Skill: wuhen9nine/protein-key-fragment-analysis (version 1.0.5)

--- name: protein-key-fragment-analysis description: 蛋白质关键序列片段预测分析。对任意蛋白质家族的多物种FASTA序列执行完整分析流程，提取共识序列并识别关键功能片段、统计氨基酸组成、预测片段主要功能。适用于：（1）用户提到"提取蛋白关键序列/片段"、"分析蛋白保守区"、"预测蛋白功能片段"时，（2）对新物种/类群运行完整分析流程，（3）从已有FASTA序列提取共识序列并识别关键片段，（4）跨物种横向对比关键片段差异，（5）生成结构化分析报告。适用于任何蛋白质家族。 --- # 蛋白质关键序列片段预测分析 > 本流程适用于**任何蛋白质家族**，对多物种 FASTA 序列执行 MSA → 共识序列 → 关键片段识别 → 氨基酸组成统计 → 功能预测的完整分析链路。 ## 核心文件 - **主分析脚本**：`scripts/protein_key_fragment_analysis.py`（完整分析流程） - **批量运行入口**：`scripts/run_full_analysis.py`（多物种批量 + 大样本采样） - **方法细节**：`references/method.md` - **功能域参考**：`references/functional_domains.md`（分析新蛋白家族时，在此补充对应 Pfam 保守域） --- ## 快速运行 ```bash # 单物种分析 python3 protein_key_fragment_analysis.py <物种名> <fasta路径> # 多物种批量分析（推荐） # 1. 将各物种 .fasta 文件放入 input_clean/ 目录 # 2. 运行批量脚本 python3 run_full_analysis.py ``` --- ## 分析流程 ### Step 1：序列读取 - 解析标准 FASTA 格式，统计序列数量和长度分布 - **大样本处理**：序列数超过阈值时随机采样（seed=42，保证可复现） ### Step 2：多序列比对（MSA） - 工具：**ClustalOmega**（`apt install clustalo` 或 `conda install clustalo`） - 单序列物种跳过 MSA，直接使用原始序列 ### Step 3：共识序列提取 - 各位点最高频氨基酸占比 ≥ 阈值（默认 0.5）则写入，否则标 X - 去除 gap（`-`）后得到连续共识序列 **共识序列生成原理**： ``` MSA比对结果（多序列对齐） 位置: 1 2 3 4 5 ... Seq1: M K H L P ... Seq2: M K H L P ... Seq3: M K H L A ... ↓ 统计频率 位置1: M(100%) → 写入 M 位置5: P(67%), A(33%) → 写入 P（若阈值≤67%）或 X（若阈值>67%） ``` **关键参数**： - 共识序列提取阈值：50%（默认） - 关键片段识别阈值：90%（推荐，见下文调整阈值部分） ### Step 4：关键片段识别（三维度并行） 1. **已知功能块匹配**：在共识序列中搜索目标蛋白家族的 Pfam 保守域特征序列（需在 `functional_domains.md` 中预先配置） 2. **高保守连续区检测**：保守率 ≥ 90%、长度 ≥ 6aa 的连续区段 3. **保守 Cys 检测**：统计共识序列中 Cys 数量（潜在二硫键网络） > 分析新蛋白家族时，在 `KNOWN_MOTIFS` 和 `CONSERVED_BLOCKS` 中补充对应的 Pfam 特征序列（来源：Pfam / InterPro / UniProt）。 ### Step 4.5：片段氨基酸组成与理化性质分析 对每个关键片段统计各功能类别氨基酸的出现频率： | 类别 | 氨基酸 | |------|--------| | Hydrophobic（疏水性） | V, L, I, M | | Nucleophilic（亲核性） | S, T, C | | Aromatic（芳香性） | F, Y, W | | Amide（酰胺类） | N, Q | | Acidic（酸性） | D, E | | Cationic（阳离子性） | H, K, R | | **排除不统计** | X, A, G, P | > ⚠️ 此分类体系与 `aa-pair-analysis` 完全一致，A/G/P 排除不统计。 - **主导类别判定**：某类别占比 ≥ 35% 则为该类主导，否则判定为 Mixed（混合型） - 结果写入 `composition` 字段（含各类别计数、比例、主导类别、理化性质描述） ### Step 5：基于氨基酸组成的功能预测 根据各类别比例按优先级推断主要功能，结果写入 `function_prediction` 字段： | 优先级 | 判断条件 | 功能预测 | |--------|---------|---------| | 1 | Pfam 已知功能块命中 | 🔴 已知功能位点——高度保守催化/结合区域 | | 2 | Cys 在片段中占比 ≥ 12% | 🟡 二硫键网络/结构骨架 | | 3 | Nucleophilic ≥ 40% | 🟢 催化活性位点/磷酸化调控区（Ser/Thr/Cys核心） | | 4 | Hydrophobic ≥ 45% | ⬛ 疏水折叠核心/跨膜区 | | 5 | Aromatic ≥ 20% | 🟣 底物识别/π-π堆叠区 | | 6 | Cationic ≥ 35% | ⚡ 正电荷底物结合区 | | 7 | Acidic ≥ 35% | 🔵 金属离子螯合/催化酸基区 | | 8 | Nucleophilic ≥ 25% + Cationic ≥ 15% | 🔵 亲核-阳离子协作底物识别区 | | 9 | Hydrophobic ≥ 25% + Nucleophilic ≥ 25% | ⬛ 两亲性蛋白-蛋白相互作用界面 | | 10 | Acidic ≥ 20% + Cationic ≥ 20% | ⚡ 电荷互补区（盐桥网络/静电引导） | | 11 | Amide ≥ 20% | 🔵 酰胺富集区（氢键网络/糖基化位点） | | 12 | 以上均不满足 | 🔵 混合型功能区（Linker/多功能结合界面） | ### Step 6：生成报告 - 每物种：`_分析报告.md` + `_key_fragments.json`（含 `composition` 和 `function_prediction` 字段） - 全物种：`汇总分析报告_含功能预测.md` --- ## 输出文件结构 ### 推荐目录结构（按物种整合模式） ``` analysis_results/ ├── 分类名_按物种整合/ │ ├── 物种名/ │ │ ├── 氨基酸对分析/ │ │ │ ├── formulation.json # 配方数据 │ │ │ ├── formulation.txt # 人类可读配方 │ │ │ └── top5_details.json # Top5对型详情 │ │ ├── 关键片段预测/ │ │ │ ├── *_consensus.fasta # 共识序列 │ │ │ ├── *_key_fragments.json # 关键片段数据 │ │ │ └── *_分析报告.md # 片段分析报告 │ │ └── 物种综合分析报告.md # 完整综合分析报告 │ └── 物种B/ │ └── ... ├── _所有物种配方总览.md # 所有物种配方汇总 └── _所有物种配方总览.csv # CSV格式汇总 ``` **优势**： - 每个物种的数据独立完整，便于查阅 - 支持跨物种横向对比 - 便于后续分析调用 ### 旧版结构（已弃用） ``` results/ ├── Species_A/ │ ├── Species_A_aligned.fasta │ ├── Species_A_consensus.fasta │ ├── Species_A_key_fragments.json │ └── Species_A_分析报告.md └── ... ``` --- ## 自定义配置 ### 添加新蛋白家族的功能域 编辑 `scripts/protein_key_fragment_analysis.py`： ```python KNOWN_MOTIFS = { # 你的蛋白家族特征序列 "你的功能域名称": { "pattern": ["序列模式"], "context_note": "描述", "function": "功能说明", "criticality": "重要性级别" } } ``` ### 调整保守性阈值 **关键片段识别阈值**（推荐）： ```python # 严格模式（推荐用于核心功能位点识别） # 连续区域保守率 ≥ 90%，长度 ≥ 6aa # 结果更精细，片段更短但保守性更高 # 宽松模式（默认） # 连续区域保守率 ≥ 50%，长度 ≥ 6aa # 结果片段更长，但可能包含保守性较低的区域 ``` > **实践建议**： > - 研究核心功能位点 → 使用 **90%阈值** > - 初步筛选保守区域 → 使用 **50%阈值** > - 不同阈值会导致完全不同的生物学解释，需根据研究目的选择 **命令行调整**： ```python python3 protein_key_fragment_analysis.py <物种> <fasta> --threshold 0.9 ``` --- ## 依赖安装 ```bash # Ubuntu/Debian sudo apt install clustalo # 或 conda conda install -c bioconda clustalo ``` --- ## 数据独立性检查清单 **⚠️ 重要：多分类分析时必须验证数据独立性** 当对同一批数据的不同分类（如阳离子-pi、贻贝粘附蛋白）进行分析时： - [ ] 每个分类使用独立的FASTA源文件 - [ ] MSA缓存目录分开（`shared_alignments_分类名`） - [ ] 物种列表无重叠（除非确实为同物种） - [ ] 配方数据无重复 - [ ] 共识序列和关键片段分别提取 **常见问题**： 不同分类错误地共享了相同的氨基酸对分析CSV数据，导致结果不可靠。 **验证方法**： ```bash # 检查MSA缓存独立性 ls shared_alignments_分类A/ ls shared_alignments_分类B/ # 应无相同文件名（同物种名除外） # 检查配方独立性 # 对比不同分类的 species_formulations.csv # 同物种的配方应不同（若数据来源不同） ``` --- ## 与 aa-pair-analysis 的关系 | 维度 | aa-pair-analysis | protein-key-fragment-analysis（本工具） | |------|------------------|--------------------------------------| | **关注点** | 氨基酸类别组合统计规律 | 具体序列片段的结构/功能 | | **输出** | φ值、Top5对型排名 | 片段序列、位置、功能注释 | | **配合** | 可作为本工具的前置输入 | 需先进行 MSA 获取共识序列 | **联合分析推荐流程**： ```bash # 1. 先用 aa-pair-analysis 进行统计筛选 # 2. 再用本工具进行详细功能片段分析 python3 run_combined_analysis.py <任务名> <FASTA目录> # 3. 生成物种综合分析报告（包含完整共识序列） python3 integrate_species_results.py ``` --- ## 物种综合分析报告 ### 报告内容 每个物种生成 `物种综合分析报告.md`，包含： 1. **氨基酸对频率分析** - 总对数、配方 - 各类别φ值分布 - Top 5氨基酸对详情 2. **共识序列（Consensus Sequence）** - 完整FASTA格式序列 - 每行60个氨基酸 - 氨基酸组成统计 3. **关键功能片段预测** - 高保守片段列表（90%阈值） - 每个片段的序列、位置、保守率 - 保守半胱氨酸位置 ### 生成命令 ```bash # 批量生成所有物种的综合分析报告 python3 generate_species_reports.py \ --input-base analysis_results/ \ --output-dir 整合分析结果/ ```

path: references/fibrinogen_domains.md
content: # 纤维蛋白原 (Fibrinogen) 已知功能域参考

## 纤维蛋白原结构概述
纤维蛋白原由三条多肽链组成六聚体 (AαBβγ)₂：
- FGA (Aα链) - UniProt: P02671
- FGB (Bβ链) - UniProt: P02675  
- FGG (γ链) - UniProt: P02679

## 关键功能片段

### 1. 纤维肽 (Fibrinopeptides) - 凝血酶切位点
| 名称 | 位置 | 序列特征 | 功能 |
|------|------|----------|------|
| 纤维肽A (FpA) | Aα链 N端 (1-16) | AGPT...RG... | 凝血酶切割后释放，启动纤维蛋白聚合 |
| 纤维肽B (FpB) | Bβ链 N端 (1-14) | ...凝血酶识别位点 | 凝血酶切割，促进侧向聚合 |

### 2. RGD 序列 - 细胞黏附
| 名称 | 位置 | 序列 | 功能 |
|------|------|------|------|
| RGD motif | Aα链 (95-97) | RGDS | 整合素结合位点，介导血小板聚集和细胞黏附 |

### 3. γ链交联位点 - 因子XIIIa底物
| 名称 | 位置 | 序列特征 | 功能 |
|------|------|----------|------|
| γ交联位点 | γ链 C端附近 | Lys-Gln底物序列 | 因子XIIIa介导的共价交联，稳定纤维蛋白凝块 |

### 4. 纤维蛋白原C端结构域 (Fibrinogen C-terminal domain)
| 链 | 位置 | 特征 | 功能 |
|----|------|------|------|
| 所有三条链 | C端约220-250aa | 含保守Cys残基形成二硫键 | 聚合位点，D区/E区相互作用 |

### 5. 聚合相关位点
| 名称 | 位置 | 功能 |
|------|------|------|
| "a"位点 | γ链C端 | 与D区"A"位点结合 |
| "b"位点 | Bβ链C端 | 与D区"B"位点结合 |
| D-二聚体位点 | γ链 | 纤维蛋白降解产物标志 |

## 功能预测线索

| 特征序列 | 功能推断 |
|----------|----------|
| N端信号肽 (M...L/FC/V) | 分泌导向 |
| RGDS/RGDF | 整合素结合，细胞黏附 |
| 高保守Cys富集区 | 二硫键网络，结构稳定 |
| 凝血酶识别位点 (Lys/Arg附近) | 酶原激活位点 |
| YGGGWWYN...CQA | γ链特征序列，聚合功能 |
| GHLNGVYYQGGTYSK | γ链保守区，交联相关 |

## 重要保守序列模式

```
# γ链C端高度保守序列（交联和聚合相关）
GHLNGVYYQGGTYSKA...PNGYDNGIIWATWK...WYSMKK

# D区/E区聚合相关
WTV...IQNRQDG...DF...KWDPYK...FG...WLGNDKISQL
```


path: references/functional_domains.md
content: # 蛋白家族已知功能域参考

## 如何使用本文件

分析新蛋白家族时，在 `protein_key_fragment_analysis.py` 的以下两个配置中添加对应信息：

1. **KNOWN_MOTIFS** - 保守氨基酸模式（单残基或短序列）
2. **CONSERVED_BLOCKS** - 保守序列块（5-10aa）

---

## 配置示例

### 示例1：丝氨酸蛋白酶家族（Pfam S1）

```python
KNOWN_MOTIFS = {
    "催化三联体_His": {
        "pattern": ["H"],
        "context_note": "催化三联体组氨酸（His57，胰凝乳蛋白酶编号）",
        "function": "形成催化三联体，提取质子，激活亲核Ser",
        "criticality": "极关键"
    },
    "催化三联体_Asp": {
        "pattern": ["D"],
        "context_note": "催化三联体天冬氨酸（Asp102）",
        "function": "定向并稳定催化His的构象",
        "criticality": "极关键"
    },
    "催化三联体_Ser": {
        "pattern": ["S"],
        "context_note": "催化三联体丝氨酸（Ser195）",
        "function": "亲核攻击底物肽键，形成酰基-酶中间体",
        "criticality": "极关键"
    },
    "二硫键_Cys": {
        "pattern": ["C"],
        "context_note": "保守半胱氨酸对",
        "function": "形成二硫键，稳定蛋白三维结构",
        "criticality": "结构关键"
    }
}

CONSERVED_BLOCKS = {
    "His_block": "GDSGGP",       # 催化His附近的高保守块
    "Ser_block": "GDSG",         # Ser195周围
    "activation_Ile": "IVGG",    # 酶原激活位点
    "substrate_Asp": "GICAG",    # S1口袋相关
}
```

### 示例2：激酶家族

```python
KNOWN_MOTIFS = {
    "ATP结合位点_Lys": {
        "pattern": ["K"],
        "context_note": "保守赖氨酸，结合ATP的α/β磷酸",
        "function": "稳定ATP结合，参与磷酸转移",
        "criticality": "极关键"
    },
    "催化核心_Asp": {
        "pattern": ["D"],
        "context_note": "保守天冬氨酸，协调Mg²⁺离子",
        "function": "催化核心，参与磷酸基团转移",
        "criticality": "极关键"
    }
}

CONSERVED_BLOCKS = {
    "GxGxxG_motif": "GXGXXG",    # ATP结合口袋
    "HRD_motif": "HRDL",         # 催化环
    "DFG_motif": "DFG",          # 激活环起始
}
```

### 示例3：锌指蛋白家族

```python
KNOWN_MOTIFS = {
    "锌配位_Cys": {
        "pattern": ["C"],
        "context_note": "锌离子配位半胱氨酸",
        "function": "与His共同配位Zn²⁺，稳定DNA结合域",
        "criticality": "极关键"
    },
    "锌配位_His": {
        "pattern": ["H"],
        "context_note": "锌离子配位组氨酸",
        "function": "与Cys共同配位Zn²⁺",
        "criticality": "极关键"
    }
}

CONSERVED_BLOCKS = {
    "C2H2_zf": "CX4CX12HX4H",    # 经典C2H2锌指
    "C4_zf": "CX2CX13CX2CX14",   # 核受体C4锌指
}
```

---

## 数据来源

- **Pfam**: http://pfam.xfam.org/
- **InterPro**: https://www.ebi.ac.uk/interpro/
- **UniProt**: https://www.uniprot.org/
- **PROSITE**: https://prosite.expasy.org/

---

## 功能重要性分级

| 级别 | 标记 | 说明 |
|------|------|------|
| 极关键 | 🔴 | 直接参与催化/核心功能的残基 |
| 关键 | 🟠 | 影响底物特异性或调控的残基 |
| 结构关键 | 🟡 | 维持结构稳定性（二硫键、疏水核心等） |
| 高保守待确认 | 🔵 | 高度保守但功能待实验验证的残基 |


path: references/method.md
content: # 分析方法细节

## 1. 共识序列提取算法

```python
for 每个比对位置 i:
    统计该列所有非 gap 氨基酸频次
    保守率 = 最高频氨基酸出现次数 / 非 gap 总数
    if 保守率 >= THRESHOLD:
        consensus[i] = 最高频氨基酸
    else:
        consensus[i] = 'X'   # 变异度高，无主导氨基酸

最终去除所有 gap（-）得到连续共识序列
```

## 2. 高保守连续区检测算法

```python
扫描共识序列（含逐位保守率）：
    找连续区段，满足：
      - 每个位置保守率 >= HIGH_CONSERVATION (默认 0.90)
      - 氨基酸 != 'X'
      - 连续长度 >= MIN_LEN (默认 6aa)
    记录：起止位置、序列、平均保守率、长度
去重：与已知保守块重叠的区段不重复计入
```

## 3. 大样本采样策略

- 触发条件：序列数 > MAX_SEQ
- 方式：`random.sample()`，固定 `seed=42` 保证可复现
- 建议采样数：50-100 条（兼顾代表性与 MSA 耗时）
- ClustalOmega 耗时参考：50条约5分钟，100条约20分钟，200+条超1小时

## 4. 重要性分级

| 等级 | 判定依据 |
|------|---------|
| 🔴 极关键 | 命中 Pfam S1 已知催化/活性位点保守块 |
| 🟠 关键 | 命中其他已知功能相关保守块 |
| 🟡 结构关键 | 共识序列中检测到 ≥2 个保守 Cys 残基 |
| 🔵 高保守待确认 | 连续保守率 ≥90%，长度 ≥6aa，但未命中已知功能块 |

