CueMolで「推し蛋白質」を可愛く作図しよう (基礎編)

__:christmas_tree:本記事は[創薬 (wet) Advent Calendar 2019](https://adventar.org/calendars/4105)の14日目の記事です__

__:christmas_tree:本記事は下記の環境に基づいて執筆されました__
- MacBook Pro (13-inch, 2016, Four Thunderbolt 3 Ports)
-- macOS Mojave (ver. 10.14.6)
--- CueMol2 (ver. 2.2.3.443)
 
__:christmas_tree:本記事の概要__
＃ [`CueMol`](http://www.cuemol.org/ja/)を利用して蛋白質の立体構造を__可愛く__作図します
＃ 基礎編です (より実践的な作図例は別記事にて紹介予定)
＃ インストール手順や使い方の詳細は[公式ページ](http://www.cuemol.org/ja/)をご参照ください
＃ 読むのが面倒な方は__INTRODUCTION__をぜひ飛ばしましょう

# INTRODUCTION
Structure-based drug design，いわゆるSBDDという言葉が今や当たり前となったように，__蛋白質の立体構造は創薬研究 (特に薬剤探索/設計) を行う上で極めて価値のある情報です__。具体的には蛋白質の立体構造はin silicoの薬剤スクリーニングに用いられる基本情報であり，__より原始的にはmedicinal chemistに薬剤設計のインスピレーションを与える媒体として機能します__。ここで言う「インスピレーション」を得るためには__蛋白質の立体構造を観察すること__が，また得られた「インスピレーション」を他者に伝えるためには__蛋白質の立体構造を作図すること__が必要であり，そのために不可欠なソフトウェアが__分子ビューワー__です。 

### 代表的な分子ビューワー
実験 (X線結晶構造解析/核磁気共鳴/クライオ電子顕微鏡) により決定された蛋白質の立体構造情報は，学術論文に投稿される際に[Protein Data Bank (PDB)](https://www.rcsb.org/) に登録されます。wet/dryにかかわらず，多くの研究者が[PDB](https://www.rcsb.org/)に登録された立体構造座標であるPDBファイル (`.pdb`あるいは`.cif`) をダウンロードし，自身の研究に日々活用しています。

上述のPDBファイルを読み込み，蛋白質の立体構造を表示することのできる分子ビューワーがいくつも存在しています。そしてこれら分子ビューワーの多くは，蛋白質の立体構造を作図する機能を内包しています。学術論文用のFigureを作成するために使われる分子ビューワーとしては，[`PyMOL`](https://pymol.org/2/)，[`Chimera`](https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/)，[`VMD`](https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/)そして[`CueMol`](http://www.cuemol.org/ja/)が代表的でしょう (企業の方だと[`MOE`](https://www.molsis.co.jp/lifescience/moe/protein/)なんかの有償ソフトを使われている方も多いんですかね？)。本記事では[`CueMol`](http://www.cuemol.org/ja/)を用いた蛋白質構造の作図方法について紹介します。

### CueMolとは

> CueMol (きゅうもる) はMozilla xulrunnerベースの生体高分子の構造を見るためのソフトウェアです。
> 近年ちまたには，フリーのも含め結構な数の分子ビューワー/モデリングプログラムが出回ってます。しかし，それぞれかなりくせがあり，いちいちマニュアルを熟読しないと使い方がわからないものが多いと思いませんか？
> というわけで，OSのGUIとシームレスでかつ，わかりやすいユーザーインタフェイスを目指して開発を進めています。
> さらに，論文やプレゼンのための高品位の分子グラフィクスを作成できるという特徴もあります。
> ——[CueMol公式ページ](http://www.cuemol.org/ja)より

Windows版/macOS版が公開されています。[Downloadページ](http://www.cuemol.org/ja/index.php?Download)からWindows installer/macOS dmgをダウンロードし，一般的なアプリケーションと同様の[手順](http://www.cuemol.org/ja/index.php?Install)でインストール可能です。

ライセンスですが，基本的に非商用/商用ともに (無保証で良いなら) 無料で使用できるようです (感謝)。詳細については各自[ライセンスページ](http://www.cuemol.org/ja/index.php?Licence)を確認してください。

