Deeptools

###Deeptoolsの使用
うちのラボではRNA-seqなどのmeta-analysisをするために、Deeptoolsを使用しています。
ラボの２人が非常にインフォに詳しいので、彼らがそこらへんのデータをやっていますが、僕自身も自分でやりたい！！という憧れから、頑張ろうと思っています。

##インストール

インストールですが、こちらに詳しいです。
https://deeptools.readthedocs.io/en/develop/content/installation.html
Python3で入るようなので、まずは、

```
$ pyenv global anaconda3-2019.03
```
として、全体を変えました。

```
$ pyenv versions
```
で確認をして、anaconda3-2019.03に*がついていたので、OKでしょう。

そこで、

```
conda install -c bioconda deeptools
```
を打って、

```
WARNING: The conda.compat module is deprecated and will be removed in a future release.
Collecting package metadata: done
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /Users/XXX/.pyenv/versions/anaconda3-2019.03

  added / updated specs:
    - deeptools


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    bcftools-1.9               |       h3a161e8_3         789 KB  bioconda
    conda-4.6.14               |           py37_0         2.1 MB
    deeptools-3.3.0            |             py_0         135 KB  bioconda
    deeptoolsintervals-0.1.8   |   py37h1de35cc_0          72 KB  bioconda
    htslib-1.9                 |       h3a161e8_7         1.2 MB  bioconda
    libdeflate-1.0             |       h1de35cc_1          45 KB  bioconda
    plotly-3.9.0               |             py_0        22.7 MB
    py2bit-0.3.0               |   py37h1de35cc_2          20 KB  bioconda
    pybigwig-0.3.13            |   py37ha1385ca_2          68 KB  bioconda
    pysam-0.15.2               |   py37hfdc6926_2         1.8 MB  bioconda
    retrying-1.3.3             |           py37_2          15 KB
    samtools-1.9               |      h7c4ea83_11         575 KB  bioconda
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:        29.5 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  bcftools           bioconda/osx-64::bcftools-1.9-h3a161e8_3
  deeptools          bioconda/noarch::deeptools-3.3.0-py_0
  deeptoolsintervals bioconda/osx-64::deeptoolsintervals-0.1.8-py37h1de35cc_0
  htslib             bioconda/osx-64::htslib-1.9-h3a161e8_7
  libdeflate         bioconda/osx-64::libdeflate-1.0-h1de35cc_1
  plotly             pkgs/main/noarch::plotly-3.9.0-py_0
  py2bit             bioconda/osx-64::py2bit-0.3.0-py37h1de35cc_2
  pybigwig           bioconda/osx-64::pybigwig-0.3.13-py37ha1385ca_2
  pysam              bioconda/osx-64::pysam-0.15.2-py37hfdc6926_2
  retrying           pkgs/main/osx-64::retrying-1.3.3-py37_2
  samtools           bioconda/osx-64::samtools-1.9-h7c4ea83_11

The following packages will be UPDATED:

  conda                                       4.6.11-py37_0 --> 4.6.14-py37_0



Downloading and Extracting Packages
libdeflate-1.0       | 45 KB     | ##################################### | 100% 
retrying-1.3.3       | 15 KB     | ##################################### | 100% 
bcftools-1.9         | 789 KB    | ##################################### | 100% 
pysam-0.15.2         | 1.8 MB    | ##################################### | 100% 
samtools-1.9         | 575 KB    | ##################################### | 100% 
htslib-1.9           | 1.2 MB    | ##################################### | 100% 
plotly-3.9.0         | 22.7 MB   | ##################################### | 100% 
pybigwig-0.3.13      | 68 KB     | ##################################### | 100% 
py2bit-0.3.0         | 20 KB     | ##################################### | 100% 
deeptools-3.3.0      | 135 KB    | ##################################### | 100% 
deeptoolsintervals-0 | 72 KB     | ##################################### | 100% 
conda-4.6.14         | 2.1 MB    | ##################################### | 100% 
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
imak:~ iMak$ deeptools -h
usage: deeptools [-h] [--version]

deepTools is a suite of python tools particularly developed for the efficient analysis of
high-throughput sequencing data, such as ChIP-seq, RNA-seq or MNase-seq.

Each tool should be called by its own name as in the following example:

 $ bamCoverage -b reads.bam -o coverage.bw

If you find deepTools useful for your research please cite as:

Ramírez, Fidel, Devon P. Ryan, Björn Grüning, Vivek Bhardwaj, Fabian Kilpert,
Andreas S. Richter, Steffen Heyne, Friederike Dündar,
and Thomas Manke. 2016. "deepTools2: A next Generation Web Server for Deep-Sequencing
Data Analysis." Nucleic Acids Research, April. doi:10.1093/nar/gkw257.

[ Tools for BAM and bigWig file processing ]
    multiBamSummary         compute read coverages over bam files. Output used for plotCorrelation or plotPCA
    multiBigwigSummary      extract scores from bigwig files. Output used for plotCorrelation or plotPCA
    correctGCBias           corrects GC bias from bam file. Don't use it with ChIP data
    bamCoverage             computes read coverage per bins or regions
    bamCompare              computes log2 ratio and other operations of read coverage of two samples per bins or regions
    bigwigCompare           computes log2 ratio and other operations from bigwig scores of two samples per bins or regions
    computeMatrix           prepares the data from bigwig scores for plotting with plotHeatmap or plotProfile
    alignmentSieve          filters BAM alignments according to specified parameters, optionally producing a BEDPE file

[ Tools for QC ]
    plotCorrelation         plots heatmaps or scatterplots of data correlation
    plotPCA                 plots PCA
    plotFingerprint         plots the distribution of enriched regions
    bamPEFragmentSize       returns the read length and paired-end distance from a bam file
    computeGCBias           computes and plots the GC bias of a sample
    plotCoverage            plots a histogram of read coverage
    estimateReadFiltering   estimates the number of reads that will be filtered from a BAM file or files given certain criteria

[Heatmaps and summary plots]
    plotHeatmap             plots one or multiple heatmaps of user selected regions over different genomic scores
    plotProfile             plots the average profile of user selected regions over different genomic scores
    plotEnrichment          plots the read/fragment coverage of one or more sets of regions

[Miscellaneous]
    computeMatrixOperations Modifies the output of computeMatrix in a variety of ways.

For more information visit: http://deeptools.readthedocs.org

optional arguments:
  -h, --help  show this help message and exit
  --version   show program's version number and exit
```

となりました。
インストールできているか、バージョンで確認するために、

```
$ deeptools --version
```
で、deeptools 3.3.0と返ってきたので、入ったのでしょう。

#検証
さて、これでOKかなって思いますが、とりあえず、やってみないとわからないので、やってみましょう。
http://rnakato.hatenablog.jp/entry/2018/04/07/223828
このHPに書いてある通りにやってみます。

早速、samtoolsを使って、BAAMのindexを作ろうとしたら、

```
dyld: Symbol not found: _stdscr
```
とエラーが・・・

ネットで調べたところ、同じような人がいて

```
$ conda install -c bioconda samtools=1.9=h8ee4bcc_1 openssl=1.0
```
として、インストールし直したら、直ったと書いてあったので、やったら、直りました。意味がわからない・・・


その後は全く同じようにやって・・・
![fingerprint.png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/87861/6f0fb7e8-2424-9ffe-787c-6401631d8a3e.png)

このような図ができたので、動いたのでしょう！！！
さて、次は自分のデータでやってみたい・・・