# Doctorat

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Ressources suggérées : Remarque: Le contenu initial est issue d'un etherpad partagé entre quelques doctorants. S'agissant d'un groupe hétérogène avec plusieurs nationalités, une partie du contenu devra être traduit.
Ce Wikilivre a pour objet de faire la synthèse des généralités pratiques relatives à la préparation et à l'obtention d'un doctorat en France. Il s'adresse autant aux doctorants qu'aux étudiants envisageant ce parcours, voire à ceux qui souhaitent obtenir des compétences utiles au doctorat sans pour autant en réaliser un.

## Le doctorat
### Historique

w:Doctorat
Nombre de doctorats, part européenne, part dans la population 25-34 ans, nombre de femmes et part des femmes, table "Formations de l’enseignement supérieur"

### Actualité sur les contrats et statuts

* Communiqué sur les doctorats d'université par la CP-CNU et CNU
* Quelques dangers du projet d'arrêté relatif au diplôme national de doctorat

## Contrats et engagements
### Procédures d'inscriptions

Nous avons constaté différentes inconsistances dans le processus d'inscription en thèse. J'invite chacun à faire part de son expérience et des solutions mise en œuvre.

#### Impasses (deadlock)

* L'université réclame le contrat de travail pour l'inscription universitaire et l'employeur réclame l'inscription universitaire pour créer le contrat de travail.
** L'une des deux parties doit céder un premier pas. Pour moi ce fut mon employeur qui a produit un document attestant de leur engagement envers moi et de la présence effective du financement.--RP87 (discussion)
* Titres de séjour

### Contrat Doctoral

Le Contrat doctoral

### Thèse non-financée (quels engagements)?
## Besoins communs, Ressources communes
### Veille

1st step : search once, stay alert all the time ! What is an RSS feed (Rich Site Summary) https://en.wikipedia.org/wiki/RSS
Scientific web sources for articles with rss feeds
http://www.sciencedirect.com/ (feeds for search results) http://rd.springer.com/ (feeds for search results) http://www.scopus.com/ (feeds for search results) http://onlinelibrary.wiley.com/ (feeds for journal not search) http://ecsdl.org/site/misc/rss.xhtml (ECS Digital library, feeds for journals, not search) (1 more site seen with carla to be added)
Scientific web sources for call for papers and conference http://calenda.org/ (SHS)
Search opensource, without rss (:-(
Monitor RSS feeds
1°) Installer un agregateur RSS dans votre navigateur install a RSS agregator 2°) faites vos recherches habituelles ... type your usual search 3°) souscrivez aux résultas de recherches pertinents (rss icone) suscribe to the search result (rss icone)
2nd step manage all this new information proficiently: (this step also mean you'll have to writte down your analysis otherwise you'll loose a lot of content you produced while thinking.)
http...adresse/tool name (users ; confidence in use ***experienced, **medium user, *beginner)
RSS tools Brief , firefox extension (Hadrien, Rudy** Depuis firefox 35.? 36, pas de flux affiché dans brief SOLUTION / mise à jour de brief pour les nouvelles version de firefox. https://addons.mozilla.org/firefox/downloads/file/294808/brief-2.0b3-fx.xpi?src=dp-btn-devchannel The RSS agregator, chrome extension (Claire ;
Reference Managment tools Outils de collecte-gestion-avec edition : collecting tools with management and edditing capacity
FREE Zotero https://www.zotero.org/ [OPEN SOURCE ; AGPL] (Rudy*** ; Jérôme D. ; In your texts editors, for your bilbiographical styles (elsevier, chicago, ...) check https://www.zotero.org/styles (if you want) Modify the renaming format of pdf (%year%author%journal ...) https://www.zotero.org/support/preferences/hidden_preferences tips & trics : pour les synchro pensez à spécifier la localisation de la base de donnée (préférences, avancées, fichiers). Si vous avez un dual boot Ubuntu/Windows, ne pointez pas sur le même dossier le fichier sqlite ne supporte pas. Mais sous vitual box Ubuntu (invité) / Windows(hote) ça passe ! More storage: If 300MB are not enough, you could find an access to a WebDav server, and store all your bibliography on it. For example, Lille1 students have an access on https://ocm.univ-lille1.fr.
Mendeley (http://www.mendeley.com/features/) [owner, free] (Rudy ; Maxime D.* ) Software with 2 GB of personnal web space to synchronise your references (+ online access without the software) + web importer to add your sources more easily (https://www.mendeley.com/import/) + Word (or LibreOffice) plugin to use your references in your documents (different styles available : elsevier, IEEE, ...) + possibility to create work groups with shared files (100 MB of data)
http://www.docear.org/ [ OPEN SOURCE ; GNU GPL]
Purchased http://endnote.com/ (Safa O. ; Jatupol J. for quick conversion : select all your references ; menu file/export > XML , save it where you want. Then open the free/opensource software of your choice > import and select the file where you placed it.

