qeでptの最適化計算を行う

まず、メールでダンロードしたファルダーをunzipしてください。（SSSP_precision_pseudos、pt）

ohtakaのhomeにはいてください。windowsの場合は、teratermで登録してください。
```ruby:
cd ~
cd /QE/q-e
```
メールでダンロードしたSSSP_precision_pseudosをwinscpでこのファルダーに移動してください。
```ruby:
cd SSSP_precision_pseudos
pwd
```
pwdで出てきたのはSSSP_precision_pseudosのpathです。メモしてください。
```ruby:
cd ../bin
ls
```
pw.x neb.x pp.xがあるかを確認してください。
```ruby:
pwd
```
pwdで出てきたのはpw.xのpathです。メモしてください。
次はtest計算のファルダーを作成する。
```ruby:
cd ~
mkdir qe_test
cd qe_test
```
メールでダンロードしたptをwinscpでこのファルダーに移動してください。
ptファルダーに行って、計算のinput fileを確認してください。
qeのinput fileのパラメータの設定方法は以下のwebsiteで確認してください。
https://www.quantum-espresso.org/Doc/INPUT_PW.html
```ruby:
cd pt
vi in
```
先ほどメモしたSSSP_precision_pseudosのpathに変更してください。自分の場合は以下になります。(Tera termでのファイル編集/保存方法は昔のqiitaで確認してください。)
```ruby:
pseudo_dir = '/home/k0469/k046902/qe/SSSP_precision_pseudos'
```
次は実行ファイルを確認してください。
設定する方法は以下のwebsiteで確認してください。
https://mdcl.issp.u-tokyo.ac.jp/scc/system/systembinfo/manual

```ruby:
vi run.sh
```
先ほどメモしたpw.xのpathに変更してください。自分の場合は以下になります。
```ruby:
srun  /home/k0469/k046902/qe/qe-6.7/bin/pw.x  < 'in' > 'out' -npool 4
```
計算の実行：
```ruby:
sbatch run.sh
```
実行した計算の確認：
```ruby:
squeue
```
計算時間は大体２時間程度

計算結果の確認：
```ruby:
vi out
```
ファイルの最後には構造最適化した構造とエネルギーがあります。
```ruby:
    Final energy   =   -3153.4227842196 Ry

     File ./outdir/pwscf.bfgs deleted, as requested
Begin final coordinates

ATOMIC_POSITIONS (angstrom)
Pt            0.0000000000        0.0000000000       15.0000000000    0   0   0
Pt            2.9104515114        0.0000000000       15.0000000000    0   0   0
Pt            5.8209030227        0.0000000000       15.0000000000    0   0   0
Pt            1.4552257557        2.5205249453       15.0000000000    0   0   0
Pt            4.3656772670        2.5205249453       15.0000000000    0   0   0
Pt            7.2761287784        2.5205249453       15.0000000000    0   0   0
Pt            0.0000000000        5.0410498906       15.0000000000    0   0   0
Pt            2.9104515114        5.0410498906       15.0000000000    0   0   0
Pt            5.8209030227        5.0410498906       15.0000000000    0   0   0
Pt            1.4552257557        7.5615748360       15.0000000000    0   0   0
Pt            4.3656772670        7.5615748360       15.0000000000    0   0   0
Pt            7.2761287784        7.5615748360       15.0000000000    0   0   0
Pt            1.4552242136        0.8422455963       17.2807423243
Pt            4.3656752691        0.8422536489       17.2807509051
Pt            7.2761336811        0.8422417711       17.2807502723
Pt            0.0000026310        3.3627890075       17.2807441147
Pt            2.9104464857        3.3628004070       17.2807474756
Pt            5.8209048828        3.3627975852       17.2807495839
Pt            1.4552214058        5.8833126141       17.2807382289
Pt            4.3656761557        5.8833185856       17.2807440630
Pt            7.2761329707        5.8833119336       17.2807437516
Pt            0.0000018969        8.4038100890       17.2807422129
Pt            2.9104487248        8.4038194109       17.2807397896
Pt            5.8209056005        8.4038180860       17.2807454543
Pt            0.0000058498        1.6846711148       19.5051560227
Pt            2.9104432339        1.6846719084       19.5051540391
Pt            5.8209087684        1.6846614541       19.5051584596
Pt            1.4552208280        4.2052158319       19.5051520617
Pt            4.3656748480        4.2052013476       19.5051553679
Pt            7.2761375562        4.2052024296       19.5051544601
Pt            0.0000029619        6.7257212193       19.5051565770
Pt            2.9104461080        6.7257187781       19.5051467792
Pt            5.8209060118        6.7257107475       19.5051556800
Pt            1.4552262156        9.2462356844       19.5051512608
Pt            4.3656732755        9.2462260963       19.5051554385
Pt            7.2761355812        9.2462227701       19.5051600247
Pt            0.0000119070        0.0090124662       21.7863276799
Pt            2.9104434781        0.0090196450       21.7863320000
Pt            5.8209040531        0.0090131248       21.7863291221
Pt            1.4552249403        2.5295672918       21.7863217928
Pt            4.3656685296        2.5295574288       21.7863189377
Pt            7.2761431129        2.5295560233       21.7863219710
Pt            0.0000041084        5.0500834116       21.7863193425
Pt            2.9104432229        5.0500878850       21.7863101172
Pt            5.8209100247        5.0500812342       21.7863125017
Pt            1.4552282982        7.5705910154       21.7863210038
Pt            4.3656685321        7.5705891195       21.7863214277
Pt            7.2761368609        7.5705841356       21.7863279899
```