# Réseau hydrographique de la Loire-Atlantique

Le réseau hydrographique de la Loire-Atlantique est l'ensemble des éléments naturels (rivières) ou artificiels (canaux), drainant le territoire du département de la Loire-Atlantique (région Pays de la Loire, France). Il regroupe ainsi des cours d'eau ou canaux situés entièrement ou partiellement en Loire-Atlantique.
D'une longueur de 4 000 km, le réseau hydrographique départemental comprend 10 cours d'eau de longueur supérieure à 50 km et 86 de longueur supérieure à 10 km. Cinquante plans d'eau complètent ce réseau. Trois canaux ont été construits sur le territoire du département.

## Caractéristiques
### Cours d'eau
#### Notion de cours d'eau

Jusqu'en 2016, aucun texte législatif ne définissait la notion de cours d’eau. Ce n'est qu'avec la loi du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages que cette lacune est comblée. L'article 118 de cette loi insère un nouvel article L. 215-7-1 dans le code de l'environnement précisant que « constitue un cours d'eau un écoulement d'eaux courantes dans un lit naturel à l'origine, alimenté par une source et présentant un débit suffisant la majeure partie de l'année. L'écoulement peut ne pas être permanent compte tenu des conditions hydrologiques et géologiques locales. ». Ainsi les trois critères cumulatifs caractérisant un cours d'eau sont :
* la présence et la permanence d’un lit naturel à l’origine, ce qui distingue les cours d’eau (artificialisés ou non) des fossés et canaux creusés par la main de l’homme ;
* l’alimentation par une source ;
* la permanence d’un débit suffisant une majeure partie de l’année, critère qui doit être évalué en fonction des conditions climatiques et hydrologiques locales.

#### Cours d'eau de la Loire-Atlantique

Le département de la Loire-Atlantique est entièrement situé dans le bassin hydrographique de la Loire, à savoir le bassin Loire-Bretagne. D'une longueur de 4 000 km, le réseau hydrographique départemental comprend 10 cours d'eau de longueur supérieure à 50 km et 72 de longueur supérieure à 10 km. la Loire, la Sèvre nantaise, l'Erdre, le Don, la Boulogne, le Semnon, la Vilaine, l'Isac, le Brivet, la Maine, la Moine. La Loire constitue un élément géographique majeur ; en amont de Nantes, la Loire est encore essentiellement fluviale ; on considère généralement que l'estuaire de la Loire commence au niveau de Nantes et les variations de niveau liées à l'influence océanique des marées y sont perceptibles (l'Acheneau, affluent de la Loire situé en aval de Nantes, voit parfois son cours s'inverser lors de fortes marées).
* Carte des cours d'eau de longueur supérieure à 50 km de la Loire-Atlantique.
* Carte de l'ensemble du réseau hydrographique de la Loire-Atlantique.
* La Sèvre Nantaise à Clisson.
* L'Isac à Fégréac.
* Le Don à Juset.
* L'Erdre à Nort-sur-Erdre.
* Bords de Loire à Saint-Sébastien-sur-Loire.

#### Domaine public fluvial

L'article L. 2111-7 du Code général de la propriété des personnes publiques (CG3P) indique que le domaine public fluvial naturel est constitué des cours d'eau et lacs appartenant à l’État, aux collectivités territoriales ou à leurs groupements, et classés dans leur domaine public fluvial (DPF). Le DPF artificiel est défini à l'article L. 2111-10 du CG3P : il comprend les canaux et plans d'eau appartenant à une personne publique ou à un port autonome et classés dans son DPF, ainsi que les ouvrages ou installations dont la destination est liée à la gestion et l'exploitation des canaux et plans d'eau (alimentation en eau, navigation, halage ou exploitation).
Plusieurs cours d'eau sont classés dans le domaine public fluvial départemental.

