# Fluorochrome

Un fluorochrome ou fluorophore est une substance chimique capable d'émettre de la lumière de fluorescence après excitation. Ce sont des substances composées de plusieurs noyaux aromatiques conjugués ou encore des molécules planes et cycliques qui possèdent une ou plusieurs liaisons π.

## Applications

L'utilisation de fluorochromes en biologie moléculaire est un peu plus récente que celle d'isotopes radioactifs. Elle a l'avantage de donner des résultats très rapidement, voire immédiatement, en s'affranchissant des longs temps d'exposition requis pour la technique par radioactivité. La fluorescence a le désavantage de ne pas être permanente, l'intensité de la fluorescence diminuant avec le temps jusqu'à devenir indétectable.
On utilise divers fluorochromes en fonction des applications. Leur emploi à la technique du séquençage a permis d'automatiser et de mettre au point les séquenceurs de gènes modernes, ayant servi aux projets de séquençage de génomes entiers. On doit utiliser quatre fluorochromes différents pour discriminer les quatre bases de l'acide désoxyribonucléique.
L'utilisation de la fluorescence en couplage avec une machine à PCR (thermocycleur) est un développement récent. On appelle ces machines « appareil de PCR en temps réel ». Le fluorochrome le plus utilisé est le Sybr-green.
Les fluorochromes sont utilisés dans plusieurs marquages immunologiques : cytométrie en flux, immunofluorescence. Les plus utilisés sont la phycoérythrine (PE), Fluorescéine isothiocyanate (FITC), la gamme d'Alexa Fluor, la Protéine fluorescente verte (green fluorescent protein, GFP).

## Liste de fluorophores
### Fluorophores conjugués

| fluorophore | λexcitation (nm) | λémission (nm) | PM | Notes | Numéro CAS |
| Hydroxycoumarin | 325 | 386 | 331 | Succinimidyl ester | 43070-85-5 |
| Aminocoumarin | 350 | 445 | 330 | Succinimidyl ester | 30230-57-0 |
| Methoxycoumarin | 360 | 410 | 317 | Succinimidyl ester | |
| Cascade Blue | (375) ; 401 | 423 | 596 | Hydrazide | |
| Pacific Blue | 403 | 455 | 406 | Maleimide | |
| Pacific Orange | 403 | 551 | | | 1122414-42-9 |
| Lucifer yellow | 425 | 528 | | | 82446-52-4 |
| NBD | 466 | 539 | 294 | NBD-X | |
| R-Phycoerythrin (PE) | 480 ; 565 | 578 | 240 k | | 11016-17-4 |
| PE-Cy5 conjugates | 480 ; 565 ; 650 | 670 | | aka Cychrome, R670, Tri-Color, Quantum Red | |
| PE-Cy7 conjugates | 480 ; 565 ; 743 | 767 | | | |
| Red 613 | 480 ; 565 | 613 | | PE-Texas Red | |
| PerCP | 490 | 675 | | Peridinin chlorphyll protein | |
| TruRed | 490, 675 | 695 | | PerCP-Cy5.5 conjugate | 396076-95-2 |
| FluorX | 494 | 520 | 587 | (GE Healthcare) | |
| Fluorescéine | 495 | 519 | 389 | FITC ; pH sensitive | 2321-07-5 |
| BODIPY-FL | 503 | 512 | | | 165599-63-3 |
| TRITC | 547 | 572 | 444 | TRITC | 107347-53-5 |
| X-Rhodamine | 570 | 576 | 548 | XRITC | |
| Lissamine Rhodamine B | 570 | 590 | | | 3520-42-1 |
| Texas Red | 589 | 615 | 625 | Sulfonyl chloride | 82354-19-6 |
| Allophycocyanin (APC) | 650 | 660 | 104 k | | 874103-50-1, 874103-51-2 |
| APC-Cy7 conjugates | 650 ; 755 | 767 | | PharRed | |

### Alexa Fluor dyes (lié à un anticorps)

| fluorophore | λexcitation (nm) | λémission (nm) | PM | Quencher | Numéro CAS |
| Alexa Fluor 350 | 343 | 442 | 410 | | 244636-14-4 |
| Alexa Fluor 405 | 401 | 421 | 1028 | | 791637-08-6 |
| Alexa Fluor 430 | 434 | 540 | 702 | | |
| Alexa Fluor 488 | 499 | 519 | 643 | QY 0.92 | 247144-99-6 |
| Alexa Fluor 500 | 503 | 525 | 700 | | 798557-08-1 |
| Alexa Fluor 514 | 517 | 542 | 714 | | 798557-07-0 |
| Alexa Fluor 532 | 530 | 555 | 724 | QY 0.61 | 247145-11-5 |
| Alexa Fluor 546 | 561 | 572 | 1079 | QY 0.79 | 247145-23-9 |
| Alexa Fluor 555 | 553 | 568 | 1250 | QY 0.1 | 644990-77-2 |
| Alexa Fluor 568 | 579 | 603 | 792 | QY 0.69 | 247145-38-6 |
| Alexa Fluor 594 | 591 | 618 | 820 | QY 0.66 | 247145-86-4 |
| Alexa Fluor 610 | 610 | 629 | 1285 | | 900528-62-3 |
| Alexa Fluor 633 | 632 | 648 | 1200 | | 477780-06-6 |
| Alexa Fluor 647 | 652 | 668 | 1300 | QY 0.33 | 400051-23-2 |
| Alexa Fluor 660 | 663 | 691 | 1100 | | 422309-89-5 |
| Alexa Fluor 680 | 680 | 702 | 1150 | | 422309-67-9 |
| Alexa Fluor 700 | 696 | 719 | 1400 | | 697795-05-4 |
| Alexa Fluor 750 | 752 | 776 | 1300 | | 697795-06-5 |
| Alexa Fluor 790 | 782 | 804 | 1750 | | 950891-33-5 |

### Cy Dyes

| fluorophore | λexcitation (nm) | λémission (nm) | PM | Quencher |
| Cy2 | 489 | 506 | 714 | QY 0.12 |
| Cy3 | (512) ; 550 | 570 ; (615) | 767 | QY 0.15 |
| Cy3B | 558 | 572 ; (620) | 658 | QY 0.67 |
| Cy3.5 | 581 | 594 ; (640) | 1102 | QY 0.15 |
| Cy5 | (625) ; 650 | 670 | 792 | QY 0.28 |
| Cy5.5 | 675 | 694 | 1128 | QY 0.23 |
| Cy7 | 743 | 767 | 818 | QY 0.28 |

### Marqueurs des acides nucléiques

| fluorophore | λexcitation (nm) | λémission (nm) | PM | Notes | Numéro CAS |
| Hoechst 33342 | 343 | 483 | 616 | AT-selective | 23491-52-3 |
| DAPI | 345 | 455 | | AT-selective | |
| Hoechst 33258 | 345 | 478 | 624 | AT-selective | 23491-45-4 |
| SYTOX Blue | 431 | 480 | ~400 | DNA | 396077-00-2 |
| Chromomycin A3 | 445 | 575 | | CG-selective | 7059-24-7 |
| Mithramycin | 445 | 575 | | | 18378-89-7 |
| YOYO-1 | 491 | 509 | 1271 | | 143413-85-8 |
| Bromure d'éthidium | 493 | 620 | 394 | | 1239-45-8 |
| Acridine Orange | 503 | 530/640 | | DNA/RNA | 65-61-2 |
| SYTOX Green | 504 | 523 | ~600 | DNA | 194100-76-0 |
| TOTO-1, TO-PRO-1 | 509 | 533 | | Vital stain, TOTO : Cyanine dimère | |
| TO-PRO : Cyanine monomère | | | | | |
| Thiazole Orange | 510 | 530 | | | |
| Iodure de propidium | 536 | 617 | 668.4 | | 25535-16-4 |
| LDS 751 | 543 ; 590 | 712 ; 607 | 472 | DNA (543ex/712em), RNA (590ex/607em) | |
| 7-AAD | 546 | 647 | | 7-aminoactinomycin D, CG-selective | |
| SYTOX Orange | 547 | 570 | ~500 | DNA | |
| TOTO-3, TO-PRO-3 | 642 | 661 | | | |
| DRAQ5 | 647 | 681, 697 | 413 | (Biostatus) (usable excitation down to 488) | |

### Marqueurs de fonctions cellulaires

| fluorophore | λexcitation (nm) | λémission (nm) | PM | Notes | Numéro CAS |
| Indo-1 | 361/330 | 490/405 | 1010 | AM ester. Low/High Ca++, | 96314-96-4 |
| Fluo-3 | 506 | 526 | 855 | AM ester. pH > 6 | 123632-39-3 |
| DCFH | 505 | 535 | 529 | 2'7'Dichorodihydrofluorescein, oxidized form | 106070-31-9 |
| DHR | 505 | 534 | 346 | Dihydrorhodamine 123, oxidized form, light catalyzes oxidation | 70672-08-1 |
| SNARF | 548/579 | 587/635 | | pH 6/9 | 153967-04-5 |

