# Software de alinhamento de sequências

Esta lista de software de alinhamento de sequências é uma compilação de ferramentas software e portais web usados em alinhamento de sequências de pares e alinhamento múltiplo de sequências. Ver software para alinhamento estrutural para alinhamento estrutural de proteínas.

## Apenas pesquisas em bancos de dados

| Nome | Descrição | Tipo de sequência* | Ligação |
| BLAST | Busca local de k-tuplas (Basic Local Alignment Search Tool) | Ambos | NCBI EBI DDBJ DDBJ (psi-blast) GenomeNet PIR (Apenas proteínas) |
| Extensão combinatória | Busca de alinhamento estrutural | Proteína | servidor |
| FASTA | Busca local de k-tuplas | Ambos | EBI DDBJ GenomeNet PIR (Apenas proteínas) |
| GGSEARCH / GLSEARCH | Alinhamento com estatística Global:Global (GG), Global:Local (GL) | Proteína | servidor FASTA |
| HMMER | Busca de perfis ocultos de Markov | Proteína/ADN | Descarregar (S. Eddy) DDBJ (HMMPFAM) |
| IDF | Inverse Document Frequency | Ambos | Descarregar |
| Infernal | Busca SCFG de perfil | ARN | Descarregar (S. Eddy) |
| SAM | Busca de perfis ocultos de Markov | Proteína/ADN | SAM (K. Karplus, A. Krogh) |
| SSEARCH | Busca Smith-Waterman (mais sensível que FASTA) | Ambos | servidor EBI DDBJ |
| SWIMM | Busca Smith-Waterman em arquiteturas multicore e manycore da Intel | Proteína | Descarregar (Rucci et al) |
| *Tipo de sequência: Proteína ou nucleotídeo ||||

## Alinhamento múltiplo de sequências

| Nome | Descrição | Tipo de sequência* | Tipo de alinhamento Type** | Ligação | Autor | Ano |
| ABA | Alinhamento A-Bruijn | Proteína | Global | Descarregar | B.Raphael et al. | 2004 |
| ALE | Alinhamento manual; alguma assistência de software | Nucleotídeos | Local | Descarregar | J. Blandy y K. Fogel | 1994 (última versão 2007) |
| AMAP | Annealing de sequências | Ambos | Global | servidor | A. Schwartz e L. Pachter | 2006 |
| BAli-Phy | Alinhamentos árvore+multi; probabilísticos/bayesianos; joint estimation | Ambos | Global | WWW+Descarregar | BD Redelings e MA Suchard | 2005 (última versão 2013) |
| CHAOS/DIALIGN | Alinhamento iterativo | Ambos | Local (preferida) | servidor | M. Brudno e B. Morgenstern | 2003 |
| ClustalW | Alinhamento progressivo | Ambos | Local ou Global | Descarregar EBI DDBJ PBIL EMBNet GenomeNet | Thompson et al. | 1994 |
| CodonCode Aligner | Multi-alinhamento; suporte ClustalW e Phrap | Nucleotídeos | Local ou Global | Descarregar | P. Richterich et al. | 2003 (última versão 2007) |
| DIALIGN-TX y DIALIGN-T | Método baseado em segmentos | Ambos | Local (preferida) ou Global | Descarregar e servidor | A.R.Subramanian | 2005 (última versão 2008) |
| ADN Baser | Multi-alinhamento | Ambos | Local ou Global + pós-processo | ADN Baser (comercial) | M. Gabriel | publicado em 2005 |
| Ed'Nimbus | Seeded filtration | Nucleotídeos | Local | servidor | P. Peterlongo et al. | 2006 |
| Geneious | Alinhamento progressivo/iterativo; plugin para ClustalW | Ambos | Local ou Global | Descarregar | A.J. Drummond et al. | 2005 / 2006 |
| Kalign | Alinhamento progressivo | Ambos | Global | servidorEBI MPItoolkit | T. Lassmann | 2005 |
| MSA | Programação dinâmica | Ambos | Local ou Global | Descarregar | D.J. Lipman et al. | 1989 (modificado 1995) |
| PRRN/PRRP | Alinhamento iterativo (especialmente refinamento) | Proteína | Local ou Global | PRRP PRRN | Y. Totoki (baseado em O. Gotoh) | 1991 e posteriores |
| POA | Modelo oculto de Markov/ordem parcial | Proteína | Local ou Global | Descarregar | C. Lee | 2002 |
| SAM | Modelo oculto de Markov | Proteína | Local ou Global | servidor | A. Krogh et al. | 1994 (versão mais recente 2002) |
| MAFFT | Alinhamento progressivo/iterativo | Ambos | Local ou Global | GenomeNet MAFFT | K. Katoh et al. | 2005 |
| MAVID | Alinhamento progressivo | Ambos | Global | servidor | N. Bray e L. Pachter | 2004 |
| MULTALIN | Programação dinâmica/clustering | Ambos | Local ou Global | servidor | F. Corpet | 1988 |
| Multi-LAGAN | Alinhamento progressivo por programação dinâmica | Ambos | Global | servidor | M. Brudno et al. | 2003 |
| MUSCLE | Alinhamento progressivo/iterativo | Ambos | Local ou Global | servidor | R. Edgar | 2004 |
| ProbCons | Probabilístico/consistência | Proteína | Local ou Global | servidor | C. Do et al. | 2005 |
| PSAlign | Alinhamento preservando não-heurística | Ambos | Local ou Global | Descarregar | S.H. Sze, Y. Lu, Q. Yang. | 2006 |
| SAGA | Alinhamento de sequências por algoritmo genético | Proteína | Local ou Global | Descarregar | C. Notredame et al. | 1996 (nova versão 1998) |
| T-Coffee | Alinhamento progressivo mais sensível | Ambos | Local ou Global | servidor | C. Notredame et al. | 2000 |
| RevTrans | Combina ADN e alinhamento de proteínas, por tradução inversa de alinhamento de proteínas a ADN. | ADN/Proteína (especial) | Local ou Global | servidor | Wernersson e Pedersen | 2003 (versão mais recente 2005) |
| *Tipo de sequência: Proteína ou nucleotídeo. **Tipo de alinhamento: Local ou global |||||||

