ジャパンラグビートップリーグ2016-2017は2016年8月26日から2017年1月14日まで行われた日本国内最高峰の社会人ラグビーユニオンリーグである。サントリーサンゴリアスがリーグ戦15試合全勝で4シーズンぶり4度目の優勝を果たした。

 参加チーム 
ジャパンラグビートップリーグ2016-2017の参加チームは下表の通りである（記載は前年の成績上位順）。

昨シーズンの結果、NTTドコモレッドハリケーンズ（トップウェスト）が地域リーグに降格し、宗像サニックスブルースが地域リーグから昇格した。
チーム名前年成績備考パナソニックワイルドナイツトップリーグ 優勝東芝ブレイブルーパストップリーグ 2位ヤマハ発動機ジュビロトップリーグ 3位神戸製鋼コベルコスティーラーズトップリーグ 4位トヨタ自動車ヴェルブリッツトップリーグ 5位キヤノンイーグルストップリーグ 6位近鉄ライナーズトップリーグ 7位NTTコミュニケーションズシャイニングアークストップリーグ 8位サントリーサンゴリアストップリーグ 9位豊田自動織機シャトルズトップリーグ 10位ホンダヒートトップリーグ 11位クボタスピアーズトップリーグ 12位リコーブラックラムズトップリーグ 13位残留（トップリーグ入替戦勝利）コカ・コーラレッドスパークストップリーグ 14位残留（トップリーグ入替戦勝利）NECグリーンロケッツトップリーグ 15位残留（トップリーグ入替戦勝利）宗像サニックスブルーストップキュウシュウ 優勝入れ替え戦に勝利し昇格（トップチャレンジ1 1位）2シーズンぶりの復帰

 昨年からの変更点 
本年度から大会の方式が2019 ラグビーワールドカップの開催を念頭に置いて、トップリーグを世界基準のリーグ戦にするための競技力向上を進めていくとともに、サンウルブズが出場するスーパーラグビーのルールを一部準用するなど、大幅に改正された。
2015-16年シーズンまで採用していた「2プール（グループ）制」「ポストシーズン」（順位決定トーナメント）を廃止し、参加16チームによる1回総当たり（全15節）のリーグ戦のみで順位を決定する。
順位は従来通り勝ち点を最優先するが、勝ち点が同じ場合、従来は得失点差を優先としていたのを、本年度から勝利数を優先することになった。
勝ち点については、基本勝ち点（勝ち4、引き分け2、負け0）、及び7点差以内での負けだった場合のボーナス勝ち点1は従来通りで変更はないが、「勝敗に関係なく4トライ以上を獲得したチームに勝ち点1をボーナス点として付与」だったものを「勝敗に関係なく相手より3トライ差以上を獲得したチームに勝ち点1をボーナス点として付与」に改正。
ハーフタイムを従来の10分から12分に延長。
外人枠（外国籍選手枠）はチームの登録人数についての制限はないが、同時出場については従来の「一般外人枠2・アジア枠1」に加え、ワールドラグビーの「協議に関する規定第8条」に定める、「ナショナルチームでプレーする資格に準じて、当該年度の6月末時点で他国代表になっていない外人選手」を特別枠として登録することを認める。この場合はアジア枠と同じく、同時出場は1人のみとする。
なおチームの事情により、アジア枠・特別枠を一般外人枠と同じ扱いとすることも可能であるが、この場合も「一般外人枠2・アジア枠・特別枠各1」は変わらないものとみなす。
開催地については、トップリーグ初開催の福井県を含む、歴代最多の全国33都道府県、計47会場にて開催されることとなった。ラグビーワールドカップ2019開催12都市でも開催される。
HIA (Head Injury Assessment)が導入されることとなり、脳振盪の疑いのある選手を一時退出させ、HIAの専門的な講習を受けた担当者（マッチドクター・チームドクター）により脳振盪を確認することが可能になる。退出選手の評価に充てる時間は最大10分間で、その間は一時交替の選手が出場可能となった。
TMO (Television Match Official)の実施範囲が拡大された。昨シーズンまで「トライ時のグラウンディングの有無」の確認に限られていたが、「インゴール直前の反則」と「インフィールドのファウルプレー」も新たに適用されることとなった。

