多原子イオンを１つの点に置換した結晶構造の作成ログ（説明用）

# 最終目標設定
既存の結晶構造から，多原子イオンを１つの点に置換した新しい結晶構造を作成する．


## 準備
以下，２つのファイルを用意する．
* POSCAR: POSCARファイル形式の結晶構造を記したテキストファイル
* POSCAR.nnlist: POSCARファイルから，原子ごとに隣接原子をリストアップしたテキストファイル


## 作成したプログラム
* mk_clusterd_poscar.py
入力：POSCAR, POSCAR.nnlist
出力：POSCAR


## 今回行ったことの流れ
次の流れに沿って，距離が近い原子団を１つの原子に置き換え，新たな結晶構造を作成した．

0．POSCARとPOSCAR.nnlistをPandasのデータフレームとして読み込む．
1．結晶構造の各原子ごとに2Å以内の原子をピックアップする．
※ これは，準備の段階でPOSCAR.nnlistとして作成済み
2．ピックアップされた数が最大の原子をリストアップする．
3．2.でリストアップされた原子と、ともにピックアップされた原子のxyz座標の相加平均をとる．
4．リストアップされた原子の元素種と3.で得た座標を新たな１点とする．
5．2~4で選択されていない原子をリストアップする．
6．4.と5.を組み合わせて，新しい構造を作る．


## 今回行ったことの詳細説明
例として，COD (Crystallography Open Database) から得たBaCO3 (1000033.cif) を用いる．
※https://www.crystallography.net/cod/1000033.cif


### POSCARをDataFrameとして読み込んだもの：
<div>
<style scoped>
    .dataframe tbody tr th:only-of-type {
        vertical-align: middle;
    }

    .dataframe tbody tr th {
        vertical-align: top;
    }

    .dataframe thead th {
        text-align: right;
    }
</style>
<table border="1" class="dataframe">
  <thead>
    <tr style="text-align: right;">
      <th></th>
      <th>central atom</th>
      <th>x</th>
      <th>y</th>
      <th>z</th>
      <th>Species</th>
    </tr>
  </thead>
  <tbody>
    <tr>
      <th>0</th>
      <td>1</td>
      <td>0.250000000000000</td>
      <td>0.757000000000000</td>
      <td>0.919000000000000</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>1</th>
      <td>2</td>
      <td>0.250000000000000</td>
      <td>0.743000000000000</td>
      <td>0.419000000000000</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>2</th>
      <td>3</td>
      <td>0.750000000000000</td>
      <td>0.243000000000000</td>
      <td>0.081000000000000</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>3</th>
      <td>4</td>
      <td>0.750000000000000</td>
      <td>0.257000000000000</td>
      <td>0.581000000000000</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>4</th>
      <td>5</td>
      <td>0.250000000000000</td>
      <td>0.901100000000000</td>
      <td>0.912200000000000</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>5</th>
      <td>6</td>
      <td>0.250000000000000</td>
      <td>0.598900000000000</td>
      <td>0.412200000000000</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>6</th>
      <td>7</td>
      <td>0.750000000000000</td>
      <td>0.098900000000000</td>
      <td>0.087800000000000</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>7</th>
      <td>8</td>
      <td>0.750000000000000</td>
      <td>0.401100000000000</td>
      <td>0.587800000000000</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>8</th>
      <td>9</td>
      <td>0.459500000000000</td>
      <td>0.683900000000000</td>
      <td>0.921000000000000</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>9</th>
      <td>10</td>
      <td>0.040500000000000</td>
      <td>0.816100000000000</td>
      <td>0.421000000000000</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>10</th>
      <td>11</td>
      <td>0.540500000000000</td>
      <td>0.316100000000000</td>
      <td>0.079000000000000</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>11</th>
      <td>12</td>
      <td>0.040500000000000</td>
      <td>0.683900000000000</td>
      <td>0.921000000000000</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>12</th>
      <td>13</td>
      <td>0.459500000000000</td>
      <td>0.816100000000000</td>
      <td>0.421000000000000</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>13</th>
      <td>14</td>
      <td>0.959500000000000</td>
      <td>0.183900000000000</td>
      <td>0.579000000000000</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>14</th>
      <td>15</td>
      <td>0.959500000000000</td>
      <td>0.316100000000000</td>
      <td>0.079000000000000</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>15</th>
      <td>16</td>
      <td>0.540500000000000</td>
      <td>0.183900000000000</td>
      <td>0.579000000000000</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>16</th>
      <td>17</td>
      <td>0.250000000000000</td>
      <td>0.416310000000000</td>
      <td>0.754900000000000</td>
      <td>Ba</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>17</th>
      <td>18</td>
      <td>0.250000000000000</td>
      <td>0.083690000000000</td>
      <td>0.254900000000000</td>
      <td>Ba</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>18</th>
      <td>19</td>
      <td>0.750000000000000</td>
      <td>0.583690000000000</td>
      <td>0.245100000000000</td>
      <td>Ba</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>19</th>
      <td>20</td>
      <td>0.750000000000000</td>
      <td>0.916310000000000</td>
      <td>0.745100000000000</td>
      <td>Ba</td>
    </tr>
  </tbody>
</table>
</div>