個人的には`PyMOL`より__楽に可愛く作図できる__ので好んで`CueMol`を使用しています。パッと開いて軽く構造を眺めたり，変異導入操作等の少し高度な作業をする際には`PyMOL`もまだ使っていますが，最近は基本的に`CueMol`で済ませることが多くなりました。ちなみに`Chimera`はほとんど使ったことがありません。`VMD`はMDシミュレーションのトラジェクトリを確認する際に使う程度です。

# ようやく本題
### 本記事で作図する蛋白質について
__インフルエンザ治療薬Xofluzaの標的蛋白質 (PA)__ [^1] と__Xofluzaの有効成分であるbaloxavir acid (BXA)__ [^2] との__複合体の共結晶構造__を例に作図していこうと思います。この蛋白質を選んだ理由は特にありません！ 蛋白質について事細かに説明もしません！(そもそも詳しくないです……。興味のある人は参考文献 [^3] を読んでね！)

[^1]: 正確には「インフルエンザウイルスのRNA-dependent RNA polymeraseを構成するサブユニットの一つであるpolymerase acidic protein (PA) におけるcap-dependent endonucleaseドメイン」ですね
[^2]: 実際には経口投与における薬剤吸収を改善するために，BXAをプロドラッグ化したbaloxavir marboxilがXofluzaの有効成分として用いられています (生体内において標的蛋白質と結合するのは活性体であるBXAです)
[^3]: [Omoto, S.; Speranzini, V.; Hashimoto, T.; Noshi, T.; Yamaguchi, H.; Kawai, M.; Kawaguchi, K.; Uehara, T.; Shishido, T.; Naito, A.; Cusack, S. Characterization of influenza virus variants induced by treatment with the endonuclease inhibitor baloxavir marboxil. _Sci. Rep._ __2018__, _8_, 9633.](https://www.nature.com/articles/s41598-018-27890-4)

### CueMolを起動する
CueMolを起動すると次のようなwindowが開きます。
<img width="1440" alt="01.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/84ae79bd-fe8d-d680-e94b-98db49249a76.png">
黒背景の部分は構造が描画される領域です。また，その左側にある`Scene`や`Color`などが表示されている領域を`Panels`と呼びます。`Panels`に表示させる項目は，
　　`メニューバー` > `Window` > `Panels`
から設定可能です。

### PDBファイルを読み込ませる

インフルエンザウイルスA型 (A/California/04/2009/H1N1) のPA (PA-A) とBXAの複合体の結晶構造 (PDB code: 3FS6) を読み込んでみましょう。

PDBファイルをすでにお持ちの場合は，
　　`メニューバー` > `File` > `Open File...`
でファイルを指定するか，目的のファイルを構造描画領域にドラッグ&ドロップすることでPDBファイルを読み込むことができます。PDBファイルをお持ちでない場合は
　　`メニューバー` > `File` > `Get PDB using accession code ...`
からPDB codeを指定することで，目的のPDBファイルを読み込むことも可能です (当然ネットワークに繋がっている必要があります)。
<img width="310" alt="02.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/7ff495ff-d092-6a7e-e774-c26293b4492a.png">

本記事では事前にダウンロードしていた`6fs6.cif`を読み込ませました。すると次のようなwindowが開きます。
<img width="345" alt="03.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/950b7916-cf71-baec-77a1-13df25e3dd1a.png">
`[Renderer]`を上記画像の通りに設定し`OK`を押しましょう (`Object:`や`Renderer name:`の欄は，お好きな名前をつけて大丈夫です)。`Renderer type:`は，構造をどのようなモデルで描画するかの設定です。今回は蛋白質をribbonモデル [^4] で描画しますので，`ribbon`を選択しています。`Selection:`にチェックを入れることで，PDBファイルの一部を指定して描画することができます。今回は`protein`と指定しているため，蛋白質領域のみ描画されます (リガンドおよび結晶水などは無視されます)。`Recenter view`にチェックを入れることで，描画開始時にセンタリングを行います。

[^4]: `PyMOL`でいうところのcartoon表示です。`PyMOL`のribbon表示とは異なります

`[mmCIF options]`の各項目は，基本的に変更しません。`Calculate protein secondary structure`にチェックが入っていると，PDBファイル内に記述されている二次構造のアサインメント情報を無視してDSSP [^5] により推定された二次構造に基づいた描画が実行される，ということに留意しておけば良いでしょう。