 順位表 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!width="335"|チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1
|style="text-align:left"|サントリーサンゴリアス
||15||15||0||0||563||184||+379||9||69
|rowspan="3"|日本選手権出場
|- style="background-color:#ccffcc"
|2
|style="text-align:left"|ヤマハ発動機ジュビロ
||15||14||0||1||580||208||+372||11||67
|- style="background-color:#ccffcc"
|3
|style="text-align:left"|パナソニックワイルドナイツ
||15||13||0||2||579||268||+311||9||61
|-
|4
|style="text-align:left"|神戸製鋼コベルコスティーラーズ
||15||10||0||5||473||328||+145||8||48
|rowspan="9"|
|-
|5
|style="text-align:left"|NTTコミュニケーションズシャイニングアークス
||15||9||0||6||336||292||+44||4||40
|-
|6
|style="text-align:left"|リコーブラックラムズ
||15||8||0||7||390||362||+28||8||40
|-
|7
|style="text-align:left"|キヤノンイーグルス
||15||8||0||7||379||336||+43||5||37
|-
|8
|style="text-align:left"|トヨタ自動車ヴェルブリッツ
||15||7||0||8||353||332||+21||7||35
|-
|9
|style="text-align:left"|東芝ブレイブルーパス
||15||6||0||9||351||381||-30||9||33
|-
|10
|style="text-align:left"|NECグリーンロケッツ
||15||6||1||8||337||401||-64||4||30
|-
|11
|style="text-align:left"|宗像サニックスブルース
||15||7||0||8||280||481||-201||1||29
|-
|12
|style="text-align:left"|クボタスピアーズ
||15||6||1||8||271||387||-116||2||28
|- style="background-color:#ffffcc"
|13
|style="text-align:left"|近鉄ライナーズ
||15||3||0||12||268||417||-149||6||18
|rowspan="3"|入替戦へ
|- style="background-color:#ffffcc"
|14
|style="text-align:left"|コカ・コーラレッドスパークス
||15||3||0||12||239||478||-239||5||17
|- style="background-color:#ffffcc"
|15
|style="text-align:left"|豊田自動織機シャトルズ
||15||3||0||12||292||539||-247||4||16
|- style="background-color:#ffcccc"
|16
|style="text-align:left"|ホンダヒート
||15||1||0||14||274||571||-297||3||7
|rowspan="1"|自動降格
|}

 入替制度 

 入替枠の変更 
昨シーズンは自動昇降格無かったが、今シーズンは一昨年までと同様に16位が自動降格、13位から15位が入替戦へ、トップチャレンジ1は1位が自動昇格、2位～4位が入替戦へ回ることとなった。

 ジャパンラグビートップチャレンジリーグ創設に伴う変更 
2016-2017シーズンまでは、2部リーグに相当するものは地域リーグ（トップイーストリーグ、トップウェスト、トップキュウシュウの各1部リーグ）であったが、2017-2018シーズンからは新しく全国規模の2部リーグとして「ジャパンラグビートップチャレンジリーグ」が創設されることになった。それに伴い今シーズンは以下の点が変更される。

変更箇所前年まで（2015-2016シーズン）今年から（2016-2017シーズン）トップリーグ16位の自動降格先各地域リーグジャパンラグビートップチャレンジリーグトップリーグ入替戦でトップリーグ所属チームが負けた場合各地域リーグへ降格ジャパンラグビートップチャレンジリーグへ参入トップリーグ入替戦でトップチャレンジ1チームが負け・引き分けの場合各地域リーグ残留ジャパンラグビートップチャレンジリーグへ参入

 自動降格 
リーグ戦の結果、トップリーグ16位のホンダヒートがトップリーグからの自動降格となり、トップチャレンジリーグ参入が決定した。

 トップチャレンジ2 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1
|style="text-align:left"|日野自動車レッドドルフィンズ（トップイーストリーグ）
||2||2||0||0||107||0||+107||2||10
|トップチャレンジ1へ
|-
|2
|style="text-align:left"|中部電力（トップウェスト）
||2||1||0||1||38||91||-53||0||4
|rowspan="2"|トップチャレンジリーグ参入
|-
|3
|style="text-align:left"|中国電力（トップキュウシュウ）
||2||0||0||2||27||81||-54||0||0
|}

