bioinformatics関連書籍についての書評

#0.はじめに
買うだけ買って中々読めていないものが多いので自分の尻を叩く意味でもこの記事を随時更新したい．半ば本棚紹介みたいになってしまっている．一部関係ないものも含まれている．

#1.バイオインフォマティクスデータスキル――オープンソースツールを使ったロバストで再現性のある研究
https://www.amazon.co.jp/Bioinformatics-Data-Skills-Reproducible-Research-ebook/dp/
積んでる間に和本が出てしまった．とても悲しい．しかもweb上にはpdfが転がってたりするので本格的に買う意味なかった...
http://2.droppdf.com/files/5aTvl/bioinformatics-data-skills.pdf
https://www.oreilly.co.jp/books/9784873118635/
9章を中心に読んだ．どれもだいぶ細かく書いてあるので，完璧にすれば結構強くなれそう．GRangesとかについてマニュアルを読む前にこれを読んでおくとだいぶ変わる気がする．
時々ジョークや名言っぽいやつが入ってて読んでて楽しい．
解析で突っかかったところをここに書いてある方法でそのまま強行突破できたりするのでおすすめ．

#2.バイオインフォマティクス入門
https://www.amazon.co.jp/gp/product/4766422511/ref=ppx_yo_dt_b_search_asin_title?ie=UTF8&psc=1
練習問題は超簡単だけど解説と教科書紹介がしっかりしている印象．情報学関連は特に参考になった，流石学会認定本．情報学関連の知識無い人に常識を教えてくれ～って人にいいかもしれない．
#3.Rによるバイオインフォマティクスデータ解析 第2版 －Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング－
https://www.amazon.co.jp/gp/product/4320057082/ref=ppx_yo_dt_b_search_asin_title?ie=UTF8&psc=1
bioconductorに収録されてるやつの目次みたいな感じ．今のところすごい役立つって感じではないけど時々見返してこんなのあるんだーという気分になる．
#4.よくわかるバイオインフォマティクス入門
https://www.amazon.co.jp/dp/B07MYWYLL6
大学院の講義レベルの教科書らしい．一通り読んだけどかなりわかりやすかった．特にメタゲノム関連はソフトの列挙も含めてちょうどいい感じ．
#5.バイオインフォマティクス
https://www.maruzen-publishing.co.jp/item/b294541.html
最初に読んだ講義録．今のところ高度すぎて実際の解析に役立てるところまではいかないな...
数式に強くなりたい...

