【バイオインフォマティクス】NGS解析に使用するリファレンスゲノムの取得方法について

# 概要
#### リファレンスゲノム配列について
ヒトやその他の生物のゲノム配列は個体ごとに異なります。しかしながら、基準となるゲノム配列をある程度決めておくことで、個人のゲノム配列における特異的な変異を定量的に評価することができます。

そこで、様々なゲノム配列をベースにすることで、その最大公約数的なゲノム配列を基準配列として決めたものを「リファレンスゲノム配列」と呼びます。

#### NGSの解析パイプラインに必要なリファレンスゲノム配列はどんなもの？

シーケンスデータ（fastqファイルなど）から得たリードが、ゲノムのどの領域に由来するかを推定するためには、以下２つのファイルが必要となります。

- リファレンスシークエンスデータ（対象生物におけるゲノムの塩基配列が記述されている）
- アノテーションデータ（遺伝子など、ゲノム上の位置が記述されている）

今回はlftpコマンドを利用し、ENSEMBLから上記のデータ2つをダウンロードします。

# 環境
私の実行環境は以下の通りです。

- MacBook Air (M1, 2020)
- macOS Monterey バージョン 12.3.1
- Homebrew バージョン 3.4.11
- LFTP バージョン 4.9.2

# アノテーションファイルのダウンロード
#### lftpコマンドのインストール
まず、ファイルのダウンロードに用いるlftpをPCにインストールします。
今回はbrewコマンドを使ってインストールを行いました。

※Homebrewの事前インストールは各自でお願いします。
```terminal
brew install lftp
```
#### Ensemblのサーバーへのアクセス
次に、アノテーションファイルをダウンロードするために、Ensemblにアクセスします。

このようにlftpコマンドを利用することで、ターミナルからEnsemblのサーバーにアクセスすることが可能になります。
```terminal
lftp ftp.ensembl.org/pub/
```

すると、以下の出力結果が得られます。
<details>
<summary>出力結果はコチラ</summary>
<pre>
<code>
cd 成功、cwd=/pub                                                          
lftp ftp.ensembl.org:/pub> 
</code>
</pre>
</details>




