# Joachim de Flore

Joachim de Flore (né vers 1135 à Celico, mort le 30 mars 1202) est un moine cistercien et un théologien catholique à qui le martyrologe de Cîteaux donne le titre de bienheureux$^,$. Sa division de l’histoire de l’humanité en trois âges entraîne la renaissance du millénarisme chrétien au Moyen Âge. Placé par Dante Alighieri dans son paradis à côté de Raban Maur et de saint Bonaventure, Joachim est le détenteur d'une « double réputation » qui le classe à la fois comme prophète et comme hérétique.

## Biographie
### Jeunesse et pèlerinage

Joachim naît à Celico en Calabre entre 1130 et 1135. Son père, notaire en ce lieu, lui fait étudier les lettres jusqu'à l'âge de quatorze ans. Le considérant comme devant être le soutien de sa famille, il le place en tant que page au service du roi Roger II de Sicile. Joachim débute ensuite une carrière de fonctionnaire à la chancellerie du roi Guillaume de Sicile. Vers 1167, il quitte ses fonctions pour effectuer un pèlerinage en Terre sainte. Son périple est celui d'un voyageur noble et riche, accompagné d'amis et de serviteurs. À Constantinople, un événement change brusquement le cours de sa vie. Il est atteint par une maladie épidémique et en échappe d'une manière qu'il juge « miraculeuse ». Après une crise spirituelle, Joachim renonce au monde et décide de se consacrer uniquement à Dieu. Il poursuit son voyage, qui revêt une signification nouvelle. Une fois parvenu à Jérusalem, il se dirige vers le mont Thabor, où il demeure quarante jours. Il y loge dans une ancienne citerne, et c'est au milieu des veilles et des prières sur le théâtre de la Transfiguration qu'il conçoit l'idée de ses principaux écrits.

### Retour en Calabre

Rentré dans sa patrie, il se retire quelque temps au monastère cistercien de Sambucina, près de Cosenza, mais n'y prononce aucun vœu. Il entre ensuite comme novice au monastère cistercien de Corazzo où il est élu prieur, puis abbé en 1177.
Salimbene de Adam a conservé une anecdote de cette période : le frère chargé du réfectoire, qui n'aimait pas Joachim, lui servit pendant une année entière un pichet rempli d'eau au lieu du vin habituel. Joachim recevait ce mauvais traitement avec patience et sans se plaindre. Un jour qu'il participait au repas des moines, l'abbé insiste pour que Joachim partage son vin avec lui. Après s'être rendu compte de ce mauvais traitement, l'abbé, furieux, somme Joachim d'expliquer pourquoi son pichet est rempli d'eau. L'abbé, enclin à la discipline, congédie immédiatement le frère chargé du réfectoire, mais Joachim intervient en déclarant que « l'eau est une boisson sobre qui ne délie pas la langue, et ne provoque ni l'ivresse ni le bavardage ». En fait, le Calabrais parlait sérieusement puisqu'il déclarera par la suite que le vin n'est pas une boisson appropriée pour le moine.

### Fondation de Saint-Jean-des-Fleurs

Après un séjour auprès du pape Lucius III en 1182, il s'installe au monastère de Casamari, où il rédige sa Concordia. En 1186, Joachim se rend à Vérone auprès du pape Urbain III. Dans une lettre du 8 juin 1188, Clément III l'invite à lui soumettre au plus vite l’Expositio et la Concordia, commencés à l'instigation de Lucius III et continués sur l'ordre de Urbain III. Au moment du séjour en Sicile de Richard Cœur de Lion et Philippe Auguste, durant l'hiver 1190-1191, l'abbé passe quelque temps auprès des deux rois. Richard l'interroge notamment sur l'Apocalypse. Joachim lui annonce que Saladin succombera sous les coups de Richard, déclare que l'Antéchrist est né à Rome et montera bientôt sur le trône pontifical. À Messine, l'abbé de Flore s'élève contre l'idée de croisade. Pour lui, les chrétiens doivent l'emporter par la prédication et non par le combat.
Joachim quitte peu après, son abbaye et l'ordre cistercien pour partir avec un seul disciple, Rainier de Ponza, se retirer dans la solitude de Pietra Lata. En 1190, grâce à une donation du roi Tancrède de Sicile, il fonde dans la Sila, en Calabre, le monastère de San Giovanni in Fiore, dont il prend désormais le nom. En 1192, le chapitre général des Cisterciens cite Joachim et Rainier à comparaître avant la Saint-Jean, sous peine d'être traités en fugitifs. Vers 1195, l'abbé calabrais est à la cour de Rome pour demander la régularisation de sa situation et la confirmation de son nouvel ordre. Il obtient l'une et l'autre par une bulle du pape Célestin III le 25 août 1196.
Le monastère de Flore reçoit de grands biens de la part de l'empereur Henri VI, ainsi que de sa femme l'impératrice Constance. On lui offre de nouveaux établissements, le premier à Caselubert, le second à Tassitano, et un troisième appelé « monastère de Marc ». Joachim passe tout son temps à écrire et dicter. « J'écrivais », dit son secrétaire Lucas, « jour et nuit sur des cahiers ce qu'il dictait et corrigeait sur des brouillons, avec deux autres moines qu'il employait à la même besogne. » C'est au milieu de ces travaux que la mort le frappe, le 30 mars 1202, à l'âge de 72 ans. Sa dépouille est transportée à l'abbaye de Flore.