#6.Rをはじめよう生命科学のためのRStudio入門
https://www.yodosha.co.jp/yodobook/book/9784758120951/
9章にRと仲良くなるためのお作法についていいことが書いてあった．立ち読みするといいかも．ggplotについて調べるまでもないけど...って時にパラパラすると詳しくて優しいおじさんが教えてくれるがごとく説明が見つかるのでほっこりする．
#7.NGSアプリケーション RNA-Seq実験ハンドブック〜発現解析からncRNA、シングルセルまであらゆる局面を網羅! (実験医学別冊) 
https://www.yodosha.co.jp/yodobook/book/9784758101943/
scRNA-seqについて詳しく書いてある感じがする．最初のほうにRNA-seqの実験プロトコルから解析コードの例まで書いてあって，そこだけちょっと読んだ．
#8.Dr. Bonoの生命科学データ解析
https://www.medsi.co.jp/products/detail/3588
全部読んだ．わかりやすい！けどあまり記憶には残らなかったな．..
#9.生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場
https://www.medsi.co.jp/products/detail/3708
読みたい
#10.リーダブルコード
https://www.oreilly.co.jp/books/9784873115658/
読みたい
#11.パターン認識と機械学習 上 (日本語) 単行本（ソフトカバー）
https://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4621061224/hikarus0sem0y-22/
読みたい．本当に読めるのか？
https://herumi.github.io/prml/
https://deeplearning.jp/seminar-2/#1515565927378-9a11fdc4-798a
#12.Rではじめるデータサイエンス
https://www.oreilly.co.jp/books/9784873118147/
初心者にとってバイオ系ですぐに使えるやつは多分あんまりないのかな．．．でも絶対いつか必要になる気がする...読まねば...
#13.RStudioではじめるRプログラミング入門
https://www.oreilly.co.jp/books/9784873117157/
最初にRを学んだ教科書．書いてあることを一通り理解して実行できるので手で覚えたい人に言いかも．S３クラスとかfunctionについてちょっとわかった．
#14.ゲノミクス・プロテオミクス・バイオインフォマティクス入門
https://www.ohmsha.co.jp/book/9784274197321/
講義録っぽい，読みたいと読みたくないの間．ちょっと古い感じがする．
#15.UNIXという考え方: その設計思想と哲学
https://www.ohmsha.co.jp/book/9784274064067/
かなりおすすめ，Linuxコマンド等の歴史やプログラムで良いとされてきたことについて書いてある．
薄いのでスナック感覚で読める．
#16.Docker実践ガイド
https://book.impress.co.jp/books/1118101052
難しい...最初の方だけ参考にした
#17.入門bash
https://www.amazon.co.jp/%E5%85%A5%E9%96%80bash-%E7%AC%AC3%E7%89%88-Cameron-Newham/dp/4873112540
時々よくわからんコマンドの解説をネットで見た後に確認すると２ｐくらいで日本語でまとまってていい気分になる．
#18.プログラミングのための線形代数
https://www.ohmsha.co.jp/book/9784274065781/
ちょっとだけ読んだ．読まねば...
#19.プログラミングのための確率統計
https://shop.ohmsha.co.jp/shopdetail/000000001835/
PCAの解説を少しかじった．練習問題があるので，かつての記憶を呼び覚ましやすかった．
#20.生命科学の新しい潮流 理論生物学 
https://www.kyoritsu-pub.co.jp/bookdetail/9784320057135
#21.<1分子>生物
https://www.iwanami.co.jp/book/b265583.html
#22.新しいLinuxの教科書
https://www.sbcr.jp/product/4797380941/
#23.複雑系のカオス的シナリオ1,2
https://www.kosho.or.jp/products/detail.php?product_id=252167164
#24.数理医学入門 (共立講座 数学の輝き 1) 
https://www.kyoritsu-pub.co.jp/bookdetail/9784320111950
#25.今すぐ試したい! 機械学習・深層学習(ディープラーニング) 画像認識プログラミングレシピ
https://honto.jp/netstore/pd-book_29727443.html
#26.Bioinformatics for Evolutionary Biologists
https://www.kinokuniya.co.jp/f/dsg-02-9783319673943
#28.Bioinformatics and Functional Genomics 
https://www.nhbs.com/bioinformatics-and-functional-genomics-book
#29.Bioinformatics with Python Cookbook_ Learn how to use modern Python bioinformatics libraries and applications to do cutting-edge research in computational biology
https://github.com/PacktPublishing/Bioinformatics-with-Python-Cookbook-Second-Edition
#30.Mathematics of Bioinformatics
https://books.google.co.jp/books/about/Mathematics_of_Bioinformatics.html?id=Skov-LJ1mmQC&redir_esc=y
#31.バイオインフォマティクスのためのアルゴリズム入門
https://www.kyoritsu-pub.co.jp/bookdetail/9784320056503
全部読んだ．本文が理解しやすいのに練習問題難しそ～と思って1問も解いてない...絵がめちゃくちゃおしゃれなのでインテリアにもいいんじゃないだろうか．古い話が多いとは思うので，そういうのに関心がある人にもいいかも
#32.機械学習を生命科学に使う！
https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/book/9784758103916/index.html
機械学習わからない...コンピュータームズカシイなのでとりあえず入門用として買った.
seq分野scRNAseqしか書いてないのウケる

#32システム生物学入門
https://www.amazon.co.jp/dp/4320056736/ref=cm_sw_em_r_mt_dp_9RD5NW1M4YF5KHH86EX4
理論系

#33.Deep Learning for the Life Sciences: Applying Deep Learning to Genomics, Microscopy, Drug Discovery, and More Paperback – Illustrated, April 20, 2019
https://www.amazon.co.jp/-/jp/Bharath-Ramsundar/dp/1492039837
上を受けて新し目の洋書.読むぞ読むぞー

#バイオインフォマティクス事典
欲しいけど高いし古い...（2006）大体どの研究室にもある気がするけど，そろそろ改定してほしい...買うので
宮野先生が序文を書かれている

#参考になるサイト
二階堂先生のまとめがある．linuxの教科書無料で配布されてるんだ．．．
https://bit.riken.jp/%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%A0%E7%A7%91%E5%AD%A6%E7%A0%94%E7%A9%B6%E3%81%AB%E5%BF%85%E8%A6%81%E3%81%A8%E3%81%95%E3%82%8C%E3%82%8B%E4%BA%8B%E5%89%8D%E7%9F%A5%E8%AD%98/
尾崎先生
https://github.com/yuifu/ajacs68/blob/master/README.md
岩嵜先生
https://heavywatal.github.io/about.html
阪大
http://www.sg.med.osaka-u.ac.jp/school_2020.html
孫　先生　東大学生時代からずっと更新されているみたい．講義資料もある．とっかかりやすいので助かります．．．
https://biopapyrus.jp/
https://bi.biopapyrus.jp/
上坂先生　非常に頻繁に更新されている．ありがとうございます...
http://kazumaxneo.hatenablog.com/about

https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1008645