Galaxy 情報まとめ（2018年版）

この記事では散在している Galaxy 関連情報を整理してみたいと思います。目標としては、Galaxy について知りたい人（どちらかといえば新しくはじめる人）がこれを見てベストなページにたどり着けるようにすることです。また、**可能な限り日本語**で得られる情報、古くなっていない情報を集めています。

## Galaxy とは

なにはともあれ Wikipedia、そしてこのカレンダー 1日目の記事をどうぞ。

* [Wikipedia - Galaxy (計算生物学)](https://ja.wikipedia.org/wiki/Galaxy_(%E8%A8%88%E7%AE%97%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6))
* [はじめよう Galaxy！（2018年版）](https://qiita.com/oraryotas/items/d33e85433a2a8cbf5f10)

英語でこちらの本家の情報を読むのもありなのですが、わりと情報が多いので、下記の日本語情報をさっと流してからこちらに戻ってくるほうが容易かもしれません。

* [Learn Galaxy (en)](https://galaxyproject.org/learn/)

## 早速、使ってみたい

公開されている Galaxy サーバーは世界中にいくつもありますが、まずは本家である **[Galaxy Main](https://usegalaxy.org/) サーバー**にアクセスしてみましょう。ユーザー登録しないでも使うことができます。この Galaxy 上で以下の記事の内容を試してみてください。

* [Galaxy サーバーをユーザー登録無しで利用してみよう](https://qiita.com/percipere/items/f32b9461dac932fb1d2d)

## 使い方をもっと学びたい

さらに実際の解析に即した使い方を勉強したい場合には、Galaxy チームが作成している**トレーニング教材**を試してみることをおすすめします。

* [Galaxy Training　(en)](https://galaxyproject.github.io/training-material/)

が、これらの教材の Hands-on ページについている日本語（JA）への翻訳機能（Google 翻訳）だとなかなかわかりにくかったりします。そこで、**手作業で日本語に翻訳してあるハンズオン**からやってみるのがよいかもしれません。詳しくは翻訳者の記事をご参照ください。

* [Get Started - トレーニング教材](http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Get_Started#.E3.83.88.E3.83.AC.E3.83.BC.E3.83.8B.E3.83.B3.E3.82.B0.E6.95.99.E6.9D.90)（日本語翻訳）
* [Galaxy Training! について](https://qiita.com/Atsushi_A/items/0bb839234a9eecb5b43b)（翻訳者による記事）

## Main 以外の公共サーバーを使ってみたい

上の Galaxy Main サーバー以外にも**各種分析に合わせた異なるツール**がインストールされた異なる Galaxy サーバーが世界中で公開されています。そのリストは[こちら](https://galaxyproject.org/use/)にあります。詳しくはこの記事にて。

* [Galaxyの公共サーバ（概要）](https://qiita.com/haruosuz/items/f5c2e5c4212246e80d60)

## いろいろな講演を聴きたい

動画は [TOGO TV](https://togotv.dbcls.jp/tags.html?tag=Galaxy) にまとまっています。最新が 2016年なのでちょっと古くなってしまってはいますが、どんなふうに使われているか参考になる話もあるかもしれません。

* [データ解析プラットフォーム Galaxy の使い方](https://togotv.dbcls.jp/ajacs2015003.html)
* [Galaxy Workshop Tokyo 2016](http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Galaxy_Workshop_Tokyo_2016)

英語であれば、年次イベント GCC の講演をビデオで観ることができます。例えば 2018年のプログラムは[こちら](https://gccbosc2018.sched.com/)。

* [Galaxy Community Conferences (GCCs)](https://galaxyproject.org/gcc/)

## 自分の Galaxy が欲しい

自分の Linux / Mac 環境があれば Galaxy をそのままインストールすることもできますが、手順が簡単で環境の再現性が高いことから、**Docker コンテナ上にインストール**することをおすすめします。サーバーにインストールするときも同様です。

* [Galaxy Serverを手元のコンピューターで動かしてみよう](https://qiita.com/percipere/items/3a11622b352814686c0b)

## Galaxy のツールを作りたい

**ご自分のツール**を Galaxy 上で動くようにしたい場合には、こちらの記事を参考にしてみてください。わからなくなったら Meetup などに参加してみるのがいいかもしれません。

* [バイオインフォマティクス解析環境のGalaxy用のツール開発をしよう](https://qiita.com/youyuh48/items/2b4a1cdd7f5c1b3e369a)

また、Galaxy の裏で動くツールは Docker でコンテナ化するのがおすすめです。Docker を使わなくてもツール作成はできるけれど、**使ったらどんなに幸せになるか**、こちらの記事をご参照ください。

* [細菌叢解析ツールの共有〜Dockerコンテナで幸せになる方法①〜](https://qiita.com/petadimensionlab/items/a51b4e42b2b886160b9b)

## Galaxy のコミュニティに参加したい

* [ピタゴラ・ネットワーク](http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Events)： 日本の Galaxy コミュニティです。毎月の Meetup などのイベントを開催しています。最新の情報は [Twitter]( https://twitter.com/pitagora_meetup) にて、またお問い合わせは admin@pitagora-galaxy.org までご連絡ください。
* [メーリングリスト (en)]()： いちばんお手頃なのが galaxy-announce で、毎月ニュースが届くので新しいリリースやイベントについて知ることができます。自分で登録と解除ができます。
* [イベント (en)](https://galaxyproject.org/events/)： 全てではありませんが日本のイベントもここに掲載されています。最も大きなイベントは年次の GCC - Galaxy Community Conference で、2019年は7月にドイツで開催される予定です。

きっと他にも載せておくべき情報がまだまだありますが、今後もこのまとめを更新していければと思います。**こういう情報もあったほうがいいよー**というものがあれば教えてください！