 12月3日 日野自動車レッドドルフィンズ 43-0 中国電力（秩父宮ラグビー場）
 12月11日 中部電力 0-64 日野自動車レッドドルフィンズ（鶴見緑地球技場）
 12月18日 中国電力 27-38 中部電力（コカ・コーラウエスト広島スタジアム）

以上の結果、1位日野自動車レッドドルフィンズのトップチャレンジ1への進出、及び2位の中部電力、3位の中国電力の来季トップチャレンジリーグ参入が決定した。

 トップチャレンジ1 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1
|style="text-align:left"|NTTドコモレッドハリケーンズ（トップウェスト）
||3||3||0||0||137||38||+99||2||14
|rowspan="1"|自動昇格
|- style="background-color:#ffffcc"
|2
|style="text-align:left"|三菱重工相模原ダイナボアーズ（トップイーストリーグ）
||3||1||0||2||55||56||-1||2||6
|rowspan="3"|入替戦へ
|- style="background-color:#ffffcc"
|3
|style="text-align:left"|日野自動車レッドドルフィンズ（トップチャレンジ2 1位）
||3||1||0||2||50||97||-47||1||5
|- style="background-color:#ffffcc"
|4
|style="text-align:left"|九州電力キューデンヴォルテクス（トップキュウシュウ）
||3||1||0||2||31||82||-51||0||4
|}

秩父宮ラグビー場
1月3日 NTTドコモレッドハリケーンズ 68-12 日野自動車レッドドルフィンズ
1月3日 三菱重工相模原ダイナボアーズ 12-19 九州電力キューデンヴォルテクス

レベルファイブスタジアム
1月9日 三菱重工相模原ダイナボアーズ 29-7 日野自動車レッドドルフィンズ
1月9日 九州電力キューデンヴォルテクス 12-39 NTTドコモレッドハリケーンズ

東大阪市花園ラグビー場
1月15日 九州電力キューデンヴォルテクス 0-31 日野自動車レッドドルフィンズ
1月15日 NTTドコモレッドハリケーンズ 30-14 三菱重工相模原ダイナボアーズ

以上の結果、1位NTTドコモレッドハリケーンズのトップリーグへの自動昇格及び2位以下3チームのトップリーグ入替戦出場が決定した。

 トップリーグ入替戦 
今シーズンはトップリーグからは13位近鉄ライナーズ、14位コカ・コーラレッドスパークス、15位豊田自動織機シャトルズの3チーム、トップチャレンジ1からは2位三菱重工相模原ダイナボアーズ、3位日野自動車レッドドルフィンズ、4位九州電力キューデンヴォルテクスの3チームが出場する。

なお前述したとおり、トップリーグは負けた場合、トップチャレンジ1は負け・引き分けの場合トップチャレンジリーグ参入となる。

1月28日 近鉄ライナーズ(トップリーグ13位) 47-0 九州電力キューデンヴォルテクス(トップチャレンジ1・4位)　(東大阪市花園ラグビー場)
1月28日 コカ・コーラレッドスパークス(トップリーグ14位) 32-22 日野自動車レッドドルフィンズ(トップチャレンジ1・3位) (レベルファイブスタジアム)
1月28日 豊田自動織機シャトルズ(トップリーグ15位) 33-21 三菱重工相模原ダイナボアーズ(トップチャレンジ1・2位) (パロマ瑞穂ラグビー場)
入替戦の結果、近鉄ライナーズ、コカ・コーラレッドスパークス、豊田自動織機シャトルズのトップリーグ残留、九州電力キューデンヴォルテクス、日野自動車レッドドルフィンズ、三菱重工相模原ダイナボアーズのトップチャレンジリーグ参入が決定した。

 ジャパンラグビートップチャレンジリーグ参入マッチ 
上述のとおり、2017-18年度シーズンより、トップリーグの2部組織として「ジャパンラグビートップチャレンジリーグ」を新設するにあたり、各地域リーグの2016-2017シーズン3位クラブの3チームを対象とした「ジャパンラグビートップチャレンジリーグ参入マッチ」を3チームによる1回戦総当たりで行い、1・2位のクラブが2017-2018シーズンよりトップチャレンジリーグへ参入する。