#### Hydrologie des principaux cours d'eau

Les données hydrologiques des principaux cours d'eau de la Loire-Atlantique sont acquises grâce à un ensemble de 16 stations de mesure et stockées dans une base de données nationale dénommée Banque Hydro. Les hauteurs d'eau sont mesurées à des pas variables et permettent de calculer, par station, les débits instantanés, journaliers, mensuels... à partir des valeurs de hauteur d'eau et des courbes de tarage (relations entre les hauteurs et les débits). Ces valeurs sont actualisées à chaque mise à jour d'une hauteur ou d'une courbe de tarage (addition, précision supplémentaire, correction...). Ces 16 stations de mesures sont les suivantes :

### Plans d'eau et milieux aquatiques

600 hectares de plans d'eau complètent le réseau de cours d'eau.
D'une manière générale, la Loire-Atlantique comporte un grand nombre de zones humides. Elle recèle de nombreux marais, comme la Brière au nord de Saint-Nazaire, les marais salants de Guérande, les marais de Couëron en aval de Nantes, ceux de Goulaine au sud-est et le marais Breton au sud-ouest. Au sud, le département possède l'un des plus grands lacs de France, le lac de Grand-lieu. Sa très faible profondeur (moins de 2 mètres) combinée à une pente extrêmement faible rendent sa superficie très variable.

### Canaux

Quatre canaux de plus de 10 km ont été construits : le canal de Nantes à Brest, le canal de la Boulaie, le canal de la Taillée et le canal le Dain.

## Gouvernance de bassin
### Bassins

La gestion de l’eau, soumise à une législation nationale et à des directives européennes, se décline par bassin hydrographique, au nombre de sept en France métropolitaine, échelle cohérente écologiquement et adaptée à une gestion des ressources en eau. La Loire-Atlantique dépend du bassin Loire-Bretagne qui est à la fois une circonscription administrative de bassin, territoires de gestion dont les limites sont des limites communales, et un bassin hydrographique, territoire hydrographique dont les limites sont des lignes de partage des eaux.

#### Découpage hydrographique

Les bassins hydrographiques sont découpés dans le référentiel national BD Carthage en éléments de plus en plus fins, emboîtés selon quatre niveaux : régions hydrographiques, secteurs, sous-secteurs et zones hydrographiques. Le département est découpé en trois régions hydrographiques : « la Loire de la Maine à la mer », les J bassins côtiers du sud de la Loire » et les « côtiers vendéens ». Par ailleurs les secteurs et sous-secteurs peuvent être regroupés en seize bassins versants : la Loire, la Sèvre nantaise, l'Erdre, le Don, la Boulogne, le Semnon, la Vilaine, l'Isac, le Brivet, la Maine, la Moine, la Chère, l'Oudon, l'Acheneau, le Boivre, les côtiers de la Vilaine et les côtiers et marais vendéens.
* La Loire-Atlantique est découpée en trois régions hydrographiques.
* Les seize principaux bassins versants de la Loire-Atlantique.

#### Découpage administratif

Chaque circonscription de bassin, également appelée bassin Directive-cadre sur l'eau (bassin DCE), est découpée en sous-bassins administratifs, dénommés aussi sous-bassins DCE, qui constituent un niveau intermédiaire d’agrégation entre la masse d'eau et le bassin Directive-cadre de l'eau, à savoir le district hydrographique. La Loire-Atlantique est dans le bassin Loire-Bretagne et est découpée en trois sous-bassins « Loire aval et côtiers vendéens », « Mayenne-Sarthe-Loir » et « Vilaine et côtiers bretons ».
* La Loire-Atlantique est entièrement dans le bassin DCE Loire-Bretagne.
* La Loire-Atlantique est découpée en trois sous-bassins « Loire aval et côtiers vendéens », « Mayenne-Sarthe-Loire » et « Vilaine et côtiers bretons ».

### Acteurs

La planification de l’eau s’appuie sur une gouvernance qui fait intervenir différents acteurs que l’on peut schématiquement répartir en quatre groupes : sphère de décision, instances de préparation des décisions, instances techniques et partenaires du bassin associés à la planification. La sphère de décision comprend le comité de bassin et le préfet coordonnateur de bassin.

