OpenLLM-France/wikimedia huggingface dataset:
# Pathologie/Pathologie moléculaire/Anomalies du système MMR

Anomalies du système MMR
Le syndrome de Lynch est une forme héréditaire non polyposique de cancers colorectaux responsable d’environ 2 à 3 % de l’ensemble des cancers colorectaux. Il s’agit d’une prédisposition génétique à transmission autosomique dominante liée à une altération génétique constitutionnelle d’un gène impliqué dans le système d’identification et de réparation des mésappariements de l’ADN : le système MMR pour MisMatch Repair (Réparation des misappariements).
Quatre gènes sont essentiellement touchés: MLH1 et MSH2, responsables d’au moins deux tiers des cas, MSH6 et PMS2, plus rarement impliqués.
À l’origine d’un risque accru de cancer colorectal, avec un risque cumulé de 30-48 % avant l’âge de 70 ans, les mutations constitutionnelles des gènes MMR peuvent également jouer un rôle dans la genèse de toute une série d’autres cancers touchant un grand nombre d’organes :
* carcinome de l'endomètre principalement (risque cumulé de 30-54 % avant 70 ans) ;
* carcinome des voies biliaires,
* carcinome des voies excrétrices urinaires (bassinet et uretère essentiellement),
* carcinome de l'ovaire
* carcinome de l'intestin grêle
* carcinome de l'estomac
* tumeurs sébacées cutanées (adénomes sebacées et carcinomes sébacées)
* tumeurs cérébrales
* carcinome du pancréas

# Immunohistochimie des protéines du système MMR

Une expression protéique hétéro- gène doit être considérée comme positive et seule l’ex- tinction complète du signal immunohistochimique sur la totalité des cellules tumorales permet de conclure à une perte d’expression. À ce titre les immunomar- quages anti-MSH6 sont très souvent hétérogènes. La négativité du signal ne doit donc être prise en compte qu’en présence de témoins internes validés.
En immunohistochimie, cinq résultats sont possibles:
* Expression normale des quatre protéines MMR
* Perte d’expression couplée des protéines MSH2 et MSH6
* Perte d’expression couplée des protéines MLH1 et PMS2
* Perte d’expression isolée de la protéine MSH6
* Perte d’expression isolée de la protéine PMS2

# Dans le colon

D’après les séries européenne et américaine, jusqu’à 20 % des cancers colorectaux sont caractérisés par une anomalie du système MMR (ou instabilité microsatellitaire).
Les cancers colorectaux MMR déficients sont principalement retrouvés dans le côlon droit.
La recherche d'une anomalie du système MMR est importante car il existe un enjeu thérapeutique. Les traitements suivants sont moins efficaces en cas de système MMR anormal :
* 5FU : (5 fluorouracile): administré dans 90 % des cas de cancer colorectal.
* Cisplatine
Par contre, les traitements suivants pourraient être efficace même en l'absence de système MMR normal:
* Oxaliplatine : a priori
* Irinotécan (inhibiteur des topoisomérases de type I) : a priori
# Pathologie/Pathologie moléculaire/EGFR

Voir EGFR
# Pathologie/Pathologie moléculaire

La pathologie moléculaire est l'étude des anomalies des biomolécules à l'origine de maladies humaines, ou l'étude moléculaire des maladies humaines.
Elles associent l'étude des anomalies moléculaires à l'origine des maladies génétiques et les anomalies moléculaires à l'origine des phénomènes tumoraux.
La pathologie moléculaire s'intègre dans la médecine moléculaire.
La "pathologie moléculaire" peut désigner également l'Oncogénétique diagnostique.

# Exemples en médecine moléculaire

* Les maladies dégénératives liées à des agrégations de protéines.