[^5]: Define secondary structure of proteinsの略。ちなみに[`PyMOL`](https://pymol.org/2/)は独自の二次構造推定アルゴリズムを使用しているらしい

すると下記のようにPA-Aが描画されます (マウスで分子を回せます。スクロールでズームの度合いを変更できます。奥行きは`Panels`にある`[View]`の`Slab`から変更できます)。

<img width="1440" alt="05.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/0c24582b-f7b1-66ba-9d8b-dbe124d16353.png">

### Ribbonの設定
それでは続いてribbon表示の設定を行います (個人的によく使用している設定を公開します)。また，どうやら本PDBファイルは非対称単位 (生物学的単位とは必ずしも一致しない [^6]) 中に6分子のPAを含むようです。今はA chainのみを対象に描画したいので，その設定も同時に行ってしまいます。

[^6]: [PDBj『非対称単位と生物学的単位について』](https://pdbj.org/help/about-aubu)

まず`Panels`にある`[Scene]`に`ribbon1 (ribbon)`があることを確認してください。
<img width="347" alt="06.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/4ecc3f38-b09a-fc4c-8c4b-271c4d10846e.png">
このようにCueMolでは読み込ませたPDBファイルの下階層にribbonや後述のstickなどがどんどん足されていきます。また，左側にある:eyes:のアイコンをクリックすると，各objectの表示/非表示をトグル形式で切り替えることができます (便利)。下側にある:mag:，:heavy_plus_sign:，および:heavy_minus_sign:のアイコンは，クリックすることでそれぞれズーム，objectの追加，およびobjectの削除を行うことができます。

`ribbon1 (ribbon)`をダブルクリックすると下記のwindowが開きます。
<img width="457" alt="07.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/a02997aa-0432-8e25-dfb5-f6f1cdc1d136.png">
`[Common]`，`[Helix]`，`[Sheet]`，および`[Coil]`について順に設定を行います。

`[Common]`については次のように設定します (変更箇所：赤枠)。
<img width="457" alt="08.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/e68b78d7-9e7f-ed9a-8e04-dabf50209771.png">
一部補足すると……
`Smooth color`のチェックを外すことで，色付けの際のグラデーションを無くしました
`Selection:`を`protein`から`protein & c; A`に変更することで，蛋白質のA chainのみを描画するようにしました (選択文法については後述)
`Material`を`toon1`にすることで，レンダリングの際のタッチを__可愛く__しました
`Edge line`を`edges`にすることで，描画の縁取りを追加しました (`Width`は`0.06`に設定)

入力できたら`Apply`をクリックして設定を適応しましょう。

`[Helix]`については次のように設定します (変更箇所：赤枠)。
<img width="457" alt="09.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/2636276c-a3d8-f806-8bc3-10897e7920e2.png">
入力できたら`Apply`をクリックして設定を適応しましょう。

`[Sheet]`については次のように設定します (変更箇所：赤枠)。
<img width="457" alt="10.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/068f9bab-ac4c-4eef-564c-fedf728c62b0.png">
入力できたら`Apply`をクリックして設定を適応しましょう。

`[Coil]`については次のように設定します (変更箇所：赤枠)。
<img width="457" alt="11.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/a5aff5d4-4fcc-5247-9940-2286bb25706d.png">
入力できたら`Apply`をクリックして設定を適応しましょう。

`OK`をクリックしていい感じにズーム (:mag:とスクロール) してあげると__あら可愛い__，下記のように表示されるはずです。
<img width="1440" alt="12.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/1f0e39ea-d93d-4c02-19ec-7a50b2c67dfa.png">

`[Scene]`の`ribbon1 (ribbon)`を右クリックして表示される`Create style...`から本設定を登録することができます。次からは`ribbon1 (ribbon)`を右クリックして表示される`Style`の中から，保存した設定を楽に読み出せるようになります。

### Disorder領域の描画と設定

PDB code: 3FS6にはdisorder領域が含まれているので，次にこれを追加で描画します。`[Scene]`の下部の:heavy_plus_sign:アイコンをクリックするとwindowが表示されるので，下記のように入力して`OK`をクリックしましょう。
<img width="292" alt="13.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/3255bc7f-03ec-dc6f-2d00-0ca5760825d7.png">

