第98回全国高等学校野球選手権大会（だい98かいぜんこくこうとうがっこうやきゅうせんしゅけんたいかい）は、2016年8月7日から8月21日までの14日間（休養日を除く）にわたって阪神甲子園球場で行われた全国高等学校野球選手権大会である。

キャッチフレーズは「ワクワク、ドキドキ甲子園」。

 概要 
第88回選抜大会と同様に、甲子園球場のバックネット裏前方の118席に「ドリームシート」が設定された。

 日程 
 2016年
 1月27日 - 第1回運営委員会を開催。大会日程を協議し、開幕日を8月7日とすることなどを決定。前年の第97回大会から開幕日を1日ずらしたのは、リオデジャネイロオリンピック開会式が8月6日に組まれていることに配慮したもの。
 4月20日 - 第2回運営委員会を開催し、8月21日に予定される決勝戦の試合開始時刻について、例年より1時間遅らせて14時00分とすることを決定した。これはリオデジャネイロオリンピックの競技の日本でのテレビ中継放送時間と重なることを避けるための措置。
 6月8日 - 高野連が本大会の準決勝試合開始時間を従来より1時間早め、第一試合を午前10時に開始することを発表。
 6月10日 - 地方大会の日程を発表。ただし、この時点で熊本地震の被災地・熊本は会期・会場とも未定。
 6月18日 - 沖縄大会を皮切りに地方大会が開幕。
 6月21日 - 熊本大会の日程が正式決定。
 7月8日 - 全国高等学校野球選手権地方大会の組み合わせ抽選会がすべて終了し、参加校が前年より32校少ない3874校で確定。
 7月22日 - 前年度佐賀代表の龍谷で野球部員の喫煙が発覚し、佐賀大会の準決勝を出場辞退。対戦相手の唐津商は不戦勝で決勝進出。
 7月31日 - 神奈川大会、大阪大会を最後に地方大会が終了。
 8月1日から4日 - 出場校による甲子園練習（4日間）。
 8月4日 - 組み合わせ抽選会をフェスティバルホールで開催。
 8月7日 - 開会式。
 8月14日 - 2回戦第4試合、横浜（神奈川）対履正社（大阪）戦で2回裏履正社の攻撃中、雷雨による悪天候の為に43分にわたって中断。試合再開直後に、再度40分にわたって試合中断。試合時間は1時間23分間の中断を含めて合計3時間40分と、今大会最長となった。
 8月19日 - 休養日。
 8月21日 - 決勝戦が本大会より14時開始となり、作新学院（栃木）が、7 - 1で北海（南北海道）を下し、1962年の第44回大会以来54年ぶり2回目の優勝。閉会式。

 代表校 

地方大会代表校出場回数北北海道クラーク国際初出場南北海道北海2年連続37回目青森八戸学院光星2年ぶり8回目岩手盛岡大付2年ぶり9回目秋田大曲工初出場山形鶴岡東2年連続5回目宮城東北7年ぶり22回目福島聖光学院10年連続13回目茨城常総学院3年ぶり16回目栃木作新学院6年連続12回目群馬前橋育英3年ぶり2回目埼玉花咲徳栄2年連続4回目山梨山梨学院5年ぶり6回目千葉木更津総合3年ぶり5回目東東京関東第一2年連続7回目西東京八王子初出場神奈川横浜3年ぶり16回目長野佐久長聖2年ぶり7回目新潟中越2年連続10回目富山富山第一3年ぶり2回目石川星稜2年ぶり18回目福井北陸24年ぶり3回目静岡常葉菊川3年ぶり5回目愛知東邦2年ぶり17回目岐阜中京14年ぶり6回目

地方大会代表校出場回数三重いなべ総合6年ぶり2回目滋賀近江2年ぶり12回目京都京都翔英初出場奈良智弁学園2年ぶり18回目和歌山市和歌山2年ぶり5回目大阪履正社6年ぶり3回目兵庫市尼崎33年ぶり2回目岡山創志学園初出場鳥取境9年ぶり8回目広島広島新庄2年連続2回目島根出雲初出場山口高川学園初出場香川尽誠学園9年ぶり11回目愛媛松山聖陵初出場徳島鳴門5年連続11回目高知明徳義塾7年連続18回目福岡九州国際大付3年連続7回目佐賀唐津商5年ぶり5回目長崎長崎商29年ぶり7回目熊本秀岳館15年ぶり2回目大分大分2年ぶり2回目宮崎日南学園2年ぶり8回目鹿児島樟南3年ぶり19回目沖縄嘉手納初出場