## 5. 氨基酸组成分析（Step 4.5）

对每个关键片段统计各功能类别氨基酸的出现频率。

**分类方案（与 aa-pair-analysis 统一，⚠️ A/G/P 排除，不归入任何类别）**：

```python
AA_CATEGORIES = {
    'S': 'Nucleophilic', 'T': 'Nucleophilic', 'C': 'Nucleophilic',
    'V': 'Hydrophobic',  'L': 'Hydrophobic',  'I': 'Hydrophobic', 'M': 'Hydrophobic',
    'F': 'Aromatic',     'Y': 'Aromatic',     'W': 'Aromatic',
    'N': 'Amide',        'Q': 'Amide',
    'D': 'Acidic',       'E': 'Acidic',
    'H': 'Cationic',     'K': 'Cationic',     'R': 'Cationic',
}
EXCLUDED = set('XAGP')  # X/A/G/P 均不参与统计
```

**输出字段（写入 `_key_fragments.json` 的 `composition` 字段）**：

```json
"composition": {
  "category_counts": {"Hydrophobic": N, "Nucleophilic": N, ...},
  "category_ratios": {"Hydrophobic": 26.8, "Nucleophilic": 24.3, ...},
  "total_valid": N,
  "unclassified_count": N,
  "dominant_category": "Mixed | Hydrophobic | ...",
  "dominant_ratio": 26.8,
  "physicochemical_property": "描述文字"
}
```

**主导类别判定**：某类别占比 ≥ 35% 则为该类主导，否则为 Mixed（混合型）。

## 6. 功能预测（Step 5）

基于 Step 4.5 的氨基酸组成比例，按优先级规则推断主要功能，结果写入 `function_prediction` 字段：

| 优先级 | 判断条件 | 功能预测标签 |
|--------|---------|------------|
| 1 | Pfam已知功能块命中 | 🔴 丝氨酸蛋白酶催化位点 |
| 2 | 片段Cys比例 ≥ 12% | 🟡 二硫键网络/结构骨架 |
| 3 | Nucleophilic ≥ 40% | 🟢 催化活性位点/磷酸化调控区 |
| 4 | Hydrophobic ≥ 45% | ⬛ 疏水折叠核心/跨膜区 |
| 5 | Aromatic ≥ 20% | 🟣 底物识别/π-π堆叠区 |
| 6 | Cationic ≥ 35% | ⚡ 正电荷底物结合区 |
| 7 | Acidic ≥ 35% | 🔵 金属离子螯合/催化酸基区 |
| 8 | N ≥ 25% + Ca ≥ 15% | 🔵 亲核-阳离子协作底物识别区 |
| 9 | H ≥ 25% + N ≥ 25% | ⬛ 两亲性蛋白-蛋白相互作用界面 |
| 10 | Ac ≥ 20% + Ca ≥ 20% | ⚡ 电荷互补区（盐桥/静电引导） |
| 11 | Amide ≥ 20% | 🔵 酰胺富集区（氢键网络/N-糖基化） |
| 12 | 以上均不满足 | 🔵 混合型功能区（Linker/多功能界面） |

**参考脚本**：`skills/fragment_aa_stats_and_predict.py`（可对已有 JSON 结果补跑此步骤）。

## 5. 已知局限性

| 局限 | 影响 |
|------|------|
| 大样本采样 | 代表性略降，极少数物种特有序列可能被漏采 |
| 共识阈值固定 | 部分保守区可能被 X 遮蔽（可调整 THRESHOLD） |
| 保守块预设有限 | 仅覆盖 Pfam S1 经典家族，特殊子家族可能漏检 |
| 高保守区功能未验证 | 需 AlphaFold2 结构预测或实验验证方可确认 |
| 全局比对假设 | 长度差异极大的序列比对质量可能下降 |


path: scripts/protein_key_fragment_analysis.py
content: #!/usr/bin/env python3
"""
蛋白质关键序列片段预测分析流程
适用于任何蛋白质家族

流程：
1. 读取各物种FASTA序列
2. 多序列比对（ClustalOmega）
3. 共识序列提取（保守性阈值）
4. 关键功能片段识别与注释
5. 生成分析报告
"""

import os
import sys
import subprocess
import json
from datetime import datetime
from pathlib import Path
from collections import Counter

# ── 配置 ──────────────────────────────────────────────
THRESHOLD = 0.5          # 共识序列保守性阈值
WORK_DIR = Path(__file__).parent
DATE_STR = datetime.now().strftime("%Y%m%d")

# ── 已知功能域定义 ───────────────────────────────────
# 分析新蛋白家族时，在此补充对应的Pfam保守域特征序列
# 来源：Pfam / InterPro / UniProt

KNOWN_MOTIFS = {
    # 示例：可在此添加目标蛋白家族的保守基序
    # "功能域名称": {
    #     "pattern": ["氨基酸模式"],
    #     "context_note": "功能描述",
    #     "function": "具体功能",
    #     "criticality": "重要性级别"
    # }
    "保守半胱氨酸": {
        "pattern": ["C"],
        "context_note": "保守半胱氨酸残基",
        "function": "形成二硫键，稳定蛋白三维结构",
        "criticality": "结构关键"
    }
}

# ── 保守序列标志 ─────────────────────────────────────
# 高度保守的序列块（来自Pfam注释）
# 分析新蛋白家族时，在此补充对应的保守序列
CONSERVED_BLOCKS = {
    # 示例：
    # "保守块名称": "序列模式"
}


def run_clustalo(input_fasta, output_aln):
    """运行ClustalOmega多序列比对"""
    cmd = [
        "clustalo",
        "-i", str(input_fasta),
        "-o", str(output_aln),
        "--outfmt=fasta",
        "--force",
        "-v"
    ]
    print(f"\n[MSA] 运行 ClustalOmega...")
    result = subprocess.run(cmd, capture_output=True, text=True)
    if result.returncode != 0:
        print(f"  错误：{result.stderr}")
        return False
    print(f"  完成：{output_aln}")
    return True


def parse_fasta(fasta_path):
    """解析FASTA文件，返回 {序列名: 序列} 字典"""
    sequences = {}
    current_name = None
    current_seq = []
    with open(fasta_path) as f:
        for line in f:
            line = line.strip()
            if line.startswith(">"):
                if current_name:
                    sequences[current_name] = "".join(current_seq).upper()
                current_name = line[1:].split()[0]
                current_seq = []
            else:
                current_seq.append(line)
    if current_name:
        sequences[current_name] = "".join(current_seq).upper()
    return sequences


def extract_consensus(aligned_sequences, threshold=THRESHOLD):
    """
    从比对序列中提取共识序列
    threshold: 某位置最高频氨基酸占比 >= threshold 则写入，否则标X
    """
    if not aligned_sequences:
        return ""
    seqs = list(aligned_sequences.values())
    length = len(seqs[0])
    consensus = []
    conservation_scores = []

    for i in range(length):
        col = [s[i] for s in seqs if i < len(s)]
        # 排除gap
        non_gap = [aa for aa in col if aa != '-']
        if not non_gap:
            consensus.append('-')
            conservation_scores.append(0.0)
            continue
        counter = Counter(non_gap)
        most_common_aa, most_common_count = counter.most_common(1)[0]
        conservation = most_common_count / len(non_gap)
        conservation_scores.append(conservation)
        if conservation >= threshold:
            consensus.append(most_common_aa)
        else:
            consensus.append('X')

    return "".join(consensus), conservation_scores


def find_conserved_blocks(consensus_seq):
    """在共识序列中搜索已知保守块"""
    found = {}
    clean_consensus = consensus_seq.replace('-', '').replace('X', '?')

    for block_name, pattern in CONSERVED_BLOCKS.items():
        # 允许X位置匹配任意氨基酸
        idx = clean_consensus.find(pattern)
        if idx != -1:
            found[block_name] = {
                "position": idx,
                "matched_seq": clean_consensus[idx:idx+len(pattern)],
                "pattern": pattern
            }

    return found


def analyze_key_fragments(consensus_seq, conservation_scores, species_list):
    """
    分析共识序列中的关键片段
    返回关键片段列表，每个包含：位置、序列、功能注释
    """
    clean_consensus = "".join(aa for aa in consensus_seq if aa != '-')
    key_fragments = []

    # 1. 搜索已知保守块
    found_blocks = find_conserved_blocks(clean_consensus)
    for block_name, info in found_blocks.items():
        key_fragments.append({
            "fragment_id": block_name,
            "sequence": info["matched_seq"],
            "position_in_consensus": f"{info['position']+1}-{info['position']+len(info['matched_seq'])}",
            "matched_pattern": info["pattern"],
            "criticality": "极关键",
            "function": get_block_function(block_name),
            "evidence": "保守序列块匹配（Pfam注释）"
        })

    # 2. 搜索高保守区段：找连续保守性≥0.9的区域，合并相邻窗口，避免冗余
    non_gap_scores = []
    non_gap_consensus = []
    for aa, score in zip(consensus_seq, conservation_scores):
        if aa != '-':
            non_gap_scores.append(score)
            non_gap_consensus.append(aa)

    # 找出所有保守率≥0.9且非X的连续区段（最少6aa）
    MIN_LEN = 6
    HIGH_CONSERVATION = 0.90
    in_region = False
    region_start = 0

    for i, (aa, score) in enumerate(zip(non_gap_consensus, non_gap_scores)):
        is_conserved = (score >= HIGH_CONSERVATION and aa != 'X')
        if is_conserved and not in_region:
            in_region = True
            region_start = i
        elif (not is_conserved or i == len(non_gap_consensus) - 1) and in_region:
            region_end = i if not is_conserved else i + 1
            in_region = False
            region_len = region_end - region_start
            if region_len >= MIN_LEN:
                frag_seq = "".join(non_gap_consensus[region_start:region_end])
                avg_conservation = sum(non_gap_scores[region_start:region_end]) / region_len
                # 检查是否已被已知块覆盖
                already_found = any(
                    frag.get("matched_pattern", "") and
                    (frag["sequence"] in frag_seq or frag_seq in frag["sequence"])
                    for frag in key_fragments
                )
                if not already_found and 'X' not in frag_seq:
                    composition = analyze_fragment_composition(frag_seq)
                    key_fragments.append({
                        "fragment_id": f"高保守连续区_{region_start+1}_{region_end}",
                        "sequence": frag_seq,
                        "position_in_consensus": f"{region_start+1}-{region_end}",
                        "length": region_len,
                        "avg_conservation": f"{avg_conservation:.2%}",
                        "criticality": "高保守（功能待确认）",
                        "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
                        "evidence": f"连续{region_len}aa保守性分析（平均{avg_conservation:.2%}）",
                        "composition": composition
                    })

    # 3. 搜索Cys残基（潜在二硫键）
    cys_positions = [i+1 for i, aa in enumerate(non_gap_consensus) if aa == 'C']
    if len(cys_positions) >= 2:
        key_fragments.append({
            "fragment_id": "保守半胱氨酸_二硫键",
            "sequence": f"C×{len(cys_positions)}（位置：{', '.join(map(str, cys_positions[:6]))}{'...' if len(cys_positions)>6 else ''}）",
            "position_in_consensus": "多位置",
            "criticality": "结构关键",
            "function": "形成二硫键，维持蛋白三维构象稳定性",
            "evidence": f"共识序列中检测到{len(cys_positions)}个保守Cys残基"
        })

    return key_fragments, clean_consensus


# ── 氨基酸分类（用于片段理化性质分析）────────────────────
# 注意：此处 A/G/P 重新归入 Hydrophobic（与氨基酸对分析的分类方案不同）
AA_CATEGORIES = {
    'Hydrophobic': set('VLIMAG P'.replace(' ', '')),  # V, L, I, M, A, G, P
    'Nucleophilic': set('STC'),
    'Aromatic':    set('FYW'),
    'Amide':       set('NQ'),
    'Acidic':      set('DE'),
    'Cationic':    set('HKR'),
}
# X 不参与统计

# 理化性质判断规则（主导类别 → 理化性质描述）
PROPERTY_DESCRIPTIONS = {
    'Hydrophobic': '疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠',
    'Nucleophilic': '亲核性（Nucleophilic）——富含 Ser/Thr/Cys，具有强亲核反应能力，常见于催化活性位点或翻译后修饰位点',
    'Aromatic':    '芳香性（Aromatic）——含 Phe/Tyr/Trp，可参与π-π堆叠、阳离子-π作用及疏水核心稳定',
    'Amide':       '酰胺类（Amide）——富含 Asn/Gln，侧链具有极性但不带电，常参与氢键网络及底物识别',
    'Acidic':      '酸性（Acidic）——富含 Asp/Glu，带负电，参与盐桥、金属离子结合及活性位点催化',
    'Cationic':    '阳离子性（Cationic）——富含 His/Lys/Arg，带正电，参与底物识别、催化位点及DNA/RNA结合',
    'Mixed':       '混合型（Mixed）——无单一主导类别（最高占比 < 35%），理化性质复合，可能涉及多功能结合界面',
}


def analyze_fragment_composition(fragment_seq):
    """
    对片段序列进行各类氨基酸比例分析，判断主要理化性质。

    参数：
        fragment_seq: 片段氨基酸序列（字符串，可含X）

    返回：dict，包含：
        - category_counts: {类别: 计数}
        - category_ratios: {类别: 比例（%）}
        - total_valid: 有效氨基酸总数（排除X）
        - dominant_category: 主导类别名称（或 'Mixed'）
        - dominant_ratio: 主导类别占比（%）
        - physicochemical_property: 理化性质描述
    """
    # 只统计非X氨基酸
    valid_aas = [aa for aa in fragment_seq.upper() if aa != 'X']
    total_valid = len(valid_aas)

    if total_valid == 0:
        return {
            "category_counts": {},
            "category_ratios": {},
            "total_valid": 0,
            "dominant_category": "Unknown",
            "dominant_ratio": 0.0,
            "physicochemical_property": "无有效氨基酸（全为X），无法判断"
        }

    counts = {cat: 0 for cat in AA_CATEGORIES}
    unclassified = 0
    for aa in valid_aas:
        classified = False
        for cat, members in AA_CATEGORIES.items():
            if aa in members:
                counts[cat] += 1
                classified = True
                break
        if not classified:
            unclassified += 1

    ratios = {cat: round(cnt / total_valid * 100, 1) for cat, cnt in counts.items()}

    # 找主导类别（最高占比，且 ≥ 35% 才称为主导）
    top_cat = max(counts, key=lambda c: counts[c])
    top_ratio = ratios[top_cat]
    dominant = top_cat if top_ratio >= 35.0 else 'Mixed'

    return {
        "category_counts": counts,
        "category_ratios": ratios,
        "total_valid": total_valid,
        "unclassified_count": unclassified,
        "dominant_category": dominant,
        "dominant_ratio": top_ratio,
        "physicochemical_property": PROPERTY_DESCRIPTIONS.get(dominant, "未知")
    }


def get_block_function(block_name):
    """根据保守块名称返回功能描述"""
    # 分析新蛋白家族时，在此补充对应功能描述
    functions = {
        # 示例：
        # "block_name": "功能描述"
    }
    return functions.get(block_name, "已知保守功能块")


def generate_report(species_name, sequences, consensus_seq, conservation_scores,
                    key_fragments, output_dir):
    """生成分析报告（Markdown格式）"""
    report_path = output_dir / f"{species_name}_分析报告.md"
    clean_consensus = "".join(aa for aa in consensus_seq if aa != '-')

    # 统计
    x_count = clean_consensus.count('X')
    total_len = len(clean_consensus)
    conservation_rate = (total_len - x_count) / total_len if total_len > 0 else 0

    with open(report_path, 'w', encoding='utf-8') as f:
        f.write(f"# 蛋白质关键片段预测分析报告\n\n")
        f.write(f"**物种/类群：** {species_name}  \n")
        f.write(f"**分析日期：** {datetime.now().strftime('%Y-%m-%d %H:%M')}  \n")
        f.write(f"**输入序列数：** {len(sequences)}  \n")
        f.write(f"**共识序列长度：** {total_len} aa  \n")
        f.write(f"**共识序列保守率：** {conservation_rate:.1%}（阈值≥{THRESHOLD}）  \n\n")

        f.write("---\n\n")
        f.write("## 1. 共识序列\n\n")
        f.write("```\n")
        # 每60个字符换行
        for i in range(0, len(clean_consensus), 60):
            f.write(f"{i+1:>4} {clean_consensus[i:i+60]}\n")
        f.write("```\n\n")

        f.write("---\n\n")
        f.write("## 2. 关键功能片段\n\n")

        if not key_fragments:
            f.write("未检测到显著关键片段（可能需要更多序列或调整阈值）。\n\n")
        else:
            for frag in key_fragments:
                criticality_emoji = {
                    "极关键": "🔴",
                    "关键": "🟠",
                    "结构关键": "🟡",
                    "高保守（功能待确认）": "🔵"
                }.get(frag["criticality"], "⚪")

                f.write(f"### {criticality_emoji} {frag['fragment_id']}\n\n")
                f.write(f"| 属性 | 内容 |\n|------|------|\n")
                f.write(f"| **片段序列** | `{frag['sequence']}` |\n")
                f.write(f"| **位置** | {frag.get('position_in_consensus', 'N/A')} |\n")
                f.write(f"| **重要性** | {frag['criticality']} |\n")
                f.write(f"| **功能** | {frag['function']} |\n")
                f.write(f"| **证据** | {frag.get('evidence', 'N/A')} |\n")
                if 'avg_conservation' in frag:
                    f.write(f"| **平均保守率** | {frag['avg_conservation']} |\n")

                # 氨基酸组成与理化性质（仅高保守连续区片段有此字段）
                comp = frag.get('composition')
                if comp and comp.get('total_valid', 0) > 0:
                    ratios = comp['category_ratios']
                    # 按比例从高到低排列
                    sorted_cats = sorted(ratios.items(), key=lambda x: -x[1])
                    ratio_str = " | ".join(
                        f"{cat}: {pct}%" for cat, pct in sorted_cats if pct > 0
                    )
                    f.write(f"| **氨基酸组成** | {ratio_str} |\n")
                    f.write(f"| **主导类别** | {comp['dominant_category']}（{comp['dominant_ratio']}%） |\n")
                    f.write(f"| **主要理化性质** | {comp['physicochemical_property']} |\n")

                f.write("\n")

        f.write("---\n\n")
        f.write("## 3. 输入序列列表\n\n")
        for name, seq in sequences.items():
            f.write(f"- **{name}**（{len(seq)} aa）\n")

        f.write("\n---\n\n")
        f.write("## 4. 分析方法说明\n\n")
        f.write("1. **MSA**：使用 ClustalOmega 1.2.4 进行多序列比对\n")
        f.write(f"2. **共识序列**：各位置最高频氨基酸占比 ≥ {THRESHOLD} 则写入，否则标X\n")
        f.write("3. **关键片段识别**：\n")
        f.write("   - 匹配已知保守块（Pfam注释特征序列）\n")
        f.write("   - 连续保守区检测（保守率 ≥ 90%，长度 ≥ 6aa）\n")
        f.write("   - 检测保守Cys残基（潜在二硫键）\n")
        f.write("4. **片段氨基酸组成分析（新）**：对每个高保守连续区段统计各功能类别氨基酸比例\n")
        f.write("   - 分类方案（含A/G/P归入疏水类）：\n")
        f.write("     Hydrophobic(V/L/I/M/A/G/P) | Nucleophilic(S/T/C) | Aromatic(F/Y/W)\n")
        f.write("     Amide(N/Q) | Acidic(D/E) | Cationic(H/K/R)；X不参与统计\n")
        f.write("   - 主导类别判定：最高占比 ≥ 35% 则为该类别主导，否则为 Mixed\n")
        f.write("5. **功能注释**：基于Pfam/InterPro已知蛋白结构-功能数据库\n\n")
        f.write("---\n\n")
        f.write("*本报告由自动化分析pipeline生成，关键片段功能解读基于已知蛋白家族注释。*\n")

    return report_path


def analyze_species(species_name, fasta_path, output_dir, precomputed_aligned=None):
    """对单个物种/类群执行完整分析流程
    