## Eschatologie de l'histoire
### Concorde de l'Ancien et du Nouveau Testament

   « Moi, Joachim, au milieu du silence de la nuit, à l'heure, je crois, où le lion de Juda ressuscita d'entre les morts, plongé dans la méditation, une lumière subite éclaira tout à coup mon intelligence, et à moi se révéla la plénitude de la science de ce livre, et l'esprit de l'Ancien et du Nouveau Testament. »
— Joachim de Flore, Concordia Novi et Veteris Testamenti.
Dans la Concordia Novi et Veteris Testamenti (Concorde de l'Ancien et du Nouveau Testament), Joachim met en regard les faits de l'Ancien Testament ceux qui se sont déroulés sous la nouvelle loi, de la naissance du Christ à la querelle des investitures. Il compare notamment les hérésies des premiers siècles de l'Église aux sectes dissidentes chez les Juifs, tels que les saducéens et les pharisiens. Dans l'accord qu'il veut trouver entre les deux Testaments, il cherche avec un soin minutieux ces oppositions des hommes et des faits. Cependant : « De même, dit-il, que dans une forêt un grand nombre d'arbres se ressemblent par le tronc et diffèrent par les rameaux et les feuilles, de même, semblables dans leur ensemble, les deux Testaments sont différents par les détails ; vouloir tout ramener à une seule loi de concordance serait une folie ; il ne faut pas exiger la ressemblance et l'accord là où ils ne sont pas, mais où ils sont. »
Dans la Genealogia, une note datée de 1176, Joachim précise le système de la concordance. L'Ancien Testament est représenté sous la forme d'un arbre généalogique, un figuier, sur lequel est greffée une vigne qui symbolise le Nouveau Testament. Le figuier grandit pendant quarante-deux générations, d’Abraham à Azarias. La vigne court autour du figuier pendant vingt et une générations, d'Azarias à Jésus Christ, puis s'élève seule pendant quarante-deux autres générations, depuis la venue de Jésus Christ jusqu'à son retour, lors de la fin des temps. Le Père apparaît comme la racine de l'arbre, le Fils comme la branche qui en procède; enfin, le Saint-Esprit comme l'écorce de l'arbre, participant de l'un et de l'autre. L'abbé calabrais transpose le symbolisme de la fertilité végétale à l'arbre des deux Testaments pour exprimer les principes du spirituel et du charnel. D'Adam à Jacob, l'arbre reste stérile; à partir de Jacob jaillissent les branches des dix tribus d'Israël, ornées de feuillage et de fruits.
* L'arbre de l'humanité (Liber Figurarum (en)).

