# Heterokonta

Les Heterokonta$^,$ sont un infra-règne d'organismes eucaryotes caractérisés par l'existence, au cours de leur cycle, d'une cellule biflagellée avec deux flagelles différents : un flagelle lisse et un flagelle plumeux à mastigonèmes tubulaires tripartites.
Les Hétérokontes, ou Hétérocontes, ont investi des niches écologiques très variées. Certaines sont des algues, principalement brunes (Laminariales), et pratiquent la photosynthèse, comme l'embranchement des Ochrophytes. On y retrouve également des protistes d'importance majeure, telle que les diatomées, un des composants principaux du plancton. Ou encore, l'Oomycète parasitique Phytophthora, le pseudo-champignon qui causa la Grande Famine Irlandaise de 1845.
L'infra-règne des Heterokonta ne doit pas être confondu avec l’ancienne classe des Heterokonta ou Heterokontae (Luther 1899) qui désigne principalement les Xanthophyceae actuelles$^,$. C’est seulement à partir de 1995, que le terme désigne les Stramenopiles ou Heterokonta Cav.-Sm., 1995.
Dans la classification proposée par Thomas Cavalier-Smith, le taxon des Heterokonta forme un infra-règne dans le règne des Chromista. Ils comprennent trois embranchements :
* Bigyra ;
* Ochrophyta ;
* Pseudofungi.
Cavalier-Smith (2010 dans son supplément) indique que le taxon des Heterokonta Cavalier-Smith 1986 relève du CINZ (nomenclature zoologique) puisqu'il est majoritairement formé d'organismes qui n'ont traditionnellement pas été étudiés par les botanistes et les phycologues. Seuls les Ochrophytes et les Oomycètes relèvent du CIN (nomenclature botanique).

## Étymologie

Le nom dérive du grec ἕτερος / héteros, « différent, autre » et κοντός / kontós, « perche, bâton, javelot », en référence à l'existence, au cours de leur vie, d'une cellule biflagellée ayant deux flagelles différents : l'un lisse, l'autre plumeux.
* Zoospore de Saprolegnia montrant les deux flagelles différents.

## Variantes dans la classification

* « Buisson » phylogénétique du vivant avec les « trois empires » : en bas les Procaryotes (bactéries et les archées), en haut les Eucaryotes$^,$.
Selon Margulis & Chapman (2009) :
* Règne des Protoctista (Hogg 1860)
** Sous-règne (Division) des Heterokonta (Stramenopiles)
*** Phylum des Bicosoedida
*** Phylum des Jakobida
*** Phylum des Proteromonadida
*** Phylum des Kinetoplastida
*** Phylum des Euglenida
*** Phylum des Hemimastigota
*** Phylum des Hyphochytriomycota
*** Phylum des Chrysomonada
*** Phylum des Xanthophyta
*** Phylum des Phaeophyta
*** Phylum des Bacillariophyta
*** Phylum des Labyrinthulata
*** Phylum des Plamodiophora
*** Phylum des Oomycota
Concernant les Protozoaires, Margulis et Chapman dans Kingdoms & Domains (2009) utilisent Heterokonta (Stramenopiles) en incluant, dans leur sous-règne ou division, les euglènes et les trypanosomes mais pas les opalines.
Selon ITIS (17 septembre 2022) :
* division des Bigyra
* division des Ochrophyta
* division des Pseudofungi
World Register of Marine Species (29 janvier 2022) : cinq phylum
* Bigyra
* Ochrophyta Cavalier-Smith, 1995
* Oomycota
* Bacillariophyta accepté comme Bacillariophyceae
* Heterokontophyta accepté comme Ochrophyta

