任天堂の歴史（にんてんどうのれきし）では、任天堂の歴史を記述する。

任天堂は1889年に山内房治郎が「山内任天堂」を創業し、手作りの花札を製造したことから始まった。創業以来、任天堂は京都府京都市に本社を置いている。1929年から1949年まで山内積良が社長を務め、その後山内溥が引き継いだ。山内溥の任天堂はウルトラハンドなどの玩具を製造し、ラブホテルの運営も行った。1970年代から1980年代にかけて、アーケードゲームや関連アクセサリー、カラーテレビゲームシリーズの家庭用ゲーム機、ゲーム&ウオッチシリーズの携帯型ゲーム機を製造した。

1977年に宮本茂が任天堂に入社し、1981年にはアーケード向けドンキーコングを制作。同作は任天堂初の国際的ヒット作であり、同社のマスコットキャラクターであるマリオの誕生につながった。1983年のアタリショック後、任天堂は日本国内で発売されたファミリーコンピュータ（1983年）欧米では1985年に「Nintendo Entertainment System（NES）」として発売し、市場の空白を埋めた。ファミリーコンピュータ向けの革新的なゲームのスーパーマリオブラザーズ（1985年）やゼルダの伝説（1986年）は、宮本茂と手塚卓志によって設計され、ゲーム業界に大きな影響を与えた。

1989年には携帯型ゲーム機「ゲームボーイ」、1990年には家庭用ゲーム機「スーパーファミコン」北米では1985年に「Super Nintendo Entertainment System（SNES）」が成功を収めた。一方で、セガとの激しい競争も展開された。1992年から2016年まで任天堂はアメリカの野球チーム「シアトル・マリナーズ」を所有していた。1995年に発売された立体視対応携帯型ゲーム機「バーチャルボーイ」は人気が出ず、経済的な失敗に終わった。1996年には3Dグラフィックス対応の「NINTENDO 64」を発売し、影響力のあるローンチタイトル『スーパーマリオ64』を発表した。また、1990年代から始まった『ポケットモンスター』シリーズは世界的な成功を収めている。

2001年には「ゲームボーイアドバンス」が成功したが、同年発売された家庭用ゲーム機「ニンテンドー ゲームキューブ」はコアなファンには支持されたものの、ソニーの「PlayStation」やマイクロソフトの「Xbox」といった競合機種と比較して販売成績は振るわなかった。2002年には山内溥が退任し岩田聡が社長に就任。岩田はタッチスクリーン搭載携帯型ゲーム機「ニンテンドーDS」（2004年）やモーションコントロール対応家庭用ゲーム機「Wii」（2006年）の発売を指揮し、大成功を収めた。これにより任天堂はカジュアルゲーマーや非ゲーマー層をターゲットとする方向へ舵を切り、一時的にソニーやマイクロソフトとの競争から離れた。『Wii Sports』（2006年）は同社史上最も売れたゲームとなっている。

2011年には立体視対応携帯型ゲーム機「ニンテンドー3DS」が成功したが、2012年発売の家庭用ゲーム機「Wii U」は販売不振に終わり、同社の将来性が問われることとなった。この影響で岩田はモバイルゲーム市場への参入を決断。また彼は2015年に死去するまで、「据置型と携帯型」のハイブリッド型ゲーム機「Nintendo Switch」（2017年）の開発も主導した。その後、君島達己が2018年まで社長を務め、現在は古川俊太郎がその役割を担っている。

 花札の製造（1889年-1949年） 

 
任天堂は、1889年9月23日に山内房治郎によって京都府京都市下京区で「山内任天堂」として創業された。当初は「任天堂骨牌（にんてんどうこっぱい）」という名称で、日本の伝統的な花札を製造・販売していた。「任天堂」という名前は「運を天に任せる」という意味だと一般的に考えられているが、それを裏付ける歴史的記録は存在しない。

花札は当時禁止されていた西洋式トランプの代替品として人気を集めた。任天堂の花札が評判を呼び、山内は助手を雇い大量生産を開始した。任天堂は機械印刷を早期に導入し、コスト削減と品質向上を実現することで市場での競争力を高めた。大手タバコ会社との提携も花札の普及に貢献し、任天堂は市場での地位を確立した。さらに、賭博が禁止されていた当時、数字や価値を示すものがなかった花札は当局に黙認され、ヤクザが高額な花札賭博場を設けるようになり、主要な顧客となった。

山内房治郎には家業を継ぐ息子がいなかったため、婿養子制度に従い、娘婿である金田積良を養子に迎えた。積良は妻の姓である山内姓を名乗り、1929年に山内房治郎が引退すると社長に就任した。1933年、山内積良は他社との合弁事業を設立し、会社名を「山内任天堂合名会社」に改名した。

1945年、第二次世界大戦中にアメリカ軍が新たに開発した核兵器を日本の都市に使用する準備を進める中で、任天堂本社は壊滅の危機に瀕した。同年6月には京都が攻撃対象都市として最有力候補となったが、当時のアメリカ陸軍長官ヘンリー・スティムソンが京都への敬意から候補地から除外した。（日本への原子爆弾投下も参照）

1947年、山内積良は京都市東山区今熊野東瓦町に「株式会社丸福」を設立し、花札やその他の種類のカード類の流通業務を担当させた。積良にも娘しかおらず、再び娘婿である稲葉鹿之丞（後に山内鹿之丞と改名）を養子とした。しかし鹿之丞は家族と会社を捨てたため、その息子である山内溥が祖父母によって育てられ、後に父親ではなく溥が会社を継ぐこととなった。

 ディズニーとの提携と株式上場（1949年-1966年） 
 
 
1949年、山内溥は東京の早稲田大学に在学していたが、祖父が重篤な脳卒中を患ったため、大学を中退し任天堂の社長に就任した。1950年、山内は「株式会社丸福」を「任天堂かるた株式会社」に改名し、1951年には「任天堂骨牌株式会社」と改名した。1953年、任天堂は日本で初めてプラスチック製トランプの製造に成功した。 

1956年、山内はアメリカを訪れ、U.Sプレイング・カード社（USPCC）との交渉を行った。同社はアメリカで最大のトランプメーカーであり、本社はシンシナティにあった。しかし、工場を視察した際、世界最大のトランプ会社が小規模な工場で運営されていることに衝撃を受けた。この経験を通じて、山内はトランプの限界を認識するようになった。

1958年、任天堂はディズニーと提携し、ディズニーキャラクターをトランプに使用する許可を得た。それまで、西洋式トランプは花札や麻雀と同様に賭博の道具と見なされていた。しかし、ディズニーキャラクターを活用し、トランプで遊べるゲームを解説する書籍を販売することで、日本の家庭に商品を普及させることができた。この提携は成功し、1年間で少なくとも60万セットのトランプが売れた。この成功を受けて、1962年に山内は任天堂を大阪証券取引所第二部に上場させた。 

1960年10月、山内は事業の多角化を目指して、タクシー会社のダイヤ交通株式会社を設立し、約40台のタクシーを営業車両を保有していた。しかし、運転手の労働組合との交渉が決裂し、問題の解決が困難だったため、1969年11月にダイヤタクシーは名鉄グループに売却され、名鉄交通となった。その後、2004年にはヤサカグループに売却され、ヤサカ交通になった。

1963年、山内は「任天堂かるた株式会社」を「任天堂株式会社」に改名した。新たに得た資金を活用し、食品会社（インスタントライスなどの商品ライン）、掃除機の「チリトリー」などの事業にも進出した。これらの事業はすべて失敗したが、一部の玩具製造事業だけが成功した。これはトランプ販売時代から得た経験に基づいていた。 