{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1
|style="text-align:left"|釜石シーウェイブスRFC（トップイーストリーグ）
||2||2||0||0||76||48||+28||1||9
|rowspan="2"|トップチャレンジリーグ参入
|- style="background-color:#ccffcc"
|2
|style="text-align:left"|マツダブルーズーマーズ（トップキュウシュウ）
||2||1||0||1||66||43||+23||1||5
|-
|3
|style="text-align:left"|大阪府警察（トップウェスト）
||2||0||0||2||43||94||-51||1||1
||
|}

12月3日　釜石シーウェイブスRFC（トップイーストリーグディビジョン1 3位） 36-12 マツダブルーズーマーズ（トップキュウシュウA 3位）（熊谷ラグビー場）
12月11日　大阪府警察（トップウェストA 3位） 36-40 釜石シーウェイブスRFC（鶴見緑地球技場）
12月18日　マツダブルーズーマーズ 54-7 大阪府警察（コカ・コーラウエスト広島スタジアム）

以上の結果、1位釜石シーウェイブスRFC、2位マツダブルーズーマーズの来季トップチャレンジリーグ参入が決定した。

 表彰 
2016-2017シーズンの年間表彰式は、2017年1月15日に実施された。

 チーム表彰 

 TOP LEAGUE 優勝チーム 
 チーム名備考優勝サントリーサンゴリアス（4季ぶり4回目）準優勝ヤマハ発動機ジュビロ第3位パナソニックワイルドナイツ

 フェアプレーチーム賞 
チーム名備考ヤマハ発動機ジュビロ（初受賞）

 ベストファンサービス賞 
チーム名備考神戸製鋼コベルコスティーラーズ（2季ぶり11回目）リコーブラックラムズ（初受賞）

 個人表彰 

 トップリーグMVP 
氏名所属チーム備考中靏隆彰サントリーサンゴリアス（初受賞）

 新人賞 
氏名所属チーム松橋周平リコーブラックラムズ

 最多トライゲッター 
氏名所属チーム備考中靏隆彰サントリーサンゴリアス17トライ（初受賞）

 得点王 
氏名所属チーム備考小野晃征サントリーサンゴリアス187得点（3T/56G/20PG）（初受賞）

 ベストキッカー 
氏名所属チーム備考ゲラード・ファンデンヒーファーヤマハ発動機ジュビロキック成功率82.35%(G:72回中59回成功81.94%、PG：13回中11回成功84.62%)（初受賞）

 ベストホイッスル 
氏名備考麻生彰久（4季連続4回目）

 AIG賞 
氏名備考梶原晃久（初受賞）
※AIG賞とは、今年新たに創設され、今シーズンレフリーとアシスタントレフリーを合算して最も多く担当し、多大な貢献をした方に贈られる賞。

 ベストフィフティーン 
ポジション氏名所属チーム備考PR1稲垣啓太パナソニックワイルドナイツ（4季連続4回目）HO日野剛志ヤマハ発動機ジュビロ（初受賞）PR3伊藤平一郎ヤマハ発動機ジュビロ（初受賞）LOヒーナンダニエルパナソニックワイルドナイツ（2季連続6回目）LOジョー・ウィーラーサントリーサンゴリアス（初受賞）FLジョージ・スミスサントリーサンゴリアス（3季ぶり4回目）FL布巻峻介パナソニックワイルドナイツ（初受賞）NO8松橋周平リコーブラックラムズ（初受賞）SH流大サントリーサンゴリアス（初受賞）SO小野晃征サントリーサンゴリアス（4季ぶり3回目）WTB中靏隆彰サントリーサンゴリアス（初受賞）WTB山下楽平神戸製鋼コベルコスティーラーズ（2季ぶり2回目）CTBヴィリアミ・タヒトゥアヤマハ発動機ジュビロ（初受賞）CTB立川理道クボタスピアーズ（初受賞）FB松島幸太朗サントリーサンゴリアス（2季ぶり2回目）