2016年のMLBドラフト（）とは、6月に行われたMLBのアマチュアドラフトである。

 1巡目指名 
1巡目（全体41位）にピッツバーグ・パイレーツが指名したニック・ロドロはテキサスクリスチャン大学へ進学するため、契約には至らなかった。

 = オールスター = MLB未出場 = 契約せず 
順位選手チーム守備位置学校 1 ミッキー・モニアック フィラデルフィア・フィリーズ 外野手ラコスタ・キャニオン高等学校 2 ニック・センゼル シンシナティ・レッズ 三塁手テネシー大学 3 イアン・アンダーソン アトランタ・ブレーブス 投手シェネンデホワ高等学校 4 ライリー・パイント コロラド・ロッキーズ投手セントトーマス・アクイナス高等学校 5 コーリー・レイ ミルウォーキー・ブルワーズ 外野手ルイビル大学 6 A.J.パック オークランド・アスレチックス 投手フロリダ大学 7 ブラクストン・ギャレット マイアミ・マーリンズ 投手フローレンス高等学校 8 カル・クアントリル サンディエゴ・パドレス 投手スタンフォード大学 9 マット・マニング デトロイト・タイガース 投手シェルドン高等学校 10 ザック・コリンズ シカゴ・ホワイトソックス 捕手マイアミ大学 11 カイル・ルイス シアトル・マリナーズ 外野手マーサー大学 12 ジェイ・グルーム ボストン・レッドソックス 投手バーニガット高等学校 13 ジョシュ・ロウ タンパベイ・レイズ 三塁手アラン・C・ポープ高等学校 14 ウィル・ベンソン クリーブランド・インディアンス 外野手ウェストミンスター高等学校 15 アレックス・キリロフ ミネソタ・ツインズ 外野手プラム高等学校 16 マット・サイス ロサンゼルス・エンゼルス 捕手バージニア大学 17 フォレスト・ウィットリー ヒューストン・アストロズ 投手アラモ・ヘイツ高等学校 18 ブレイク・ラザーフォード ニューヨーク・ヤンキース 外野手シャミナード・カレッジ・プレパラトリー・スクール 19 ジャスティン・ダン ニューヨーク・メッツ 投手ボストンカレッジ 20 ギャビン・ラックス ロサンゼルス・ドジャース 遊撃手インディアン・トレイル・アカデミー 21 T.J.ゾイク トロント・ブルージェイズ 投手ピッツバーグ大学 22 ウィル・クレイグ ピッツバーグ・パイレーツ 三塁手ウェイクフォレスト大学 23 デルビン・ペレス セントルイス・カージナルス 遊撃手インターナショナル・ベースボール・アカデミー

 補償ラウンド 
順位選手チーム守備位置学校 24 ハドソン・サンチェス サンディエゴ・パドレス 遊撃手キャロル・シニア高等学校 25 エリック・ラウアー サンディエゴ・パドレス 投手ケント州立大学 26 ザック・バーディ シカゴ・ホワイトソックス 投手ルイビル大学 27 コディ・セドロック ボルチモア・オリオールズ 投手イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校 28 カーター・キーブーム ワシントン・ナショナルズ 遊撃手ウォルトン高等学校 29 デーン・ダニング ワシントン・ナショナルズ 投手フロリダ大学 30 コール・レイガンズ テキサス・レンジャーズ 投手ノース・フロリダ・クリスチャン高等学校 31 アンソニー・ケイ ニューヨーク・メッツ 投手コネチカット大学 32 ウィル・スミス ロサンゼルス・ドジャース 捕手ルイビル大学 33 ディラン・カールソン セントルイス・カージナルス 外野手エルク・グローブ高 34 ダコタ・ハドソン セントルイス・カージナルス 投手ミシシッピ州立大学

 戦力均衡ラウンドA 
順位選手チーム守備位置学校 35テイラー・トランメル シンシナティ・レッズ外野手マウント・パラン・クリスチャン・スクール 36ジョーダン・シェフィールド ロサンゼルス・ドジャース投手ヴァンダービルト大学 37ドールトン・ジェフリーズ オークランド・アスレチックス投手カリフォルニア大学バークレー校 38ロバート・タイラー コロラド・ロッキーズ投手ジョージア大学 39アンファニー・グリアー アリゾナ・ダイヤモンドバックス 外野手オーバーン大学 40ジョーイ・ウェンツ アトランタ・ブレーブス投手ショーニー・ミッション・イースト高等学校 41 ニック・ロドロ ピッツバーグ・パイレーツ投手ダミアン高等学校
 *は未契約