### Les trois règnes du monde

Au début de son Expositio in Apocalypsim (Exposition de l'Apocalypse), Joachim reproduit l'idée fondamentale de son système, à savoir, la division du gouvernement du monde en trois règnes. Le premier, celui du père, va depuis le commencement du monde jusqu'à l'avènement du fils ; le second, celui du fils, commence à Zacharie, père de Jean, et va jusqu'à saint Benoît, avec lequel s'annonce le troisième. À ces trois règnes correspondent trois états de l'humanité : au premier âge appartient l'« ordre des conjoints » par le mariage, et qui n'ont d'autre fin que la propagation de l'espèce, au deuxième âge l'« ordre des clercs », qui ne sont pas nés pour créer selon la chair, mais pour propager la parole de Dieu ; enfin l'« ordre monastique », qui procède de l'un et de l'autre : à l'un il doit l'existence, et par l'autre les hommes se préparent à la vie qu'ils doivent embrasser; il est le couronnement de la destinée de l'homme. Le dernier âge lui-même comporte trois périodes : celle de la « lettre de l'Évangile », celle de l'« intelligence spirituelle », celle enfin de la « pleine manifestation de Dieu ».
   « Il y aura un temps où on vivra en esprit. Il durera jusqu'à la fin du monde, et a commencé avec le bienheureux Benoît. Dans l'un on a été sous la loi, dans l'autre nous sommes dans la grâce, dans le troisième, que nous attendons prochainement, nous serons sous une grâce plus abondante. Le premier est l'âge de la servitude servile, le second de l'obéissance filiale, le troisième de la liberté. Le premier est l'âge de la crainte, le second de la foi, le troisième de la charité. Le premier est l'âge des vieillards, le second celui des jeunes gens, le troisième celui des enfants. »
— Joachim de Flore, Expositio in Apocalypsim.
Chaque âge a un précurseur, une période de calme et de paix dite "sabbatique". Chacun se divise en sept époques et comporte autant de persécutions. Chaque période doit se terminer par une crise violente. Il y aura deux Antéchrists, dont l'un à la fin de la deuxième période et l'autre à la fin de la troisième. Pour Joachim, le monde arrive à la sixième des sept époques du Nouveau Testament. Il faut prévoir à bref délai une grande persécution, un bouleversement général, puis une période de calme et de bonheur, l'apparition du nouvel ordre monastique, le retour à l'unité des orientaux et des Juifs, et enfin la révélation de l’Évangile éternel. Joachim annonce ailleurs que l'accomplissement de ses prédictions se produira dans une période comprise entre 1200 et 1260. Les disciples de Joachim considéreront 1260 comme la date fatidique.
Les sacrements de la loi nouvelle ne sont que provisoires. D'autres les remplaceront ou en seront comme l'achèvement. Même l'Eucharistie semble disparaître en tant que rite : « Comme l'immolation de l'agneau pascal a cessé par l'immolation du corps du Christ, ainsi lors de la manifestation de l'Esprit-Saint cessera l'emploi de toute figure ». La Rédemption n'est pas encore achevée : « La vision (de Daniel) dans laquelle était promise la justice éternelle et l'abolition de la faute, a été accomplie en partie et non en totalité lors du premier avènement du Seigneur ».

### L'Évangile éternel

   « De même que la lettre de l'Ancien Testament semble appartenir au Père, par une certaine propriété de ressemblance, et au Fils la lettre du Nouveau Testament ; de même l'intelligence spirituelle, qui procède de tous les deux, appartient au Saint-Esprit. D'après cela, l'âge où l'on s'unissait par le mariage fut le règne du Père ; celui des prédicateurs est le règne du Fils; et l'âge des religieux, ordo monachorum, le dernier, doit être celui du Saint-Esprit. Le premier avant la loi, le second sous la loi, le troisième avec la grâce. »
— Joachim de Flore, Expositio in Apocalypsim.
Il y a trois sortes d'écritures divines : la première était pour le premier âge du monde, c'est l'Ancien Testament ; la seconde est la nôtre, c'est le Nouveau Testament ; la troisième résulte des deux autres, et consiste dans l'intelligence de l'Esprit. L'une est pour les enfants, l'autre pour les adolescents, la dernière doit enivrer les cœurs d'amour. Et cette Écriture sainte du dernier âge, c'est l'Évangile éternel. « Cet Évangile a été nommé éternel par Jean, parce que celui que le Christ et les apôtres nous ont donné est transitoire et temporel en ce qui touche à la forme même des sacrements, mais éternel pour les vérités que ceux-ci signifient. »
   « Qu'ils écoutent la vérité, dit-il avec hauteur, ceux qui veulent être les disciples de la vérité. Il ne sera rien remis à celui qui pèche contre le Saint-Esprit, ni dans le présent, ni dans l'avenir, parce que le Saint-Esprit c'est l'amour de Dieu; celui qui n'a pas l'amour n'a pas l'esprit. L'amour cherche l'amour, et comme il ne peut être où est la haine, l'Esprit n'est pas où n'est pas l'amour. La haine enracinée dans un cœur c'est la mort, c'est elle qui fit de Caïn l'assassin de son frère. »
— Joachim de Flore, Expositio in Apocalypsim.
Joachim adresse aux moines les reproches les plus véhéments sur leur mollesse et leur hypocrisie. Il les accuse d'oublier la chasteté pour se rendre coupables d'infamies dont l'infection monte jusqu'au ciel. C'est en pensant à eux qu'il déclare que ce monde est l'enfer d'en haut ; c'est pour les arrêter par la crainte qu'il place principalement en Sicile l'entrée de l'enfer qui attend les coupables.

