2016年のガンバ大阪は、ガンバ大阪にとってJ1リーグでの通算23シーズン目、日本のトップディビジョンでの通算29シーズン目となる。監督が長谷川健太となってから4年目のシーズンとなった。チームスローガンは「Ambition」。2016年のJ1リーグは前年と同様に2ステージ制で行われ、1stステージは2月から6月、2ndステージは7月から11月、チャンピオンシップは11月後半にあった。同じ街のライバル、セレッソ大阪がJ2から昇格を果たせなかったため、G大阪の主なライバルマッチはヴィッセル神戸との阪神ダービーとなり、それは3月19日の第4節、8月20日の第26節に開催された。 G大阪は1stステージは6位、2ndステージは4位となり、年間総合順位は4位だった。

2015年のJ1リーグで2位となったG大阪は、それによって8度目となるAFCチャンピオンズリーグ2016出場権を獲得した。AFCチャンピオンズリーグ2015では準決勝に進んだG大阪は、オーストラリアのメルボルン・ビクトリー、韓国の水原三星ブルーウィングス、そして多額の補強費を注ぎ込む中国の上海上港が集うタフなグループGへと入った。グループステージはホーム・アンド・アウェーの総当り方式で実施され、2月24日水曜日に始まり、5月3日火曜日に終了した。 G大阪は6試合を戦い、勝点わずか2にとどまった。

第95回天皇杯全日本サッカー選手権大会の優勝チームとして、G大阪はシーズンの始まる2月20日に横浜で開催されたFUJI XEROX SUPER CUP2016に出場し、2015年のJ1リーグチャンピオンシップで敗れた相手であるサンフレッチェ広島と対戦した。G大阪にとってこれが6度目のスーパーカップ出場となった。前半の早い時間帯に佐藤寿人と浅野拓磨にゴールを決められ2-0とされ、G大阪も宇佐美貴史が1点を返したが、直後にピーター・ウタカの追加点で3-1と突き放され、広島が優勝した。

2016年のJリーグカップでは、ACLに出場していたG大阪はグループステージを免除され、準々決勝からの参加となった。 3年連続でJリーグカップの決勝へと進んだが、PK戦で浦和レッドダイヤモンズに敗れた。天皇杯も同様に4回戦からの参加となった。

またこの年はG大阪にとって新たにオープンした市立吹田サッカースタジアムでプレーする最初のシーズンとなった。同スタジアムは2015年までホームスタジアムとして使用していた万博記念競技場と同じ公園内にある。 2016年2月14日に行われたプレシーズンマッチの「Panasonic Cup」、名古屋グランパス戦が新スタジアムにおける最初の試合となり、G大阪が3-1で勝利した。 最初のリーグ戦となった2月28日の鹿島アントラーズ戦では32,463人の観客が集まったが、1-0で敗れた。 新スタジアムへの移転に伴い、リーグ戦の平均観客数は2015年の15,999人から、2016年は25,342人へと増加した。

Jリーグでは、この年より23歳以下のセカンドチームによるJ3リーグ参加が認められるようになり、「ガンバ大阪U-23」が参戦した。同チームは原則として23歳以下の選手によって構成されるが、3名までオーバーエイジの選手の起用が認められる。 G大阪U-23は、トップチームと同じ市立吹田サッカースタジアムに加え、万博記念競技場もホームスタジアムとして使用する。

 加入・移籍選手 
トップチームは内田裕斗が徳島ヘ、明神智和が名古屋ヘ移籍。リンスが契約満了し、赤嶺真吾が岡山へ期限付き移籍した。補強面では横浜FMから藤本淳吾を完全移籍で獲得、サンパウロ(ブラジル)からアデミウソンを期限付きで獲得し、藤枝MYFCに期限付き移籍をしていた小川直毅、愛媛に期限付き移籍をしていた岡崎建哉、山形に期限付き移籍をしていた小椋祥平が復帰した。また、ユースから高木彰人、市丸瑞希、初瀬亮、堂安律が昇格（堂安は飛び級での昇格）。関西学院大学から呉屋大翔、大津高校から野田裕喜と一美和成が入団した。