#### Instances de bassin

Les instances de bassins sont constituées de deux entités :
* Le comité de bassin, une instance de concertation qui regroupe différents acteurs, publics ou privés, agissant dans le domaine de l’eau : collectivités, État, usagers, personnes qualifiées, milieux socioprofessionnels et le préfet coordonnateur de bassin. Le département de la Loire-Atlantique dépend, du comité de bassin Loire-Bretagne.
* L'agence de l'eau, un établissement public à caractère administratif de l’État. Le département de la Loire-Atlantique dépend de l'agence de l'eau Loire-Bretagne, dont le siège est à Orléans, et plus particulièrement de la délégation « Maine-Loire-Océan ». Cette dernière assure le secrétariat des commissions territoriales « Loire aval et côtiers vendéens » et « Mayenne-Sarthe-Loir » du comité de bassin et intervient sur les différents SAGE du territoire de la délégation.

#### Établissement public territorial de bassin

La loi du 30 juillet 2003 relative à la prévention des risques technologiques et naturels et à la réparation des dommages a fait des établissements publics territoriaux de bassin (EPTB) des acteurs officiels de la politique de l'eau à l'échelle d'un bassin versant ou d'un sous-bassin. Leur rôle a été renforcé par la loi sur l'eau et les milieux aquatiques du 30 décembre 2006 et par la loi du 12 juillet 2010 portant engagement national pour l’environnement (Grenelle 2). Leur périmètre doit répondre à la cohérence hydrographique d'un bassin ou d’un sous-bassin hydrographique, sans limite de taille minimum. Il est déconnecté des limites administratives des collectivités membres.
Plusieurs EPTB ont été créés dans le bassin Loire-Bretagne. Trois sont compétents sur une partie du territoire du département de Loire-Atlantique : l’Établissement public Loire, l'EPTB Vilaine et l'EPTB Sèvre Nantaise.

### Planification

SDAGE Loire-Bretagne :
| Période | Approuvé le |
| 2010-2015 | 18 novembre 2009 |
| 2016-2021 | 18 novembre 2015 |
La DCE du 23 octobre 2000 déploie une logique de planification (les « plans de gestions » que sont les Schémas directeurs d’aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) en France), associée à une politique de programmation (les « programmes de mesures » - PdM), à l’échelle des grands bassins hydrographiques.

#### Le SDAGE

Le schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux (Sdage) est un document de planification dans le domaine de l’eau. Il définit, pour une période donnée de six ans, les grandes orientations pour une gestion équilibrée de la ressource en eau ainsi que les objectifs de qualité et de quantité des eaux à atteindre dans le bassin hydrographique dont dépend le département. Il est établi en application des articles L.212-1 et suivants du code de l’environnement. Le département de la Loire-Atlantique est concerné par le SDAGE Loire-Bretagne.

## Gouvernance locale
### Police de l'eau
#### Acteurs

La police de l'eau réglemente les installations, ouvrages, travaux ou activités qui peuvent exercer des pressions sur les milieux. Elle est assurée par trois polices spécialisées : la police de l’eau et des milieux aquatiques, la police de la pêche, la polices des installations classées. Les acteurs principaux sont :
* La Mission interservice de l'eau et de la nature (ex Mission interservices de l’eau - MISE) rassemble sous l'autorité du préfet de nombreux services de l'État, tels que la DREAL, la DDT, la Direction régionale de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt de la région Centre-Val de Loire (DRAAF), la DDPP, la gendarmerie ainsi que des établissements publics de l'État : Agence régionale de santé (ARS), Agence de l'eau Loire-Bretagne, la DRIRE, le Conseil départemental de la Loire-Atlantique$^,$ ;
* L'Onema dont l'action se coordonne avec l’ensemble des services des polices de l’eau dans le cadre de conventions avec les préfets ;
* La DREAL Centre-Val de Loire coordonne la police de l'eau au niveau régional ;
* La DDT de la Loire-Atlantique assure des prestations d'ingénierie, de contrôle et d'appui auprès des organismes ;
* La gendarmerie et les maires sont compétents pour constater les infractions et les pollutions.