### POSCAR.nnlistをDataFrameとして読み込んだもの：
<div>
<style scoped>
    .dataframe tbody tr th:only-of-type {
        vertical-align: middle;
    }

    .dataframe tbody tr th {
        vertical-align: top;
    }

    .dataframe thead th {
        text-align: right;
    }
</style>
<table border="1" class="dataframe">
  <thead>
    <tr style="text-align: right;">
      <th></th>
      <th>central atom</th>
      <th>neighboring atom</th>
      <th>distance</th>
      <th>X</th>
      <th>Y</th>
      <th>Z</th>
      <th>unitcell_x</th>
      <th>unitcell_y</th>
      <th>unitcell_z</th>
      <th>central species</th>
      <th>neighboring species</th>
    </tr>
  </thead>
  <tbody>
    <tr>
      <th>0</th>
      <td>1</td>
      <td>1</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>C</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>1</th>
      <td>1</td>
      <td>5</td>
      <td>1.282630</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>1.281885</td>
      <td>-0.043713</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>C</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>2</th>
      <td>1</td>
      <td>9</td>
      <td>1.289100</td>
      <td>1.112990</td>
      <td>-0.650283</td>
      <td>0.012857</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>C</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>3</th>
      <td>1</td>
      <td>12</td>
      <td>1.289100</td>
      <td>-1.112990</td>
      <td>-0.650283</td>
      <td>0.012857</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>C</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>4</th>
      <td>2</td>
      <td>2</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>C</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>5</th>
      <td>2</td>
      <td>6</td>
      <td>1.282630</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>-1.281885</td>
      <td>-0.043713</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>C</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>6</th>
      <td>2</td>
      <td>10</td>
      <td>1.289100</td>
      <td>-1.112990</td>
      <td>0.650283</td>
      <td>0.012857</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>C</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>7</th>
      <td>2</td>
      <td>13</td>
      <td>1.289100</td>
      <td>1.112990</td>
      <td>0.650283</td>
      <td>0.012857</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>C</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>8</th>
      <td>3</td>
      <td>3</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>C</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>9</th>
      <td>3</td>
      <td>7</td>
      <td>1.282630</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>-1.281885</td>
      <td>0.043713</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>C</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>10</th>
      <td>3</td>
      <td>11</td>
      <td>1.289100</td>
      <td>-1.112990</td>
      <td>0.650283</td>
      <td>-0.012857</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>C</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>11</th>
      <td>3</td>
      <td>15</td>
      <td>1.289100</td>
      <td>1.112990</td>
      <td>0.650283</td>
      <td>-0.012857</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>C</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>12</th>
      <td>4</td>
      <td>4</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>C</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>13</th>
      <td>4</td>
      <td>8</td>
      <td>1.282630</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>1.281885</td>
      <td>0.043713</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>C</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>14</th>
      <td>4</td>
      <td>14</td>
      <td>1.289100</td>
      <td>1.112990</td>
      <td>-0.650283</td>
      <td>-0.012857</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>C</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>15</th>
      <td>4</td>
      <td>16</td>
      <td>1.289100</td>
      <td>-1.112990</td>
      <td>-0.650283</td>
      <td>-0.012857</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>C</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>16</th>
      <td>5</td>
