# Monodnaviria

Monodnaviria es un dominio viral establecido por el ICTV que incluye los virus de ADN que se caracterizan por codificar una endonucleasa de la superfamilia HUH y una proteína denominada Rep que les permite una replicación en círculo rodante, esta es una proteína específica de los virus de este dominio, los plásmidos y algunos virus satélite de ADN que no tiene homología con proteínas celulares. Además casi todos sus miembros tienen genomas de ADN circular similares a los plásmidos. Incluye la gran mayoría de los virus de ADN monocatenario junto con las familias Papillomaviridae y Polyomaviridae que son virus de ADN bicatenario, pero que parecen haber evolucionado de virus de ADN monocatenario que cambiaron su ADN por uno bicatenario. El dominio contiene cuatro reinos y seis filos.

## Historia

La primera referencia a un virus en Monodnaviria se hizo en un poema escrito en el año 752 por la emperatriz japonesa Kōken Tennō, que describió una enfermedad de amarillamiento o aclaramiento en las hojas de la planta Eupatorium que probablemente fue causada por un geminivirus. Siglos más tarde, en 1888 se observó en Australia una infección por circovirus que causó calvicie en las aves, lo que marcó la primera referencia a los virus de ADN monocatenario en los tiempos modernos. El primer virus CRESS-ADN animal que se caracterizó fue el circovirus porcino en 1974 y 1977 se detalló el primer genoma de un virus de ADN monocatenario, el virus del mosaico dorado del frijol. A partir de la década de 1970, las familias de miembros relacionados con Monodnaviria comenzaron a organizarse, convirtiéndose Parvoviridae en la primera familia del dominio reconocida y continuamente se descubrieron varias familias adicionales.
En los últimos años, los análisis del ADN viral en diversos contextos, como la materia fecal y los sedimentos marinos, han demostrado que los virus de ADN monocatenario están muy extendidos por toda la naturaleza, y el mayor conocimiento de su diversidad ha ayudado a comprender mejor su historia evolutiva. La relación entre los virus CRESS-ADN se resolvió de 2015 a 2017, lo que llevó al establecimiento del dominio Monodnaviria en el año 2019 en función de su relación compartida, incluidos los virus descendientes de ellos.