### Protéines fluorescentes

| fluorophore | λexcitation (nm) | λémission (nm) | PM | QY | BR | PS | Notes | Numéro CAS |
| Y66H | 360 | 442 | | | | | | |
| Y66F | 360 | 508 | | | | | | |
| EBFP | 380 | 440 | | 0.18 | 0.27 | | monomère | |
| EBFP2 | 383 | 448 | | | 20 | | monomère | |
| Azurite | 383 | 447 | | | 15 | | monomère | |
| GFPuv | 385 | 508 | | | | | | |
| T-Sapphire | 399 | 511 | | 0.60 | 26 | 25 | weak dimère | |
| Cerulean | 433 | 475 | | 0.62 | 27 | 36 | weak dimère | |
| mCFP | 433 | 475 | | 0.40 | 13 | 64 | monomère | |
| ECFP | 434 | 477 | | 0.15 | 3 | | | |
| CyPet | 435 | 477 | | 0.51 | 18 | 59 | weak dimère | |
| Y66W | 436 | 485 | | | | | | |
| mKeima-Red | 440 | 620 | | 0.24 | 3 | | monomère (MBL) | |
| TagCFP | 458 | 480 | | | 29 | | dimère (Evrogen) | |
| AmCyan1 | 458 | 489 | | 0.75 | 29 | | tetramère ; (Clontech) | |
| mTFP1 | 462 | 492 | | | 54 | | dimère | |
| S65A | 471 | 504 | | | | | | |
| Midoriishi Cyan | 472 | 495 | | 0.9 | 25 | | dimère (MBL) | |
| Wild Type GFP | 396, 475 | 508 | 26k | 0.77 | | | | |
| S65C | 479 | 507 | | | | | | |
| TurboGFP | 482 | 502 | 26 k | 0.53 | 37 | | dimère ; (Evrogen) | |
| TagGFP | 482 | 505 | | | 34 | | monomère (Evrogen) | |
| S65L | 484 | 510 | | | | | | |
| Emerald | 487 | 509 | | 0.68 | 39 | 0.69 | weak dimère ; (Invitrogen) | |
| S65T | 488 | 511 | | | | | | |
| EGFP | 488 | 507 | 26 k | 0.60 | 34 | 174 | weak dimère ; (Clontech) | |
| Azami Green | 492 | 505 | | 0.74 | 41 | | monomère (MBL) | |
| ZsGreen1 | 493 | 505 | 105 k | 0.91 | 40 | | tetramère; (Clontech) | |
| TagYFP | 508 | 524 | | | 47 | | monomère (Evrogen) | |
| EYFP | 514 | 527 | 26k | 0.61 | 51 | 60 | weak dimère ; (Clontech) | |
| Topaz | 514 | 527 | | | 57 | | monomère | |
| Venus | 515 | 528 | | 0.57 | 53 | 15 | weak dimère | |
| mCitrine | 516 | 529 | | 0.76 | 59 | 49 | monomère | |
| YPet | 517 | 530 | | 0.77 | 80 | 49 | weak dimère | |
| TurboYFP | 525 | 538 | 26 k | 0.53 | 1.65 | | dimère ; (Evrogen) | |
| ZsYellow1 | 529 | 539 | | 0.65 | 13 | | tetramère ; (Clontech) | |
| Kusabira Orange | 548 | 559 | | 0.60 | 31 | | monomère (MBL) | |
| mOrange | 548 | 562 | | 0.69 | 49 | 9 | monomère | 1114839-60-9 |
| mKO | 548 | 559 | | 0.60 | 31 | 122 | monomère | |
| TurboRFP | 553 | 574 | 26 k | 0.67 | 62 | | dimère ; (Evrogen) | |
| tdTomato | 554 | 581 | | 0.69 | 95 | 98 | tandem dimère | 1114838-94-6 |
| TagRFP | 555 | 584 | | | 50 | | monomère (Evrogen) | 1114840-48-0 |
| DsRed monomère | 556 | 586 | ~28 k | 0.1 | 3.5 | 16 | monomère ; (Clontech) | |
| DsRed2 (« RFP ») | 563 | 582 | ~110 k | 0.55 | 24 | | (Clontech) | |
| mStrawberry | 574 | 596 | | 0.29 | 26 | 15 | monomère | |
| TurboFP602 | 574 | 602 | 26 k | 0.35 | 26 | | dimère; (Evrogen) | |
| AsRed2 | 576 | 592 | ~110 k | 0.21 | 13 | | tetramère ; (Clontech) | |
| mRFP1 | 584 | 607 | ~30 k | 0.25 | | | monomère ; (Tsien lab) | |
| J-Red | 584 | 610 | | 0.20 | 8.8 | 13 | dimère | |
| mCherry | 587 | 610 | | 0.22 | 16 | 96 | monomère | |
| HcRed1 | 588 | 618 | ~52 k | 0.03 | 0.6 | | dimère ; (Clontech) | |
| Katusha | 588 | 635 | | | 23 | | dimère | |
| mKate (TagFP635) | 588 | 635 | | | 15 | | monomère (Evrogen) | |
| TurboFP635 | 588 | 635 | 26 k | 0.34 | 22 | | dimère ; (Evrogen) | |
| mPlum | 590 | 649 | | 0.10 | 4.1 | 53 | | |
| mRaspberry | 598 | 625 | | 0.15 | 13 | | monomère ; faster photobleach than mPlum | |