      <td>1</td>
      <td>1.282630</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>-1.281885</td>
      <td>0.043713</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>17</th>
      <td>5</td>
      <td>5</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>18</th>
      <td>6</td>
      <td>2</td>
      <td>1.282630</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>1.281885</td>
      <td>0.043713</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>19</th>
      <td>6</td>
      <td>6</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>20</th>
      <td>7</td>
      <td>3</td>
      <td>1.282630</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>1.281885</td>
      <td>-0.043713</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>21</th>
      <td>7</td>
      <td>7</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>22</th>
      <td>8</td>
      <td>4</td>
      <td>1.282630</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>-1.281885</td>
      <td>-0.043713</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>23</th>
      <td>8</td>
      <td>8</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>24</th>
      <td>9</td>
      <td>1</td>
      <td>1.289100</td>
      <td>-1.112990</td>
      <td>0.650283</td>
      <td>-0.012857</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>25</th>
      <td>9</td>
      <td>9</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>26</th>
      <td>10</td>
      <td>2</td>
      <td>1.289100</td>
      <td>1.112990</td>
      <td>-0.650283</td>
      <td>-0.012857</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>27</th>
      <td>10</td>
      <td>10</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>28</th>
      <td>11</td>
      <td>3</td>
      <td>1.289100</td>
      <td>1.112990</td>
      <td>-0.650283</td>
      <td>0.012857</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>29</th>
      <td>11</td>
      <td>11</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>30</th>
      <td>12</td>
      <td>1</td>
      <td>1.289100</td>
      <td>1.112990</td>
      <td>0.650283</td>
      <td>-0.012857</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>31</th>
      <td>12</td>
      <td>12</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>32</th>
      <td>13</td>
      <td>2</td>
      <td>1.289100</td>
      <td>-1.112990</td>
      <td>-0.650283</td>
      <td>-0.012857</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>33</th>
      <td>13</td>
      <td>13</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>34</th>
      <td>14</td>
      <td>4</td>
      <td>1.289100</td>
      <td>-1.112990</td>
      <td>0.650283</td>
      <td>0.012857</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>35</th>
      <td>14</td>
      <td>14</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>36</th>
      <td>15</td>
      <td>3</td>
      <td>1.289100</td>
      <td>-1.112990</td>
      <td>-0.650283</td>
      <td>0.012857</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>37</th>
      <td>15</td>
      <td>15</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>38</th>
      <td>16</td>
      <td>4</td>
      <td>1.289100</td>
      <td>1.112990</td>
      <td>0.650283</td>
      <td>0.012857</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>39</th>
      <td>16</td>
      <td>16</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>O</td>
      <td>O</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>40</th>
      <td>17</td>
      <td>17</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>Ba</td>
      <td>Ba</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>41</th>
      <td>18</td>
      <td>18</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>Ba</td>
      <td>Ba</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>42</th>
      <td>19</td>
      <td>19</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>Ba</td>
      <td>Ba</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>43</th>
      <td>20</td>
      <td>20</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>Ba</td>
      <td>Ba</td>
    </tr>
  </tbody>
</table>
</div>


### クラスタ後の絶対中心座標のみをフィルターで抽出したもの：
補足：クラスタの中心原子と，クラスタに選ばれなかった原子

<div>
<style scoped>
    .dataframe tbody tr th:only-of-type {
        vertical-align: middle;
    }

