# EcoRI

EcoRI Escherichia coli espezietik isolatutako murrizketa-entzima da. Izendatzeko modu egokia “Eco erre 1” da. Endonukleasa horrek DNAren helize bikoitza gune espezifikoetan zatitzen du, gainera, errestrikzio-modifikazio sistemaren parte da. Entzimaren izenari dagokionez, “E”-k jatorrizko espeziearen izenari egiten dio erreferentzia: Escherichia, “co” espeziearen izenari: coli, “R”-k andui zehatza adierazten du, RY13 kasu honetan, eta “I”-k andui horretatik isolatutako lehen entzima izan zela.
Biologia molekularrean murrizketa-entzima gisa erabiltzen da. EcoRI–k 5’ muturretan 4 nukleotidozko mutur itsaskorrak eratzen ditu: AATT. Entzimak ezagutuko duen DNA-ren itu-sekuentzia G↓AATTC sekuentzia palindromikoa da, CTTAA↓G -ren osagarria. Beste murrizketa-entzima batzuk haien itu-sekuentziaren arabera, 3’ muturretan mutur kamutsak eratu ditzazkete, edo mutur kamutsak.

## Egitura
### Egitura primarioa

EcoRI, hainbat errestrikzio endonukleasa bezala, PD..D/EXK motiboa du gune aktiboan.

### Egitura sekundarioa eta tertziarioa

Entzima 31kDa-eko azpiunitate bakarreko homodimeroa da, α/β domeinu globularrean oinarritzen dena. Azpiunitate bakoitzak domeinu globularretik irteten den begizta bat du eta DNArekin lotzen denean katearen inguruan biltzen da.
EcoRI kokristalizatua izan da mozten duen sekuentziarekin. Kristala konplexuaren (1QPS) egitura konpontzeko erabili da. Egitura kristalinoa, entzima homodimeroaren azpiunitateak DNArekin simetrikoki eragiten dutela erakusten du. Konplexuan, azpiunitate bakoitzeko bi α helizeak elkartzen dira lau helizeko sorta eratzeko. Interakzionatzen duten helizeetan Glu144 eta Arg145 hondarrak daude, elkarrekin eragiten dutenak, “crosstalk” eraztuna sortuz eta entzimaren bi gune aktiboak komunikatuz.

## Erabilerak

Murrizketa-entzimak ingeniaritza genetikoaren teknika askotan erabiltzen dira, adibidez, klonazioan, DNAren sekzioen ebaketak in vitro-n… DNAren mutur itsaskorrak sortzen dituzten murrizketa-entzimak, EcoRI kasu, askotan erabiltzen dira loturaren aurretik DNA mozteko, mutur itsaskorrek lotura-erreakzio eraginkorragoa egiten baitute. Erabilera horren adibide bat DNA birkonbinatua da, gene emailearen eta bektorearen arteko txertaketa ematen denean.Erreakzioaren baldintzak direla eta, EcoRI errestrikzio-entzimak mozketa ez-ezpezifikoak egin ditzake (star aktibitatea). Star aktibitatea eragin dezaketen zenbait baldintza honako hauek dira: gatz kontzentrazio txikia, glizerol kontzentrazio altua, erreakzioan dauden entzima gehiegi, pH altua eta zenbait disolbatzaile organikoen kutsadura.

## Erreferentziak

* 1 2 Pingoud, A.. (2001-09-15). «Structure and function of type II restriction endonucleases» Nucleic Acids Research 29 (18): 3705–3727. doi:10.1093/nar/29.18.3705. PMID 11557805. PMC PMC55916. (Noiz kontsultatua: 2022-03-31).
* ↑ (Ingelesez) Kurpiewski, Michael R.; Engler, Lisa E.; Wozniak, Lucyna A.; Kobylanska, Anna; Koziolkiewicz, Maria; Stec, Wojciech J.; Jen-Jacobson, Linda. (2004-10). «Mechanisms of Coupling between DNA Recognition Specificity and Catalysis in EcoRI Endonuclease» Structure 12 (10): 1775–1788. doi:10.1016/j.str.2004.07.016. (Noiz kontsultatua: 2022-03-31).
* ↑ Bitinaite, J.; Wah, D. A.; Aggarwal, A. K.; Schildkraut, I.. (1998-09-01). «FokI dimerization is required for DNA cleavage» Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 95 (18): 10570–10575. doi:10.1073/pnas.95.18.10570. ISSN 0027-8424. PMID 9724744. PMC PMC27935. (Noiz kontsultatua: 2022-03-31).
* ↑ (Ingelesez) Kim, Youngchang; Grable, John C.; Love, Robert; Greene, Patricia J.; Rosenberg, John M.. (1990-09-14). «Refinement of Eco RI Endonuclease Crystal Structure: A Revised Protein Chain Tracing» Science 249 (4974): 1307–1309. doi:10.1126/science.2399465. ISSN 0036-8075. (Noiz kontsultatua: 2022-03-31).
* ↑ «Increasing Overhang GC-Content Increases Sticky-End Ligation Efficiency | jemi.microbiology.ubc.ca» ujemi.microbiology.ubc.ca (Noiz kontsultatua: 2022-03-31).
* ↑ An introduction to genetic analysis. (7th ed. argitaraldia) W.H. Freeman 2000 ISBN 0-7167-3520-2. PMC 42049331. (Noiz kontsultatua: 2022-03-31).
* ↑ «FAQs for EcoRI, Restriction Endonucleases, NEB» web.archive.org 2012-10-15 (Noiz kontsultatua: 2022-03-31).

## Kanpo estekak

* Datuak: Q417754