## Características

Todos los virus de Monodnaviria se caracterizan por codificar una endonucleasa de la superfamilia HUH y una proteína denominada Rep que permite una replicación en círculo rodante. Casi todos sus miembros tienen genomas de ADN circular. Las endonucleasas son enzimas que pueden escindir enlaces fosfodiéster dentro de una cadena de polinucleótidos. Las endonucleasas HUH, o HuH, son endonucleasas que contienen un motivo HUH formado por dos residuos de histidina separados por un residuo hidrófobo voluminoso y un motivo Y que contiene uno o dos residuos de tirosina.
Una vez que el ADN viral está dentro de la célula huésped, la ADN polimerasa de la célula huésped lo replica para producir una forma bicatenaria del genoma viral. La proteína Rep reconoce una secuencia corta en el extremo 3 '(generalmente se pronuncia "tres extremos primos") en el origen de la replicación. Arriba del sitio de reconocimiento, la proteína Rep se une al ADN y corta la hebra de sentido positivo , creando un sitio nic. Al hacerlo, Rep se une al extremo 5 '(generalmente se pronuncia "cinco extremos primarios") a través de un residuo de tirosina que se une covalentemente al esqueleto de fosfato del ADN, creando una molécula de fosfotirosina que conecta la Rep al ADN viral.
El extremo 3 'de la hebra mellada permanece como un extremo hidroxilo (OH) libre que actúa como una señal para que la ADN polimerasa del huésped replique el genoma. La replicación comienza en el extremo 3'-OH y se realiza extendiendo el extremo 3 'de la hebra positiva usando la hebra negativa como plantilla para la replicación. Durante la replicación, la hebra positiva original se desplaza gradualmente por la hebra positiva recién replicada. Después de un ciclo de replicación del genoma, la proteína Rep es capaz de reconocer los sitios nic y de reconocimiento recién replicados en la cadena positiva extendida.
Rep puede cortar la hebra positiva por segunda vez, haciéndolo con un segundo residuo de tirosina, o una nueva Rep puede cortar el ADN. Pueden producirse múltiples copias del genoma en una sola hebra. Después de que la hebra positiva se separa por completo de la hebra negativa y se corta, el extremo 3'-OH se une a la fosfotirosina del extremo 5 ', creando un genoma de ADN monocatenario circular libre que generalmente se convierte en ADN bicatenario para la transcripción o replicación adicional o se empaqueta en cápsides virales de nueva construcción. El proceso de replicación se puede repetir varias veces en el mismo genoma circular para producir muchas copias del genoma viral original.
Los virus de ADN bicatenario de las familias Papillomaviridae y Polyomaviridae en lugar de replicarse mediante Rep, estos virus utilizan la replicación de ADN bidireccional. La replicación bidireccional del ADN comienza desenrollando el ADN bicatenario en un sitio llamado origen, creando una bifurcación en la molécula de ADN donde ambas hebras se separan entre sí. Cada hebra se replica por separado en la bifurcación al extender una hebra mientras se usa la otra como plantilla, la replicación se mueve en direcciones opuestas a lo largo del genoma hasta que se alcanza el lado opuesto del genoma circular cuando se completa la replicación. Estos virus pudieron haber evolucionado de parvovirus a través de la inactivación del dominio HUH de la endonucleasa y el cambio del ADN de cadena simple a uno de cadena doble.
Aparte de los métodos de replicación antes mencionados, los virus de Monodnaviria comparten una serie de otras características comunes. Las cápsides que almacenan el ADN viral, están compuestas por un tipo de proteína o, en el caso de los parvovirus, por múltiples tipos de proteínas. En todos los miembros analizados, la estructura de sus proteínas de la cápside en alta resolución han demostrado contener un solo pliegue en rollo de gelatina horizontal (JRC-MCP) en su estructura plegada.
Casi todas las familias tienen un genoma de sentido positivo, siendo la única excepción la familia Anelloviridae que tiene un genoma de sentido negativo. En cualquier caso, los virus de Monodnaviria tienen sus genomas convertidos a una forma de ADN bicatenario antes de la transcripción lo que crea el ARN mensajero (mARN) necesario para producir proteínas virales a partir de la traducción ribosómica. Los virus de Cressdnaviricota también tienen estructuras genómicas, longitudes genómicas y composiciones génicas similares.
Por último, tienen una tasa relativamente alta de recombinaciones genéticas y mutaciones de sustitución. La recombinación genética, o mezcla, de genomas de ADN monocatenario puede ocurrir entre virus estrechamente relacionados cuando un gen se replica y transcribe al mismo tiempo, lo que puede hacer que las ADN polimerasas de la célula huésped cambien las plantillas de ADN (hebras negativas) durante el proceso, provocando la recombinación. Estas recombinaciones generalmente ocurren en la hebra negativa y fuera o en la periferia de los genes en lugar de hacia la mitad de los genes.
La alta tasa de sustitución observada en los virus de Monodnaviria es inusual, ya que la replicación la realiza principalmente la ADN polimerasa de la célula huésped, que contiene mecanismos de corrección de pruebas para prevenir mutaciones. Pueden producirse sustituciones en los genomas virales porque el ADN viral puede sufrir daños oxidativos mientras el genoma está dentro de la cápside. La prevalencia de recombinaciones y sustituciones entre virus de ADN monocatenario significa que los virus de ADN monocatenario eucariotas pueden emerger como patógenos amenazantes.
La proteína Rep carece de homólogos con los organismos celulares, por lo que se puede buscar dentro del genoma de un organismo para identificar si el ADN viral se ha endogeneizado como parte del genoma del organismo. Entre los eucariotas, la endogeneización se observa con mayor frecuencia en plantas, pero también se observa en animales, hongos y varios protozoos. La endogenización puede ocurrir a través de varios medios, como la integrasa o las enzimas de transposición, o mediante la explotación de la maquinaria de recombinación de la célula huésped. La mayoría de los virus del dominio endogenizados se encuentran en regiones no codificantes del genoma del organismo, pero a veces los genes virales se expresan y el organismo puede utilizar la proteína Rep. Debido a que el ADN viral puede convertirse en parte del genoma de un organismo, esto representa un ejemplo de transferencia horizontal de genes entre organismos no relacionados que se puede utilizar para estudiar la historia evolutiva. Al comparar organismos relacionados, es posible estimar la edad aproximada de los virus de Monodnaviria. Por ejemplo, la comparación de genomas animales ha demostrado que los circovirus y parvovirus integraron sus ácidos nucleicos en los genomas de sus huéspedes hace al menos 40-50 millones de años.

## Enfermedades y causas

Los virus del filo Cressdnaviricota están asociados con una variedad de enfermedades. Los virus de las plantas de las familias Geminiviridae y Nanoviridae infectan cultivos de importancia económica y causan daños importantes a la productividad agrícola. Los virus de la familia Genomoviridae que infectan hongos pueden ser de importancia económica para la micocultura ya que su infección puede afectar la recolección de setas. Los virus de la familia Circoviridae están asociados con muchas enfermedades en animales, incluidas enfermedades respiratorias, intestinales y problemas reproductivos. Se cree que los bacilladnavirus, que infectan principalmente a las diatomeas, tienen un papel importante en el control de la proliferación de algas.
Los virus del filo Cossaviricota también están asociados con muchas enfermedades ampliamente conocidas. Los parvovirus son más conocidos por causar una infección letal en los cánidos y por causar la eritema infeccioso en los seres humanos. Se sabe que los papilomavirus y poliomavirus causan diferentes tipos de cánceres y otras enfermedades. Un poliomavirus es responsable del carcinoma de células de Merkel, y los papilomavirus son los causantes del papiloma, ciertas enfermedades de transmisión sexual, cánceres y verrugas.
Los bacteriófagos o virus procariotas de este dominio pueden contribuir a regular la población de procariotas y a la derivación viral o lisis: un proceso por el cual los nutrientes o el material órganico producido por los procariotas se liberan al ambiente con la muerte y roptura de la membrana celular del huésped. El grupo de virus procariotas de Monodnaviria más extendido en todos los ecosistemas es el de los Loebvirae.