次に、lsコマンドを入力してディレクトリ内にあるファイルの一覧を確認します。
```termnal
ls
```

すると、以下の出力結果が得られます。
<details>
<summary>出力結果はコチラ（2022/05/30当時）</summary>
<pre>
<code>
drwxr-xr-x    2 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 IPI
-rwxr-xr-x    1 ftp      ftp             0 May 01  2002 PLEASE_CHECK_THE_current_README_FILE
-rwxr-xr-x    1 ftp      ftp         65632 Jul 26  2018 PRIVACY-NOTICE.pdf
-rwxr-xr-x    1 ftp      ftp          1877 Oct 22  2007 README.32-46
drwxr-xr-x    5 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 assembly
drwxr-xr-x    9 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 assembly_mapping
-rwxr-xr-x    1 ftp      ftp       2281952 Feb 07  2011 bamExample.bam
lrwxrwxrwx    1 ftp      ftp            18 Apr 12 02:34 current_README -> release-106/README
lrwxrwxrwx    1 ftp      ftp            26 Apr 12 02:34 current_assembly_chain -> release-106/assembly_chain
lrwxrwxrwx    1 ftp      ftp            18 Apr 12 02:34 current_bamcov -> release-106/bamcov
lrwxrwxrwx    1 ftp      ftp            15 Apr 12 02:34 current_bed -> release-106/bed
lrwxrwxrwx    1 ftp      ftp            19 Apr 12 02:34 current_compara -> release-106/compara
lrwxrwxrwx    1 ftp      ftp            22 Apr 12 02:34 current_data_files -> release-106/data_files
lrwxrwxrwx    1 ftp      ftp            17 Apr 12 02:34 current_ebeye -> release-106/ebeye
lrwxrwxrwx    1 ftp      ftp            16 Apr 12 02:34 current_embl -> release-106/embl
lrwxrwxrwx    1 ftp      ftp            15 Apr 12 02:34 current_emf -> release-106/emf
lrwxrwxrwx    1 ftp      ftp            17 Apr 12 02:34 current_fasta -> release-106/fasta
lrwxrwxrwx    1 ftp      ftp            19 Apr 12 02:34 current_genbank -> release-106/genbank
lrwxrwxrwx    1 ftp      ftp            16 Apr 12 02:34 current_gff3 -> release-106/gff3
lrwxrwxrwx    1 ftp      ftp            15 Apr 12 02:34 current_gtf -> release-106/gtf
lrwxrwxrwx    1 ftp      ftp            16 Apr 12 02:34 current_json -> release-106/json
lrwxrwxrwx    1 ftp      ftp            15 Apr 12 02:34 current_maf -> release-106/maf
lrwxrwxrwx    1 ftp      ftp            17 Apr 12 02:34 current_mysql -> release-106/mysql
lrwxrwxrwx    1 ftp      ftp            22 Apr 12 02:34 current_ncbi_blast -> release-106/ncbi_blast
lrwxrwxrwx    1 ftp      ftp            22 Apr 12 02:34 current_regulation -> release-106/regulation
lrwxrwxrwx    1 ftp      ftp            21 Apr 12 02:34 current_solr_srch -> release-106/solr_srch
lrwxrwxrwx    1 ftp      ftp            15 Apr 12 02:34 current_tsv -> release-106/tsv
lrwxrwxrwx    1 ftp      ftp            21 Apr 12 02:34 current_variation -> release-106/variation
lrwxrwxrwx    1 ftp      ftp            27 Apr 12 02:34 current_virtual_machine -> release-106/virtual_machine
lrwxrwxrwx    1 ftp      ftp            15 Apr 12 02:34 current_xml -> release-106/xml
drwxr-sr-x  254 ftp      ftp         32768 Mar 31 15:38 data_files
-rwxr-xr-x    1 ftp      ftp      70370255 May 29 11:51 ensembl-api.tar.gz
drwxr-xr-x    3 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 functional_genomics
drwxrwxr-x    2 ftp      ftp          4096 Jun 21  2017 gff3_so_terms_update
drwxr-xr-x   33 ftp      ftp          4096 Apr 12 02:41 grch37
drwxr-xr-x    8 ftp      ftp          4096 May 25 10:56 misc
drwxr-xr-x    5 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 misc-scripts
drwxr-xr-x    3 ftp      ftp          4096 Oct 23  2018 papers
drwxr-xr-x    9 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 pre
drwxrwxr-x    4 ftp      ftp          4096 May 13 12:08 rapid-release
drwxr-xr-x   24 ftp      ftp         20480 Apr 28  2020 release-100
drwxrwxr-x   24 ftp      ftp          4096 Aug 19  2020 release-101
drwxrwxr-x   24 ftp      ftp          4096 Oct 26  2020 release-102
drwxrwxr-x   21 ftp      ftp          4096 Feb 16  2021 release-103
drwxrwxr-x   23 ftp      ftp          4096 Mar 30  2021 release-104
drwxr-sr-x   24 ftp      ftp          4096 Feb 11 18:12 release-105
drwxrwxr-x   25 ftp      ftp          8192 Apr 12 02:33 release-106
drwxr-xr-x    3 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-19
drwxr-xr-x   12 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-21
drwxr-xr-x   15 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-22
drwxr-xr-x   15 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-23
drwxr-xr-x   17 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-24
drwxr-xr-x   17 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-25
drwxr-xr-x   17 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-26
drwxr-xr-x   18 ftp      ftp          4096 Feb 11 17:40 release-27
drwxr-xr-x   18 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-28
drwxr-xr-x   19 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-29
drwxr-xr-x   19 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-30
drwxr-xr-x   20 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-31
drwxr-xr-x   21 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-32
drwxr-xr-x   21 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-33
