# طفرات صامتة

الطفرات الصامتة هي طفرات توجد في الحمض النووي ليس لها تأثير ملحوظ على النمط الظاهري للكائن الحي. وهن نوع خاص من الطفرات المحايدة. غالبا ما يتم استخدام عبارة الطفرة الصامتة كعبارة استبداليه لعبارة «طفرة مترادفة». ولكن الطفرات المترادفة لا تكون دائما طفرات صامتة، ولا العكس. من الممكن أن تؤثر الطفرات المترادفة على النسخ، الربط، نقل الحمض النووي المرسال، والترجمة، وأي جزء منها يمكن أن يغيَر النمط الظاهري مما يجعل الطفرة المترادفة غير صامتة.
يمكن أن تؤثر خصوصية الحمض النووي المرسال على الحمض النووي الناقل للكودون النادر بتوقيت الترجمة، وبدورها تقوم الترجمة المشتركة بكسر البروتين. وينعكس هذا في التحيز لاستخدام الكودون التي لوحظت في العديد من الانواع.
غالبا ما يتم تصنيف الطفرات التي تتسبب في تغيير الكودون لإنتاج حمض أميني بوظيفة مماثلة (مثلا: طفرة تنتج ليسين بدلا من الايزولوسين) على انها صامتة. فاذا تم حفظ خصائص الحمض الأميني فإن هذه الطفرة عادة لا تؤثر بشكل كبير على وظيفة البروتين.

## الشفرة الوراثية

تترجم الشفرة الوراثية للحمض النووي المرسال تسلسل mRNA النوكليوتيدات إلى تسلسل الاحماض الامينية. يتم ترميز المعلومات الوراثية باستخدام هذه العملية مع ثلاثة كودونات على طول الحمض النووي المرسال mRNA والتي تعرف باسم «كودونات». دائما تُنتَج هذه الثلاثة النوكليوتيدات من نفس الببتيدات مع بعض الاستثناءات مثل (UGA) التي عادة ما تعمل بمثابة كودون التوقف، ولكن أيضا من الممكن ترميز التربتوفان في ميتوكندريا الثدييات. يتم تحديد معظم الاحماض الامينية عن طريق شفرات متعددة تدل على أن الشفرة الوراثية تتحلل، وتؤدي الشفرات المختلفة إلى نفس الحمض الأميني. تسمى الكودونات التي ترمز لنفس الحمض الأميني باسم مرادفات. إن الطفرات الصامتة هي بدائل قاعدية لا تؤدي إلى تغيير في الأحماض الأمينية أو في وظائف هذه الأحماض عند ترجمة الحمض النووي المرسال mRNA الذي تم تغييره. فعلى سبيل المثال، إذا تم تغيير الكودون (AAA) لتصبح (AAG)، سيتم دمج نفس الأحماض الأمينية - ليسين - في سلسلة الببتيد. عادةً ما يحدث هذا لأنه يأتي في «ثلاثة توائم»، لذلك لن يؤثر أي تغيير في النوكليوتيدات على البروتين الذي ينتج. ترتبط الطفرات الصامتة غالبا بالأمراض أو ترتبط بالتأثيرات السلبية كذلك، ولكن هذه الطفرات من الممكن أن تكون مفيدة للغاية في أن تخلق تنوع جيني بين مختلف الأنواع في المجموعات السكانية. فتمر الطفرات التناسلية عبر الام إلى الذرية.
تنبأ العلماء بأن الناس لديهم ما يقارب من خمس إلى عشر طفرات مميتة في جيناتهم، ولكن هذا غير ضار لأن عادة هناك نسخة واحدة فقط من جينة سيئة معينة، لذلك غير محتمل حدوث أية أمراض. يمكن كذلك إنتاج الطفرات الصامتة عن طريق عمليات الحذف أو الإضافة، والتي تتسبب بتغيير إطار القراءة.
ولأن الطفرات الصامتة لا تغير وظيفة البروتين فإنها غالباً ما تعالج كما لو كانت محايدة من الناحية التطورية. ومن المعروف أن العديد من الكائنات الحية تحمل تحيزات لاستخدام الكودون، مما يوحي بأن هناك اختيار لاستخدام الكودونات المعينة بسبب الحاجة إلى الاستقرار. الحمض النووي الناقل (tRNA) هو أحد الأسباب التي تجعل الطفرات الصامتة غير صامتة كما يعتقد في السابق.
هناك جزيء مختلف في الحمض النووي الناقل لكل كودون. على سبيل المثال، هناك جزيء معين من الحمض النووي الناقل لكودون (UCU) وآخر خاص للكودون (UCC)، وكلاهما يعتبران رمزًا للحامض الأميني سيرين. في هذه الحالة، إذا كان الحمض النووي الناقل (UCC) أقل بمقدار ألف مره من الحمض النووي الناقل (URU)، ثم دُمِج سيرين في سلسلة البوليبيبتايد، ما سيحدث هو انها سوف تكون أكثر بطئا بمقدار ألف مره عندما تتسبب طفرة في تغيير كودون من (UCU) إلى (UCC). إذا تأخر نقل الحمض الأميني إلى الريبوسوم، فسيتم إجراء الترجمة بمعدل أبطأ بكثير. هذا يمكن أن يؤدي إلى انخفاض التعبير عن جين معين يحتوي على هذه الطفرة الصامتة إذا حدثت الطفرة داخل إكسون. بالإضافة إلى ذلك، إذا اضطر الريبوسوم إلى الانتظار طويلاً لتلقي الحمض الأميني، فقد ينهي الريبوسوم الترجمة قبل الأوان.

