# Forensic sciences: Effects of stress and perturbations on soil communities/Appendices
## Testate amoebae identification data

| | X | Arcella_a | Argynnia_a | Assulina_a | Centropyxis_a | Cyclopyxis_a | Cyphoderia_a | Diflugia_a | Euglypha_a | Heleopera_a | Hyalosphenia_a | Microchlamys_a | Paraquadrula_a | Phryganella_a | Plagiopyxis_a | Nebela_a | Tracheleuglypha_a | Trinema_a | Schwabia_a | Lesqueresia_a | Arcella_d | Argynnia_d | Assulina_d | Centropyxis_d | Cyclopyxis_d | Cyphoderia_d | Diflugia_d | Euglypha_d | Heleopera_d | Hyalosphenia_d | Microchlamys_d | Paraquadrula_d | Phryganella_d | Plagiopyxis_d | Nebela_d | Tracheleuglypha_d | Trinema_d | Schwabia_d | Lesqueresia_d |
| 1 | 1_P_0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 3 | NA | NA | 5 | 4 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 6 | NA | 2 | NA | NA | NA | NA |
| 2 | 2_P_0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 2 | 5 | NA | 2 | 2 | 2 | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | 2 | 3 | NA | NA |
| 3 | 3_P_0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 2 | 1 | NA | NA | 3 | 1 | NA | 4 | NA | NA | NA | 2 | 2 | NA | 1 | 4 | NA | NA | NA |
| 4 | 1_B_0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 4 | NA | 1 | NA | 2 | NA | NA | 6 | 4 | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | 2 | NA | NA | NA |
| 5 | 2_B_0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | 6 | 1 | NA | 3 | 2 | NA | NA | 2 | 1 | NA | NA | 3 | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA |
| 6 | 3_B_0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 7 | NA | NA | 5 | 5 | NA | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7 | 1_M_0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 6 | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | 5 | NA | NA | NA | 1 | 2 | NA | 1 | 4 | NA | NA | NA |
| 8 | 2_M_0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 2 | NA | 1 | 6 | 4 | NA | NA | 1 | 3 | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | 2 | NA | NA | NA |
| 9 | 3_M_0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | 6 | 1 | NA | 3 | 2 | NA | NA | 3 | 1 | NA | NA | NA | NA | 1 | 1 | 1 | NA | NA | NA |
| 10 | 1_C_0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 7 | NA | NA | 4 | 1 | NA | NA | 2 | 6 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 11 | 2_C_0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 4 | NA | NA | 2 | 11 | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 3_C_0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 5 | NA | 4 | 5 | 4 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | 1 | NA | NA |
| 13 | 1_P_11 | NA | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | 9 | 3 | NA | NA | 1 | 1 | NA | NA | NA | 2 | 1 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2_P_11 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | 7 | 9 | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 3_P_11 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 3 | NA | NA | 5 | 3 | NA | NA | 2 | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | 4 | 2 | NA | NA | NA |
| 16 | 1_B_11 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | 2 | 2 | 11 | NA | NA | 1 | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | 1 | NA | NA |
| 17 | 2_B_11 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 3 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | 7 | 5 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 3_B_11 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 7 | NA | NA | 3 | 6 | NA | NA | NA | 3 | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 1_M_11 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 7 | NA | NA | 3 | 2 | NA | NA | 1 | 3 | NA | 1 | NA | NA | 3 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2_M_11 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 4 | NA | NA | 2 | 11 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | 2 | NA | NA | NA | NA |
| 21 | 3_M_11 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | 4 | NA | NA | 4 | 2 | NA | NA | 2 | 1 | NA | NA | NA | 3 | NA | 2 | 1 | NA | NA | NA |
| 22 | 1_C_11 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 6 | 6 | NA | NA | 1 | 1 | NA | NA | NA | 1 | 3 | 2 | NA | NA | NA | NA |
| 23 | 2_C_11 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 5 | NA | NA | 7 | 2 | NA | NA | 3 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA |
