OS XにRをインストールする2種類の方法の検討

macOSにRをインストールする方法は主に2つある。

1. Rの公式サイトにあるバイナリを使う
2. Homebrewでインストールする

それぞれにメリットとデメリットがある。

## 方法1: 公式サイトのバイナリを使う
公式サイトにあるR-3.x.x.pkgをダウンロードしてインストールする。

http://cran.r-project.org/bin/macosx/

### メリット
* インストールが短時間で終わる
* gccをインストールしなくてもよい

### デメリット
* `/usr/local/`以下にいろいろ書き込むので`$ brew doctor`したときにWarningが出るようになる

### Warningについて
バージョン3.2.2をインストールしたあとに`$ brew doctor`した時のWarningは以下の通り。無視してもあまり問題はない。


```
$ brew doctor
Warning: Some directories in /usr/local/share/man aren't writable.
This can happen if you "sudo make install" software that isn't managed
by Homebrew. If a brew tries to add locale information to one of these
directories, then the install will fail during the link step.
You should probably `chown` them:

    /usr/local/share/man/mann
Please note that these warnings are just used to help the Homebrew maintainers
with debugging if you file an issue. If everything you use Homebrew for is
working fine: please don't worry and just ignore them. Thanks!

Warning: Unbrewed dylibs were found in /usr/local/lib.
If you didn't put them there on purpose they could cause problems when
building Homebrew formulae, and may need to be deleted.

Unexpected dylibs:
    /usr/local/lib/libtcl8.6.dylib
    /usr/local/lib/libtk8.6.dylib
Warning: Unbrewed header files were found in /usr/local/include.
If you didn't put them there on purpose they could cause problems when
building Homebrew formulae, and may need to be deleted.

Unexpected header files:
    /usr/local/include/fakemysql.h
    /usr/local/include/fakepq.h
    /usr/local/include/fakesql.h
    /usr/local/include/itcl.h
    /usr/local/include/itcl2TclOO.h
    /usr/local/include/itclDecls.h
    /usr/local/include/itclInt.h
    /usr/local/include/itclIntDecls.h
    /usr/local/include/itclMigrate2TclCore.h
    /usr/local/include/itclTclIntStubsFcn.h
    /usr/local/include/mysqlStubs.h
    /usr/local/include/odbcStubs.h
    /usr/local/include/pqStubs.h
    /usr/local/include/tcl.h
    /usr/local/include/tclDecls.h
    /usr/local/include/tclOO.h
    /usr/local/include/tclOODecls.h
    /usr/local/include/tclPlatDecls.h
    /usr/local/include/tclThread.h
    /usr/local/include/tclTomMath.h
    /usr/local/include/tclTomMathDecls.h
    /usr/local/include/tdbc.h
    /usr/local/include/tdbcDecls.h
    /usr/local/include/tdbcInt.h
    /usr/local/include/tk.h
    /usr/local/include/tkDecls.h
    /usr/local/include/tkPlatDecls.h
Warning: Unbrewed .pc files were found in /usr/local/lib/pkgconfig.
If you didn't put them there on purpose they could cause problems when
building Homebrew formulae, and may need to be deleted.

Unexpected .pc files:
    /usr/local/lib/pkgconfig/tcl.pc
    /usr/local/lib/pkgconfig/tk.pc
Warning: Unbrewed static libraries were found in /usr/local/lib.
If you didn't put them there on purpose they could cause problems when
building Homebrew formulae, and may need to be deleted.

Unexpected static libraries:
    /usr/local/lib/libtclstub8.6.a
    /usr/local/lib/libtkstub8.6.a
```

## 方法2：Homebrewでインストールする
以下のコマンドでインストールする。

```
$ brew tap homebrew/science
$ brew install R
```

OpenBLASを使う場合は、

```
$ brew tap homebrew/science
$ brew install openblas --build-from-source
$ brew install R --with-openblas
```

### メリット
* `$ brew doctor`したときにWarningが出ない
* 自分でビルドしたOpenBLASを使える

### デメリット
* インストールに時間がかかる
* gccを入れる必要がある


### なぜgccがデメリットなのか
HomebrewにあるRはgccに依存している。Fortranを使う関係で、macOSに標準で入っているclangではダメっぽい。

gccのインストール/アップデートにはありえないくらい時間がかかる。しかも、gccは結構頻繁にアップデートされるので、`$ brew upgrade`を気軽に実行できなくなってしまう。


## おまけ：Rが起動しない？
だいたいXQuartzがインストールされていないせい。以下からバイナリを拾ってインストール。

http://xquartz.macosforge.org/landing/

## おまけ：RStudioのインストール
公式サイトのMac用バイナリをダウンロード。dmgを開いてRStudio.appを`/Applications/`にコピー。

http://www.rstudio.com/products/rstudio/download/