ハプログループN9 (mtDNA)は分子人類学におけるミトコンドリアDNAハプログループの一タイプであり、ハプログループN (mtDNA)の子型である。

 分布 
ハプログループN9はN9a、N9b、Yの3つの下位系統に分かれる。3つの下位系統の最も近い共通祖先は非常に古く、Behar et al. によれば今より45709.7 (SD 7931.5)年前、FTDNAによれば今より45,114 (99% CI 51,689 - 39,061)年前と推定されている。このうちYはアイヌを含むオホーツク海沿岸に多い（詳細はハプログループY (mtDNA)を参照）。ユーラシア北部が起源とされるハプログループN9は、日本人の約7%が該当します。
カムチャツカ半島をはじめとする北東アジアに分布しており、日本には比較的古い時代にやってきて縄文人になったグループと、 比較的新しい時代にやってきてオホーツク文化を形成したグループがいると考えられており、古代から魚を食していたといわれている。とくに中国南部や台湾先住民に比較的多く見出されるN (mtDNA)|英語版。

N9aの最も近い共通祖先はBehar et al. によれば今より17520.4 (SD 4389.8)年前と、FTDNAによれば今より17,292 (99% CI 19,254 - 15,454）年前の者と推定されている。現代日本（4.4%、4.57%）と現代中国（漢族 4.343%）と現代韓国（3.91%、4.32%）ではN9aが総人口に占める割合は同程度だが、日本ではN9a2（2.6%）やN9a4a（0.8%）やN9a5（0.4%）やN9a7（0.2%）が多いのに対し、中国の漢族ではN9a1（1.320%）やN9a10（0.683%）やN9a3（0.549%）やN9a9（0.406%）が多い。N9a6は東南アジア（マレーシア・インドネシア・ベトナム・タイ王国・カンボジア・フィリピン）に特有のハプログループとなっている。

N9bの最も近い共通祖先はBehar et al. によれば今より14885.6 (SD 4092.5)年前と、FTDNAによれば今より14,176 (99% CI 16,917 - 11,718）年前と推定されている。N9bは縄文人及びその後裔に特有のミトコンドリアDNAハプログループとされている。

 下位系統 
N9
N9a：東アジア、中央アジア、東南アジア
N9a1'3 (N9a+G16129A!)
N9a1 (N9a+G16129A!+T4386C+C16111T) 中国（漢族 1.320%）
N9a1f (N9a1+T16298C) 中国
N9a1f1 (N9a1f+A16171G)
N9a1f1a (N9a1f1+A15258G) 中国
N9a1f1b (N9a1f1+A3531G!) 中国（湖南省漢族等）
N9a1+G12007A 中国、ベトナム、日本（東北・近畿・計0.2%、東京都・愛知県）
N9a1a (N9a1+G12007A+A15095G) 中国（湛江市漢族等、漢族 0.074%）
N9a1a1 (N9a1a+C1120T) 中国（四川省漢族）、シンガポール
N9a1a2 (N9a1a+T3504C) 中国
N9a1b (N9a1+G12007A+G7897A) 中国
N9a1c (N9a1+G12007A+G15355A) 日本
N9a1d (N9a1+G12007A+G513A+G709A+C13578T) 中国
N9a1+G12007A+A745G
N9a1+G12007A+C12801T
N9a1+G12007A+A8706G
N9a1+G12007A+T961C
N9a1+G12007A+G8027A
N9a1+G12007A+G10373A
N9a1+G12007A+C16327T
N9a1+G12007A+G16391A
N9a1+G12007A+G7852A
N9a3 (N9a+G16129A!+A4129G) 中国、日本（沖縄・中部北陸・計0.2%）
N9a3+A12612G インド
N9a3+A12612G+T12354C グルジア、ロシア（チェチェン共和国・イングーシ共和国・ブリヤート）、中国（四川省漢族、漢族 0.549%）、韓国（ソウル）、日本（愛知県）
