GalaxyProjectで実行したジョブの結果などを残しておく設定

# 概要

GalaxyProjectの中で、ジョブの実行がおわったあとに、ジョブを実行したスクリプトがなくなってしまうので、デバッグがし辛いことがある。

# 結論

設定ファイルの中で、ジョブ関連のファイルを消さないように設定できる。

# 実際の作業

```
config/galaxy.ini
```
の ***cleanup_job*** に、 ***never*** を設定

以下のような感じ。

```
# Clean up various bits of jobs left on the filesystem after completion.  These
# bits include the job working directory, external metadata temporary files,
# and DRM stdout and stderr files (if using a DRM).  Possible values are:
# always, onsuccess, never
#cleanup_job = always
#cleanup_job = onsuccess
cleanup_job = never
```

galaxyを再起動

# どんなかんじになるか

こんなかんじのジョブの時に

```
galaxy   23397 10.7  4.3 1995724 176816 ?      Sl   06:53   0:59 python ./scripts/paster.py serve config/galaxy.ini --daemon
galaxy   23805  0.0  0.0   4448     0 ?        S    06:58   0:00  \_ /bin/sh -c /usr/local/galaxy/galaxy-dist/database/job_working_directory/000/216/galaxy_216.sh
galaxy   23806  0.0  0.0   4448     8 ?        S    06:58   0:00      \_ /bin/sh /usr/local/galaxy/galaxy-dist/database/job_working_directory/000/216/galaxy_216.sh
galaxy   23811  0.0  0.0  12416   220 ?        S    06:58   0:00          \_ bash ./tmp_job.sh
galaxy   23814  212 42.3 2328536 1712992 ?     Sl   06:58   7:55              \_ sailfish quant -i /data/sailfish_index/GRCm38_cdna_all -p 4 -l T=PE:O=><:S=U -1 /dev/fd/63 -2 /dev/fd/62 -o ./
```

こんなかんじに、ディレクトリが残っていて

```
$ ls -ltr /usr/local/galaxy/galaxy-dist/database/job_working_directory/000/212/
total 330988
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy         2 Feb  4 06:58 metadata_override_HistoryDatasetAssociation_792_WnmuiH
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy        20 Feb  4 06:58 metadata_kwds_HistoryDatasetAssociation_792_KSKipl
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy      2608 Feb  4 06:58 metadata_in_HistoryDatasetAssociation_792_FO3FJG
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy         2 Feb  4 06:58 metadata_override_HistoryDatasetAssociation_791_dROZTG
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy        20 Feb  4 06:58 metadata_kwds_HistoryDatasetAssociation_791_adxXHH
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy      2172 Feb  4 06:58 metadata_in_HistoryDatasetAssociation_791_SOZBQ_
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy         2 Feb  4 06:58 metadata_override_HistoryDatasetAssociation_790_sNCXHT
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy        20 Feb  4 06:58 metadata_kwds_HistoryDatasetAssociation_790_IRtTKO
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy      2146 Feb  4 06:58 metadata_in_HistoryDatasetAssociation_790_HfQKNp
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy         2 Feb  4 06:58 metadata_override_HistoryDatasetAssociation_789_JmUAMr
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy        20 Feb  4 06:58 metadata_kwds_HistoryDatasetAssociation_789_ywg3Wu
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy      2149 Feb  4 06:58 metadata_in_HistoryDatasetAssociation_789_NCHiru
-rw------- 1 galaxy galaxy        73 Feb  4 06:58 set_metadata_8p9RKJ.py
-rwxr-xr-x 1 galaxy galaxy      5319 Feb  4 06:58 galaxy_212.sh
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy         2 Feb  4 06:58 __instrument_core_galaxy_slots
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy        11 Feb  4 06:58 __instrument_core_epoch_start
-rwxr-xr-x 1 galaxy galaxy       260 Feb  4 06:58 tmp_job.sh
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy 338805352 Feb  4 06:59 reads.sfc
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy        76 Feb  4 06:59 reads.count_info
drwxrwxr-x 2 galaxy galaxy      4096 Feb  4 06:59 logs
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy        44 Feb  4 07:00 metadata_results_HistoryDatasetAssociation_792_hsYxiQ
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy        44 Feb  4 07:00 metadata_results_HistoryDatasetAssociation_791_aL8ZBj
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy        33 Feb  4 07:00 metadata_out_HistoryDatasetAssociation_792_mMbXSW
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy        33 Feb  4 07:00 metadata_out_HistoryDatasetAssociation_791_gcbKR5
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy        44 Feb  4 07:00 metadata_results_HistoryDatasetAssociation_790_1sdRCS
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy        44 Feb  4 07:00 metadata_results_HistoryDatasetAssociation_789_1nZYAJ
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy        33 Feb  4 07:00 metadata_out_HistoryDatasetAssociation_790_YocXfw
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy        34 Feb  4 07:00 metadata_out_HistoryDatasetAssociation_789_djUpVf
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy        11 Feb  4 07:00 __instrument_core_epoch_end
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy         4 Feb  4 07:00 galaxy_212.ec
```

実行ファイルも残っている

```
$ ls -l /usr/local/galaxy/galaxy-dist/database/job_working_directory/000/212/tmp_job.sh 
-rwxr-xr-x 1 galaxy galaxy 260 Feb  4 06:58 /usr/local/galaxy/galaxy-dist/database/job_working_directory/000/212/tmp_job.sh
$ cat /usr/local/galaxy/galaxy-dist/database/job_working_directory/000/212/tmp_job.sh 
#!/bin/bash
sailfish quant -i /data/sailfish_index/GRCm38_cdna_all -p 4 -l "T=PE:O=><:S=U" -1 <(gzip -dcf /usr/local/galaxy/galaxy-dist/database/files/000/dataset_771.dat) -2 <(gzip -dcf /usr/local/galaxy/galaxy-dist/database/files/000/dataset_773.dat) -o ./ 
```

データも残っている

```
root@default-ubuntu-1404:~# ls -l /usr/local/galaxy/galaxy-dist/database/files/000/dataset_771.dat
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy 24872462 Feb  4 06:57 /usr/local/galaxy/galaxy-dist/database/files/000/dataset_771.dat
root@default-ubuntu-1404:~# ls -l /usr/local/galaxy/galaxy-dist/database/files/000/dataset_773.dat
-rw-rw-r-- 1 galaxy galaxy 25285196 Feb  4 06:58 /usr/local/galaxy/galaxy-dist/database/files/000/dataset_773.dat
```

# どんなときにほしいか？

- デバッグ時
- ヒストリーを見ると緑色になって正常に終わっているように見えるが、期待される答えがのこってないとき。

失敗したら、ファイルを残す設定がおそらく、以下のものだと思うが、成功だとおもってしまうと、なにも残らなくて困った。

```
cleanup_job=onsuccess
```

# 未調査

ほかのオプションとの関連