Galaxy サーバーをユーザー登録無しで利用してみよう

# 公共Galaxy サーバーを利用してみよう
 
## GalaxyにログインしなくてもGalaxyの機能を利用できる

公共のGalaxyサーバーは複数存在するけれど、ここでは https://usegalaxy.org/
![Screen Shot 2018-12-05 at 10.43.14.png](https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/77010449-7b59-7aea-5139-37ba07ad5d99.png)
[Galaxyサーバー](https://usegalaxy.org/)を利用する事にする

## ペイン(機能枠)について

左側のToolsペインには各種のツールが、右側のHistoryペインにはこれまでの解析やデータ等の履歴が表示される
![Screen Shot 2018-12-05 at 10.43.14.png copy.png](https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/e998561b-acea-1a38-7934-b27280b0d3fc.png)

上部のメニューには新規ユーザー登録やログインするための"Login or Register"等が表示されているが、気にせずにまずはこのまま利用してみよう
![Screen Shot 2018-12-05 at 10.43.14.png copy.png](https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/2d92aa4b-f4e2-d2bd-8161-6fea3f05320c.png)

## 塩基データをfasta形式でNCBIから取得する

Toolsペインの**Get Data** をクリックしすると、Get Dataカテゴリーに含まれるツールの一覧が表示される。更に **Upload File** from your computerをクリックする

![Screen Shot 2018-12-05 at 10.51.21.png](https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/64bb229a-bb55-9220-d327-01f11b7ec6c3.png)

以下、同様の手順を次の様にして示すことにする
**Get Data** => **Upload File** from your computer

### Upload File from your computerを利用してデータを登録する

適当なFasta配列をGalaxyに登録するために、Entrezのfetch api を利用してみる
GenbankのIDを指定してFasta配列を取得してみよう
**Upload File**をクリックして開いたウィンドウの画面右下部の"Paste/Fetch data"ボタンをクリック
![Screen Shot 2018-12-05 at 11.02.41.png](https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/1dfae156-e0d6-a126-d536-238ed8a25dc7.png)

![Screen Shot 2018-12-05 at 11.03.56.png](https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/5e8dc28f-79a1-8b20-7a7a-eab5644763ee.png)

上の画面上の領域に次の内容をコピーアンドペーストする

```text
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=M24811&rettype=fasta&retmode=text
```
Typeのドロップダウンリストを"fasta"に変更し、ウィンドウの右下の"Start"をクリック
![Screen Shot 2018-12-05 at 11.06.03.png](https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/0a25a612-0601-6cc1-b44b-3dd4fddd0f2a.png)

Statusが100%になったら"Close"をクリックする
![Screen Shot 2018-12-05 at 11.18.20.png](https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/8a0f7c57-95e8-c689-6521-5777d9e87264.png)

Historyペインにダウンロードの履歴が表示される
![Screen Shot 2018-12-05 at 11.21.21.png](https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/222aa10b-7b79-6bbd-6353-d75b0163ae82.png)
場合によっては、この部分の背景が黄色で実行中を示している事があるかもしれない
その時は実行が終了するまで少し待ってみよう

## Blastの実行

先程登録したFastaの配列にBLASTツールを利用してホモロジーサーチを行ってみよう

**NCBI BLAST+** => NCBI BLAST + blastn Search nucleotide database with nucleotide query sequence(s)

ちょっと、見つけ難いかもしれないので、念のために手順を説明する
Toolsペインを下方向にスクロールして、**NCBI BLAST+**を探してクリックする
![Screen Shot 2018-12-05 at 11.26.33.png](https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/2b71a986-631a-f2ec-003d-9f48ea198b56.png)

さらに、Toolsペインを下方向にスクロールして**NCBI BLAST + blastn** Search nucleotide database with nucleotide query sequence(s)をクリックする
![Screen Shot 2018-12-05 at 11.28.48.png](https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/3a36900d-c328-e314-82ee-cb03a5c7ad77.png)

Nucleotide query sequence(s)のドロップダウンリストに先程の配列が指定されていることを確認して、Nucleotide BLAST databaseの "Select/Unselect all"のチェックボックスにチェックを入れる
![Screen Shot 2018-12-05 at 11.32.57.png](https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/202cb8ff-c6d5-dcb4-4aa9-91d024cd947d.png)

参照可能な配列がボックス内に表示されるので"phiX174"以外の"x"部分をクリックして他の配列を対象から外す
更に、Type of BLASTのラジオボタンで "blastn-short - BLASTN program optimized for sequences shorter than 50 bases"をクリックする
![Screen Shot 2018-12-05 at 11.33.06.png](https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/8efbd8ca-1025-1dbf-ac1f-6188e990ef87.png)
(間違えて、"phiX174"を消してしまった時は、"Select/Unselect all"のチェックボックスを2回クリックしてやり直そう)

"Execute"をクリックして実行
![Screen Shot 2018-12-05 at 11.33.14.png](https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/0b99647d-42c7-b3fc-5c25-f6c6fb896a8c.png)

次のような画面でBLASTが実行待ちになる事が確認できる![Screen Shot 2018-12-05 at 11.41.03.png](https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/bee38033-7189-ded8-a524-787867e6f8c4.png)
終了までにかかる時間はGalaxyサーバーの混雑具合によって異なるので、慌てずしばらく待ってみよう

Historyペインの表示が緑になったら終了
![Screen Shot 2018-12-05 at 11.43.08.png](https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/b931ca09-4263-f071-d539-f570b7274fb1.png)

目玉の形のアイコン(View data)をクリックして結果を確認しよう
![Screen Shot 2018-12-05 at 11.44.49.png](https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/d67d5bda-f730-d489-e0a7-09f2c6ac6f31.png)


**ここでの出力結果は重要では無いので、処理時間の節約のためにPhiXの配列の一部をPhiXと比較している**

このようにして、未登録のユーザーでもGalaxyのツールを利用する事ができる

# Entrez Programming Utilitiesについて
ここで利用しているEFetch
`https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi`に関する詳細は次のリンクを参照してほしい
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/#_chapter4_EFetch_

今回は下記の記述で、配列データをGenBankからfasta形式で取得している

```text
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=M24811&rettype=fasta&retmode=text
```

|パラメータ|指定内容|今回の値|
|-----------------:|:------------------:|:------------------|
|db|データベース名|nuccore|
|id|取得するデータベース上のID|M24811|
|rettype|データの出力フォーマット|fasta|
|retmode|サーバーから転送時のデータ形式|text|


https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/M24811.1/　

今回はここまで:smile: