VMWare上CentOS6.8のWRF環境構築

VMWare上CentOS6.8のWRF環境構築
2018-02-23

VMWare上CentOS6.8にWRF+`F***T`環境を構築し、動作を確認する。
構築後、CentOS6.9にupdateした後でWRF+`F***T`の動作を確認する。

- [x] キーボード設定
- [x] スクリーンセーバーの解除 
- [x] [bash > rmタイプミスでの意図しない削除を予防する > N個以上の時に確認をする](https://qiita.com/7of9/items/9de1938dbed45b025723)
- [ ] ユーザ名: y_okada
- [x] check_dirsize_180226.pyをセットアップ
    - [Python > scpの処理速度を測定する (精度は悪い) | scp -C > 圧縮しながらコピー (速度2倍)](https://qiita.com/7of9/items/eac29bc19a6025dfa705)
- [x] [ユーザのsudo使用設定](https://qiita.com/pakiln/items/525b0b635b57bf310837)
- [x] 外部HDDの追加 (必要に応じて; 40GBでは不足; 120GBとした)
    - [Linux > HDD増設時のswapの再設定](https://qiita.com/7of9/items/05bf7e9b30c1f47f845c)
    - [fdiskでDisk容量を拡張する](https://qiita.com/2or3/items/501f206a6091a4ce895f)
    - [x] [HDD増設手順メモ](https://qiita.com/bwtakacy/items/c181f661e8655c42d85a)
- [x] Sublime Text version 3.0, Build 3143
- [x] tmux 1.6-3.el6
    - sudo yum install tmux
- [x] GFortran v4.4.7
    - `yum install gcc-gfortran libgfortran`
- [x] GFortran v4.9.2
    - [devtoolset-3](https://qiita.com/7of9/items/0dd38bfe6c9ed15622ac)
- [x] g++ v4.9.2
    - [devtoolset-3]
(https://qiita.com/7of9/items/0dd38bfe6c9ed15622ac)
- [x] NetCDF 4.4.1とNetCDF (Fortran API) v4.4.4 インストール
    - https://qiita.com/7of9/items/c58db1b8ece4d915e402
- [x] libenetcdf.so.11エラーの対策
    - [WPS > error: error while loading shared libraries: libnetcdf.so.11: cannot open shared object file: No such file or directory](https://qiita.com/7of9/items/61983964b3e05becfd16) 
- [x] Open MPI v2.1.1
    - https://qiita.com/7of9/items/0dd38bfe6c9ed15622ac
- [x] WRFセットアップ前処理
    - [WRF > CentOS6.8 > WRF3.6.1 setup: 失敗 / WRF3.7.1 setup: 成功 (-O2にすること) / WPS3.7.1 setup: 成功](https://qiita.com/7of9/items/8ff328ed1c144d659335#wrf371%E3%81%AE%E3%83%93%E3%83%AB%E3%83%89--%E6%88%90%E5%8A%9F)
        - [x] 1回目のrebootまで
        - [x] 2回目のrebootまで
        - [x] 3回目のrebootまで
- [x] WRF3.9のビルド
    - 補足:WRF3.9のTAR.gzを使用
    - configure.wrfの編集前 [WRF v3.7.1 @ Qiita](https://qiita.com/7of9/items/8ff328ed1c144d659335#wrf371%E3%81%AE%E3%83%93%E3%83%AB%E3%83%89--%E6%88%90%E5%8A%9F)
    - configure.wrfの編集以降 [WRF v3.9 @ Qiita](https://qiita.com/7of9/items/0dd38bfe6c9ed15622ac#wrf-v39)
        - [x] compile em_real >& log.compile_180222
- [x] WPS 3.9のビルド
    - [WPS v3.9 @ Qiita](https://qiita.com/7of9/items/0dd38bfe6c9ed15622ac#wps-v39)
- [x] NCL6.3.0のインストール
    - [NCLのインストール @ Qiita](https://qiita.com/7of9/items/8ff328ed1c144d659335#wps371--%E6%88%90%E5%8A%9F) 
        - gcc v4.4.7用の[tar.gz](https://www.earthsystemgrid.org/dataset/ncl.630.0/file.html)を使用
        - WRFV3.7.1以下にncl/を作成
            - WRFV3以下でも良いが、.bashrcの書換えは必要
        - そのディレクトリにncl v6.3.0のtar.gz(gcc 4.4.7)を展開
    - [x] [NCL > error > Resource directory `</usr/share/ncarg/resfiles>` does not exist. > NCARGとNCARG_ROOT以外の環境変数を定義しない)](https://qiita.com/7of9/items/276b70f6a33111a55d01)
- [x] venv_py360のセットアップ
    - [CentOS 6.8 > Python 3.6.0をvirutalenvで導入 / 使用開始 / 使用停止](https://qiita.com/7of9/items/41c2a3575356818188be)
- `F***T`のセットアップ
    - v3.1
    - [x] [python / netCDF / CentOS 6.8 > ImportError: No module named netCDF4 > sudo yum install netcdf4-python.x86_64](https://qiita.com/7of9/items/d7191184a0e96f7d125c)
    - [x] `F***T` v3.1 > コンパイルから実行できるまで @  esa.io
    - [x] 実行ファイル(`f***gnu_omp`)を~/WRFV3/test/em_realにsymbolic linkする
- [x] NCEPデータ取得環境の構築
    - cshスクリプトなど
- [x] 自作処理スクリプトのセットアップ
- [x] WPSのデータ整備
    - [x] Vtableファイル
    - [x] ~/GEOG_DATA_v3.9 (35GB)
        - [x] データの取得 (運用のサーバーからコピー)
        - [x] WPS/以下にsymbolic linkを張る
    - [x] [WRF > WPS > ./metgrid.exe > ERROR: Couldn't open file ./geo_em.d01.nc for input.](https://qiita.com/7of9/items/24aef318edf538241d84)
        - GEOG_DATA/のsymbolic linkをつくる
        - ユーザ名を確認する (またはnameinput.wpsのGEOG_DATA/の参照を編集する)
- [x] 動作確認
    - [x] WPS
        - [x] SST_***: md5sum
        - [x] FNL_***: md5sum
        - [x] met_em***: md5sum
    - [x] WRF
        - [x] wrfout***: md5sum
    - [x] F****T

### 備考

~~I've got a long way to go...~~