    Args:
        species_name: 物种名称
        fasta_path: 原始FASTA文件路径
        output_dir: 输出目录
        precomputed_aligned: 预计算的比对FASTA路径（共享缓存，跳过MSA步骤）
    """
    print(f"\n{'='*60}")
    print(f"分析：{species_name}")
    print(f"{'='*60}")

    species_dir = Path(output_dir) / species_name
    species_dir.mkdir(exist_ok=True)

    # Step 1: 解析输入序列
    sequences = parse_fasta(fasta_path)
    print(f"[Step1] 读取序列：{len(sequences)} 条")
    for name, seq in sequences.items():
        print(f"  - {name}（{len(seq)} aa）")

    if len(sequences) < 2:
        print("  ⚠️  序列数不足2条，跳过MSA，直接使用单条序列作为共识序列")
        consensus_seq = list(sequences.values())[0]
        conservation_scores = [1.0] * len(consensus_seq)
    else:
        # Step 2: MSA（若提供预计算比对则跳过）
        aln_path = species_dir / f"{species_name}_aligned.fasta"
        if precomputed_aligned and Path(precomputed_aligned).exists():
            import shutil
            shutil.copy2(precomputed_aligned, aln_path)
            print(f"[Step2] 使用共享比对缓存：{precomputed_aligned}")
        else:
            success = run_clustalo(fasta_path, aln_path)
            if not success:
                print("  MSA失败，终止")
                return None

        # Step 3: 提取共识序列
        aligned_seqs = parse_fasta(aln_path)
        consensus_seq, conservation_scores = extract_consensus(aligned_seqs, THRESHOLD)
        print(f"[Step3] 共识序列提取完成（长度：{len([aa for aa in consensus_seq if aa!='-'])} aa）")

    # 保存共识序列
    consensus_path = species_dir / f"{species_name}_consensus.fasta"
    clean_consensus = "".join(aa for aa in consensus_seq if aa != '-')
    with open(consensus_path, 'w') as f:
        f.write(f">{species_name}_consensus\n")
        for i in range(0, len(clean_consensus), 60):
            f.write(clean_consensus[i:i+60] + "\n")
    print(f"[Step3] 共识序列已保存：{consensus_path}")

    # Step 4: 关键片段分析
    print(f"[Step4] 分析关键功能片段...")
    key_fragments, clean_consensus = analyze_key_fragments(
        consensus_seq, conservation_scores, list(sequences.keys())
    )
    print(f"  检测到 {len(key_fragments)} 个关键片段/区域")

    # 保存片段数据（JSON）
    fragments_path = species_dir / f"{species_name}_key_fragments.json"
    with open(fragments_path, 'w', encoding='utf-8') as f:
        json.dump({
            "species": species_name,
            "date": DATE_STR,
            "consensus_length": len(clean_consensus),
            "key_fragments": key_fragments
        }, f, ensure_ascii=False, indent=2)

    # Step 5: 生成报告
    report_path = generate_report(
        species_name, sequences, consensus_seq,
        conservation_scores, key_fragments, species_dir
    )
    print(f"[Step5] 报告已生成：{report_path}")

    return {
        "species": species_name,
        "n_sequences": len(sequences),
        "consensus_length": len(clean_consensus),
        "key_fragments_count": len(key_fragments),
        "report_path": str(report_path)
    }


def generate_summary_report(all_results, output_dir):
    """生成跨物种汇总报告"""
    summary_path = output_dir / "汇总分析报告.md"
    with open(summary_path, 'w', encoding='utf-8') as f:
        f.write("# 蛋白质关键片段预测 — 跨物种汇总报告\n\n")
        f.write(f"**分析日期：** {datetime.now().strftime('%Y-%m-%d %H:%M')}  \n")
        f.write(f"**分析物种数：** {len(all_results)}  \n\n")
        f.write("---\n\n")
        f.write("## 各物种分析摘要\n\n")
        f.write("| 物种/类群 | 输入序列数 | 共识序列长度 | 检出关键片段数 |\n")
        f.write("|---------|----------|------------|-------------|\n")
        for r in all_results:
            f.write(f"| {r['species']} | {r['n_sequences']} | {r['consensus_length']} aa | {r['key_fragments_count']} |\n")
        f.write("\n---\n\n")
        f.write("## 关键说明\n\n")
        f.write("- 各物种详细报告见对应子目录\n")
        f.write("- 关键片段重要性分级：🔴极关键 > 🟠关键 > 🟡结构关键 > 🔵高保守待确认\n")
        f.write("- 功能注释基于Pfam/InterPro蛋白家族数据库\n")
    print(f"\n[汇总] 跨物种汇总报告：{summary_path}")
    return summary_path


if __name__ == "__main__":
    import argparse
    parser = argparse.ArgumentParser(description="蛋白质关键片段预测分析流程")
    parser.add_argument("species_name", nargs="?", help="物种名称")
    parser.add_argument("fasta_file", nargs="?", help="FASTA文件路径")
    parser.add_argument("--precomputed-aligned", default=None,
                        help="预计算的比对FASTA路径（共享缓存，跳过MSA步骤）")
    parser.add_argument("--output-dir", default=None, help="输出目录（默认：脚本目录/results）")
    args = parser.parse_args()

    print("蛋白质关键片段预测分析流程")
    print(f"工作目录：{WORK_DIR}")

    if args.species_name and args.fasta_file:
        fasta = Path(args.fasta_file)
        out_dir = Path(args.output_dir) if args.output_dir else WORK_DIR / "results"
        out_dir.mkdir(exist_ok=True)
        result = analyze_species(args.species_name, fasta, out_dir,
                                 precomputed_aligned=args.precomputed_aligned)
        if result:
            generate_summary_report([result], out_dir.parent if args.output_dir else WORK_DIR)
    else:
        print("\n请将各物种FASTA文件放入 input/ 目录，然后重新运行。")
        print("或通过命令行参数指定：python serine_protease_analysis.py <species_name> <fasta_file>")
        print("  可选：--precomputed-aligned <aligned.fasta>  使用共享MSA缓存跳过比对步骤")


path: scripts/results/Bacillus/Bacillus_key_fragments.json
content: {
  "species": "Bacillus",
  "date": "20260319",
  "consensus_length": 415,
  "key_fragments": [
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_25_35",
      "sequence": "KIELIASENFV",
      "position_in_consensus": "25-35",
      "length": 11,
      "avg_conservation": "99.67%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续11aa保守性分析（平均99.67%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 5,
          "Nucleophilic": 1,
          "Aromatic": 1,
          "Amide": 1,
          "Acidic": 2,
          "Cationic": 1
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 45.5,
          "Nucleophilic": 9.1,
          "Aromatic": 9.1,
          "Amide": 9.1,
          "Acidic": 18.2,
          "Cationic": 9.1
        },
        "total_valid": 11,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 45.5,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_37_77",
      "sequence": "EAVMEAQGSVLTNKYAEGYPGKRYYGGCEHVDVVEDIARDR",
      "position_in_consensus": "37-77",
      "length": 41,
      "avg_conservation": "99.80%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续41aa保守性分析（平均99.80%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 18,
          "Nucleophilic": 3,
          "Aromatic": 4,
          "Amide": 2,
          "Acidic": 8,
          "Cationic": 6
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 43.9,
          "Nucleophilic": 7.3,
          "Aromatic": 9.8,
          "Amide": 4.9,
          "Acidic": 19.5,
          "Cationic": 14.6
        },
        "total_valid": 41,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 43.9,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_79_107",
      "sequence": "KEIFGAEHVNVQPHSGAQANMAVYFTILE",
      "position_in_consensus": "79-107",
      "length": 29,
      "avg_conservation": "99.91%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续29aa保守性分析（平均99.91%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 14,
          "Nucleophilic": 2,
          "Aromatic": 3,
          "Amide": 4,
          "Acidic": 3,
          "Cationic": 3
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 48.3,
          "Nucleophilic": 6.9,
          "Aromatic": 10.3,
          "Amide": 13.8,
          "Acidic": 10.3,
          "Cationic": 10.3
        },
        "total_valid": 29,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 48.3,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_109_144",
      "sequence": "GDTVLGMNLSHGGHLTHGSPVNFSGVQYNFVEYGVD",
      "position_in_consensus": "109-144",
      "length": 36,
      "avg_conservation": "99.92%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续36aa保守性分析（平均99.92%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 17,
          "Nucleophilic": 5,
          "Aromatic": 4,
          "Amide": 4,
          "Acidic": 3,
          "Cationic": 3
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 47.2,
          "Nucleophilic": 13.9,
          "Aromatic": 11.1,
          "Amide": 11.1,
          "Acidic": 8.3,
          "Cationic": 8.3
        },
        "total_valid": 36,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 47.2,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_162_176",
      "sequence": "HKPKLIVAGASAYPR",
      "position_in_consensus": "162-176",
      "length": 15,
      "avg_conservation": "99.94%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续15aa保守性分析（平均99.94%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 9,
          "Nucleophilic": 1,
          "Aromatic": 1,
          "Amide": 0,
          "Acidic": 0,
          "Cationic": 4
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 60.0,
          "Nucleophilic": 6.7,
          "Aromatic": 6.7,
          "Amide": 0.0,
          "Acidic": 0.0,
          "Cationic": 26.7
        },
        "total_valid": 15,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 60.0,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_183_193",
      "sequence": "FREIADEVGAY",
      "position_in_consensus": "183-193",
      "length": 11,
      "avg_conservation": "99.92%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续11aa保守性分析（平均99.92%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 5,
          "Nucleophilic": 0,
          "Aromatic": 2,
          "Amide": 0,
          "Acidic": 3,
          "Cationic": 1
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 45.5,
          "Nucleophilic": 0.0,
          "Aromatic": 18.2,
          "Amide": 0.0,
          "Acidic": 27.3,
          "Cationic": 9.1
        },
        "total_valid": 11,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 45.5,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_195_215",
      "sequence": "MVDMAHIAGLVAAGLHPNPVP",
      "position_in_consensus": "195-215",
      "length": 21,
      "avg_conservation": "99.91%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续21aa保守性分析（平均99.91%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 17,
          "Nucleophilic": 0,
          "Aromatic": 0,
          "Amide": 1,
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          "Cationic": 2
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 81.0,
          "Nucleophilic": 0.0,
          "Aromatic": 0.0,
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          "Acidic": 4.8,
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        },
        "total_valid": 21,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 81.0,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_219_238",
      "sequence": "FVTTTTHKTLRGPRGGMILC",
      "position_in_consensus": "219-238",
      "length": 20,
      "avg_conservation": "100.00%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续20aa保守性分析（平均100.00%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 9,
          "Nucleophilic": 6,
          "Aromatic": 1,
          "Amide": 0,
          "Acidic": 0,
          "Cationic": 4
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 45.0,
          "Nucleophilic": 30.0,
          "Aromatic": 5.0,
          "Amide": 0.0,
          "Acidic": 0.0,
          "Cationic": 20.0
        },
        "total_valid": 20,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 45.0,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_246_268",
      "sequence": "IDKSIFPGIQGGPLMHVIAAKAV",
      "position_in_consensus": "246-268",
      "length": 23,
      "avg_conservation": "99.96%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续23aa保守性分析（平均99.96%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 16,
          "Nucleophilic": 1,
          "Aromatic": 1,
          "Amide": 1,
          "Acidic": 1,
          "Cationic": 3
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 69.6,
          "Nucleophilic": 4.3,
          "Aromatic": 4.3,
          "Amide": 4.3,
          "Acidic": 4.3,
          "Cationic": 13.0
        },
        "total_valid": 23,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 69.6,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_278_284",
      "sequence": "FKTYAQN",
      "position_in_consensus": "278-284",
      "length": 7,
      "avg_conservation": "99.08%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续7aa保守性分析（平均99.08%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 1,
          "Nucleophilic": 1,
          "Aromatic": 2,
          "Amide": 2,
          "Acidic": 0,
          "Cationic": 1
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 14.3,
          "Nucleophilic": 14.3,
          "Aromatic": 28.6,
          "Amide": 28.6,
          "Acidic": 0.0,
          "Cationic": 14.3
        },
        "total_valid": 7,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Mixed",
        "dominant_ratio": 28.6,
        "physicochemical_property": "混合型（Mixed）——无单一主导类别（最高占比 < 35%），理化性质复合，可能涉及多功能结合界面"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_303_312",
      "sequence": "LVSGGTDNHL",
      "position_in_consensus": "303-312",
      "length": 10,
      "avg_conservation": "100.00%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续10aa保守性分析（平均100.00%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 5,
          "Nucleophilic": 2,
          "Aromatic": 0,
          "Amide": 1,
          "Acidic": 1,
          "Cationic": 1
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 50.0,
          "Nucleophilic": 20.0,
          "Aromatic": 0.0,
          "Amide": 10.0,
          "Acidic": 10.0,
          "Cationic": 10.0
        },
        "total_valid": 10,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 50.0,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_323_333",
      "sequence": "TGKVAEHVLDE",
      "position_in_consensus": "323-333",
      "length": 11,
      "avg_conservation": "100.00%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续11aa保守性分析（平均100.00%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 5,
          "Nucleophilic": 1,
          "Aromatic": 0,
          "Amide": 0,
          "Acidic": 3,
          "Cationic": 2
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 45.5,
          "Nucleophilic": 9.1,
          "Aromatic": 0.0,
          "Amide": 0.0,
          "Acidic": 27.3,
          "Cationic": 18.2
        },
        "total_valid": 11,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 45.5,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_350_355",
      "sequence": "PFVTSG",
      "position_in_consensus": "350-355",
      "length": 6,
      "avg_conservation": "100.00%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续6aa保守性分析（平均100.00%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 3,
          "Nucleophilic": 2,
          "Aromatic": 1,
          "Amide": 0,
          "Acidic": 0,
          "Cationic": 0
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 50.0,
          "Nucleophilic": 33.3,
          "Aromatic": 16.7,
          "Amide": 0.0,
          "Acidic": 0.0,
          "Cationic": 0.0
        },
        "total_valid": 6,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 50.0,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_359_368",
      "sequence": "GTAAVTSRGF",
      "position_in_consensus": "359-368",
      "length": 10,
      "avg_conservation": "99.82%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续10aa保守性分析（平均99.82%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 5,
          "Nucleophilic": 3,
          "Aromatic": 1,
          "Amide": 0,
          "Acidic": 0,
          "Cationic": 1
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 50.0,
          "Nucleophilic": 30.0,
          "Aromatic": 10.0,
          "Amide": 0.0,
          "Acidic": 0.0,
          "Cationic": 10.0
        },
        "total_valid": 10,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 50.0,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "保守半胱氨酸_二硫键",
      "sequence": "C×2（位置：64, 238）",
      "position_in_consensus": "多位置",
      "criticality": "结构关键",
      "function": "形成二硫键，维持蛋白三维构象稳定性",
      "evidence": "共识序列中检测到2个保守Cys残基"
    }
  ]
}

path: scripts/results/Bacillus/Bacillus_分析报告.md
content: # 蛋白质关键片段预测分析报告

**物种/类群：** Bacillus  
**分析日期：** 2026-03-19 12:23  
**输入序列数：** 109  
**共识序列长度：** 415 aa  
**共识序列保守率：** 98.8%（阈值≥0.5）  

---

## 1. 共识序列

```
   1 MDHLKRQDEKVFAAIEAELGRQRSKIELIASENFVSEAVMEAQGSVLTNKYAEGYPGKRY
  61 YGGCEHVDVVEDIARDRAKEIFGAEHVNVQPHSGAQANMAVYFTILEQGDTVLGMNLSHG
 121 GHLTHGSPVNFSGVQYNFVEYGVDAESHRINYDDVLAKAKEHKPKLIVAGASAYPRVIDF
 181 KRFREIADEVGAYFMVDMAHIAGLVAAGLHPNPVPHAHFVTTTTHKTLRGPRGGMILCEE
 241 QFAKQIDKSIFPGIQGGPLMHVIAAKAVAFGEXLQDDFKTYAQNIINNANRLAEGLQKEG
 301 LTLVSGGTDNHLILIDVRNLEITGKVAEHVLDEVGITVNKNTIPFETASPFVTSGVRIGT
 361 AAVTSRGFGLEXMDEIAAIIAXTLKNHENEAALEEARKRVEALTSKFPMYXXLDY
```

---

## 2. 关键功能片段

### 🔵 高保守连续区_25_35

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `KIELIASENFV` |
| **位置** | 25-35 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续11aa保守性分析（平均99.67%） |
| **平均保守率** | 99.67% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 45.5% | Acidic: 18.2% | Nucleophilic: 9.1% | Aromatic: 9.1% | Amide: 9.1% | Cationic: 9.1% |
| **主导类别** | Hydrophobic（45.5%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_37_77

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `EAVMEAQGSVLTNKYAEGYPGKRYYGGCEHVDVVEDIARDR` |
| **位置** | 37-77 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续41aa保守性分析（平均99.80%） |
| **平均保守率** | 99.80% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 43.9% | Acidic: 19.5% | Cationic: 14.6% | Aromatic: 9.8% | Nucleophilic: 7.3% | Amide: 4.9% |
| **主导类别** | Hydrophobic（43.9%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_79_107

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `KEIFGAEHVNVQPHSGAQANMAVYFTILE` |
| **位置** | 79-107 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续29aa保守性分析（平均99.91%） |
| **平均保守率** | 99.91% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 48.3% | Amide: 13.8% | Aromatic: 10.3% | Acidic: 10.3% | Cationic: 10.3% | Nucleophilic: 6.9% |
| **主导类别** | Hydrophobic（48.3%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_109_144

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `GDTVLGMNLSHGGHLTHGSPVNFSGVQYNFVEYGVD` |
| **位置** | 109-144 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续36aa保守性分析（平均99.92%） |
| **平均保守率** | 99.92% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 47.2% | Nucleophilic: 13.9% | Aromatic: 11.1% | Amide: 11.1% | Acidic: 8.3% | Cationic: 8.3% |
| **主导类别** | Hydrophobic（47.2%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_162_176

