第13回全国高等学校選抜ラグビーフットボール大会は2012年3月31日から4月7日まで補助陸上競技場にて行われた全国高校選抜ラグビー大会である。

 概要 
第12回大会が中止となったので2年ぶりの選抜大会となる。なお今大会から予選リーグから30分ハーフとなった。またこれまで全大会出場していた東海大仰星が不出場なので全大会出場校がいなくなった。

 出場校 
北海道ブロック
札幌山の手（8大会連続8回目）
遠軽（10大会ぶり2回目）
東北ブロック
秋田工（3大会連続6回目）
盛岡工（4大会ぶり4回目）
仙台育英（2大会ぶり10回目）
関東ブロック
桐蔭学園（10大会連続11回目）
國學院久我山（2大会ぶり9回目）
茗溪学園（7大会連続7回目）
日川（6大会ぶり2回目）
深谷（5大会ぶり4回目）
北信越ブロック
新潟工（2大会ぶり3回目）
飯田（2大会ぶり2回目） 
東海ブロック
西陵（3大会ぶり6回目） 
朝明（3大会連続5回目）
近畿ブロック
京都成章（2大会連続4回目）
御所実（2大会ぶり3回目）
常翔学園（4大会連続8回目）
天理（4大会ぶり3回目）
伏見工（2大会ぶり6回目）
中国ブロック
石見智翠館（2大会連続4回目）
四国ブロック
貞光工（2大会ぶり5回目）
九州ブロック
東福岡（6大会連続9回目）
筑紫（2大会連続3回目）
長崎北（2大会連続4回目）
鹿児島実（初出場）
長崎南山（2大会ぶり2回目）
熊本西（4大会ぶり2回目）
開催県枠
県浦和（2大会ぶり2回目）
チャレンジ枠
八戸西（初出場）
洛北（初出場）
実行委員会推薦枠
大東大一（初出場）
大阪桐蔭（初出場）

 試合結果 
 時刻はすべて日本標準時 (UTC+9)
 太字は勝利校を示す。

予選プール
プールA
順位チーム試合勝利引分敗戦得点失点点差1御所実330013931+1082札幌山の手32014880-323県浦和31023961-224鹿児島実30032680-54

2012年3月31日 09:00県浦和 12-37 御所実 陸上競技場2012年3月31日 10:20札幌山の手 17-14 鹿児島実 陸上競技場2012年4月1日 13:00御所実 50-7 鹿児島実 陸上競技場2012年4月1日 14:20県浦和 14-19 札幌山の手 陸上競技場2012年4月3日 10:20札幌山の手 12-52 御所実 陸上競技場2012年4月3日 11:40県浦和 13-5 鹿児島実 陸上競技場

プールB
順位チーム試合勝利引分敗戦得点失点点差1東福岡33002630+2632洛北320113652+843盛岡工310240166-1264遠軽300314235-221

2012年3月31日 11:40遠軽 0-120 東福岡 陸上競技場2012年3月31日 13:00盛岡工 0-61 洛北 陸上競技場2012年4月1日 09:00洛北 0-52 東福岡 陸上競技場2012年4月1日 10:20盛岡工 40-14 遠軽 陸上競技場2012年4月3日 13:00盛岡工 0-91 東福岡 陸上競技場2012年4月3日 14:20遠軽 0-75 洛北 陸上競技場

プールC
順位チーム試合勝利引分敗戦得点失点点差1秋田工33007915+642伏見工32016738+293長崎北310249122-734日川30035070-20

2012年3月31日 14:20日川 0-5 秋田工 陸上競技場2012年3月31日 14:20伏見工 29-7 長崎北 陸上競技場2012年4月1日 11:40日川 17-30 伏見工 陸上競技場2012年4月1日 11:40秋田工 60-7 長崎北 陸上競技場2012年4月3日 09:00日川 33-35 長崎北 陸上競技場2012年4月3日 09:00秋田工' 14-8 伏見工 陸上競技場

