Zotero で論文管理してみた話

# Zotero で論文管理してみた話

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OLD sytle
<font color="800080"></font>

CURRENT style
<span style="color:#800080"></span>

REPLACEMENT
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span style="color:

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<font color="#800080"><em>Zotero</em></font> を使い始めたので、自分自身の記録を兼ねて記事にしておく。ほかの論文管理ツールは様々あるが、それらとの比較は他の記事に譲ることとする。

**以下の論文管理ツールの比較記事を参考に挙げておく**

- [論文管理 \| Mysite](https://ss19tool.wixsite.com/mysite/blank)
- [ニート院生でもできる文献管理 \- Qiita](https://qiita.com/mocobt/items/5cfae2f10a0845df7f10)

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<summary> どうでもいい小話（折りたたみ）</summary>
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上の記事と以下に続く本記事を読んでも、おそらく使ったことのない人は「どちらがいいのだろう?」と思うことだろう。

ハッキリ言ってしまえば、<font color="#800080"><em>Mendeley</em></font> が使いやすい。その理由は、<font color="#800080"><em>Zotero</em></font> のような細かい設定をいちいちする必要がないから。その点で、初めて論文管理ツールを使い始めるような人は <font color="#800080"><em>Mendeley</em></font> が良いだろう。

私は <font color="#800080"><em>Zotero</em></font> を使っているが、使っている理由は設定を頑張ってしたからだ。面倒な設定をしてしまえば <font color="#800080"><em>Mendeley</em></font> と大差ない。（<font color="#800080"><em>Mendeley</em></font> と <font color="#800080"><em>Zotero</em></font> の両方を使ってみてどちらがいいか実際に試した結果こうなってしまった。）

なので、以上を踏まえて次のような人は <font color="#800080"><em>Zotero</em></font> を使ってみると良いかも知れない。

- 頑張って設定をしてみたい
- <font color="#00BFFF"><em>Dropbox</em></font> に論文を入れたい
- <font color="#800080"><em>Zotero</em></font> の方がカッコよさそうと思う人
- <font color="#800080"><em>Mendeley</em></font> は嫌だという人

まあ、理由は何でもいいけど。

[さいごに](#-さいごに) でまたお気持ちを語っているので、設定とかを読み飛ばしたい人はぜひに。
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</details> -->

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\#\# ■ 対象

- <font color="#800080"><em>Zotero</em></font> で論文管理をしてみたい人
- <font color="#800080"><em>Zotero</em></font> の使い方を知りたい人
- 他の論文管理ツールと比較したい人（設定の面倒さが分かるよ）
-->

## ■ 環境

- Windows
- ブラウザ：Chrome（おそらく Chronium ベースのブラウザでも可）
- <font color="#800080"><em>Zotero</em> </font> ver.5.0.96.2
- <font color="#228B22"><em>ZotFile</em></font> ver.5.0.16

## ■ 必要なモノ

- <font color="#800080"><em>Zotero</em></font>：[https://www.zotero.org/](https://www.zotero.org/)
- <font color="#800080"><em>Zotero</em></font> のアカウント
- <font color="#FF4500"><em>Zotero Connector</em></font>（Chrome の拡張機能）：[Zotero Connector - Chrome ウェブストア](https://chrome.google.com/webstore/detail/zotero-connector/ekhagklcjbdpajgpjgmbionohlpdbjgc)
- <font color="#228B22"><em>ZotFile</em></font>（<font color="#800080"><em>Zotero</em></font> のプラグイン）：[http://zotfile.com/](http://zotfile.com/)
- <font color="#00BFFF"><em>Dropbox</em></font>：[https://www.dropbox.com/ja/](https://www.dropbox.com/ja/)

本記事では <font color="#00BFFF"><em>Dropbox</em></font> を使用しているが、他のクラウドサービスで `WebDAV` を利用しても良いし、似たクラウドの `One Drive` に替えるのも良い。置き換えて読んでほしい。


# ○ <font color="#800080">Zotero</font> の基本的な構造と仕様

- 論文のメタデータを読み取り、ローカルに保存
- メタデータ、論文 PDF をクラウドに保存・共有（<font color="#800080"><em>Zotero</em></font> にログイン済み）
- 取り込んだ論文 PDF のファイル名を論文タイトル (任意に変更可能) などに変更する
- BibTeX などの出力

メタデータのローカル保存先は、`$HOME$\Zotero\storage` である。

デフォルトでは C ドライブに保存される。他のドライブに保存したい場合は、メニューバー ` 編集> 設定 ` から、` 詳細> ファイルとフォルダ ` に *データ・ディレクトリの場所* の個人設定を好きなドライブ上のディレクトリに変更すればよい。

# ○ 設定

まず、[必要なモノ](#-必要なモノ) で挙げているものを準備する。また、<font color="#800080"><em>Zotero</em></font> に新規登録する。（ログインすることでメタデータを共有することが出来るようになる）


