Skill: biociao/biociao-literature-daily-report (version 1.1.0)

--- name: literature-daily-report description: | 每日科研文献日报生成与管理。当用户请求生成科研日报、更新文献收集脚本或分析研究趋势时激活。支持：(1) 自动抓取 PubMed/bioRxiv/arXiv 最新文献，(2) 语义筛选 AI/生信/病原/真菌等领域，(3) LLM 智能总结与编辑排版，(4) 中文格式报告输出，(5) Zotero 自动录入，(6) 知识图谱同步。 --- # 每日科研文献日报 ## 🎯 核心功能 自动化生成 **生命科学×AI 交叉领域** 的每日科研文献日报，包含： 1. **📊 文献采集** - 实时抓取 PubMed, bioRxiv, arXiv 当天最新发表 2. **🔍 智能筛选** - 语义检索 AI/生信/病原/真菌等关注领域 3. **🤖 LLM 总结** - 自动生成 100-250 字核心摘要（中英文混排） 4. **📰 编辑排版** - 前言 + 重点推荐 + 完整列表 + 趋势总结 --- ## 🚀 快速开始 ### 生成今日日报 ```bash # 方式 1：直接使用脚本 ~/.openclaw/skills/literature-daily-report/scripts/literature_collector.py # 方式 2：通过项目目录运行 cd ~/.openclaw/workspace/projects/literature-collector && ./run.sh ``` ### 自定义配置 编辑配置文件 `config.yaml`： ```yaml output_dir: ~/.openclaw/workspace/literature search_queries: # 搜索关键词组合 - "metagenomics AND machine learning" - "fungal pathogen AND bioinformatics" - "single-cell AND deep learning" high_impact_journals: - Nature - Cell - Science - Bioinformatics ``` --- ## 🔧 工作流程 ### Step 1: 文献采集 (`fetch_articles_with_abstracts`) 从三大数据库获取最新文献及摘要： | 来源 | API | 查询范围 | 特点 | |------|-----|----------|------| | **PubMed** | EUtils | 最近 1 天 | 已发表论文，有 PMID | | **bioRxiv** | REST API | 最近 1 天 | 预印本，DOI 格式 | | **arXiv** | Export API | 最近 1 天 | CS/Q-Bio 类别 | **执行逻辑：** ```python for query in SEARCH_QUERIES: articles = fetch_pubmed(query) # PubMed biorxiv = fetch_biorxiv() # bioRxiv arxiv = fetch_arxiv() # arXiv all_articles.extend(...) ``` ### Step 2: 语义筛选 (`categorize_article`) 根据关键词匹配筛选目标领域： ```python CATEGORY_KEYWORDS = { "单细胞组学": ["single-cell", "scRNA-seq", "spatial transcriptomics"], "宏基因组学": ["metagenomics", "microbiome", "16S"], "病原真菌": ["fungal", "pathogen", "Candida", "Aspergillus"], "生信方法": ["bioinformatics", "algorithm", "pipeline", "tool"], "AI/ML": ["machine learning", "deep learning", "transformer"], "基因组学": ["genomics", "genome", "pan-genome"], } ``` **优先级评分：** - 高影响力期刊（Nature/Cell/Science）+10 分 - 方法开发类文章 +5 分 - 热门话题（单细胞/AI）+3 分 ### Step 3: LLM 总结 (`generate_summary`) 基于摘要生成结构化中文总结： ```markdown 【研究目的】 【样本与方法】 【研究结果】 【创新性】 ``` **优化要点：** - 识别英文摘要 → 添加 `【】` 标签包裹各部分 - 长度控制在 5000 字以内 - 提取关键句子而非简单截断 ### Step 4: 编辑排版 (`generate_mark_report_v2`) 生成完整的 Markdown 日报结构： ```markdown # 📚 每日文献速递 - YYYY-MM-DD ## 📰 编辑前言 - 日期统计 - 来源分布 - 热点领域概览 ## ⭐ 重点推荐 (8 篇) - 带标签分类 - 结构化摘要 - DOI 链接 ## 📖 完整文献列表 - 按来源分组 - 详细元数据 ## 📝 编辑总结 - 今日趋势分析 - 编者点评 - 关注建议 ``` --- ## 📂 文件组织 ``` literature-daily-report/ ├── SKILL.md # 