公共Galaxyサーバー（微生物関連）

このページでは、微生物の解析に利用できる公共Galaxyサーバー（[Public Galaxy Servers](https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/)）の一覧を示します。

### [Center for Phage Technology (CPT)](https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/center-for-phage-technology-cpt/)
ファージの自動アノテーション。
多くのgenbank/gff3形式ファイル処理ツールが含まれています。

![](https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/CPTLogo.png)

### [MISSISSIPPI](https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/mississippi/)
エピジェネティクス、メタゲノミクス、RNA配列データ解析

![](https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/MISSISSIPPILogo.png)

### [Orione](https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/orione/)
微生物NGS解析。
リードの前処理、マッピング、アセンブル、アノテーション、RNA-Seq、メタゲノム解析。

- [Microbial analysis with Orione](https://galaxyproject.org/teach/resource/microbial-with-orione/)
- 日本語チュートリアル [Orione-live-supplement](http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Orione-live-supplement)

![](https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/OrioneLogo.png)

### [RNA-Rocket @ Pathogen Portal](https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/rna-rocket-pathogen-portal/)
感染症研究のためのRNA-Seq解析リソース。

![](https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/PathogenPortalHome300.png)

### [VectorBase Galaxy](https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/vectorbase-galaxy/)
ヒト病原体の無脊椎動物ベクターに関する参考情報とワークフロー。

![](https://galaxyproject.org/images/logos/VectorBaseLogoWithText.png)

### [VirAmp](https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/viramp/)
ウイルス ゲノム アセンブリ

- 論文 [Wan et al. (2015) "VirAmp: a galaxy-based viral genome assembly pipeline."](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25918639)
- 日本語チュートリアル [VirAmp_Workflows](http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/VirAmp_Workflows)

![](https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/VirAmpHome.png)

### [ARGs-OAP](https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/args-oap/)
メタゲノムにおける抗生物質耐性遺伝子の同定

- [video](https://www.youtube.com/watch?v=PCr1ctXvZPk)
- 論文 [Yang et al. Bioinformatics. 2016 "ARGs-OAP: online analysis pipeline for antibiotic resistance genes detection from metagenomic data using an integrated structured ARG-database."](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27153579)

![](https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/ARGs-OAP.png)

### [BioMaS](https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/biomas/)
環境微生物群集の分類

- 論文 [Fosso et al. BMC Bioinformatics. 2015 "BioMaS: a modular pipeline for Bioinformatic analysis of Metagenomic AmpliconS."](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26130132)

### [BitLAB](https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/bitlab/)
メタゲノム解析

- [tutorial](http://www.bitlab-es.com/gecko/documents/GalaxyGuidedExercise.pdf)
- 論文 [Pérez-Wohlfeil et al. BMC Genomics. 2016 "Computational workflow for the fine-grained analysis of metagenomic samples."](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27801291)

![](https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/Bitlab.png)

### [Huttenhower Lab](https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/huttenhower-lab/)
メタゲノム・機能的ゲノム解析

- 日本語チュートリアル [Huttenhower_Lab_Workflows](http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Huttenhower_Lab_Workflows)

![](https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/HuttenhowerLab.png)

### [MBAC Metabiome Portal](https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/mbac-metabiome-portal/)
マイクロバイオーム、メタボローム、immunomeデータ（Metabiome）解析

![](http://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/MBACPortalLandingPage.png)

### [USMI Galaxy Demonstrator](https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/usmi-galaxy-demonstrator/)
微生物の情報を統合。
プロジェクトはまだ開発段階にあります。

- NOT PEER-REVIEWED [USMI Galaxy Demonstrator (UGD): a collection of tools to integrate microorganisms information [PeerJ Preprints]](https://peerj.com/preprints/2766/)

### [VarCap](https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/varcap/)
原核生物の変異（SNP, InDel, 構造多型）予測。
サーバーを使用するにはログインが必要です。

- [Tutorial](http://galaxy.csb.univie.ac.at:8080/static/welcome.html)
- 論文 [Zojer M et al. PeerJ. 2017 "Variant profiling of evolving prokaryotic populations."](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28224054)

![](https://galaxyproject.org/public-galaxy-servers/VarCapWorkflow.png)