## ■ <font color="#800080">Zotero</font> に <font color="#228B22">ZotFile</font> をインポートする

<font color="#800080"><em>Zotero</em></font> のメニューバーから、` ツール > アドオン ` に進み、歯車のアイコンから `Install Add-on From File` をクリックし、<font color="#228B22"><em>ZotFile</em></font> ファイルを選択する。インポートしたら <font color="#800080"><em>Zotero</em></font> を再起動して、` ツール > ZotFile Preferences ` があることを確認する。

## ■ <font color="#800080">Zotero</font> の環境設定

メニューバーから ` 編集 > 設定 ` で設定する。

以下で、取り込むファイルの保存先を設定する。保存先に <font color="#00BFFF"><em>Dropbox</em></font> を使用するので、`\Dropbox\zotero` というようにフォルダを 1 つ作っておくとよい。

### ★ ` 一般 ` でファイルの取り扱いの設定

*ファイルの取り扱い*

- [ ] ウェブページからアイテムを作成するときに自動的にスナップショットを作成する
- [x] アイテムを作成するときに自動的に関連 PDF や他のファイルを添付する
- [x] 自動的に PDF のメタデータを取得する
- [x] 親アイテムのメタデータを使って自動的に添付ファイルを改名する
    - [x] リンクされたファイルの名前を変更 PDF 書類を開く：システムデフォルト

これより下のチェックボックスは、任意に設定すればよい。

![Zotero-envi-settings-general.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/590705/32730e5e-fc51-8ac8-894d-f08498b24f45.png)

### ★ ` 同期 ` でデータの同期の設定

新規登録した <font color="#800080"><em>Zotero</em></font> のアカウントにログインする。

- [x] 自動的に同期
- [x] 全文を同期する

としておく。

<img src = "https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/590705/03cd7638-3b60-c78c-f1a2-1668cff58bad.png" width = "80%" alt = "Zotero environment settings for sync">

### ★ ` 詳細 ` の設定

` ファイルとフォルダ ` から、基本ディレクトリを指定する。

ここで、基本ディレクトリは `\Dropbox\zotero` を指定しておく。

また、データ・ディレクトリの場所はデフォルトに設定しておく。個人設定でこれを <font color="#00BFFF"><em>Dropbox</em></font> に指定できるが、あまり推奨されていない方法のようである。

<img src = "https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/590705/99eee565-0407-9800-0515-d60b93238a0f.png" width = "80%" alt = "Zotero environment settings for details">

## ■ <font color="#228B22">ZotFile</font> の設定

メニューバーから ` ツール > ZotFile Preferences` で設定する。

### ★ `General Settings` の設定

PDF ファイルの保存先を指定する。

- `Source Folder for Attaching New Files` を `\Dropbox\zotero` に設定する。
- `Location of Files` を *Custom Location* で設定し、`\Dropbox\zotero` を指定する。

*Use subfolder defined* では、この `\Dropbox\zotero` 以下で論文を年代やジャーナルで自動的にフォルダ分けしてくれる。任意に設定しておく。

| Wildcards | Description    |
| :-------: | :------------- |
|   `%a`    | 著者名         |
|   `%y`    | 年代           |
|   `%w`    | ジャーナル     |
|   `%T`    | アイテムタイプ |

> *cf*. [ZotFile \# Renaming Rules - Advanced PDF management for Zotero](http://zotfile.com/#renaming-rules)

年代で分けておいても良いのではないだろうか。**例：**`/%y`

<img src = "https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/590705/9fc55cc3-5e7b-4a31-c98b-5265b3e2cd68.png" width = "80%" alt = "ZotFile prefence settings">


### ★ `Renaming Rules` の設定

PDF のファイル名を変更する設定が出来る。

*Renaming Format*

- [ ]  Use Zotero to Rename

Format for all item Types except Patents、Format for Patents でファイル名をどのように変更するか設定が出来る。デフォルトのままで問題ないが、ユーザの好きなように変更する良い。<font color="#800080"><em>Zotero</em></font> のデフォルトの設定で Rename させるか、<font color="#228B22"><em>ZotFile</em></font> から Rename させるかの差だと思っている。

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*Additional Settings*

デフォルトのままで問題ない。

# ○ <font color="#800080">Zotero</font> に論文を取り込んでみよう

Chrome の拡張機能 <font color="#FF4500"><em>Zotero Connector</em></font> で論文を取り込もう。

arXiv でダウンロードしたい論文があったら、<font color="#FF4500"><em>Zotero Connector</em></font> を用いて取り込めば良いだけ。

これでアラ不思議。
メタデータが <font color="#800080"><em>Zotero</em></font> に取り込まれ、PDF のファイル名は [Renaming Rules](#-renaming-rules-の設定) にしたがって改名してくれる。

たまにエラーを吐くことがあるが、<font color="#800080"><em>Zotero</em></font> を起動してからもう一度取り込むと上手くいく。[^dropbox]

[^dropbox]: Dropbox を PC 起動時に起動しないように設定した状態で Zotero Connector で取り込もうと思ったら、うまく取り込めなかった。どうやら、Dropbox を起動しておかないといけないらしい。