# Exemples en pathologie tumorale

* Recherche de Mutations
* Anomalies du système MMR
* Anomalies des BRCAs: BRCA1 et BRCA2
* Étude des recombinaisons homologues
* Étude des réarrangements chromosomiques et des gènes de fusion

# Par type tumoral

* Pathologie moléculaire du cancer colique
* Pathologie moléculaire du cancer du poumon
** Adénocarcinome pulmonaire
** Carcinome épidermoïde bronchique
** Carcinome pulmonaire à petites cellules
* Pathologie moléculaire du cancer de la prostate
* Pathologie moléculaire du cancer de l'utérus
* Pathologie moléculaire du cancer de l'ovaire
* Pathologie moléculaire du mélanome
* Pathologie moléculaire de la tumeur stromale gastro-intestinale (GIST)
* Pathologie moléculaire du cancer du pancréas
* Pathologie moléculaire des histiocytoses

# Par gènes

* EGFR
* KRAS
* PI3Ks

# Techniques

* Étude de l'ADN
** Extraction de l'ADN
** Recherche d'instabilité des microsatellites (MSI)
** Recherche de mutations
** Séquençage de l'ADN
* Étude de l'ARN
** Extraction de l'ARN
** Séquençage de l'ARN
** Étude des gènes de fusion
* Étude des protéines
** Séquençage des protéines
** IHC des protéines mutées
** IHC des protéines de fusion

# Matériel d'études

* Fragments tumoraux
* Ponctions
* Surnageant
* Urine
* Fèces (Matières fécales)
# Pathologie/Pathologie générale/Ressources

Ressources en pathologie générale :
* Manuel de pathologie générale du CoPath sur campus.cerimes.fr
* Manuel de pathologie générale sur chups.jussieu.fr
# Phytosociologie/Classes CATMINAT de végétation en France/Clé de détermination 11

Les classes de végétation décrites ici sont celles définies en phytosociologie selon la typologie CATMINAT. On les y classe selon un système de type binomial, classique en taxonomie, avec une clé de détermination primaire qui se décline en plusieurs clés secondaires.

## Description de la clé primaire

11/ : Pelouses permanentes des étages alpin à subalpin.

### Seconde clef de détermination

| Clé | Désignation | Description |
| 11/1 | Caricetea curvulae subsp. curvulae | Pelouses vivaces et ouvertes sur sols acides, pauvres en azote, peu profonds, enneigés peu longuement et seulement en hiver, exposées aux vents violents et froids, arctico-alpines. |
| 11/2 | Salicetea herbaceae | Pelouses vivaces se développant sur les sols humides et longuement enneigés des combes à neige. |
| 11/3 | Carici rupestris - Kobresietea myosuroidis | Pelouses vivaces permanentes, ouvertes, établies sur des sols pauvres en azote, à pH neutrobasique, dans des zones généralement exposées, précocement déneigées, à climat froid, arctico-alpines. |
| 11/4 | Seslerietea caeruleae | Pelouses des étages alpin et subalpin, présentes sur des sols riches en calcium, pauvres en azote, bien exposés, en zones de climat à grande amplitude thermique journalière, de répartition européenne plutôt méridionale. |
* la Phytosociologie
* Les clés de détermination primaire:
** 01 : Eaux marines océaniques et littorales à végétation aquatique essentiellement algale
** 02 : Littoral maritime à végétation aérienne...
** 03 : Eaux continentales à sublittorales...
** 04 : Zones humides plus ou moins amphibies, des bords de lacs, d'étangs, de rivières...
** 05 : Zones humides, parfois amphibies, des bords de lacs, étangs, fleuves, rivières...
** 06 : Tourbières hautes, tourbières basses et tremblants...
** 07 : Parois plus ou moins verticales des murs et rochers non marins; éboulis...
** 08 : Dalles rocheuses horizontales et sables plus ou moins stabilisés...
** 09 : Pelouses, steppes et ourlets développés sur des sols riches en calcium...
** 10 : Pelouses, ourlets et herbes vivaces des coupes forestières sur sols acides...
** 11 : Pelouses permanentes des étages alpin à subalpin...
** 12 : Prairies eurosibériennes des sols moyennement riches à riches en azote...
** 13 : Cultures, friches, coupes forestières à sols perturbés...
** 14 : Landes et garrigues à plantes vivaces ligneuses...
** 15 : Haies arbustives, halliers, fruticées, maquis, matorrals...
** 16 : Végétations arborescentes et herbacées intraforestières...
# Phytosociologie/Classes CATMINAT de végétation en France/Clé de détermination 13

Les classes de végétation décrites ici sont celles définies en phytosociologie selon la typologie CATMINAT. On les y classe selon un système de type binomial, classique en taxonomie, avec une clé de détermination primaire qui se décline en plusieurs clés secondaires.