1964年、日本が東京オリンピックによる経済ブームを迎える中で、トランプ事業は飽和状態に達した。日本の家庭ではトランプ購入が減少し、任天堂株価は900円から60円に暴落した。 

1965年、任天堂は横井軍平を生産ラインの保守技術者として採用した。しかし横井はすぐにコンベヤーベルト修理以上の才能で知られるようになった。

 玩具会社としての新たな挑戦（1966年-1972年） 
1960年代、任天堂は日本の玩具業界で生き残りをかけて奮闘していた。当時の玩具市場はまだ小規模であり、すでにバンダイやトミーといった大手企業が支配していた。玩具の製品寿命が一般的に短いことから、任天堂は新製品を迅速に投入する戦略を採用し、新たな重要な時代の幕開けとなった。 

1966年、山内溥が任天堂の花札工場を訪れた際、整備技師である横井軍平が暇つぶしで作っていた伸縮式のアーム型玩具を目にした。山内はこれをクリスマス商戦向けの商品として開発するよう命じた。この製品は「ウルトラハンド」として発売され、任天堂初期の大ヒット商品となり、数十万台以上が販売された。山内は横井の才能を見抜き、生産ラインから外して商品開発に専念させた。 

 
横井は電気工学の背景を持ち、電子玩具の開発に非常に優れていることがすぐに明らかになった。これらの電子玩具は従来の玩具よりも新規性が高く、任天堂は各製品に対して高い利益率を設定することができた。横井はその後も多くの玩具を開発し、「テンビリオン」や野球ボール投げ機「ウルトラマシン」、そして「ラブテスター」などが生まれた。 

1970年、任天堂は初の太陽光発電式光線銃「任天堂ビームガン」を発売した。この製品は家庭用として市販された初めての光線銃であり、シャープとの提携によって製造された。 

1972年には、プログラム可能なドラムマシン「エレコンガ」を発売した。この製品は円盤型パンチカードを使用して事前プログラムされたリズムを再生し、ユーザーが異なるパターンをプログラムすることも可能だった。 

 アーケードゲーム、カラーテレビゲーム、ゲーム&ウオッチの時代（1972年-1982年） 
 
1972年に発売された世界初の市販ゲーム機であるマグナボックス・オデッセイには、光線銃アクセサリー「シューティングギャラリー」が付属していた。これが任天堂のビデオゲームへの初めての関与であった。『International Journal of Computer Game Research』によると、1971年に任天堂は、アメリカの先駆者であるマグナボックスと提携し、オデッセイ（1972年発売）用の光電子銃を開発・製造した。この技術は1970年代の日本玩具市場で任天堂が提供していたものと類似していた。 

1973年、任天堂は家族向けのアーケード市場に焦点を移し、「レーザークレー」を発表した。このシステムは、任天堂の「光線銃」シリーズ玩具で使用されていた光線銃技術を活用し、廃業したボウリング場に設置された。一定の成功を収めたものの、レーザークレは高額なコストと同年の第一次オイルショックによる経済不況が原因で閉鎖された。しかし、この取り組みにより任天堂は新たな市場を創出した。 

その後、任天堂はビデオゲーム市場にも参入した。最初のステップとして、1974年にマグナボックス・オデッセイの日本国内販売権を取得し、1975年には初のビデオアーケードゲーム『EVRレース』を発売した。 

1977年には、三菱電機と共同開発した家庭用ゲーム機「カラーテレビゲーム6」および「カラーテレビゲーム15」を発売した。これらの名称は、それぞれに含まれるゲーム数を示している。 

1980年代初頭には、任天堂のビデオゲーム部門が横井軍平によって率いられ、有名なアーケードゲームが多数制作された。その中でも大ヒット作となった『ドンキーコング』は宮本茂によって設計され、1981年にアーケードで発売された。その後すぐに家庭用版が発売され、コレコによってAtari 2600やインテレビジョン、コレコビジョン向けに移植された。他にも『ドンキーコングJR.』『スカイスキッパー』『マリオブラザーズ』『ドンキーコング3』などが家庭用ゲーム機向けに移植された。 

任天堂は家庭用ゲーム市場に注力するようになり、日本国内では1985年末までにアーケードゲームの製造・販売を終了し、1989年2月28日には日本アミューズメントマシン工業協会（JAMMA）から脱退した。 

ドンキーコングの発売後、ユニバーサル・ピクチャーズが著作権侵害として訴訟を起こしたが、『キングコング』というキャラクターは実際にはパブリックドメインであったため裁判所は任天堂側を支持した。この裁判（ユニバーサル・シティ・スタジオ対任天堂裁判）で勝訴したことを受けて、任天堂は担当弁護士であるジョン・カービィに感謝としてドンキーコングという名前の船（3万ドル相当）と「帆船名として独占的な世界的使用権」を贈り、『カービィ』というキャラクター名も彼にちなんで命名された。 

アーケードゲームに加え、任天堂は消費者向け携帯型ゲーム市場にも挑戦していた。それが横井軍平によって作られた携帯型ゲーム機「ゲーム&ウオッチ」シリーズである。このシリーズは1980年から1991年まで製造され、それぞれ単一のLCD画面上で遊べる一つのゲームと時計またはアラーム機能を備えている。これは初めて大きな成功を収めた任天堂製品であり、世界中で4,340万台以上が販売された。

 ファミリーコンピュータとNintendo Entertainment Systemの時代（1982年-1989年） 
 
 
1982年、任天堂は「Advanced Video System（AVS）」というプロトタイプシステムを開発した。このシステムにはコントローラ、テープドライブ、ジョイスティック、光線銃などのアクセサリーが含まれ、簡易的な家庭用コンピュータとしても使用可能だった。しかし、このシステムは発売されず、現在はニューヨークのNintendo World Storeで展示されている。 

1983年7月、任天堂は日本で初のカートリッジ交換型家庭用ゲーム機「ファミリーコンピュータ（ファミコン）」を約1万円で発売した。発売から2か月で50万台以上を売り上げたが、一部のゲームでフリーズする問題が発生し、不良チップが原因と判明したため、任天堂は店頭在庫すべてを回収する決断を下した。この対応には約50万ドルの費用がかかった。 

その後、任天堂はファミコンを改良し、アメリカ市場向けにNintendo Entertainment System（NES）としてリリースする準備を進めた。当初、任天堂はアメリカ市場での経験が乏しかったため、1983年にアタリと販売契約を結ぼうとした。しかし、ドンキーコングを巡るコレコとのトラブルが原因で交渉が破談となり、アタリは任天堂のゲーム機を支援しないことを決定した。 

1983年から1985年にかけて、北米市場ではビデオゲーム売上が97%減少する大規模な不況に見舞われた。このビデオゲーム業界の崩壊（日本では俗に「アタリショック」として知られる）は、多数の競合家庭用ゲーム機や低品質なゲームソフトの氾濫、家庭用コンピュータとの競争、インフレーション、そしてメーカーが自社コンソール向けゲーム販売を管理できなくなったことなど、さまざまな要因によって引き起こされた。この崩壊によりアメリカ市場では大多数の企業が撤退し、日本国内でのビデオゲーム販売が主流となった。

1980年代半ば、任天堂は北米市場で成功を収めるため、アタリや他のメーカーが犯した過ちを繰り返さないことを決意した。任天堂は、自社のコンソール向けに合法的に発売されるゲームに対して厳格な監視を行う方針を採用し、その結果「」が導入されることとなった。このシールは、任天堂のコンソール向けに発売されるすべてのゲームに付けられ、品質保証を示すものだった。

