Sina M. Adlほか「真核生物の分類、命名法、および多様性の改訂」の試訳

Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity　of Eukaryotes
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdf/10.1111/jeu.12691

真核生物の分類、命名法、および多様性の改訂

p.5

>##ABSTRACT
This revision of the classification of eukaryotes follows that of Adl et al., 2012[J. Euk. Microbiol. 59(5)] and retains an emphasis on protists. Changes since have improved the resolution of many nodes in  phylogenetic analyses. 
For some clades even families are being clearly resolved. As we had predicted, environmental sampling in the intervening years has massively increased the genetic information at hand. 
Consequently, we have discovered novel clades, exciting new genera and uncovered a massive species level diversity beyond the morphological species descriptions. 
Several clades known from environmental samples only have now found their home. Sampling soils, deeper marine waters and the deep sea will continue to fill us with surprises. 
The main changes in this revision are the confirmation that eukaryotes form at least two domains, the loss of monophyly in the Excavata, robust support for the Haptista and Cryptista. 
We provide suggested primer sets for DNA sequences from environmental samples that are effective for each clade. 
We have provided a guide to trophic functional guilds in an appendix, to facilitate the interpretation of environmental samples, and a standardized taxonomic guide for East Asian users.

## 抄録
真核生物の分類のこの改訂は、Adl et al、2012 [J Euk Microbiol 59（5）]の改訂に従っており、原生生物に重点を置いています。それ以降の変更により、系統解析の多くの節(node)の解像度が向上しました。
一部の分岐群(clades)では、家族でさえ明確に解決されています。予測したように、この数年間の環境標本(sampling)により、手元にある遺伝情報が大幅に増加しました。
その結果、新しい分岐群(clades)、刺激的な新しい属を発見し、形態学的種の説明を超えた大規模な種水準の多様性を明らかにしました。
環境標本から知られているいくつかの分岐群(clades)は、今やその家を見つけました。標本土壌、より深い海水、深海は、私たちに驚きを与え続けます。
この改訂の主な変更点は、真核生物が少なくとも2つの領域(domain)を形成することの確認、Excavataにおける単系統の喪失、HaptistaおよびCryptistaの強力な支援です。
各分岐群(clades)に有効な環境標本からのDNA配列(sequence)に推奨できる導入集合(primer sets)を提供します。
環境標本の解釈を容易にするために、栄養機能的集合(guilds)の案内を付録で提供し、東アジアの利用者向けに標準化された分類案内を提供しました。

# 本文

>THIS revision of the classification of eukaryotes updates that of the International Society of Protistologists (Adl　et al. 2012). Since then, there has been a massive increase in DNA sequence information of phylogenetic relevance from environmental samples. 
We now have a much better sense of the undescribed biodiversity in our environment (De Vargas et al. 2015; Pawlowski et al. 2012). 
While significant, it still remains a partial estimation as several continents and soils in general are poorly sampled, and the deeper ocean is hard to reach. 
These new data clarified phylogenetic relationships and the new information is incorporated in this revision.

この真核生物の分類の改訂は、国際原生生物学会の改訂を更新します（Adl et et al。2012）。 それ以来、環境標本からの系統発生関連のDNA配列情報が大幅に増加しています。
私たちは今、私たちの環境で説明されていない生物多様性についてより良い感覚を持っています（De Vargas et al。2015; Pawlowski et al。2012）。
いくつかの大陸と土壌は一般的に標本が不十分であり、より深い海に到達するのは難しいため、重要ではありますが、まだ部分的な推定値のままです。
これらの新しい与件(data)は系統関係を明確にし、新しい情報はこの改訂に組み込んでいます。

>##Systematics
We assembled the classification according to the principles outlined elsewhere, and we refer the reader to the introductions of both Adl et al. 2005 and 2012 for background information, and to Adl et al. 2007 for a discussion. 
Briefly, we adopted a hierarchical system without formal rank designations. 
The hierarchy is represented by indented paragraphs. 
The nomenclatural priority is given to the oldest name (and its authority) that correctly assembled genera or higher groups together into a clade, except where its composition was substantially modified. 
In these cases, we have used a newer term and its appropriate authorship. In cases where ranks were created to include a single lower rank, the higher ranks were eliminated as superfluous. 
In this scheme, monotypic taxa are represented by the genus only.
Nested clades represent monophyletic lineages as best we know and para- or polyphyletic groups are so indicated.