| 24 | 3_C_11 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 5 | NA | NA | 4 | 4 | NA | NA | NA | 7 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 25 | 1_P_18 | 2 | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | 4 | NA | NA | 5 | 4 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | 1 |
| 26 | 2_P_18 | 1 | NA | 1 | 3 | NA | NA | NA | 5 | 6 | NA | NA | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | NA | NA | 4 | NA | NA | 2 | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 27 | 3_P_18 | 3 | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 2 | 1 | NA | 3 | 7 | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 28 | 1_B_18 | NA | NA | NA | 1 | 1 | NA | NA | 4 | NA | NA | NA | 3 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 6 | NA | NA | 2 | 2 | NA | NA | 4 | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 29 | 2_B_18 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 8 | NA | NA | 4 | NA | NA | NA | 1 | 1 | NA | NA | 3 | NA | NA | 2 | NA | NA | NA | NA |
| 30 | 3_B_18 | 1 | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | 3 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | 5 | NA | NA | 4 | 4 | NA | NA | 3 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 2 | NA | 1 | NA | NA |
| 31 | 1_M_18 | 1 | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 9 | NA | NA | 5 | 1 | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2_M_18 | 1 | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | 3 | 7 | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 3_M_18 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 3 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | 5 | NA | NA | 2 | 4 | NA | NA | 4 | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | 2 | NA | NA |
| 34 | 1_C_18 | 1 | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | 7 | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 4 | NA | NA | 4 | NA | NA | NA | 1 | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2_C_18 | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | 6 | NA | NA | 3 | 2 | NA | NA | 2 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 2 | 1 | 1 | NA | NA |
| 36 | 3_C_18 | NA | NA | NA | 1 | 4 | NA | NA | 2 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | 4 | 2 | NA | NA | 2 | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 1_P_25 | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 6 | NA | NA | 6 | 4 | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2_P_25 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | 3 | NA | 2 | 3 | 1 | 2 | NA | 2 | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | 3 | NA | 1 | NA | NA |
| 39 | 3_P_25 | 1 | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 8 | NA | NA | 7 | 2 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 1_B_25 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 3 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 8 | NA | NA | 6 | 3 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 41 | 2_B_25 | 2 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | NA | NA | 9 | NA | NA | 3 | 2 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 3_B_25 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | 5 | NA | NA | 3 | 5 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 3 | NA | NA | 1 | NA | 2 | NA | NA |
| 43 | 1_M_25 | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 3 | NA | NA | NA | NA | 3 | NA | NA | 3 | 3 | NA | NA | 3 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 2 | NA | 1 | NA | NA |
| 44 | 2_M_25 | 3 | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | 2 | 2 | NA | NA | NA | NA | 1 | 1 | NA | NA | NA | NA | 4 | NA | NA | 1 | 3 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 3_M_25 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | 6 | NA | NA | 4 | 4 | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | 1 | NA | NA |
| 46 | 1_C_25 | NA | NA | NA | 3 | 2 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | 5 | 6 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | 1 |
| 47 | 2_C_25 | NA | 1 | NA | 2 | 2 | NA | NA | 1 | 1 | NA | NA | NA | NA | 1 | 1 | NA | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | 1 | 6 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 3_C_25 | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | NA | NA | 2 | NA | NA | 6 | 5 | NA | NA | 1 | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 |
Legend:
* X axis: Gender name; its statue: a stands for alive, d stands for dead
* Y axis: Number of line; Number of replicate; Treatment: P stands for pig, B stands for blood, M stands for manure, C stands for control; Post mortem interval (PMI) with the sampling

