Quartoで論文を書いて英文誌に投稿するまで (5) -- Git管理から投稿まで

[周辺文書編](https://qiita.com/issakuss/items/2c6de20e8d4d4bb82a8c)の続きです。
いよいよジャーナルへ投稿です。

# Step 11. Git 管理

前回までに、投稿するための文書はすべて準備できました。

現状の論文を Git にて commit しましょう。
個人的なオススメは、project レベルで Git 管理する方針です。
解析コードも一緒に管理する形となります。
もちろん、この Step より前の段階で Git 管理を始めていてもOKです。

tag も付けておくと後から戻りやすくて便利です。
ちなみに、私は以下のようなルールで tag を付けています。

```
v{これまでジャーナルへ投稿した回数}.(現在のジャーナルから査読が返ってきた回数}.{身内の校閲or発表回数}.{typoや体裁等細かい修正の回数}
```

例：
- まだジャーナルへ投稿してないけど途中の結果を研究室内で発表した → **v0.0.1.0**
- その結果を初めてジャーナルへ投稿した → **v1.0.0.0**
- その論文の査読が返ってきたので、査読対応して共著者に送った → **v1.1.1.0**
- 再度ジャーナルへ送ったところ、事務局からタイポの指摘があったので修正して再送した → **v1.1.1.1**
- リジェクトされたので次の雑誌用に体裁を変えて、共著者に送った → **v1.1.2.0**
- 共著者からのコメントも反映させ、ジャーナルへ投稿した → **v2.0.0.0**

## Git の使い方がわからない場合

この際、使い方を覚えるのがオススメです。
せっかく Quarto に興味を持ってここまで記事を読んでくださったことですし。
解析コードを管理するうえでも、Git はとても便利です。

どうしても Git の使用を避けたいのであれば、現状の `paper/` 以下をコピーしてとっておく方針としましょう。
また、次の Step では **.docx を共有する**方針を選んでください。

# Step 12. 共同編集者との共有

投稿前に、共著者や指導教官等に論文を見てもらうことが必須です。
英文校閲業者に修正をもらうのも必要になりますね。
こ論文をチェックして編集する可能性のあるこれらの人を、この記事では「共同編集者」と呼びます。
以下に、共同編集者からコメントをもらい、反映させる手順をまとめます。
ここが Quarto の一番面倒なところです。

３つのケースが考えられます。
- .qmd を共有するケース
- .tex を共有するケース
- .docx を共有するケース

上から順にオススメです。
しかし実際には、各共同編集者の希望に応じることとなるはずです。

## .qmd ファイルを共有するケース

Markdown 記法で書いたファイルを、そのまま添削してもらうケースです。
.qmd を直接編集してもらえれば、のちにご紹介する、**編集内容を .qmd ファイルへ反映させる**という手順を省略できます。
この手順は Quarto を使って論文執筆するうえで、最大の障害となるものです。
これを省略できるメリットは非常に大きいです。

しかし、共同編集者も Quarto（または Pandoc）を用いた論文執筆に慣れている必要があります。
なので、そうそうないレアケースだと言えるでしょう。

私も経験がないのでこの記事にはまとめませんが、Github の Pull Request 機能を使うのがよいだろうと思っています。
今後実践する機会があれば追記します。

## .tex を共有するケース

.qmd を PDF に変換するうえで生成される中間ファイルである .tex ファイルと、その関連ファイルを共有するケースです。

### Overleaf にアップロードする

[Overleaf](https://www.overleaf.com/) を使って編集してもらうのが良いだろうと思います。
Overleaft にて Blank Project を作り、

![overleaf.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/304493/9bab8928-726d-4021-8988-b0432112963b.png)

はじめから プロジェクトに上がっている `main.tex` は削除して、自身が生成したファイルをアップします。
ここまでに、`paper.qmd`、`quarto-journal-cl.qmd`、`highlight.qmd`（各ファイル名は自由に変えてOKです）を PDF に変換してきました。
それぞれの .tex ファイルが、 .qmd と同じ位置に生成されているはずです。

