# Méthodologie de revue de littérature cumulative

English version : https://en.wikiversity.org/wiki/Web-semantic-based_cumulative_litterature_review_methodology

## Constats

La croissance du nombre de publications académique est aujourd’hui exponentielle et double tous les dix ans environ. On pourrait penser qu’il s’agit d’une bonne chose, puisque que de nombreux enjeux contemporains (ex : transition socio-écologique) nécessitent la création et la diffusion rapide de nouvelles connaissance. Le modèle actuel de production des connaissances académiques est cependant inadapté à cet objectif et peut dégrader à la fois la qualité de la recherche (ex : invention de concepts sans fondements pour faire une « contribution théorique ») et les conditions de travail des chercheurs (ex : temps de travail gaspillé à travailler sur des publications qui finissent rejetées).
Le modèle actuel est basé sur la production en quantité, l’accumulation de publications qui n’ont pas nécessairement de cohérence entre elles, la compétition entre chercheurs et un modèle de publication propriétaire qui limite la diffusion des résultats. La quantité produite contribue à une surcharge informationnelle : personne n’est aujourd’hui capable de lire toutes les publications liées à son objet de recherche, et le problème se pose en amont de la publication avec le nombre croissant de manuscrit à traiter pour les revues (accélérant avec l’usage de l’IA générative de type Large Language Model). En conséquence, le travail de revue de littérature se complique, la construction de consensus scientifique est découragée et identifier les connaissances fiables qui mériteraient d’être plus largement diffusées et enseignées est un défi. Un modèle alternatif qui permettrait d’améliorer à la fois les conditions de travail et la qualité de la recherche pourrait être un modèle mettant davantage l’accent sur la qualité, le travail de synthèse plutôt que de juxtaposition des connaissances, le travail collaboratif et un modèle de publication basé sur les principes de la science ouverte.
| | Modèle existant | Modèle proposé |
| Travail | Individuel | Collectif |
| Ecriture | Rédaction puis publication | Contenu dynamique |
| Connaissances | Juxtaposition | Synthèse |
| Objectif | Quantité | Qualité |
| Évaluation de la qualité | Ponctuelle | Continue |
| Propriété | Licences propriétaires | Licences ouvertes |
| Reconnaissance | Statut d'auteur | Traçabilité des contributions |
| Données | Cloisonnement | Linked open data |

## Objectifs

* Créer une méthodologie revue de littérature cumulative basée sur le web sémantique et le linked open data qui aboutirait à des cartes de connaissances dynamiques plutôt que des publications figées qui ne peuvent pas être mises à jour.
* L'appliquer à une thématique de recherche liée à la transition écologique, domaine où la création et transmission rapide de connaissance est cruciale étant donné l'urgence de la crise écologique.

## Préparation du projet
### Rédaction du projet

* Diaporama : https://docs.google.com/presentation/d/1MNbUtxOwu75bHrL_wyup11XIJXWhjleT/edit?usp=sharing&ouid=118128239045770906404&rtpof=true&sd=true

### Contributeurs et contributrices

| | Méthodologie de revue de littérature scientifique et méta-analyse | Compétences techniques web sémantique, données, applications | Gestion de projet, recherche de financement | Communauté Wikimédia | Communauté Web sémantique | Communauté Recherche |
| Adélie Ranville (Jeanne Noiraud ; https://orcid.org/0000-0002-3993-6135) | X | | X | | X | X |
| Romain Mekarni : https://romain.rmkn.fr/ (Data players) | | X | X | | X | |
| Arthur Perret : http://www.arthurperret.fr/ | X | X | | | | X |
| Wikimédia France : https://www.wikimedia.fr/ | | | X | X | | |

### Contributeurs et contributrices potentiels

* Wikimédia Deutschland : https://www.wikimedia.de/
* Daniel Mietchen: https://en.wikiversity.org/wiki/User_talk:Daniel_Mietchen
* Chris Hartgerink (Research Equals): https://orcid.org/0000-0003-1050-6809

#### Développeurs

* L'assemblée virtuelle : https://virtual-assembly.org/
* Heretica : https://heretica.fr/
* Romain Mekarni : https://romain.rmkn.fr/ (Data players)

#### Chercheurs en sciences sociales

* Adélie Ranville (Jeanne Noiraud ; https://orcid.org/0000-0002-3993-6135)
* Eric-Jan Wagenmakers : https://orcid.org/0000-0003-1596-1034
* Garret Christensen : https://orcid.org/0000-0003-2558-1609

#### Chercheurs en sciences de l'information et de la communication

* Arthur Perret : http://www.arthurperret.fr/
* Ugo Verdi : https://orcid.org/0000-0002-0562-6032