## Description de la clé primaire

13/ : Cultures, friches, coupes forestières à sols perturbés, lieux plus ou moins rudéralisés, et zones naturelles de caractères écologiques similaires (pieds de falaises, ourlets dunaires...). L'enrichissement trophique est lié aux animaux, aux actions de l'homme, à la fixation symbiotique d'azote, ou à la minéralisation active dans le sol consécutive aux éclaircies et aux remontées de nappe d'eau.

### Seconde clef de détermination

| Clé | Désignation | Description |
| 13/1 | Onopordetea acanthii subsp. acanthii | Friches herbacées vivaces à nombreuses espèces bisannuelles, le plus souvent rudérales, aimant l'azote, développée sur des sols secs à moyennement secs, dans des régions au climat plutôt chaud. |
| 13/2 | Glechomo hederaceae - Urticetea dioicae | Friches et ourlets constitués de plantes vivaces herbacées, répandues dans la région eurosibérienne sur des sols riches en azote, moyennement pourvus en eau, exceptionnellement humides et dans ce cas ombragés. |
| 13/3 | Stellarietea mediae | Végétations d’annuelles accompagnatrices des cultures, développée sur des sols riches à moyennement riches en azote. |
| 13/4 | Sisymbrietea officinalis | Friches annuelles pionnières, développée sur des sols riches à moyennement riches en azote, dans les zones rudéralisées. |
| 13/5 | Galeopsio tetrahit - Senecionetea sylvatici | Végétations nitrophiles naturelles à annuelles pionnières des clairières, lisières et éboulis européens. |
| 13/6 | Lepidio squamati - Polygonetea avicularis subsp. depressi | Tonsures nitrophiles des lieux surpiétinés. |
* la Phytosociologie
* Les clés de détermination primaire:
** 01 : Eaux marines océaniques et littorales à végétation aquatique essentiellement algale
** 02 : Littoral maritime à végétation aérienne...
** 03 : Eaux continentales à sublittorales...
** 04 : Zones humides plus ou moins amphibies, des bords de lacs, d'étangs, de rivières...
** 05 : Zones humides, parfois amphibies, des bords de lacs, étangs, fleuves, rivières...
** 06 : Tourbières hautes, tourbières basses et tremblants...
** 07 : Parois plus ou moins verticales des murs et rochers non marins; éboulis...
** 08 : Dalles rocheuses horizontales et sables plus ou moins stabilisés...
** 09 : Pelouses, steppes et ourlets développés sur des sols riches en calcium...
** 10 : Pelouses, ourlets et herbes vivaces des coupes forestières sur sols acides...
** 11 : Pelouses permanentes des étages alpin à subalpin...
** 12 : Prairies eurosibériennes des sols moyennement riches à riches en azote...
** 13 : Cultures, friches, coupes forestières à sols perturbés...
** 14 : Landes et garrigues à plantes vivaces ligneuses...
** 15 : Haies arbustives, halliers, fruticées, maquis, matorrals...
** 16 : Végétations arborescentes et herbacées intraforestières...
# Phytosociologie/Classes CATMINAT de végétation en France/Clé de détermination 14

Les classes de végétation décrites ici sont celles définies en phytosociologie selon la typologie CATMINAT. On les y classe selon un système de type binomial, classique en taxonomie, avec une clé de détermination primaire qui se décline en plusieurs clés secondaires.

## Description de la clé primaire

14/ : Landes et garrigues à plantes vivaces ligneuses (sous-arbrisseaux chaméphytiques de quelques décimètres de hauteur).