#### Cartographie des cours d'eau au titre de la police de l'eau

En lien avec la loi pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages, publiée au Journal officiel du 9 août 2016, définissant la notion de cours d’eau, une instruction du gouvernement du 3 juin 2015 demande aux services d’État de mettre en place une cartographie du réseau hydrographique dans chaque département, afin de permettre aux riverains concernés de distinguer facilement les cours d’eau des fossés, non soumis aux mêmes règles : une intervention sur un cours d’eau allant au-delà de l’entretien courant ne peut en effet se faire que dans le cadre d’une déclaration ou autorisation « loi sur l’eau ». En outre les agriculteurs qui demandent les aides de la Politique agricole commune doivent implanter ou conserver une bande tampon de 5 mètres le long des cours d'eau classés au titre des B.C.A.E (Bonnes conditions agricoles et environnementales). Dans ce cadre, les services de l'État ont engagé une démarche progressive d'identification des cours d'eau et publié une arte interactive.

### Gestion intercommunale des cours d’eau

Force est de constater que la rivière n’est plus utilisée pour les besoins des riverains, que les travaux d’entretien sont coûteux et que le mode d’occupation des sols ainsi que les pratiques culturales ont été profondément modifiés. Les collectivités territoriales sont dès lors autorisées, mais ce n’est pas une obligation, à se substituer aux riverains pour assurer l’entretien et l’aménagement des cours d’eau non domaniaux lorsque ces travaux présentent un caractère d’intérêt général ou d’urgence (Article L.211-7 Code de l’Environnement). La constitution de syndicats intercommunaux pour l’entretien des rivières garantit la cohérence des interventions, permet de mutualiser les moyens des communes et de bénéficier de subventions publiques. Les communes ont donc été amenées petit à petit à se substituer aux riverains. Elles se sont regroupées en syndicats de rivières et ont pris en charge les travaux sur les cours d’eau non domaniaux.

### Planification : les SAGE

Le schéma d'aménagement et de gestion des eaux (SAGE) est un outil de planification au périmètre plus restreint que le SDAGE. Il est fondé sur une unité de territoire où s’imposent une solidarité physique et humaine (bassins versants, nappes souterraines, estuaires…). Il fixe les objectifs généraux, les règles, les actions et moyens à mettre en œuvre pour gérer la ressource en eau et concilier tous ses usages. Le SAGE est élaboré par une commission locale de l'eau (C.L.E.) composée d’élus, d’usagers et de représentants de l’État. Il doit être approuvé par le Préfet après avis du comité de bassin pour devenir opposable aux décisions publiques. Les SAGE doivent être compatibles avec les orientations du SDAGE en application sur leur territoire. Quatre SAGE concernent le département de la Loire-Atlantique : Estuaire de la Loire, Baie de Bourgneuf et marais breton, Evre Thau Saint-Denis et bassin de la Vilaine.

## Entretien et aménagement
### Entretien des cours d'eau
#### Réglementation

D’un point de vue réglementaire, la loi sur l'eau et les milieux aquatiques du 30 décembre 2006 (LEMA) a modifié la définition de l’entretien d’un cours d’eau fixée à l’article L.215-14 du code de l’environnement. Selon cet article, l’entretien régulier a pour objet de « maintenir ce cours d’eau dans son profil d’équilibre, de permettre l’écoulement naturel des eaux et de contribuer à son bon état écologique ou, le cas échéant, à son bon potentiel écologique, notamment par enlèvement des embâcles, débris et atterrissements, flottants ou non, par élagage ou recépage de la végétation des rives ». Les travaux susceptibles d’être engagés pour procéder à l’entretien sont strictement encadrés (articles L. 215-14 et R.215-2 du code de l’environnement) et doivent correspondre notamment à l'enlèvement des embâcles, débris et atterrissements, flottants ou non, l'élagage ou le recépage de la végétation des rives$^,$.
Selon leur nature, les travaux d'entretien sont soumis à autorisation ou déclaration.

