# Software para alinhamento estrutural

Esta lista de software para alinhamento estrutural é uma compilação de ferramentas software e portais web utilizados em alinhamentos estruturais de pares ou múltiplos.

## Lista de software para alinhamento estrutural

| NOME | Descrição | Classe | Tipo | Flexível | Ligação | Autor | Ano |
| MAMMOTH | MAtching Molecular Models Obtained from Theory | Cα | Par | No | servidor | AR. Ortiz | 2002 |
| CE/CE-MC | Combinatorial Extension -- Monte Carlo | Cα | Multi | No | servidor | I. Shindyalov | 2000 |
| DaliLite | Distance Matrix Alignment | C-Map | Par | No | servidor | L. Holm | 1993 |
| VAST | Vector Alignment Search Tool | SSE | Par | --- | servidor | S. Bryant | 1996 |
| PrISM | Protein Informatics Systems for Modeling | SSE | Multi | --- | servidor | B. Honig | 2000 |
| SSAP | Sequential Structure Alignment Program | SSE | Multi | No | servidor | C. Orengo & W. Taylor | 1989 |
| SARF2 | Spatial ARrangements of Backbone Fragments | SSE | Par | --- | servidor | N. Alexandrov | 1996 |
| KENOBI/K2 | NA | SSE | Par | --- | servidor | Z. Weng | 2000 |
| STAMP | STructural Alignment of Multiple Proteins | Cα | Multi | No | servidor | R. Russell & G. Barton | 1992 |
| MASS | Multiple Alignment by Secondary Structure | SSE | Multi | --- | servidor | O. Dror & H. Wolfson | 2003 |
| SCALI | Structural Core ALIgnment of proteins | Seq | Par | --- | servidor | C. Bystroff | 2004 |
| DEJAVU | NA | SSE | Par | --- | servidor | GJ. Kleywegt | 1997 |
| SSM | Secondary Structure Matching | SSE | Multi | --- | servidor | E. Krissinel | 2003 |
| SHEBA | Structural Homology by Environment-Based Alignment | Seq | Par | --- | servidor | B. Lee | 2000 |
| LGA | Local-Global Alignment | Cα | Par | --- | servidor | A. Zemla | 2003 |
| POSA | Partial Order Structure Alignment | Cα | Multi | Sí | servidor | Y. Ye & A. Godzik | 2005 |
| PyMOL | O comando "super" realiza alinhamento 3D independente da sequência | Proteína | Hybrid | No | sitio web | W. L. DeLano | 2007 |
| FATCAT | Flexible Structure AlignmenT by Chaining Aligned Fragment Pars Allowing Twists | Cα | Par | Sí | servidor | Y. Ye & A. Godzik | 2003 |
| Matras | MArkovian TRAnsition of protein Structure | Cα & SSE | Par | --- | NA | K. Nishikawa | 2000 |
| MAMMOTH-mult | MAMMOTH-based multiple structure alignment | Cα | Multi | No | servidor | D. Lupyan | 2005 |
| Protein3Dfit | NA | C-Map | Par | --- | servidor | D. Schomburg | 1994 |
| PRIDE | PRobaility of IDEntity | Cα | Par | --- | servidor | S. Pongor | 2002 |
| FAST | FAST Alignment and Search Tool | Cα | Par | --- | servidor | J. Zhu | 2004 |
| C-BOP | Coordinate-Based Organization of Proteins | N/A | Multi | --- | servidor | E. Sandelin | 2005 |
| ProFit | Protein least-squares Fitting | Cα | Multi | --- | servidor | ACR. Martin | 1996 |
| TOPOFIT | Alinhamento como superposição de volumes comuns em um ponto topomax | Cα | Par | --- | servidor | VA. Ilyin | 2004 |
| MUSTANG | MUltiple STructural AligNment AlGorithm | Cα & C-Map | Multi | --- | descargar | A.S. Konagurthu et al. | 2005 |
| URMS | Unit-vector RMSD | Cα | Par | --- | servidor | K. Kedem | 2003 |
| LOCK | Superposição hierárquica de estruturas de proteínas | SSE | Par | No | NA | AP. Singh | 1997 |
| LOCK 2 | Melhoras sobre LOCK | SSE | Par | No | descarregar | J. Shapiro | 2003 |
| CBA | Consistency Based Alignment | SSE | Multi | --- | descargar | J. Ebert | 2006 |