drwxr-xr-x   21 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-34
drwxr-xr-x   22 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-35
drwxr-xr-x   23 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-36
drwxr-xr-x   23 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-37
drwxr-xr-x   23 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-38
drwxr-xr-x   23 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-39
drwxr-xr-x   29 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-40
drwxr-xr-x   30 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-41
drwxr-xr-x   31 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-42
drwxr-xr-x   35 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-43
drwxr-xr-x   38 ftp      ftp          8192 Dec 05  2016 release-44
drwxr-xr-x   39 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-45
drwxr-xr-x   40 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-46
drwxr-xr-x    9 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-47
drwxr-xr-x    8 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-48
drwxr-xr-x    8 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-49
drwxr-xr-x    9 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-50
drwxr-xr-x    9 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-51
drwxr-xr-x    9 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-52
drwxr-xr-x    9 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-53
drwxr-xr-x   10 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-54
drwxr-xr-x   10 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-55
drwxr-xr-x   11 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-56
drwxr-xr-x   10 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-57
drwxr-xr-x   10 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-58
drwxr-xr-x   10 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-59
drwxr-xr-x   11 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-60
drwxr-xr-x   11 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-61
drwxr-xr-x   12 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-62
drwxr-xr-x   12 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-63
drwxr-xr-x   13 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-64
drwxr-xr-x   13 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-65
drwxr-xr-x   14 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-66
drwxr-xr-x   15 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-67
drwxr-xr-x   15 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-68
drwxr-xr-x   15 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-69
drwxr-xr-x   15 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-70
drwxr-xr-x   15 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-71
drwxr-xr-x   15 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-72
drwxr-xr-x   15 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-73
drwxr-xr-x   16 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-74
drwxr-xr-x   16 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-75
drwxr-xr-x   17 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-76
drwxr-xr-x   17 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-77
drwxr-xr-x   17 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-78
drwxr-xr-x   17 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-79
drwxr-xr-x   17 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-80
drwxr-xr-x   18 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-81
drwxr-xr-x   18 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-82
drwxr-xr-x   19 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-83
drwxr-xr-x   20 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-84
drwxr-xr-x   23 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-85
drwxr-xr-x   22 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 release-86
drwxr-xr-x   22 ftp      ftp          4096 Mar 28  2017 release-87
drwxr-sr-x   22 ftp      ftp          4096 Jun 01  2017 release-88
drwxr-xr-x   24 ftp      ftp          4096 Jun 01  2017 release-89
drwxr-xr-x   24 ftp      ftp          4096 Sep 11  2017 release-90
drwxr-xr-x   24 ftp      ftp          4096 Dec 11  2017 release-91
drwxr-xr-x   25 ftp      ftp          4096 Jul 02  2018 release-92
drwxr-xr-x   26 ftp      ftp          4096 Sep 28  2018 release-93
drwxr-xr-x   25 ftp      ftp         28672 Oct 18  2018 release-94
drwxr-xr-x   24 ftp      ftp          4096 Jan 09  2019 release-95
drwxr-xr-x   25 ftp      ftp          4096 Apr 10  2019 release-96
drwxr-xr-x   25 ftp      ftp          4096 Jun 12  2019 release-97
drwxr-xr-x   24 ftp      ftp          4096 Dec 03  2019 release-98
drwxr-sr-x   23 ftp      ftp         12288 Jan 16  2020 release-99
drwxr-xr-x    9 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 repository
drwxr-xr-x    2 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 traces
drwxr-xr-x   13 ftp      ftp          4096 Feb 26  2018 vega
drwxr-xr-x    3 ftp      ftp          4096 Dec 05  2016 workshops
</code>
</pre>
</details>