N9a3+A12612G+T12354C+T10321C 中国（漢族 0.088%）
N9a3+A12612G+T12354C+T10321C+T4703C 台湾（漢族・パイワン族・馬祖島等）、シンガポール、中国（漢族 0.069%)
N9a3+A12612G+T12354C+T10321C+A5432G 中国（黒竜江省ダウール、吉林省漢族1人・北京市漢族1人・浙江省漢族1人・計0.014%）、タイ王国（古人骨）
N9a3+A12612G+T12354C+C7810T 中国（黒竜江省ダウール族）、ロシア（バシコルトスタン）、リトアニア、ポーランド（ユダヤ人）
N9a3+A12612G+T12354C+A4913G 中国（ウイグル族）
N9a3+A12612G+T12354C+A4913G+C12636T 中国（タシュクルガンタジク自治県キルギス族）、カザフスタン、ロシア（ベルゴロド州ロシア人）、チェコ
N9a3+A12612G+T12354C+A9362G 日本（東京都等）、中国（黒竜江省ダウール族・新疆ウイグル族、山西省漢族1人・江蘇省漢族2人・計0.014%）
N9a3+A12612G+T12354C+A9632G タイ王国（Mon族）
N9a3+A12612G+T12354C+C13890T 中国（福建省漢族、吉林省漢族1人・遼寧省漢族1人・広東省漢族2人・浙江省漢族2人・上海市漢族1人・計0.032%）
N9a3+A12612G+T12354C+T3338C 中国（北京市漢族）、シンガポール
N9a3+A12612G+T12354C+T16311C! 中国（遼寧省漢族1人・安徽省漢族1人・湖南省漢族1人・江蘇省漢族3人・山東省漢族1人・浙江省漢族1人・計0.037%）
N9a2'4'5'11 (N9a+T16172C)
N9a2 (N9a+T16172C+T961C+T15067C) 日本（北海道・東北・中部北陸等・計2.6%、東京都等）、韓国、中国（漢族 0.365%、フルンボイル市バルガ族・黒竜江省ダウール族・北京市漢族等）、カザフスタン、キルギス、ハンガリー（TMRCA 10361.1 [SD 3419.2]年前）
N9a2a (N9a2+A16497G) 韓国、日本（北海道・東北・関東甲信越・中部北陸・近畿・九州・計1.9%）、アメリカ合衆国、中国（漢族 0.134%）
N9a2a1 (N9a2a+T14968C+T16304C) 日本（東北・関東甲信越・中部北陸・近畿・計0.4%）、中国（北京市漢族1人・浙江省漢族1人・計0.009%）
N9a2a2 (N9a2a+A14148G) 日本（近畿・中部北陸・計0.2%)、中国（遼寧省漢族1人・四川省漢族1人・山東省漢族1人・計0.014%）
N9a2a3 (N9a2a+T4688A+T5553G) 日本（東北・中部北陸・計0.2%）
N9a2b (N9a2+C12697T) 中国
N9a2c (N9a2+A13857G) 日本
N9a2c1 (N9a2c+C16250T) 日本（東京都等）、中国（ウイグル族）
N9a2c1a (N9a2c1+A955AC) 日本（愛知県）、韓国
N9a2d (N9a2+A3537G) 韓国、中国（河北省漢族1人・計0.0046%）
N9a2d1 (N9a2d+G11016A) 日本（東京都）
N9a2d1a (N9a2d1+C961T!) 日本
N9a2e (N9a2+C10736T) 中国（天津市漢族1人・黒竜江省漢族1人・安徽省漢族1人・北京市漢族1人・山東省漢族2人・河南省漢族1人・四川省漢族1人・計0.037%）
N9a4 (N9a+T16172C+G1664A+G16145A+C16245T) マレーシア、中国（漢族 0.166%）
N9a4a (N9a4+G4820A) 日本（東京都・愛知県等、北海道・東北・関東甲信越・中部北陸・近畿・九州・計0.8%）、韓国（全羅南道）
N9a4a1 (N9a4a+T146C!) 日本
N9a4b (N9a4+T16092C) 日本（東京都）
N9a4b1 (N9a4b+A9156G) 中国（北京市漢族・安徽省漢族・湖南省、漢族 0.042%）、台湾、アメリカ合衆国
N9a4b2 (N9a4b+T146C!)