するとdisorder領域 (欠損領域) が破線で表示されるはずです。続いて描画の設定を行います。
`[Scene]`の`disorder1 (disorder)`をダブルクリックすると下記のwindowが開きます。
<img width="441" alt="14.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/0af279f7-464d-6731-1a8b-ee4f0cd27768.png">
`[Common]`および`[Disorder]`について順に設定を行います。

`[Common]`については次のように設定します (変更箇所：赤枠)。
<img width="441" alt="15.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/8a74ce90-3e02-7d65-11b8-9f6084c77c3d.png">
入力できたら`Apply`をクリックして設定を適応しましょう。

`[Disorder]`については次のように設定します (変更箇所：赤枠)。
<img width="441" alt="16.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/033c69bd-98de-54e3-b89a-825fae774833.png">
入力できたら`Apply`をクリックして設定を適応しましょう。`Color:`を`$molcol`と設定していますが，これについては後述の色設定に関する説明の中で併せて解説します。

`OK`をクリックしていい感じ角度を調節してあげると__あら可愛い__，下記のように表示されるはずです。
<img width="1440" alt="17.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/31b7ee18-2df3-ae8e-a30e-c96694b7cea4.png">

Ribbonの設定と同様，`[Scene]`の`disorder1 (disorder)`を右クリックして表示される`Create style...`から本設定を登録することができます。

### 低分子リガンドのstick描画と設定

次にPA-Aに結合しているBXAをstick表示してみましょう。`[Scene]`の下部の:heavy_plus_sign:アイコンをクリックするとwindowが表示されるので，下記のように入力して`OK`をクリックしましょう。
<img width="291" alt="19.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/fb5e4174-4868-5494-13b9-f077f781fee9.png">
`Selection:`の`r; E4Z`は本PDBファイルにおけるBXAの残基名を指定しています (選択文法については後述)。

するとBXAがball & stickモデルで表示されるはずです。続いて描画の設定を行います。
`[Scene]`の`ballstick1 (ballstick)`をダブルクリックすると下記のwindowが開きます。
<img width="441" alt="20.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/e4d2dc71-b90d-f420-3e96-24406ea217eb.png">
`[Common]`および`[Ball & Stick]`について順に設定を行います。

`[Common]`については次のように設定します (変更箇所：赤枠)。
<img width="441" alt="21.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/9b6590d1-59ab-c127-a9ae-dabd3900119b.png">
入力できたら`Apply`をクリックして設定を適応しましょう。

`[Ball & Stick]`については次のように設定します (変更箇所：赤枠)。
<img width="441" alt="22.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/1d680878-38bc-c8c9-5e0b-d54f48b8ec7e.png">
`Bond width`と`Atom radius`の値を同じにすることで，stick表示にすることができます。
入力できたら`Apply`をクリックして設定を適応しましょう。

`OK`をクリックしていい感じ角度を調節してあげると__あら可愛い__，下記のように表示されるはずです。
<img width="1440" alt="23.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/bc5e1792-8425-5671-ca52-0d40c5accab1.png">

`[Scene]`の`ballstick1 (ballstick)`を右クリックして表示される`Create style...`から本設定を登録することができます……，がstickについては後述の色設定を行ってから登録するのがおすすめです。

### 特定のアミノ酸残基のCPK描画と設定

BXAに対する耐性株では，PAにおけるIle38のThrへの変異が報告されています [^3]。
というわけで，次にPA-AのIle38をCPK表示してみましょう。`[Scene]`の下部の:heavy_plus_sign:アイコンをクリックするとwindowが表示されるので，下記のように入力して`OK`をクリックしましょう。
<img width="292" alt="30.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/492cced7-7e47-c6c8-92b1-5096981f4062.png">
`Selection:`の`i; 38`は本PDBファイルにおける38番目のアミノ酸残基を指定しています (選択文法については後述)。

するとIle38がCPKモデルで表示されるはずです。続いて描画の設定を行います。
`[Scene]`の`cpk1 (cpk)`をダブルクリックすると下記のwindowが開きます。
<img width="441" alt="31.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/8061d548-6c66-d8c6-9ec9-f4d2155d3f30.png">
`[Common]`および`[Atom radii]`について順に設定を行います。