1984年から2004年まで、任天堂の社員は4つの研究開発（R&D）部門に分かれていた。1984年に設立された「第4開発部」は、宮本茂が率いる社内ゲーム開発チームであり、多くの内部開発ゲームを手掛けた。この部門は2004年に「任天堂情報開発本部（EAD）」と改名された。 

 
1985年、任天堂はファミリーコンピュータ（ファミコン）を世界展開することを発表し、異なるデザインで「Nintendo Entertainment System（NES）」という名称で発売した。任天堂はビデオゲームに対する悪評を払拭するため、NESをゲームと接続するファミリーコンピュータ ロボットと共に発売するという創造的な戦術を採用した。また、最高品質のゲームがサードパーティー開発者によってローカライズされるよう保証するため、Nintendo of Americaはサードパーティー開発者が1年間にリリースできるゲーム数を5本に制限した。しかし、最初のサードパーティー企業であるコナミは、このルールを回避するためにスピンオフ企業「」を設立し、年間追加ゲームをリリースした。他のメーカーも同様の戦術を採用するようになった。また1985年には、日本でファミコン向けに『スーパーマリオブラザーズ』が発売され、大成功を収めた。同作はアメリカでも発売され、ビデオゲーム業界を復活させた。この作品は2014年に『マリオカート8』が発売されるまで、任天堂およびマリオシリーズで最も成功し人気のあるゲームとなった。 

任天堂は1985年10月18日にニューヨーク地域でNESのテストマーケティングを実施した。その後、1986年2月にはロサンゼルスでテストが行われ、続いてシカゴやサンフランシスコでも実施された。同年末までには全国展開が行われ、15本のゲーム（別売り）が提供された。アメリカとカナダでは競合他社よりも圧倒的に売上を伸ばした。また1986年には、『メトロイド』と『ゼルダの伝説』が発売され、高い評価を受けた。 

1988年、Nintendo of Americaは月刊ニュースおよび攻略情報誌『』を発表した。同誌は新しいゲームを宣伝する役割も果たしていた。初号は7月/8月号であり、『スーパーマリオブラザーズ2』（日本では『スーパーマリオUSA』）が特集された。『』は2012年12月号をもって刊行終了となった。

 ゲームボーイ、スーパーファミコン、バーチャルボーイの時代（1989年-1996年） 
 
 

1989年、任天堂はゲーム&ウオッチでの成功を背景に、横井軍平が開発した携帯型ゲーム機のゲームボーイを発売した。同時に『テトリス』も同梱された。価格の手頃さ、ゲーム内容、そして耐久性（のMicrovisionのような画面焼けや不具合がなかった）により、ゲームボーイシリーズは最終的に1億1800万台を販売した。『スーパーマリオランド』も同時に発売され、全世界で1400万本を売り上げた。また1989年には、ファミコンの後継機となる「スーパーファミコン」が発表された。 

ファミコン最後の主要ファーストパーティタイトルは『スーパーマリオブラザーズ3』であり、1990年初頭に北米で発売され、1800万本以上を販売した。この人気を受けて、同年にはDICエンターテインメントとによるテレビアニメ『』も放送された。 

スーパーファミコンは1990年11月21日に日本で発売され、大成功を収めた。発売3日以内に完売し、1991年6月までに160万台を販売した。1991年8月には「Super Nintendo Entertainment System」（SNES）の名称でアメリカでも発売され、その後1992年にはヨーロッパでも展開された。 

ファミコンと同様に、スーパーファミコンは当時としては高い技術仕様を持ち、そのコントローラも改良されていた。丸みを帯びた形状と4つの新しいボタンが追加されており、このデザインは現在の多くのコントローラにも影響を与えている。 

 
任天堂はスーパーファミコン用のCD-ROMアタッチメントの開発を開始した。このプロジェクトでは最初にソニーがパートナーとなり、スーパーファミコン用のSPCサウンドチップを提供していた。しかし最終段階で任天堂はソニーとの提携を解消し、代わりにフィリップスと提携することを決定した。この結果、CD-ROMアタッチメントは製造されなかったが、『ゼルダの伝説』シリーズなどいくつかの任天堂タイトルがフィリップス製メディアコンソール「CD-i」向けに登場した。一方でソニーは独自に技術開発を続け、「PlayStation」として市場投入することとなった。この提携解消の理由については諸説あるが、一般的な説としてはソニーが利益配分や権利面で過剰な要求をしたためとされている。 

日本ではスーパーファミコンが市場を圧倒的に支配した。一方、アメリカでは発売開始が遅れたことや、新たなマスコットキャラクター「ソニック・ザ・ヘッジホッグ」を中心とした積極的なマーケティング戦略を展開したセガとの競争が激化し、市場シェアはファミコン時代の90～95%から約35%まで低下した。しかしその後、『スーパーマリオワールド』『ゼルダの伝説 神々のトライフォース』『ストリートファイターII』『ファイナルファンタジーシリーズ』などの人気タイトルによって北米市場でもセガ・ジェネシス（メガドライブ）を追い抜いた。スーパーファミコンの全世界累計販売台数は4910万台に達し、セガ・ジェネシス（約4000万台）を上回った

1989年、任天堂は連邦取引委員会（FTC）とニューヨーク州およびメリーランド州の司法長官による価格固定の訴えに直面した。任天堂は、小売業者がNESの価格を下げた場合に出荷を停止すると脅したとされる。この件について、任天堂は1991年に和解し、約3000万ドル相当の費用が発生した。

1992年7月31日、Nintendo of Americaはアーケード機器の製造を終了すると発表した。同年、横井軍平率いる第1開発部は、新しい立体視3Dゲーム機「バーチャルボーイ」の計画を開始した。また、山内溥は1992年にシアトル・マリナーズの株式を取得し、経営に参加した。

1993年、任天堂は64ビットコンソール「プロジェクト・リアリティ」（後に「ウルトラ64」と命名）を発表。この新システムは完全な3D環境とキャラクターをレンダリング可能であるとされた。ウルトラ64の名称は『Killer Instinct』や『Cruis'n USA』などのアーケードゲームで使用されたが、「Ultra」という商標がコナミに帰属していることが判明し、1995年に最終的な名称を「NINTENDO 64」に変更した。NINTENDO 64は1996年に発売され、『スーパーマリオ64』などが公開された。

1994年、1985年に発売されたファミコン以来、多くの年にわたり任天堂の製品がマテルによってオーストラリアで販売されていたが、任天堂はオーストラリア本社を設立した。初代の業務担当者は、マテルオーストラリアのマネージングディレクターであったグラハム・ケリーと、Nintendo UK Ltd.の田中進だった。

 
1995年、任天堂は日本でバーチャルボーイを発売した。このゲーム機は販売不振で、50万台未満の売上にとどまった。しかし、任天堂は希望を持ち続け、いくつかのファミコンゲームを追加でリリースし、アメリカでの発売を試みたが、これもまた失敗に終わった。

1995年にはセガが32ビットの『セガサターン』を導入し、任天堂は新たな競争相手を迎えた。一方で、新参のソニーは32ビットの『PlayStation』を導入。ソニーは激しいマーケティングキャンペーンを展開し、任天堂とセガの市場シェアを切り崩し始めた。

 NINTENDO 64とゲームボーイカラーの時代（1996年-2001年） 
 

1996年6月23日、日本でNINTENDO 64が発売され、初日に50万台以上を売り上げた。1996年9月29日、北米でNINTENDO 64が発売され、初回出荷分の35万台が完売した。