## Análise genômica

| Nome | Descrição | Tipo de sequência* | Ligação |
| SLAM | Previsão de genes, alinhamento, anotação (identificação de homologia humano-rato) | Nucleotídeo | servidor |
| Mauve | Alinhamento múltiplo de genomas reorganizados | Nucleotídeo | decarregar |
| MGA | Alinhador múltiplo de genomas | Nucleotídeo | descarregar |
| Mulan | Alinhamentos múltiplos locais de sequências de tamanho genêmico | Nucleotídeo | servidor |
| Sequerome | Perfil de informação sobre alinhamento de sequências recorrendo aos principais servidores/serviços | Nucleotídeo/peptídeo | servidor |
| AVID | Alinhamento global por pares com genomas completos | Nucleotídeo | servidor |
| SIBsim4 / Sim4 | Programa projetado para alinhar uma sequência expressa de ADN com uma sequência genômica, permitindo íntrons | Nucleotídeo | descarregar |
| Shuffle-LAGAN | Alinhamento glocal de pares de regiões de genoma completas | Nucleotídeo | servidor |
| ACT (Artemis Comparison Tool) | Sintenia e genômica comparativa | Nucleotídeo | servidor |
| *Tipo de sequência: Proteína ou nucleotídeo ||||

## Previsão de motivos

| Nome | Descrição | Tipo de sequência* | Ligação |
| MEME/MAST | Busca descobrimento de motivos | Ambos | servidor |
| BLOCKS | Identificação de motivos sem jogos na base de dados BLOCKS | Ambos | servidor |
| eMOTIF | Extração e identificação de motivos curtos | Ambos | servidores |
| Gibbs motif sampler (Amostrador de motivos Gibbs) | Extração estocástica de motivos por probabilidade estadística | Ambos | servidor (uma das várias implementações) |
| TEIRESIAS | Extração de motivos e busca na base de dados | Ambos | servidor |
| PRATT | Geração de padrões para usar com ScanProsite | Proteína | servidor |
| ScanProsite | Ferramenta de busca de motivos na base de dados | Proteína | servidor |
| PHI-Blast | Busca de motivos e ferramenta de alinhamento | Ambos | servidor |
| I-sites | Biblioteca de motivos estruturais locais | Proteína | servidor |
| *Tipo de sequência: Proteína ou nucleotídeo ||||