### Le grand prophète

Puis, de la critique qu'il vient de faire des désordres du cloître, Joachim passe à celle de la société catholique, et surtout de ses chefs spirituels. Un des caractères du prophétisme chez les Hébreux était une hostilité ouverte contre les rois et contre les prêtres ; ils semblaient avoir reçu de Dieu une mission particulière et ne relever que de Lui seul ; ce caractère, on le retrouve chez Joachim. Celui-ci prend parti pour les petits contre les grands, pour les faibles contre les forts. Quand il lance l'anathème sur ceux qui oublient leur devoir, il plaide pour les victimes de ces infidèles, de ces apostats déguisés, comme il les nomme ; il plaide contre eux la cause du ciel.
Un autre trait de ressemblance avec les prophètes de l'Ancien Testament, c'est qu'il n'avait pas plus qu'eux l'intelligence des affaires et des intérêts terrestres ; les besoins des temps, les exigences de la politique lui échappaient entièrement. Joachim prenait trop volontiers les murs de son couvent pour les bornes du monde. Aussi, de même que les prophètes, rompant pour ainsi dire avec la terre, se jettent avec foi dans l'idéal du royaume spirituel, de même Joachim se forme un idéal qui n'est pas dans cette vie. Arrivé là, il se sépare de ses prédécesseurs. Ils ne sont plus pour lui que les hommes du premier âge ; ils ont accompli leur mission, c'est à lui de remplir la sienne ; et il ne peut le faire qu'en nettoyant la voie, qu'en poussant dehors les « marchands du temple ».

### Babylone

Il sépare avec soin la véritable Église, qu'il désigne sous le nom de Jérusalem, de celle des méchants, qu'il flétrit du nom consacré de Babylone. Cette Babylone, c'est la Rome anarchique, l'église charnelle, la grande marâtre qui nage sur les eaux. Ce sont les prélats auxquels est confiée la conduite des peuples, et qui pour plaire aux hommes méprisent les ordres de Dieu. À leur suite, marchent les marchands de la terre, qui s'enrichissent en trafiquant du royaume de Dieu. Ce sont les faux prêtres et les hypocrites, qui convoitent les avantages temporels, pour qui toute vertu est dans les joies de la chair, et qui veulent la richesse pour vivre dans les délices. L’Église de Dieu est devenue une maison de commerce. La prise de Jérusalem par Saladin en 1187 est un signe de la justice divine.
Cependant, il ne s'empresse pas de les condamner. Animé de cet amour qui le porte vers tous, il ajoute que ceux qui s'égarent ainsi dans des plaisirs mortels peuvent renaître à la vie, en quittant Babylone pour rentrer dans Jérusalem. Malheureusement, ce ne sont pas seulement quelques évêques, quelques prêtres qui sont impliqués dans le négoce de Babylone ; il y a aussi des abbés, des moines, des religieux, c'est-à-dire des hommes qui en prennent le nom.
Le mal vient de plus loin et de plus haut, il faut donc monter jusqu'au faîte de l'édifice social et religieux ; c'est là que règnent sur le monde le pape et l'empereur, car le pape aussi est roi, et même plus que l'empereur, parce qu'il est roi des âmes, et que le Christ est tout ensemble homme et Dieu. Au spectacle des luttes et des schismes qui depuis longtemps désolent et scandalisent le monde chrétien, l'abbé calabrais ne craint pas de dire : « De même que la bête qui s'élève du bord de la mer annonce un roi puissant et impie, qui sera semblable à Néron, et pour ainsi dire empereur de toute la terre ; de même celle qui montera de la terre figurera quelque grand prélat, semblable à Simon le magicien ; il sera comme un pontife sur la terre, il sera l'Antéchrist. »
* Les temps de l'histoire (Liber Figurarum).
* Le dragon de l’Apocalypse (Liber Figurarum).
* L’Église romaine et Babylone (Liber Figurarum).
* L'ordre du troisième âge (Liber Figurarum).
* La roue d’Ézéchiel (Liber Figurarum).