任天堂の極めて競争的な状況は、多くのサードパーティ企業が、任天堂の競合製品向けに主力ゲームを即座に開発・発売したことによって加速した。これらのサードパーティ企業の多くは、カートリッジ形式と比較して、CD形式の方が開発費と製造コストが安価であると主張した。

任天堂はその後、ゲームボーイの小型版であるゲームボーイポケットを発売した。これは横井軍平が同社のために設計した最後の製品となった。ゲームボーイポケットの発売から1週間後、横井軍平は任天堂での役職を辞任した。その後、彼は競合する携帯ゲーム機WonderSwanの開発を支援した。

1996年、日本でゲームボーイ用ソフト『ポケットモンスター』が発売され、爆発的な人気を博した。田尻智によって制作されたポケットモンスターは、アメリカ、ヨーロッパ、日本で非常に人気となり、一時期、任天堂はゲーム業界における最高の地位を取り戻した。

1997年、横井軍平が交通事故により56歳で亡くなった。同年、欧州経済共同体（EEC）は、任天堂に対してサードパーティ製ライセンス契約を大幅に改訂するよう要求した。この判決により、任天堂はライセンスが発売可能なゲームの数を制限すること、ゲームに事前承認を要求すること、サードパーティ製ゲームを任天堂のみが製造することを義務付けることができなくなった。 

1998年10月21日、日本でゲームボーイカラーが発売され、その1か月後に北米とヨーロッパでも発売された。

『ゼルダの伝説 時のオカリナ』は、NINTENDO 64向けに1998年に発売された完全3Dグラフィックスエンジンを初めて採用した『ゼルダの伝説』シリーズの作品である。これにより、「コンテキスト感応型ボタン」というが普及した。このメカニクスでは、ゲーム内のプレイヤーの場所に応じてコントローラのボタンが複数の異なる用途を持つことが可能となる。また、「カメラロックオン」も採用され、これにより特定の敵を中心としてカメラが3D空間で回転するようになり、敵との戦いが容易になった。『』は2012年に、これらの追加要素が時のオカリナを「直感的」に感じさせたと述べた。一方で「90年代中期から後期にかけての3Dアクションアドベンチャーゲームの大半はひどいプレイ感だった」と指摘している。ゲームは批評家から一斉に絶賛された。2025年現在、『ギネス世界記録』は時のオカリナを「史上最も批評家に絶賛されたビデオゲーム」として評価し、『Metacritic』における批評家の平均スコアは100点中99点であると記録している。

1998年、任天堂は次世代家庭用ゲーム機の『ニンテンドー ゲームキューブ』の開発を進めていた。当時は「Dolphin（ドルフィン）」というコードネームで呼ばれていた。任天堂は、アメリカのゲームプロデューサーであり、かつてアクレイム・エンタテインメントで活動していたと提携し、テキサス州オースティンを拠点とするゲーム開発スタジオレトロスタジオを設立した。スパンゲンバーグは同年初めにアクレイムを解雇された後、Nintendo of Americaと契約し、Dolphin向けの開発を行うことになった。任天堂はレトロの40,000平方フィートのスタジオに資金を提供した。その数年後には、スタジオの従業員数は約150人に達した。

1998年12月、任天堂はポルノ画像にリンクしていた「zelda.com」ドメイン名の所有者を訴えた。1999年12月、イリュージョニストのユリ・ゲラーは、自分の肖像がポケモンの種族『フーディン』に反映されていると主張し、任天堂を相手に6000万ポンドの訴訟を起こした。この訴訟は2003年に取り下げられたが、その後もゲラーは複数回訴訟を起こした。2020年、ゲラーはこの法的戦いについて謝罪した。

1999年、任天堂は64DDを発売した。これはディスクストレージ型の周辺機器で、NINTENDO 64がディスクベースのゲームをプレイできるようにするものである。同社は国際的なゲーム雑誌で数年間にわたりこのデバイスを宣伝し、「ゲームの遊び方を変える」と主張していた。しかし、64DDは日本でのみ販売され、対応したゲームはわずか7本しか制作されなかった。この周辺機器は主に「Randnet」というウェブサイトを通じて販売され、7本のゲームがすべてセットになったバンドルとして提供された。

Dolphinは1999年のE3で任天堂の次世代家庭用ゲーム機として正式に発表された。Nintendo of Americaの社長であるハワード・リンカーンは、このシステムが「ソニーがPlayStation 2向けに開発できるものをすべて上回るか、少なくとも同等である」と宣言した。翌年の任天堂スペースワールド 2000では、Dolphinについてのさらなる詳細が発表され、その正式名称がゲームキューブであることが明かされた。

2000年3月、任天堂は、との間で、コントローラのジョイスティックを回転させる5つのミニゲーム（1998年の『マリオパーティ』内のミニゲーム）のプレイ中に子供たちが手に負った怪我に関して、8000万米ドルの和解を行った。同社は将来的な怪我を防ぐため、ゲーム用手袋を配布した。2000年6月、任天堂は、香港で大量の海賊版任天堂ゲームを製造していた大手香港企業Apollo Ltd.を、香港の法執行機関によって閉鎖させたと発表した。

 ゲームボーイアドバンスとニンテンドー ゲームキューブの時代（2001年-2004年） 

 
任天堂は2001年3月21日に日本でゲームボーイアドバンスを発売し、その後6月に北米とヨーロッパで発売した。このシステムは従来のゲームボーイシリーズよりも大きな画面を持ち、ゲームボーイカラーよりも多くの色を表示できた。ゲームボーイアドバンスは、ゲームボーイおよびゲームボーイカラー用カートリッジとの下位互換性を持ち、未発売のDolphin用アクセサリーと同様に、「リンクケーブル」を使用してニンテンドー ゲームキューブに接続し、対応するゲームキューブ作品においてセカンドディスプレイとして利用可能だった。北米ではゲームボーイアドバンスは発売当初から非常に成功し、初月で約50万台を売り上げ、当時任天堂で最速の販売台数を記録した。

2000年代初頭、セガは1998年に発売され財政的に失敗したドリームキャスト家庭用ゲーム機の影響を受け、ゲーム機の製造を中止した。以降、セガはゲームの開発および販売に専念し、任天堂向けに開発会社のゲームをリリースするようになった。中でも注目すべきは、2002年にゲームボーイアドバンス向けに発売された任天堂ハード初の『ソニック・ザ・ヘッジホッグ』シリーズである『ソニックアドバンス』である。 

任天堂の主要な競争相手はソニーとなったが、両社は新たにマイクロソフトとも競争することになった。マイクロソフトは2001年に家庭用ゲーム機Xboxを発売した。

ニンテンドー ゲームキューブは、2001年9月14日に日本、2001年11月に北米、2002年5月にヨーロッパで発売された。システムは発売当初は好調であり、任天堂はPlayStation 2やXboxを上回るスタートだったと述べたが、その後の数か月間の売上は予想を下回った。これは、初期のライブラリに同梱されていた『ルイージマンション』（2001年）が期待外れと見なされたことや、システムのゲームラインナップが少なかったことが一因であった。さらに、ゲームキューブには内蔵のDVDプレイヤーが搭載されておらず、PS2にはDVD再生機能が含まれていた。一方で、DVDを再生できるゲームキューブの特別版『』は、日本限定で発売された。

ゲームキューブは従来の任天堂のゲーム機よりも人間工学に基づいたコントローラを備えており、持ち運びが容易なようにハンドルが付属していた。ゲームはディスク形式で発売され、理論上はNINTENDO 64の相対的な性能不足を補い、サードパーティの開発者をシステムに取り戻すのに十分な性能を持っていた。しかし、MiniDisc形式が採用され、海賊版を防ぎ、DVDフォーラムコンソーシアム（ゲームディスクなどのDVD技術を開発した団体）への支払いを避けるために使用された。このため、ゲームキューブのディスクは1.6ギガバイトのデータしか保存できず、任天堂の競合他社と比較して再び性能が劣ることとなった。

このシステムを開発する中で、任天堂はLCD画面を含む周辺機器を製作した。この周辺機器は、ゲーム機自体に接続されたモニターとは別にゲーム用のセカンドディスプレイとして機能し、3次元映像を表示することが可能であった。これはバーチャルボーイに似たものであった。任天堂の開発者は、この周辺機器上でルイージマンションを動作させることに成功したが、大量生産は同社にとってコストが高すぎるため断念された。

 
2002年1月、荒川實がNintendo of Americaの社長を辞任し、後任として君島達己が任命された。2002年5月、山内溥が任天堂の社長を退任し、その後任として岩田聡が任命された。

ゲームキューブは技術的な進歩を遂げていたにもかかわらず、サードパーティは全般的に同機種を避け続けた。任天堂はシステム発売に向けた準備期間中、ソフトウェア開発キット（SDK）をサードパーティの開発者に提供するのが遅れた。後にギャビン・レーンは『Nintendo Life』にて、ゲームキューブが苦戦した理由として、任天堂が過去のハード所有者という高年齢層を抱えながらも、引き続き若年層を対象にしていたことを挙げた。一方、ソニーは「子供じみたものから距離を置きたいと願う不安な十代」をうまく取り込むことで、PS2の成功を遂げたと分析した。また、ゲームキューブ版『ゼルダの伝説 風のタクト』（2002年）のアニメ調のグラフィックや、本体に付属した持ち運び用のハンドルも、ゲームキューブが子供向けのものであるという印象を強め、サードパーティが敬遠する理由の一つとなった。

ゲームキューブは競合他社のゲーム機と比較して、顕著な差別化要素に欠けていたが、『大乱闘スマッシュブラザーズDX』（2001年）や『スーパーマリオサンシャイン』（2002年）といった独占タイトルが称賛された。『メトロイドプライム』（2002年）は、レトロスタジオが完成させた初のゲームであり、それまでいくつもの未完成プロジェクトに取り組んでいた同スタジオを破産から救った。任天堂はリスクを冒して同スタジオに『メトロイド』シリーズの開発を託し、『プライム』は成功を収めた。同作は後に複数の出版物により「史上最高のゲームの一つ」と評価された。これによりレトロスタジオの将来は確保され、同スタジオは『メトロイドプライム2 ダークエコーズ』（2004年）の開発に着手した。

2002年9月、任天堂は、『スーパードンキーコング』等の開発を手掛けたレアの株式の49%をマイクロソフトに売却した。これにより、レアはXbox向けにゲームを開発することになった。この動きは、セカンドパーティの開発に依存しないという任天堂の戦略の一環であった可能性が高い。代わりに、ハル研究所のような子会社をより有効活用し、山内溥が構築を始めた金融的な「戦費」を用いてサードパーティの開発に資金を提供するという方針に転換した。レアはまた、2001年と2002年の任天堂の利益にほとんど貢献していなかった。業界評論家やレアのデザイナーであるは、後に任天堂がスタジオを売却した決定を批判した。その理由として、レアがオリジナルのXboxおよびXbox 360でリリースした作品が期待外れであるか、任天堂が貴重な資産を手放したと考えているからである。

任天堂の積極的なビジネス手法は、2002年10月に欧州委員会により問題視された。同委員会は、任天堂が少なくとも1990年代初期に遡るとして価格操作を行っていたと判断した。この結果、任天堂に対し1億4900万ユーロもの巨額の罰金が科されることになった。これは同委員会の歴史の中でも最大級の独占禁止法違反に対する罰金であった。 

 
この時代において、任天堂は携帯型ゲーム市場での売上によって支えられていた。同社は携帯型ゲーム市場を「実質的に独占」していた。2003年1月、ゲームボーイアドバンスの改良版である『ゲームボーイアドバンスSP』が発表され、日本では2月、アメリカでは3月に発売された。一方、フィンランドの技術企業ノキアが開発した携帯型ゲーム機N-Gageが2003年10月に発売され、ゲームボーイアドバンスと競合しようとしたが、商業的には失敗に終わった。 

2003年夏、任天堂はゲームキューブの生産を一時停止した。同社は倉庫に蓄積されていた在庫を販売する必要があったためである。同時期、岩田聡社長は、2002年の業界全体のビデオゲーム売上の減少に対応するため、「ますます高度化し、時間がかかるゲーム」制作をやめる方針を発表した。また、Xboxとの競争も始まっていた。 
Nintendo of Americaは、2003年のホリデーシーズン向けにゲームキューブの販売に1億ドルを投入し、価格を99.99ドルに引き下げた。これはXboxやPS2の179.99ドルよりも大幅に安価であった。しかし、この変更にもかかわらず、ゲームキューブは当時任天堂で最も売上が売れないゲーム機となり、PS2には大きく差をつけられた。PS2は1億1800万台を売り上げたのに対し、ゲームキューブは2100万台にとどまった。

サードパーティ開発会社カプコンは、任天堂と「比較的緊密な関係」を築いてきた歴史を持つ。同社は『バイオハザード4』（2005年）を発売時にゲームキューブ独占タイトルとした。この作品は、2002年12月にカプコンが発表した「」の一つであり、カプコンが発表した5つのゲームがゲームキューブ独占タイトルになると約束されたものだった。しかし、Luke Plunkettは『Kotaku』において、2003年1月になってこの約束が「任天堂への企業の善意によるものではなく、広報の誤解による結果」であることが明らかになったと述べた。カプコンはバイオハザード4以外の4つのゲームがマルチプラットフォームを計画していると表明した。最終的にはバイオハザード4もPS2で発売された。

 
2003年、任天堂は中国系アメリカ人科学者と共同で、iQueという会社を設立した。この会社は、任天堂の公式ゲームを中国本土内で製造および販売するための合弁事業であった。2000年、中国の文化部が国内でゲーム機の販売を禁止していた。この結果、国内のビデオゲーム販売は偽造コンソール上で動作する海賊版ゲームに占められるようになった。任天堂は自社ゲームの海賊行為に対抗するため、iQueを設立し、中国独占のゲーム機である『iQue Player』向けに合法的なゲームを販売するため政府と協力した。しかし、iQue Playerで発売されたゲームはわずか14タイトルにとどまり、販売面でも海賊行為への対抗という面でも成功を収めることはなかった。しかし、iQueは現在も中国で任天堂のゲームを販売している。2011年までに文化部による禁止はほとんど形骸化し、ソニーやマイクロソフトは他国と同様に自社のゲーム機を販売し始めた。

同じく2003年、レジナルド・フィサメィ（後のNintendo of Americaの社長兼CEO）が、同社のアメリカ部門において営業およびマーケティング担当上級副社長として入社した。それ以前は、パンダエクスプレス、ピザハット、プロクター・アンド・ギャンブルなどの企業でマーケティングチームに所属していた。

 ニンテンドーDSとWiiの時代（2004年-2011年） 

 
2004年、岩田聡は任天堂の組織を再編し、それまで存在していた4つの研究開発部門を廃止し、新たに4つの部門を設立した。この中で、宮本が引き続き率いる任天堂情報開発本部（EAD）は存続し、8つのチーム（情報開発本部は1から8）に分割され、それぞれが独立してゲーム開発を行う体制となった。それ以前の研究開発1部と2部に所属していた社員は情報開発本部に統合された。また、ハードウェア開発を担当する2つの部門が設立された。統合開発本部（IRD）は据置型ゲーム機を、研究開発本部（RED）は携帯型ゲーム機を担当した。さらに、企画開発本部（SPD）が設立され、情報開発本部チームよりも小規模なタイトルの開発や、京都本社外に拠点を置く社内チームによる外部第一パーティー開発の監督を行った。この組織構造は2015年まで続いた。 

任天堂のプレスカンファレンスで、岩田が「Revolution」というコードネームを持つゲームキューブの後継機を発表した。この後継機は最終的に「Wii」と命名された。Revolutionの開発はゲームキューブの発売直後に始まり、「小型で静かで手頃な価格」のゲーム機として設計された。グラフィック性能を優先したものではなかった。岩田は、ゲーム機にとってグラフィックは重要ではなく、そのタイトルのゲームプレイこそが「ゲーム革命」を引き起こすと主張した。

任天堂はまた、E3でニンテンドーDSという携帯型ゲーム機を発表した。このシステムは上下に配置された2つの画面でゲームを表示することができ、一方または両方の画面を使用可能である。使用しないときは折りたたむことが可能である。このDSは以下の特徴を持つと発表された。Wi-Fiを利用して近くの15台のデバイスと無線で通信可能である、新しい3Dグラフィックスエンジンをサポートする、近くのデバイスがゲームを実行している場合は無線接続を通じて所有していないゲームのマルチプレイヤーモードがプレイ可能である、近くのデバイスからメッセージを受信可能である、そしてゲームボーイアドバンスのカートリッジもプレイ可能である。また、マイクが搭載されており、DSのゲームと音声でやり取りできる機能も詳細に説明された。トニー・スミスは『』で、この新しい接続性の特徴が「任天堂がゲーム機を超え、一般的な若者向けの通信デバイスを目指していることを示唆している」と記した。任天堂によれば、100の開発会社がこのDS向けにゲームを開発する契約を結んでいるという。
2004年9月、任天堂はニンテンドーDSを11月21日にアメリカで発売すると発表した（価格は$149.99）。その後、日本、2005年第1四半期にはヨーロッパとオーストラリアで発売される予定だった。『IGN』は、アメリカでの発売は同国での消費者の期待が大きかったためであり、2004年のアメリカのホリデーシーズンを活用する狙いだったと報じた。また、DSはゲームボーイアドバンスのゲームをプレイできるものの、リンクケーブル用のポートが含まれていないため、ゲームボーイアドバンスのシステムリンクを使ったマルチプレイヤーモードは利用できないことも明らかにされた。ニンテンドーDSには、周囲のDS同士でテキストやイラストを送受信できるメッセージングアプリ『PictoChat』がすべてのデバイスにプリインストールされており、このアプリが先述の無線通信機能として発表された。任天堂はシステム向けに20本のゲームを開発中であると述べた。

任天堂はニンテンドーDSを10代から20代の若者向けに位置づけ、この新しい層が同デバイスを従来の子供向けと認識しないよう努めた。アメリカではDSの発売前に、性的ニュアンスを含むテレビコマーシャルが一連の広告として放送され、「Touching is Good（タッチすることは良い）」というタグラインが用いられた。

任天堂はニンテンドーDSの予約注文数の多さに圧倒された。2004年11月2日、同社はシステムの追加予約を停止した。11月15日に報じられたところによると、200万台のハンドヘルドが予約された一方で、任天堂は発売時点で100万台しか用意していなかった。この時点で、中国の2つの工場がDSの生産に割り当てられていたが、11月16日に任天堂は需要に対応するため第3の工場を追加したと報じられた。

DSは7本のローンチタイトルと共に発売された。そのうち2本は任天堂が開発したもので、『Metroid Prime Hunters: The First Hunt』（2006年のゲーム『メトロイドプライム ハンターズ』の体験版）と、スーパーマリオ64をリメイクした『スーパーマリオ64DS』である。その直後、ソニーが2004年12月に日本でPlayStation Portableを発売し、ハンドヘルド分野での競争が始まった。

2005年5月14日、任天堂は一般顧客が利用可能な初の小売店舗「Nintendo World Store」をニューヨークのロックフェラーセンターに開設した。この店舗は2階建てで、ゲームキューブ、ゲームボーイアドバンス、ニンテンドーDSのゲームが多数プレイ可能なキオスクが設置されていた。また、任天堂の歴史を感じられる展示ケースには、花札なども含まれていた。オープンを祝うため、ロックフェラープラザでブロックパーティーが開催された。

2005年5月17日、で任天堂はRevolutionのデザインを公開したが、最終的なモーション操作対応コントローラはまだ披露されなかった。同社はこのゲーム機が2006年に発売されると発表したが、これは2005年末に発売されたXbox 360やPlayStation 3の後になることが注目された。RevolutionはWi-Fiを介したオンラインゲームを提供し、ゲームキューブのゲームもプレイ可能であるとされた。岩田は、システムは「大きな予算よりも大きなアイデアが勝る場所になる」と述べた。Neal Ronaghanは後に『Nintendo World Report』で、振り返ってみるとこれはシステムのモーション操作対応ゲームを指していた可能性が高いと記した。同社はDSとRevolutionの計画について、任天堂の伝統的なユーザー層だけでなく、より広いカジュアルゲーマー層をターゲットにしたゲームを作ることを目指していると述べた。また、ゲームボーイミクロも発表された。これはより小型化され、より明るい画面を持つGBAのバージョンで、フェイスプレートが簡単に取り外され、異なるデザインに交換可能な特徴があった。ミクロはその秋に発売されるとされた。

2005年9月16日、東京ゲームショウにおいて、任天堂はRevolutionのコントローラのデザインを公開した。このコントローラは後にWiiリモコンと命名され、リモコンのような形状をしており、取り付け可能なジョイスティックと併用することができた。このジョイスティックは後にヌンチャクと呼ばれることになった。コントローラは、テレビのリモコンのように縦に持つことも、従来型のゲームコントローラのように横に持つことも可能であった。任天堂はこれが従来のゲーマーとカジュアルゲーマーの双方に理解されやすいように設計されているとし、内蔵されたジャイロスコープによりゲーム内で動きを操作できるようにすると述べた。『The Register』は、このコントローラが任天堂がソニーやマイクロソフトとの競争から離れ、「ハードコアゲーマー向けに強く訴求されるであろうコンソール」から距離を置く方向を示しているように見えると記した。

2006年1月、任天堂はニンテンドーDSの新バージョンであるニンテンドーDS Liteを発表した。このバージョンはハンドヘルドの発売以来開発されていたもので、オリジナルモデルよりも3分の2小型化され、20%軽量化されており、画面もより明るくなっていた。また、画面の明るさは4段階から調整可能である。DS Liteは2006年3月2日に日本で発売され、アメリカでは6月11日、ヨーロッパでは6月23日に発売された。