出力結果を確認すると、この時の最新のデータは「drwxrwxr-x   25 ftp      ftp          8192 Apr 12 02:33 release-106」であることがわかります。よって、「release-106」へディレクトリを変更します。
```terminal
cd release-106
```
すると、このような出力結果が得られ、ディレクトリを変更できたことがわかります。
```terminal
lftp ftp.ensembl.org:/pub/release-106> 
```
そしてさらにlsコマンドを入力して、ディレクトリ内にあるファイルの一覧を確認します。
```terminal
ls
```

すると、以下の出力結果が得られます。
<details>
<summary>出力結果はコチラ（2022/05/30当時）</summary>
<pre>
<code>
-rwxr-xr-x    1 ftp      ftp          6666 Mar 31 09:57 README
drwxr-sr-x    7 ftp      ftp          4096 Feb 17 20:22 assembly_chain
drwxrwxr-x  249 ftp      ftp         32768 Apr 08 06:03 bamcov
drwxr-sr-x    3 ftp      ftp          4096 Feb 01 08:57 bed
drwxr-sr-x    4 ftp      ftp          4096 Feb 01 09:00 compara
drwxrwxr-x  249 ftp      ftp         32768 Apr 08 06:03 data_files
drwxr-sr-x    4 ftp      ftp          4096 Apr 07 08:41 dump_hash
drwxr-sr-x  313 ftp      ftp         36864 Feb 23 11:19 ebeye
drwxr-sr-x  314 ftp      ftp         40960 Mar 05 05:40 embl
drwxr-sr-x    3 ftp      ftp          4096 Feb 01 08:57 emf
drwxrwxr-x  315 ftp      ftp         40960 Mar 04 03:59 fasta
drwxr-sr-x  314 ftp      ftp         40960 Mar 05 07:11 genbank
drwxr-sr-x  314 ftp      ftp         40960 Mar 05 09:19 gff3
drwxr-sr-x  314 ftp      ftp         40960 Mar 04 22:50 gtf
drwxr-sr-x  314 ftp      ftp         36864 Feb 21 17:39 json
drwxr-sr-x    3 ftp      ftp          4096 Feb 01 08:57 maf
drwxr-sr-x  856 ftp      ftp        135168 Mar 04 10:06 mysql
drwxr-sr-x    4 ftp      ftp          4096 Feb 16 19:47 ncbi_blast
-rw-r--r--    1 ftp      ftp            71 Mar 17 10:41 new_genomes.txt
drwxr-xr-x    5 ftp      ftp          4096 Dec 03 15:55 regulation
-rw-r--r--    1 ftp      ftp            71 Mar 17 10:41 removed_genomes.txt
-rw-r--r--    1 ftp      ftp           175 Mar 17 10:41 renamed_genomes.txt
drwxr-xr-x    2 ftp      ftp          4096 Apr 06 11:26 solr_srch
-rw-r--r--    1 ftp      ftp         49223 Mar 17 10:41 species_EnsemblVertebrates.txt
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      2649109175 Mar 17 10:42 species_metadata_EnsemblVertebrates.json
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      1428134069 Mar 17 10:42 species_metadata_EnsemblVertebrates.xml
-rw-r--r--    1 ftp      ftp           747 Mar 17 10:41 summary.txt
drwxr-sr-x  315 ftp      ftp         36864 Mar 18 06:19 tsv
-rw-r--r--    1 ftp      ftp         41052 Mar 17 10:41 uniprot_report_EnsemblVertebrates.txt
-rw-r--r--    1 ftp      ftp           841 Mar 17 10:41 updated_annotations.txt
-rw-r--r--    1 ftp      ftp           318 Mar 17 10:41 updated_assemblies.txt
drwxr-sr-x    6 ftp      ftp          4096 Mar 24 18:59 variation
drwxrwsr-x    2 ftp      ftp          4096 Jan 17 16:18 virtual_machine
drwxr-sr-x    3 ftp      ftp          4096 Feb 01 08:57 xml
</code>
</pre>
</details>

#### fastaファイルのダウンロード
ここで必要なアノテーションファイルは「fastaファイル」と「gtfファイル」の2種類です。
まず、「fastaファイル」をダウンロードします。

これまでと同様に、cdコマンドを使用してfastaへディレクトリを変更します。
```terminal
cd fasta
```

すると、このような出力が得られ、ディレクトリを変更できたことがわかります。
```terminal
#以下、出力結果（2022/05/30当時）
lftp ftp.ensembl.org:/pub/release-106/fasta>
```