#### Plantes invasives

Alors que la première observation de Jussie en Bretagne date de 1987, dans les environs de Rennes, les premiers signalements en Loire-Atlantique concernent l'Erdre (L. uruguayensis) vers 1990, et la Brière en 1994. La Ludwigia grandiflora, plante amphibie en provenance d’Amérique du Sud est signalée en 1996 et d'autres plantes exotiques (l’Ognon présente en 1997 une infestation de Myriophylle du Brésil sur près de 5 kilomètres). De 2000 à 2003 d'importants travaux d'arrachage à l'aide d'un bateau affecté à cette tâche sont entrepris sur le Don, l'Ognon, le canal de Nantes à Brest, le complexe Tenu-Acheneau. À partir de 2006, le conseil départemental de Loire-Atlantique alloue une subvention aux gestionnaires qui entreprennent des travaux d'éradication de ces plantes invasives et intervient directement sur certains cours d'eau.
Malgré les importants moyens mis en œuvre, les plantes exotiques invasives subsistent et prolifèrent. En 2016, un rapport fait état de la présence de quinze plantes invasives, dont huit avérées installées et portant atteinte à la biodiversité.
| Espèce | Premiers signalements à la fédération de pêche | situation départementale en 2016 |
| Les Jussies Ludwigia peploides Ludwigia grandiflora | Alors que la première observation de Jussie en Bretagne date de 1987, dans les environs de Rennes (DIARD, 2005), les premiers signalements en 44 concernent l'Erdre (L. uruguayensis) vers 1990, et la Brière en 1994. | Espèces faisant l'objet de plans de gestion à l'échelle de plusieurs bassins versants. |
| Le Myriophylle du Brésil Myriophyllum aquaticum | Premières apparitions non datées. Signalé en Brière entre 1990 et 2000. | Espèce faisant l'objet de plans localisés de gestion. |
| Élodée de Nuttall Elodea nuttallii | Premières apparitions non datées. | Espèce faisant l'objet de plans de gestion à l'échelle de plusieurs bassins versants. |
| L'Azolla fausse fougère Azolla filiculoides | Premières apparitions non datées. Bien qu'observée régulièrement, depuis le début du suivi en 2006 seul un bloom en 2008 a été signalé (marais de Goulaine). | Espèce ne faisant l'objet d'aucun plan de gestion. Le plus souvent considérée comme naturalisée et ne présentant que rarement des effets invasifs marqués. |
| L'Égérie dense Egeria densa | Premières apparitions non datées. Probablement avant les années 1990. | Espèce faisant l'objet de plans de gestion à l'échelle de plusieurs bassins versants. |
| La Lentille d'eau douce Lemna minuta | Premières apparitions non datées. Non identifiée par le réseau d’observateurs, mais connu du CBN à l’état sauvage en 2012. | Espèce déjà recensée en Loire-Atlantique mais mal identifiée par le réseau d’observateurs. Elle ne fait pas l’objet de plan de gestion. |
| L'Hydrocotyle fausse renoncule Hydrocotyle ranunculoïdes | Première observation aux alentours de 2006, sur un bassin d'orage du bassin versant de la Chézine. Deux autres foyers très distants détectés en 2007 à La Turballe et à Saint-Michel-Chef-Chef. | Espèce faisant l'objet de plans localisés de gestion sur chaque foyer identifié (3 foyers en 2012). |
| La Crassule de Helms Crassula helmsii | Premières apparitions non datées. Signalée pour la première fois en 2010 | En forte expansion en 2016, notamment en Brière et dans le marais breton. |

### Aménagement des cours d'eau

L'aménagement des cours d'eau comprend, entre autres :
* la réalisation d'infrastructures et de bâtiments (travaux routiers, zone d’aménagement concertée..)
* la protection de berges
* la restauration hydro-morphologique des cours d’eau, c’est-à-dire de ses profils en long et en travers et de son tracé planimétrique : capture, méandres, etc.
* la restauration de la continuité écologique, c’est-à-dire la possibilité de circulation des espèces animales et le bon déroulement du transport des sédiments.
Selon leur nature, les travaux d'aménagement sont soumis à autorisation ou déclaration.

