# Introdução ao Jornalismo Científico/Metodologia e Filosofia da Ciência/Atividade/Clari reche
## Nome da atividade

Esta seção apresenta a tarefa principal do Módulo 1 do curso de "Introdução ao Jornalismo Científico". A realização da tarefa é indispensável para o reconhecimento de participação no curso. Seu trabalho estará acessível, publicado no ambiente wiki, e será anexado ao certificado de realização do curso, quando finalizar todas as atividades. Tome cuidado de estar logado na Wikiversidade. Se não estiver logado, não será possível verificar o trabalho.

## Descrição da atividade

Atuar no jornalismo científico é às vezes comparado ao de ser um tradutor, no jargão da área da comunicação um 'tradutor intersemiótico', que passa a linguagem de um campo para o de outro campo. Nesta atividade, vamos observar e analisar como isso foi feito em uma das principais publicações acadêmicas brasileiras, a Pesquisa FAPESP.
Você deverá selecionar um artigo na revista Pesquisa FAPESP. Estão acessíveis na página principal da publicação. Escolha um artigo sobre um tema de pesquisa - ou seja, que seja baseado em uma ou mais de uma publicação científica - e leia-o com cuidado. Responda às perguntas que seguem.
As respostas deverão ser publicadas nesta página individual. Apenas altere os campos indicados.

## Nome de usuário(a)

Clari reche

## Link para a matéria selecionada

Nesta seção, você deverá colocar os links da matéria selecionada. Esteja logado.
* Título de matéria: Ancestral das plantas recebeu genes de fungos e bactérias
* Autoria de matéria: Laura Tercic
* Link de matéria: https://revistapesquisa.fapesp.br/ancestral-das-plantas-recebeu-genes-de-fungos-e-bacterias/

## Resumo da matéria

Para esta etapa, resuma a matéria em até 300 caracteres. Esteja logado.
Há 600 milhões de anos, o ancestral das plantas adquiriu genes de fungos e bactérias, essenciais para seu crescimento e proteção. A pesquisa da UFMG revelou que essa transferência horizontal de genes foi crucial para a evolução e diversificação das plantas terrestres, desafiando o modelo tradicional de evolução.

## Análise da matéria

Para esta etapa, identifique e analise com base na matéria: o objeto e a metodologia (observação, hipótese, experimentação, análise e publicação) da pesquisa. Esteja logado.
Objeto
O objeto da pesquisa é a origem e a diversificação de genes essenciais para o crescimento, replicação celular e proteção das plantas, especificamente genes adquiridos via transferência horizontal de outros organismos (fungos e bactérias) no ancestral das plantas terrestres, as algas carófitas.
Metodologia
Observação: Durante a investigação de enzimas responsáveis pela degradação de carboidratos nas paredes celulares vegetais, os pesquisadores notaram que certos genes surgiram repentinamente na evolução das plantas. Isso foi evidenciado ao comparar as algas carófitas, que possuíam esses genes, com outras algas aparentadas que não os tinham.
Hipótese: Com base na observação de que esses genes apareceram de forma inesperada nas algas carófitas, a hipótese levantada foi que eles foram adquiridos de outras espécies, não diretamente relacionadas, através da transferência horizontal de genes (THG), um processo que permite a troca de material genético entre organismos sem relação de ancestralidade.
Experimentação: Para testar essa hipótese, os pesquisadores compararam o DNA das algas carófitas com o de outros organismos disponíveis em bancos de dados genômicos (NCBI), buscando correspondências em espécies distantes, como fungos e bactérias. Eles utilizaram o método de comparação genética para identificar genes idênticos em organismos não relacionados, confirmando que alguns genes das plantas foram adquiridos de fungos e bactérias.
Análise: Os dados mostraram que a THG ocorreu há aproximadamente 600 milhões de anos, durante o Pré-Cambriano, entre algas carófitas e micro-organismos. Esses genes passaram por duplicações (de 20 genes iniciais para 400 em plantas atuais) e modificações em suas funções ao longo do tempo, o que impactou a diversificação das plantas. A análise incluiu não apenas a identificação das espécies doadoras de genes, mas também o papel evolutivo que esses genes desempenharam na adaptação das plantas ao ambiente terrestre.
Publicação: Os resultados foram publicados na revista científica New Phytologist e também divulgados na Revista Pesquisa FAPESP. A publicação destaca como a transferência horizontal de genes contribuiu para o desenvolvimento das plantas terrestres e como essa descoberta desafia a visão tradicional da evolução linear proposta por Darwin.
A pesquisa utilizou uma metodologia rigorosa baseada em observação de dados biológicos, formulação de hipóteses inovadoras sobre a origem dos genes vegetais, e experimentação através de comparação de dados genéticos de diversos organismos. A análise profunda do impacto evolutivo desses genes revela a importância da transferência horizontal de genes na evolução das plantas, ampliando a compreensão da diversidade biológica. Essa descoberta reforça a necessidade de revisar modelos tradicionais de evolução para incorporar fenômenos como a THG, que adicionam complexidade e dinamismo ao processo evolutivo.