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `HKPKLIVAGASAYPR` |
| **位置** | 162-176 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续15aa保守性分析（平均99.94%） |
| **平均保守率** | 99.94% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 60.0% | Cationic: 26.7% | Nucleophilic: 6.7% | Aromatic: 6.7% |
| **主导类别** | Hydrophobic（60.0%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_183_193

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `FREIADEVGAY` |
| **位置** | 183-193 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续11aa保守性分析（平均99.92%） |
| **平均保守率** | 99.92% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 45.5% | Acidic: 27.3% | Aromatic: 18.2% | Cationic: 9.1% |
| **主导类别** | Hydrophobic（45.5%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_195_215

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `MVDMAHIAGLVAAGLHPNPVP` |
| **位置** | 195-215 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续21aa保守性分析（平均99.91%） |
| **平均保守率** | 99.91% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 81.0% | Cationic: 9.5% | Amide: 4.8% | Acidic: 4.8% |
| **主导类别** | Hydrophobic（81.0%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_219_238

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `FVTTTTHKTLRGPRGGMILC` |
| **位置** | 219-238 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续20aa保守性分析（平均100.00%） |
| **平均保守率** | 100.00% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 45.0% | Nucleophilic: 30.0% | Cationic: 20.0% | Aromatic: 5.0% |
| **主导类别** | Hydrophobic（45.0%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_246_268

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `IDKSIFPGIQGGPLMHVIAAKAV` |
| **位置** | 246-268 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续23aa保守性分析（平均99.96%） |
| **平均保守率** | 99.96% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 69.6% | Cationic: 13.0% | Nucleophilic: 4.3% | Aromatic: 4.3% | Amide: 4.3% | Acidic: 4.3% |
| **主导类别** | Hydrophobic（69.6%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_278_284

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `FKTYAQN` |
| **位置** | 278-284 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续7aa保守性分析（平均99.08%） |
| **平均保守率** | 99.08% |
| **氨基酸组成** | Aromatic: 28.6% | Amide: 28.6% | Hydrophobic: 14.3% | Nucleophilic: 14.3% | Cationic: 14.3% |
| **主导类别** | Mixed（28.6%） |
| **主要理化性质** | 混合型（Mixed）——无单一主导类别（最高占比 < 35%），理化性质复合，可能涉及多功能结合界面 |

### 🔵 高保守连续区_303_312

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `LVSGGTDNHL` |
| **位置** | 303-312 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续10aa保守性分析（平均100.00%） |
| **平均保守率** | 100.00% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 50.0% | Nucleophilic: 20.0% | Amide: 10.0% | Acidic: 10.0% | Cationic: 10.0% |
| **主导类别** | Hydrophobic（50.0%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_323_333

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `TGKVAEHVLDE` |
| **位置** | 323-333 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续11aa保守性分析（平均100.00%） |
| **平均保守率** | 100.00% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 45.5% | Acidic: 27.3% | Cationic: 18.2% | Nucleophilic: 9.1% |
| **主导类别** | Hydrophobic（45.5%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_350_355

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `PFVTSG` |
| **位置** | 350-355 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续6aa保守性分析（平均100.00%） |
| **平均保守率** | 100.00% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 50.0% | Nucleophilic: 33.3% | Aromatic: 16.7% |
| **主导类别** | Hydrophobic（50.0%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_359_368

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `GTAAVTSRGF` |
| **位置** | 359-368 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续10aa保守性分析（平均99.82%） |
| **平均保守率** | 99.82% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 50.0% | Nucleophilic: 30.0% | Aromatic: 10.0% | Cationic: 10.0% |
| **主导类别** | Hydrophobic（50.0%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🟡 保守半胱氨酸_二硫键

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `C×2（位置：64, 238）` |
| **位置** | 多位置 |
| **重要性** | 结构关键 |
| **功能** | 形成二硫键，维持蛋白三维构象稳定性 |
| **证据** | 共识序列中检测到2个保守Cys残基 |

---

## 3. 输入序列列表

- **WP_114151121.1**（415 aa）
- **WP_072181852.1**（415 aa）
- **WP_458867011.1**（415 aa）
- **WP_166702815.1**（413 aa）
- **WP_010328924.1**（415 aa）
- **WP_045927139.1**（415 aa）
- **WP_283729444.1**（413 aa）
- **WP_048374858.1**（413 aa）
- **WP_012118660.1**（415 aa）
- **WP_003221904.1**（415 aa）
- **WP_032869475.1**（415 aa）
- **WP_094247426.1**（415 aa）
- **WP_336451557.1**（413 aa）
- **WP_275719169.1**（413 aa）
- **WP_116443103.1**（413 aa）
- **WP_003227669.1**（415 aa）
- **WP_019716030.1**（415 aa）
- **WP_283502946.1**（413 aa）
- **WP_242310796.1**（413 aa）
- **WP_071724808.1**（413 aa）
- **WP_061680020.1**（413 aa）
- **WP_041850425.1**（415 aa）
- **WP_141535361.1**（413 aa）
- **WP_000349813.1**（413 aa）
- **WP_140386953.1**（413 aa）
- **WP_000349797.1**（413 aa）
- **WP_016085475.1**（413 aa）
- **WP_002198768.1**（413 aa）
- **WP_324636324.1**（415 aa）
- **WP_033574392.1**（415 aa）
- **WP_266053328.1**（415 aa）
- **WP_003202273.1**（413 aa）
- **WP_149692753.1**（413 aa）
- **WP_139788858.1**（413 aa）
- **WP_048557345.1**（413 aa）
- **WP_030029517.1**（413 aa）
- **WP_016112686.1**（413 aa）
- **WP_006096657.1**（413 aa）
- **WP_002159781.1**（413 aa）
- **WP_038429778.1**（415 aa）
- **WP_242254226.1**（413 aa）
- **WP_099567158.1**（415 aa）
- **WP_002113047.1**（413 aa）
- **WP_046198003.1**（413 aa）
- **WP_131101185.1**（413 aa）
- **WP_019259729.1**（415 aa）
- **WP_000349814.1**（413 aa）
- **WP_000349811.1**（413 aa）
- **WP_094031354.1**（415 aa）
- **WP_047956931.1**（413 aa）
- **WP_141523311.1**（413 aa）
- **WP_139896049.1**（413 aa）
- **WP_142395846.1**（413 aa）
- **WP_006925752.1**（413 aa）
- **WP_000349805.1**（413 aa）
- **WP_000349822.1**（413 aa）
- **WP_000349809.1**（413 aa）
- **WP_000349804.1**（413 aa）
- **WP_000349807.1**（413 aa）
- **WP_176283583.1**（415 aa）
- **WP_105954104.1**（415 aa）
- **WP_048528047.1**（413 aa）
- **WP_001015987.1**（413 aa）
- **WP_010332237.1**（415 aa）
- **WP_003235780.1**（415 aa）
- **WP_064476109.1**（413 aa）
- **WP_166847258.1**（415 aa）
- **WP_013353912.1**（415 aa）
- **WP_003326549.1**（415 aa）
- **WP_000349795.1**（413 aa）
- **WP_016937639.1**（415 aa）
- **WP_000349812.1**（413 aa）
- **WP_041055841.1**（415 aa）
- **WP_102422814.1**（415 aa）
- **WP_142286717.1**（413 aa）
- **WP_141525222.1**（413 aa）
- **WP_140417438.1**（413 aa）
- **WP_140168593.1**（413 aa）
- **WP_107994200.1**（415 aa）
- **WP_103804173.1**（415 aa）
- **WP_085185540.1**（415 aa）
- **WP_063262331.1**（413 aa）
- **WP_061139589.1**（413 aa）
- **WP_060964057.1**（415 aa）
- **WP_044159736.1**（415 aa）
- **WP_043940216.1**（415 aa）
- **WP_018764927.1**（413 aa）
- **WP_016079652.1**（413 aa）
- **WP_015714869.1**（415 aa）
- **WP_015418416.1**（415 aa）
- **WP_015240756.1**（415 aa）
- **WP_014665721.1**（415 aa）
- **WP_014419101.1**（415 aa）
- **WP_007614376.1**（415 aa）
- **WP_007407597.1**（415 aa）
- **WP_003151153.1**（415 aa）
- **WP_002191293.1**（413 aa）
- **WP_002174352.1**（413 aa）
- **WP_002143868.1**（413 aa）
- **WP_002034906.1**（413 aa）
- **WP_002016291.1**（413 aa）
- **WP_000349819.1**（413 aa）
- **WP_000349818.1**（413 aa）
- **WP_000349817.1**（413 aa）
- **WP_000349816.1**（413 aa）
- **WP_000349808.1**（413 aa）
- **WP_000349806.1**（413 aa）
- **WP_000349800.1**（413 aa）
- **WP_000349796.1**（413 aa）

---

## 4. 分析方法说明

1. **MSA**：使用 ClustalOmega 1.2.4 进行多序列比对
2. **共识序列**：各位置最高频氨基酸占比 ≥ 0.5 则写入，否则标X
3. **关键片段识别**：
   - 匹配已知保守块（Pfam注释特征序列）
   - 连续保守区检测（保守率 ≥ 90%，长度 ≥ 6aa）
   - 检测保守Cys残基（潜在二硫键）
4. **片段氨基酸组成分析（新）**：对每个高保守连续区段统计各功能类别氨基酸比例
   - 分类方案（含A/G/P归入疏水类）：
     Hydrophobic(V/L/I/M/A/G/P) | Nucleophilic(S/T/C) | Aromatic(F/Y/W)
     Amide(N/Q) | Acidic(D/E) | Cationic(H/K/R)；X不参与统计
   - 主导类别判定：最高占比 ≥ 35% 则为该类别主导，否则为 Mixed
5. **功能注释**：基于Pfam/InterPro已知蛋白结构-功能数据库

---

*本报告由自动化分析pipeline生成，关键片段功能解读基于已知蛋白家族注释。*


path: scripts/results/Bacillus atrophaeus/Bacillus atrophaeus_key_fragments.json
content: {
  "species": "Bacillus atrophaeus",
  "date": "20260319",
  "consensus_length": 415,
  "key_fragments": [
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_1_176",
      "sequence": "MKHLPAQDEQVFSAIKDERKRQQTKIELIASENFVSEAVMEAQGSVLTNKYAEGYPGKRYYGGCEHVDVVEDIARDRAKEIFGAEHVNVQPHSGAQANMAVYFTILEHGDTVLGMNLSHGGHLTHGSPVNFSGVQYNFVEYGVDKETQYIDYEDVRQKALEHKPKLIVAGASAYPR",
      "position_in_consensus": "1-176",
      "length": 176,
      "avg_conservation": "99.76%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续176aa保守性分析（平均99.76%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 75,
          "Nucleophilic": 16,
          "Aromatic": 16,
          "Amide": 17,
          "Acidic": 25,
          "Cationic": 27
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 42.6,
          "Nucleophilic": 9.1,
          "Aromatic": 9.1,
          "Amide": 9.7,
          "Acidic": 14.2,
          "Cationic": 15.3
        },
        "total_valid": 176,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 42.6,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_178_415",
      "sequence": "IDFKKFREIADEVGAYVMVDMAHIAGLVAAGLHPNPVPYADFVTTTTHKTLRGPRGGMILCREEFGKKIDKSIFPGIQGGPLMHVIAAKAVSFGEVLKDDFKTYAENVISNAKRLADSLNKEGVQLVSGGTDNHLVLVDLRSLGLTGKVAEHVLDEIGITSNKNAIPYDPEKPFVTSGIRLGTAAVTSRGFDGEALDEVGAIIALALKNHEDEGKLEEARQRVSALTEKFPLYKELDY",
      "position_in_consensus": "178-415",
      "length": 238,
      "avg_conservation": "99.77%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续238aa保守性分析（平均99.77%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 118,
          "Nucleophilic": 24,
          "Aromatic": 16,
          "Amide": 11,
          "Acidic": 34,
          "Cationic": 35
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 49.6,
          "Nucleophilic": 10.1,
          "Aromatic": 6.7,
          "Amide": 4.6,
          "Acidic": 14.3,
          "Cationic": 14.7
        },
        "total_valid": 238,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 49.6,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "保守半胱氨酸_二硫键",
      "sequence": "C×2（位置：64, 238）",
      "position_in_consensus": "多位置",
      "criticality": "结构关键",
      "function": "形成二硫键，维持蛋白三维构象稳定性",
      "evidence": "共识序列中检测到2个保守Cys残基"
    }
  ]
}

path: scripts/results/Bacillus atrophaeus/Bacillus atrophaeus_分析报告.md
content: # 蛋白质关键片段预测分析报告

**物种/类群：** Bacillus atrophaeus  
**分析日期：** 2026-03-19 12:23  
**输入序列数：** 14  
**共识序列长度：** 415 aa  
**共识序列保守率：** 100.0%（阈值≥0.5）  

---

## 1. 共识序列

```
   1 MKHLPAQDEQVFSAIKDERKRQQTKIELIASENFVSEAVMEAQGSVLTNKYAEGYPGKRY
  61 YGGCEHVDVVEDIARDRAKEIFGAEHVNVQPHSGAQANMAVYFTILEHGDTVLGMNLSHG
 121 GHLTHGSPVNFSGVQYNFVEYGVDKETQYIDYEDVRQKALEHKPKLIVAGASAYPRTIDF
 181 KKFREIADEVGAYVMVDMAHIAGLVAAGLHPNPVPYADFVTTTTHKTLRGPRGGMILCRE
 241 EFGKKIDKSIFPGIQGGPLMHVIAAKAVSFGEVLKDDFKTYAENVISNAKRLADSLNKEG
 301 VQLVSGGTDNHLVLVDLRSLGLTGKVAEHVLDEIGITSNKNAIPYDPEKPFVTSGIRLGT
 361 AAVTSRGFDGEALDEVGAIIALALKNHEDEGKLEEARQRVSALTEKFPLYKELDY
```

---

## 2. 关键功能片段

### 🔵 高保守连续区_1_176

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `MKHLPAQDEQVFSAIKDERKRQQTKIELIASENFVSEAVMEAQGSVLTNKYAEGYPGKRYYGGCEHVDVVEDIARDRAKEIFGAEHVNVQPHSGAQANMAVYFTILEHGDTVLGMNLSHGGHLTHGSPVNFSGVQYNFVEYGVDKETQYIDYEDVRQKALEHKPKLIVAGASAYPR` |
| **位置** | 1-176 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续176aa保守性分析（平均99.76%） |
| **平均保守率** | 99.76% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 42.6% | Cationic: 15.3% | Acidic: 14.2% | Amide: 9.7% | Nucleophilic: 9.1% | Aromatic: 9.1% |
| **主导类别** | Hydrophobic（42.6%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_178_415

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `IDFKKFREIADEVGAYVMVDMAHIAGLVAAGLHPNPVPYADFVTTTTHKTLRGPRGGMILCREEFGKKIDKSIFPGIQGGPLMHVIAAKAVSFGEVLKDDFKTYAENVISNAKRLADSLNKEGVQLVSGGTDNHLVLVDLRSLGLTGKVAEHVLDEIGITSNKNAIPYDPEKPFVTSGIRLGTAAVTSRGFDGEALDEVGAIIALALKNHEDEGKLEEARQRVSALTEKFPLYKELDY` |
| **位置** | 178-415 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续238aa保守性分析（平均99.77%） |
| **平均保守率** | 99.77% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 49.6% | Cationic: 14.7% | Acidic: 14.3% | Nucleophilic: 10.1% | Aromatic: 6.7% | Amide: 4.6% |
| **主导类别** | Hydrophobic（49.6%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🟡 保守半胱氨酸_二硫键

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `C×2（位置：64, 238）` |
| **位置** | 多位置 |
| **重要性** | 结构关键 |
| **功能** | 形成二硫键，维持蛋白三维构象稳定性 |
| **证据** | 共识序列中检测到2个保守Cys残基 |

---

## 3. 输入序列列表

- **WP_456526920.1**（415 aa）
- **WP_406621032.1**（415 aa）
- **WP_340639927.1**（415 aa）
- **WP_328183247.1**（415 aa）
- **WP_268534789.1**（415 aa）
- **WP_268507155.1**（415 aa）
- **WP_268500061.1**（415 aa）
- **WP_268477944.1**（275 aa）
- **WP_268385125.1**（415 aa）
- **WP_239814028.1**（415 aa）
- **WP_219946758.1**（415 aa）
- **WP_199679871.1**（415 aa）
- **WP_150224626.1**（415 aa）
- **WP_106044660.1**（415 aa）

---

## 4. 分析方法说明

1. **MSA**：使用 ClustalOmega 1.2.4 进行多序列比对
2. **共识序列**：各位置最高频氨基酸占比 ≥ 0.5 则写入，否则标X
3. **关键片段识别**：
   - 匹配已知保守块（Pfam注释特征序列）
   - 连续保守区检测（保守率 ≥ 90%，长度 ≥ 6aa）
   - 检测保守Cys残基（潜在二硫键）
4. **片段氨基酸组成分析（新）**：对每个高保守连续区段统计各功能类别氨基酸比例
   - 分类方案（含A/G/P归入疏水类）：
     Hydrophobic(V/L/I/M/A/G/P) | Nucleophilic(S/T/C) | Aromatic(F/Y/W)
     Amide(N/Q) | Acidic(D/E) | Cationic(H/K/R)；X不参与统计
   - 主导类别判定：最高占比 ≥ 35% 则为该类别主导，否则为 Mixed
5. **功能注释**：基于Pfam/InterPro已知蛋白结构-功能数据库