## التسلسل الهيكلي
### الهيكل الأولي

إن الطفرة الغير المترادفة التي تحدث على مستوى الجينوم أو النسخ هي تلك التي تؤدي إلى تغيير في تسلسل الحمض الأميني في منتج البروتين. يشير التركيب الأساسي للبروتين إلى تسلسل الحمض الأميني. إن استبدال حمض أميني آخر بآخر يمكن أن يضعف وظيفة البروتين والبنية الثلاثية، ولكن قد تكون آثاره ضئيلة أو محتملة اعتمادًا على مدى ارتباط خواص الأحماض الأمينية المشاركة في التبادل. يمكن أن يؤدي الإدخال السابق لأوانه لـ كودون التوقف (وهي طفرة لا قيمة لها) إلى تغيير البنية الأساسية للبروتين. في هذه الحالة، يتم إنتاج بروتين مبتور. تعتمد وظيفة البروتين وطيّها على الموضع الذي تم فيه إدخال كودون الإيقاف وفقدان كمية وتكوين التسلسل.
على العكس، فإن الطفرات الصامتة هي طفرات لا يتم فيها تغيير تسلسل الحمض الأميني. وتؤدي هذه الطفرات إلى تغيير واحد من الأحرف في الشفرة الثلاثية التي تمثل الكودون، ولكن على الرغم من تغيير القاعدة الواحدة، فإن الأحماض الأمينية المشفرة تبقى دون تغيير أو مشابهة في الخواص الكيميائية الحيوية. هذا هو المسموح به من قبل الانحطاط من الشفرة الوراثية.
تاريخيا، كان يعتقد أن الطفرات الصامتة ذات أهمية ضئيلة. ومع ذلك، تشير الأبحاث الحديثة إلى أن مثل هذه التعديلات في الشفرة الثلاثية تؤثر في كفاءة ترجمة البروتين وطي البروتين وظائفه.
علاوة على ذلك، يعد التغيير في البنية الأولية أمرًا مهمّا بشكل كبير لأن البنية الثلاثية الأساسية الكاملة للبروتين تعتمد على البنية الأولية. تم إجراء هذا الاكتشاف من خلال سلسلة من التجارب في الستينات من القرن العشرين اكتشفت أن ريبونوكولاز (انزيم لتفكيك الحمض النووي) مخفضة ومشوهه في شكلها الغير مكتمل ويمكن أن تكون في شكلها الثالث الأصلي. البنية الثلاثية للبروتين هي سلسلة بوليببتيد مطوية بالكامل مع جميع مجموعات الطاردة للماء المطوية.