## Le Psaltérion à dix cordes

Dans le Psalterium decem chordarum (Psaltérion à dix cordes), Joachim fait la critique du système trinitaire de Pierre Lombard qui conçoit une nature unique des trois Personnes Divines. Pour Joachim, le mystère de la Trinité peut être symbolisé par un psaltérion décacorde : un trapèze, sur le sommet duquel se tiendrait le Père, et aux extrémités inférieures le Fils et l'Esprit, puis un cercle intérieur, représenté par la caisse de résonance du décacorde, symbolisant l'unité. Pour Joachim cette conception graphique est plus apte que des mots à exprimer le mystère de la Trinité. Ainsi le triangle du psautier n'a pas de pointe supérieure. Ce manque permet de démontrer que l'éternité avant la création du monde ne peut être scrutée. Cependant à la vue de ce triangle ses détracteurs l'accuseront de professer une quaternité. Dans le second livre, Joachim montre la concordance des trois Personnes Divines avec les trois ordres composant le peuple chrétien : l'ordre des conjoints par le mariage, lié à la figure du Père, l'ordre des clercs lié à celle du Fils, et enfin l'ordre des moines qui est lié à la figure de l'Esprit.
* Le psaltérion du roi David (Liber Figurarum).

## Les autres œuvres
### Le Livre des Figures

Le Liber Figurarum (en) (Livre des Figures) est parvenu jusqu'à nous grâce à un manuscrit retrouvé par M$^{gr}$ Leone Tondelli dans la bibliothèque du séminaire épiscopal de Reggio d'Émilie, avec quelques traités authentiques de Joachim. Ce livre est aujourd'hui communément accepté comme une œuvre authentique, écrit par un disciple de Joachim autour de 1230. C'est une collection de figures inspirées par la doctrine de Joachim, que Dante aurait eu sous les yeux en écrivant la Divine Comédie :
   « Dans la profonde et claire subsistance du haut foyer, trois cercles m'apparurent, de trois couleurs et d'une contenance; comme iris en iris me semblait l'un miré en l'autre; et le tiers semblait feu, respirant des deux parts égale ardence. »
— Dante Alighieri, Paradiso, XXXIII, 115-120, traduction d'André Pézard.
Et le M oncial qui se transforme en aigle du chant XVIII pourrait être inspiré des figures V-VI du manuscrit de Reggio. Plusieurs tables d'un manuscrit du Liber Figurarum sont actuellement exposées dans l'église abbatiale de San Giovanni in Fiore.
* Les trois règnes (Liber Figurarum).
* L'aigle (a) (Liber Figurarum).
* L'aigle (b) (Liber Figurarum).

### Les écrits mineurs

Dans le Libellus de unitate et essentia Trinitatis, condamné au quatrième concile du Latran et aujourd'hui perdu, l'abbé Joachim reproche à Pierre Lombard un passage des Sentences d'après lequel il existe en Dieu une essence divine commune aux trois personnes. L'abbé de Flore en déduit que Pierre Lombard, ajoutant cette somme aux trois personnes, enseigne l'existence en Dieu non pas d'une Trinité, mais d'une quaternité. L'abbé a également écrit le Tractatus super quatuor Evangelia, une sorte de concordance des quatre évangiles, à l'image de sa première Concordance, inspirée du De Consensu Evangelistarum de saint Augustin. Enfin, dans le Contra Judæos, un traité dirigé contre les juifs, Joachim s'efforce de convaincre les enfants d'Israël et de les amener à la foi chrétienne.

