遺伝研サーバーにおけるローカルへのRインストール

## はじめに
2023年11月のアップデートにより、遺伝研（DDBJ）のサーバーOSがCentOS7からUbuntuに変更されました。そのため、Rのインストール手順も簡単になりました。

本記事では、遺伝研サーバーのローカル環境にRをインストールする方法を紹介します。

**参考:**  
- [遺伝研サーバーOS移行に関するFAQ](https://sc.ddbj.nig.ac.jp/faq/faq_os_migration#ii-r-%E3%82%92%E5%86%8D%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%81%99%E3%82%8B)  
- [遺伝研でのRの使用方法](https://sc.ddbj.nig.ac.jp/software/R#%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB%E6%89%8B%E9%A0%86)

## 1. インストールの概要
ユーザー権限でRをインストールできるため、管理者権限（sudo）が不要です。必要なバージョンのRをホームディレクトリ（`$HOME/local/`）にインストールします。

## 2. 必要なライブラリのインストール
まず、Rの依存ライブラリであるPCRE2とlibcurlをインストールします。

```bash
mkdir -p ~/local/src
cd ~/local/src

# PCRE2 のインストール（Perl-compatible regular expression library）
wget https://github.com/PCRE2Project/pcre2/releases/download/pcre2-10.42/pcre2-10.42.tar.gz
tar zxvf pcre2-10.42.tar.gz
cd pcre2-10.42
./configure --prefix=$HOME/local
make
make install
cd ~/local/src

# libcurl のインストール
wget --no-check-certificate https://curl.se/download/curl-8.4.0.tar.gz
tar zxvf curl-8.4.0.tar.gz
cd curl-8.4.0
./configure --prefix=$HOME/local --with-openssl
make
make install
cd ~/local/src
```

## 3. Rのインストール
### 3.1. 計算リソースの確保
遺伝研サーバーでは`qlogin`コマンドを使用して必要なメモリを確保できます。

```bash
exit
qlogin -l s_vmem=60G -l mem_req=60G
cd ~/local/src
```

### 3.2. Rのインストール
以下の手順でRをコンパイル・インストールします。

```bash
# Rのバージョンを指定
R_VERSION=4.3.2
R_MAJOR=4

# Rのソースコードをダウンロード\wget https://cran.ism.ac.jp/src/base/R-${R_MAJOR}/R-${R_VERSION}.tar.gz
tar xzvf R-${R_VERSION}.tar.gz
cd R-${R_VERSION}

# Rのコンパイルとインストール
CPPFLAGS=-I$HOME/local/include LDFLAGS="-L$HOME/local/lib -Wl,-rpath=$HOME/local/lib" \
        ./configure --prefix=$HOME/local \
        --with-cairo \
        --with-blas \
        --with-lapack \
        --x-includes=/usr/include/X11 \
        --x-libraries=/usr/lib/X11 \
        --with-x=no \
        --enable-R-shlib

# 並列処理でmakeを実行
qsub -cwd -V -pe def_slot 8 -b y make -j 8

# Rのインストール
qsub -cwd -V -pe def_slot 8 -b y make install -j 8
```

### 3.3. 環境変数の設定
インストール後、`~/.bashrc`にRのパスを追加します。

```bash
echo export PATH=$HOME/local/bin:$PATH >> ~/.bashrc
echo export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/local/lib64/R/lib:$HOME/local/lib64:$LD_LIBRARY_PATH >> ~/.bashrc
```

また、`~/.bash_profile`の最後に以下を追加してください。

```bash
source ~/.bashrc
```

## 4. Rの起動

```bash
R
```

## 5. devtoolsのインストール時の注意点
`devtools`のインストールには`textshaping`というパッケージが必要ですが、このパッケージの依存ソフトウェア（`harfbuzz`、`fribidi`、`freetype2`）はUbuntu環境では管理者権限でのインストールが必要です。

そのため、遺伝研の管理者にインストールを依頼する必要があります。以下のようなメールを送信してください。

---
**件名:** ソフトウェアのインストール依頼（R関連）  

**本文:**  
```
氏名: ○○○○
所属: ○○○○
ログインアカウント: ○○○○

問い合わせ内容:
Rパッケージ `textshaping` のインストールに必要な以下のソフトウェアをインストールしていただけますか？
- harfbuzz
- fribidi
- freetype2

よろしくお願いいたします。
```
---

## 6. アンインストール方法
Rを削除するには、以下の手順を実行してください。

### 6.1. 環境変数の削除

`~/.bashrc` から追加したパス設定を削除し、`source ~/.bashrc` を実行してください。

### 6.2. Rのアンインストール

```bash
cd ~/local/src/R-4.3.2
make uninstall
```

または、完全に削除する場合は以下のコマンドを実行します。

```bash
rm -Rf $HOME/local
```

詳細は [環境を初期状態に戻す方法](https://sc.ddbj.nig.ac.jp/faq/faq_software#%E7%92%B0%E5%A2%83%E3%82%92%E5%88%9D%E6%9C%9F%E7%8A%B6%E6%85%8B%E3%81%AB%E6%88%BB%E3%81%97%E3%81%9F%E3%81%84) も参照してください。

## 7. まとめ
遺伝研サーバー（Ubuntu環境）において、ローカル環境にRをインストールする方法を紹介しました。ユーザー権限でのインストールが可能になり、以前より簡単になりました。

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