### الهيكل الثانوي

تقوم الطفرات الصامتة بتغير الهيكل الثانوي من الحمض النووي الريبوي المرسال mRNA.
تتكون البنية الثانوية للبروتينات من التفاعلات بين ذرات العمود الفقري لسلسلة الببتيد، باستثناء المجموعات R. أحد الأنواع الشائعة من التراكيب الثانوية هو حلزون ألفا، وهو عبارة عن حلزون يميني ينتج من روابط هيدروجينية بين مخلوط الحمض الأميني nth وبقايا الأحماض الأمينية n+4th. النوع الآخر الشائع في التركيب الثانوي هو صفائح بيتا، وهي يظهر بالتواء يميني يمكن ان يكون متوازيا أو غير متوازيا اعتمادا على اتجاه الببتيدات المرتبطة، ويتكون من روابط هيدروجينية بين الكاربونيل والمجموعات الامينية من العمود الفقري لسلالتين من البوليببتيد.
يحتوي الحمض النووي الريبوي المرسال mRNA. على بنية ثانوية ليست بالضرورة خطية مثل بنية الحمض النووي، وبالتالي فإن الشكل الذي يصاحب الترابط التكميلي في البنية يمكن أن يكون له تأثيرات كبيرة. على سبيل المثال، إذا كان جزيء الحمض النووي الريبوي المرسال mRNA غير مستقر نسبياً، فإنه يمكن أن يتحلل سريعاً بواسطة الإنزيمات في السيتوبلازم. إذا كان جزيء الحمض النووي الريبي ثابتًا إلى حد كبير، وكانت الروابط التكميلية قوية ومقاومة للتفريغ قبل الترجمة، فقد يكون الجين تحت التعبير. يؤثر استخدام الكودون على استقرار الحمض النووي الريبوي المرسال mRNA.
علاوة على ذلك، بما أن جميع الكائنات تحتوي على شفرة جينية مختلفة اختلافًا طفيفًا، فإن هياكل الحمض الريبي النووي المرسال mRNA تختلف بشكل طفيف أيضًا، ومع ذلك، أجريت دراسات متعددة تبين أن جميع تراكيب الحمض النووي الريبوي المرسال mRNA المطوية بشكل صحيح تعتمد على التسلسل الأساسي لسلسلة الببتيد. وأن البنية يتم الاحتفاظ بها من قبل النوكليوتيد النسبية في منشأ الخلية. كما تم اكتشاف أن بنية الثانوية للحمض النووي الريبوي المرسال mRNA مهمة لعمليات الخلية مثل الاستقرار والترجمة. الفكرة العامة هي أن المجالات الوظيفية للحمض النووي الريبوي المرسال mRNA تطوى على بعضها البعض. في حين أن بدء وانتهاء الكودون في بعض المناطق تكون أكثر استرخاء، والتي يمكن أن تساعد في الإشارة إلى البدء والإنهاء في الترجمة.
إذا توقف الريبوسوم الوشيك بسبب عقدة في الحمض النووي الريبي RNA، فمن المحتمل أن يكون لبوليببتيد وقتًا كافيًا للدخول في بنية غير أصلية قبل أن يضيف جزيء الحمض النووي الريبي الناقل [tRNA] حمضًا أمينيًا آخر. وقد تؤثر الطفرات الصامتة أيضًا على التضفير أو التحكم في النسخ.

