# Taxinomia

La taxinomia (del grèc ταξινομία taxis : renjament e nomos : lèi) es la partida de la biologia que visa a establir una classificacion sistematica dels èssers vivents.
Lo tèrme de taxinomia, format a partir de la rasic grèga taxis, es sovent preferit a taxonomia, çaquelà fòrça utilizat.

## Origina e evolucion dels modèls

Totas las classificacions se presentan jos la forma d'un arbre (classament arborescent), dempuèi una rasic qu'inclutz totes los èssers vivents existents o avent existit, fins als individús.
Cada nos de l'arbre definís un taxon, qu'amassa totes los sostaxons qu'engendra lo nos.
Mas, dins lo passat, foguèt pas totjorn atal. Lo scientific suedés Carl von Linné (1707 - 1778) pausèt las fondacions de la sistematica, e foguèt l'autor d'una classificacion que sos grands principis foguèron la basa de la sistematica scientifica fins al mièg del sègle XX. Aquesta classificacion tradicionala, fortament antropocentrica, fa encara, en aquesta debuta del sègle XXI, partida del bagatge cultural comun. çaquelà, rebat de motius de la diversitat dels èssers vivents (creacion divina) talas qu’òm las pensava fa 250 ans, mas qu'an pas mai res de veire amb çò que pensam uèi d'aquestes motius (evolucion).
L’antropocentrisme es batut amb Charles Darwin que recomanda en 1859 una classificacion purament genealogica. S’i a agut evolucion, las espècias se devon classar segon lor gra d’aparentament evolutiu. Mas caldrà esperar gaireben un sègle per i arribar realament, e d'en primièr per qu'acceptem la genealogia coma inaccessibla (qual descend de qual ?) per nos concentrar melhor sus la filogenia (qual es pus pròche de qual ?). Dins la segonda mitat del sègle XX es aparegut l'apròchi filogenetic que per el lo critèri fondamental de la causida de la classificacion es que deu rebatre estrictament la filogenia, valent a dire los grases d’aparentament entre espècias. Quitament la nocion d'una tala filogenia es una consequéncia de la teoria de l'evolucion, e lo succès predictiu dels arbres filogenetics una de las pròvas d'aquesta teoria.
L'apròchi filogenetic demanda que los taxons sián limitats als que respèctan las doas condicions seguentas :
* totes los individús del taxon descendon d'un individú ancestral particular ;
* totes los descendents d'aqueste ancestre particular son dins lo taxon.
Se parla alara solament de taxon monofiletic o clade. Aquesta constrenta a menat de modificacions fondamentalas de la classificacion scientifica, certanas renversant lo « sens comun » modelat per l'eretatge cultural. Atal los dinosaures an pas disparegut, la sistematica modèrna inclusent los ausèls dins lo gropament « dinosaures ».
Entre d'autres exemples, los taxons tradicionals coma reptils, peisses, algas, dicotiledons, pongidats, an pas drech de ciutat en sistematica filogenetica, perque son considerats polifiletics (originas multiplas) o parafiletics (incomplèts). D'autres an sobreviscut amb qualques sequèlas, coma campairòls. Enfin, certans an sobremontat la tempèsta, coma animal (metazoaris) o mamifèrs. Remarquem qu'i aviá pas res d'evident a çò que totes los animals multicellulars partegèsson un ancèstre comun que los separa de tot vegetal o campairòl.
I a maites apròchis tecnics per elaborar los arbres filogenetics.
* L'apròchi cladistic cèrca en particular de determinar los caractèrs pròpris a una branca, que « signan » un aparentament.
* L'apròchi genetic, una classificacion basada unicament sus de mesuras de distància entre taxons (avaloradas per exemple en comptant las diferéncias de sequéncias d'ADN) sens cercar de far una interpretacion filogenetica.
* L’apròchi probabilista que construtz d'arbres filogenetics en utilizant de modèls d’evolucion dels caractèrs (lo pus sovent moleculars, mas pas obligatòriament).
Segon las publicacions, se tròba de classificacions de tot tipe, dempuèi la classificacion tradicionala a pena remanejada, fins a las classificacions estrictament filogeneticas, en passant per diferentas mescladas, per exemple gardant las categorias, mas s'alinhant sus las descobèrtas recentas en matèria de filogenia.

## La nocion d'espècia

Un concèpte important de classificacion, pro estable, es lo d'espècia. Aqueste gropament es relativament plan definit, almens per las espècias de reproduccion sexuada.
L'espècia se definís coma une comunautat d'èssers vivents interfeconds, valent a dire capables de se reproduire entre eles e d'escambiar de material genetic per produire de descendents eles-meteisses feconds (en efècte, certans individús del meteis genre mas apartenent a d'espècias diferentas se pòdon crosar per donar un individú ibride, mas aiceste es sovent esteril). Dins lo cas de la reproduccion estrictament asexuada, se parla abusivament d'espècias a la plaça de linhada, lo gropament es alara purament filogenic. Lo cas de las entitats al limit del vivent (virus, prions) es encara diferent ; son en general exclusas de las classificacions. Una autra dificultat de citar es la de las simbiòsis estrictas, coma los liquèns (que combinan una partida d'origina campairòl, e una partida fotosintetica, d'origina diferenta), mas en general, un dels dos partenaris es capable de viure sens s'associar a l'autre, e se pòdon classar dins doas espècias distintas, amb per caracteristica d'una de las doas espècias de poder pas sobreviure sens l'autra.
Las espècias son nomenadas segon lo sistèma binominal mes en plaça per Linné. Un nom d'espècia se compausa d'un nom de genre, en latin, seguit d'un qualificatiu d'espècia, tanben en latin, seguit (de tota rigor) de la mencion d'origina (autor e data de descripcion). Per exemple, Panthera leo Linnaeus, 1758 designa l'espècia pus comunament apelada lion.
Stricto sensu, lo concèpte d'espècia supausa implicitament una ipotèsi fòrta qu'es la transitivitat de las interfecondacions possiblas ; en d'autres tèrmes, se supausa que se X$_1$ es interfecond amb X$_2$, X$_2$ amb X$_3$, etc., X$_1$ sera interfecond amb X$_n$ quina que siá la longor de la cadena. Konrad Lorenz senhala qu'aquesta suposicion es pas totjorn vertadièra, en particular pels ausèls marins entre continents. Endacòm mai cal plan qu'aqueste tipe de discontinuitat existisca per qu'un fenomèn d'especiacion comence d'aparéisser el tanben.

## Dins lo domeni de l'informatica

La taxinomia (o taxonomy en anglés) es lo principi de classar las informacions dins una arquitectura estructurada e agençada de manièra evolutiva. Aqueste tèrme informatic es correntament emplegat dins de sistèmas de gestion de contengut (CMS).

## Vejatz tanben
### Obratge PDF gratuit de descargar (en francés)

* Reconstruction phylogénétique P. Darlu et P. Tassy

### Articles connèxes

* Classificacion scientifica (classificacion tradicionala)
* Classificacion filogenetica (dempuèi 1990)
* Arbre filogenetic
* William Harris Ashmead

### Ligams extèrnes

* una classificacion que visa a cobrir tot lo vivent, de bon percórrer
* basa de donadas de publicacions, fòrça tecnica
* Còde internacional de nomenclatura botanica de Saint-Louis

### Referéncias

* [R1] Classificacion filogenetica del vivent, Guillaume Lecointre e Hervé Le Guyader, Belin