdb.info/ אדריכלות כיתת] CATH הומולוגיה
* FSSP [https://web.archive.org/web/20030925185235/http://www.bioinfo.biocenter.helsinki.fi:8080/dali/index.html FSSP]
* PASS2 [https://web.archive.org/web/20060831195006/http://caps.ncbs.res.in/campass/pass.html PASS2 - יישור חלבונים כמשפחות-על מבניות]
* SMoS [http://caps.ncbs.res.in/SMoS SMoS - מסד נתונים של מוטיבים מבניים של Superfamily]
* S4 [https://web.archive.org/web/20081121033341/http://www1.i2r.a-star.edu.sg/~azeyar/SuperSSE/ S4: שרת לכריית מוטיבים במבנה על-שניוני]

== הערות שוליים ==

קטגוריה:חלבונים