#### Chercheurs en informatique

Plus orienté recherche fondamentale en informatique, pas forcément nécessaire à ce stade
* Equipe Wimmics web-instrumented human-machine interactions, communities and semantics : https://team.inria.fr/wimmics/
** Franck Michel : https://orcid.org/0000-0001-9064-0463
** Anne Toulet : https://orcid.org/0000-0003-0463-0854
** Andon Tchechmedjiev : https://orcid.org/0000-0003-3749-5521
* Celian Ringwald : https://datalogism.github.io/

#### Communautés wikimédia

* Wikimedian for sustainable development : https://meta.wikimedia.org/wiki/Wikimedians_for_Sustainable_Development
* Wiki99 Sustainability : https://meta.wikimedia.org/wiki/Wiki99/sustainability

### Financeurs potentiels
#### Phase de preuve de concept

* Wikimedia Research Fund : https://meta.wikimedia.org/wiki/Grants:Programs/Wikimedia_Research_%26_Technology_Fund/Wikimedia_Research_Fund
* Fondation USMB : https://www.fondation-usmb.fr/projets-d-amorcage/deposer-un-projet/
* Appel à Commun ADEME : https://wiki.resilience-territoire.ademe.fr/wiki/Accueil
* Thèse ADEME : https://agirpourlatransition.ademe.fr/entreprises/aides-financieres/20241219/appel-a-projets-theses-edition-2025
* Berkeley Initiative for Transparency in the Social Sciences : https://www.bitss.org

#### Phase de développement

* Programme Open CNRS : https://www.cnrsinnovation.com/open/
* OSCARS Open Calls : https://oscars-project.eu/open-calls
* The navigation fund : https://www.navigation.org/grants/open-science
* ANR : https://anr.fr/
* Fonds européens : https://erc.europa.eu/apply-grant/starting-grant
* Fond pour la science ouverte: https://www.ouvrirlascience.fr/quatrieme-appel-a-projets-du-fonds-national-pour-la-science-ouverte/

## Etapes du projet
#### Phase preuve de concept

* Recherche sur les enjeux de revue de littérature, méta-recherche et science ouverte
** What would science look like if it were invented today : https://en.wikiversity.org/wiki/User:OpenScientist/What_would_science_look_like_if_it_were_invented_today
** Wikis in scholarly communication : https://en.wikiversity.org/wiki/Wikis_in_scholarly_communication
** Journal of the future : https://en.wikiversity.org/wiki/Wikiversity:Journal_of_the_future
** Wikidata to support clinical practice using Data Science, Semantic Web and Machine Learning : https://meta.wikimedia.org/wiki/Research:Adapting_Wikidata_to_support_clinical_practice_using_Data_Science,_Semantic_Web_and_Machine_Learning
* Elaboration d'une méthologie de revue de littérature compatible avec la science ouverte
* Benchmark des outils techniques existants
* Proof of concept utilisant les outils existants
* Publication/communication de la méthodologie
** https://meta.wikimedia.org/wiki/Wiki_Workshop_2025/Call_for_Papers

#### Phase développement

* Cahier des charges pour développements complémentaires
* Développement technique
* Documentation et tutoriels
* Publication de la méthodologie dans une revue scientifique
* Dissémination et formation de chercheurs à la méthode

## Benchmark des outils existants
### Logiciels revue de littérature

* Research rabbit: https://researchrabbitapp.com/
* Connected papers: https://www.connectedpapers.com/
* Litmap: https://app.litmaps.com
* SciSummary: https://scisummary.com/
* Scanlit: https://www.scanlitt.com/

### Logiciels d'analyse de données qualitatives

* Computer-assisted qualitative data analysis software : Atlas.ti, HyperRESEARCH, NVivo, or The Ethnograph
* Approches lexicométriques : Tropes, Alceste, Iramuteq, Sphinx, CorTexT (https://www.cortext.net/), Gargantext

### Logiciels de gestion de connaissance

* Cosma : https://cosma.arthurperret.fr
* Obsidian : https://obsidian.md/
* Zettlr : https://docs.zettlr.com/
* Room Research : https://roamresearch.com/
* Notion
* Logseq
* Reflect

## Fonctionnalités envisagées et outils libres existants pour les mettre en oeuvre
### Assurer la traçabilité du protocole de revue de littérature

* Rédiger un protocole de revue de littérature et le déposer sur une archive ouverte pour lui donner un DOI qui sera lié aux articles inclus dans la revue de littérature (voir publication modulaire).

### Récupérer des méta-données de publications scientifiques
#### Items scientifiques

* Archives ouvertes (HAL, Zenodo, Huma-num, Nakala...)... qui évoluent vers de nouveaux modèles ?
** Infrastructure technique d'archivage : https://inveniosoftware.org/
* Publications propriétaires (WOS, Spcopus...)