## Pêche et peuplements piscicoles
### Droit de pêche

Le propriétaire riverain a le droit de pêche jusqu’à la limite de sa propriété (milieu de cours d’eau) sous réserve de disposer d’une carte de pêche (L. 435-4 et R435-34 à 39 du code de l’Environnement).
S’il le souhaite, le propriétaire peut signer un bail de pêche avec une association (exemple l'AAPPMA) ou la fédération de pêche pour le Loire-Atlantique. En donnant le droit de pêche, qui ne le dessaisit pas lui-même de ce droit, il doit laisser un accès aux pêcheurs membres de cette association. En 2018, il y a 29 associations agréées de Pêche et de Protection du Milieu Aquatique (AAPPMA).

### Classement et peuplements piscicoles

La catégorie piscicole est un classement juridique des cours d'eau en fonction des groupes de poissons dominants. Un arrêté réglementaire préfectoral permanent reprend l’ensemble des dispositions applicables en matière de pêche dans le département du Loiret en les différenciant selon les catégories piscicoles.

#### Cours d'eau de première catégorie

Un cours d'eau est déclaré de première catégorie lorsque le peuplement piscicole dominant est constitué de salmonidés (truite, omble chevalier, ombre commun, huchon). Si elles sont naturellement présentes (et non issues de réempoissonnements successifs), ces espèces sont réputées être de bons bioindicateurs. Elles sont en général accompagnées par d'autres petits poissons (vairon, chabot, etc). Ce type de cours d'eau est souvent qualifié de « rivière à truites ». Dans la Loire-Atlantique, aucun cours d'eau n'est classé en première catégorie piscicole.

#### Cours d'eau de deuxième catégorie

Pour un cours d'eau de deuxième catégorie, l'espèce biologique dominante est constituée essentiellement de poissons blancs (cyprinidés) (donc rivière cyprinicole) et de carnassiers (brochet, sandre et perche). Depuis les années 1990 ce type de rivières est également peuplé de silures. Dans la Loire-Atlantique, tous les cours d'eau ou parties de cours d'eau du département sont classés en deuxième catégorie piscicole.

## Continuité écologique
### Notion de continuité écologique

La continuité d’un cours d’eau est une notion introduite en 2000 par la Directive cadre européenne sur l'eau. En droit français, l'article R214-109 du code de l'environnement définit la notion d'obstacle à la continuité écologique. A contrario, la continuité écologique est obtenue en supprimant ou limitant ces obstacles et doit permettre d'assurer :
* la libre circulation des organismes aquatiques et leur accès aux zones indispensables à leur reproduction , leur croissance, leur alimentation ou leur abri ;
* le transport naturel des sédiments de l’amont à l’aval des cours d’eau.
* les connexions latérales avec les réservoirs biologiques et en assurer leur bonne hydrologie
Le défaut de continuité écologique peut être la conséquence de la présence d'ouvrages en travers des cours d'eau, mais aussi d'ouvrages coupant les connexions latérales. En plus de constituer une entrave à la circulation des poissons, la fragmentation des cours d'eau affecte les capacités d'adaptation des espèces aux changements climatiques, induit des perturbations du fonctionnement des écosystèmes aquatiques et réduit l'efficacité des services rendus par les écosystèmes.

### Classement des cours d'eau antérieur à 2006

Depuis plus d'un siècle, des rivières sont classées pour bénéficier de mesures de protection particulières. Ces classements de cours d'eau, outils réglementaires, ont été établis afin de limiter l'impact des ouvrages construits en travers des cours d'eau sur la circulation piscicole.

#### Rivières classées

La volonté de préserver et restaurer la continuité écologique remonte à 1865. À cette époque, les poissons constituent la source essentielle d'alimentation des populations. Pour permettre à tous l'accès à cette ressource, les autorités décident alors de favoriser la libre circulation des poissons. Elles introduisent ainsi l'obligation d'équiper en échelles à poissons les nouveaux ouvrages sur des cours d'eau dont la liste est fixée par décrets. Complétée par la loi de 1984, cette disposition de classement des rivières, communément appelé « classement passes à poissons », est alors inscrite dans l’article L.432-6 du code de l’environnement. Sur les cours d'eau « classés » par décret au titre de cet article, tout nouvel ouvrage doit être équipé de dispositifs de franchissement (montaison et dévalaison) efficaces et entretenus pour les poissons migrateurs et sur lesquels les ouvrages existants doivent respecter la même obligation dans un délai de 5 ans à partir du moment où un arrêté ministériel a précisé les espèces ciblées. Dans le département de la Loire-Atlantique, seule la Loire et la Sèvre nantaise étaient classées, avant 2006, au titre de l'article L432-6 du code de l’environnement.