### Les écrits douteux

Le Liber de vera philosophia, attribué à Joachim, est une œuvre polémique dirigée contre le livre des Sentences de Pierre Lombard. Elle reprend les principes que Gilbert de la Porrée avait développés dans ses Commentaires sur Boèce. Dans ce livre, l'auteur se montre un adversaire acharné des grands théologiens de son temps : Bernard de Clairvaux, Hugues de Saint-Victor, Pierre Lombard, et en général de la théologie scolastique.
Le livre débute par une distinction entre la personne et la nature. Appliquant ces règles à la notion de Dieu, l'auteur distingue les personnes divines de la nature ou divinité. De même que l'homme existe par l'humanité, de même les personnes divines existent par la divinité ; toutefois, tandis qu'il y a autant d'humanités que d'hommes, les personnes divines doivent leur existence à une seule et même divinité. En résumé tout ce système repose sur la distinction de la nature et de la personne. Grâce à cette distinction, l'auteur se flatte de guider sa barque au milieu des écueils les plus dangereux. Sabellius et Arius, dit-il, sont tombés dans des erreurs, pour avoir confondu nature et personne. Sabellius n'admet qu'une personne parce qu'il n'admet qu'une nature ; Arius admet trois natures parce qu'il admet trois personnes. Les mêmes conséquences se sont produites dans le domaine de la christologie. Nestorius et Eutychès ne veulent voir dans le Christ qu'une nature comme ils n'y voient qu'une personne: le premier supprime la nature divine, le second supprime la nature humaine. C'est par suite d'une confusion analogue qu'Abélard efface, autant qu'il le peut, la distinction des personnes dans la Trinité, et que Pierre Lombard, non content de perpétuer cette erreur, expose, en ce qui concerne l'Incarnation, un enseignement qui rappelle les doctrines d'Eutychès.
C'est un fait bien connu que le concept grec de la Trinité va droit aux personnes sans s'arrêter d'abord à l'unité de la nature. Au contraire, saint Augustin et ses disciples latins conçoivent d'abord l'unité de l'Être divin pour passer ensuite aux personnes, qu'ils expliquent volontiers par des analogies tirées des puissances de l'âme humaine, où les processions se font par voie de pensée et d'amour. Visiblement, l'auteur essaie de combattre la notion latine et scolastique en lui opposant la notion grecque de Trinité.
Né en Calabre, c'est-à-dire en un pays qui de son temps contenait encore de très nombreuses églises fidèles au rite grec, il y passa une partie de sa vie ; nous savons d'ailleurs qu'il fit un long séjour en Orient. Ce Latin qui, vivant en pays grec, ne pouvait manquer de savoir le grec, était plus que personne amené à s'intéresser au sort de l'Église d'Orient, à essayer d'aplanir les différends qui divisaient les deux Églises, à travailler à leur réunion. Pour Joachim, « le peuple latin est élu en l'honneur du Fils, le peuple grec en celui du Saint-Esprit ».

### Les apocryphes

Dans les Commentaires sur Jérémie, adressés à l'empereur Henri VI, l'auteur prédit que l'Église charnelle, appelée la Nouvelle Babylone, sera frappée de trois fléaux ; à savoir : dans ses biens temporels, par la perte de l'Empire d'Allemagne ; dans sa doctrine, qui sera corrompue par les « hérétiques », surtout par les cathares, et, en troisième lieu, par le glaive des « infidèles », principalement des musulmans. Il ajoute qu'après que cette Église charnelle aura été presque entièrement détruite, Jésus-Christ la renouvellera. L'auteur se considère comme un « second Jérémie » qui au lieu de prophétiser sur la captivité de Juda à Babylone, annonce ce qui va advenir de l’Église romaine. Il fait le parallèle entre Nabuchodonosor et le Saint-Empire, entre les papes et les rois de Juda. L'œuvre est empreinte d'un sentiment d'urgence : la captivité de l’Église, la montée d'un nouvel ordre spirituel doivent survenir très prochainement, certainement peu après l'année 1200. Pour Vincent de Beauvais, ce livre prophétise l'avènement des ordres mendiants.

## Liste des œuvres

D'après A. Vacant, E. Mangenot, E. Amann, Dictionnaire de théologie catholique, Paris, 1925 :

### Authentiques
   ### Majeures

* Expositio in Apocalypsim
* Concordia Novi et Veteris Testamenti
* Psalterium decem chordarum

   ### Mineures

* Summula seu breviloquium super Concordia Novi et Veteris Testamenti
* Euchiridion in Apocalypsim
* Tractatus super quatuor Evangelia
* Contra Judæos
* De articulis fidei
* Libellus de unitate seu essentia Trinitatis
* Liber Figurarum

### Douteuses

* Liber de vera philosophia
* Dialogi de præscientia Dei et prædestinatione
* Sermones aliqui
* Intelligentia super Calathis ad abbatem Gaffridum
* Questio de distinctione Mariæ Magdalene a Maria Lazari et Martha sorore
* Tractatus de vita S. Benedicti et de officio divino secundum ejus doctrinam
* Expositio prophetiæ anonymi Romæ repertæ anno 1184, tempore Lucii papæ III
* Tractatus de ultimis tribulationibus
* Collationes variæ chea fidem et mores