## 体系学
他の場所で概説した原則に従って分類を組み立て、背景情報についてはAdl et al 2005と2012の両方の紹介を参照し、議論についてはAdl et al 2007を参照してください。
簡単に言えば、正式な階級(rank)指定のない階層系(hierarchical system)を採用しました。
階層（hierarchy ）は、字下げ(indent)した段落で表します。
命名法の優先順位は、その構成を大幅に変更した場合を除き、属または上位群(group)を分岐群(clades)に正しく組み立てた最も古い名前（およびその権限）に与えます。
これらの場合、新しい用語とその適切な著者(authorship)を使用しています。 
階級(rank)が1つの低い階級(rank)を含む場合、高い階級(rank)は余分なものとして削除しました。
この構想(scheme)では、単型分類群は属のみで表します。
入れ子の(nested)分岐群(clades)は、私たちが知っている限りでは単系統の系統を表し、準系統または多系統の群(group)で示します。

This system of hierarchical nameless ranks, that ignores endings of clade names, has proved its utility in providing name stability as we reconstructed a new phylogenetic classification during the past 20 years.
Clade names in this system do not change when their rank or composition changes, and it is only the authority for the name that changes when each clade description is adjusted (Cantino, 1998; Pleijel and Rouse, 2003).
Where a new term is introduced in this classification, it is identified with “Adl et al. 2019” as the authority, or by the submitting author (e.g. Mann in Adl et al., 2019), and they are to be cited as emended in this publication.
The descriptions provided are not intended to substitute for formal diagnoses. 
They are provided primarily for the student and general users to identify common morphological features, such as synapomorphies and apomorphies, within monophyletic lineages.


分岐群(clades)名の終わりを無視するこの階層的な名前のない階級(rank)系(system)は、過去20年間に新しい系統分類を再構築する際に、名前の安定性を提供することで有用性を証明しました。
この系の分岐群(clades)名は、階級(rank)または構成を変更しても変更せず、各分岐群(clades)の説明を調整するときに変更するのは名前の権限のみです（Cantino、1998; Pleijel and Rouse、2003）。
この分類で新しい用語を導入した場合、「Adl et al。 2019年」を権限として、または投稿者（例：Mann in Adl et al。、2019）が、これらを本書の修正版として引用します。
提供している説明は、正式な診断の代わりを意図したものではありません。 
これらは主に、単系統の系統内で、共有派生形質(synapomorphies)および子孫形(apomorphies)などの一般的な形態的特徴を識別するために、学生および一般利用者向けに提供しています。

p.6
>There are two novel components in this revision. 
First, we have provided trophic assignments for most taxa.
This will prove useful in interpreting communities from environmental samples. 
Second, we informally suggest a phylum rank and classes in most clades to provide a point of reference in the classification hierarchy for the nonspecialist. 
This became possible, as there has been some stability at this level in the molecular phylogenetic reconstructions. 
It should be obvious that genera grouped into a clade then represent a family, and families into an order.

この版(revision)には2つの新しい要素(components)があります。
まず、ほとんどの分類群に栄養の割り当てを提供しました。
これは、環境標本から群落(communities)を解釈するのに役立ちます。
第二に、非専門家のための分類階層の基準点を提供するために、ほとんどの分岐群(clades)の門階級(phylum rank)と級(class)を非公式に提案します。
これが可能になったのは、分子系統の再構築においてこの水準(level)である程度の安定性があったためです。
属(genera)を分岐群(clades)に分類して族(family)を表し、族(families)が順序を表すことは明らかです。

#試訳後書き

この試訳は、物理現象、社会現象を分析するにあたって、生命現象の体系化の進展に合わせて、類似な構造を発見するための資料です。

生物系統計資料
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/6ebfb7bae0495424061e

から派生した作業です。

1990年頃、級(class)の体系化は、古典物理学、古典生物学などの旧時代の分類学であって、近代科学における体系の構造的変更にはそぐわないことが示されるようになりました。級(class)の静的体系化による対象(object)指向の限界が見えたと言ってもいいかもしれません。