#### Données empiriques

* Données sur des organisations (ex: https://www.sirene.fr/sirene/public/accueil)
* Données sur les politiques publiques (ex: https://eur-lex.europa.eu/eli-register/about.html)
* Archives culturelles (ex: https://omeka.org)

### Gérer des méta-données de publications scientifiques

* Zotero : https://www.zotero.org/

### Intégrer des métadonnées bibliographiques au web semantique et linked open data
#### Importation de métadonnées dans wikidata

* Exportation de Zotero vers wikidata : https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:Zotero
* Récupération des données de citations entre items : https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:Zotero/Cita

### Enrichir les métadonnées bibliographiques pour construire des graphes de connaissances

Pour assurer la traçabilité de la méthode : utiliser le DOI du projet de revue de littérature comme source ?

#### Ontologies dédiées aux items scientifiques

* https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:WikiProject_Wikidata_for_research/Data_models/Social_science_results
* https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:WikiProject_Wikidata_for_research/Data_models/Scholarly_article
* Thesaurus et vocabulaires contrôlés
* Open Alex utilise les Wikidata ID pour les concepts

#### Types de données à ajouter sur les items scientifiques

* Méthode
* Sujet
* ORCID auteurs
* Citations CROSSREF
* Versions
* Sources de données (DOI)

#### Triplets pouvant pour lesquels les items scientifiques peuvent être des références

* Typologie : sous-classes
* Définitions : caractéristiques
* Causalités : a pour cause
* Hypothèses : a comme cause possible

#### Outils d'édition Wikidata

* Réconciliation avec Openrefine: https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:Tools/OpenRefine
* Importation des annexes scientifiques : https://github.com/wpoa/open-access-media-importer
* Quickstatement

#### Indexation et extraction

RevMan, RevManHal, Covidence, EPPI-Reviewer, Abstrackr, SUMARI, CReMS
LLM
* LLM vers RDF : SciLEx : https://github.com/datalogism/SciLEx/
* Robot Reviewer : https://www.robotreviewer.net/about
Crowdsourcing
* Folksonomie https://fr.wikipedia.org/wiki/Folksonomie

#### Modélisation de théories

* Wikipathways : https://www.wikipathways.org

### Rechercher sur le graphe de connaissances

* Interface SPARQL : https://sparnatural.eu/
** Exemples de requête: trouver toutes les publications qui étudient l'organisation X, décrire les méthodes utilisées par les publications sur le sujet Y...
* Visualisation de graph, exemple : https://angryloki.github.io/wikidata-graph-builder/?item=Q1773152&property=P828&iterations=2
* Bibliométrie dynamique: https://scholia.toolforge.org/
* Sémantic search : https://en.wikipedia.org/wiki/Semantic_search
* A-t-on besoin de grands modèles de langage ? https://www.youtube.com/watch?v=WqYBx2gB6vA

### Rédiger des synthèses des connaissances
#### Rédaction automatique

* Wikidata for AI applications : https://diff.wikimedia.org/2024/09/23/wikidata-and-artificial-intelligence-simplified-access-to-open-data-for-open-source-projects/
* Wikifunctions: https://meta.wikimedia.org/wiki/Abstract_Wikipedia ; https://www.wikifunctions.org/wiki/Wikifunctions:Main_Page

#### Rédaction collaborative

* Wikipédia et Wikiversité
* Stylo : https://stylo.huma-num.fr/
* Intégration des citations https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:WikiCite/fr
* Dokeli : https://dokie.li/
* Voir aussi: https://en.wikiversity.org/wiki/Wikis_in_scholarly_communication

### Suivre les contributions et leur visibilité
#### Statistiques de contributions

* Dashboard wikimédia : https://outreachdashboard.wmflabs.org/
* Statistiques de contributions par page Wikipédia : https://xtools.wmcloud.org/articleinfo/en.wikipedia.org/Resource_dependence_theory
* Vues des pages Wiki : https://pageviews.wmcloud.org
* Projet de développement de métriques : https://meta.wikimedia.org/wiki/Grants:Programs/Wikimedia_Research_Fund/Developing_Wikimedia_Impact_Metrics_as_a_Sociotechnical_Solution_for_Encouraging_Funder/_Academic_Engagement
* Statistiques de contributions et traffic GitHub
* ORCID

#### Publication modulaire

* Research equal : https://www.researchequals.com/
* Octopus : https://www.octopus.ac/

## Ressources
### Le futur de la revue de littérature

* Reproducible Literature Reviews : https://www.youtube.com/watch?v=Nspd_1cx9kc
* The death of the literature review and the rise of the dynamic knowledge map : https://blogs.lse.ac.uk/impactofsocialsciences/2019/05/14/the-death-of-the-literature-review-and-the-rise-of-the-dynamic-knowledge-map/

### Wikidata pour la recherche

* Wikidata : découverte du corpus et cas d'usage dans le monde de la recherche : https://zenodo.org/records/13870682
* MOOC Wikidata https://learn.wiki/courses/course-v1:Wikimedia-France+WMFR_001+2024/about