---

*本报告由自动化分析pipeline生成，关键片段功能解读基于已知蛋白家族注释。*


path: scripts/results/Bacillus cereus/Bacillus cereus_key_fragments.json
content: {
  "species": "Bacillus cereus",
  "date": "20260319",
  "consensus_length": 413,
  "key_fragments": [
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_1_77",
      "sequence": "MDHLKRQDEKVFAAIEAELGRQRSKIELIASENFVSEAVMEAQGSVLTNKYAEGYPGKRYYGGCEHVDVVEDIARDR",
      "position_in_consensus": "1-77",
      "length": 77,
      "avg_conservation": "99.77%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续77aa保守性分析（平均99.77%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 32,
          "Nucleophilic": 6,
          "Aromatic": 6,
          "Amide": 5,
          "Acidic": 15,
          "Cationic": 13
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 41.6,
          "Nucleophilic": 7.8,
          "Aromatic": 7.8,
          "Amide": 6.5,
          "Acidic": 19.5,
          "Cationic": 16.9
        },
        "total_valid": 77,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 41.6,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_79_145",
      "sequence": "KEIFGAEHVNVQPHSGAQANMAVYFTILEQGDTVLGMNLSHGGHLTHGSPVNFSGVQYNFVEYGVDA",
      "position_in_consensus": "79-145",
      "length": 67,
      "avg_conservation": "99.76%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续67aa保守性分析（平均99.76%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 32,
          "Nucleophilic": 7,
          "Aromatic": 7,
          "Amide": 9,
          "Acidic": 6,
          "Cationic": 6
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 47.8,
          "Nucleophilic": 10.4,
          "Aromatic": 10.4,
          "Amide": 13.4,
          "Acidic": 9.0,
          "Cationic": 9.0
        },
        "total_valid": 67,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 47.8,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_147_193",
      "sequence": "SHRINYDDVLAKAKEHKPKLIVAGASAYPRVIDFKRFREIADEVGAY",
      "position_in_consensus": "147-193",
      "length": 47,
      "avg_conservation": "99.76%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续47aa保守性分析（平均99.76%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 21,
          "Nucleophilic": 2,
          "Aromatic": 5,
          "Amide": 1,
          "Acidic": 7,
          "Cationic": 11
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 44.7,
          "Nucleophilic": 4.3,
          "Aromatic": 10.6,
          "Amide": 2.1,
          "Acidic": 14.9,
          "Cationic": 23.4
        },
        "total_valid": 47,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 44.7,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_195_240",
      "sequence": "MVDMAHIAGLVAAGLHPNPVPHAHFVTTTTHKTLRGPRGGMILCEE",
      "position_in_consensus": "195-240",
      "length": 46,
      "avg_conservation": "99.86%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续46aa保守性分析（平均99.86%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 27,
          "Nucleophilic": 6,
          "Aromatic": 1,
          "Amide": 1,
          "Acidic": 3,
          "Cationic": 8
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 58.7,
          "Nucleophilic": 13.0,
          "Aromatic": 2.2,
          "Amide": 2.2,
          "Acidic": 6.5,
          "Cationic": 17.4
        },
        "total_valid": 46,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 58.7,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_242_272",
      "sequence": "FAKQIDKSIFPGIQGGPLMHVIAAKAVAFGE",
      "position_in_consensus": "242-272",
      "length": 31,
      "avg_conservation": "99.95%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续31aa保守性分析（平均99.95%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 19,
          "Nucleophilic": 1,
          "Aromatic": 3,
          "Amide": 2,
          "Acidic": 2,
          "Cationic": 4
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 61.3,
          "Nucleophilic": 3.2,
          "Aromatic": 9.7,
          "Amide": 6.5,
          "Acidic": 6.5,
          "Cationic": 12.9
        },
        "total_valid": 31,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 61.3,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_278_377",
      "sequence": "FKTYAQNIINNANRLAEGLQKEGLTLVSGGTDNHLILIDVRNLEITGKVAEHVLDEVGITVNKNTIPFETASPFVTSGVRIGTAAVTSRGFGLEEMDEIA",
      "position_in_consensus": "278-377",
      "length": 100,
      "avg_conservation": "99.38%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续100aa保守性分析（平均99.38%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 48,
          "Nucleophilic": 14,
          "Aromatic": 5,
          "Amide": 10,
          "Acidic": 13,
          "Cationic": 10
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 48.0,
          "Nucleophilic": 14.0,
          "Aromatic": 5.0,
          "Amide": 10.0,
          "Acidic": 13.0,
          "Cationic": 10.0
        },
        "total_valid": 100,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 48.0,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_383_390",
      "sequence": "TLKNHENE",
      "position_in_consensus": "383-390",
      "length": 8,
      "avg_conservation": "99.59%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续8aa保守性分析（平均99.59%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 1,
          "Nucleophilic": 1,
          "Aromatic": 0,
          "Amide": 2,
          "Acidic": 2,
          "Cationic": 2
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 12.5,
          "Nucleophilic": 12.5,
          "Aromatic": 0.0,
          "Amide": 25.0,
          "Acidic": 25.0,
          "Cationic": 25.0
        },
        "total_valid": 8,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Mixed",
        "dominant_ratio": 25.0,
        "physicochemical_property": "混合型（Mixed）——无单一主导类别（最高占比 < 35%），理化性质复合，可能涉及多功能结合界面"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_397_407",
      "sequence": "RKRVEALTSKF",
      "position_in_consensus": "397-407",
      "length": 11,
      "avg_conservation": "98.66%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续11aa保守性分析（平均98.66%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 3,
          "Nucleophilic": 2,
          "Aromatic": 1,
          "Amide": 0,
          "Acidic": 1,
          "Cationic": 4
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 27.3,
          "Nucleophilic": 18.2,
          "Aromatic": 9.1,
          "Amide": 0.0,
          "Acidic": 9.1,
          "Cationic": 36.4
        },
        "total_valid": 11,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Cationic",
        "dominant_ratio": 36.4,
        "physicochemical_property": "阳离子性（Cationic）——富含 His/Lys/Arg，带正电，参与底物识别、催化位点及DNA/RNA结合"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "保守半胱氨酸_二硫键",
      "sequence": "C×2（位置：64, 238）",
      "position_in_consensus": "多位置",
      "criticality": "结构关键",
      "function": "形成二硫键，维持蛋白三维构象稳定性",
      "evidence": "共识序列中检测到2个保守Cys残基"
    }
  ]
}

path: scripts/results/Bacillus cereus/Bacillus cereus_分析报告.md
content: # 蛋白质关键片段预测分析报告

**物种/类群：** Bacillus cereus  
**分析日期：** 2026-03-19 12:23  
**输入序列数：** 62  
**共识序列长度：** 413 aa  
**共识序列保守率：** 100.0%（阈值≥0.5）  

---

## 1. 共识序列

```
   1 MDHLKRQDEKVFAAIEAELGRQRSKIELIASENFVSEAVMEAQGSVLTNKYAEGYPGKRY
  61 YGGCEHVDVVEDIARDRVKEIFGAEHVNVQPHSGAQANMAVYFTILEQGDTVLGMNLSHG
 121 GHLTHGSPVNFSGVQYNFVEYGVDADSHRINYDDVLAKAKEHKPKLIVAGASAYPRVIDF
 181 KRFREIADEVGAYLMVDMAHIAGLVAAGLHPNPVPHAHFVTTTTHKTLRGPRGGMILCEE
 241 QFAKQIDKSIFPGIQGGPLMHVIAAKAVAFGEALQDDFKTYAQNIINNANRLAEGLQKEG
 301 LTLVSGGTDNHLILIDVRNLEITGKVAEHVLDEVGITVNKNTIPFETASPFVTSGVRIGT
 361 AAVTSRGFGLEEMDEIASLIAYTLKNHENEAALEEARKRVEALTSKFPMYPNL
```

---

## 2. 关键功能片段

### 🔵 高保守连续区_1_77

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `MDHLKRQDEKVFAAIEAELGRQRSKIELIASENFVSEAVMEAQGSVLTNKYAEGYPGKRYYGGCEHVDVVEDIARDR` |
| **位置** | 1-77 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续77aa保守性分析（平均99.77%） |
| **平均保守率** | 99.77% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 41.6% | Acidic: 19.5% | Cationic: 16.9% | Nucleophilic: 7.8% | Aromatic: 7.8% | Amide: 6.5% |
| **主导类别** | Hydrophobic（41.6%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_79_145

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `KEIFGAEHVNVQPHSGAQANMAVYFTILEQGDTVLGMNLSHGGHLTHGSPVNFSGVQYNFVEYGVDA` |
| **位置** | 79-145 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续67aa保守性分析（平均99.76%） |
| **平均保守率** | 99.76% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 47.8% | Amide: 13.4% | Nucleophilic: 10.4% | Aromatic: 10.4% | Acidic: 9.0% | Cationic: 9.0% |
| **主导类别** | Hydrophobic（47.8%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_147_193

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `SHRINYDDVLAKAKEHKPKLIVAGASAYPRVIDFKRFREIADEVGAY` |
| **位置** | 147-193 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续47aa保守性分析（平均99.76%） |
| **平均保守率** | 99.76% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 44.7% | Cationic: 23.4% | Acidic: 14.9% | Aromatic: 10.6% | Nucleophilic: 4.3% | Amide: 2.1% |
| **主导类别** | Hydrophobic（44.7%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_195_240

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `MVDMAHIAGLVAAGLHPNPVPHAHFVTTTTHKTLRGPRGGMILCEE` |
| **位置** | 195-240 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续46aa保守性分析（平均99.86%） |
| **平均保守率** | 99.86% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 58.7% | Cationic: 17.4% | Nucleophilic: 13.0% | Acidic: 6.5% | Aromatic: 2.2% | Amide: 2.2% |
| **主导类别** | Hydrophobic（58.7%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_242_272

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `FAKQIDKSIFPGIQGGPLMHVIAAKAVAFGE` |
| **位置** | 242-272 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续31aa保守性分析（平均99.95%） |
| **平均保守率** | 99.95% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 61.3% | Cationic: 12.9% | Aromatic: 9.7% | Amide: 6.5% | Acidic: 6.5% | Nucleophilic: 3.2% |
| **主导类别** | Hydrophobic（61.3%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_278_377

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `FKTYAQNIINNANRLAEGLQKEGLTLVSGGTDNHLILIDVRNLEITGKVAEHVLDEVGITVNKNTIPFETASPFVTSGVRIGTAAVTSRGFGLEEMDEIA` |
| **位置** | 278-377 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续100aa保守性分析（平均99.38%） |
| **平均保守率** | 99.38% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 48.0% | Nucleophilic: 14.0% | Acidic: 13.0% | Amide: 10.0% | Cationic: 10.0% | Aromatic: 5.0% |
| **主导类别** | Hydrophobic（48.0%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_383_390

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `TLKNHENE` |
| **位置** | 383-390 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续8aa保守性分析（平均99.59%） |
| **平均保守率** | 99.59% |
| **氨基酸组成** | Amide: 25.0% | Acidic: 25.0% | Cationic: 25.0% | Hydrophobic: 12.5% | Nucleophilic: 12.5% |
| **主导类别** | Mixed（25.0%） |
| **主要理化性质** | 混合型（Mixed）——无单一主导类别（最高占比 < 35%），理化性质复合，可能涉及多功能结合界面 |

### 🔵 高保守连续区_397_407

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `RKRVEALTSKF` |
| **位置** | 397-407 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续11aa保守性分析（平均98.66%） |
| **平均保守率** | 98.66% |
| **氨基酸组成** | Cationic: 36.4% | Hydrophobic: 27.3% | Nucleophilic: 18.2% | Aromatic: 9.1% | Acidic: 9.1% |
| **主导类别** | Cationic（36.4%） |
| **主要理化性质** | 阳离子性（Cationic）——富含 His/Lys/Arg，带正电，参与底物识别、催化位点及DNA/RNA结合 |

### 🟡 保守半胱氨酸_二硫键

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `C×2（位置：64, 238）` |
| **位置** | 多位置 |
| **重要性** | 结构关键 |
| **功能** | 形成二硫键，维持蛋白三维构象稳定性 |
| **证据** | 共识序列中检测到2个保守Cys残基 |

---

## 3. 输入序列列表

- **WP_458910337.1**（413 aa）
- **WP_458894041.1**（413 aa）
- **WP_458188612.1**（413 aa）
- **WP_445970918.1**（413 aa）
- **WP_428889158.1**（413 aa）
- **WP_141524063.1**（413 aa）
- **WP_410984933.1**（413 aa）
- **WP_410257869.1**（413 aa）
- **WP_377823211.1**（413 aa）
- **WP_375363786.1**（413 aa）
- **WP_375231159.1**（413 aa）
- **WP_322375680.1**（413 aa）
- **WP_273749901.1**（413 aa）
- **WP_264459624.1**（413 aa）
- **WP_236787344.1**（413 aa）
- **WP_226606042.1**（413 aa）
- **WP_221826232.1**（413 aa）
- **WP_207640028.1**（320 aa）
- **WP_202340446.1**（413 aa）
- **WP_202321428.1**（413 aa）
- **WP_199672744.1**（413 aa）
- **WP_193655857.1**（413 aa）
- **WP_193646755.1**（413 aa）
- **WP_163092839.1**（413 aa）
- **WP_157417276.1**（413 aa）
- **WP_153045345.1**（413 aa）
- **WP_153044550.1**（413 aa）
- **WP_151617104.1**（413 aa）
- **WP_151525160.1**（413 aa）
- **WP_142347912.1**（413 aa）
- **WP_142346146.1**（413 aa）
- **WP_142345207.1**（413 aa）
- **WP_142344566.1**（413 aa）
- **WP_142343294.1**（413 aa）
- **WP_142331034.1**（413 aa）
- **WP_142329336.1**（413 aa）
- **WP_142328328.1**（413 aa）
- **WP_142327906.1**（413 aa）
- **WP_142324485.1**（413 aa）
- **WP_142318458.1**（413 aa）
- **WP_142238855.1**（413 aa）
- **WP_141547935.1**（413 aa）
- **WP_141543951.1**（413 aa）
- **WP_141540248.1**（413 aa）
- **WP_141539260.1**（413 aa）
- **WP_141538463.1**（413 aa）
- **WP_141536888.1**（413 aa）
- **WP_141532160.1**（413 aa）
- **WP_141531721.1**（413 aa）
- **WP_141525940.1**（413 aa）
- **WP_140421495.1**（413 aa）
- **WP_139848119.1**（413 aa）
- **WP_113740983.1**（413 aa）
- **WP_111901947.1**（413 aa）
- **WP_063222515.1**（413 aa）
- **WP_059304268.1**（413 aa）
- **WP_048568658.1**（413 aa）
- **WP_048564289.1**（413 aa）
- **WP_016106713.1**（413 aa）
- **WP_002089744.1**（413 aa）
- **WP_001015988.1**（413 aa）
- **WP_000349810.1**（413 aa）

---

## 4. 分析方法说明

1. **MSA**：使用 ClustalOmega 1.2.4 进行多序列比对
2. **共识序列**：各位置最高频氨基酸占比 ≥ 0.5 则写入，否则标X
3. **关键片段识别**：
   - 匹配已知保守块（Pfam注释特征序列）
   - 连续保守区检测（保守率 ≥ 90%，长度 ≥ 6aa）
   - 检测保守Cys残基（潜在二硫键）
4. **片段氨基酸组成分析（新）**：对每个高保守连续区段统计各功能类别氨基酸比例
   - 分类方案（含A/G/P归入疏水类）：
     Hydrophobic(V/L/I/M/A/G/P) | Nucleophilic(S/T/C) | Aromatic(F/Y/W)
     Amide(N/Q) | Acidic(D/E) | Cationic(H/K/R)；X不参与统计
   - 主导类别判定：最高占比 ≥ 35% 则为该类别主导，否则为 Mixed
5. **功能注释**：基于Pfam/InterPro已知蛋白结构-功能数据库

---

*本报告由自动化分析pipeline生成，关键片段功能解读基于已知蛋白家族注释。*


path: scripts/results/Bacillus cereus group/Bacillus cereus group_key_fragments.json
content: {
  "species": "Bacillus cereus group",
  "date": "20260319",
  "consensus_length": 413,
  "key_fragments": [
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_1_77",
      "sequence": "MDHLKRQDEKVFAAIEAELGRQRSKIELIASENFVSEAVMEAQGSVLTNKYAEGYPGKRYYGGCEHVDVVEDIARDR",
      "position_in_consensus": "1-77",
      "length": 77,
      "avg_conservation": "99.79%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续77aa保守性分析（平均99.79%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 32,
          "Nucleophilic": 6,
          "Aromatic": 6,
          "Amide": 5,
          "Acidic": 15,
          "Cationic": 13
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 41.6,
          "Nucleophilic": 7.8,
          "Aromatic": 7.8,
          "Amide": 6.5,
          "Acidic": 19.5,
          "Cationic": 16.9
        },
        "total_valid": 77,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 41.6,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_79_107",
      "sequence": "KEIFGAEHVNVQPHSGAQANMAVYFTILE",
      "position_in_consensus": "79-107",
      "length": 29,
      "avg_conservation": "100.00%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续29aa保守性分析（平均100.00%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 14,
          "Nucleophilic": 2,
          "Aromatic": 3,
          "Amide": 4,
          "Acidic": 3,
          "Cationic": 3
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 48.3,
          "Nucleophilic": 6.9,
          "Aromatic": 10.3,
          "Amide": 13.8,
          "Acidic": 10.3,
          "Cationic": 10.3
        },
        "total_valid": 29,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 48.3,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_109_145",
      "sequence": "GDTVLGMNLSHGGHLTHGSPVNFSGVQYNFVEYGVDA",
      "position_in_consensus": "109-145",
      "length": 37,
      "avg_conservation": "99.83%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续37aa保守性分析（平均99.83%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 18,
          "Nucleophilic": 5,
          "Aromatic": 4,
          "Amide": 4,
          "Acidic": 3,
          "Cationic": 3
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 48.6,
          "Nucleophilic": 13.5,
          "Aromatic": 10.8,
          "Amide": 10.8,
          "Acidic": 8.1,
          "Cationic": 8.1
        },
        "total_valid": 37,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 48.6,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_147_193",
      "sequence": "SHRINYDDVLAKAKEHKPKLIVAGASAYPRVIDFKRFREIADEVGAY",
      "position_in_consensus": "147-193",
      "length": 47,
      "avg_conservation": "99.86%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续47aa保守性分析（平均99.86%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 21,
          "Nucleophilic": 2,
          "Aromatic": 5,
          "Amide": 1,
          "Acidic": 7,
          "Cationic": 11
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 44.7,
          "Nucleophilic": 4.3,
          "Aromatic": 10.6,
          "Amide": 2.1,
          "Acidic": 14.9,
          "Cationic": 23.4
        },
        "total_valid": 47,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 44.7,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_195_240",
      "sequence": "MVDMAHIAGLVAAGLHPNPVPHAHFVTTTTHKTLRGPRGGMILCEE",
      "position_in_consensus": "195-240",
      "length": 46,
      "avg_conservation": "99.79%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续46aa保守性分析（平均99.79%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 27,
          "Nucleophilic": 6,
          "Aromatic": 1,
          "Amide": 1,
          "Acidic": 3,
          "Cationic": 8
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 58.7,
          "Nucleophilic": 13.0,
          "Aromatic": 2.2,
          "Amide": 2.2,
          "Acidic": 6.5,
          "Cationic": 17.4
        },
        "total_valid": 46,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 58.7,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_242_272",
      "sequence": "FAKQIDKSIFPGIQGGPLMHVIAAKAVAFGE",
      "position_in_consensus": "242-272",
      "length": 31,
      "avg_conservation": "100.00%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续31aa保守性分析（平均100.00%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 19,
          "Nucleophilic": 1,
          "Aromatic": 3,
          "Amide": 2,
          "Acidic": 2,
          "Cationic": 4
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 61.3,
          "Nucleophilic": 3.2,
          "Aromatic": 9.7,
          "Amide": 6.5,
          "Acidic": 6.5,
          "Cationic": 12.9
        },
        "total_valid": 31,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 61.3,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_278_289",
      "sequence": "FKTYAQNIINNA",
      "position_in_consensus": "278-289",
      "length": 12,
      "avg_conservation": "97.58%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续12aa保守性分析（平均97.58%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 4,
          "Nucleophilic": 1,
          "Aromatic": 2,
          "Amide": 4,
          "Acidic": 0,
          "Cationic": 1
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 33.3,
          "Nucleophilic": 8.3,
          "Aromatic": 16.7,
          "Amide": 33.3,
          "Acidic": 0.0,
          "Cationic": 8.3
        },
        "total_valid": 12,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Mixed",
        "dominant_ratio": 33.3,
        "physicochemical_property": "混合型（Mixed）——无单一主导类别（最高占比 < 35%），理化性质复合，可能涉及多功能结合界面"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_291_320",
      "sequence": "RLAEGLQKEGLTLVSGGTDNHLILIDVRNL",
      "position_in_consensus": "291-320",
      "length": 30,
      "avg_conservation": "99.78%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续30aa保守性分析（平均99.78%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 16,
          "Nucleophilic": 3,
          "Aromatic": 0,
          "Amide": 3,
          "Acidic": 4,
          "Cationic": 4
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 53.3,
          "Nucleophilic": 10.0,
          "Aromatic": 0.0,
          "Amide": 10.0,
          "Acidic": 13.3,
          "Cationic": 13.3
        },
        "total_valid": 30,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 53.3,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_322_377",
      "sequence": "ITGKVAEHVLDEVGITVNKNTIPFETASPFVTSGVRIGTAAVTSRGFGLEEMDEIA",
      "position_in_consensus": "322-377",
      "length": 56,
      "avg_conservation": "99.77%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续56aa保守性分析（平均99.77%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 28,
          "Nucleophilic": 10,
          "Aromatic": 3,
          "Amide": 2,
          "Acidic": 8,
          "Cationic": 5
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 50.0,
          "Nucleophilic": 17.9,
          "Aromatic": 5.4,
          "Amide": 3.6,
          "Acidic": 14.3,
          "Cationic": 8.9
        },
        "total_valid": 56,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 50.0,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_383_390",
      "sequence": "TLKNHENE",
      "position_in_consensus": "383-390",
      "length": 8,
      "avg_conservation": "98.79%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续8aa保守性分析（平均98.79%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 1,
          "Nucleophilic": 1,
          "Aromatic": 0,
          "Amide": 2,
          "Acidic": 2,
          "Cationic": 2
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 12.5,
          "Nucleophilic": 12.5,
          "Aromatic": 0.0,
          "Amide": 25.0,
          "Acidic": 25.0,
          "Cationic": 25.0
        },
        "total_valid": 8,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Mixed",
        "dominant_ratio": 25.0,
        "physicochemical_property": "混合型（Mixed）——无单一主导类别（最高占比 < 35%），理化性质复合，可能涉及多功能结合界面"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_403_410",
      "sequence": "LTSKFPMY",
      "position_in_consensus": "403-410",
      "length": 8,
      "avg_conservation": "98.79%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续8aa保守性分析（平均98.79%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 3,
          "Nucleophilic": 2,
          "Aromatic": 2,
          "Amide": 0,
          "Acidic": 0,
          "Cationic": 1
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 37.5,
          "Nucleophilic": 25.0,
          "Aromatic": 25.0,
          "Amide": 0.0,
          "Acidic": 0.0,
          "Cationic": 12.5
        },
        "total_valid": 8,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 37.5,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "保守半胱氨酸_二硫键",
      "sequence": "C×2（位置：64, 238）",
      "position_in_consensus": "多位置",
      "criticality": "结构关键",
      "function": "形成二硫键，维持蛋白三维构象稳定性",
      "evidence": "共识序列中检测到2个保守Cys残基"
    }
  ]
}