    .dataframe tbody tr th {
        vertical-align: top;
    }

    .dataframe thead th {
        text-align: right;
    }
</style>
<table border="1" class="dataframe">
  <thead>
    <tr style="text-align: right;">
      <th></th>
      <th>central atom</th>
      <th>x</th>
      <th>y</th>
      <th>z</th>
      <th>Species</th>
    </tr>
  </thead>
  <tbody>
    <tr>
      <th>0</th>
      <td>1</td>
      <td>0.250000</td>
      <td>0.757000</td>
      <td>0.919000</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>1</th>
      <td>2</td>
      <td>0.250000</td>
      <td>0.743000</td>
      <td>0.419000</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>2</th>
      <td>3</td>
      <td>0.750000</td>
      <td>0.243000</td>
      <td>0.081000</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>3</th>
      <td>4</td>
      <td>0.750000</td>
      <td>0.257000</td>
      <td>0.581000</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>16</th>
      <td>17</td>
      <td>0.250000</td>
      <td>0.416310</td>
      <td>0.754900</td>
      <td>Ba</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>17</th>
      <td>18</td>
      <td>0.250000</td>
      <td>0.083690</td>
      <td>0.254900</td>
      <td>Ba</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>18</th>
      <td>19</td>
      <td>0.750000</td>
      <td>0.583690</td>
      <td>0.245100</td>
      <td>Ba</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>19</th>
      <td>20</td>
      <td>0.750000</td>
      <td>0.916310</td>
      <td>0.745100</td>
      <td>Ba</td>
    </tr>
  </tbody>
</table>
</div>



### 相対中心座標をDataFrame化したもの：
補足：df_nnlistの原子団の相対中心座標

<div>
<style scoped>
    .dataframe tbody tr th:only-of-type {
        vertical-align: middle;
    }

    .dataframe tbody tr th {
        vertical-align: top;
    }

    .dataframe thead th {
        text-align: right;
    }
</style>
<table border="1" class="dataframe">
  <thead>
    <tr style="text-align: right;">
      <th></th>
      <th>central atom</th>
      <th>X</th>
      <th>Y</th>
      <th>Z</th>
    </tr>
  </thead>
  <tbody>
    <tr>
      <th>0</th>
      <td>1</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>-0.004670</td>
      <td>-0.004500</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>1</th>
      <td>2</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.004670</td>
      <td>-0.004500</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>2</th>
      <td>3</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.004670</td>
      <td>0.004500</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>3</th>
      <td>4</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>-0.004670</td>
      <td>0.004500</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>16</th>
      <td>17</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>17</th>
      <td>18</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>18</th>
      <td>19</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>19</th>
      <td>20</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
      <td>0.000000</td>
    </tr>
  </tbody>
</table>
</div>


### 絶対座標 + 相対座標をDataFrame化したもの：
補足：最近傍の原子団を１つの点に置換した結晶構造

<div>
<style scoped>
    .dataframe tbody tr th:only-of-type {
        vertical-align: middle;
    }

    .dataframe tbody tr th {
        vertical-align: top;
    }

    .dataframe thead th {
        text-align: right;
    }
</style>
<table border="1" class="dataframe">
  <thead>
    <tr style="text-align: right;">
      <th></th>
      <th>X</th>
      <th>Y</th>
      <th>Z</th>
      <th>Species</th>
    </tr>
  </thead>
  <tbody>
    <tr>
      <th>0</th>
      <td>0.250000</td>
      <td>0.752330</td>
      <td>0.914500</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>1</th>
      <td>0.250000</td>
      <td>0.747670</td>
      <td>0.414500</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>2</th>
      <td>0.750000</td>
      <td>0.247670</td>
      <td>0.085500</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>3</th>
      <td>0.750000</td>
      <td>0.252330</td>
      <td>0.585500</td>
      <td>C</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>16</th>
      <td>0.250000</td>
      <td>0.416310</td>
      <td>0.754900</td>
      <td>Ba</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>17</th>
      <td>0.250000</td>
      <td>0.083690</td>
      <td>0.254900</td>
      <td>Ba</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>18</th>
      <td>0.750000</td>
      <td>0.583690</td>
      <td>0.245100</td>
      <td>Ba</td>
    </tr>
    <tr>
      <th>19</th>
      <td>0.750000</td>
      <td>0.916310</td>
      <td>0.745100</td>
      <td>Ba</td>
    </tr>
  </tbody>
</table>
</div>