それ以降、生物学および遺伝子解析による体系的な整理に伴い、静的な構造だけではなく、動的な振る舞いに着目することの重要性を確認してきました。

動的対象(dynamic object)指向は、UMLで言えば、利用事例図(use case chart)、時系列図(sequence chart)。状態遷移図(state chart)、刻時図(timing chart)などです。動的な振る舞いが同じものを、同じ分類としながら、その細部において、静的な構造を細分類に利用することが有効かもしれないという仮説です。


## 2012年版の抄録
参考のため2012年版の抄録の試訳をつけます。

The Revised Classification of Eukaryotes
Journal of Eukaryotic Microbiology 59(5):429-514 · September 2012
https://www.researchgate.net/publication/231610049_The_Revised_Classification_of_Eukaryotes

>ABSTRACT. 
This revision of the classification of eukaryotes, which updates that of Adl et al. [J. Eukaryot. Microbiol. 52 (2005) 399], retains an emphasis on the protists and incorporates changes since 2005 that have resolved nodes and branches in phylogenetic trees. 
Whereas the previous revision was successful in re-introducing name stability to the classification, this revision provides a classification for lineages that were then still unresolved. 
The supergroups have withstood phylogenetic hypothesis testing with some modifications, but despite some progress, problematic nodes at the base of the eukaryotic tree still remain to be statistically
resolved. 
Looking forward, subsequent transformations to our understanding of the diversity of life will be from the discovery of novel lineages in previously under-sampled areas and from environmental genomic information.


This revision of the classification of eukaryotes, which updates that of Adl et al [J Eukaryot Microbiol 52 (2005) 399], retains an emphasis on the protists and incorporates changes since 2005 that have resolved nodes and branches in phylogenetic trees. 
Whereas the previous revision was successful in re-introducing name stability to the classification, this revision provides a classification for lineages that were then still unresolved. 
The supergroups have withstood phylogenetic hypothesis testing with some modifications, but despite some progress, problematic nodes at the base of the eukaryotic tree still remain to be statistically
resolved. 
Looking forward, subsequent transformations to our understanding of the diversity of life will be from the discovery of novel lineages in previously under-sampled areas and from environmental genomic information.



Adl et al [J Eukaryot Microbiol 52（2005）399]の分類を更新する真核生物の分類のこの改訂は、原生生物に重点を置いており、系統樹の節(node)と枝(branch)を解決した2005年以降の変更を取り入れています。
前の版(revisioon)は分類に名前の安定性を再導入することに成功しましたが、この版(revisioon)はまだ解決できていない系統の分類を提供します。
上位群(super group)は、いくつかの修正を加えて系統発生仮説の試験(test)に耐えましたが、ある程度の進歩にもかかわらず、真核生物の木の根元にある問題のある節(node)はまだ統計的に解決されていません。
生物の多様性の理解へのその後の変革は、以前に標本化していなかった地域での新しい系統の発見と環境遺伝情報(genomic information)からのものです。


##仮訳上の記録
1. group
上位群(higher group)
上位群(super group)
は意味として同じ可能性があるため同じ訳語にした。

2. genom
genomで全遺伝情報という意味があり、英語に重複感があるが、遺伝情報(genomic information)とした。

その他、生物学の用語でない可能性がある日本語は英語を付した。順次、カタカナ語ではない日本の専門用語に置き換える予定です。

ご教示くださると幸いです。

# 参考資料
「DNAと遺伝情報の物理」伏見譲。統計と確率(20)
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/150646f72c55a36f8c39

科学三分類・四分類・五分類と算譜(program)仮説・検証(93) 統計と確率(7)
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/a2f2b9cc3a51b6af7603

## 一覧

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小川清最終講義、最終講義（再）計画, Ethernet(100) 英語(100) 安全(100)
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### 文書履歴(document history)
ver. 0.01 初稿 20200224 午前
ver. 0.02 補足 20200224 正午
ver. 0.03 前の版の抄録仮訳 20200224 午後
ver. 0.04 参考資料追記　20211116
ver. 0.05 ありがとう追記 20230530
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