path: scripts/results/Bacillus cereus group/Bacillus cereus group_分析报告.md
content: # 蛋白质关键片段预测分析报告

**物种/类群：** Bacillus cereus group  
**分析日期：** 2026-03-19 12:23  
**输入序列数：** 31  
**共识序列长度：** 413 aa  
**共识序列保守率：** 100.0%（阈值≥0.5）  

---

## 1. 共识序列

```
   1 MDHLKRQDEKVFAAIEAELGRQRSKIELIASENFVSEAVMEAQGSVLTNKYAEGYPGKRY
  61 YGGCEHVDVVEDIARDRVKEIFGAEHVNVQPHSGAQANMAVYFTILEQGDTVLGMNLSHG
 121 GHLTHGSPVNFSGVQYNFVEYGVDAESHRINYDDVLAKAKEHKPKLIVAGASAYPRVIDF
 181 KRFREIADEVGAYLMVDMAHIAGLVAAGLHPNPVPHAHFVTTTTHKTLRGPRGGMILCEE
 241 QFAKQIDKSIFPGIQGGPLMHVIAAKAVAFGEALQDDFKTYAQNIINNANRLAEGLQKEG
 301 LTLVSGGTDNHLILIDVRNLEITGKVAEHVLDEVGITVNKNTIPFETASPFVTSGVRIGT
 361 AAVTSRGFGLEEMDEIASLIAYTLKNHENEAALEEARKRVEALTSKFPMYTNL
```

---

## 2. 关键功能片段

### 🔵 高保守连续区_1_77

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `MDHLKRQDEKVFAAIEAELGRQRSKIELIASENFVSEAVMEAQGSVLTNKYAEGYPGKRYYGGCEHVDVVEDIARDR` |
| **位置** | 1-77 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续77aa保守性分析（平均99.79%） |
| **平均保守率** | 99.79% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 41.6% | Acidic: 19.5% | Cationic: 16.9% | Nucleophilic: 7.8% | Aromatic: 7.8% | Amide: 6.5% |
| **主导类别** | Hydrophobic（41.6%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_79_107

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `KEIFGAEHVNVQPHSGAQANMAVYFTILE` |
| **位置** | 79-107 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续29aa保守性分析（平均100.00%） |
| **平均保守率** | 100.00% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 48.3% | Amide: 13.8% | Aromatic: 10.3% | Acidic: 10.3% | Cationic: 10.3% | Nucleophilic: 6.9% |
| **主导类别** | Hydrophobic（48.3%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_109_145

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `GDTVLGMNLSHGGHLTHGSPVNFSGVQYNFVEYGVDA` |
| **位置** | 109-145 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续37aa保守性分析（平均99.83%） |
| **平均保守率** | 99.83% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 48.6% | Nucleophilic: 13.5% | Aromatic: 10.8% | Amide: 10.8% | Acidic: 8.1% | Cationic: 8.1% |
| **主导类别** | Hydrophobic（48.6%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_147_193

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `SHRINYDDVLAKAKEHKPKLIVAGASAYPRVIDFKRFREIADEVGAY` |
| **位置** | 147-193 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续47aa保守性分析（平均99.86%） |
| **平均保守率** | 99.86% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 44.7% | Cationic: 23.4% | Acidic: 14.9% | Aromatic: 10.6% | Nucleophilic: 4.3% | Amide: 2.1% |
| **主导类别** | Hydrophobic（44.7%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_195_240

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `MVDMAHIAGLVAAGLHPNPVPHAHFVTTTTHKTLRGPRGGMILCEE` |
| **位置** | 195-240 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续46aa保守性分析（平均99.79%） |
| **平均保守率** | 99.79% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 58.7% | Cationic: 17.4% | Nucleophilic: 13.0% | Acidic: 6.5% | Aromatic: 2.2% | Amide: 2.2% |
| **主导类别** | Hydrophobic（58.7%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_242_272

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `FAKQIDKSIFPGIQGGPLMHVIAAKAVAFGE` |
| **位置** | 242-272 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续31aa保守性分析（平均100.00%） |
| **平均保守率** | 100.00% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 61.3% | Cationic: 12.9% | Aromatic: 9.7% | Amide: 6.5% | Acidic: 6.5% | Nucleophilic: 3.2% |
| **主导类别** | Hydrophobic（61.3%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_278_289

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `FKTYAQNIINNA` |
| **位置** | 278-289 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续12aa保守性分析（平均97.58%） |
| **平均保守率** | 97.58% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 33.3% | Amide: 33.3% | Aromatic: 16.7% | Nucleophilic: 8.3% | Cationic: 8.3% |
| **主导类别** | Mixed（33.3%） |
| **主要理化性质** | 混合型（Mixed）——无单一主导类别（最高占比 < 35%），理化性质复合，可能涉及多功能结合界面 |

### 🔵 高保守连续区_291_320

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `RLAEGLQKEGLTLVSGGTDNHLILIDVRNL` |
| **位置** | 291-320 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续30aa保守性分析（平均99.78%） |
| **平均保守率** | 99.78% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 53.3% | Acidic: 13.3% | Cationic: 13.3% | Nucleophilic: 10.0% | Amide: 10.0% |
| **主导类别** | Hydrophobic（53.3%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_322_377

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `ITGKVAEHVLDEVGITVNKNTIPFETASPFVTSGVRIGTAAVTSRGFGLEEMDEIA` |
| **位置** | 322-377 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续56aa保守性分析（平均99.77%） |
| **平均保守率** | 99.77% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 50.0% | Nucleophilic: 17.9% | Acidic: 14.3% | Cationic: 8.9% | Aromatic: 5.4% | Amide: 3.6% |
| **主导类别** | Hydrophobic（50.0%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_383_390

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `TLKNHENE` |
| **位置** | 383-390 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续8aa保守性分析（平均98.79%） |
| **平均保守率** | 98.79% |
| **氨基酸组成** | Amide: 25.0% | Acidic: 25.0% | Cationic: 25.0% | Hydrophobic: 12.5% | Nucleophilic: 12.5% |
| **主导类别** | Mixed（25.0%） |
| **主要理化性质** | 混合型（Mixed）——无单一主导类别（最高占比 < 35%），理化性质复合，可能涉及多功能结合界面 |

### 🔵 高保守连续区_403_410

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `LTSKFPMY` |
| **位置** | 403-410 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续8aa保守性分析（平均98.79%） |
| **平均保守率** | 98.79% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 37.5% | Nucleophilic: 25.0% | Aromatic: 25.0% | Cationic: 12.5% |
| **主导类别** | Hydrophobic（37.5%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🟡 保守半胱氨酸_二硫键

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `C×2（位置：64, 238）` |
| **位置** | 多位置 |
| **重要性** | 结构关键 |
| **功能** | 形成二硫键，维持蛋白三维构象稳定性 |
| **证据** | 共识序列中检测到2个保守Cys残基 |

---

## 3. 输入序列列表

- **WP_375371192.1**（413 aa）
- **WP_219912903.1**（413 aa）
- **WP_140420744.1**（413 aa）
- **WP_149176309.1**（413 aa）
- **WP_205171783.1**（413 aa）
- **WP_000349799.1**（413 aa）
- **WP_213746385.1**（413 aa）
- **WP_000349803.1**（413 aa）
- **WP_141533317.1**（413 aa）
- **WP_000349801.1**（413 aa）
- **WP_113708519.1**（413 aa）
- **WP_327974720.1**（413 aa）
- **WP_060632956.1**（413 aa）
- **WP_140161598.1**（413 aa）
- **WP_141542495.1**（413 aa）
- **WP_071744067.1**（413 aa）
- **WP_141555617.1**（413 aa）
- **WP_240380923.1**（413 aa）
- **WP_140160145.1**（413 aa）
- **WP_012096282.1**（413 aa）
- **WP_210370635.1**（413 aa）
- **WP_163072281.1**（413 aa）
- **WP_199715293.1**（413 aa）
- **WP_142318696.1**（413 aa）
- **WP_063538170.1**（413 aa）
- **WP_141545469.1**（413 aa）
- **WP_141536483.1**（413 aa）
- **WP_141534929.1**（413 aa）
- **WP_141436272.1**（413 aa）
- **WP_139894710.1**（413 aa）
- **WP_000349821.1**（413 aa）

---

## 4. 分析方法说明

1. **MSA**：使用 ClustalOmega 1.2.4 进行多序列比对
2. **共识序列**：各位置最高频氨基酸占比 ≥ 0.5 则写入，否则标X
3. **关键片段识别**：
   - 匹配已知保守块（Pfam注释特征序列）
   - 连续保守区检测（保守率 ≥ 90%，长度 ≥ 6aa）
   - 检测保守Cys残基（潜在二硫键）
4. **片段氨基酸组成分析（新）**：对每个高保守连续区段统计各功能类别氨基酸比例
   - 分类方案（含A/G/P归入疏水类）：
     Hydrophobic(V/L/I/M/A/G/P) | Nucleophilic(S/T/C) | Aromatic(F/Y/W)
     Amide(N/Q) | Acidic(D/E) | Cationic(H/K/R)；X不参与统计
   - 主导类别判定：最高占比 ≥ 35% 则为该类别主导，否则为 Mixed
5. **功能注释**：基于Pfam/InterPro已知蛋白结构-功能数据库

---

*本报告由自动化分析pipeline生成，关键片段功能解读基于已知蛋白家族注释。*


path: scripts/results/Bacillus halotolerans/Bacillus halotolerans_key_fragments.json
content: {
  "species": "Bacillus halotolerans",
  "date": "20260319",
  "consensus_length": 415,
  "key_fragments": [
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_1_84",
      "sequence": "MKHLPAQDEQVFNAIKNERERQQTKIELIASENFVSEAVMEAQGSVLTNKYAEGYPGKRYYGGCEHVDVVEDIARDRAKEIFGA",
      "position_in_consensus": "1-84",
      "length": 84,
      "avg_conservation": "100.00%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续84aa保守性分析（平均100.00%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 34,
          "Nucleophilic": 6,
          "Aromatic": 7,
          "Amide": 9,
          "Acidic": 15,
          "Cationic": 13
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 40.5,
          "Nucleophilic": 7.1,
          "Aromatic": 8.3,
          "Amide": 10.7,
          "Acidic": 17.9,
          "Cationic": 15.5
        },
        "total_valid": 84,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 40.5,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_86_218",
      "sequence": "HVNVQPHSGAQANMAVYFTILEQGDTVLGMNLSHGGHLTHGSPVNFSGVQYNFVEYGVDKETQHIDYDDVREKALAHKPKLIVAGASAYPRTIDFKKFREIADEVGAYFMVDMAHIAGLVAAGLHPNPVPYAD",
      "position_in_consensus": "86-218",
      "length": 133,
      "avg_conservation": "100.00%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续133aa保守性分析（平均100.00%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 66,
          "Nucleophilic": 10,
          "Aromatic": 13,
          "Amide": 11,
          "Acidic": 15,
          "Cationic": 18
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 49.6,
          "Nucleophilic": 7.5,
          "Aromatic": 9.8,
          "Amide": 8.3,
          "Acidic": 11.3,
          "Cationic": 13.5
        },
        "total_valid": 133,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 49.6,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_220_272",
      "sequence": "VTTTTHKTLRGPRGGMILCREEFGKKIDKSIFPGIQGGPLMHVIAAKAVSFGE",
      "position_in_consensus": "220-272",
      "length": 53,
      "avg_conservation": "100.00%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续53aa保守性分析（平均100.00%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 27,
          "Nucleophilic": 8,
          "Aromatic": 3,
          "Amide": 1,
          "Acidic": 4,
          "Cationic": 10
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 50.9,
          "Nucleophilic": 15.1,
          "Aromatic": 5.7,
          "Amide": 1.9,
          "Acidic": 7.5,
          "Cationic": 18.9
        },
        "total_valid": 53,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 50.9,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_274_300",
      "sequence": "LRDDFKTYAQNVISNAKRLAESLTKEG",
      "position_in_consensus": "274-300",
      "length": 27,
      "avg_conservation": "100.00%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续27aa保守性分析（平均100.00%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 9,
          "Nucleophilic": 4,
          "Aromatic": 2,
          "Amide": 3,
          "Acidic": 4,
          "Cationic": 5
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 33.3,
          "Nucleophilic": 14.8,
          "Aromatic": 7.4,
          "Amide": 11.1,
          "Acidic": 14.8,
          "Cationic": 18.5
        },
        "total_valid": 27,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Mixed",
        "dominant_ratio": 33.3,
        "physicochemical_property": "混合型（Mixed）——无单一主导类别（最高占比 < 35%），理化性质复合，可能涉及多功能结合界面"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_304_375",
      "sequence": "VSGGTDNHLILVDLRSLGLTGKVAEHVLDEIGITSNKNAIPYDPEKPFVTSGIRLGTAAVTSRGFDGEALDE",
      "position_in_consensus": "304-375",
      "length": 72,
      "avg_conservation": "100.00%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续72aa保守性分析（平均100.00%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 36,
          "Nucleophilic": 11,
          "Aromatic": 3,
          "Amide": 3,
          "Acidic": 11,
          "Cationic": 8
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 50.0,
          "Nucleophilic": 15.3,
          "Aromatic": 4.2,
          "Amide": 4.2,
          "Acidic": 15.3,
          "Cationic": 11.1
        },
        "total_valid": 72,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 50.0,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_377_390",
      "sequence": "GAIIALALKNHEDE",
      "position_in_consensus": "377-390",
      "length": 14,
      "avg_conservation": "100.00%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续14aa保守性分析（平均100.00%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 8,
          "Nucleophilic": 0,
          "Aromatic": 0,
          "Amide": 1,
          "Acidic": 3,
          "Cationic": 2
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 57.1,
          "Nucleophilic": 0.0,
          "Aromatic": 0.0,
          "Amide": 7.1,
          "Acidic": 21.4,
          "Cationic": 14.3
        },
        "total_valid": 14,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 57.1,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_392_399",
      "sequence": "KLEEARQR",
      "position_in_consensus": "392-399",
      "length": 8,
      "avg_conservation": "100.00%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续8aa保守性分析（平均100.00%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 2,
          "Nucleophilic": 0,
          "Aromatic": 0,
          "Amide": 1,
          "Acidic": 2,
          "Cationic": 3
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 25.0,
          "Nucleophilic": 0.0,
          "Aromatic": 0.0,
          "Amide": 12.5,
          "Acidic": 25.0,
          "Cationic": 37.5
        },
        "total_valid": 8,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Cationic",
        "dominant_ratio": 37.5,
        "physicochemical_property": "阳离子性（Cationic）——富含 His/Lys/Arg，带正电，参与底物识别、催化位点及DNA/RNA结合"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_403_415",
      "sequence": "LTGKFPLYKELDY",
      "position_in_consensus": "403-415",
      "length": 13,
      "avg_conservation": "100.00%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续13aa保守性分析（平均100.00%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 5,
          "Nucleophilic": 1,
          "Aromatic": 3,
          "Amide": 0,
          "Acidic": 2,
          "Cationic": 2
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 38.5,
          "Nucleophilic": 7.7,
          "Aromatic": 23.1,
          "Amide": 0.0,
          "Acidic": 15.4,
          "Cationic": 15.4
        },
        "total_valid": 13,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 38.5,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "保守半胱氨酸_二硫键",
      "sequence": "C×2（位置：64, 238）",
      "position_in_consensus": "多位置",
      "criticality": "结构关键",
      "function": "形成二硫键，维持蛋白三维构象稳定性",
      "evidence": "共识序列中检测到2个保守Cys残基"
    }
  ]
}

path: scripts/results/Bacillus halotolerans/Bacillus halotolerans_分析报告.md
content: # 蛋白质关键片段预测分析报告