N9a4b2a (N9a4b2+A12184G) 中国
N9a4b2b (N9a4b2+G13707A) 中国（湖南省漢族1人・広東省漢族1人・浙江省漢族1人・計0.014%）
N9a5 (N9a+T16172C+A3729G+G15883A+T16189C!+T16209C) 日本（東北・関東甲信越・中部北陸・計0.4%）
N9a5a (N9a5+A1943G) 日本（群馬県）、韓国
N9a5a1 (N9a5a+A12469G) 日本（千葉県等）
N9a5b (N9a5+A5498G) 日本（東京都等）
N9a11 (N9a+T16172C+T195C!+T6092C+A9180G+G10801A+C13934T+T14581C+T16311C!) ラオス（ルアンパバーン）、中国（漢族 福建省2人・広東省2人・湖北省1人・浙江省2人・河南省1人・河北省1人・江蘇省1人・計0.046%）
N9a11a (N9a11+T453A) 台湾（漢族）
N9a11a1 (N9a11a+T3199A) 台湾（客家）
N9a11a2 (N9a11a+G7598A) 中国（福建省漢族）
N9a11a3 (N9a11a+T961C) 中国
N9a6 (N9a+T4856C+C16292T) マレーシア（クランタン州マレー人）
N9a6+A15080G タイ王国（ラワ族・北タイ人）、ベトナム（ホーチミン市キン族等）、カンボジア（クメール人）、インドネシア（スンダ族）、フィリピン（アクラン州）、アメリカ合衆国
N9a6a (N9a6+A15080G+C13742T+C16294T) タイ王国（マレー人）、カンボジア（クメール人）
N9a6a1 (N9a6a+T11253C) マレーシア（ジャハイ族・ケンシウ族）、タイ王国（マレー人）
N9a6a1a (N9a6a1+G260A) マレーシア（テムアン族）
N9a6a1a1 (N9a6a1a+C311T) マレーシア（テムアン族）
N9a6a2 (N9a6a+T4586C) インドネシア（パランカラヤ、バンジャルマシンバンジャル族）
N9a6a3 (N9a6a+T16136C) インドネシア（ジャカルタ首都圏）
N9a6a3a (N9a6a3+A10017G) インドネシア（スマトラ島Besemah族）
N9a6a4 (N9a6a+A5036G) マレーシア（Bidayuh族）
N9a6+A15080G+A14587G ベトナム（スティエン族等）
N9a6+A15080G+C16354T ベトナム
N9a6b (N9a6+G10530C+G14364A+T16342C) マレーシア（オランセレター）
N9a6c (N9a6+T13812G) タイ王国（プータイ族）、カンボジア（クメール人）
N9a6d (N9a6+G3849A) マレーシア（ヌグリスンビラン州ミナンカバウ人）
N9a6d1 (N9a6d+C3359T) ベトナム（ヌン族・キン族）
N9a6e (N9a6+T961C) ベトナム（キン族）
N9a6e1 (N9a6e+C8963T) タイ王国（フアン族）
N9a6e1a (N9a6e1+C16188T) タイ王国（フアン族）
N9a6f (N9a6+G13604C)
N9a6f1 (N9a6f+A9109G) ベトナム（ヌン族）
N9a6f2 (N9a6f+A8862G) ベトナム
N9a6g (N9a6+G3010A) インドネシア（スマトラ島Semende族）、タイ王国（中部タイ人）
N9a6h (N9a6+A14203G) タイ王国（プータイ族・Soa族）
N9a7 (N9a+G14016A+C16291T) 日本（東北・中部北陸・計0.2%、東京都等）
N9a8 (N9a+T11368C+T15090C) 中国（漢族 0.208%）（TMRCA 12,452 [99% CI 15,645 - 9,680]年前）
N9a8a (N9a8+T15001C) 中国（北京市漢族1人・計0.0046%）
N9a8b (N9a8+A12846G) 中国
N9a8c (N9a8+C10853T) ロシア（ブリヤート）
N9a8d (N9a8+A7304G) 日本（愛知県、中部北陸地方・計0.1%）、アメリカ合衆国
N9a9 (N9a+T2887C) 中国（漢族 0.406%、北京市漢族・河南省漢族）
N9a9a (N9a9+G228T) ルーマニア（ドブロジャ地方人骨2体）
N9a9a1 (N9a9a+T16311C!) キルギス