#### Rivières réservées

La loi du 16 octobre 1919 relative à l'utilisation de l'énergie hydraulique définit, dans son article 2, la notion de rivières réservées, interdisant toute autorisation ou concession pour des entreprises nouvelles. Ces rivières réservées sont fixées par décret, mais la loi ne concerne uniquement l’énergie hydraulique. Dans le département de la Loire-Atlantique, aucune rivière n'était, avant 2006, dite « réservée ».

### Classement des cours d'eau postérieur à 2006

Les critères de classement des cours d’eau ont été adaptés aux exigences de la directive cadre sur l’eau avec la loi sur l’Eau et les Milieux Aquatiques (LEMA) du 30 décembre 2006 et le décret n° 2007-1760 du 14 décembre 2007. Pour atteindre l’objectif de bon état des eaux, les dispositifs antérieurs sont réformés pour intégrer l’ensemble des composantes de la continuité écologique. Deux listes de classement sont définies pour chacun des bassins hydrographiques (Article L. 214-17 du Code de l’Environnement). Les éléments de cadrage nécessaires pour l’établissement de ces nouveaux classements, qui seront arrêtés par les préfets coordonnateurs de bassin sur la base des propositions des préfets de département sont définis dans la circulaire du 6 février 2008. Le délai ultime pour procéder à la première refonte des classements était le 1er janvier 2014. Pour les cours d'eau du bassin Loire-Bretagne, les nouveaux arrêtés de classement ont été publiés le 10 juillet 2012$^,$.
En synthèse, ces listes s'inscrivent dans deux logiques différentes selon l'état initial de la rivière : préserver et/ou restaurer :
| Liste | Objectifs | Conséquences |
| Liste 1 | Préserver les cours d’eau ou parties de cours d’eau : en très bon état écologique, « réservoirs biologiques », dotés d’une riche biodiversité jouant le rôle de pépinière, nécessitant une protection complète des poissons migrateurs. | Interdiction de construire tout nouvel obstacle à la continuité écologique quel qu’en soit l’usage. Des prescriptions de maintien de la continuité écologique pour tout renouvellement de concession ou d'autorisations. |
| Liste 2 | Restaurer la continuité écologique sur les cours d’eau en assurant le transport suffisant des sédiments et la circulation des poissons. | Obligation de mise en conformité des ouvrages dans les 5 ans après publication de la liste. |

## Réservoirs biologiques

L'article R214-108 du code de l'environnement précise le contenu de la notion de réservoir biologique. Elle concerne les cours d’eau qui comprennent une ou plusieurs zones de reproduction ou d’habitat des espèces de phytoplanctons, de macrophytes et de phytobenthos, de faune benthique invertébrée ou d’ichtyofaune, et permettent leur répartition dans un ou plusieurs cours d’eau du bassin versant. Les réservoirs biologiques, nécessaires au maintien ou à l’atteinte du bon état écologique des cours d’eau, correspondent donc :
* à un tronçon de cours d’eau ou annexe hydraulique qui va jouer le rôle de pépinière, de « fournisseur » d’espèces susceptibles de coloniser une zone naturellement ou artificiellement appauvrie (réensemencement du milieu) ;
* à des aires où les espèces peuvent accéder à l’ensemble des habitats naturels nécessaires à l’accomplissement des principales phases de leur cycle biologique (reproduction, abri-repos, croissance, alimentation).
Dans le cadre des travaux préparatoires à l'élaboration de ce classement au sein du SDAGE Loire-Bretagne, 42 réserves biologiques ont été identifiées en Loire-Atlantique au sein du bassin Loire-Bretagne.