そしてさらにlsコマンドを入力して、ディレクトリ内にあるファイルの一覧を確認します。
```terminal
ls
```

すると、以下の出力結果が得られます。
<details>
<summary>出力結果はコチラ（2022/05/30当時）</summary>
<pre>
<code>
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 22 11:22 acanthochromis_polyacanthus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 23 00:15 accipiter_nisus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 10:02 ailuropoda_melanoleuca
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:35 amazona_collaria
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 15:28 amphilophus_citrinellus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:16 amphiprion_ocellaris
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:58 amphiprion_percula
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:24 anabas_testudineus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 26 12:15 anas_platyrhynchos
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 22 18:25 anas_platyrhynchos_platyrhynchos
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:14 anas_zonorhyncha
drwxrwxr-x    2 ftp      ftp          4096 Mar 22 08:23 ancestral_alleles
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:14 anolis_carolinensis
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:58 anser_brachyrhynchus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 23:38 anser_cygnoides
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 08:55 aotus_nancymaae
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 10:25 apteryx_haastii
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:01 apteryx_owenii
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 26 07:05 apteryx_rowi
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 26 21:41 aquila_chrysaetos_chrysaetos
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:20 astatotilapia_calliptera
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 26 12:24 astyanax_mexicanus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:47 astyanax_mexicanus_pachon
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 26 02:48 athene_cunicularia
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 26 20:08 balaenoptera_musculus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 08:42 betta_splendens
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 10:26 bison_bison_bison
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 27 07:04 bos_grunniens
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:12 bos_indicus_hybrid
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 24 21:32 bos_mutus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:01 bos_taurus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:50 bos_taurus_hybrid
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 23 01:55 bubo_bubo
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 26 02:28 buteo_japonicus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Sep 29  2021 caenorhabditis_elegans
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:20 cairina_moschata_domestica
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:24 calidris_pugnax
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 25 23:07 calidris_pygmaea
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 27 19:27 callithrix_jacchus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 26 11:25 callorhinchus_milii
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 22 13:06 camarhynchus_parvulus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 08:45 camelus_dromedarius
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 24 04:22 canis_lupus_dingo
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 22 11:08 canis_lupus_familiaris
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 23 04:11 canis_lupus_familiarisbasenji
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 22 20:38 canis_lupus_familiarisboxer
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 22 20:25 canis_lupus_familiarisgreatdane
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 10:08 capra_hircus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 24 08:06 capra_hircus_blackbengal
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 24 14:58 carassius_auratus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:40 carlito_syrichta
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 24 20:14 castor_canadensis
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 08:59 catagonus_wagneri
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 08:52 catharus_ustulatus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 22 21:45 cavia_aperea
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 10:18 cavia_porcellus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 08:57 cebus_capucinus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 23 06:27 cercocebus_atys
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 22 22:16 cervus_hanglu_yarkandensis
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 19:57 chelonoidis_abingdonii
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 22 12:47 chelydra_serpentina
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 22 04:46 chinchilla_lanigera
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 22 16:08 chlorocebus_sabaeus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 26 18:40 choloepus_hoffmanni
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 08:46 chrysemys_picta_bellii
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 26 10:54 chrysolophus_pictus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 10:23 ciona_intestinalis
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 22 01:12 ciona_savignyi
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 08:50 clupea_harengus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:00 colobus_angolensis_palliatus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:57 corvus_moneduloides
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 26 09:06 cottoperca_gobio
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 10:22 coturnix_japonica
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 19:59 cricetulus_griseus_chok1gshd
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:11 cricetulus_griseus_crigri
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 23:04 cricetulus_griseus_picr
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 22 16:14 crocodylus_porosus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 23 11:07 cyanistes_caeruleus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 10:21 cyclopterus_lumpus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:08 cynoglossus_semilaevis