**物种/类群：** Bacillus halotolerans  
**分析日期：** 2026-03-19 12:23  
**输入序列数：** 9  
**共识序列长度：** 415 aa  
**共识序列保守率：** 100.0%（阈值≥0.5）  

---

## 1. 共识序列

```
   1 MKHLPAQDEQVFNAIKNERERQQTKIELIASENFVSEAVMEAQGSVLTNKYAEGYPGKRY
  61 YGGCEHVDVVEDIARDRAKEIFGAEHVNVQPHSGAQANMAVYFTILEQGDTVLGMNLSHG
 121 GHLTHGSPVNFSGVQYNFVEYGVDKETQHIDYDDVREKALAHKPKLIVAGASAYPRTIDF
 181 KKFREIADEVGAYFMVDMAHIAGLVAAGLHPNPVPYADFVTTTTHKTLRGPRGGMILCRE
 241 EFGKKIDKSIFPGIQGGPLMHVIAAKAVSFGEVLRDDFKTYAQNVISNAKRLAESLTKEG
 301 IQLVSGGTDNHLILVDLRSLGLTGKVAEHVLDEIGITSNKNAIPYDPEKPFVTSGIRLGT
 361 AAVTSRGFDGEALDEVGAIIALALKNHEDEGKLEEARQRVAALTGKFPLYKELDY
```

---

## 2. 关键功能片段

### 🔵 高保守连续区_1_84

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `MKHLPAQDEQVFNAIKNERERQQTKIELIASENFVSEAVMEAQGSVLTNKYAEGYPGKRYYGGCEHVDVVEDIARDRAKEIFGA` |
| **位置** | 1-84 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续84aa保守性分析（平均100.00%） |
| **平均保守率** | 100.00% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 40.5% | Acidic: 17.9% | Cationic: 15.5% | Amide: 10.7% | Aromatic: 8.3% | Nucleophilic: 7.1% |
| **主导类别** | Hydrophobic（40.5%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_86_218

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `HVNVQPHSGAQANMAVYFTILEQGDTVLGMNLSHGGHLTHGSPVNFSGVQYNFVEYGVDKETQHIDYDDVREKALAHKPKLIVAGASAYPRTIDFKKFREIADEVGAYFMVDMAHIAGLVAAGLHPNPVPYAD` |
| **位置** | 86-218 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续133aa保守性分析（平均100.00%） |
| **平均保守率** | 100.00% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 49.6% | Cationic: 13.5% | Acidic: 11.3% | Aromatic: 9.8% | Amide: 8.3% | Nucleophilic: 7.5% |
| **主导类别** | Hydrophobic（49.6%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_220_272

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `VTTTTHKTLRGPRGGMILCREEFGKKIDKSIFPGIQGGPLMHVIAAKAVSFGE` |
| **位置** | 220-272 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续53aa保守性分析（平均100.00%） |
| **平均保守率** | 100.00% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 50.9% | Cationic: 18.9% | Nucleophilic: 15.1% | Acidic: 7.5% | Aromatic: 5.7% | Amide: 1.9% |
| **主导类别** | Hydrophobic（50.9%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_274_300

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `LRDDFKTYAQNVISNAKRLAESLTKEG` |
| **位置** | 274-300 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续27aa保守性分析（平均100.00%） |
| **平均保守率** | 100.00% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 33.3% | Cationic: 18.5% | Nucleophilic: 14.8% | Acidic: 14.8% | Amide: 11.1% | Aromatic: 7.4% |
| **主导类别** | Mixed（33.3%） |
| **主要理化性质** | 混合型（Mixed）——无单一主导类别（最高占比 < 35%），理化性质复合，可能涉及多功能结合界面 |

### 🔵 高保守连续区_304_375

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `VSGGTDNHLILVDLRSLGLTGKVAEHVLDEIGITSNKNAIPYDPEKPFVTSGIRLGTAAVTSRGFDGEALDE` |
| **位置** | 304-375 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续72aa保守性分析（平均100.00%） |
| **平均保守率** | 100.00% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 50.0% | Nucleophilic: 15.3% | Acidic: 15.3% | Cationic: 11.1% | Aromatic: 4.2% | Amide: 4.2% |
| **主导类别** | Hydrophobic（50.0%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_377_390

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `GAIIALALKNHEDE` |
| **位置** | 377-390 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续14aa保守性分析（平均100.00%） |
| **平均保守率** | 100.00% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 57.1% | Acidic: 21.4% | Cationic: 14.3% | Amide: 7.1% |
| **主导类别** | Hydrophobic（57.1%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_392_399

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `KLEEARQR` |
| **位置** | 392-399 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续8aa保守性分析（平均100.00%） |
| **平均保守率** | 100.00% |
| **氨基酸组成** | Cationic: 37.5% | Hydrophobic: 25.0% | Acidic: 25.0% | Amide: 12.5% |
| **主导类别** | Cationic（37.5%） |
| **主要理化性质** | 阳离子性（Cationic）——富含 His/Lys/Arg，带正电，参与底物识别、催化位点及DNA/RNA结合 |

### 🔵 高保守连续区_403_415

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `LTGKFPLYKELDY` |
| **位置** | 403-415 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续13aa保守性分析（平均100.00%） |
| **平均保守率** | 100.00% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 38.5% | Aromatic: 23.1% | Acidic: 15.4% | Cationic: 15.4% | Nucleophilic: 7.7% |
| **主导类别** | Hydrophobic（38.5%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🟡 保守半胱氨酸_二硫键

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `C×2（位置：64, 238）` |
| **位置** | 多位置 |
| **重要性** | 结构关键 |
| **功能** | 形成二硫键，维持蛋白三维构象稳定性 |
| **证据** | 共识序列中检测到2个保守Cys残基 |

---

## 3. 输入序列列表

- **WP_445209570.1**（415 aa）
- **WP_429659905.1**（415 aa）
- **WP_326230978.1**（415 aa）
- **WP_316273980.1**（415 aa）
- **WP_305934312.1**（415 aa）
- **WP_268496535.1**（415 aa）
- **WP_254501730.1**（415 aa）
- **WP_202658020.1**（415 aa）
- **WP_103671877.1**（415 aa）

---

## 4. 分析方法说明

1. **MSA**：使用 ClustalOmega 1.2.4 进行多序列比对
2. **共识序列**：各位置最高频氨基酸占比 ≥ 0.5 则写入，否则标X
3. **关键片段识别**：
   - 匹配已知保守块（Pfam注释特征序列）
   - 连续保守区检测（保守率 ≥ 90%，长度 ≥ 6aa）
   - 检测保守Cys残基（潜在二硫键）
4. **片段氨基酸组成分析（新）**：对每个高保守连续区段统计各功能类别氨基酸比例
   - 分类方案（含A/G/P归入疏水类）：
     Hydrophobic(V/L/I/M/A/G/P) | Nucleophilic(S/T/C) | Aromatic(F/Y/W)
     Amide(N/Q) | Acidic(D/E) | Cationic(H/K/R)；X不参与统计
   - 主导类别判定：最高占比 ≥ 35% 则为该类别主导，否则为 Mixed
5. **功能注释**：基于Pfam/InterPro已知蛋白结构-功能数据库

---

*本报告由自动化分析pipeline生成，关键片段功能解读基于已知蛋白家族注释。*


path: scripts/results/Bacillus mycoides/Bacillus mycoides_key_fragments.json
content: {
  "species": "Bacillus mycoides",
  "date": "20260319",
  "consensus_length": 413,
  "key_fragments": [
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_3_13",
      "sequence": "HLKRQDEKVFA",
      "position_in_consensus": "3-13",
      "length": 11,
      "avg_conservation": "99.04%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续11aa保守性分析（平均99.04%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 3,
          "Nucleophilic": 0,
          "Aromatic": 1,
          "Amide": 1,
          "Acidic": 2,
          "Cationic": 4
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 27.3,
          "Nucleophilic": 0.0,
          "Aromatic": 9.1,
          "Amide": 9.1,
          "Acidic": 18.2,
          "Cationic": 36.4
        },
        "total_valid": 11,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Cationic",
        "dominant_ratio": 36.4,
        "physicochemical_property": "阳离子性（Cationic）——富含 His/Lys/Arg，带正电，参与底物识别、催化位点及DNA/RNA结合"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_15_193",
      "sequence": "IEAELGRQRSKIELIASENFVSEAVMEAQGSVLTNKYAEGYPGKRYYGGCEHVDVVEDIARDRAKEIFGAEHVNVQPHSGAQANMAVYFTILEQGDTVLGMNLSHGGHLTHGSPVNFSGVQYNFVEYGVDAESHRINYDDVLAKAKEHKPKLIVAGASAYPRVIDFKRFREIADEVGAY",
      "position_in_consensus": "15-193",
      "length": 179,
      "avg_conservation": "99.82%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续179aa保守性分析（平均99.82%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 81,
          "Nucleophilic": 15,
          "Aromatic": 17,
          "Amide": 14,
          "Acidic": 26,
          "Cationic": 26
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 45.3,
          "Nucleophilic": 8.4,
          "Aromatic": 9.5,
          "Amide": 7.8,
          "Acidic": 14.5,
          "Cationic": 14.5
        },
        "total_valid": 179,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 45.3,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_195_276",
      "sequence": "MVDMAHIAGLVAAGLHPNPVPHAHFVTTTTHKTLRGPRGGMILCEEQFAKQIDKSIFPGIQGGPLMHVIAAKAVAFGETLQD",
      "position_in_consensus": "195-276",
      "length": 82,
      "avg_conservation": "100.00%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续82aa保守性分析（平均100.00%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 47,
          "Nucleophilic": 8,
          "Aromatic": 4,
          "Amide": 5,
          "Acidic": 6,
          "Cationic": 12
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 57.3,
          "Nucleophilic": 9.8,
          "Aromatic": 4.9,
          "Amide": 6.1,
          "Acidic": 7.3,
          "Cationic": 14.6
        },
        "total_valid": 82,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 57.3,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_278_283",
      "sequence": "FKTYAQ",
      "position_in_consensus": "278-283",
      "length": 6,
      "avg_conservation": "100.00%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续6aa保守性分析（平均100.00%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 1,
          "Nucleophilic": 1,
          "Aromatic": 2,
          "Amide": 1,
          "Acidic": 0,
          "Cationic": 1
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 16.7,
          "Nucleophilic": 16.7,
          "Aromatic": 33.3,
          "Amide": 16.7,
          "Acidic": 0.0,
          "Cationic": 16.7
        },
        "total_valid": 6,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Mixed",
        "dominant_ratio": 33.3,
        "physicochemical_property": "混合型（Mixed）——无单一主导类别（最高占比 < 35%），理化性质复合，可能涉及多功能结合界面"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_288_366",
      "sequence": "NANRLAEGLQKEGLTLVSGGTDNHLILIDVRNLEITGKVAEHVLDEVGITVNKNTIPFETASPFVTSGVRIGTAAVTSR",
      "position_in_consensus": "288-366",
      "length": 79,
      "avg_conservation": "99.80%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续79aa保守性分析（平均99.80%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 39,
          "Nucleophilic": 13,
          "Aromatic": 2,
          "Amide": 7,
          "Acidic": 9,
          "Cationic": 9
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 49.4,
          "Nucleophilic": 16.5,
          "Aromatic": 2.5,
          "Amide": 8.9,
          "Acidic": 11.4,
          "Cationic": 11.4
        },
        "total_valid": 79,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 49.4,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_371_378",
      "sequence": "EEMDEIAA",
      "position_in_consensus": "371-378",
      "length": 8,
      "avg_conservation": "100.00%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续8aa保守性分析（平均100.00%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 4,
          "Nucleophilic": 0,
          "Aromatic": 0,
          "Amide": 0,
          "Acidic": 4,
          "Cationic": 0
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 50.0,
          "Nucleophilic": 0.0,
          "Aromatic": 0.0,
          "Amide": 0.0,
          "Acidic": 50.0,
          "Cationic": 0.0
        },
        "total_valid": 8,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 50.0,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_383_390",
      "sequence": "TLKNHENE",
      "position_in_consensus": "383-390",
      "length": 8,
      "avg_conservation": "100.00%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续8aa保守性分析（平均100.00%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 1,
          "Nucleophilic": 1,
          "Aromatic": 0,
          "Amide": 2,
          "Acidic": 2,
          "Cationic": 2
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 12.5,
          "Nucleophilic": 12.5,
          "Aromatic": 0.0,
          "Amide": 25.0,
          "Acidic": 25.0,
          "Cationic": 25.0
        },
        "total_valid": 8,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Mixed",
        "dominant_ratio": 25.0,
        "physicochemical_property": "混合型（Mixed）——无单一主导类别（最高占比 < 35%），理化性质复合，可能涉及多功能结合界面"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_398_407",
      "sequence": "KRVEALTSKF",
      "position_in_consensus": "398-407",
      "length": 10,
      "avg_conservation": "98.95%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续10aa保守性分析（平均98.95%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 3,
          "Nucleophilic": 2,
          "Aromatic": 1,
          "Amide": 0,
          "Acidic": 1,
          "Cationic": 3
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 30.0,
          "Nucleophilic": 20.0,
          "Aromatic": 10.0,
          "Amide": 0.0,
          "Acidic": 10.0,
          "Cationic": 30.0
        },
        "total_valid": 10,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Mixed",
        "dominant_ratio": 30.0,
        "physicochemical_property": "混合型（Mixed）——无单一主导类别（最高占比 < 35%），理化性质复合，可能涉及多功能结合界面"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "保守半胱氨酸_二硫键",
      "sequence": "C×2（位置：64, 238）",
      "position_in_consensus": "多位置",
      "criticality": "结构关键",
      "function": "形成二硫键，维持蛋白三维构象稳定性",
      "evidence": "共识序列中检测到2个保守Cys残基"
    }
  ]
}

path: scripts/results/Bacillus mycoides/Bacillus mycoides_分析报告.md
content: # 蛋白质关键片段预测分析报告

**物种/类群：** Bacillus mycoides  
**分析日期：** 2026-03-19 12:23  
**输入序列数：** 19  
**共识序列长度：** 413 aa  
**共识序列保守率：** 99.8%（阈值≥0.5）  

---

## 1. 共识序列

```
   1 MNHLKRQDEKVFAAIEAELGRQRSKIELIASENFVSEAVMEAQGSVLTNKYAEGYPGKRY
  61 YGGCEHVDVVEDIARDRAKEIFGAEHVNVQPHSGAQANMAVYFTILEQGDTVLGMNLSHG
 121 GHLTHGSPVNFSGVQYNFVEYGVDAESHRINYDDVLAKAKEHKPKLIVAGASAYPRVIDF
 181 KRFREIADEVGAYFMVDMAHIAGLVAAGLHPNPVPHAHFVTTTTHKTLRGPRGGMILCEE
 241 QFAKQIDKSIFPGIQGGPLMHVIAAKAVAFGETLQDEFKTYAQHIINNANRLAEGLQKEG
 301 LTLVSGGTDNHLILIDVRNLEITGKVAEHVLDEVGITVNKNTIPFETASPFVTSGVRIGT
 361 AAVTSRGFGLEEMDEIAALIAYTLKNHENEVALEEASKRVEALTSKFPMYTXL
```

---

## 2. 关键功能片段

### 🔵 高保守连续区_3_13

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `HLKRQDEKVFA` |
| **位置** | 3-13 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续11aa保守性分析（平均99.04%） |
| **平均保守率** | 99.04% |
| **氨基酸组成** | Cationic: 36.4% | Hydrophobic: 27.3% | Acidic: 18.2% | Aromatic: 9.1% | Amide: 9.1% |
| **主导类别** | Cationic（36.4%） |
| **主要理化性质** | 阳离子性（Cationic）——富含 His/Lys/Arg，带正电，参与底物识别、催化位点及DNA/RNA结合 |

### 🔵 高保守连续区_15_193

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `IEAELGRQRSKIELIASENFVSEAVMEAQGSVLTNKYAEGYPGKRYYGGCEHVDVVEDIARDRAKEIFGAEHVNVQPHSGAQANMAVYFTILEQGDTVLGMNLSHGGHLTHGSPVNFSGVQYNFVEYGVDAESHRINYDDVLAKAKEHKPKLIVAGASAYPRVIDFKRFREIADEVGAY` |
| **位置** | 15-193 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续179aa保守性分析（平均99.82%） |
| **平均保守率** | 99.82% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 45.3% | Acidic: 14.5% | Cationic: 14.5% | Aromatic: 9.5% | Nucleophilic: 8.4% | Amide: 7.8% |
| **主导类别** | Hydrophobic（45.3%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_195_276

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `MVDMAHIAGLVAAGLHPNPVPHAHFVTTTTHKTLRGPRGGMILCEEQFAKQIDKSIFPGIQGGPLMHVIAAKAVAFGETLQD` |
| **位置** | 195-276 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续82aa保守性分析（平均100.00%） |
| **平均保守率** | 100.00% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 57.3% | Cationic: 14.6% | Nucleophilic: 9.8% | Acidic: 7.3% | Amide: 6.1% | Aromatic: 4.9% |
| **主导类别** | Hydrophobic（57.3%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_278_283

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `FKTYAQ` |
| **位置** | 278-283 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续6aa保守性分析（平均100.00%） |
| **平均保守率** | 100.00% |
| **氨基酸组成** | Aromatic: 33.3% | Hydrophobic: 16.7% | Nucleophilic: 16.7% | Amide: 16.7% | Cationic: 16.7% |
| **主导类别** | Mixed（33.3%） |
| **主要理化性质** | 混合型（Mixed）——无单一主导类别（最高占比 < 35%），理化性质复合，可能涉及多功能结合界面 |

### 🔵 高保守连续区_288_366

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `NANRLAEGLQKEGLTLVSGGTDNHLILIDVRNLEITGKVAEHVLDEVGITVNKNTIPFETASPFVTSGVRIGTAAVTSR` |
| **位置** | 288-366 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续79aa保守性分析（平均99.80%） |
| **平均保守率** | 99.80% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 49.4% | Nucleophilic: 16.5% | Acidic: 11.4% | Cationic: 11.4% | Amide: 8.9% | Aromatic: 2.5% |
| **主导类别** | Hydrophobic（49.4%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_371_378

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `EEMDEIAA` |
| **位置** | 371-378 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续8aa保守性分析（平均100.00%） |
| **平均保守率** | 100.00% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 50.0% | Acidic: 50.0% |
| **主导类别** | Hydrophobic（50.0%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_383_390

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `TLKNHENE` |
| **位置** | 383-390 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续8aa保守性分析（平均100.00%） |
| **平均保守率** | 100.00% |
| **氨基酸组成** | Amide: 25.0% | Acidic: 25.0% | Cationic: 25.0% | Hydrophobic: 12.5% | Nucleophilic: 12.5% |
| **主导类别** | Mixed（25.0%） |
| **主要理化性质** | 混合型（Mixed）——无单一主导类别（最高占比 < 35%），理化性质复合，可能涉及多功能结合界面 |