## Análise da pesquisa

Para esta etapa, acesse a(s) pesquisa(s) de origem, de base para o artigo na Pesquisa FAPESP, identifique e analise a seção metodológica. Em especial, explique em que medida o processo de pesquisa foi bem documentado no artigo que você selecionou. Esteja logado.
A análise da seção metodológica do artigo que fundamenta a matéria da Pesquisa FAPESP revela um processo de pesquisa bem documentado e minuciosamente detalhado. A equipe de pesquisadores da UFMG utilizou uma abordagem que integra diferentes ferramentas bioinformáticas, análise de sequências e métodos filogenéticos para investigar a transferência horizontal de genes (THG) entre fungos, bactérias e plantas ancestrais.
A seção de Materials and Methods no artigo original, publicado na revista New Phytologist, é organizada de maneira rigorosa e clara, descrevendo cada etapa do processo de pesquisa. Os dados genéticos foram coletados do banco de dados CAZy, e sequências de proteínas foram identificadas e comparadas através de buscas em Blastp, seguido de rigorosos filtros para garantir a precisão dos resultados. Os pesquisadores também utilizaram ferramentas estatísticas robustas para validar suas descobertas, como os testes de Wilcoxon e Kruskal–Wallis, aplicados via RStudio.
Além disso, o uso de softwares como Mafft para o alinhamento de sequências e IQ-Tree para a construção de árvores filogenéticas garante uma análise comparativa detalhada entre as sequências de plantas e outros organismos. Os resultados sugerem que os genes transferidos desempenharam um papel crucial na adaptação das plantas ao ambiente terrestre, confirmando que as enzimas GH envolvidas na degradação de carboidratos passaram por múltiplas duplicações e mudanças funcionais ao longo da evolução das plantas.
A seção metodológica do artigo original é mencionada de forma simplificada na matéria da Pesquisa FAPESP. A reportagem destaca os principais passos da pesquisa, como a análise das sequências genéticas de enzimas que degradam carboidratos nas paredes celulares vegetais. Ela menciona que os pesquisadores da UFMG utilizaram bancos de dados genéticos globais, como o do Centro Nacional de Informação Biotecnológica (NCBI), para comparar genes de algas carófitas com os de outros organismos, como fungos e bactérias. A matéria também ressalta o uso de métodos de comparação genética que permitiram identificar a transferência horizontal de genes e calcular a época provável dessa incorporação genética, ocorrida entre 750 e 550 milhões de anos atrás.
No entanto, o detalhamento técnico de cada ferramenta bioinformática e software utilizados, que é claramente documentado no artigo original (como Blastp, Busco, Mafft, entre outros), não aparece na matéria. Em vez disso, a revista se concentra em comunicar os resultados e suas implicações para a evolução das plantas, tornando a pesquisa acessível a um público mais amplo. O foco da matéria é na importância evolutiva dos genes transferidos e como eles contribuíram para a diversificação das plantas terrestres, com menor ênfase nos métodos exatos usados para chegar a essas conclusões.
Assim, a matéria da Pesquisa FAPESP traduz os achados metodológicos complexos do artigo acadêmico para uma linguagem mais acessível e focada em impactos, sem detalhar extensivamente os métodos específicos empregados pelos pesquisadores.