#### Outils
### Statistique

Statistics
Qui n'a pas déjà produit des résultats d'expérience, sans indiquer la validité du modèle de régression sur un graphique ? Qui n'a jamais rendu d'affirmation sans préciser d'interval de confiance ? ... J'ai réalisé lors de ma première année de thèse que malgré mon parcours scolaire, je n'étais pas armé pour une exploitation scientifique des données qui m'entourent. Je constate très souvent des manques lors de présentations, séminaires, congrès.
Des outils : --- R ---
R : http://cran.r-project.org/
Des cours :
https://www.france-universite-numerique-mooc.fr/courses/UPSUD/42001S03/session03/about Suivi par Rudy." Très enrichissant, je le conseille pour une introduction autant en statistique que pour R." Les supports sont en creative commons. J'envoie la compil à votre demande.
wikibook : https://en.wikibooks.org/wiki/R_Programming http://www.statmethods.net/ Quick-R
--- Python libraries --- ? qui fait des stat en python ?
a list here : http://stats.stackexchange.com/questions/1595/python-as-a-statistics-workbench :
http://scipy.org/ http://code.google.com/p/pandas/ http://pypi.python.org/pypi/la http://code.google.com/p/python-statlib/ http://statsmodels.sourceforge.net/ http://scikits.appspot.com/scikits http://pypi.python.org/pypi/pymc/ http://www.pymix.org/pymix/index.php?n=PyMix.Home

#### Traitement de donnée
### Formation
### Communication
#### Rédaction

Source d'infos :
* wikibook anglais LaTeX
* document de formation de l'ULCO
* quand vous êtes bloqué sur une question Tex
* Rédiger sa thèse
Le texte de la docdoc formation n'a pas encore été joint. Toutefois pour répondre à des questions en cours :
META-DONNEES :
Create slides and article out of a single work. BEAMER to ARTICLE:
Here is the header of your beamer.tex The option "ignorenonframetext" allows you to write some text which will not be outputted outside the {frame} environment.
To have an article created from the beamer document, modify the header as follow:

#### Présentation

Ressources:
* introduction à Beamer (latex)

#### Publication

What does a public scientist produce ?
Hello, for those who haven't watch it yet : http://podcast.univ-lille2.fr/JPodcast/public/Conf23102014OpenAccess01.mp4
then a list of open access journals we found
https://hal.archives-ouvertes.fr/ http://arxiv.org/ http://www.openedition.org/catalogue-journals
to find repository: Directory of Open Access Repositories http://www.opendoar.org/find.php
Who's making policy for openaccess http://roarmap.eprints.org/
Warning ! Auteur payeur, fait tendre les journaux à une pratique de prédation ! Paying autor, tend to lead to predatory publisher behaviour ! http://www.hindawi.com/ http://www.plos.org/publications/publication-fees/

### Protection des données

Do you have to protect your data ?
Linked to a consortium agreement that require protection of the data I use and produce, I search for encryption protection. CNRS still recently recommanded truecrypt. (currently I don't know) https://duckduckgo.com/l/?kh=-1&uddg=https%3A%2F%2Faresu.dsi.cnrs.fr%2FIMG%2Fpdf%2FRecommandation-protection-donnees-chiff.pdf http://www.howtogeek.com/109210/the-htg-guide-to-hiding-your-data-in-a-truecrypt-hidden-volume/ However, the software have lately been droped. When you go to the truecrypt home page, It is clearly stated that you should seek alternative solutions.
So I went on an opensource list of alternative http://opensource.sys-con.com/node/3108679

#### VeraCrypt

VeraCrypt installation en ligne de commande (sous ubuntu)

#### Ciphershed

Instruction are here:
4 command lines only ;-)
Then it is used as TrueCrypt (en) https://www.youtube.com/watch?v=vFWIOZqKpZI or (fr) https://www.youtube.com/watch?v=d0wjXNIVOg0 Start Ciphershed, create an encrypted volume (choose the size, format type, localisation address) Choose the encryption option (algorithme, key) type the password (it is not the encryption key, it is the access to it)
Then, when you mount the encrypted volume thanks to Ciphershed and your password, you can access this volume. Otherwise you can not !
tips&trics en chiffrement de clef entre la virtual box et la machine hote, le matériel peut ne plus être visible une fois chiffré. Le matériel semble avoir une influence (test sur deux clef USB différentes, la lexar de 32Go n'apprécie pas sous ubuntu dans la virtual box) essais : Ciphershed sous ubuntu vera crypt sous windows
Pour les dossiers encapsulés pas de soucis rencontré jusqu'ici.

## Initiatives similaires

* PhD in Business (démarrage également).

## Notes et Références

* ↑ https://techamber.wordpress.com/2015/07/05/how-to-install-veracrypt-on-ubuntu-15-04-vivid-vervet/
* ↑ https://wiki.ciphershed.org/BuildOnLinux