## Environmental data

| | respi | ph | treatment | PMI | replicate |
| 1 | 2.65 | 7.50 | pig | 0 | 1 |
| 2 | 2.89 | 7.08 | pig | 0 | 2 |
| 3 | 2.79 | 7.62 | pig | 0 | 3 |
| 4 | 4.48 | 7.45 | blood | 0 | 1 |
| 5 | 3.37 | 7.35 | blood | 0 | 2 |
| 6 | 4.17 | 7.38 | blood | 0 | 3 |
| 7 | 3.64 | 7.14 | manure | 0 | 1 |
| 8 | 3.93 | 7.51 | manure | 0 | 2 |
| 9 | 4.60 | 7.45 | manure | 0 | 3 |
| 10 | 3.00 | 7.79 | control | 0 | 1 |
| 11 | 3.96 | 7.72 | control | 0 | 2 |
| 12 | 4.53 | 7.42 | control | 0 | 3 |
| 13 | 21.06 | 7.58 | pig | 11 | 1 |
| 14 | 57.81 | 8.38 | pig | 11 | 2 |
| 15 | 40.93 | 8.78 | pig | 11 | 3 |
| 16 | 21.56 | 9.06 | blood | 11 | 1 |
| 17 | 30.94 | 8.94 | blood | 11 | 2 |
| 18 | 24.38 | 8.92 | blood | 11 | 3 |
| 19 | 5.12 | 7.50 | manure | 11 | 1 |
| 20 | 6.18 | 7.50 | manure | 11 | 2 |
| 21 | 5.23 | 7.58 | manure | 11 | 3 |
| 22 | 0.00 | 7.49 | control | 11 | 1 |
| 23 | 2.02 | 7.50 | control | 11 | 2 |
| 24 | 2.92 | 7.46 | control | 11 | 3 |
| 25 | 24.16 | 7.89 | pig | 18 | 1 |
| 26 | 10.96 | 6.99 | pig | 18 | 2 |
| 27 | 15.60 | 6.85 | pig | 18 | 3 |
| 28 | 21.24 | 8.68 | blood | 18 | 1 |
| 29 | 17.99 | 9.09 | blood | 18 | 2 |
| 30 | 13.74 | 8.88 | blood | 18 | 3 |
| 31 | 3.02 | 7.71 | manure | 18 | 1 |
| 32 | 2.02 | 7.90 | manure | 18 | 2 |
| 33 | 2.97 | 7.69 | manure | 18 | 3 |
| 34 | 2.19 | 7.20 | control | 18 | 1 |
| 35 | 2.07 | 7.26 | control | 18 | 2 |
| 36 | 2.47 | 7.39 | control | 18 | 3 |
| 37 | NA | 6.46 | pig | 25 | 1 |
| 38 | NA | 5.80 | pig | 25 | 2 |
| 39 | NA | 5.68 | pig | 25 | 3 |
| 40 | NA | 7.74 | blood | 25 | 1 |
| 41 | NA | 7.26 | blood | 25 | 2 |
| 42 | NA | 7.62 | blood | 25 | 3 |
| 43 | NA | 6.48 | manure | 25 | 1 |
| 44 | NA | 6.64 | manure | 25 | 2 |
| 45 | NA | 6.01 | manure | 25 | 3 |
| 46 | NA | 5.70 | control | 25 | 1 |
| 47 | NA | 6.24 | control | 25 | 2 |
| 48 | NA | 6.00 | control | 25 | 3 |

## Statistical analysis
### ANOVA: Released CO$_2$ flow in function of time, treatment and interaction between both

* Response: respi
* Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
* PMI 2 1272.4 636.21 17.9783 1.692e-05 ***
* treatment 3 1976.2 658.75 18.6152 1.863e-06 ***
* PMI:treatment 6 1575.1 262.52 7.4183 0.0001425 ***
* Residuals 24 849.3 35.39
* Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
* Tukey multiple comparisons of means
* 95% family-wise confidence level
* Fit: aov(formula = respi ~ PMI + treatment + PMI * treatment, data = env)

### ANOVA: pH in function of time, treatment and interaction between both

* Response: ph
* Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
* PMI 3 17.3921 5.7974 68.9444 4.657e-14 ***
* treatment 3 9.2794 3.0931 36.7848 1.743e-10 ***
* PMI:treatment 9 5.4843 0.6094 7.2468 1.155e-05 ***
* Residuals 32 2.6908 0.0841
* Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
* Tukey multiple comparisons of means
* 95% family-wise confidence level
* Fit: aov(formula = ph ~ PMI + treatment + PMI * treatment, data = env)

### ANOVA: Living/dead ratio in function of time, treatment and interaction between both

* Response: living/dead
* Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
* PMI 3 2.5664 0.85548 6.1263 0.002055 **
* treatment 3 0.2414 0.08047 0.5763 0.634787
* PMI:treatment 9 1.4706 0.16340 1.1702 0.346392
* Residuals 32 4.4685 0.13964
* Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
* Tukey multiple comparisons of means
* 95% family-wise confidence level
* Fit: aov(formula = ld ~ PMI + treatment + PMI * treatment, data = env)

### ANOVA: Shannon index in function of time, treatment and interaction between both

* Response: H (Shannon index)
* Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
* PMI 3 0.22539 0.075129 1.2125 0.3210
* treatment 3 0.21006 0.070019 1.1300 0.3516
* PMI:treatment 9 0.43570 0.048411 0.7813 0.6348
* Residuals 32 1.98279 0.061962
* Tukey multiple comparisons of means
* 95% family-wise confidence level
* Fit: aov(formula = H ~ PMI + treatment + PMI * treatment, data = env)

### Pearson's correlation: Correlation between pH and living/dead ratio

* Pearson's product-moment correlation
* t = -1.4297, df = 46, p-value = 0.1596
* alternative hypothesis: true correlation is not equal to 0
* 95 percent confidence interval:
* -0.46324980 0.08271776
* sample estimates:
* cor -0.2062648

### Pearson's correlation: Correlation between pH and Shannon index

* Pearson's product-moment correlation
* t = -0.4397, df = 46, p-value = 0.6622
* alternative hypothesis: true correlation is not equal to 0
* 95 percent confidence interval:
* -0.3425392 0.2235426
* sample estimates:
* cor -0.06470173