### Seconde clef de détermination

| Clé | Désignation | Description |
| 14/1 | Carlinetea macrocephalae | Landes méditerranéennes méridionales, présentes aux étages montagnard et supraméditerranéen corso-sardes. |
| 14/2 | Rosmarinetea officinalis | Garrigues méditerranéennes, présentes sur des sols à pH neutre à basique. |
| 14/3 | Cisto salvifolii - Lavanduletea stoechadis | Cistaies méditerranéennes développées sur des sols acides en zones à climat chaud. |
| 14/4 | Calluno vulgaris - Ulicetea minoris | Landes planitiaires-collinéennes, des zones de climat océanique tempéré, sur sols généralement acides. |
| 14/5 | Calluno vulgaris - Vaccinietea myrtilli | Landes arctico-alpines à planitiaires-continentales, des zones à climat plutôt froid. |
| 14/6 | Pegano harmalae - Salsoletea vermiculatae | Chaméphytaies halophiles continentales à sublittorales, méditerranéennes à subdésertiques. |
* la Phytosociologie
* Les clés de détermination primaire:
** 01 : Eaux marines océaniques et littorales à végétation aquatique essentiellement algale
** 02 : Littoral maritime à végétation aérienne...
** 03 : Eaux continentales à sublittorales...
** 04 : Zones humides plus ou moins amphibies, des bords de lacs, d'étangs, de rivières...
** 05 : Zones humides, parfois amphibies, des bords de lacs, étangs, fleuves, rivières...
** 06 : Tourbières hautes, tourbières basses et tremblants...
** 07 : Parois plus ou moins verticales des murs et rochers non marins; éboulis...
** 08 : Dalles rocheuses horizontales et sables plus ou moins stabilisés...
** 09 : Pelouses, steppes et ourlets développés sur des sols riches en calcium...
** 10 : Pelouses, ourlets et herbes vivaces des coupes forestières sur sols acides...
** 11 : Pelouses permanentes des étages alpin à subalpin...
** 12 : Prairies eurosibériennes des sols moyennement riches à riches en azote...
** 13 : Cultures, friches, coupes forestières à sols perturbés...
** 14 : Landes et garrigues à plantes vivaces ligneuses...
** 15 : Haies arbustives, halliers, fruticées, maquis, matorrals...
** 16 : Végétations arborescentes et herbacées intraforestières...
# Phénicien/Alphabet

L'alphabet phénicien était composé de 22 lettres. Elles portent le même nom que les lettres de l'hébreu.
Alphabet phénicien :
| Nom | Valeur phonétique |
| ʾāleph | a |
| bēth | b |
| gīmel | g (dur) |
| dāleth | d |
| hē | h |
| wāw | v |
| zayin | z |
| ḥēth | ḫ |
| ṭēth | ṭ |
| yōdh | y |
| kaph | k |
| lāmedh | l |
| mēm | m |
| nun | n |
| sāmekh | s |
| ʿayin | a, e, o, u |
| pē | p |
| ṣādē | ṣ |
| qōph | q |
| rēš | r |
| šin | š |
| tāw | t |
# Phytosociologie/Classes CATMINAT de végétation en France/Clé de détermination 10

Les classes de végétation décrites ici sont celles définies en phytosociologie selon la typologie CATMINAT. On les y classe selon un système de type binomial, classique en taxonomie, avec une clé de détermination primaire qui se décline en plusieurs clés secondaires.

## Description de la clé primaire

10/ : Pelouses, ourlets et herbes vivaces des coupes forestières sur sols acides.

### Seconde clef de détermination

| Clé | Désignation | Description |
| 10/1 | Nardetea strictae | Végétation herbacée vivace des pelouses sur sols acides, assez pauvres en azote, mais généralement assez profonds, présentes de la plaine à l'étage alpin, longuement enneigées à ce dernier étage. |
| 10/2 | Melampyro pratensis - Holcetea mollis | Végétation vivace des lisières herbacées plus ou moins ombragées (ourlets) sur sols acides, pauvres à moyennement pauvres en azote. |
* la Phytosociologie
* Les clés de détermination primaire:
** 01 : Eaux marines océaniques et littorales à végétation aquatique essentiellement algale
** 02 : Littoral maritime à végétation aérienne...
** 03 : Eaux continentales à sublittorales...
** 04 : Zones humides plus ou moins amphibies, des bords de lacs, d'étangs, de rivières...
** 05 : Zones humides, parfois amphibies, des bords de lacs, étangs, fleuves, rivières...
** 06 : Tourbières hautes, tourbières basses et tremblants...
** 07 : Parois plus ou moins verticales des murs et rochers non marins; éboulis...
** 08 : Dalles rocheuses horizontales et sables plus ou moins stabilisés...
** 09 : Pelouses, steppes et ourlets développés sur des sols riches en calcium...
** 10 : Pelouses, ourlets et herbes vivaces des coupes forestières sur sols acides...
** 11 : Pelouses permanentes des étages alpin à subalpin...
** 12 : Prairies eurosibériennes des sols moyennement riches à riches en azote...
** 13 : Cultures, friches, coupes forestières à sols perturbés...
** 14 : Landes et garrigues à plantes vivaces ligneuses...
** 15 : Haies arbustives, halliers, fruticées, maquis, matorrals...
** 16 : Végétations arborescentes et herbacées intraforestières...
# Phytosociologie/Classes CATMINAT de végétation en France/Clé de détermination 16