## Metáfora científica

Para esta etapa, reveja o conteúdo da aula sobre "A metáfora científica". No artigo da Pesquisa FAPESP selecionado, identifique quais foram as metáforas científicas ou cientificamente inspiradas utilizadas e justifique esse uso a partir das indicações da aula. Analise em que medida contribuem ou dificultam o entendimento da ciência. Esteja logado.
No artigo da Pesquisa FAPESP sobre a transferência horizontal de genes em plantas, podemos identificar várias metáforas cientificamente inspiradas que ajudam a simplificar e tornar compreensíveis os conceitos complexos envolvidos na pesquisa genética e evolutiva.

### Metáforas Científicas Identificadas

* "Troca de genes": A expressão "troca de genes" é uma metáfora que se inspira na ideia de intercâmbio, algo cotidiano que todos podem entender, mas aqui aplicado a organismos que "trocam" material genético. No contexto científico, isso se refere à transferência horizontal de genes (THG), onde genes são transmitidos entre organismos não relacionados, sem seguir o padrão de herança vertical entre gerações. Essa metáfora transforma um processo molecular complexo em algo mais fácil de visualizar, mas pode ser um pouco enganosa, uma vez que a "troca" não é consensual ou deliberada, como uma troca comum de objetos.
* "Migração de genes": A metáfora de "migração" sugere movimento e deslocamento, conceitos físicos que são entendidos intuitivamente pelas pessoas. No entanto, na ciência, não há um deslocamento físico de genes entre organismos, mas sim um processo biológico onde o material genético é incorporado a partir de fontes externas. Essa metáfora facilita a compreensão do fenômeno, mas pode induzir o leitor a pensar que esse processo acontece de maneira mais ativa ou direcionada do que realmente ocorre na biologia.
* "Relógio molecular": A expressão "relógio molecular" é uma metáfora precisa, que compara o acúmulo de mutações ao longo do tempo em moléculas (como o DNA) a um relógio que mede a passagem do tempo. Na pesquisa, esse conceito é utilizado para estimar quando a transferência de genes ocorreu, ajudando a datar eventos evolutivos. Essa metáfora é bastante eficaz, pois oferece uma maneira intuitiva de entender como os cientistas medem processos evolutivos invisíveis em escalas temporais enormes.
* "Microflorestas": A metáfora de "microflorestas" é usada para descrever as comunidades de microrganismos (como bactérias, fungos e algas unicelulares) que habitavam a Terra há centenas de milhões de anos. A ideia de uma floresta, mesmo em escala microscópica, evoca uma imagem de um ecossistema denso e interconectado, facilitando a visualização de ambientes onde a transferência genética poderia ter ocorrido. Esse uso metafórico torna a compreensão desses ecossistemas primordiais mais tangível para o leitor.
* Material genético como "fluido": A expressão de que o "material genético é muito mais fluido do que imaginávamos" sugere uma questão sobre a natureza do material genético e o conceito de fronteira entre espécies. A fluidez genética desafia a visão clássica do DNA como uma herança fixa e estável,trazendo uma imagem que provoca uma visão de algo dinâmico e mutável.

### Análise do Uso das Metáforas

Essas metáforas, inspiradas cientificamente, são eficazes porque ajudam a simplificar processos genéticos e evolutivos complexos, traduzindo-os para uma linguagem mais acessível. Elas permitem que leitores não especializados compreendam conceitos como transferência horizontal de genes e relógios moleculares, que seriam difíceis de visualizar sem essas comparações. No entanto, essas metáforas também podem ser enganosas ou simplistas, especialmente quando sugerem ações deliberadas (como "troca" ou "migração"), que podem levar o leitor a interpretações equivocadas sobre como esses processos ocorrem na natureza.

