ChemDataExtractor（導入編）

#概要
論文や特許文献から材料名，化合物名，そしてそれに紐づく物性値を自動的に取得したり抽出したりしてマイニングしたい．そのようなときに使われるのが，近年ではpythonライブラリの``ChemDataExtractor``に勢いがあります．あまり日本語の解説サイトがないので，メモとして書き残しておきます．


* * *
**ChemDataExtractor: A Toolkit for Automated Extraction of Chemical Information from the Scientific Literature**
Matthew C. Swain and Jacqueline M. Cole
*Journal of Chemical Information and Modeling*, **2016**, 56 (10), 1894-1904
[DOI: 10.1021/acs.jcim.6b00207](https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jcim.6b00207)
* * *

``ChemDataExtractor``は英・ケンブリッジ大の[Jacqueline M. Cole教授](https://www.phy.cam.ac.uk/directory/colej)  によるものですが，ご専門は分子工学なのですね．




## 1. ライブラリのインストール
#### 方法1. condaによるインストール
``Anaconda``からであれば，``conda``からコマンドラインで次のコマンドを実行する．
 
```python
 conda install -c chemdataextractor chemdataextractor 
```

#### 方法2. pipからのインストール
``pip``からのインストールであれば以下のコマンドでOK．

```
pip install ChemDataExtractor
```

昨年はinstallで``DAWN``パッケージで引っかかることがありましたが，現在は解消されているようです．

## 2.　データファイルの取得 


``ChemDataExtractor``を機能させるために，``cde``という独自のコマンド（ChemDataExtractorの頭文字でしょうね）から機械学習モデル，辞書，単語クラスタなど、さまざまなデータファイルをインストールしておく必要があります．

 
```
cde data download 

INFO:chemdataextractor.data:Downloading http://data.chemdataextractor.org/models/cem_crf-1.0.pickle to /root/.local/share/ChemDataExtractor/models/cem_crf-1.0.pickle
INFO:chemdataextractor.data:Downloading http://data.chemdataextractor.org/models/cem_crf_chemdner_cemp-1.0.pickle to /root/.local/share/ChemDataExtractor/models/cem_crf_chemdner_cemp-1.0.pickle
INFO:chemdataextractor.data:Downloading http://data.chemdataextractor.org/models/cem_dict_cs-1.0.pickle to /root/.local/share/ChemDataExtractor/models/cem_dict_cs-1.0.pickle
INFO:chemdataextractor.data:Downloading http://data.chemdataextractor.org/models/cem_dict-1.0.pickle to /root/.local/share/ChemDataExtractor/models/cem_dict-1.0.pickle
INFO:chemdataextractor.data:Downloading http://data.chemdataextractor.org/models/clusters_chem1500-1.0.pickle to /root/.local/share/ChemDataExtractor/models/clusters_chem1500-1.0.pickle
INFO:chemdataextractor.data:Downloading http://data.chemdataextractor.org/models/pos_ap_genia_nocluster-1.0.pickle to /root/.local/share/ChemDataExtractor/models/pos_ap_genia_nocluster-1.0.pickle
INFO:chemdataextractor.data:Downloading http://data.chemdataextractor.org/models/pos_ap_genia-1.0.pickle to /root/.local/share/ChemDataExtractor/models/pos_ap_genia-1.0.pickle
INFO:chemdataextractor.data:Downloading http://data.chemdataextractor.org/models/pos_ap_wsj_genia_nocluster-1.0.pickle to /root/.local/share/ChemDataExtractor/models/pos_ap_wsj_genia_nocluster-1.0.pickle
INFO:chemdataextractor.data:Downloading http://data.chemdataextractor.org/models/pos_ap_wsj_genia-1.0.pickle to /root/.local/share/ChemDataExtractor/models/pos_ap_wsj_genia-1.0.pickle
INFO:chemdataextractor.data:Downloading http://data.chemdataextractor.org/models/pos_ap_wsj_nocluster-1.0.pickle to /root/.local/share/ChemDataExtractor/models/pos_ap_wsj_nocluster-1.0.pickle
INFO:chemdataextractor.data:Downloading http://data.chemdataextractor.org/models/pos_ap_wsj-1.0.pickle to /root/.local/share/ChemDataExtractor/models/pos_ap_wsj-1.0.pickle
INFO:chemdataextractor.data:Downloading http://data.chemdataextractor.org/models/pos_crf_genia_nocluster-1.0.pickle to /root/.local/share/ChemDataExtractor/models/pos_crf_genia_nocluster-1.0.pickle
INFO:chemdataextractor.data:Downloading http://data.chemdataextractor.org/models/pos_crf_genia-1.0.pickle to /root/.local/share/ChemDataExtractor/models/pos_crf_genia-1.0.pickle
INFO:chemdataextractor.data:Downloading http://data.chemdataextractor.org/models/pos_crf_wsj_genia_nocluster-1.0.pickle to /root/.local/share/ChemDataExtractor/models/pos_crf_wsj_genia_nocluster-1.0.pickle
INFO:chemdataextractor.data:Downloading http://data.chemdataextractor.org/models/pos_crf_wsj_genia-1.0.pickle to /root/.local/share/ChemDataExtractor/models/pos_crf_wsj_genia-1.0.pickle
INFO:chemdataextractor.data:Downloading http://data.chemdataextractor.org/models/pos_crf_wsj_nocluster-1.0.pickle to /root/.local/share/ChemDataExtractor/models/pos_crf_wsj_nocluster-1.0.pickle
INFO:chemdataextractor.data:Downloading http://data.chemdataextractor.org/models/pos_crf_wsj-1.0.pickle to /root/.local/share/ChemDataExtractor/models/pos_crf_wsj-1.0.pickle
INFO:chemdataextractor.data:Downloading http://data.chemdataextractor.org/models/punkt_chem-1.0.pickle to /root/.local/share/ChemDataExtractor/models/punkt_chem-1.0.pickle
Successfully downloaded 18 new data packages (0 existing)
```

必要なすべてのデータファイルがデータディレクトリにダウンロードされたかは，以下のコマンドでインストールされた先で確認できます．

```
cde data where

/root/.local/share/ChemDataExtractor
```

以上で準備は完了です．

## 参照
* chemdataextractorのマニュアル：http://chemdataextractor.org/docs/intro