windowsでUbuntuを使ってqiime2の環境をつくる方法

## Qiime2をつかいたい
- Windows10 もしくはWindows11にqiime2の環境を構築する方法をメモ書きする。

## 準備編
#### まずはqiime2をうごかすためのUbuntuをうごかすための、Windowsの設定をしよう
- WSL2の有効化
Windowsの検索バーに
~~~
windowsの機能
~~~
![2025-01-08_13h17_53.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/6f28d6b5-92be-3752-a888-43c68dd19af0.png)

と入力して出てくるWidowsの機能の有効化または無効化から
~~~
・仮想マシンプラットフォーム
・Windows Subsystem for Linux
~~~
![2025-01-08_13h23_30.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/49972fb3-e169-b872-d494-fa846bb30d91.png)

にチェックを入れる。

準備おわり。

## Ubuntuをインストールする
#### qiime2を動かすUbuntu22.04をインストールしよう！

- Ubuntuのインストール
Windowsの検索バーに以下を入力
~~~
Microsft Store
~~~

![2025-01-08_13h25_36.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/6b2e258f-b0af-e960-9aa1-6bcdbb47ec43.png)

出てきた画像のアプリを起動する。

検索欄に
~~~
Ubuntu
~~~
と入力して出てくる「Ubuntu 20.04.6 LTS」を選択・入手を押す。
ここでエラーが出る場合はMicrosoft Storeにログインできているか確認する。

![2025-01-08_13h28_17.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/a8e29c64-6e29-ae36-2923-299c9f1640fc.png)

## 初期設定編
#### Ubuntuがインストールできたら初期設定をしよう

- Ubuntuの初期設定方法

検索バーにUbuntuといれ、出てくる「Ubuntu 20.04.06 LTS」を起動

すると以下のような画面が開く。
![2025-01-08_13h33_51.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/046eefa6-4f4c-e4a0-300a-1219815835be.png)

これはユーザーネームを入れるところなので、好きなユーザーネームを入れる。今回は
~~~
test_user
~~~
にした。
![2025-01-08_13h34_52.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/2a3ce1af-8411-ca1f-9d81-c76e2d1793bd.png)
できたらエンターキーを押そう。

つぎはこんな画面になる。
![2025-01-08_13h35_31.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/018038ef-9d3d-8876-9357-c08fcd5a364c.png)
これはパスワードを求められている。新しく設定しよう。大事なのはわかりやすく、忘れないこと。今回は
~~~
himitsu
~~~
ひみつです。
![2025-01-08_13h36_43.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/ee3a9841-cc68-8591-c8c8-3c648967ca37.png)
入力した後にエンターを押すともう一回いれて、と出てくる。パスワードは入力しても見えないので注意。もう一度入力する。

こんな画面が出たら成功
![2025-01-08_13h37_34.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/487059af-9ac7-cca0-1553-965db8cac437.png)

自動で↓が出てくる。成功。
![2025-01-08_13h38_07.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/df6d83e2-8b65-c07d-cfdb-24ac25ac68e7.png)

何か入力するときは必ず$の後ろに入力する。準備編終了。


## 使いこなす編
#### 初期設定が終わったらいよいよ使っていこう

- まずはアップデートするよ。両方実行しよう。
以下をコピーして、Ubuntuの入力できるところで右クリックすると貼り付けできる。
~~~
sudo apt undate -y
~~~
![2025-01-08_13h39_18.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/4327802a-25c7-e874-63c5-a5258346fc09.png)

最初はパスワードを求められる。準備編で決めたパスワードを入力したらエンター。
![2025-01-08_13h40_07.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/10c803a5-35d1-b550-4d3a-48395414475c.png)
Doneになっていれば成功。

次はアップグレード。
~~~
sudo apt upgrade -y
~~~
こんどはパスワード聞かれないと思う。
![2025-01-08_13h42_47.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/30987e4b-2691-230a-55cb-0fcd47afe5b9.png)

DoneになったらOK.