## Origen y evolución

Se ha propuesto que los virus de Monodnaviria surgieron a través de tres eventos en los que ciertos plásmidos procariotas que codifican la endonucleasa HUH y la proteína Rep se integraron en las cápsides de ciertos virus ARN monocatenario positivo, reemplazando el genoma y las enzimas del virus típico. Los plásmidos son entidades acelulares que se mueven entre las células procariotas como los virus. Las proteínas de la cápside de Monodnaviria están emparentadas con las proteínas de los virus de ARN del filo Kitrinoviricota. Los virus de Monodnaviria se originaron en tres ocasiones a través del mismo mecanismo. Una daría origen al reino Loebvirae, la otra a Trapavirae y la última a Sangervirae y Shotokuvirae. Los virus de Shotokuvirae que infectan eucariotas pudieron llegar a estos por medio de las proteobacterias hace más de 2500 millones de años, en el momento que sucedió la endosimbiosis seriada que involucró a una arquea y una proteobacteria. Cuando la proteobacteria se convirtió en las mitocondrias surgió Shotokuvirae que evolucionaron de ancestros similares a Microviridae con los que están más estrechamente emparentados y comparten varias características únicas. Según el análisis filogenético los virus de este dominio también pudieron originar con posterioridad a la superfamilia de transposones helitrones y algunos plásmidos con la pérdida de las proteínas de la cápside.
Los virus de ADN bicatenario Papillomaviridae y Polyomaviridae pertenecientes a Shotokuvirae pudieron haber evolucionado de parvovirus, que tienen genomas de ADN monocatenario a través de la inactivación del dominio de la endonucleasa HUH y el cambio del ADN monocatenario a uno bicatenario. La familia Bidnaviridae parece haber surgido secundariamente de un evento en el que un transposón polinton se integró en la cápside de un parvovirus remplazando el genoma circular típico por uno lineal y la ADN polimerasa de los parvovirus por una ADN polimerasa de la familia B que emplean los polintones.

## Taxonomía

El comité de taxonomía de virus organiza a estos virus de la siguiente manera. Los virus de este dominio que infectan eucariotas están incluidos en el reino Shotokuvirae, esto también incluye a los virus de ADN bicatenario Papillomaviridae y Polyomaviridae, mientras que los demás reinos solo contienen virus procariotas.
* Dominio Monodnaviria
** Reino Loebvirae
*** Familia Inoviridae
*** Familia Plectroviridae
*** Familia Paulinoviridae
** Reino Sangervirae
*** Familia Microviridae
** Reino Trapavirae
*** Familia Pleolipoviridae
*** Familia Thalassapleoviridae
** Reino Shotokuvirae
*** Filo Cossaviricota
**** Familia Bidnaviridae
**** Familia Parvoviridae
**** Clase Papovaviricetes
***** Familia Papillomaviridae
***** Familia Polyomaviridae
*** Filo Cressdnaviricota
**** Clase Repensiviricetes
***** Familia Geminiviridae
***** Familia Genomoviridae
***** Familia Geplanaviridae
**** Clase Arfiviricetes
***** Familia Bacilladnaviridae
***** Familia Redondoviridae
***** Familia Smacoviridae
***** Familia Naryaviridae
***** Familia Draupnirviridae
***** Familia Oomyviridae
***** Familia Pecoviridae
***** Orden Gerdzevirales
****** Familia Gandrviridae
****** Familia Ouroboviridae
***** Orden Saturnivirales
****** Familia Kanorauviridae
****** Familia Mahapunaviridae
***** Orden Rohanvirales
****** Familia Nenyaviridae
****** Familia Adamviridae
****** Familia Kirkoviridae
***** Orden Cirlivirales
****** Familia Circoviridae
****** Familia Vilyaviridae
****** Familia Endolinaviridae
***** Orden Mulpavirales
****** Familia Anicreviridae
****** Familia Amesuviridae
****** Familia Metaxyviridae
****** Familia Nanoviridae
****** Familia Alphasatellitidae
*** Filo Commensaviricota
**** Familia Anelloviridae

## Filogenia

Los análisis de la proteína Rep y otros estudios han dado el siguiente resultado: