Anaconda&Jupyterの環境構築をした



# 1. install

[Homebrew](http://brew.sh/)をインストールしておいて、次を実行

```
$ brew install pyenv
$ pyenv install anaconda3-2.5.0
```

GUIのインストーラーがあるみたいだけれど、こちらは利用していない。
GUIのインストーラーを利用した場合の手順もあります。

* [Anaconda install | Continuum Analytics: Documentation](https://docs.continuum.io/anaconda/install)


# 2. Test drive

チュートリアルが提供されているのでやっておく。

* [Test drive — Conda documentation](http://conda.pydata.org/docs/test-drive.html)

ここの内容は次のチートシートによくまとめられている。

* [conda_cheatsheet_2016](http://conda.pydata.org/docs/_downloads/conda-cheatsheet.pdf)

## 2-1. anacondaの管理

### インストール確認

バージョンを出してインストール確認

```
$ conda --version
```

バージョン出るはず、だけど出ない

```
pyenv: conda: command not found

The `conda' command exists in these Python versions:
  anaconda3-2.5.0

```

これはPyenvでインストールしていて、Globalにはインストールしていないため

作業用のフォルダを作って、そこでpyenvを利用してanacondaをインストール。

```
$ pyenv local anaconda3-2.5.0 
$ conda --version
conda 3.19.1
```

今度はできた。

### アップデート

Anacondaを最新版にアップデートしておく。

```
$ conda update conda
```

インストール直後だから大丈夫だと思っていたけれど、普通にアップデートされた

## 2-2. 作業環境管理

Anacondaでは作業環境を作成し、保存できる。この辺り、Rに似てる。

### 作業環境作成

Biopython用にSnowflakesという名前の環境を用意する。名前はチュートリアルにならった。

```
$ conda create --name snowflakes biopython
```

biopythonのダウンロードとセットアップが始まり、次のメッセージが表示される。

```
#
# To activate this environment, use:
# $ source activate snowflakes
#
# To deactivate this environment, use:
# $ source deactivate
#
```

早速有効化してみる。

```
$ source activate snowflakes
usage: grep [-abcDEFGHhIiJLlmnOoqRSsUVvwxZ] [-A num] [-B num] [-C[num]]
	[-e pattern] [-f file] [--binary-files=value] [--color=when]
	[--context[=num]] [--directories=action] [--label] [--line-buffered]
	[--null] [pattern] [file ...]
pyenv: -bash: command not found

[プロセスが完了しました]
```

何が起こったのか理解できなかったので放置して先に進む。

### 2-3. Pythonのバージョン管理

pyenvと役割が重なっているので嫌な予感しかしない。放置して先に進む。

### 2-4. Anacondaのパッケージ管理

インストール可能なパッケージのリストを表示

```
$ conda list 
```

パッケージの検索(ここではbeautifulsoup4をインストール)

```
$ conda search beautifulsoup4
```

インストール(beautifulsoup4はインストール済みなので何も起きない)

```
$ conda install beautifulsoup4
```

アンインストール

```
$ conda remove beautifulsoup4
```

## 3. Jupyter Notebook

いよいよJypyterで色々やる。

### 3-1. Jupyter Notebookの起動

Jupyter Notebookを起動する

```
$ jupyter notebook
```

![kobito.1458974303.637463.png](https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/41266/8ad197a8-fcc7-d43d-846b-e47f23eef8e7.png "kobito.1458974303.637463.png")

以降こちらを操作する。右上からNew Notebookを実行してHello, world.
![kobito.1458974583.546858.png](https://qiita-image-store.s3.amazonaws.com/0/41266/ad4cf40f-0ff7-41d2-5c81-88d283aba884.png "kobito.1458974583.546858.png")

Shift+Enterでセルの実行ができる。

今日はここまで。後は今度やる。

### 

# Reference

## 1. install

* [Continuum | Home](https://www.continuum.io/)

* [AnacondaでPythonの分析環境をまとめてインストール - TASK NOTES](http://www.task-notes.com/entry/20151116/1447642800)

* [Anaconda install | Continuum Analytics: Documentation](https://docs.continuum.io/anaconda/install)

* [Test drive — Conda documentation](http://conda.pydata.org/docs/test-drive.html)

* [Jupyter Notebook（IPython）のインストールと始め方 - TASK NOTES](http://www.task-notes.com/entry/20151129/1448794509)

* [ipython-books/cookbook-code: Recipes of the IPython Cookbook, the definitive guide to high-performance scientific computing and data science in Python](https://github.com/ipython-books/cookbook-code)

* [【Mac】Pythonのインストール+pyenvの使い方について - TASK NOTES](http://www.task-notes.com/entry/20141215/1418612400)