### 🔵 高保守连续区_398_407

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `KRVEALTSKF` |
| **位置** | 398-407 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续10aa保守性分析（平均98.95%） |
| **平均保守率** | 98.95% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 30.0% | Cationic: 30.0% | Nucleophilic: 20.0% | Aromatic: 10.0% | Acidic: 10.0% |
| **主导类别** | Mixed（30.0%） |
| **主要理化性质** | 混合型（Mixed）——无单一主导类别（最高占比 < 35%），理化性质复合，可能涉及多功能结合界面 |

### 🟡 保守半胱氨酸_二硫键

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `C×2（位置：64, 238）` |
| **位置** | 多位置 |
| **重要性** | 结构关键 |
| **功能** | 形成二硫键，维持蛋白三维构象稳定性 |
| **证据** | 共识序列中检测到2个保守Cys残基 |

---

## 3. 输入序列列表

- **WP_452089972.1**（413 aa）
- **WP_439874622.1**（413 aa）
- **WP_431184563.1**（413 aa）
- **WP_429705941.1**（413 aa）
- **WP_429698784.1**（413 aa）
- **WP_429689764.1**（413 aa）
- **WP_427283771.1**（413 aa）
- **WP_400518091.1**（413 aa）
- **WP_328068505.1**（413 aa）
- **WP_328011063.1**（413 aa）
- **WP_326996697.1**（413 aa）
- **WP_316281812.1**（413 aa）
- **WP_289405019.1**（413 aa）
- **WP_215554811.1**（413 aa）
- **WP_193652190.1**（413 aa）
- **WP_002167325.1**（413 aa）
- **WP_151304990.1**（413 aa）
- **WP_002184529.1**（413 aa）
- **WP_002068583.1**（413 aa）

---

## 4. 分析方法说明

1. **MSA**：使用 ClustalOmega 1.2.4 进行多序列比对
2. **共识序列**：各位置最高频氨基酸占比 ≥ 0.5 则写入，否则标X
3. **关键片段识别**：
   - 匹配已知保守块（Pfam注释特征序列）
   - 连续保守区检测（保守率 ≥ 90%，长度 ≥ 6aa）
   - 检测保守Cys残基（潜在二硫键）
4. **片段氨基酸组成分析（新）**：对每个高保守连续区段统计各功能类别氨基酸比例
   - 分类方案（含A/G/P归入疏水类）：
     Hydrophobic(V/L/I/M/A/G/P) | Nucleophilic(S/T/C) | Aromatic(F/Y/W)
     Amide(N/Q) | Acidic(D/E) | Cationic(H/K/R)；X不参与统计
   - 主导类别判定：最高占比 ≥ 35% 则为该类别主导，否则为 Mixed
5. **功能注释**：基于Pfam/InterPro已知蛋白结构-功能数据库

---

*本报告由自动化分析pipeline生成，关键片段功能解读基于已知蛋白家族注释。*


path: scripts/results/Bacillus pseudomycoides/Bacillus pseudomycoides_key_fragments.json
content: {
  "species": "Bacillus pseudomycoides",
  "date": "20260319",
  "consensus_length": 413,
  "key_fragments": [
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_1_68",
      "sequence": "MDHLKRQDEKVFAAIEAELGRQRSKIELIASENFVSEAVMEAQGSVLTNKYAEGYPGKRYYGGCEHVD",
      "position_in_consensus": "1-68",
      "length": 68,
      "avg_conservation": "99.87%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续68aa保守性分析（平均99.87%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 28,
          "Nucleophilic": 6,
          "Aromatic": 6,
          "Amide": 5,
          "Acidic": 12,
          "Cationic": 11
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 41.2,
          "Nucleophilic": 8.8,
          "Aromatic": 8.8,
          "Amide": 7.4,
          "Acidic": 17.6,
          "Cationic": 16.2
        },
        "total_valid": 68,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 41.2,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_71_77",
      "sequence": "EDIARDR",
      "position_in_consensus": "71-77",
      "length": 7,
      "avg_conservation": "100.00%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续7aa保守性分析（平均100.00%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 2,
          "Nucleophilic": 0,
          "Aromatic": 0,
          "Amide": 0,
          "Acidic": 3,
          "Cationic": 2
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 28.6,
          "Nucleophilic": 0.0,
          "Aromatic": 0.0,
          "Amide": 0.0,
          "Acidic": 42.9,
          "Cationic": 28.6
        },
        "total_valid": 7,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Acidic",
        "dominant_ratio": 42.9,
        "physicochemical_property": "酸性（Acidic）——富含 Asp/Glu，带负电，参与盐桥、金属离子结合及活性位点催化"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_79_272",
      "sequence": "KEIFGAEHVNVQPHSGAQANMAVYFTILEQGDTVLGMNLSHGGHLTHGSPVNFSGVQYNFVEYGVDAESHRINYDDVLAKAKEHKPKLIVAGASAYPRVIDFKRFREIADEVGAYLMVDMAHIAGLVAAGLHPNPVPHAHFVTTTTHKTLRGPRGGMILCEEKFAKQIDKSIFPGIQGGPLMHVIAAKAVAFGE",
      "position_in_consensus": "79-272",
      "length": 194,
      "avg_conservation": "99.86%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续194aa保守性分析（平均99.86%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 100,
          "Nucleophilic": 16,
          "Aromatic": 16,
          "Amide": 13,
          "Acidic": 19,
          "Cationic": 30
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 51.5,
          "Nucleophilic": 8.2,
          "Aromatic": 8.2,
          "Amide": 6.7,
          "Acidic": 9.8,
          "Cationic": 15.5
        },
        "total_valid": 194,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 51.5,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_274_401",
      "sequence": "LQEDFKTYAQNIINNAQRLAEGLQKEGLTLVSGGTDNHLILIDVRNLDITGKVAEHVLDEVGITVNKNTIPFETASPFVTSGVRIGTAAVTSRGFGLEEMDEIAAIIAHTLKNHEDEVALEEARKRVE",
      "position_in_consensus": "274-401",
      "length": 128,
      "avg_conservation": "99.43%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续128aa保守性分析（平均99.43%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 59,
          "Nucleophilic": 15,
          "Aromatic": 5,
          "Amide": 12,
          "Acidic": 21,
          "Cationic": 16
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 46.1,
          "Nucleophilic": 11.7,
          "Aromatic": 3.9,
          "Amide": 9.4,
          "Acidic": 16.4,
          "Cationic": 12.5
        },
        "total_valid": 128,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 46.1,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_407_413",
      "sequence": "FPMYTDL",
      "position_in_consensus": "407-413",
      "length": 7,
      "avg_conservation": "100.00%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续7aa保守性分析（平均100.00%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 3,
          "Nucleophilic": 1,
          "Aromatic": 2,
          "Amide": 0,
          "Acidic": 1,
          "Cationic": 0
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 42.9,
          "Nucleophilic": 14.3,
          "Aromatic": 28.6,
          "Amide": 0.0,
          "Acidic": 14.3,
          "Cationic": 0.0
        },
        "total_valid": 7,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 42.9,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "保守半胱氨酸_二硫键",
      "sequence": "C×2（位置：64, 238）",
      "position_in_consensus": "多位置",
      "criticality": "结构关键",
      "function": "形成二硫键，维持蛋白三维构象稳定性",
      "evidence": "共识序列中检测到2个保守Cys残基"
    }
  ]
}

path: scripts/results/Bacillus pseudomycoides/Bacillus pseudomycoides_分析报告.md
content: # 蛋白质关键片段预测分析报告

**物种/类群：** Bacillus pseudomycoides  
**分析日期：** 2026-03-19 12:23  
**输入序列数：** 11  
**共识序列长度：** 413 aa  
**共识序列保守率：** 100.0%（阈值≥0.5）  

---

## 1. 共识序列

```
   1 MDHLKRQDEKVFAAIEAELGRQRSKIELIASENFVSEAVMEAQGSVLTNKYAEGYPGKRY
  61 YGGCEHVDVVEDIARDRVKEIFGAEHVNVQPHSGAQANMAVYFTILEQGDTVLGMNLSHG
 121 GHLTHGSPVNFSGVQYNFVEYGVDAESHRINYDDVLAKAKEHKPKLIVAGASAYPRVIDF
 181 KRFREIADEVGAYLMVDMAHIAGLVAAGLHPNPVPHAHFVTTTTHKTLRGPRGGMILCEE
 241 KFAKQIDKSIFPGIQGGPLMHVIAAKAVAFGEALQEDFKTYAQNIINNAQRLAEGLQKEG
 301 LTLVSGGTDNHLILIDVRNLDITGKVAEHVLDEVGITVNKNTIPFETASPFVTSGVRIGT
 361 AAVTSRGFGLEEMDEIAAIIAHTLKNHEDEVALEEARKRVEALTDKFPMYTDL
```

---

## 2. 关键功能片段

### 🔵 高保守连续区_1_68

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `MDHLKRQDEKVFAAIEAELGRQRSKIELIASENFVSEAVMEAQGSVLTNKYAEGYPGKRYYGGCEHVD` |
| **位置** | 1-68 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续68aa保守性分析（平均99.87%） |
| **平均保守率** | 99.87% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 41.2% | Acidic: 17.6% | Cationic: 16.2% | Nucleophilic: 8.8% | Aromatic: 8.8% | Amide: 7.4% |
| **主导类别** | Hydrophobic（41.2%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_71_77

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `EDIARDR` |
| **位置** | 71-77 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续7aa保守性分析（平均100.00%） |
| **平均保守率** | 100.00% |
| **氨基酸组成** | Acidic: 42.9% | Hydrophobic: 28.6% | Cationic: 28.6% |
| **主导类别** | Acidic（42.9%） |
| **主要理化性质** | 酸性（Acidic）——富含 Asp/Glu，带负电，参与盐桥、金属离子结合及活性位点催化 |

### 🔵 高保守连续区_79_272

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `KEIFGAEHVNVQPHSGAQANMAVYFTILEQGDTVLGMNLSHGGHLTHGSPVNFSGVQYNFVEYGVDAESHRINYDDVLAKAKEHKPKLIVAGASAYPRVIDFKRFREIADEVGAYLMVDMAHIAGLVAAGLHPNPVPHAHFVTTTTHKTLRGPRGGMILCEEKFAKQIDKSIFPGIQGGPLMHVIAAKAVAFGE` |
| **位置** | 79-272 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续194aa保守性分析（平均99.86%） |
| **平均保守率** | 99.86% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 51.5% | Cationic: 15.5% | Acidic: 9.8% | Nucleophilic: 8.2% | Aromatic: 8.2% | Amide: 6.7% |
| **主导类别** | Hydrophobic（51.5%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_274_401

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `LQEDFKTYAQNIINNAQRLAEGLQKEGLTLVSGGTDNHLILIDVRNLDITGKVAEHVLDEVGITVNKNTIPFETASPFVTSGVRIGTAAVTSRGFGLEEMDEIAAIIAHTLKNHEDEVALEEARKRVE` |
| **位置** | 274-401 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续128aa保守性分析（平均99.43%） |
| **平均保守率** | 99.43% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 46.1% | Acidic: 16.4% | Cationic: 12.5% | Nucleophilic: 11.7% | Amide: 9.4% | Aromatic: 3.9% |
| **主导类别** | Hydrophobic（46.1%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🔵 高保守连续区_407_413

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `FPMYTDL` |
| **位置** | 407-413 |
| **重要性** | 高保守（功能待确认） |
| **功能** | 高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点 |
| **证据** | 连续7aa保守性分析（平均100.00%） |
| **平均保守率** | 100.00% |
| **氨基酸组成** | Hydrophobic: 42.9% | Aromatic: 28.6% | Nucleophilic: 14.3% | Acidic: 14.3% |
| **主导类别** | Hydrophobic（42.9%） |
| **主要理化性质** | 疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠 |

### 🟡 保守半胱氨酸_二硫键

| 属性 | 内容 |
|------|------|
| **片段序列** | `C×2（位置：64, 238）` |
| **位置** | 多位置 |
| **重要性** | 结构关键 |
| **功能** | 形成二硫键，维持蛋白三维构象稳定性 |
| **证据** | 共识序列中检测到2个保守Cys残基 |

---

## 3. 输入序列列表

- **WP_367899749.1**（413 aa）
- **WP_243525271.1**（413 aa）
- **WP_142333503.1**（413 aa）
- **WP_142315239.1**（413 aa）
- **WP_142309329.1**（413 aa）
- **WP_142307574.1**（413 aa）
- **WP_142306661.1**（413 aa）
- **WP_141525836.1**（413 aa）
- **WP_141520475.1**（413 aa）
- **WP_141497334.1**（413 aa）
- **WP_033797670.1**（413 aa）

---

## 4. 分析方法说明

1. **MSA**：使用 ClustalOmega 1.2.4 进行多序列比对
2. **共识序列**：各位置最高频氨基酸占比 ≥ 0.5 则写入，否则标X
3. **关键片段识别**：
   - 匹配已知保守块（Pfam注释特征序列）
   - 连续保守区检测（保守率 ≥ 90%，长度 ≥ 6aa）
   - 检测保守Cys残基（潜在二硫键）
4. **片段氨基酸组成分析（新）**：对每个高保守连续区段统计各功能类别氨基酸比例
   - 分类方案（含A/G/P归入疏水类）：
     Hydrophobic(V/L/I/M/A/G/P) | Nucleophilic(S/T/C) | Aromatic(F/Y/W)
     Amide(N/Q) | Acidic(D/E) | Cationic(H/K/R)；X不参与统计
   - 主导类别判定：最高占比 ≥ 35% 则为该类别主导，否则为 Mixed
5. **功能注释**：基于Pfam/InterPro已知蛋白结构-功能数据库

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*本报告由自动化分析pipeline生成，关键片段功能解读基于已知蛋白家族注释。*


path: scripts/results/Bacillus subtilis/Bacillus subtilis_key_fragments.json
content: {
  "species": "Bacillus subtilis",
  "date": "20260319",
  "consensus_length": 415,
  "key_fragments": [
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_1_189",
      "sequence": "MKHLPAQDEQVFNAIKNERERQQTKIELIASENFVSEAVMEAQGSVLTNKYAEGYPGKRYYGGCEHVDVVEDIARDRAKEIFGAEHVNVQPHSGAQANMAVYFTILEQGDTVLGMNLSHGGHLTHGSPVNFSGVQYNFVEYGVDKETQYIDYDDVREKALAHKPKLIVAGASAYPRTIDFKKFREIADE",
      "position_in_consensus": "1-189",
      "length": 189,
      "avg_conservation": "99.90%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续189aa保守性分析（平均99.90%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 79,
          "Nucleophilic": 16,
          "Aromatic": 18,
          "Amide": 19,
          "Acidic": 29,
          "Cationic": 28
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 41.8,
          "Nucleophilic": 8.5,
          "Aromatic": 9.5,
          "Amide": 10.1,
          "Acidic": 15.3,
          "Cationic": 14.8
        },
        "total_valid": 189,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 41.8,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_191_301",
      "sequence": "GAYFMVDMAHIAGLVAAGLHPNPVPYADFVTTTTHKTLRGPRGGMILCREEFGKKIDKSIFPGIQGGPLMHVIAAKAVSFGEVLQDDFKTYAQNVISNAKRLAEALTKEGI",
      "position_in_consensus": "191-301",
      "length": 111,
      "avg_conservation": "99.89%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续111aa保守性分析（平均99.89%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 59,
          "Nucleophilic": 11,
          "Aromatic": 9,
          "Amide": 6,
          "Acidic": 10,
          "Cationic": 16
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 53.2,
          "Nucleophilic": 9.9,
          "Aromatic": 8.1,
          "Amide": 5.4,
          "Acidic": 9.0,
          "Cationic": 14.4
        },
        "total_valid": 111,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 53.2,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_303_373",
      "sequence": "LVSGGTDNHLILVDLRSLGLTGKVAEHVLDEIGITSNKNAIPYDPEKPFVTSGIRLGTAAVTSRGFDGDAL",
      "position_in_consensus": "303-373",
      "length": 71,
      "avg_conservation": "99.65%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续71aa保守性分析（平均99.65%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 37,
          "Nucleophilic": 11,
          "Aromatic": 3,
          "Amide": 3,
          "Acidic": 9,
          "Cationic": 8
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 52.1,
          "Nucleophilic": 15.5,
          "Aromatic": 4.2,
          "Amide": 4.2,
          "Acidic": 12.7,
          "Cationic": 11.3
        },
        "total_valid": 71,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 52.1,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_375_400",
      "sequence": "EVGAIIALALKNHEDEGKLEEARQRV",
      "position_in_consensus": "375-400",
      "length": 26,
      "avg_conservation": "99.52%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续26aa保守性分析（平均99.52%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 13,
          "Nucleophilic": 0,
          "Aromatic": 0,
          "Amide": 2,
          "Acidic": 6,
          "Cationic": 5
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 50.0,
          "Nucleophilic": 0.0,
          "Aromatic": 0.0,
          "Amide": 7.7,
          "Acidic": 23.1,
          "Cationic": 19.2
        },
        "total_valid": 26,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 50.0,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "高保守连续区_402_415",
      "sequence": "ALTDKFPLYKELDY",
      "position_in_consensus": "402-415",
      "length": 14,
      "avg_conservation": "99.11%",
      "criticality": "高保守（功能待确认）",
      "function": "高度保守连续区域，可能涉及结构稳定或功能活性位点",
      "evidence": "连续14aa保守性分析（平均99.11%）",
      "composition": {
        "category_counts": {
          "Hydrophobic": 5,
          "Nucleophilic": 1,
          "Aromatic": 3,
          "Amide": 0,
          "Acidic": 3,
          "Cationic": 2
        },
        "category_ratios": {
          "Hydrophobic": 35.7,
          "Nucleophilic": 7.1,
          "Aromatic": 21.4,
          "Amide": 0.0,
          "Acidic": 21.4,
          "Cationic": 14.3
        },
        "total_valid": 14,
        "unclassified_count": 0,
        "dominant_category": "Hydrophobic",
        "dominant_ratio": 35.7,
        "physicochemical_property": "疏水性（Hydrophobic）——倾向埋藏于蛋白质疏水核心，参与疏水堆积/折叠"
      }
    },
    {
      "fragment_id": "保守半胱氨酸_二硫键",
      "sequence": "C×2（位置：64, 238）",
      "position_in_consensus": "多位置",
      "criticality": "结构关键",
      "function": "形成二硫键，维持蛋白三维构象稳定性",
      "evidence": "共识序列中检测到2个保守Cys残基"
    }
  ]
}

path: scripts/汇总分析报告.md
content: # 蛋白质关键片段预测 — 跨物种汇总报告

**分析日期：** 2026-03-19 12:23  
**分析物种数：** 1  

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## 各物种分析摘要

| 物种/类群 | 输入序列数 | 共识序列长度 | 检出关键片段数 |
|---------|----------|------------|-------------|
| Kosakonia | 8 | 417 aa | 10 |

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## 关键说明

- 各物种详细报告见对应子目录
- 关键片段重要性分级：🔴极关键 > 🟠关键 > 🟡结构关键 > 🔵高保守待确认
- 功能注释基于Pfam/InterPro蛋白家族数据库


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