# ○ <font color="#800080">Zotero</font> の拡張

日本語の BibTeX を生成する際に、どうやらおかしなことが生じるらしい（詳しくはよく知らない。というか BibTeX をまだよくわかっていない。）それを解消するプラグインがある。

> [Better BibTeX for Zotero :: Better BibTeX for Zotero](https://retorque.re/zotero-better-bibtex/)

その他、Zotero のプラグインは Zotero の公式サイトで一覧になっているので、良さそうなものがあれば導入すると良いだろう。

> [plugins [Zotero Documentation]](https://www.zotero.org/support/plugins)

また、動作しなくなったプラグインに対しても言及されているので、どこかで見たプラグインを使う際には確認しておくと良いだろう。

> [plugins:unmaintained [Zotero Documentation]](https://www.zotero.org/support/plugins/unmaintained)

# さいごに

<!-- ここまで長々と設定手順を示したが、初めにも言ったように <font color="#800080"><em>Mendeley</em></font> で十分だ。私が <font color="#800080"><em>Zotero</em></font> を選んだ理由も、ここまで設定をしたのだからありがたく使おうというだけなので、面倒であれば <font color="#800080"><em>Mendeley</em></font> でいい。ほんとに。 -->

<!-- 共有できる容量のことやメタデータの読み取り精度など比較する部分はさまざまあるのだろうけれど、どれもだいたい同じな気がするんだ。 -->

<!-- ちなみに、スマホなどに共有する場合は、今回の場合 <font color="#00BFFF"><em>Dropbox</em></font> から直接見ることが出来ることは見当がつくだろう。 -->
<!-- また、<font color="#800080"><em>Zotero</em></font> も <font color="#800080"><em>Mendeley</em></font> もサードパーティ製のアプリがあるが、UI があまり好きになれなかった。個人的には <font color="#00BFFF"><em>Dropbox</em></font> で管理できる方が見やすくて良い。 -->

<!-- 好きな方を見つけてほしい。 -->

<!-- ただ言えることは、早めに使うようにしておいた方が良い。遅かれ早かれ使うのなら、こんな設定とか慣れとかで時間を取られないように、早めに使いこなせるようにしておこう。 -->

## 関連記事

Zotero を利用して bib ファイルを作成し、LaTeX Workshop でフォーマットする記事を書きました。ここでは Better BibTeX を導入しています。

> [Zotero と LaTeX Workshop で bib ファイルを扱いこなす \- Qiita](https://qiita.com/Yarakashi_Kikohshi/private/8f720643543ba175f7cc)

<!-- ■ ちょっとだけ <font color="#800080">Mendeley</font> に関すること -->

<!-- <font color="#800080"><em>Mendeley</em></font> はメタデータと PDF の両方をクラウド上に保存している。これって、<font color="#800080"><em>Mendeley</em></font> のサーバがイカれたら一時的にでも全部使えなくなるように思う。どこまでローカルで管理出来ているのか分からないから何とも言えないのだけれど... -->

<!-- 上の記事では PDF を <font color="#00BFFF"><em>Dropbox</em></font> に入れているので <font color="#00BFFF"><em>Dropbox</em></font> がイカれたら使えなくなるのは同じだが、メタデータはローカルに保存している。この点ではメタデータを安全に管理できるし、ローカル側のメタデータが消えても、共有していれば <font color="#800080"><em>Zotero</em></font> サーバに保存されているので回復できる。メタデータがあれば、論文自体はすぐに arXiv からダウンロードできるので、それほど問題ではないだろう。 -->

<!-- また、容量の点で、<font color="#800080"><em>Zotero</em></font> は無料で 300MB まで利用することが出来るが、メタデータは容量を食わないようだ。（真偽不明だが、storage 容量を確認するといくつか入っているのに関わらず 0MB になっている。参照：[Zotero | Settings > Storage](https://www.zotero.org/settings/storage)） -->

<!-- ~~あと、`Overleaf` に <font color="#800080"><em>Zotero</em></font> は対応していないらしい。`Overleaf` 使っていないのであまりよく分からないが、そういうことらしい。 -->
<!-- `Overleaf` を使いたいが論文管理と一緒に行いたい場合には。<font color="#800080"><em>Mendeley</em></font> を使った方が良いだろう。~~ -->

<!-- 実は違うのかな。間違っていたら、指摘してください。 -->

# 追記

- 2020/07/09 :「[Zotero の拡張](#-zotero-の拡張)」を加えました。[^add1]
- 2020/08/04 : ` Zotero 論文 ` でググると上位に出てくることを確認しました。
- 2020/09/15 : 見やすさを考慮して画像を追加しました。（画像のサイズ調整をしていないのでデカくて見づらいという話はある。）
- 2021/07/23 : 参考記事の追加。
- 2022/07/15 : 軽微修正。

[^add1]:「[Zotero+BibTeX で参考文献の出力を自動化&論文の引用で出てきた順にソートする - Qiita](https://qiita.com/skrb_hs/items/73061b7a8e39f1e73e0d)」を読んで気付きました。ありがとうございます。使い方詳細も紹介されているので、ぜひ参照してください。