## Taxons de rang inférieur

* Groupes hétérotrophes
** Blastocystae
** Proteromonadea
** Opalinidea
** Bicoecea
** Labyrinthulomycetes
** Oomycetes
** Hyphochytridiomycetes
** Bigyromonadea
* Groupes autotrophes (Heterokontophyta ou Ochrophyta)
** Pinguiophyceae
** Bacillariophyta
** Bolidophyceae
** Pelagophyceae s.l.
** Pedillenophyceae s.l.
** Raphidophyceae
** Phaeothamniophyceae
** Chrysomerophyceae
** Xanthophyceae
** Schizocladiophyceae
** Phaeophyceae
** Eustigmatophyceae
** Chrysophyceae

## Phylogénie

Cladogramme basé sur les travaux de Ruggiero et al. 2015 & Silar 2016$^,$$^,$ :

## Controverse de nomenclature

Initialement, le terme « straménopiles » (du latin stramen, straminis, et pilus : organismes à « pelage » en forme de « feuillage »).) était un terme informel inventé par Patterson c'est-à-dire un mot descriptif anglais n'ayant pas vocation à servir comme nom scientifique latin d'un taxon. Il a ensuite été maladroitement latinisé en « Stramenopiles » par d'autres auteurs. En conséquence, du point vue de la nomenclature botanique, le terme Straménopile, restant un synonyme taxinomique du terme originel Heterokonta, il est donc formellement invalide aux regard des codes de nomenclature du fait du principe d'antériorité.
L'origine du terme straménopile est explicitée dans le passage suivant d’Adl et al. (2005) :
   « Regarding the spelling of Stramenopile, it was originally spelled stramenopile. The Latin word for ‘‘straw’’ is ; d'autres ont corrigé l'orthographe latine en straminopiles. stramine-us, -a, -um, adj. [stramen], made of straw—thus, it should have been spelled Straminopile. However, Patterson (1989) clearly stated that this is a common name (hence, lower case, not capitalized) and as a common name, it can be spelled as Patterson chooses. If he had stipulated that the name was a formal name, governed by rules of nomenclature, then his spelling would have been an orthogonal mutation and one would simply correct the spelling in subsequent publications (e.g. Straminopiles). But, it was not Patterson’s desire to use the term in a formal sense. Thus, if we use it in a formal sense, it must be formally described (and in addition, in Latin, if it is to be used botanically). However, and here is the strange part of this, many people liked the name, but wanted it to be used formally. So they capitalized the ﬁrst letter, and made it Stramenopiles. »
   « En ce qui concerne l'orthographe de Stramenopile, il était à l'origine orthographié stramenopile. Le mot latin pour « paille » est stramine-us, -a, -um, adj. [stramen], fait de paille - ainsi, il aurait dû être orthographié Straminopile. Cependant, Patterson (1989) a clairement indiqué qu'il s'agit d'un nom courant (donc, en minuscules, non en majuscules) et qu'en tant que nom commun, il peut être orthographié comme Patterson le souhaite. S'il avait stipulé que le nom fut un nom formel, régi par des règles de nomenclature, alors son orthographe aurait été une mutation orthogonale et on aurait simplement corrigé l'orthographe dans les publications ultérieures (par exemple Straminopiles). Mais ce n’était pas le désir de Patterson d’utiliser le terme dans un sens formel. Ainsi, si nous l'utilisons dans un sens formel, il doit être formellement décrit (et en plus, en latin, s'il doit être utilisé en botanique). Cependant, et voici la partie étrange de ceci, beaucoup de gens ont aimé le nom, mais voulaient qu'il soit utilisé formellement. Alors ils ont mis la première lettre en majuscule et en ont fait des Stramenopiles. »
Lecointre & Le Guyader (2006) emploient le terme Straménopiles dans la langue française.
Le comité Adl et al. (2012) de la Société internationale des protistologistes entérine Stramenopiles Patterson 1989.
Le taxon constitue un cas de conflit de nomenclature. En effet, certains biologistes, entre autres des mycologues et des parasitologistes (étudiant les parasites fongiques des plantes, des algues et des invertébrés), confondent ou assimilent les taxons Stramenopila (aussi écrit Straminipila) et Chromista en tant que règne$^,$$^,$$^,$.