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 26 11:03 cyprinodon_variegatus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:00 cyprinus_carpio
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Sep 29  2021 cyprinus_carpio_carpio
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 26 09:47 cyprinus_carpio_germanmirror
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 24 00:04 cyprinus_carpio_hebaored
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:02 cyprinus_carpio_huanghe
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 18:32 danio_rerio
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 10:31 dasypus_novemcinctus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:01 delphinapterus_leucas
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 22 02:31 denticeps_clupeoides
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Sep 29  2021 dicentrarchus_labrax
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 08:57 dipodomys_ordii
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 15:25 dromaius_novaehollandiae
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 19:37 drosophila_melanogaster
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 10:15 echeneis_naucrates
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 22 22:34 echinops_telfairi
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 23 16:12 electrophorus_electricus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:34 eptatretus_burgeri
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 25 00:18 equus_asinus_asinus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 08:49 equus_caballus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 25 04:10 erinaceus_europaeus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 27 21:25 erpetoichthys_calabaricus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 10:17 erythrura_gouldiae
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 22 21:48 esox_lucius
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 22 23:35 falco_tinnunculus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 25 17:59 felis_catus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 23 09:05 ficedula_albicollis
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 25 21:01 fukomys_damarensis
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 16:19 fundulus_heteroclitus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:43 gadus_morhua
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:29 gallus_gallus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 21:12 gambusia_affinis
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 22 04:04 gasterosteus_aculeatus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:36 geospiza_fortis
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 22 03:53 gopherus_agassizii
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 26 03:32 gopherus_evgoodei
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:15 gorilla_gorilla
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 26 12:46 gouania_willdenowi
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 25 09:49 haplochromis_burtoni
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:24 heterocephalus_glaber_female
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 10:11 heterocephalus_glaber_male
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 26 09:20 hippocampus_comes
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Sep 29  2021 homo_sapiens
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 23 18:59 hucho_hucho
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 23 12:58 ictalurus_punctatus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:04 ictidomys_tridecemlineatus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:25 jaculus_jaculus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 22 01:00 junco_hyemalis
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 18:48 kryptolebias_marmoratus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 23 01:32 labrus_bergylta
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 22 11:44 larimichthys_crocea
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drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:53 sus_scrofa_landrace
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 23 06:04 sus_scrofa_largewhite
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:35 sus_scrofa_meishan
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 10:15 sus_scrofa_pietrain
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:54 sus_scrofa_rongchang
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 22 22:12 sus_scrofa_tibetan
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 08:49 sus_scrofa_usmarc
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 23 03:00 sus_scrofa_wuzhishan
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 23 09:57 taeniopygia_guttata
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 24 22:26 takifugu_rubripes
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:38 terrapene_carolina_triunguis
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 16:22 tetraodon_nigroviridis
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 10:06 theropithecus_gelada
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 23 20:15 tupaia_belangeri
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:53 tursiops_truncatus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:53 urocitellus_parryii
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 22 16:05 ursus_americanus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:11 ursus_maritimus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 08:53 ursus_thibetanus_thibetanus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:30 varanus_komodoensis
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 26 01:40 vicugna_pacos
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 23 15:55 vombatus_ursinus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 23 03:39 vulpes_vulpes
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 09:40 xenopus_tropicalis
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 26 14:12 xiphophorus_couchianus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 23 20:24 xiphophorus_maculatus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 23 00:40 zalophus_californianus
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 10:21 zonotrichia_albicollis
drwxr-sr-x    8 ftp      ftp          4096 Feb 21 08:53 zosterops_lateralis_melanops
</code>
</pre>
</details>