| TetraDA | Tetrahedral Decomposition Alignment | SSE | Multi | Sí | NA | J. Roach | 2005 |
| STRAP | STRucture based Alignment Program | Cα | Multi | --- | servidor | C. Gille | 2006 |
| LOVOALIGN | Low Order Value Optimization methods for Structural Alignment | Cα | Par | --- | servidor | Andreani et al. | 2006 |
| GANGSTA | Genetic Algorithm for Nonsequential and Gapped STructural Alignment | SSE/C-Map | Par | --- | servidor | B. Kolbeck et al. | 2006 |
| TM-align | TM-score based protein structure alignment | Cα | Par | --- | sitio web | Y. Zhang & J. Skolnick | 2005 |
| MatAlign | Comparação de estruturas de proteínas por Matrix Alignment | C-Map | Par | --- | sítio web | Z. Aung & K.L. Tan | 2006 |
| Vorolign | Alinhamentos de estrutura rápidos usando relações de Voronoi | C-map | Multi | Sí | servidor | F. Birzele et al. | 2007 |
| EXPRESSO | Alinhamentos múltiplos de estrutura rápidos usando T-Coffee e Sap | Cα | Multi | --- | sítio web | C. Notredame et al. | 2007 |
| CAALIGN | Alinhamento Cα | Cα | Multi | --- | sítio web | T.J. Oldfield | 2007 |
| YAKUSA | Coordenadas internas e algoritmo tipo BLAST | Cα | Par | --- | sítio web | M. Carpentier et al. | 2005 |
| CLEMAPS | Alinhamentos de alfabetos baseados em conformação | Cα | Multi | --- | NA | W-M. Zheng | 2007 |
| TALI | Torsion Angle ALIgnment | Cα | Par | No | NA | X. Mioa | 2006 |
| MolCom | NA | Geometria | Multi | --- | NA | S.D. O'Hearn | 2003 |
| MALECON | NA | Geometria | Multi | --- | NA | S. Wodak | 2004 |
| FlexProt | Flexible Alignment of Protein Structures | Cα | Par | Sí | servidor | M. Shatsky & H. Wolfson | 2002 |
| MultiProt | Multiple Alignment of Protein Structures | Geometria | Multi | Sí | servidor | M. Shatsky & H. Wolfson | 2004 |
| CTSS | Alinhamentos de estrutura de proteínas usando características geométricas locais | Geometria | Par | --- | sítio web | T. Can | 2004 |
| CURVE | NA | Geometria | Multi | No | sítio web | D. Zhi | 2006 |
| Matt | Multiple Alignment with Translations and Twists | Cα | Multi | Sí | descarregar | M. Menke | 2008 |
| TopMatch | Alinhamentos de estruturas de proteínas e visualização de semelhanças estruturais | Cα | Par | No | servidor | M. Sippl & M. Wiederstein | 2008 |
| SSGS | Secondary Structure Guided Superimposition | Ca | Par | No | sítio web | G. Wainreb et al. | 2006 |
| Matchprot | Comparação de estruturas de proteínas por alinhamentos vizinhos crescentes | Cα | Par | No | servidor | S. Bhattacharya et al. | 2007 |
| UCSF Chimera | veja ferramenta MatchMaker e comando "matchmaker" | Seq & SSE | Multi | No | sítio web | E. Meng et al. | 2006 |
| FLASH | Fast aLignment Algorithm for finding Structural Homology of proteins | SSE | Par | No | NA | E.S.C. Shih & M-J Hwang | 2003 |
| RAPIDO | Rapid Alignment of Protein structures In the presence of Domain mOvements | Cα | Par | Sí | servidor | R. Mosca & T.R. Schneider | 2008 |
| ComSubstruct | Alinhamento estrutural baseado em codificação geométrica diferencial | Geometria | Par | Sí | sítio web | N. Morikawa | 2008 |
Códigos:
* Cα -- Alinhamento por átomo (Cα) de esqueleto (Backbone Atom (Cα) Alignment);
* SSE -- Alinhamento de elementos de estrutura secundária (Secondary Structure Elements Alignment);
* Seq -- Alinhamento baseado em sequência;
* Par -- Alinhamento de pares (2 estruturas *solo*);
* Multi -- Alinhamento múltiplo de estruturas;
* C-Map -- Mapa de contato;