Skill: flash9107/pubmed-literature-search (version 1.0.0)

--- AIGC: ContentProducer: Minimax Agent AI ContentPropagator: Minimax Agent AI Label: AIGC ProduceID: d0687d7718835bad5273d94957cb45ab PropagateID: d0687d7718835bad5273d94957cb45ab ReservedCode1: 3046022100a91358d8db1901c0f956669d53769a47ae26d72d3fc697668e073b85004f6a3f022100840ae22fb7c9d3084af81b50f218a3576d0614f8c00bf696d01dc7d69659efbe ReservedCode2: 304602210093143fc821eb73a3e432b7266a2d9a88bd074ee0f0421a3195e9a1c7a14ebdf2022100c66d747fe49345a76295f0d07c88a03b0aa09634beb3ff8850b035b0c30de595 description: 临床医学顶刊文献检索与分析。当用户要求检索医学文献、查找临床研究论文、搜索特定疾病或治疗方法相关文献、或者需要基于PubMed数据库进行系统文献综述时使用。支持JCR分区筛选、影响因子排序和综合相关性排序。 name: pubmed-literature-search --- # PubMed临床医学顶刊文献检索与分析系统 ## 概述 本技能提供完整的临床医学文献检索服务，基于PubMed数据库，结合JCR期刊分区数据进行智能筛选和排序，帮助用户快速定位高质量医学文献。 ## 工作流程 ### 第一步：需求分析与检索词拆解 **核心任务**： - 分析用户提供的临床医学主题或研究问题 - 将复杂主题拆解为精准的PubMed检索词 - 识别关键术语、同义词、医学主题词(MeSH Terms) **检索词构建原则**： - 使用MeSH主题词确保检索准确性 - 添加同义词和缩写扩大检索范围 - 使用布尔运算符(AND/OR/NOT)组合检索词 - 包含研究类型限定词如"Randomized Controlled Trial"、"Meta-Analysis"等 **检索示例**： | 用户主题 | 拆解检索词 | |---------|-----------| | 糖尿病心血管并发症 | ("Diabetes Mellitus"[MeSH] OR "Diabetic Cardiomyopathies"[MeSH]) AND ("Cardiovascular Diseases"[MeSH] OR "Myocardial Infarction") | | PD-1抑制剂治疗肺癌 | ("PD-1" OR "Programmed Cell Death 1 Receptor") AND ("Lung Neoplasms"[MeSH] OR "NSCLC") AND ("Immunotherapy"[MeSH] OR "Immune Checkpoint Inhibitors") | **时间范围**： - 用户未指定时，默认检索**近5年**文章 - 用户可指定具体年份范围（如2019-2024） **用户确认环节**： - 将拆解后的检索词呈现给用户 - 等待用户确认或修改 - 用户确认后再执行实际检索 --- ### 第二步：JCR分区与影响因子匹配 **数据来源**： - 使用用户提供的JCR Excel文件（2025年最新完整版） - 提取字段：Journal Name, Abbreviated Journal, JIF Quartile, JIF 2024 **权重赋值规则**： | JCR分区 | 权重分数 | |--------|---------| | Q1 | 40分 | | Q2 | 30分 | | Q3 | 20分 | | Q4 | 10分 | > ⚠️ **本地规则（用户指定，不可覆盖JCR数据）：** > - **Int J Surg（International Journal of Surgery）** → 分区修正为 **Q2**（权重30分，而非JCR原始数据中的Q1） **匹配流程**： 1. 从检索结果中提取发表期刊名称 2. 在JCR数据库中匹配期刊全称或缩写 3. 记录匹配到的分区和影响因子 4. 未匹配期刊标记为"未收录" --- ### 第三步：综合排序与初筛 **排序维度**： 1. **相关性分数**（PubMed Relevance Score） 2. **JCR分区权重**（Q1>Q2>Q3>Q4） 3. **发表年份**（最新优先） **综合评分公式**： ``` 综合分数 = 相关性分数 × 0.4 + 分区权重 × 0.35 + 年份标准化分数 × 0.25 ``` - 年份标准化分数：(发表年份 - 最老年份) / (最新年份 - 最老年份) × 100 **初筛规则**： - 从所有检索结果中选取**综合排序前50篇** - 优先选择有摘要的文献 - 确保Q1区文章占比不低于60%（若Q1文章不足50篇，则选取所有Q1+按需补充Q2） --- ### 第四步：深度分析与内容提取 **分析对象**：综合排序前50篇文献 **分析内容**： 1. **标题分析**： - 提取研究类型（RCT、Meta-Analysis、Review、Cohort Study等） - 识别干预措施、暴露因素、结局指标 - 判断与用户需求的匹配度 2. **摘要分析**： - 研究目的与方法概述 - 样本量与研究设计 - 主要发现与结论摘要 3. **关键词分析**： - 提取高频关键词 - 识别研究热点主题 - 统计MeSH主题词分布 **统计输出**： 1. **研究类型分布**： | 类型 | 数量 | 占比 | |-----|------|-----| | Meta-Analysis | X | X% | | Randomized Controlled Trial | X | X% | | Systematic Review | X | X% | | Cohort Study | X | X% | | Case-Control Study | X | X% | | Other | X | X% | 2. **期刊来源分布**（前10名） 3. **发表年份趋势** **最终输出：Top 10 文章清单** | 排名 | 标题 | 期刊 | 年份 | JCR分区 | IF | 简要内容 | |-----|------|------|------|--------|-----|---------| | 1 | [文章标题] | [期刊名] | 2024 | Q1 | 45.5 | [2-3句核心内容] | | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ... | --- ### 第五步：范围调整与重新筛选 **可调整参数**： 1. **时间范围扩展**： - 扩大至近10年 - 自定义年份区间 2. **分区筛选**： - 仅Q1 - Q1+Q2 - 全部分区 3. **研究类型筛选**： - 仅Meta-Analysis - 仅RCT - 仅Review 4. **排序方式调整**： - 仅按相关性 - 仅按JCR分区 - 仅按年份 - 自定义权重组合 **执行方式**： - 用户提出调整需求后，重新执行筛选和排序 - 生成新的Top 50列表和Top 10输出 --- ## 技术实现 ### PubMed API调用 使用NCBI Entrez API进行文献检索： - 检索接口：`ESearch` - 摘要获取：`ESummary` 或 `EFetch` - 支持批量获取（每次最多1000篇） ### JCR数据处理 使用pandas处理Excel文件： - 建立期刊名称到JCR分区的快速查询表 - 支持模糊匹配和精确匹配 - 处理期刊重命名和合并情况 ### 排序算法 ```python def calculate_composite_score(relevance, jcr_quartile, year, year_range): quartile_weight = {'Q1': 40, 'Q2': 30, 'Q3': 20, 'Q4': 10} q_score = quartile_weight.get(jcr_quartile, 0) year_score = (year - year_range[0]) / (year_range[1] - year_range[0]) * 100 if year_range[1] != year_range[0] else 50 return relevance * 0.4 + q_score * 0.35 + year_score * 0.25 ``` --- ## 输出格式 ### 完整报告结构 ``` ## 文献检索报告 **检索主题**：[用户主题] **检索词**：[确认的检索词] **时间范围**：[年 - 年] **检索日期**：[执行日期] --- ### 检索结果概览 - 总检索结果：XXX篇 - 匹配JCR数据：XXX篇 - Q1区文章：XXX篇 - Q2区文章：XXX篇 ### Top 10 高质量文献 [详细表格] ### 研究热点分析 [关键词云/词频统计] ### 研究类型分布 [饼图/柱状图] --- ``` --- ## 注意事项 1. **检索词准确性**：务必与用户确认检索词后再执行检索 2. **时间范围**：用户未指定时明确告知默认5年设定 3. **JCR数据时效**：使用最新的JCR数据文件 4. **批量限制**：PubMed API有使用限制，大批量检索需分批执行 5. **结果验证**：对关键文献的PMID进行二次验证 --- ## 使用场景示例 **场景1：新手研究者** > 用户："帮我检索一下关于CAR-T细胞治疗淋巴瘤的文献" > → 自动拆解检索词 → 用户确认 → 执行检索 → 输出Top 10文献 **场景2：系统综述准备** > 用户："我想做关于二甲双胍在糖尿病中心血管保护作用的Meta-Analysis" > → 提供系统性检索词 → 侧重筛选Meta-Analysis和Systematic Review → 详细输出研究方法相关文献 **场景3：临床指南更新** > 用户："查找近3年关于PD-1/PD-L1抑制剂治疗非小细胞肺癌的最新临床试验" > → 限定时间范围 → 筛选RCT和Phase III研究 → 按年份排序


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