# Sarbecovirus

Sarbecovirus est un sous-genre de bétacoronavirus regroupant les coronavirus liés au syndrome respiratoire aigu sévère dont les SARS-CoV-1 et SARS-CoV-2$^,$.
Le nom Sarbecovirus est un acronyme agglutinant les premières syllabes de SARS-like bêta coronavirus. Les virus du sous-genre Sarbecovirus étaient auparavant connus sous le nom de coronavirus du groupe 2b.
Les Sarbecovirus utilisent l'ACE2 comme récepteur, mais seuls les ACE2 de certains animaux peuvent être utilisés par les virus. La grande majorité des sarbecovirus infectent des chauve-souris rhinolophes mais certains se sont adaptés à d'autres mammifères comme la civette, le blaireau ou l'humain pour le SARS-CoV-1, le pangolin et l'humain pour le cluster du SARS-CoV-2, mais aussi différents carnivores (chat, tigre, vison et chien) probablement contaminés par l'humain.

## Organisation génomique

Outre des rapprochements sur la base de leurs homologies de séquence nucléotidique, au sein du genre Betacoronavirus les virus du sous-genre Sarbecovirus sont caractérisés par la présence de plusieurs cadres de lecture ouverts situés entre les gènes M et N.
Le sous-genre Sarbecovirus est caractérisé par la présence d'une seule protéinase de type papaïne (PL$^{pro}$) dans le cadre de lecture ouvert ORF1, au lieu de deux dans le sous-genre Embecovirus et le genre Alphacoronavirus.

## Position phylogénétique

Les arbres phylogénétiques des Sarbecovirus peuvent différer selon qu'on s’intéresse à la protéine spiculaire ou à d'autres gènes. L'arbre ci-dessous est basé sur l'ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp) :

## Liste de Sarbecovirus

On distingue selon leur RBD :

### Sarbecovirus d'Asie se liant au récepteur ACE2 de leur hôte

* SARS-CoV-2 et ses variants (humain)
* RaTG13 (R. affinis)
* RaTG15 (R. affinis)
* WIV1 (R. sinicus)
* SARS-CoV Urbani (humain)
* LYRa11 (R. affinis)
* Rs7327 (R. sinicus)
* Rs4231 (R. sinicus)
* Rs4084 (R. sinicus)
* RsSHC014 (R. sinicus)

### Sarbecovirus d'Europe ou d'Afrique pouvant se lier à l'ACE2

* BM48-31 (Bulgarie, R. blasii)
* Uganda (R. ferrumequinum)
* Rwanda (R. ferrumequinum)
* Khosta 1 (Russie, R. ferrumequinum)
* Khosta 2 (Russie, R. hipposideros)

### Sarbecovirus d'Asie ne se liant pas au récepteur ACE2 de leur hôte

* As6526 (Aselliscus stoliczkanus (en))
* Yunnan2011 (Chaerephon plicata (en))
* Shaanxi2011 (R. pusillus)
* 279 - 2005 (R. macrotis)
* Rs4237 (R. sinicus)
* Rs4081 (R. sinicus)
* Rp3 (R. pearsoni)
* Rs4247 (R. sinicus)
* HKU3 - 8 (R. sinicus)
* HKU3 - 13 (R. sinicus)
* Longquan 140 (R. monoceros)
* YN2013 (R. sinicus)
* Rf4092 (R. ferrumequinum)
* ZXC21 (R. sinicus)
* ZC45 (R. sinicus)
* JL2012 (R. ferrumequinum)
* HuB2013 (R. sinicus)
* Rf1 (R. ferrumequinum)
* HeB2013 (R. ferrumequinum)
* 273 - 2005 (R. ferrumequinum)

## Sarbécoviroses et vaccins

L'humanité a connu deux épisodes majeurs de sarbécovirose :
* 2002 : l'épidémie de SRAS de 2002-2004 ;
* 2019 : la pandémie de Covid-19.
Devant l'urgence sanitaire, des vaccins ont été développés en 2020 à partir de la souche historique du SARS-CoV-2. Pendant la campagne de vaccination, différentes mutations se sont produites conduisant à des variants plus contagieux. Certains de ces variants diminuent l’efficacité des vaccins disponibles.
En 2021, une équipe de chercheurs s'est intéressée aux anticorps produits après vaccination par le vaccin Pfizer-BioNTech chez différents publics dont des personnes déjà immunisées contre le SARS-CoV-1 de 2002. Ils se sont rendu compte que les anticorps produits chez ces personnes étaient efficaces contre les deux SARS-CoV mais aussi contre l'ensemble des sarbécovirus capables de se lier à l'ACE2 humain. Ces anticorps permettent donc une protection contre l'ensemble des variants actuels et pourraient mieux prévenir de futures pandémies$^,$.
En effet, les anticorps neutralisants ciblent généralement le site de liaison au récepteur (RBS) de la spicule, mais la variabilité de cet épitope parmi les sarbécovirus limite les capacités de neutralisation d'un anticorps. L'anticorps identifié se caractérise par une reconnaissance coordonnée de sites stables non-RBS par la chaîne lourde et du RBS par la chaîne légère avec un angle de liaison imitant celui du récepteur ACE2. Ainsi la neutralisation est moins dépendante du RBS, trop variable. L'enseignement tiré de cet anticorps pourra orienter la conception de médicaments ou vaccins contre un spectre plus large de sarbecovirus.