- つぎはqiime2をインストールするためのwgetをインストールする

以下を入力
~~~
sudo apt install wget git curl build-essential -y
~~~
![2025-01-08_13h44_29.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/ba2463a4-fdfd-78f2-5172-ba07c00b96eb.png)

こんな感じになればOK.

ここまでできたら、いよいよqiime2をインストールするよ。
以下を入力。（コピーしてUbuntuで右クリック）
~~~
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
~~~
![2025-01-08_13h46_39.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/f347747a-0f65-d00a-95d9-a8cd8828a7c4.png)
こうなったかな？

次は以下を入力
~~~
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
~~~
エンターを押すと以下になる。
![2025-01-08_13h47_34.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/341614ea-6f8a-42ae-e962-2d00c590ea34.png)

あせらず、エンターを押す。
![2025-01-08_13h48_12.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/9c3af0d5-1fbe-24ba-96aa-d58a9270b0d4.png)
こんな画面になるので、moreが出なくなるまでエンターを押し続けよう。（たぶん200回ぐらい）(同意書なので読むこと())

![2025-01-08_13h49_47.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/d934da53-940b-c8f5-3e0f-c47a83a46d19.png)
こうなったら、以下を入力
~~~
yes
~~~
![2025-01-08_13h50_18.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/3e0ef935-6b06-23b6-2092-ee27709a35d8.png)

これが出たらエンターを押す。そしたらインストールが始まる。(qiime2を使うためのソフト)

次はこんな画面↓。これもyesと入力してエンター。
~~~
yes
~~~
![2025-01-08_13h51_08.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/98884d52-c45b-d244-be40-6a728d7efa60.png)

これ↓が出たら完璧！次に進もう！
![2025-01-08_13h52_23.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/ad4537db-553c-9a0f-6a34-cbc6ba62ca33.png)


次は以下を入力
~~~
bash ~/.bashrc
~~~
![2025-01-08_13h53_44.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/056c6dca-7067-661a-0c7a-a0fb1f4a93c2.png)
↑でOK

インストールされているか確認してみよう。
いったんUbuntuを終了して、もう一回アプリを立ち上げます。←大事
立ち上げたら、以下を入力
~~~
conda list
~~~
![2025-01-08_13h57_34.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/bf271d70-56f3-c1d1-0b9f-32c95d52d294.png)
↑でOK。
ここまででminicondaのインストール終了！おめでとう。おつかれさま。
念のためアップデートを確認します。以下を入力
~~~
conda update conda
~~~
![2025-01-08_13h59_21.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/89a7be63-acbc-7881-e7f2-f19322ddd0b2.png)
個の画面が出てきたら
~~~
y
~~~
と入力してエンター
![2025-01-08_13h59_49.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/0a93db63-3674-bba9-5b08-7cf88529b763.png)
↑これでOK

- いよいよqiime2をいれよう
以下を入力します！
~~~
conda env create -n qiime2-amplicon-2024.10 --file https://data.qiime2.org/distro/amplicon/qiime2-amplicon-2024.10-py310-linux-conda.yml
~~~
![2025-01-08_14h15_32.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/4c1a9590-eb27-8f84-2c02-1fdd5151ed99.png)
↑で固まりますが、辛抱強くまとう。

↓の画面が出るまでノータッチ。多少時間がかかります。
![2025-01-08_14h18_24.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/c88a52ce-61d3-3d80-6af6-75f33169fdbb.png)
もう少し！

以下を入力
~~~
conda activate qiime2-amplicon-2024.10
~~~
![2025-01-08_14h19_30.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/17468cb5-0201-34e8-afdf-116504ee3740.png)
↑のように＄の前に名前が入れば完了。

以下でちゃんと入ったか確認しよう
~~~
qiime info
~~~
![2025-01-08_14h20_32.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/3911098/0bbcf0e6-37e4-a135-7722-3383a328fb19.png)

少し小さいけど、この画面になれば完了！

## さいごに
#### 参考にさせていただいたサイト
- [公式HP](https://docs.qiime2.org/2024.10/install/native/#install-qiime-2-within-a-conda-environment)


- 次から使うときははじめに
~~~
conda activate qiime2-amplicon-2024.10
~~~
でqiime2に入ってから使おう。