 2巡目指名 
順位選手チーム守備位置学校 42ケビン・ガウディフィラデルフィア・フィリーズサンタ・バーバラ高校 43クリス・オーキーシンシナティ・レッズクレムゾン大学 44カイル・マラーアトランタ・ブレーブスジーサイット・カレッジ・プレップ高校 45ベン・ボウデンコロラド・ロッキーズヴァンダービルト大学 46ルーカス・アーセグミルウォーキー・ブルワーズメンロー大学 47ローガン・ショアオークランド・アスレチックスフロリダ大学 48バディ・リードサンディエゴ・パドレスフロリダ大学 49アレク・ハンセンシカゴ・ホワイトソックスオクラホマ大学 50ジョー・リゾシアトル・マリナーズオークトン高校 51C.J.チャタムボストン・レッドソックスフロリダ・アトランティック大学 52アンディ・ヤージーアリゾナ・ダイヤモンドバックスヨーク・ミルズ・カレッジエイト・インスティテュート 53ライアン・ボルトタンパベイ・レイズネブラスカ大学リンカーン校 54キーガン・アキンボルチモア・オリオールズ西ミシガン大学 55ノーラン・ジョーンズクリーブランド・インディアンスホーリー・ゴースト・プレップ高校 56ベン・ロートベットミネソタ・ツインズベローナ高校 57J.B.ウッドマントロント・ブルージェイズミシシッピ大学 58シェルドン・ノイジーワシントン・ナショナルズオクラホマ大学 59ブライアン・レイノルズサンフランシスコ・ジャイアンツヴァンダービルト大学 60ブランドン・マーシュロサンゼルス・エンゼルスブフォード高校 61ロニー・ドーソンヒューストン・アストロズオハイオ州立大学 62ニック・ソラックニューヨーク・ヤンキースルイビル大学 63アレックス・スピーステキサス・レンジャーズマッキーチャン高校 64ピート・アロンソニューヨーク・メッツフロリダ大学 65ミッチ・ホワイトロサンゼルス・ドジャースサンタクララ大学 66ボー・ビシェットトロント・ブルージェイズレイクウッド高校 67A.J.パケットカンザスシティ・ロイヤルズペパーダイン大学 68トラビス・マグレガーピッツバーグ・パイレーツイーストレイク高校 69マシアス・デイツボルチモア・オリオールズジョン・A・ローガン大学 70コナー・ジョーンズセントルイス・カージナルスバージニア大学 71レジー・ローソンサンディエゴ・パドレスビクターバレー高校 72ローガン・アイスクリーブランド・インディアンスオレゴン州立大学 73ホセ・ミランダミネソタ・ツインズリーダーシップ・クリスチャン・アカデミー 74アキル・バドゥーミネソタ・ツインズセイラム高校 75マリオ・フェリシアーノミルウォーキー・ブルワーズカルロス・ベルトラン・ベースボール・アカデミー 76ブレット・カンバーランドアトランタ・ブレーブスカリフォルニア大学バークレー校 77ジェイク・フレイリータンパベイ・レイズルイジアナ州立大学

 その他注目選手 
巡目 順位 選手 チ｜ム 守備位置 学校383ショーン・マーフィーオークランド・アスレチックスライト州立大学386アレックス・コールシカゴ・ホワイトソックスボール州立大学391オースティン・ヘイズボルチモア・オリオールズボール州立大学3101ダスティン・メイロサンゼルス・ドジャースノーウェスト高等学校3102ザック・ジャクソントロント・ブルージェイズアーカンソー大学3106ザック・ガレンセントルイス・カージナルスノースカロライナ大学チャペルヒル校4111コービン・バーンズミルウォーキー・ブルワーズセントメリーズ大学カリフォルニア校4122シェーン・ビーバークリーブランド・インディアンスカリフォルニア大学サンタバーバラ校6196トミー・エドマンセントルイス・カージナルススタンフォード大学7221ルーク・ラリーロサンゼルス・ドジャースレイク・エリー・カレッジ9281トニー・ゴンソリンロサンゼルス・ドジャースセントメリーズカレッジ・オブ・カリフォルニア10298サンティアゴ・エスピナルシンシナティ・レッズマイアミ・デイド大学10302サマド・テイラークリーブランド・インディアンスコロナ高等学校12353マイケル・キングマイアミ・マーリンズボストンカレッジ15445ジョン・シュライバーデトロイト・タイガースノースウェスタン・オハイオ大学18531クーパー・ハメルミルウォーキー・ブルワーズポートランド大学