コパ・スダメリカーナ2016 予選 (Primera fase y Segunda fase de la Copa Sudamericana 2016) は、2016年8月9日から9月15日にかけて開催された、コパ・スダメリカーナ2016の第1ラウンドである。予選2回戦に勝利した15チームが決勝トーナメントへ進出する。

 抽選 
組み合わせ抽選会は、2016年7月12日の20:00（UTC-4）より、チリのサンティアゴにあるエスパシオ・リエスコ・コンベンション&イベント・センターで行われた。予選の抽選方法は以下の通り。

予選1回戦
予選1回戦に参加する32チームは、所属する協会によって以下の2地区（各地区16チーム）に分けられる。
南地区：チリ、ウルグアイ、パラグアイ、ボリビア
北地区：コロンビア、エクアドル、ペルー、ベネズエラ
抽選においては、第1代表が第4代表と、第2代表が第3代表と対戦するように抽選され、第1代表および第2代表が第2戦をホームで行う。なお、同一協会に所属するチーム同士の対戦は排除される。
地区第1代表第2代表第3代表第4代表南地区 ボリバル
 ウニベルシダ・カトリカ
 セロ・ポルテーニョ
 ペニャロール ホルヘ・ウィルステルマン
 オヒギンス
 リベルタ
 プラサ・コロニア ブルーミング
 パレスティーノ
 ソル・デ・アメリカ
 モンテビデオ・ワンダラーズ レアル・ポトシ
 ウニベルシダ・デ・コンセプシオン
 スポルティボ・ルケーニョ
 フェニックス北地区 ジュニオール
 エメレク
 レアル・ガルシラソ
 デポルティボ・ラ・グアイラ アトレティコ・ナシオナル
 ウニベルシダ・カトリカ
 スポルト・ワンカヨ
 サモラ インデペンディエンテ・メデジン
 バルセロナ
 デポルティーボ・ムニシパル
 デポルティーボ・アンソアテギ デポルテス・トリマ
 アウカス
 ウニベルシタリオ
 デポルティーボ・ララ

予選2回戦
予選1回戦に勝利した16チーム（各地区8チーム）と、このラウンドから参加する14チーム（アルゼンチン6チーム、ブラジル8チーム）が参加する。
予選1回戦に勝利した16チームは、地区に関わらず予選1回戦に勝利した他チームと対戦するように抽選される。どちらが第2戦をホームで行うかも抽選で決定される。なお、抽選の時点では予選1回戦に勝利するチームは不明のため、予選1回戦の結果次第では、同一協会に所属するチーム同士の対戦の組み合わせが生じる可能性がある。
アルゼンチンの6チームは、第1代表から第3代表のチームが、第4代表から第6代表のチームと対戦するように抽選される。第1代表から第3代表のチームが第2戦をホームで行う。
ブラジルの8チームは、第1代表から第4代表のチームが、第5代表から第8代表のチームと対戦するように抽選される。第1代表から第4代表のチームが第2戦をホームで行う。
予選1回戦勝者ブラジルアルゼンチンシードノーシードシードノーシードG1の勝者
G2の勝者
G3の勝者
G4の勝者
G5の勝者
G6の勝者
G7の勝者
G8の勝者
G9の勝者
G10の勝者
G11の勝者
G12の勝者
G13の勝者
G14の勝者
G15の勝者
G16の勝者 スポルチ・レシフェ
 フラメンゴ
 シャペコエンセ
 コリチーバ フィゲイレンセ
 ヴィトーリア
 サンタクルス
 クイアバ サン・ロレンソ
 インデペンディエンテ
 ベルグラーノ エストゥディアンテス
 バンフィエルド
 ラヌース

 フォーマット 
予選はホーム・アンド・アウェー方式で行われる。第2戦終了時に合計スコアがタイスコアであった場合は、アウェーゴールが多いチームが勝者となる。それでも勝利チームが決定しない場合はPK戦を行う（延長戦は行われない）。予選2回戦に勝利した15チームは決勝トーナメントに進出する。

 結果 

 1回戦 

|-
!colspan="6"|南地区

|-
!colspan="6"|北地区

|}

 Match G1 

2試合合計2-1でセロ・ポルテーニョが2回戦（Match O8）進出

 Match G2 

2試合合計1-1、アウェーゴール1-0でスポルティボ・ルケーニョが2回戦（Match O16）進出

 Match G3 

2試合合計4-2でボリバルが2回戦（Match O4）進出

 Match G4 

2試合合計4-2でレアル・ポトシが2回戦（Match O8）進出

 Match G5 

2試合合計1-1、アウェーゴール0-0でPK戦を実施。ブルーミングが2回戦（Match O6）進出

 Match G6 

2試合合計2-2、アウェーゴール1-1でPK戦を実施。ソル・デ・アメリカが2回戦（Match O13）進出

 Match G7 

2試合合計0-0、アウェーゴール0-0でPK戦を実施。モンテビデオ・ワンダラーズが2回戦（Match O11）進出

 Match G8 

2試合合計4-0でパレスティーノが2回戦（Match O10）進出

 Match G9 

2試合合計6-1でエメレクが2回戦（Match O2）進出

 Match G10 

2試合合計2-2、アウェーゴール1-0でレアル・ガルシラソが2回戦（Match O10）進出

 Match G11 

2試合合計5-2でジュニオールが2回戦（Match O6）進出

 Match G12 

2試合合計1-0でデポルティボ・ラ・グアイラが2回戦（Match O2）進出

 Match G13 

2試合合計2-2、アウェーゴール1-1でPK戦を実施。サモラが2回戦（Match O11）進出

 Match G14 

2試合合計2-1でインデペンディエンテ・メデジンが2回戦（Match O16）進出

 Match G15 

2試合合計で2-2、アウェーゴール1-0でスポルト・ワンカヨが2回戦（Match O13）進出

 Match G16 

2試合合計6-0でアトレティコ・ナシオナルが2回戦（Match O4）進出

 2回戦 
1stレグは8月23日-25日に、2ndレグは8月31日及び9月13日-15日に行われた。

|}

 Match O1 

2試合合計1-0でサンタクルスがラウンドオブ16（Match A）進出

 Match O2 

2試合合計4-2でデポルティボ・ラ・グアイラがラウンドオブ16（Match B）進出

 Match O3 

2試合合計3-2でシャペコエンセがラウンドオブ16（Match C）進出

 Match O4 

2試合合計2-1でアトレティコ・ナシオナルがラウンドオブ16（Match D）進出

 Match O5 

2試合合計2-1でベルグラーノがラウンドオブ16（Match E）進出

 Match O6 

2試合合計3-1でジュニオールがラウンドオブ16（Match F）進出

 Match O7 

2試合合計5-5、アウェーゴール3-2でフラメンゴがラウンドオブ16（Match G）進出

 Match O8 

2試合合計7-0でセロ・ポルテーニョがラウンドオブ16（Match H）進出

 Match O10 

2試合合計3-2でパレスティーノがラウンドオブ16（Match G）進出

 Match O11 

2試合合計2-0でモンテビデオ・ワンダラーズがラウンドオブ16（Match F）進出

 Match O12 

2試合合計2-2、アウェーゴール2-1でコリチーバがラウンドオブ16（Match E）進出

 Match O13 

2試合合計2-1でソル・デ・アメリカがラウンドオブ16（Match D）進出

 Match O14 

2試合合計3-0でインデペンディエンテがラウンドオブ16（Match C）進出

 Match O15 

2試合合計4-3でサン・ロレンソがラウンドオブ16（Match B）進出

 Match O16 

2試合合計3-2でインデペンディエンテ・メデジンがラウンドオブ16（Match A）進出