Muse2 からEEG raw データを抽出する

## 環境
- Muse 2
- Matlab ( EEGLab)
- iOS 14

# はじめに
EEGLABまわりのことは、大体、[EEGLAB Wiki](https://eeglab.org/tutorials/)にまとまってます。

### 事前準備
- データを携帯で送信できるためのアプリ、[Mind monitor](https://mind-monitor.com/) を、iOS/Androidにいれる
    - 1800円します

# 1. MuseデバイスでとったデータをMatLABでimport
## 1.1. まず初めにMuseデバイスをセット
参考: https://www.youtube.com/watch?v=omn7y3TIsGc
Muse デバイスと携帯のbluetoothを繋げ、5チャンネル全てがちゃんと取れるようにセット

## 1.2. Mind monitorを使って、脳波測定開始
Mind-monitorを使って、脳波をrecordingする。
recordingしたものはdropboxに送ることができるので、数分測って送る

このとき、mind monitor にて、Recording のvalueを 1s => `Constant` に変更する必要がある。さもないと、sampling rate が1hzのデータが取得される。
([参考](https://mind-monitor.com/forums/viewtopic.php?t=1447) )

## 1.3. データをEEGlabにインポート
参考：https://www.youtube.com/watch?v=H6-e3tNT9EQ

Matlabにて、 `eeglab`コマンドをうつと、GUIがでてくるので、そこで、データをインポートする。
 (EEGlabの導入や使い方は、[[EEGLAB 手順メモ part 1] Preprocessing data in EEGLAB](https://qiita.com/wakki_haya/items/d6ccec02834f30f091ef) を参照 )

その後、下記のように `From Muse Monitor App .CSV file` を選択し、データを取得する。
(もし、出ていない場合は、 `Manage EEGLAB extensions` から検索してpluginをインストール。
![image.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/557811/2b7702bf-8472-371a-cd67-bfb011c0ff80.png)

Dropboxに保存されているCSVファイルを選択すると、下記のようなdialogがでてくるので、`import auxilary channel` を選択する。
![image.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/557811/4ff8a298-dc90-ed4e-00ec-c43f53b0f304.png)


# 2. データの処理

## 2.1. データの整理
### 2.1.1 Filtering ([参考](https://eeglab.org/tutorials/05_Preprocess/Filtering.html))

- `Filter the data` > `Basic FIR filter` から、周波数1を選択して、filter

or

- Cleanline pluginを使って、ノイズを除去 

### 2.1.2 Re-referencing ([参考](https://eeglab.org/tutorials/05_Preprocess/rereferencing.html))
データセットが、チャンネルのどこに対応するかを設定する。
![image.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/557811/462ff321-ebcf-b510-edb5-f8737e3256a2.png)


### 2.1.3 Resampling ([参考](https://eeglab.org/tutorials/05_Preprocess/resampling.html))
![image.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/557811/11892405-cd83-5ce9-7817-10a25f7ed249.png)

### 2.1.4 Remove bad channels
Bad dataを除去していく ([参考] (https://eeglab.org/tutorials/06_RejectArtifacts/Channel_rejection.html))


### 2.1.5 Remove baseline
参考：https://www.youtube.com/watch?v=H6-e3tNT9EQ
まず、baselineを除去する。
![image.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/557811/c8ebfeac-3986-5efc-db22-ff087893b4ee.png)

Channel data(scroll) を選択
![Screen Shot 2021-02-16 at 20.40.32.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/557811/2ff25e64-eca7-58ae-3446-756711c45cbd.png)

## 2.2. Run ICA!

下記のように、周波数とPercent of dataを変更し、Mappingする。
  - 周波数は、sampling rateの半分になるようにする。
![image.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/557811/cab0888e-84d5-f203-62ef-cca888fa553a.png)

下記のように、default settingにして RUn ICA
![image.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/557811/66f2cd71-a330-0c9d-7bcd-9865cd3e5a2d.png)

`Channel actions` から、ICA実行後のデータが見える
![Screen Shot 2021-02-16 at 20.48.40.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/557811/5fb6fbe5-e430-7c35-059d-311dd944c022.png)


## 2.3 Create ERP data
参考：https://eeglab.org/tutorials/08_Plot_data/Data_Averaging.html
https://carpentries-incubator.github.io/SDC-EEGLAB/04-processing/index.html

### 2.3.1 load event data
Event channel は、Channel per frameと等しい必要あり。
![image.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/557811/f2002462-f8f9-21f3-e652-837e5fadeaf9.png)


### 2.3.2 Extract Data epoch
https://eeglab.org/tutorials/07_Extract_epochs/Extracting_Data_Epochs.html

Extract epochsをして、少し待つと、dataが生成される。
![image.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/557811/4e1b0782-0b12-84e2-0f10-06db7670a4e3.png)

### 2.3.3 Plot data 
channelの位置と、そこでのeventの位置を対応づける
![image.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/557811/d1251d90-7356-b0a2-9415-fbe3d250558a.png)


# Error対処
### Through plotting erp data

![image.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/557811/490fd64d-d9ee-4e72-984c-6422932fc9d5.png)
2-D image をplotしようとしたときに、こんなエラーが出たら、channel locationが設定されていることを確認。

`user MNI ~` に変更する。
![image.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/557811/d99fc9f0-e271-f1b1-73ab-4c3249d1582f.png)