:::note info
もし .tex ファイルが存在しない場合は、.qmd ファイルのメタデータを見直しましょう。

```
format:
  elsevier-pdf:
    keep-tex: true
```

といったように、`keep=tex` が `true` になっているか確認してください。
:::

これら .tex ファイルと、`tex-source-files` に入っているファイルをすべてアップします。
`tex-source-files` はフォルダごと上げるのでなく、中身だけアップする点にご注意ください。

![ss-overleaf-files.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/304493/8f92e588-69a2-4072-aff6-c7d53b9e44c5.png)

:::note info
この時点で .tex ファイルの中身をちょっとみてみてください。
文章が適当なところで改行されている様子だったら、もう一度 .tex ファイルを生成させ直しましょう。
その際、.qmd ファイルのメタデータで、`wrap: preserve` のオプションが付いていることを確認してください。

```
format:
  elsevier-pdf:
    wrap: preserve
```
:::

Overleaf 画面右上の Share ボタンで共同編集者に共有すればOKです。
コメントをつけたり、直接編集してもらいましょう。
なお、編集履歴をつけるためには有料の Standard プランに加入する必要があるようです。
編集内容は Git で確認することができるのですが、編集してくれる

### 原稿を完成させる

「ここをこうしてください」的なコメントを反映させたり、提案された編集を受け入れたり却下したりしましょう。
共同編集者からの提案を反映させた原稿を、Overleaf 上で完成させます。

### .qmd ファイルに反映させる

完成した原稿を、Overleaf から .tex 形式でダウンロードします。
`paper/` 以下にある .tex ファイルに上書きする形で保存しましょう。
すると、Git 機能で Overleaf 上の編集内容が差分として確認できます。

![ss-git.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/304493/3ae7ff4e-adaa-4043-af0d-c2f1cfc2b3ff.png)
（↑VSCode の画面）

いったん .tex ファイルを commit して、

この差分を、.qmd ファイルへ反映させます。**手作業で**。
基本的には、変更のある行をコピペしていけばOKです。
ただし、.qmd では

![ss-qmd.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/304493/65e0de54-7a4c-432c-b8e6-328d0dfb6b6e.png)

としていたのが、.tex では

![ss-tex.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/304493/3671a849-955c-4c85-8d7d-fa661bf4796a.png)

と、数値が埋め込まれてしまっていたりします。
ほかにも、citation の表記方法が .qmd と .tex とで異なったりするので、そういったところは避けながらコピペしなくてはなりません。
なかなかめんどいです。

![ss-vscode.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/304493/fe770559-a127-4778-83f9-42542276d878.png)
画面分割を駆使して作業していきましょう。

### すべての変更点が反映されたか確認する

.qmd ファイルにすべての変更点を反映したら、再度 .qmd ファイルを PDF に変換し、.tex ファイルを生成します。
いま生成した .tex と、Overleaf からダウンロードした .tex との差分を Git で確認できるようになるはずです。
差分を確認して、変更点の反映漏れ等がないか確認します。
漏れ等があれば再度 .qmd を直し、また .tex ファイルを生成して差分を確認します。

## .docx を共有するケース

### PDF を .docx に変換する

.docx ファイルで共有するためには、PDF を .docx に変換しなくてはなりません。
Quarto にも .qmd から .docx を生成する機能はあるのですが……
……どうもいろいろうまくいかなかったので、諦めました。

Microsoft Word には、[PDF を .docx ファイルに変換する機能](https://support.microsoft.com/ja-jp/office/word-で-pdf-ファイルを開く-1d1d2acc-afa0-46ef-891d-b76bcd83d9c8)が搭載されています。
これを使うことにしましょう。[^1]

[^1]: ほかにも Acrobat を使うなどの変換方法があるようです。より良い方法をご存知でしたら教えてください。

macOS なら、PDF を副クリックして、`このアプリケーションで開く` → `Microsoft Word.app` だけです。
Windowsでも、右クリックして類似の操作をすればいいようです。