### Apocryphes

* Commentaires sur Isaïe
* Commentaires sur Jérémie
* Commentaires sur Ezéchiel
* De oneribus prophetarum
* De oneribus provinciarum
* De semine
* Epistola ad Cyrillum
* De prophetia ignota
* Prophetia de papis
* Expositio Sibyllæ et Merlini
* Commentaires sur Daniel
* Commentaires sur saint Jean
* De septem sigillis
* De futuris temporibus
* Volumen egregiarum sententiarum
* Liber de consolatione
* Liber epistolarum ad diversos
* De vita solitaria
* De virtutibus
* Super regula sancti Benedicti

## Joachim au XIIIe siècle

Alors que les visions eschatologiques de Joachim effrayent et secouent toute l'Italie, François d'Assise apparaît comme un disciple direct venu pour accomplir l'annonce d'une ère nouvelle. L'abbé de Flore devient en quelque sorte le « saint Jean de saint François d'Assise ». Saint Bonaventure lui-même identifie François d'Assise avec l'ange du sixième sceau. Au XIIIe siècle, les écrits de Joachim de Flore inspirent profondément les franciscains Jean de Parme, Pierre de Jean Olivi et Hugues de Digne, aussi surnommé le « nouveau Joachim ». Pour Pierre de Jean Olivi, le nouvel ordre annoncé par l'abbé de Flore n'est autre que l'ordre franciscain. Les œuvres de Joachim sont également connues de Guillaume d'Auvergne, le conseiller de Saint Louis.
En 1215, le traité de Joachim sur la Trinité est condamné par le pape Innocent III lors du quatrième concile du Latran. Tout en corrigeant la doctrine trinitaire du moine calabrais, il admet que l’institution de Flore est régulière et que son observance est salutaire. En fait, il ne prononce rien contre la personne de l'abbé Joachim ni contre son monastère, « parce que, dit ce pape, il avait ordonné par un écrit signé de sa main (la Protestatio, écrite deux ans avant sa mort) que l'on remît au Saint-Siège ses ouvrages, et que dans cet écrit il avait déclaré qu'il croyait fermement tout ce que l’Église romaine croit ».
En 1254 est introduit à Paris le Liber Introductorius ad Evangilium Aeternum (Introduction à l'Évangile éternel), écrit par le franciscain hérétique Gérard de Borgo San Donnino. D'après ce livre, l'avènement du troisième règne abroge les deux Testaments et donne l'autorité religieuse à l'Évangile éternel contenu dans les œuvres de Joachim. À la suite de la commission réunie à Anagni en juillet 1255, le Liber Introductorius est condamné le 23 octobre de la même année par le pape Alexandre IV. Et le poète Jean de Meung écrira dans son Roman de la Rose :
       Un livre de par le deable
       C'est l'Evangile pardurable
       Que li Sainz Esperiz menistre
       Si come il appareist au titre
L'année 1260 ne satisfait pas les attentes des joachimites, et notamment celle du franciscain Salimbene de Adam. Une fois l'année 1260 écoulée, ce dernier abandonne les prédictions de l'abbé calabrais. En 1263, un concile réuni à Arles sous la présidence de l’archevêque Florent condamne les partisans de Joachim. Par la suite, les Dominicains seront des adversaires résolus de Joachim et de ses disciples. Après avoir lu en entier les œuvres de l'abbé calabrais, Thomas d'Aquin condamne sa doctrine dans la Somme théologique (1266-1273). Un autre dominicain, Vincent de Beauvais, se réfère pourtant à Joachim dans son Speculum historiale.
Avec Ubertin de Casale et Ange Clareno, une nouvelle génération de franciscains, continue à témoigner de l'influence de Joachim. « Ils imaginent deux Églises, l'une charnelle, accablée de richesses, perdue de délices, souillée de crimes, sur laquelle, disent-ils, règne le pape romain ; l'autre, spirituelle et libre dans sa pauvreté. » En 1294, lorsque le moine Pierre de Mauronne est élu pape sous le nom de Célestin V, les spirituels le saluent comme le « pape angélique » de la prophétie de Joachim, et le fondateur de l’Église spirituelle. En lien avec les franciscains spirituels, le commentaire sur l'Apocalypse du médecin Arnaud de Villeneuve porte aussi l'influence de l'abbé de Flore.
À la fin du XIIIe siècle naît le mouvement des apostoliques, une secte inspirée par les écrits de l'abbé calabrais. Leur chef de file, Gherardo Segarelli, entraîne un certain enthousiasme dans la ville de Parme, ainsi que le décrit Salimbene. L'évêque de Parme, scandalisé, emprisonne en 1275 tous les apôtres qu'il parvient à trouver. Déjà condamnés par le pape Grégoire X, les apôtres sont invités en 1285 par le pape Honorius IV à déposer leur costume et à se rallier à un ordre reconnu. En 1300, après la mort sur le bûcher de Gherardo Segarelli, Fra Dolcino prend la tête du mouvement apostolique. Pour en finir avec ce mouvement dirigé principalement contre le clergé, Clément V ordonne la croisade à leur encontre en 1305. Après deux ans de lutte acharnée, les apostoliques sont anéantis. Fra Dolcino est fait prisonnier et exécuté.