Les classes de végétation décrites ici sont celles définies en phytosociologie selon la typologie CATMINAT. On les y classe selon un système de type binomial, classique en taxonomie, avec une clé de détermination primaire qui se décline en plusieurs clés secondaires.

## Description de la clé primaire

16/ : Végétations arborescentes et herbacées intraforestières, des forêts, bois et bosquets arborescents.

### Seconde clef de détermination

| Clé | Désignation | Description |
| 16/1 | Fraxino excelsioris - Quercetea roboris | Associations arborescentes, généralement caducifoliées, planitiaires à montagnardes, exceptionnellement supraméditerranéennes. |
| 16/2 | Pino cembrae - Piceetea abietis | Associations arborescentes, généralement sempervirentes et dominées par des conifères, boréo-subalpines. |
| 16/3 | Pino halepensis - Quercetea ilicis coll. | Associations arborescentes, généralement sempervirentes et dominées par des arbres feuillus sclérophylles, plus rarement par des conifères, thermo- et mésoméditerranéennes. |
| 16/4 | Anemono nemorosae - Caricetea sylvaticae | Végétation herbacée vivace, le plus souvent intraforestière, plus ou moins adaptée à un ombrage relatif et à une humidité atmosphérique relativement élevée, de développement optimal généralement printanier. |
* la Phytosociologie
* Les clés de détermination primaire:
** 01 : Eaux marines océaniques et littorales à végétation aquatique essentiellement algale
** 02 : Littoral maritime à végétation aérienne...
** 03 : Eaux continentales à sublittorales...
** 04 : Zones humides plus ou moins amphibies, des bords de lacs, d'étangs, de rivières...
** 05 : Zones humides, parfois amphibies, des bords de lacs, étangs, fleuves, rivières...
** 06 : Tourbières hautes, tourbières basses et tremblants...
** 07 : Parois plus ou moins verticales des murs et rochers non marins; éboulis...
** 08 : Dalles rocheuses horizontales et sables plus ou moins stabilisés...
** 09 : Pelouses, steppes et ourlets développés sur des sols riches en calcium...
** 10 : Pelouses, ourlets et herbes vivaces des coupes forestières sur sols acides...
** 11 : Pelouses permanentes des étages alpin à subalpin...
** 12 : Prairies eurosibériennes des sols moyennement riches à riches en azote...
** 13 : Cultures, friches, coupes forestières à sols perturbés...
** 14 : Landes et garrigues à plantes vivaces ligneuses...
** 15 : Haies arbustives, halliers, fruticées, maquis, matorrals...
** 16 : Végétations arborescentes et herbacées intraforestières...
# Phytosociologie/Classes CATMINAT de végétation en France/Clé de détermination 12

Les classes de végétation décrites ici sont celles définies en phytosociologie selon la typologie CATMINAT. On les y classe selon un système de type binomial, classique en taxonomie, avec une clé de détermination primaire qui se décline en plusieurs clés secondaires.

## Description de la clé primaire

12/ : Prairies eurosibériennes des sols moyennement riches à riches en azote, subissant des pratiques agricoles variées (fertilisation, amendement, fauche, pâturage, jachère, semis...).