プールD
順位チーム試合勝利引分敗戦得点失点点差1石見智翠館330011334+792國學院久我山320112162+593大阪桐蔭310211973+464飯田300324207-183

2012年3月31日 09:00國學院久我山 66-12 飯田 陸上競技場2012年3月31日 10:20大阪桐蔭 15-25 石見智翠館 陸上競技場2012年4月1日 13:00國學院久我山 36-19 大阪桐蔭 陸上競技場2012年4月1日 14:20飯田 0-57 石見智翠館 陸上競技場2012年4月3日 10:20國學院久我山 12-31 石見智翠館 陸上競技場2012年4月3日 11:40飯田 12-85 大阪桐蔭 陸上競技場

プールE
順位チーム試合勝利引分敗戦得点失点点差1深谷330015341+1122京都成章320113651+853西陵3102109104+54貞光工30037209-202

2012年3月31日 11:40西陵 12-64 京都成章 陸上競技場2012年3月31日 13:00深谷 81-0 貞光工 陸上競技場2012年4月1日 09:00京都成章 50-7 貞光工 陸上競技場2012年4月1日 10:20深谷 40-19 西陵 陸上競技場2012年4月3日 13:00深谷 32-22 京都成章 陸上競技場2012年4月3日 14:20西陵 78-0 貞光工 陸上競技場

プールF
順位チーム試合勝利引分敗戦得点失点点差1常翔学園330024112+2292仙台育英32019087+33熊本西310260128-684大東大一310226190-164

2012年3月31日 09:00仙台育英 12-45 常翔学園 陸上競技場2012年3月31日 10:20大東大一 5-39 熊本西 陸上競技場2012年4月1日 14:20常翔学園 97-0 熊本西 陸上競技場2012年4月1日 15:40大東大一 21-52 仙台育英 陸上競技場2012年4月3日 11:40大東大一 0-99 常翔学園 陸上競技場2012年4月3日 13:00仙台育英 26-21 熊本西 陸上競技場

プールG
順位チーム試合勝利引分敗戦得点失点点差1桐蔭学園32107039+312長崎南山32018746+413八戸西31023487-534天理30124361-18

2012年3月31日 11:40桐蔭学園 27-3 八戸西 陸上競技場2012年3月31日 13:00天理 14-20 長崎南山 陸上競技場2012年4月1日 09:00桐蔭学園 19-19 天理 陸上競技場2012年4月1日 10:20八戸西 8-50 長崎南山 陸上競技場2012年4月3日 14:30桐蔭学園 24-17 長崎南山 陸上競技場2012年4月3日 15:40八戸西 23-10 天理 陸上競技場

プールH
順位チーム試合勝利引分敗戦得点失点点差1茗溪学園330014841+1072筑紫320110425+793新潟工31024770-234朝明30037170-163

2012年3月31日 14:20茗溪学園 22-21 筑紫 陸上競技場2012年3月31日 14:20新潟工 31-0 朝明 陸上競技場2012年4月1日 11:40朝明 0-66 筑紫 陸上競技場2012年4月1日 13:00茗溪学園 53-13 新潟工 陸上競技場2012年4月3日 09:00新潟工 3-17 筑紫 陸上競技場2012年4月3日 10:20茗溪学園 73-7 朝明 陸上競技場

 準々決勝 

2012年4月4日 10:30茗溪学園 14-31 石見智翠館 陸上競技場2012年4月4日 11:45深谷 7-21 常翔学園 陸上競技場2012年4月4日 13:00御所実 7-25 東福岡 陸上競技場2012年4月4日 14:15桐蔭学園 13-22 秋田工 陸上競技場

 準決勝 

2012年4月6日 12:00秋田工 8-17 東福岡 陸上競技場2012年4月6日 13:15常翔学園 12-15 石見智翠館 陸上競技場

 決勝 

全国高等学校選抜ラグビーフットボール大会第13回大会 優勝東福岡高校3大会連続3回目