`[Common]`については次のように設定します (変更箇所：赤枠)。
<img width="441" alt="32.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/4e4f60e5-98cd-40bf-9460-4c0b65160053.png">
入力できたら`Apply`をクリックして設定を適応しましょう。

`[Atom radii]`については次のように設定します (変更箇所：赤枠)。
<img width="441" alt="33.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/fd3141a5-4a53-ed72-8626-d62699c2a11f.png">
入力できたら`Apply`をクリックして設定を適応しましょう。

`OK`をクリックしていい感じ角度を調節してあげると__あら可愛い__，下記のように表示されるはずです。
<img width="1440" alt="34.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/cb8b4855-4bb9-edbe-034c-263cbab114be.png">

`[Scene]`の`cpk1 (cpk)`を右クリックして表示される`Create style...`から本設定を登録することができます……，がCPKについても後述の色設定を行ってから登録するのがおすすめです。

### 色の設定

`[Color]`についてまずは`6fs6.cif`全体の色指定を行います。
<img width="238" alt="25.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/959e1ab2-456e-c88b-175a-5427fc380878.png">

`Paint coloring:`の`sheet`をダブルクリックすると下記のようなwindowが開くので，`Color:`に`#00ACC1`と入力して`OK`を押してください (▼を押すことでGUIでも色選択できます)。
<img width="295" alt="24.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/f2386817-b206-959b-caa1-620a5bba52a2.png">

続いて`helix`も同様にダブルクリックし，`Color:`に`#FB8C00`と入力して`OK`を押してください。

`*`はPDBファイル全体を指定しています (`FloralWhite`のままでOKです)。

`Paint coloring:`は上ほど優先度が高く，結果として下から順に色を重ねていくことになります。
つまり今の状態では優先度が `*` < `helix` < `sheet` なので，分子全体が`FloralWhite`で塗られた上に`helix`と`sheet`の着色が行われています。
<img width="1440" alt="35.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/517533be-18c9-a7d7-55de-8046c94c21e0.png">

ちなみに`*`を一番上に移動させると下記のように分子全体が`FloralWhite`になります。
<img width="1440" alt="36.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/5cf4942a-f6e2-39db-d777-37bfa349ecfe.png">

次に各objectの色指定を行います。

`6fs6.cif/ribbon1`を選択すると，下記のように`[Color]`が`ribbon1`の設定画面に切り替わります。
<img width="239" alt="28.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/eaf3b9cf-729c-8660-31c5-5df0b9e4b132.png">
`Coloring type: SolidColoring`となっていますが，これは単色指定モードです。
`Default color`を指定することでribbon全体の色を指定できます。
(ちなみにさきほどの`6fs6.cif`全体の色指定は`Paint coloring:`というモードでした)

今回は設定変更する必要はありません。
__`Default color`が`$molcol`となっていますが，これはさきほど設定した`6fs6.cif`全体の色指定を反映するというコードです (重要)__。つまり今回の場合は，二次構造に基づいた配色を行うことになります。

次に`6fs6.cif/ballstick1`を選択すると，下記のように`[Color]`が`ballstick1`の設定画面に切り替わります。
<img width="238" alt="29.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/a37132db-19ce-7287-0c6a-49558a613e91.png">
`CPK coloring:`となっていますが，これは原子の種類ごとに色指定を行うモードです。まず次のように色指定を行います。

　　`Sulfur`：`darkkahki`
　　`Phosphorus`：`#FB8C00`
　　`Hydrogen`：`floralwhite`
　　`Others`：`#43A047`

この時点で`[Scene]`の`ballstick1 (ballstick)`を右クリックして表示される`Create style...`からstickの描画設定を登録します。登録できたらあらためて`Carbon`に`#8D6E63`を指定しましょう (`Carbon`が`$molcol`の方が使い勝手の良いstyleになるため)。

これで下記のようにBXAが着色ができました。
<img width="1440" alt="37.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/980643d4-cf46-35b3-3392-ec51af20d126.png">

次に`6fs6.cif/cpk1`を選択すると，下記のように`[Color]`が`cpk1`の設定画面に切り替わります。
<img width="239" alt="38.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/b05131d5-25cb-5a09-af65-8af16ce9843b.png">
`CPK coloring:`となっていますが，これは原子の種類ごとに色指定を行うモードです。まず次のように色指定を行います。