 IN 
Pos選手名前所属発表日備考FW 呉屋大翔 関西学院大学2015年8月7日加入内定DF 野田裕喜 熊本県立大津高等学校2015年10月22日加入内定FW 一美和成 熊本県立大津高等学校2015年10月22日加入内定DF 初瀬亮 ガンバ大阪ユース2015年11月24日トップチームへ昇格MF 市丸瑞希 ガンバ大阪ユース2015年11月24日トップチームへ昇格MF 堂安律 ガンバ大阪ユース2015年11月24日トップチームへ昇格FW 高木彰人 ガンバ大阪ユース2015年11月24日トップチームへ昇格FW 小川直毅 藤枝MYFC2016年1月6日期限付き移籍期間終了に伴い復帰MF 岡崎建哉 愛媛FC2016年1月6日期限付き移籍期間終了に伴い復帰MF 藤本淳吾 横浜F・マリノス2016年1月11日完全移籍で獲得MF 小椋祥平 モンテディオ山形2016年1月16日期限付き移籍期間終了に伴い復帰

 IN（レンタル） 
Pos選手名前所属発表日期間備考FW アデミウソン サンパウロFC2016年1月8日非公開

 OUT 
Pos選手名移籍先発表日備考FW リンス未定2016年1月2日契約満了DF 内田裕斗 徳島ヴォルティス2016年1月6日完全移籍MF 明神智和 名古屋グランパス2016年1月6日完全移籍

 OUT（レンタル） 
Pos選手名移籍先発表日期間備考FW 赤嶺真吾 ファジアーノ岡山2016年1月7日非公開 

 所属メンバー 

 スタッフ 
 役職 国 名前 生年月日 備考 監督 長谷川健太 1965年9月25日 ヘッドコーチ 和田一郎 1974年1月31日 フィジカルコーチ 吉道公一朗 1976年4月17日 テクニカルコーチ 大島琢 1985年9月14日 GKコーチ 森下申一 1960年12月28日 アシスタントコーチ/J3監督 實好礼忠 1972年10月19日 コーチ 児玉新 1982年10月8日 フィジカルトレーナー 佐藤淳 1982年5月23日 

 IN 
役職名前前職発表日備考GKコーチ 森下申一 栃木SC：GKコーチ2016年1月4日新任コーチ 児玉新 ガンバ大阪：ジュニア コーチ2016年1月4日新任フィジカルトレーナー 佐藤淳 ガンバ大阪：ユース トレーナー2016年1月4日新任アシスタントコーチ兼U-23監督 實好礼忠 名古屋グランパス：コーチ2016年1月7日新任

 OUT 
役職選手名就職先発表日備考GKコーチ マルキーニョス未定2016年1月2日契約満了コーチ シジクレイ未定2016年1月2日契約満了ヘッドコーチ 片野坂知宏 大分トリニータ：監督2016年1月4日契約満了

 ユニフォーム・スポンサー 

 結果 

|-
|align=left| 2016明治安田生命J1リーグ || — || 4位 || 2016年2月28日 || 2016年11月3日
|-
|align=left| 2016明治安田生命J1リーグ 1stステージ || — || 6位 || 2016年2月28日 || 2016年6月25日 
|-
|align=left| 2016明治安田生命J1リーグ 2ndステージ || — || 4位 || 2016年7月2日 || 2016年11月3日 
|-
|align=left| FUJI XEROX SUPER CUP 2016 || 決勝のみ ||bgcolor=silver| 準優勝 ||colspan=2| 2016年2月20日
|-
|align=left| 2016JリーグYBCルヴァンカップ || 準々決勝から ||bgcolor=silver| 準優勝 || 2016年8月31日 || 2016年10月15日
|-
|align=left| AFCチャンピオンズリーグ2016 || グループステージから || グループステージ敗退 || 2016年2月24日 || 2016年5月3日
|-
|align=left| 第96回天皇杯全日本サッカー選手権大会 || 4回戦から || || 2016年11月9日 || 

 プレシーズン 

 Panasonic Cup 

 FUJI XEROX SUPER CUP 

 J1リーグ 

 年間成績 

 年間順位表 

 1stステージ 

 1stステージ順位表 

 節別成績表 

 節別試合結果 

 2ndステージ 

 2ndステージ順位表 

 節別成績表 

 節別試合結果 

 ルヴァン杯 

 ノックアウトステージ 

 天皇杯 

 AFCチャンピオンズリーグ 

 グループリーグ 

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 選手成績 

 出場試合数・得点数 

 警告・退場数 

 ガンバ大阪U-23 

 J3リーグ 

 年間成績（U-23） 

 節別成績表（U-23） 

 節別試合結果（U-23） 

 選手成績（U-23）

 出場試合数・得点数（U-23）

 警告・退場数（U-23）