2006年4月、任天堂はRevolutionを正式名称「Wii」として発売することを発表した。この名前は、ゲーム機全体と同様に、カジュアルな観客にアピールすることを意図しており、発表当初は任天堂ファンの間で非常に物議を醸した。『IGN』のルーカス・トーマスは2011年の記事で「任天堂は、ショーの何か月も前にこの名前を発表することで、名前の奇妙さが論争を巻き起こすと賢明に予測していた」[...]「もしE3ショーの場で発表していれば、この名前がシステムの他のすべてをかき消してしまっただろう」と述べた
2006年5月、任天堂はE3でのプレスカンファレンスにおいて、Wiiを年末までに発売すると発表した。同時に、モーションコントロールを活用したいくつかのゲームを公開した。これには『Excite Truck』（2006年）、『Wii Sports』（2006年）、『スーパーマリオギャラクシー』（2007年）が含まれていた。ルーカス・トーマスは、これらのゲームのE3デモについて「手軽であり、本質的に異なる」モーション操作の実装を示しており、それがWiiの「驚きに満ちたコンセプト」に対するゲームコミュニティの懐疑心を和らげたと記した。さらに彼は、同年のソニーのプレスカンファレンスが「悪評高い失敗」をしたことが、任天堂のE3でのポジティブな評価につながったとも述べた。

2006年5月25日、レジナルド・フィサメィがNintendo of Americaの社長兼CEOに昇進した。同部門の前任社長である君島達己は取締役会会長兼CEOに昇格した。さらに同年7月7日、任天堂は韓国のソウルに新しい現地法人「任天堂コリア」を設立し、大元メディアに代わって韓国での任天堂製品の公式ディストリビューターとなった。

2006年8月初旬、任天堂とマイクロソフトが特許侵害訴訟の標的となったことが明らかになった。Anascape Ltd.という企業は、両社のゲームコントローラで使用されているアナログ技術が自社の特許に違反していると主張し、損害賠償を求めるとともに、問題の技術を使用したコントローラの販売中止を要求した。マイクロソフトはAnascapeと和解したが、任天堂は裁判に持ち込み、初審で敗訴して2,100万ドルの損害賠償金を支払うよう命じられた。その後、任天堂は控訴し、2010年4月23日に連邦巡回控訴裁判所がこの判決を覆した。2010年11月、Anascapeが最高裁に上訴したが、却下された。

2006年9月、任天堂はWiiの発売詳細を発表し、Wiiメニューと呼ばれるGUIの機能を披露した。このシステムは11月にアメリカで初めて発売され、その後12月に日本、オーストラリア、ヨーロッパで順次発売された。ゲーム機は非常に速く売れ、任天堂にとって大きな突破口となった。ゲームキューブで失われたペースを取り戻し、その予想外の成功は任天堂がターゲットにした拡大されたユーザーデモグラフィックによるものとされた。このWiiの成功を受けて、2010年にはソニーとマイクロソフトがPS3およびXbox 360向けに、任天堂と同じ幅広い層をターゲットにした各種アドオンをリリースした。

2007年、任天堂はゲームキューブ向けのファーストパーティゲームの製造を停止した。

2007年9月、Nintendo of Americaは公式インターネットフォーラム「NSider Forums」を無期限で閉鎖した。同社ウェブサイトの大規模なリニューアルの一環であった。数カ月間にわたり、Nintendo of Americaのオンライン部門の削減に伴い、NSiderのチャット時間が短縮されたほか、8月に毎年開催されていたイベントが景品抽選に置き換えられていた。この間、任天堂はファンに独自のフォーラムを運営することを奨励した。また、任天堂ヨーロッパのフォーラムセクションも1週間後にサイトの改編に伴い公式に閉鎖されたが、同年6月から「セキュリティ問題」を理由にオフライン状態だった。2007年12月、任天堂は技術サポート専用のフォーラムを開設した。

2007年10月、任天堂はオーストラリア現地法人の新しいマネージングディレクターとしてローズ・ラピンを発表した。彼女は任天堂の子会社の責任者として初の女性であり、オーストラリアで任天堂が事業を開始する前、Mattelのセールスおよびマーケティングディレクターとして働いていた。発表時までその役職を務めていた。2008年11月1日、任天堂は日本でニンテンドーDS Liteのアップデート版であるニンテンドーDSiを発売した。この機種はニンテンドーDS Liteのすべての機能を備えつつ、システムの内側と外側にカメラを搭載し、新しい機能が追加されている。このDSiは任天堂が製造した初の携帯型ゲーム機で、ダウンロード可能なゲームコンテンツをシステムに導入できる仕様となっている。ニンテンドーDSiは2009年4月2日にオーストラリアとアジアで、4月3日にヨーロッパで、4月5日に北米で発売された。

2010年6月15日、で、岩田聡がDSの後継機であるニンテンドー3DSを発表した。このシステムはDSの一般的なデュアルスクリーンデザインを継承しているが、ゲーム内で立体視による3D映像を表示できるとされた。特殊な3Dメガネを使用せずに3D映像を楽しめる仕様であり、3D効果の深度はスライダーで調整可能だった。スライダーを完全にオフにすると従来の2D映像を表示する。この3D効果は7歳以上の利用者のみに推奨されており、若年層が使用すると眼精疲労や頭痛を引き起こす可能性があるとして注意が示された。

発表では、ジャイロセンサーやモーションセンサーが搭載されていること、システムに3つのカメラが内蔵されていることが述べられた。1つは3DSの前面（開いた状態で）、残りの2つは背面に設置されており、これらを使用して撮影した写真は3Dで表示可能であった。このE3では、ミニゲームやデモを含む70本のゲームが披露され、開発中であると発表された。

2010年9月、任天堂はニンテンドー3DSが2011年2月26日に日本で最初に発売されることを発表した。価格は25,000円だった。

 ニンテンドー3DSとWii Uの時代（2011年-2017年） 

ニンテンドー3DSにはすれちがい通信と呼ばれる機能が搭載されており、近くにある2台の3DSが両方ともスリープモード（画面を閉じた状態で電源がオン）になっている場合、Wi-Fiを通じてデータを交換できる。この機能は、一部のゲームで、ユーザーが介在しなくても2つのシステムがオンラインマルチプレイのような体験を提供できる手段として実装された。これには、例えば2011年発売のレースゲーム『Asphalt 3D』が含まれており、ゲームを実行中の2台のシステムが各プレイヤーの最速ラップタイムを比較し、より速いプレイヤーに勝利を与える形でレースをシミュレートすることができた。また、3DSは3D映画をストリーミング再生することも可能で、Netflixで提供されていた3D映画も視聴できた（3DS版Netflixのサービスは2021年に終了）。

2011年1月、任天堂は3DSがアメリカで2011年3月27日に249.99ドルで発売されると発表した。発売時には、システムは概ね高い評価を受けた。『』のケビン・オハンネシアンは、「驚くべきゲーム機」と評したが、アメリカ市場では価格が高すぎるうえ、ディスプレイ解像度やバッテリー寿命が他の携帯機、さらには2004年発売のPSPよりも劣ると指摘した。『ニューヨーク・タイムズ』のセス・シーセルは、3D効果が驚くほど没入感があり、長時間使用しても快適であると評価した。

しかし、システムの売上は当初は低迷した。アメリカでは「比較的良好なローンチ」を迎えたものの、価格の高さも一因となり、市場投入から第2四半期には11万台と低い販売数に留まった。これに対応して、任天堂は2011年6月にアメリカでの価格を169.99ドルに引き下げた。この価格改定により、3DSの売上は回復し、最終的にはアメリカで発売から初年度に450万台を販売した。日本でも同時期に価格は15,000円に引き下げられた。