これで**だいたい**正確に変換してくれます。
……が、ちょっとうまくいかないところもあります。
ざっくりとした使用感として、タイポっぽい感じの変換ミスが散見される感じです。

.docx を生成したら、Git に commit しておき、.docx を必要としている共同編集者に送ります。

### 原稿を完成させる

ここからしばらくは Word 上で作業を進めます。
コメントや編集を加えてもらった .docx を共同編集者から受け取ります。
必要な修正を行い、場合によっては繰り返し共同編集者とやり取りを行います。
.docx を送った共同編集者からの指摘すべてを反映させた原稿を、.docx 上で完成させます。

### .qmd ファイルに反映させる

コメントを反映して完成させた .docx と、共同編集者へ送る前に作った .docx ファイルとを、比較します。
Microsft Word の、**文書の比較**機能を使用します。

![ss-compare.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/304493/3e3da76e-eaa8-425b-aae7-e8cbfa0bed2b.png)

![ss-compared.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/304493/720fee45-ac08-4dae-b9e5-71ab78e57ef7.png)

この差分を見ながら、変更点を .qmd ファイルに反映させていきます。
**めんどい！**
先述した、.tex ファイルの差分を反映させる作業と比べてもはるかに面倒です。

編集点が多いとかなりしんどくなります。
がっつりコメント・修正くれそうな共同編集者には、可能なら Overleaf でコメントをもらう形にできないか相談してみましょう。
せめて英文校閲業者には、Overleaf での校閲を依頼したいところです。

### すべての変更点が反映されたか確認する

すべての変更点を .qmd に反映できたら、もう一度 .qmd から PDF を生成して、それを .docx に変換します。
いま変換した .docx と、コメントもらって完成させた時点での .docx とで、**文書の比較**します。

文書間に違いがなくなっていればOKです。
反映漏れがあればまた .qmd を編集し、再度 .docx を生成して比較し直しましょう。

## メモ
Quarto に対応したオンラインエディタがあれば、.qmd ファイルの校閲はとても楽になります。
LaTeX でいうところの Overleaf のようなエディタです。
しかし、そういったサービスはいまのところ存在しないようです。
HackMD というサービスについて、[Quarto Markdown の処理を要望する声はある](https://github.com/hackmdio/hackmd-io-issues/issues/344)ようです。
これが叶えられれば最高ですね。

# Step 13. ジャーナルへ投稿

いよいよジャーナルへ投稿しましょう。
だいたいどこのジャーナルでも、LaTeX 形式での投稿を受け付けてくれるはずです
PDF 生成にともなって、.qmd ファイル一つにつき一つの .tex ファイルが `/paper` 以下に作られています。
これら .tex ファイルと、`tex-source-files` のなかにあるファイルすべてを送ればＯＫです。

## Editorial Manager の場合

Elsevier のジャーナルへは、Editorial Manager を介して投稿します。
[このへんのドキュメント](https://www.ariessys.com/wp-content/uploads/EM_PM_LaTeX_Guide.pdf)を参考にアップロードしてみましょう。

どうもジャーナルによって微妙に仕様が違うようです。
.tex ファイルは `Manuscript`（あるいは `Cover Letter` など実態に即した Item）としてアップします。

.bib ファイルなど、tex-source-files にあるファイルは `LaTeX Source Files` という Item 種でアップします。
ただし、Figure だけは Item を `Figure` にします。
`LaTeX Source Files` が Item のなかにない場合は、代わりに `Manuscript` としてアップします。

だいたいこんな感じですが、ジャーナルによっていろいろ違うかもしれません。
投稿作業の最後に最終的な投稿原稿が確認できます。
とりあえずやってみて、うまくいかなければ試行錯誤しましょう。

# おわりに

以上が Quarto で論文を書いて投稿するまででした。
また今後追記すべきことが見つかれば追記します。

こうして記事に書いてみると、手順の多さを改めて感じてうんざりしますね。
しかし実際に一度やってみさえすれば、次からはスピーディに論文執筆から投稿までを完了できるはずです。

ぜひ Quarto を使って、プログラマティックな論文執筆を試してください。