### الهيكل الثلاثي

تؤثر الطفرات الصامتة على طي البروتين ووظيفته. عادة يمكن إعادة تكديس البروتين بمساعدة من الوصيفات الجزيئية. وعادة ينتج الحمض النووي الريبوي RNA بروتينين مشدودين شائعين عن طريق الالتصاق ببعضهما البعض ويصبحان عالقين في مواصفات مختلفة، ولديه صعوبة في التفرُّد على بنية ثالثة بسبب الهياكل المنافسة الأخرى. بروتينات الحمض النووي الريبوي RNA يمكن ان تساعد في حل مشاكل طيّ الحمض النووي الريبوي RNA ومع ذلك، عندما تحدث طفرة صامتة في سلسلة الحمض النووي الريبوي المرسال mRNA، لا ترتبط هذه المرافقات بشكل مناسب بالجزيء ولا تستطيع إعادة توجيه الحمض النووي الريبوي المرسال mRNA إلى الطية الصحيحة.
تشير الأبحاث الحديثة إلى أن الطفرات الصامتة يمكن أن يكون لها تأثير على بنية البروتين وعلى النشاط اللاحق. ويمكن تغيير معدل وتوقيت طي البروتين، مما قد يؤدي إلى الضعف الوظيفي.

## البحوث والتطبيقات السريرية

يتم استخدام الطفرات الصامتة كاستراتيجية تجريبية ومن الممكن أن يكون لها آثار سريرية.
قام ستيفن مولر من جامعة ستروني بروك بتصميم لقاحا حيا لشلل الأطفال تم فيه تصميم الفيروس ليحل محل الكودونات المترادفة التي توجد في الجينوم بشكل طبيعي. ونتيجة لذلك، لا زال الفيروس قادرا على العدوى والتكاثر ولكن بشكل أبطأ عن السابق. الفئران التي تم تطعيمها بهذا اللقاح قامت بالمقاومة ضد سلالة شلل الأطفال الطبيعية.
في العديد من تجارب الاستنساخ الجزيئي، قد يكون من المفيد إدخال طفرات صامتة في جين ذو أهمية لإنشاء أو إزالة مواقع التعرَف على إنزيمات التقييد.
قد يكون سبب الاضطرابات العقلية من الطفرات الصامتة. إحدى الطفرات الصامتة تسببت في أن يكون الجين D2 مستقبل الدوبامين أقل استقرارا ويتحلل بشكل أسرع مما يؤدي إلى تخفيف حدّة الجين.
يمكن لطفرة صامتة في الجين 1(MDR1) مقاومة الأدوية، وهي ترمز لمضخة الغشاء الخلوي وتطرد المخدرات من الخلية، وتبطئ عملية الترجمة في موقع معين حتى تسمح لسلسلة الببتيد بالانحناء بشكل غير عادي. فبتالي، تعتبر المضخة المتحولة أقل وظيفة.

## مراجع

* 1 2 3 [Kimchi-Sarfaty C, Oh JM, Kim IW, Sauna ZE, Calcagno AM, Ambudkar SV, Gottesman MM (January 2007). "A "silent" polymorphism in the MDR1 gene changes substrate specificity". Science. 315 (5811): 525–8. doi:10.1126/science.1135308. PMID 17185560 "A "Silent" Polymorphism in the MDR 1 Gene Changes Substrate Specificity"] (بالإنجليزية). Retrieved 2024-10-30. {{استشهاد ويب}}: تحقق من قيمة |مسار= (help)
* ↑ [Chamary JV, Parmley JL, Hurst LD (February 2006). "Hearing silence: non-neutral evolution at synonymous sites in mammals". Nature Reviews. Genetics. 7 (2): 98–108. doi:10.1038/nrg1770. PMID 16418745. "Hearing silence: non-neutral evolution at synonymous sites in mammals"] (بالإنجليزية). Retrieved 2024-10-30. {{استشهاد ويب}}: تحقق من قيمة |مسار= (help)
* 1 2 [Goymer P (February 2007). "Synonymous mutations break their silence". Nature Reviews Genetics. 8 (2): 92. doi:10.1038/nrg2056. Zhou T, Ko EA, Gu W, Lim I, "Synonymous mutations break their silence"] (بالإنجليزية). Retrieved 2024-10-30. {{استشهاد ويب}}: تحقق من قيمة |مسار= (help)
* ↑ [Zhou T, Ko EA, Gu W, Lim I, Bang H, Ko JH (31 October 2012). "Non-silent story on synonymous sites in voltage-gated ion channel genes". PLOS One. 7 (10): e48541. doi:10.1371/journal.pone.0048541. PMC 3485311. PMID 23119053. "Non-Silent Story on Synonymous Sites in Voltage-Gated Ion Channel Genes"] (بالإنجليزية). Retrieved 2024-10-30. {{استشهاد ويب}}: تحقق من قيمة |مسار= (help)
* ↑ [Graur D (2003). "Single Base Mutation" (PDF). In Cooper DN. Nature Encyclopedia of the Human Genome. MacMillan. ISBN 978-0-333-80386-8. "Nature encyclopedia of the human genome" en]. اطلع عليه بتاريخ 2020-01-25. {{استشهاد ويب}}: الوسيط غير صالح |script-title=: بادئة مفقودة (مساعدة) وتحقق من قيمة |مسار= (مساعدة)
* 1 2 [Goymer P (February 2007). "Synonymous mutations break their silence". Nature Reviews Genetics. 8 (2): 92. doi:10.1038/nrg2056. "Synonymous mutations break their silence" en] (بالإنجليزية). Retrieved 2020-01-25. {{استشهاد ويب}}: الوسيط غير صالح |script-title=: بادئة مفقودة (help) and تحقق من قيمة |مسار= (help)
* 1 2 3 [Brooker R (2017-02-01). Genetics: Analysis and Principles. McGraw-Hill Higher Education. ISBN 978-1-259-61602-0. "Genetics : analysis & principles" en]. اطلع عليه بتاريخ 2020-01-25. {{استشهاد ويب}}: الوسيط غير صالح |script-title=: بادئة مفقودة (مساعدة) وتحقق من قيمة |مسار= (مساعدة)
* ↑ ["Mutations and Disease | Understanding Genetics". genetics.thetech.org. Retrieved 2018-11-10. "Understanding human disease mutations through the use of interspecific genetic variation"]. اطلع عليه بتاريخ 2022-07-10. {{استشهاد ويب}}: تحقق من قيمة |مسار= (مساعدة)
* ↑ [Watson JD (2008). Molecular Biology of the Gene (6th ed.). San Francisco: Pearson/Benjamin Cummings. ISBN 978-0-8053-9592-1. "Molecular biology of the gene" en]. اطلع عليه بتاريخ 2020-01-25. {{استشهاد ويب}}: الوسيط غير صالح |script-title=: بادئة مفقودة (مساعدة) وتحقق من قيمة |مسار= (مساعدة)
* 1 2 [Angov E (June 2011). "Codon usage: nature's roadmap to expression and folding of proteins". Biotechnology Journal. 6 (6): 650–9. doi:10.1002/biot.201000332. PMC 3166658. PMID 21567958. "Codon usage: Nature's roadmap to expression and folding of proteins"] (بالإنجليزية). Retrieved 2024-10-30. {{استشهاد ويب}}: تحقق من قيمة |مسار= (help)