2011年4月、任天堂はWiiの後継機に当たるゲーム機を発表し、「Project Cafe」というコードネームを与えた。このゲーム機の詳細は、2011年6月7日に行われたでの同社のプレスカンファレンスで発表され、その名称が「Wii U」となることが明らかにされた。クリス・ジーグラーは『The Verge』で、「任天堂は『Wii U』という名前が、ゲーム体験が『あなた』中心であることを強調していると言った」と述べている。このゲーム機は一部従来型の「ボックス」（プロセッサを備えた装置で、テレビなどのモニターに接続するもの）を採用していたが、Wii Uの特徴的な機能はWii U GamePadだった。GamePadはタッチスクリーンディスプレイを備えたコントローラで、マイク、ジャイロスコープ、カメラを搭載し、ボックスと無線接続されていた。任天堂は、GamePadのディスプレイがゲーム内で多くの用途に使用可能であることを紹介した。例えば、ゲーム内でスコープの視点を表示したり、GamePadのジャイロスコープが向いているテレビの特定部分を拡大表示したりすることが可能だった。また、ゲーム機はハイビジョン映像（HD）を出力し、Wiiのゲームや周辺機器と互換性があり、さらにはある種のビデオ会議機能をサポートすることも発表された。

任天堂は携帯ゲーム市場では成功を続けており、3DSは10年間の販売期間で7500万台を売り上げた。一方で、Wii Uは混乱したマーケティング戦略、サードパーティのサポート不足、消費者からの低い支持率に苦しんだ。その結果、任天堂は2010年代半ばに収益の減少を経験した。Wii Uは、任天堂の据え置き型ゲーム機の中で最も売上が低い機種となり、1350万台しか販売されなかったため、2017年に製造終了となった。

2013年5月、任天堂はYouTube上での実況プレイ動画に対して著作権を主張し始めた。この取り組みでは、ゲームプレイ動画から得られる将来の広告収入を任天堂が取得するように変更された。それまでは、このような広告収入は動画をアップロードしたユーザーが得ていた。このような著作権主張（マッチを通じて行われる方法）は、以前から音楽や映画の知的財産所有者が、自身のコンテンツを使用した動画から収益を得るために行っていたが、任天堂がゲームプレイ動画に対して同様の措置を取ったことは物議を醸した。ゲームコミュニティの多くは、ゲームプレイはそのコンテキストにおいて、それをプレイしたユーザーによって生み出されたものであり、任天堂の財産ではないと主張した。任天堂は2013年6月にこれらの著作権主張を撤回し始めた。

2015年7月11日、岩田が胆管腫瘍により55歳で死去した。同年9月16日、任天堂は後任として君島達己を任命した。

3DSおよびWii U時代において、任天堂の収益は、同社がゲームメーカーとしての歴史を通じて経験したことのない低水準に落ち込んだ。2012年には、ゲーム会社として初めての純損失を報告した。

岩田は当初、モバイルゲームは任天堂のアイデンティティと相容れないと主張していたが、死去する前に任天堂のIPをもとにしたモバイルゲームを開発するため、モバイル開発企業DeNAとの提携を確立した。

2012年にコンセプト段階の開発を開始した後、任天堂は2015年3月のプレスカンファレンスで、「NX」というコードネームで呼ばれる専用のゲーム機を開発していると発表した。

フィサメィによると、このシステムは任天堂の成功を左右する「重要な製品」であり、Wii Uのライフサイクルが平均よりもかなり短くなることが明らかだったという。2016年4月、任天堂はNXが2017年3月発売予定であることを明らかにした。NXは2016年10月に正式に「Nintendo Switch」として発表され、携帯型と据え置き型のプレイを切り替えられるハイブリッド型ゲーム機であることが明らかになった。

 Nintendo Switchの時代（2017年-） 

任天堂は2017年1月のイベントで、Nintendo Switchに関するさらなる詳細を公開した。Switchは2017年3月3日に発売された。発売時には15タイトルが用意され、そのうち5タイトルが日本のニンテンドーeショップ用だった。世界的に発売された任天堂開発のタイトルは『1-2-Switch』『いっしょにチョキッと スニッパーズ』『ゼルダの伝説 ブレス オブ ザ ワイルド』の3本である。後者は同時にWii Uでも発売され、非常に高い評価を得た。その後、『IGN』、『British GQ』、『Rolling Stone』で史上最高のゲームと称された。

1993年の実写映画『スーパーマリオ 魔界帝国の女神』の失敗を受けて、任天堂は自社のシリーズを基にした映画の制作に慎重になった。しかし、バーチャルコンソールサービスは、人気ソフトウェアの新たな活用方法の模索、映画の制作を含む方向性を任天堂に促した。2014年には、任天堂とソニー・ピクチャーズが共同で製作するマリオのアニメ映画計画がリークされたが、2018年1月に任天堂はイルミネーションとの提携を発表し、宮本茂とクリス・メレダンドリがプロデュースし、ユニバーサル・ピクチャーズが配給するアニメ映画を制作すると明らかにした。この映画は『ザ・スーパーマリオブラザーズ・ムービー』と題され、2023年4月5日に公開された。主人公マリオの声はクリス・プラットが担当した。

2018年4月、古川俊太郎が君島達己の後任として任天堂の社長に就任した。2019年2月にはダグ・バウザーがフィサメィの後任としてNintendo of Americaの社長兼最高執行責任者に就任した。2019年4月にはテンセントが中国でSwitchを販売する許可を取得し、その年の12月に販売を開始した。

2020年1月、ホテル・レストラン開発会社のPlan Do Seeは、京都市下京区鍵屋町にある任天堂の旧本社をホテル「丸福樓」として改装する計画を発表した。この建物はかつて「丸福任天堂」として知られ、主に花札の製造を行っていた。ホテルは2022年に開業され、レストラン、バー、ジム、スパを備えた20室の宿泊施設となる。

2021年6月には、任天堂が京都市宇治市小倉町にある旧任天堂宇治小倉工場を博物館「任天堂資料館」として改装する計画を発表した。この工場は1969年に建設され、主に花札やトランプの製造を行い、製品修理のカスタマーサービスセンターとしても機能していた。2016年にこれらの業務が隣接する宇治工場に移管された後、建物の用途について議論が続けられていた。博物館では任天堂の歴史的な製品や展示を公開し、訪問者が体験できるスペースも設けられる。2024年10月2日、宇治小倉工場は『ニンテンドーミュージアム』として開業した。

バリューアクト・キャピタルは、サンフランシスコに拠点を置く投資会社であり、2020年4月に相当の任天堂株を購入したと発表した。この金額は同社の2%の持分に相当する。2022年2月、任天堂は株式会社SRDの買収を発表した。SRDは40年以上にわたり主にサポートスタジオとして任天堂と協力してきた。さらに、2022年5月にはサウジアラビア政府のパブリック・インベストメント・ファンド（PIF）が任天堂株の5%を購入した。

古川俊太郎は2021年2月に、Nintendo Switchが「ライフサイクルの中間」にあると述べている。

2021年、古川俊太郎は『ザ・スーパーマリオブラザーズ・ムービー』にとどまらず、任天堂のシリーズを題材としたアニメ化の可能性を模索していくと述べた。2022年7月、任天堂は日本のアニメーションスタジオである株式会社ダイナモピクチャーズの買収を発表した。2022年10月の買収完了後、スタジオはニンテンドーピクチャーズ株式会社に改名された。

2025年1月16日、任天堂はNintendo Switchの後継機であるNintendo Switch 2を発表した。この新型ゲーム機は、同年後半に発売される予定である。新システムに関するNintendo Directは2025年4月2日に配信される予定である。

2025年3月、Pokémon GOの開発会社であるナイアンティックは、同ゲームの権利をに売却した。Scopelyはゲーム開発およびパブリッシングを行う企業であり、サウジアラビアのPublic Investment Fundが所有している。

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