plateScannerの使い方

# plateScannerとは

[plateScanner](https://web16.kazusa.or.jp/software/plateScanner/)は2次元バーコード付きラックとそれに収納したチューブの2次元バーコードを、一般に市販されていて入手が容易なデスクトップスキャナを利用して読み取り、Excel形式でバーコードのIDを取得するためのツールです。

##対応する製品

- 2次元バーコード付きラック
    - [Thermo Scientific, Cat#3744](https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/LCD/Specification-Sheets/Matrix-2DTubes-Spec-Sheet-SSSST2DTUBES-EN.pdf)シリーズ
- スキャナー
    - [Epson GT-X830](https://www.epson.jp/products/scanner/gtx830/)

##対応する画像フォーマット

- 形式
    - JPEG形式
    - 幅 3971 ピクセル x 高さ 2640 ピクセル
    - 解像度 800dpi
    - グレースケール

# 画像の取得方法

1. チューブを格納した2次元バーコード付きラックを画像のように、スキャナの右上隅に沿って配置してください。
![RackPosition.jpg](https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/b1284c63-7284-b379-e6d9-20f41837f347.jpeg)

2. 対応する画像フォーマットに記載の設定でスキャンを実行してください。
　(細かい設定方法はスキャナに添付のマニュアルでご確認ください。設定を保存しておくことで、次回から簡単に同じ設定で画像が取得できるようになります。)
上記の設定で次の様な画像が取得できます。(サンプル画像は青い部分の対応がわかりやすいよう、カラー画像を利用しています)
![RackSample.jpg](https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/3914fd8d-1306-d18e-eccb-73f5e6124d4f.jpeg)

3. 画像の取り込みが終了したら、この画像(実際はグレースケール)を[plateScanner](https://web16.kazusa.or.jp/software/plateScanner/index2.html)で解析します。

# plateScannerの使い方
plateScannerはweb上でのサービスです。手元のPC/Macを問わずにご利用いただけます。

## 対応するブラウザー

下記のブラウザーに対応しています。

- Safari Version 12.0 (14606.1.36.1.9)以上
- Firefox 62.0.3 (64-bit)以上
- Google Chrome Version 70.0.3538.67 (Official Build) (64-bit)

1. [plateScanner](https://web16.kazusa.or.jp/software/plateScanner/index2.html)のページを開きます。
<img width="1177" alt="Screen Shot 2018-10-22 at 13.08.33.png" src="https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/85abf5f8-d309-28b1-bce3-a50ac6d4f5b1.png">

2. ご利用状況について統計を取得しておりますので、**メールアドレス**と**所属**のご記入にご協力ください。メールアドレスについては、サーバー上に記録が残る事はありません。
<img width="1177" alt="Screen Shot 2018-10-22 at 13.08.33 copy.png" src="https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/1e52200e-f71a-357e-4fca-4dcdd9e6d25b.png">

3. **画像ファイル選択:**の**Choose Files**をクリックしてラックの画像を登録してください。一度に複数の画像を登録することができます。<img width="1177" alt="Screen Shot 2018-10-22 at 13.08.33 copy.png" src="https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/96f783a7-5709-262d-8ce6-dd558b57a4d9.png">

4. 画像の登録が終了したら、**解析**バーをクリックしてください。
<img width="1177" alt="Screen Shot 2018-10-22 at 13.17.24.png" src="https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/717f4beb-f045-0b18-1ca1-fabb40129a79.png">

5. 解析登録を受け付けると、解析バーが消えて下に次のような表が表示されます。
<img width="1177" alt="Screen Shot 2018-10-22 at 13.19.39.png" src="https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/ae064480-baa0-d3bb-6e05-018500b6709c.png">

6. 表の**Status**表示が緑のチェックマークに変わったら、**Excel File**コラムのダウンロードアイコンをクリックすることで、解析結果のExcelファイルをダウンロードできるようになります。解析IDのリンクをコピーして保存しておくことで、後から結果を取得する事もできます。<img width="1177" alt="Screen Shot 2018-10-22 at 13.21.23.png" src="https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/0a486356-c3ef-adde-933d-b184d46e4a7f.png">

7. 作成されたExcelデータをダウンロードして確認してください。ExcelにはデータをA01, A02, A03と並べた(Vertical)と、A01, B01, C01のように並べた(Horizontal)の２枚のシートが含まれます。実験時の利用方法によって便利な方をお使いください。

<img width="729" alt="Screen Shot 2018-10-22 at 13.30.00.png" src="https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/a4a4ff51-cb51-a1ca-2c01-5d12291f2650.png">

<img width="729" alt="Screen Shot 2018-10-22 at 13.30.04.png" src="https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/213053/84d084a1-ea8d-f33c-c8d7-772e31847a30.png">


#諸注意

- 本ツールは遺伝子解析に関する検体管理を支援する目的で提供しています。 
- 動作確認はこの説明に記載のラックとチューブとスキャナの組み合わせでしか行っておらず、また、入力ファイルにも汎用性を持たせておりません。 
- ご準備いただいた画像ファイルの解析では全てのバーコードが読み取り可能とは限らないというリスクを伴いますので、ご理解いただいた上でのご利用をお願いいたします。
- 二次元バーコードの読み取りの動作及びその精度については、チーム所有のラック9枚を標準ラックとして検証いたしております。
解析ができなかった画像をツールの改良のために利用させていただく場合がありますのでご了承ください。