macOS Sierra に計算環境を再インストール

## 1. はじめに
2017年2月12日、本体のSSDにもだいぶゴミが溜まった感じがするのでMacbook proのOSを EL CapitanからSierraに変えてみました。ゴミ掃除の意味もあるので、Sierraはクリーンインストールです。
この時、入れているソフトウエア類も全て更新したので、その記録を残しておこうと思います。

## 2. ソフトウェアの再インストール
多くのソフトは Homebrew でインストールしましたが、Homebrew を用いず直接インストールしたものもあります。

### 2.1 Homebrew を用いずインストールしたもの

```
Google Chrome
Firefox
Ricty-diminished
Microsoft Office 2016 for Mac
XQuartz-2.7.11
Google 日本語入力
```

XQuartz は Homebrew でもインストールできるのでやってみたのですが、Homebrew でインストールしたものは、ImageMagick とgnuplot で認識してくれなかったので、直接インストールしました。

Office 2016 for Macは仕事で使わざるを得ないため、高いお金を払って導入したものですし、海外からのアクセスなので、ちゃんと再インストールできるか心配だったのですが、すんなり行きました。

Ricty-diminishedは、ターミナルやテキストエディタのフォントとして使っています。

### 2.2 Homebrewでインストールしたもの
#### (1) Homebrew本体

```
xcode-select --install
ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
brew doctor
brew install caskroom/casc/brew-cask
```

#### (2) Macで使っているエディタ・画像処理ソフトなど
gcc は gfortran を使うためにインストールしています。```gcc -V``` とすると ```Apple LLVM version 8.0.0 (clang-800.0.42.1)```を返してきます。

```
brew install gcc
brew install gawk
brew install ghostscript
brew install homebrew/science/gmt   # 作図：Generic Mapping Tools
brew install imagemagick --with-x11 # 画像処理
brew install gnuplot --with-x11     # 作図

brew install Caskroom/cask/geany     # テキストエディタ
brew install Caskroom/cask/coteditor # テキストエディタ
brew install Caskroom/cask/cyberduck # FTPソフト
```

#### (3) Python3
Python3 は pyenv で入れようとして試してみましたが、pip3 が動かなかったため、直接 Homebrew で入れました。

```
brew install python3  # Python3.6.0
pip3 install --upgrade setuptools
pip3 install --upgrade pip
brew linkapps
pip3 install numpy
pip3 install scipy
pip3 install matplotlib
pip3 install Pillow
```

#### (4) Basic TeX 2016

```
brew install Caskroom/cask/basictex
sudo tlmgr update --self --all
sudo tlmgr install collection-langjapanese latexmk
cd /usr/local/texlive/2016basic/texmf-dist/scripts/cjk-gs-integrate
sudo perl cjk-gs-integrate.pl --link-texmf
sudo mktexlsr
sudo updmap-sys --setoption kanjiEmbed hiragino-elcapitan-pron
sudo tlmgr install symbol
sudo mktexlsr

#Followings are valid only for Basic TeX 2016
sudo tlmgr install newtx txfonts helvetic fontaxes boondox
sudo tlmgr install kastrup tex-gyre
sudo mktexlsr
```

最後の３行でフォントを導入していますが、このコマンドは Basic TeX 2015 では動きませんので注意。

TeX のインストールでは、自分用スタイルファイルが入ったフォルダ <em>mytool</em> を以下のフォルダを作成してコピーします。

```
/usr/local/texlive/2016basic/texmf-local/tex/mytool
```

<em>mytool</em> に入っているスタイルファイルは以下のものです。
 jartfmt.tex と e-artfmt.tex は自分でアレンジしたものです。

```
dirtree.sty   eepic.sty    epic.sty      geometry.sty  type1cm.sty
dirtree.tex   eepic.tex    fancybox.sty  jartfmt.tex
e-artfmt.tex  eepicsup.sty float.sty     multirow.sty
```

最後に <em>sudo mktexlsr</em> するのを忘れずに！

なお、実際の TeX 文書（英語版：本文は省略）は以下のような感じです。

```
\documentclass[english,10pt]{jsarticle}

\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{newtxtext,newtxmath}

\usepackage{bm}
\usepackage{epic,eepic,eepicsup}
\usepackage{float} %\begin{fogure}[H]: fix the location of figure
\usepackage{color,fancybox}
\usepackage{ascmac}
\usepackage{listings}
\usepackage[a4paper,top=20mm,bottom=20mm,left=20mm,right=20mm]{geometry}
\usepackage[dvipdfmx]{graphicx}
\setcounter{tocdepth}{3}
\renewcommand{\appendixname}{Appendix~}

\begin{document}
\pagenumbering{roman}
\setcounter{page}{1}
\rightline{\today}
\vspace{1zh}
\centerline{\Large\bfseries Desctiption of FEM theory for programing}
\tableofcontents
\clearpage

\pagenumbering{arabic}
\setcounter{page}{1}

\section{xxxxx}

\section{xxxxx}
.....

\appendix
\section{xxxxx}
.....
\end{document}
```

## 3. 参考サイト
### (1) macOS Sierra のクリーンインストール
+ [https://wayohoo.com/mac/tips/how-to-clean-install-macos-sierra.html](https://wayohoo.com/mac/tips/how-to-clean-install-macos-sierra.html)

### (2) Homebrew のインストール
+ [http://brew.sh/index_ja.html](http://brew.sh/index_ja.html)
+ [http://qiita.com/_daisuke/items/d3b2477d15ed2611a058](http://qiita.com/_daisuke/items/d3b2477d15ed2611a058)

### (3) LaTeX: New TX フォント
+ [http://qiita.com/sira/items/d7f5c411ccb0f90c43d8](http://qiita.com/sira/items/d7f5c411ccb0f90c43d8)

以　上