本说明文档 ├── scripts/ │ └── literature_collector.py # 主收集脚本 └── references/ ├── categories.md # 领域分类标准 ├── workflows.md # 工作流指南 └── api_docs.md # API 参考文档 # 输出目录 ~/.openclaw/workspace/literature/ ├── literature-YYYY-MM-DD.md # 当日报告 └── latest.md # 最新报告索引 # ClawLib 同步目录 ~/.openclaw/workspace/ClawLib/科研日报/ ├── literature-YYYY-MM-DD.md # 当日报告（自动同步） └── latest.md # 最新报告（自动同步） ``` --- ## 🔄 自动同步（v3.3 全套链路） 生成日报后会自动同步到多个目标，一气呵成： 1. **📝 本地报告** → `~/.openclaw/workspace/literature/literature-{date}.md` 2. **📚 ClawLib** → `~/.openclaw/workspace/ClawLib/科研日报/` 3. **🔍 Zotero** → BioCiaoLab Group Library（按分类收藏夹） 4. **🧠 知识图谱** → `research/literature-{date}` 实体 --- ## 📚 Zotero 集成 (v3.3) 文献收集完成后会自动录入 **BioCiaoLab Group Library**： **功能特点：** - PubMed 文献：通过 PMID 自动添加 - bioRxiv/arXiv 预印本：通过 DOI 自动添加 - 自动去重（已存在的文献会跳过） - 添加标签：`literature-daily` + 日期 + 分类（如 `单细胞组学`, `宏基因组学`） - **按文献归属类别**添加到对应的收藏夹（单细胞组学/宏基因组学/病原真菌/AI+ML/生信方法/基因组学等） **环境变量配置**（写入 `~/.zshrc`）： ```bash export ZOTERO_API_KEY="your-api-key" export ZOTERO_USER_ID="your-user-id" # Zotero 用户 ID export ZOTERO_GROUP_ID="your-group-id" # BioCiaoLab Group ID (默认 6489333) ``` > ⚠️ 脚本会自动从 `~/.zshrc` 加载环境变量，无需手动 export。 获取方式： 1. **API Key**: https://www.zotero.org/settings/keys/new 2. **User ID**: https://www.zotero.org/settings 3. **Group ID**: 访问 BioCiaoLab 小组页面，URL 中的数字部分即为 Group ID --- ## 🧠 知识图谱同步 (v3.3) 文献收集完成后会自动同步到 **OpenClaw 知识图谱**： **功能特点：** - 每篇文献作为一条 fact 写入 `research/literature-YYYY-MM-DD` 实体 - fact 包含：分类标签、标题、作者、期刊、来源、PMID/URL - 调用 `kg.py add` 逐条写入知识图谱 **写入位置：** - entity: `research/literature-<日期>` - category: 文献主分类（单细胞组学/宏基因组学/病原真菌/AI+ML/生信方法/基因组学等） - source: `literature-daily-report` --- ## 🌟 高级用法 ### 自定义搜索领域 在 `SEARCH_QUERIES` 中添加新主题： ```python SEARCH_QUERIES = [ '(epigenetics[Title/Abstract]) AND ((deep learning[Title/Abstract]))', '(CAR-T[Title/Abstract]) AND ((single-cell[Title/Abstract]))', ] ``` ### 调整输出格式 修改 `generate_mark_report_v2()` 中的标题层级和标签风格。 ### 定时任务 添加 crontab 自动发送日报： ```bash # 每天早上 9 点生成并发送到飞书 0 1 * * * cd ~/.openclaw/workspace/projects/literature-collector && ./run.sh ``` --- ## 🔄 迭代历史 - **v1.0**: 基础采集（标题 + 来源） - **v2.0**: 增加摘要获取 + 智能总结 - **v3.0**: 中文格式优化 + 编辑结构化排版 - **v3.1**: 自动同步到 ClawLib 科研日报目录 - **v3.2**: 新增 Zotero 自动录入功能（PMID/DOI 自动添加） - **v3.3**: 新增知识图谱同步；Zotero 环境变量自动从 ~/.zshrc 加载 --- ## 📞 技术支持 遇到问题？检查： 1. API 限流 → 增加 `time.sleep()` 延时 2. 无结果 → 扩展搜索关键词范围 3. 格式异常 → 查看 `literature/abstract_cache.json` 缓存状态


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