CCP4のインストール方法

CCP4のインストール方法メモです。最近のCCP4のバージョンを最近のWindows/Macにインストールする方法がネットの他の記事から変化している部分があるので、それを記します。

## Windows 10の場合
基本的には公式サイトからインストーラーをダウンロードして支持に従うのが一番簡単です。
（詳細はいずれ書きます）

## macOSの場合
### Package Managerを利用してインストールする方法（推奨）
環境はmacOS Catalina 10.15.4で試しています。CCP4プログラムの起動のためには**あらかじめ[Xquartzをインストール](https://www.xquartz.org/)しておく必要があるようですので、先にそのインストールを完了させておいてください**。`XQuartz-2.7.11.dmg`をダウンロードしてインストールしておきます。

http://www.ccp4.ac.uk/download/#os=mac の上の方に表示されているPackage Managerからインストールする方法が現在推奨されています。こちらを使う方が後述の方法より手間がかからずに楽です。

![5ea112241f988031d6794179.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/224327/6bb44600-8b9f-c765-10ab-732367e5aec6.png)

インストーラーのサイズはたった12MBですが、**最終的には5.6GB以上のディスク容量を必要とするので、あらかじめその容量の空きがあることを確認しておいてください**。

`macosx-x86_64_ccp4-7.0-setup.dmg`がダウンロードできたらそれをダブルクリックで開き、指示に従ってクリックして進めていきます。

![5ea111261f988031d6794175.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/224327/954032ad-7596-3a85-54fe-11638b3adffb.png)

![5ea111291f988031d6794176.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/224327/328ff1de-5620-0fa8-132b-b2b1e9738df6.png)

インストールするのはCCP4 Program SuiteとSHELXとARP/wARPが最低限あれば良いと思います。

Nextを押していくと、ダウンロードが始まります。ものすごく時間がかかる（だいたい2〜3時間くらい？）と思います。

![5ea1112d1f988031d6794177.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/224327/5146f605-fd4f-eee7-8b9c-bf78cc53f6df.png)

最後のstep 5では、CCP4側が提示するライセンスに同意することや、macOSの`/Applications`以下にインストールするための許可が求められます。インストールを完了させるためにパスワードを入力しましょう。

![5ea111301f988031d6794178.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/224327/bdbdc27a-d7d4-8448-ab13-6aa15a62e0df.png)

これで、`/Applications`またはFinderのアプリケーション以下にCCP4がインストールされます。`/Applications/ccp4-7.0`以下にある`ccp4`をクリックすると起動します。

### バイナリファイルを直接ダウンロードしてインストールする方法
最終的に得られる結果は上のPackage Managerを利用する方法と変わりませんが、こちらの方がやや手間がかかる上にターミナルの操作が必要となるため、初心者には難しいかもしれません。

環境は上述と同様です。XQuartzのインストールしておきます。

![5ea114c01f988031d679417a.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/224327/e927ebdc-3aca-208a-ac37-a4c24b7a955b.png)

上のAgree to Licenseボタンから入ってライセンスに同意し、バイナリのダウンロードを始めます。ファイルサイズは5.5GBくらいあって2〜3時間くらいかかります。

ダウンロードされてきたファイルの名前は`ccp4-7.0.078-shelx-arpwarp-macosx64.tar.gz`ですが、先にターミナル画面からダウンロードされてきたディレクトリに移動して`xattr -c ccp4-7.0.078-shelx-arpwarp-macosx64.tar.gz`というコマンドを実行しておく必要があるようです。ターミナルアプリは<アプリケーション> → <ユーティリティ> → <ターミナル>から実行できます。

この後、このファイル`ccp4-7.0.078-shelx-arpwarp-macosx64.tar.gz`を解凍すると、中にccp４のプログラムが入っているディレクトリ`ccp4-7.0`が生成されます。

しかし、このままではまだccp4プログラムは利用することができません。先にCCP4プログラムを実行する上での規約に同意しなければならないからです。これは`ccp4-7.0`の中にある`README`ファイルに書かれてあります。これを読むとインストールを完了させるためのステップとして
1. mac内の好きなところに`ccp4-7.0`ディレクトリを移動させておきます。ただし、途中のディレクトリ名にスペースは入れてはいけません。
2. `ccp4-7.0`ディレクトリの中にある`BINARY.setup`というファイルをターミナルから実行してください。実行途中でユーザーにライセンスを承諾するよう求められます。これが終わると自動的にファイルチェックとパス設定が行われます。

とのことです。

``` :README
This is the CCP4 program suite for protein crystallography.

Please read the file conditions.txt for conditions of use and licensing
instructions before using the software.

Installation:

1) You can move the unpacked binary bundle to any location you like,
   but the paths should not contain spaces.
2) Run the script BINARY.setup. This script asks you to accept the licence,
   checks for common problems and adjusts paths in several files.
   
If you would ever like to move installed CCP4 suite to a different
location, edit or just remove $CCP4/share/ccp4i/etc/unix/configure.def
and re-run the BINARY.setup script.

Before you start using the CCP4 suite from the command line,
source bin/ccp4.setup-sh (in bash/dash/zsh shells)
or bin/ccp4.setup-csh (in csh/tcsh shells). This adds a few directories
to the PATH and sets several other environment variables.

Please report problems to ccp4@ccp4.ac.uk.
```

ということで、ターミナルアプリからこのディレクトリに移動して

```bash
# ccp4-7.0のあるディレクトリに移動する。
# 例えばアプリケーションフォルダに入れた場合は cd /Applications/ccp4-7.0 となる 
cd /path/to/ccp4-7.0
# /Applications以下に置いた場合には sudo ./BINARY.setup とする
./BINARY.setup （または sudo ./BINARY.setup）
# sudoをつけた場合にPasswordを求められたら, macのログインパスワードを入力する
# ライセンスに同意して2分くらい処理が終わるのを待つ
```
と打ちます。あとは指示に従ってライセンスに同意していくと、スクリプトによる自動設定が始まります。これが終わると、CCP4プログラムが起動できるようになっているはずです。

上のPackage Manager版ではこの辺の操作がマウスクリックで全部できるようになっているので楽というわけです。

### トラブルシューティング
上記の方法をやってみたにも関わらずmacOSでダブルクリックしても起動できないという場合は、XQuartzとの連携がうまく行っていない可能性があります。まずはmacのアプリケーション→ユーティリティ→ターミナルから

```bash
# ccp4-7.0のあるディレクトリに移動する。
# 例えばアプリケーションフォルダに入れた場合は cd /Applications/ccp4-7.0 となる 
cd /path/to/ccp4-7.0
# ccp4の実体を直接コマンドから起動させる
./ccp4.app/Contents/MacOS/ccp4
```

と入力してみます。問題がなければこれでもダブルクリックしたのと同じようにCCP4アプリが立ち上がるはずですが、たまにこんなエラーメッセージが現れることがあります。

```
Application initialization failed: no display name and no $DISPLAY environment variable
Error in startup script: can't read "tk_version": no such variable
```

この場合は一度macOSを再起動するか、上の🍎マークメニューから「○○（ユーザー名）をログアウト」を選んで一度ログアウトし再びログインしなおします。これで上のエラーは治ると思います。