N9a9a1a (N9a9a1+C16248T) ロシア（Chelkan族・Tuba族）
N9a9b (N9a9+T6011C) ハンガリー（今より約1000年前の人骨1体と今より約900年前の人骨1体）、中国（新疆ウイグル自治区ニルカ県出土の今より約2600年前の人骨NLKTBSY_M7）、ロシア（イングーシ共和国イングーシ族）、ウクライナ（ヴィーンヌィツャ州）
N9a9c (N9a9+A5319G)
N9a9c1 (N9a9c+C3588T) 中国
N9a9d (N9a9+C14664T) 台湾
N9a9+T16519C! 中国、ロシア
N9a9e (N9a9+T16519C!+T8516C+C9162T) 韓国、中国
N9a10 (N9a+G12771A) 中国（漢族 0.683%）、ベトナム（ホーチミン市キン族）
N9a10+T16311C! 中国（重慶市漢族）
N9a10+T16311C!+C15094T 中国（江蘇省）
N9a10+T16311C!+C15094T+A1041G タイ王国（タイダム族）、ベトナム（ヌン族）
N9a10+T16311C!+C15094T+A1041G+T5492C タイ王国（北タイ人）
N9a10+T16311C!+C15094T+A1041G+G7521A! タイ王国（北東部タイ人）、ベトナム（Thai族）
N9a10+T16311C!+C15094T+A1041G+A13419G ベトナム（ヌン族）
N9a10+T16311C!+C15094T+C16250T タイ王国（北タイ人・シャン族）、カンボジア（シェムリアップ州クメール人）
N9a10+T16311C!+C15094T+T239C タイ王国（フアン族）
N9a10+T16311C!+C15094T+A1881G 中国
N9a10+T16311C!+C9740T カンボジア（バタンバン州チャム人・コンポントム州クメール人）、ベトナム（ヌン族）、台湾（漢族）
N9a10+T16311C!+G9738A ベトナム（Hmong族）、タイ王国（Hmong族）、ラオス（Hmong族）、中国（貴州省ミャオ族）
N9a10+T16311C!+G9738A+G5780A ラオス（ルアンパバーン）、ベトナム（コーラオ族）
N9a10b (N9a10+T16311C!+G6899A) 中国（漢族 0.088%）
N9a10b+42.1G+T16311C! 中国（湖南省漢族等）
N9a10a (N9a10+G9755A) 中国（漢族 0.055%）
N9a10a1 (N9a10a+A9821G) 中国（内モンゴル自治区漢族1人・湖北省漢族1人・山東省漢族1人・計0.014%）
N9a10a2 (N9a10a+T9428C) フィリピン、台湾、中国（江蘇省漢族1人・計0.0046%）
N9a10c (N9a10+C14691T) タイ王国（北タイ人）
N9a10d (N9a10+A12534G) タイ王国（中部タイ人・北東部タイ人）、中国
N9a10e (N9a10+A1027G) 中国（漢族 0.231%）
N9a10e1 (N9a10e+G3882A) タイ王国（Mon族・中部タイ人）
N9a10e2 (N9a10e+G143A) 中国（漢族 0.046%）
N9a10f (N9a10+G9055A+C9740T) 中国（漢族 広西チワン族自治区1人・湖南省3人・重慶市1人・広東省3人・福建省1人・浙江省2人・江蘇省1人・計0.055%）
N9a12 (N9a+T5063C) 中国
N9a13 (N9a+C7376T) 台湾、中国（漢族 0.097%）
N9a13a (N9a13+A14251G) タイ王国（タイルー族）
N9a14 (N9a+A13862G) 中国
N9a15 (N9a+G1888A) 中国（新疆漢族1人・広東省漢族2人・四川省漢族1人・浙江省漢族1人・江蘇省漢族1人・計0.028%）
N9a15a (N9a15+A8589G) 香港
N9a15b (N9a15+G8251A) タイ王国（タイユアン族）
N9a16 (N9a+A13927T)
N9a16a (N9a16+C8794T) タイ王国（コンムアン）
N9a17 (N9a+T204d)
N9b：日本、沿海州
Y：
Y1
Y1a: オホーツク海沿岸
Y1b
Y1b1: 中国、日本、ベトナム
Y1b2: ロシア（ヴォルガ・タタール人）
Y1c: ロシア（ハム二ガン族）、韓国（特に済州島民）、中国新疆（ウイグル族）、カナダ
Y2
Y2a マレー諸島