ここで、必要な生物種を選択します。今回はディレクトリ内の一覧から「homo_sapiens」を選択します。
```terminal
cd homo_sapiens
```

すると、このような出力が得られ、ディレクトリを変更できたことがわかります。
以下、出力結果（2022/05/30当時）
```terminal
lftp ftp.ensembl.org:/pub/release-106/fasta/homo_sapiens> 
```

そしてさらにlsコマンドを入力して、ディレクトリ内にあるファイルの一覧を確認します。
```terminal
ls
```

すると、以下の出力結果が得られます。
<details>
<summary>出力結果はコチラ（2022/05/30当時）</summary>
<pre>
<code>
#以下、出力結果（2022/05/30当時）
drwxr-sr-x    2 ftp      ftp          4096 Mar 05 13:17 cdna 
drwxr-sr-x    2 ftp      ftp          4096 Mar 05 13:17 cds
drwxr-sr-x    2 ftp      ftp         20480 Mar 05 13:17 dna
drwxr-sr-x    2 ftp      ftp          4096 Mar 05 13:18 dna_index
drwxr-sr-x    2 ftp      ftp          4096 Mar 05 13:18 ncrna
drwxr-sr-x    2 ftp      ftp          4096 Mar 05 13:18 pep
</code>
</pre>
</details>

次に、「20480 Mar 05 13:17 dna」を選択します。
```terminal
cd dna
```

すると、このような出力が得られ、ディレクトリを変更できたことがわかります。
#以下、出力結果（2022/05/30当時）
```terminal
lftp ftp.ensembl.org:/pub/release-106/fasta/homo_sapiens/dna>
```
そして、さらにlsコマンドを入力して、ディレクトリ内にあるファイルの一覧を確認します。
```terminal
ls
```

すると、以下の出力結果が得られます。
<details>
<summary>出力結果はコチラ（2022/05/30当時）</summary>
<pre>
<code>
-rw-rw-r--    1 ftp      ftp          5010 Mar 05 13:18 CHECKSUMS
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      226443084 Feb 21 09:31 Homo_sapiens.GRCh38.dna.alt.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      69273468 Feb 21 09:30 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.1.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      40015021 Feb 21 09:31 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.10.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      40108352 Feb 21 09:31 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.11.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      39795542 Feb 21 09:31 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.12.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      29525452 Feb 21 09:31 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.13.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      27164419 Feb 21 09:32 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.14.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      25214767 Feb 21 09:31 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.15.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      24238195 Feb 21 09:32 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.16.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      24104573 Feb 21 09:32 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.17.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      23296059 Feb 21 09:32 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.18.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      16689382 Feb 21 09:32 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.19.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      72794281 Feb 21 09:32 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.2.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      18833053 Feb 21 09:32 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.20.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      11787503 Feb 21 09:32 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.21.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      11389810 Feb 21 09:32 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.22.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      59761837 Feb 21 09:33 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.3.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      57378450 Feb 21 09:33 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.4.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      54485176 Feb 21 09:33 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.5.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      51500559 Feb 21 09:33 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.6.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      47416846 Feb 21 09:33 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.7.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      43616650 Feb 21 09:33 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.8.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      36536025 Feb 21 09:33 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.9.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp          5400 Feb 21 09:33 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.MT.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      46167328 Feb 21 09:34 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.X.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp       7104682 Feb 21 09:33 Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.Y.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp       3008586 Feb 21 09:34 Homo_sapiens.GRCh38.dna.nonchromosomal.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      881211416 Feb 21 09:35 Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      1107654500 Feb 21 09:37 Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      204247265 Feb 21 09:38 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.alt.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      38036913 Feb 21 09:38 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.1.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      22587098 Feb 21 09:38 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.10.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      21811520 Feb 21 09:38 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.11.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      21448778 Feb 21 09:38 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.12.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      16776998 Feb 21 09:38 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.13.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      14965313 Feb 21 09:38 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.14.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      14125892 Feb 21 09:38 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.15.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      13433659 Feb 21 09:38 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.16.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      13565324 Feb 21 09:38 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.17.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      13240183 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.18.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp       8069398 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.19.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      41337614 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.2.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      10123676 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.20.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp       6538169 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.21.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp       6234675 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.22.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      32846768 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.3.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      31073927 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.4.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      29911418 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.5.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      28817962 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.6.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      26149255 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.7.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      23924999 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.8.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      20121379 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.9.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp          5379 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.MT.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      20442186 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.X.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp       3067209 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.Y.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp       1246149 Feb 21 09:39 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.nonchromosomal.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      479901841 Feb 21 09:40 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.primary_assembly.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      684149106 Feb 21 09:42 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.toplevel.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      229339954 Feb 21 09:43 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.alt.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      74056086 Feb 21 09:43 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.1.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      42757987 Feb 21 09:43 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.10.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      42883046 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.11.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      42543641 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.12.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      31600807 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.13.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      29024227 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.14.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      26934910 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.15.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      25871516 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.16.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      25642373 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.17.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      24904627 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.18.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      17684244 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.19.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      77894146 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.2.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      20123001 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.20.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      12587949 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.21.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      12119175 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.22.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      63951273 Feb 21 09:45 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.3.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      61426457 Feb 21 09:44 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.4.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      58295463 Feb 21 09:45 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.5.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      55104445 Feb 21 09:45 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.6.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      50653849 Feb 21 09:45 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.7.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      46659326 Feb 21 09:45 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.8.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      39067898 Feb 21 09:45 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.9.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp          5485 Feb 21 09:45 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.MT.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      49173210 Feb 21 09:45 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.X.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp       7536276 Feb 21 09:45 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.Y.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp       3182654 Feb 21 09:45 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.nonchromosomal.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      941684071 Feb 21 09:47 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.primary_assembly.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      1171024025 Feb 21 09:48 Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.toplevel.fa.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp          4988 Feb 21 09:30 README
</code>
</pre>
</details>


