Dockerでバイオインフォ環境構築（執筆中）

#### docker image
`$ docker pull ubuntu:18.04`

##### コンテナの起動
8080と8787のポートを解放しておく。Rstudio-serverを使用する際、8787を使用する。
`$ docker run -it -d -p 8080:8080 -p 8787:8787 ubuntu:18.04`

コンテナ内に入り、aptをアップデートし、curlおよびRのインストール。r-recommendedはCRANにある有用なRパッケージに依存するメタパッケージである。

```docker:container
$ apt update
$ apt install curl
$ apt install r-recommended

```
Rstudio-serverをインストールするために以下のコマンドを実行していく。

```docker:container
$ apt install gdebi-core
$ curl -O https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-1.2.5019-amd64.deb
$ gdebi rstudio-server-1.2.5019-amd64.deb
```

Rstudioがインストールが終わった後はユーザー登録が必要。
パスワード以外は空白で問題ない。

```docker:container
$ adduser rstudio
Adding user `rstudio' ...
Adding new group `rstudio' (1001) ...
Adding new user `rstudio' (1001) with group `rstudio' ...
Creating home directory `/home/rstudio' ...
Copying files from `/etc/skel' ...
Enter new UNIX password: 
Retype new UNIX password: 
passwd: password updated successfully
Changing the user information for rstudio
Enter the new value, or press ENTER for the default
    Full Name []: 
    Room Number []: 
    Work Phone []: 
    Home Phone []: 
    Other []: 
Is the information correct? [Y/n] 
```

ローカルマシンのブラウザから http://localhost:8787/ にログインすればRstudioに入れる


#### minicondaのインストール
```
$ curl -O https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
$ sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

$ conda config --add channels defaults
$ conda config --add channels conda-forge
$ conda config --add channels bioconda
```


#### FastQCとJAVAのインストール
`/user/local/lib/`配下に`FastQC`と`java`をインストールしてくる。
それぞれの実行ファイルのシンボリックリンクを`/user/local/bin`に置く。

```
ln -s /user/local/lib/FastQC/ /user/local/bin
```


### GATK HaplotypeCaller
Realignmentは
GATK HaplotypeCallerや
MuTect2を使用すれば
必要ないということで、
GATK3.6から非推奨項目に･･･。

### アノテーションツール
SnpEff ･･･ 高性能なアノテーションツール。ヒト以外にも対応。

### trimming
Trimmomatic は，Illumina 最新式のシーケンサーから得られたデータの解析に不向きなようです．Trimmomatic は 4 色式で得られたデータ用のトリミングツールなので，Novaseq や NextSeq など，最新の 2 色式で算出されたデータの解析には適していないそうです．

####fastp

```
#bioconda
conda install -c bioconda -y fastp
```
* `-i` : ペアエンドのread1
* `-0` : ペアエンドread1の出力先
* `-I` : ペアエンドのread2
* `-O` : ペアエンドのread2の出力先
* `-h` : レポートファイル（html)の出力先
* `-q, --qualified_quality_phred` : 満たすべきクオリティスコア(phred)。15がデフォルト値。
* `-u, --unqualified_percent_limit` : `-q`で設定した閾値を下回る塩基の許容割合。デフォルト値40。
* `-n` : 塩基Nの数の許容数。これを越えると、そのリードは破棄される。
* `-3, --cut_tail` : 3'末端から前方へ向かってウィンドウをスライドさせる。ウィンドウ内の平均が`cut_mean_quality`よりも低くなるとその塩基をcutする。デフォルトでは無効になっている。
* `cut_right_window_size` : デフォルト値は4。
* `cut_right_mean_quality` : デフォルト値は20。
* `-w` : thread数。
* `-A` : アダプタートリミングの無効化。デフォルトではアダプタートリミングが有になっている。

### fastqファイルの連結
```
cat [sample_f1.fastq.gz] [sample_f2.fastq.gz] [sample_f3.fastq.gz].... > [sample_f.fastq.gz]
```

#### 参考にしたサイト
[Rstudio-server](https://rstudio.com/products/rstudio/download-server/debian-ubuntu/)
[R による分析環境構築 (RStudio Server)](https://qiita.com/Salinger/items/450506ede57707ab1f55)
https://inamuu.com/docker-compose%E3%81%A7%E3%82%B3%E3%83%B3%E3%83%86%E3%83%8A%E3%81%8C%E8%B5%B7%E5%8B%95%E3%81%97%E3%81%AA%E3%81%84/
https://amalog.hateblo.jp/entry/data-analysis-docker
[amerief](https://biosciencedbc.jp/gadget/human/20160725_amelieff_20160803.pdf)