　　`Sulfur`：`darkkahki`
　　`Phosphorus`：`#FB8C00`
　　`Hydrogen`：`floralwhite`
　　`Others`：`#43A047`

この時点で`[Scene]`の`ballstick1 (ballstick)`を右クリックして表示される`Create style...`からstickの描画設定を登録します。登録できたらあらためて`Carbon`に`#AB47BC`を指定しましょう (`Carbon`が`$molcol`の方が使い勝手の良いstyleになるため)。

これで下記のようにIle38が着色ができました。
<img width="1440" alt="40.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/a7f67327-c3de-e45d-24bf-3827eab33fd1.png">

### 作図した構造のレンダリング

それでは最後に，作図した構造のレンダリングを行いましょう。まず，次のように背景の色を白に変更します。

　　`Panels` > `[Scene]` > `Scene: Untitled 1` (右クリック) > `Background color` > `White`
<img width="406" alt="41.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/d4dea73d-ddc2-99c1-5835-e88f6d4e2527.png">

下記のように背景色が白に変更されます。
<img width="1440" alt="42.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/48dee4f9-8fdf-4df1-d930-0793d9eda1d0.png">

角度，ズーム度合い，そして奥行き (slab) をレンダリング用に調整したら，次のように`POV-Ray rendering`を開きます。

　　`メニューバー` > `Rendering` > `POV-R rendering ...`
<img width="599" alt="43.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/04ad073a-aa14-b110-9957-e9717b9c9671.png">
`[Main options]`および`[POV-Ray options]`について順に設定を行います。

`[Main options]`については次のように設定します。
<img width="599" alt="44.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/4e2faa61-377c-915b-f639-63902bd1cfa7.png">
__下記，注意点です。__
`Transp backgroud`にチェックを入れると透過PNGで出力できますが，同時にslabが効かなくなります (なので，今回はチェックを外しています)。
`Projection:`が`Orthographic`になっていますが，初期設定だとビューワーでの見え方は`Perspective`に設定されています (__ビューワーで観ていた画__と__レンダリング後の画__で見え方が変わってしまう)。これを回避するためには，下記のように設定を行います。

　　`メニューバー` > `View` > `Orthographic`

`[POV-Ray options]`については次のように設定します。
<img width="599" alt="45.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/204618e4-3943-9226-9e97-8a7da3df6c8a.png">
おそらく変更箇所は無いと思います。もう少し応用的な使い方をする際には変更が必要です (別記事で紹介予定)。

設定ができたら`Render`を押してレンダリングを開始しましょう。下記のように`Result`にレンダリング結果が表示されるはずです (25%表示にしています)。
<img width="599" alt="46.png" src="https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/9ee9e448-0004-d46c-59d3-ebeab1ae805d.png">
もし分子が見切れてしまっている場合は，`Image size`の`W:`と`H:`を変更し，再度レンダリングを行いましょう。

レンダリング結果は`Save image ...`を押すと画像ファイルとして保存できます。また，`Copy to clipboard`を押すと，クリップボードにレンダリング結果をコピーできます。

最終的なできあがりはこんな感じです。__可愛く作図できましたね！__
![47.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/540277/d3cd8957-f395-f9e8-6214-d1352c136b8c.png)

### 【補足】 選択文法について

`CueMol`ではGUIでの分子選択も可能ですが (本記事では説明していません)，個人的には分子選択文に慣れることをおすすめします (慣れるとサクサク表示/配色させられます)。

基本的には下記の公式サイトを読めば解決します (丸投げ)
[『分子選択文のリファレンス (CueMol2版)』](http://www.cuemol.org/ja/index.php?cuemol2%2FSelSyntax)

が，ここでは個人的に使用頻度の高い選択文を挙げていこうと思います (追記予定)

# 最後に

本記事では`CueMol`を用いた蛋白質構造の作図について解説しました。しかし__「基礎編」__としているように，まだまだ作図のテクニックはたくさんあります。ので，次回は__「実践編」__としてより応用的な作図例を示す記事を書こうかなと考えています。本記事もまだ分かりづらいところが多々あると感じているので，徐々に改定していけたらと思います。