上記のファイルの中から、「Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa.gz」をダウンロードします。

ダウンロードにはftpのgetコマンドを使用します。

ファイルの容量が大きいため、少し時間がかかりますが、気長に待ちましょう。
```terminal
get Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa.gz
```

#### gtfファイルのダウンロード
ダウンロードが終われば、次に「gtfファイル」を取得します。

ここでは「fastaファイル」と同様に、homo_sapiensのアノテーションファイルをダウンロードしたいので、以下のcdコマンドで一気に目的のディレクトリまで移動します。
```terminal
lftp ftp.ensembl.org/pub/release-95/gtf/homo_sapiens
```

すると、このような出力が得られ、ディレクトリを変更できたことがわかります。
```terminal
#以下、出力結果（2022/05/30当時）
lftp ftp.ensembl.org:/pub/release-95/gtf/homo_sapiens> 
```

そしてさらにlsコマンドを入力して、ディレクトリ内にあるファイルの一覧を確認します。
```terminal
ls
```

すると、以下の出力結果が得られます。
<details>
<summary>出力結果はコチラ（2022/05/30当時）</summary>
<pre>
<code>
-rw-r--r--    1 ftp      ftp           221 Nov 29  2018 CHECKSUMS
-rw-r--r--    1 ftp      ftp       3399100 Nov 25  2018 Homo_sapiens.GRCh38.95.abinitio.gtf.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      43661749 Nov 25  2018 Homo_sapiens.GRCh38.95.chr.gtf.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      47682925 Nov 25  2018 Homo_sapiens.GRCh38.95.chr_patch_hapl_scaff.gtf.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp      43668708 Nov 25  2018 Homo_sapiens.GRCh38.95.gtf.gz
-rw-r--r--    1 ftp      ftp         10093 Nov 25  2018 README
</code>
</pre>
</details>

「fastaファイル」のダウンロード時と同様にgetコマンドを使用し、「Homo_sapiens.GRCh38.95.gtf.gz」をダウンロードします。
```terminal
get Homo_sapiens.GRCh38.95.gtf.gz
```
ダウンロードが完了したら、exitコマンドを使用してlftpサーバーへの接続を解除します。
```terminal
exit
```
#### 圧縮ファイルの解凍
ダウンロードした2つのファイルは圧縮されていますので、gunzipコマンドで圧縮ファイルを解凍します。

※cdコマンドでダウンロード先へディレクトリを変更することを忘れないでください。
```terminal
# ダウンロードした2つのファイルを解凍する
gunzip Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa.gz
gunzip Homo_sapiens.GRCh38.95.gtf.gz
```
どうもお疲れ様でした。