### Seconde clef de détermination

| Clé | Désignation | Description |
| 12/1 | Agrostio stoloniferae - Arrhenatheretea elatioris subsp. elatioris | Végétation herbacée vivace des prairies eurosibériennes. |
* la Phytosociologie
* Les clés de détermination primaire:
** 01 : Eaux marines océaniques et littorales à végétation aquatique essentiellement algale
** 02 : Littoral maritime à végétation aérienne...
** 03 : Eaux continentales à sublittorales...
** 04 : Zones humides plus ou moins amphibies, des bords de lacs, d'étangs, de rivières...
** 05 : Zones humides, parfois amphibies, des bords de lacs, étangs, fleuves, rivières...
** 06 : Tourbières hautes, tourbières basses et tremblants...
** 07 : Parois plus ou moins verticales des murs et rochers non marins; éboulis...
** 08 : Dalles rocheuses horizontales et sables plus ou moins stabilisés...
** 09 : Pelouses, steppes et ourlets développés sur des sols riches en calcium...
** 10 : Pelouses, ourlets et herbes vivaces des coupes forestières sur sols acides...
** 11 : Pelouses permanentes des étages alpin à subalpin...
** 12 : Prairies eurosibériennes des sols moyennement riches à riches en azote...
** 13 : Cultures, friches, coupes forestières à sols perturbés...
** 14 : Landes et garrigues à plantes vivaces ligneuses...
** 15 : Haies arbustives, halliers, fruticées, maquis, matorrals...
** 16 : Végétations arborescentes et herbacées intraforestières...
# Phénicien

Le phénicien était une langue (aujourd'hui disparue) parlée en phénicie (actuel Liban). Cette langue était très similaire à l'hébreu.

## Sommaire

* Alphabet
* Grammaire
* Vocabulaire
# Phytosociologie/Classes CATMINAT de végétation en France/Clé de détermination 09

Les classes de végétation décrites ici sont celles définies en phytosociologie selon la typologie CATMINAT. On les y classe selon un système de type binomial, classique en taxonomie, avec une clé de détermination primaire qui se décline en plusieurs clés secondaires.

## Description de la clé primaire

09/ : Pelouses, steppes et ourlets développés sur des sols riches en calcium, secs, assez superficiels et généralement pauvres en azote.

### Seconde clef de détermination

| Clé | Désignation | Description |
| 09/1 | Festuco valesiacae - Brometea erecti subsp. erecti | Végétation herbacée vivace (avec parfois quelques petits ligneux) des pelouses calcicoles médioeuropéennes, aimant la lumière, développées sur des sols plutôt secs et pauvres en azote, plus ou moins superficiels. |
| 09/2 | Trifolio medii - Geranietea sanguinei | Végétation vivace des lisières herbacées moyennement ombragées (ourlets), développée sur des sols neutro-basiques souvent riches en calcium, pauvres à moyennement pauvres en azote et secs. |
| 09/3 | Dactylo glomeratae subsp. hispanicae - Brachypodietea retusi | Végétation vivace des pelouses calcicoles, essentiellement herbacée mais plus ou moins riche en petits ligneux, présente aux étages méso- à thermoméditerranéen, sur des substrats calcaires ou siliceux mais alors riches en cations échangeables, pauvres à moyennement pauvres en azote. |
| 09/4 | Lygeo sparti - Stipetea tenacissimae | Végétation vivace des pelouses basophiles subdésertiques. |
* la Phytosociologie
* Les clés de détermination primaire:
** 01 : Eaux marines océaniques et littorales à végétation aquatique essentiellement algale
** 02 : Littoral maritime à végétation aérienne...
** 03 : Eaux continentales à sublittorales...
** 04 : Zones humides plus ou moins amphibies, des bords de lacs, d'étangs, de rivières...
** 05 : Zones humides, parfois amphibies, des bords de lacs, étangs, fleuves, rivières...
** 06 : Tourbières hautes, tourbières basses et tremblants...
** 07 : Parois plus ou moins verticales des murs et rochers non marins; éboulis...
** 08 : Dalles rocheuses horizontales et sables plus ou moins stabilisés...
** 09 : Pelouses, steppes et ourlets développés sur des sols riches en calcium...
** 10 : Pelouses, ourlets et herbes vivaces des coupes forestières sur sols acides...
** 11 : Pelouses permanentes des étages alpin à subalpin...
** 12 : Prairies eurosibériennes des sols moyennement riches à riches en azote...
** 13 : Cultures, friches, coupes forestières à sols perturbés...
** 14 : Landes et garrigues à plantes vivaces ligneuses...
** 15 : Haies arbustives, halliers, fruticées, maquis, matorrals...
** 16 : Végétations arborescentes et herbacées intraforestières...