### Contribuição para o Entendimento da Ciência

No geral, as metáforas utilizadas contribuem significativamente para tornar os temas científicos mais compreensíveis ao público leigo, sem comprometer em grande medida a precisão. Elas transformam processos abstratos e microscópicos em ideias mais concretas e visuais. No entanto, é importante que essas metáforas sejam acompanhadas de explicações cuidadosas para evitar simplificações excessivas que possam distorcer o entendimento científico.
As metáforas ajudam a criar uma ponte entre o conhecimento especializado e o senso comum, facilitando a comunicação científica, especialmente em publicações populares como a Pesquisa FAPESP, que visa tornar a ciência acessível ao público geral.

## Filosofia da ciência

Para esta etapa, reveja o conteúdo da aula sobre "Ciência e Filosofia". Discorra sobre em que medida o artigo da Pesquisa FAPESP que você selecionou coloca questões filosóficas e apresente exemplos extraídos do texto. Esteja logado.
O artigo da Pesquisa FAPESP sobre a transferência horizontal de genes em plantas suscita várias questões filosóficas relacionadas à evolução, ao papel dos genes na biodiversidade e às noções de individualidade e continuidade das espécies. Algumas dessas questões estão profundamente enraizadas no debate sobre os limites da biologia e da ciência evolutiva e tocam em problemas clássicos da filosofia da biologia e da ciência.

### 1. Desafios à visão tradicional da evolução darwiniana

O fenômeno da transferência horizontal de genes (THG) apresentado no artigo desafia a visão darwiniana clássica da evolução como um processo unilinear, onde as características são passadas apenas de uma geração à seguinte dentro de uma mesma linhagem, formando uma árvore genealógica. O conceito de uma “árvore da vida” está intimamente relacionado à filosofia evolutiva de Darwin, que descrevia a vida como um processo de ramificação contínua e divergente. A metáfora da “teia interconectada” que o artigo menciona introduz um problema filosófico ao questionar essa linearidade.
Essa ideia levanta questões sobre como entendemos as fronteiras entre espécies e a noção de identidade biológica. Se genes podem ser adquiridos entre espécies, qual é a verdadeira natureza da identidade de uma espécie? Essas questões ecoam debates filosóficos sobre essencialismo biológico, onde os biólogos e filósofos discutem se há uma essência fixa que define uma espécie, ou se a biologia é mais fluida do que tradicionalmente imaginado.

### 2. A noção de "indivíduo" em biologia

A transferência horizontal de genes coloca em xeque a definição de “indivíduo” na biologia. Se um organismo pode incorporar genes de outros organismos sem qualquer relação de parentesco, como isso afeta nossa compreensão do que constitui um ser vivo único? O artigo faz alusão ao conceito de microflorestas primitivas, onde diferentes organismos convivem de maneira interdependente e trocam material genético.
Do ponto de vista filosófico, isso ressoa com o problema da individualidade biológica, uma questão que tem sido amplamente debatida. Se organismos podem compartilhar e adquirir genes de maneira não linear, os limites de onde um organismo começa e termina se tornam mais nebulosos. Isso pode ser comparado a debates sobre simbioses e ecossistemas, onde o ser vivo não é uma entidade isolada, mas um agregado de interações biológicas e genéticas.
O artigo da Pesquisa FAPESP toca em questões filosóficas profundas ao desafiar noções tradicionais sobre a evolução, o conceito de espécie e a individualidade biológica. As metáforas e os exemplos científicos utilizados no texto oferecem um ponto de entrada para refletir sobre as fronteiras entre ciência, filosofia e a nossa compreensão de como a vida evolui e se transforma ao longo do tempo.

## Próximos passos

Após concluir a atividade, clique no botão abaixo para ir para o próximo módulo do curso.