* ↑ [Teng S, Madej T, Panchenko A, Alexov E (March 2009). "Modeling effects of human single nucleotide polymorphisms on protein-protein interactions". Biophysical Journal. 96 (6): 2178–88. doi:10.1016/j.bpj.2008.12.3904. PMC 2717281. PMID 19289044. "Modeling Effects of Human Single Nucleotide Polymorphisms on Protein-Protein Interactions"] (بالإنجليزية). Retrieved 2024-10-30. {{استشهاد ويب}}: تحقق من قيمة |مسار= (help)
* 1 2 [Strachan T, Read AP (1999). Human Molecular Genetics (2nd ed.). Wiley-Liss. ISBN 978-1-85996-202-2. PMID 21089233. NBK7580. Czech A, Fedyunin I "Human molecular genetics" en]. اطلع عليه بتاريخ 2020-01-25. {{استشهاد ويب}}: الوسيط غير صالح |script-title=: بادئة مفقودة (مساعدة) وتحقق من قيمة |مسار= (مساعدة)
* ↑ [Czech A, Fedyunin I, Zhang G, Ignatova Z (October 2010). "Silent mutations in sight: co-variations in tRNA abundance as a key to unravel consequences of silent mutations". Molecular BioSystems. 6 (10): 1767–72. doi:10.1039/c004796c. PMID 20617253. "Silent mutations in sight: co-variations in tRNA abundance as a key to unravel consequences of silent mutations"] (بالإنجليزية). Retrieved 2024-10-30. {{استشهاد ويب}}: تحقق من قيمة |مسار= (help)
* ↑ [Komar AA (August 2007). "Silent SNPs: impact on gene function and phenotype". Pharmacogenomics. 8 (8): 1075–80. doi:10.2217/14622416.8.8.1075. PMID 17716239. "Silent SNPs: Impact on Gene Function and Phenotype"] (بالإنجليزية). Retrieved 2024-10-30. {{استشهاد ويب}}: تحقق من قيمة |مسار= (help)
* ↑ ["MIT Biochemistry Lecture Notes-Protein Folding and Human Disease" (PDF). "Folding and Misfolding of Amyloid-β40 and 42 in Alzheimer's Disease"]. اطلع عليه بتاريخ 2022-07-10. {{استشهاد ويب}}: تحقق من قيمة |مسار= (مساعدة)
* ↑ ["Orders of protein structure". Khan Academy. Retrieved 2018-11-08. "2010/06/08: Protein Prediction: lecture 11: Protein Structure Prediction CM: Burkhard Rost"]. اطلع عليه بتاريخ 2022-07-10. {{استشهاد ويب}}: تحقق من قيمة |مسار= (مساعدة)
* ↑ [Shabalina SA, Ogurtsov AY, Spiridonov NA (2006). "A periodic pattern of mRNA secondary structure created by the genetic code". Nucleic Acids Research. 34 (8): 2428–37. doi:10.1093/nar/gkl287. PMC 1458515. PMID 16682450. "A periodic pattern of mRNA secondary structure created by the genetic code"] (بالإنجليزية). Retrieved 2024-10-30. {{استشهاد ويب}}: تحقق من قيمة |مسار= (help)
* ↑ [Herschlag D (September 1995). "RNA chaperones and the RNA folding problem". The Journal of Biological Chemistry. 270 (36): 20871–4. CiteSeerX 10.1.1.328.5762. doi:10.1074/jbc.270.36.20871. PMID 7545662. "RNA Chaperones and the RNA Folding Problem"] (بالإنجليزية). Retrieved 2024-10-30. {{استشهاد ويب}}: تحقق من قيمة |مسار= (help)
* ↑ [Komar AA (January 2007). "Genetics. SNPs, silent but not invisible". Science. 315 (5811): 466–7. doi:10.1126/science.1138239. PMID 17185559. "SNPs, Silent But Not Invisible"] (بالإنجليزية). Retrieved 2024-10-30. {{استشهاد ويب}}: تحقق من قيمة |مسار= (help)
* ↑ [Beckman (22 December 2006). "The Sound of a Silent Mutation". News. Science/AAAS. "Silent Sound"]. اطلع عليه بتاريخ 2022-07-10. {{استشهاد ويب}}: تحقق من قيمة |مسار= (مساعدة)
* ↑ [Zhang Z, Miteva MA, Wang L, Alexov E (2012). "Analyzing effects of naturally occurring missense mutations". Computational and Mathematical Methods in Medicine. 2012: 1–15. doi:10.1155/2012/805827. PMC 3346971. PMID 22577471. "Analyzing Effects of Naturally Occurring Missense Mutations"] (بالإنجليزية). Retrieved 2024-10-30. {{استشهاد ويب}}: تحقق من قيمة |مسار= (help)
* بوابة علم الأحياء الخلوي والجزيئي
* بوابة علم الأحياء التطوري