# Esempi di statistica descrittiva e inferenziale/Analisi del proprio genoma

Esempi di statistica descrittiva e inferenziale
Copertina Tutti i moduli · Sviluppo
* Esempi di statistica descrittiva e inferenzialeEsempi di statistica descrittiva e inferenziale
** Eventi di siccità in ItaliaEsempi di statistica descrittiva e inferenziale/Eventi di siccità in Italia
** Le donne in USAEsempi di statistica descrittiva e inferenziale/Le donne in USA
** I tumoriEsempi di statistica descrittiva e inferenziale/I tumori
** La malattia mentaleEsempi di statistica descrittiva e inferenziale/La malattia mentale
** Analisi del proprio genomaEsempi di statistica descrittiva e inferenziale/Analisi del proprio genoma
** Genoma del Covid-19Esempi di statistica descrittiva e inferenziale/Genoma del Covid-19
** Ricerca di esopianetiEsempi di statistica descrittiva e inferenziale/Ricerca di esopianeti
** Previsione incendiEsempi di statistica descrittiva e inferenziale/Previsione incendi
** Eventi avversi vaccini CovidEsempi di statistica descrittiva e inferenziale/Eventi avversi vaccini Covid
* Appendice
** Installazione di RApplicazioni pratiche di machine learning/Installazione di R
** Creare reports in RStudioApplicazioni pratiche di machine learning/Creare reports in RStudio
Modifica il sommario

## Parte 1: Dati

La società californiana 23andMe fornisce a pagamento in tutto il mondo un dataset contenente i dati relativi al proprio genotipo, ottenuti analizzando un campione di saliva inviato dal cliente per posta. Questi dati possono essere utilizzati per scopi di ricerca, educativi ed informativi ma non per uso medico. Ciascuna riga del dataset corrisponde ad un singolo SNP contenente 4 colonne :
* l'identificatore univoco rsid dell'SNP
* il cromosoma contenente l'SNP
* la posizione numerica all'interno del DNA nel cromosoma
* il genotipo formato da 2 lettere tra le seguenti: adenina (A), citosina (C), guanina (G), e timina (T).
Un signore ha reso pubblico il proprio dataset di SNP fornito da 23andME ed è possibile scaricarlo da qui : https://www.kaggle.com/zusmani/mygenome
Caricamento del dataset:
I primi 6 SNP contenuti nel dataset:
E' possibile scaricare un dataset di links a pubblicazioni scientifiche relative ad SNP contenenti l' allele di rischio collegato ad una certa malattia o predisposizione. Ad esempio nell'SNP rs533123 l'allele di rischio potrebbe essere A per cui bisogna indagare se il proprio genotipo relativo a quell'SNP lo contiene. Quindi unendo i 2 datasets si potrà sapere se il proprio genotipo contiene quel particolare allele di rischio relativo ad uno specifico tratto o malattia.
Caricamento dataset:
Le variabili contenute nel dataset di pubblicazioni scientifiche sono le seguenti:

## Parte 2 : Esplorazione dati

E' possibile cercare nel sito https://www.snpedia.com/ gli SNP relativi ad una certa malattia o tratto e cercarli nel genoma del signore . Ad esempio relativamente al rischio alcolico questo è l'SNP del signore:
Si uniscono i 2 datasets: quello relativo agli SNP del signore e quello relativo alle pubblicazioni scientifiche . In tal modo si avranno a disposizione gli alleli di rischio e le pubblicazioni scientifiche relativi agli SNP del signore.
Si visualizzano le variabili di interesse nelle prime 6 righe:
Si estraggono dal dataset le righe relative agli alleli di rischio contenuti nel genotipo del signore.Ad esempio se l'allele è T e nel genotipo si trova AT.
Si estraggono dal dataset le righe relative agli alleli di rischio contenuti nel genotipo del signore 2 volte. Ad esempio se l'allele è A e nel genotipo si trova AA.
Per ogni SNP si può leggere lo studio fornito tramite il suo link o cercarlo su SNPedia ...
Ad esempio per la schizofrenia :