## Du XIVe siècle à aujourd’hui

Au début du XIVe siècle, une demande de canonisation de l'abbé de Flore adressée au pape Jean XXII est refusée. Au sein de l'Église catholique, l'influence de Joachim se fait encore sentir à cette période, à Avignon, dont la bibliothèque papale concentre une importante collection de textes de l'abbé calabrais, ou chez le franciscain Bernardin de Sienne (1380-1444).
Sous l'influence d'une prophétie tardive attribuée à l'abbé de Flore, Christophe Colomb annonce que le nouveau David sera originaire d'Espagne. « Jérusalem et le mont Sion doivent être réédifiés par la main d'un Chrétien. Dieu dit que ce sera par la bouche du prophète, dans le quatorzième psaume. L'abbé Joachim dit que celui-là doit venir d'Espagne ».
Presque tous les écrits, et notamment les prophéties de Joachim, ont été imprimés dans la première moitié du XVIe siècle, époque de la Réforme et de troubles religieux. L'abbé de Flore est une source d'inspiration des réformateurs allemands, comme Thomas Munzer et Martin Luther. Des auteurs comme Benz et Mottu font de Joachim le précurseur de Hegel. En Allemagne, Lessing parle d'un troisième âge qui ne sera plus celui du Nouveau Testament. L'idéalisme allemand se réclame ainsi de l'héritage de l'abbé Joachim. Au XIXe siècle, un nombre important d'auteurs se réclament de Joachim de Flore et de l’Évangile éternel : Jules Michelet, Edgar Quinet, George Sand (dans son roman Spiridion), Giuseppe Mazzini, Ernest Renan, George Eliot, Matthew Arnold, Walter Pater, Joris-Karl Huysmans, William Butler Yeats, Léon Bloy, et d'autres.
Dans les discussions philosophiques durant le XXe siècle concernant les racines de la « crise de la modernité », le nom de Joachim de Flore et ses idées réapparaissent, notamment dans les œuvres de Eric Voegelin et de Karl Löwith. Dans Histoire et Salut (1949), ce dernier estime que « l'historisme théologique » de l'abbé calabrais est la source de toutes les tentatives récentes pour « accomplir l'histoire ». Cette interprétation politique trouve son origine au XIVe siècle, notamment chez le romain Cola di Rienzo. Pour Mircea Eliade, l'œuvre de Joachim se présente comme une « géniale eschatologie de l'histoire, la plus importante qu'ait connue le christianisme après saint Augustin ». Dans Le principe espérance (1954), Ernst Bloch consacre un chapitre à l'abbé de Flore. Un autre penseur du XXe siècle, Ernst Jünger, voit dans Joachim un précurseur des systèmes de la philosophie de l'histoire, jusqu'à celui d'Oswald Spengler. Si d'après la doctrine joachimienne des trois âges, dans le premier âge les choses arrivent carnaliter, dans le second literaliter, et dans le troisième spiritualiter, Jünger pense que le terme literaliter pourrait être, dans notre contexte, remplacé par celui d’historique.
   « Immédiatement au seuil de la culture occidentale, apparaît le grand Joachim de Flore, mort en 1202, premier penseur de la trempe de Hegel, qui ruine l'image cosmique dualiste d'Augustin et, avec le sentiment intégral du Gothique pur, oppose comme un troisième élément le christianisme nouveau de son temps à la religion de l'antiquité et à celle du Nouveau Testament : règnes du Père, du Fils et du Saint-Esprit. Il a ébranlé jusqu'au fond de l'âme les meilleurs Franciscains et Dominicains, Dante et Thomas, et éveillé un regard cosmique qui s'empare peu à peu de toute la pensée historique de notre culture. »
— Oswald Spengler, Introduction au Déclin de l'Occident, ch. 7, Munich, 1923.