 試合結果 

 1回戦 
試合日試合順勝利スコア敗戦備考試合時間勝利校の次戦8月7日（第1日）第1試合鳴門3 - 2佐久長聖2時間12分鳴門は第7日・第4試合へ第2試合智弁学園6 - 1出雲1時間59分智弁学園は第7日・第4試合へ第3試合盛岡大付8 - 6九州国際大付2時間33分盛岡大付は第7日・第3試合へ8月8日（第2日）第1試合いなべ総合5 - 3鶴岡東2時間3分いなべ総合は第8日・第1試合へ第2試合中京12 - 4大分2時間23分中京は第8日・第2試合へ第3試合履正社5 - 1高川学園1時間45分履正社は第8日・第4試合へ第4試合東邦19 - 9北陸2時間28分東邦は第8日・第3試合へ8月9日（第3日）第1試合八戸学院光星5 - 4市尼崎延長10回2時間14分八戸学院光星は第8日・第3試合へ第2試合山梨学院5 - 3長崎商1時間54分山梨学院は第8日・第1試合へ第3試合横浜7 - 1東北2時間24分横浜は第8日・第4試合へ第4試合常総学院11 - 0近江2時間21分常総学院は第8日・第2試合へ8月10日（第4日）第1試合広島新庄2 - 1関東第一延長12回2時間42分広島新庄は第9日・第3試合へ第2試合樟南9 - 1京都翔英1時間57分樟南は第9日・第2試合へ第3試合市和歌山8 - 2星稜1時間46分市和歌山は第9日・第1試合へ第4試合花咲徳栄6 - 1大曲工2時間18分花咲徳栄は第9日・第2試合へ8月11日（第5日）第1試合日南学園7 - 1八王子1時間50分日南学園は第9日・第1試合へ第2試合富山第一1x - 0中越1時間48分富山第一は第9日・第3試合へ

 2回戦 
試合日試合順勝利スコア敗戦試合時間勝利校の次戦8月11日第3試合嘉手納10 - 3前橋育英2時間20分嘉手納は第10日・第1試合へ8月12日（第6日）第1試合聖光学院5 - 3クラーク国際2時間17分聖光学院は第11日・第1試合へ第2試合北海2x - 1松山聖陵2時間27分北海は第11日・第4試合へ第3試合作新学院3 - 0尽誠学園1時間53分作新学院は第11日・第2試合へ第4試合秀岳館6 - 1常葉菊川1時間58分秀岳館は第10日・第2試合へ8月13日（第7日）第1試合木更津総合2 - 0唐津商1時間31分木更津総合は第11日・第3試合へ第2試合明徳義塾7 - 2境1時間52分明徳義塾は第10日・第1試合へ第3試合盛岡大付11 - 8創志学園2時間37分盛岡大付は第10日・第3試合へ第4試合鳴門5 - 2智弁学園1時間56分鳴門は第10日・第3試合へ8月14日（第8日）第1試合いなべ総合7 - 2山梨学院1時間58分いなべ総合は第10日・第2試合へ第2試合常総学院8 - 3中京2時間20分常総学院は第10日・第4試合へ第3試合東邦10x - 9八戸学院光星2時間40分東邦は第11日・第1試合へ第4試合履正社5 - 1横浜2時間17分履正社は第10日・第4試合へ8月15日（第9日）第1試合日南学園6 - 4市和歌山2時間2分日南学園は第11日・第4試合へ第2試合花咲徳栄6 - 3樟南2時間22分花咲徳栄は第11日・第2試合へ第3試合広島新庄7 - 1富山第一1時間49分広島新庄は第11日・第3試合へ

 3回戦 
試合日試合順勝利スコア敗戦試合時間勝利校の次戦8月16日（第10日）第1試合明徳義塾13 - 5嘉手納2時間19分明徳義塾は準々決勝・2試合目へ第2試合秀岳館6 - 1いなべ総合2時間16分秀岳館は準々決勝・1試合目へ第3試合鳴門11 - 9盛岡大付2時間27分鳴門は準々決勝・2試合目へ第4試合常総学院7 - 4履正社2時間4分常総学院は準々決勝・1試合目へ8月17日（第11日）第1試合聖光学院5 - 2東邦2時間16分聖光学院は準々決勝・3試合目へ第2試合作新学院6 - 2花咲徳栄2時間6分作新学院は準々決勝・4試合目へ第3試合木更津総合2 - 0広島新庄1時間23分木更津総合は準々決勝・4試合目へ第4試合北海4 - 1日南学園1時間31分北海は準々決勝・3試合目へ

 準々決勝 
試合日試合順勝利スコア敗戦試合時間勝利校の次戦8月18日（第12日）第1試合秀岳館4 - 1常総学院2時間7分秀岳館は準決勝・2試合目へ第2試合明徳義塾3 - 0鳴門1時間50分明徳義塾は準決勝・1試合目へ第3試合北海7 - 3聖光学院2時間15分北海は準決勝・2試合目へ第4試合作新学院3 - 1木更津総合1時間41分作新学院は準決勝・1試合目へ

 準決勝 
試合日試合順勝利スコア敗戦試合時間8月20日（第13日）第1試合作新学院10 - 2明徳義塾2時間30分第2試合北海4 - 3秀岳館2時間18分

 決勝 
8月21日（第14日）

 大会本塁打 

 その他の主な出場選手 

 備考 
 北北海道代表のクラーク国際は、通信制高校としては初の選手権大会出場校となった。
 準決勝に進出した4校はいずれも初戦が2回戦からだった。出場校が49校となった第60回大会以降では初となる。
 当大会以降から、それまで高校野球期間中は隠されていたベンチ広告が高校野球開催時も隠さなくなった。

 各地方大会の日程 
 日程…開幕日が太字になっている地方は、開会式のみ実施。
 チーム数は、日本高野連の発表に基づき、複数校で構成される連合チームを1チームとしてカウント。
 連…連合チームが参加（○…あり、×…なし）

 地方大会 日程 チーム数 使用球場数（決勝戦の会場） 準優勝校 連北北海道6月26日 - 7月21日976（旭川スタルヒン球場）滝川西○南北海道6月25日 - 7月22日1156（札幌市円山球場）札幌日大○青森7月7日 - 7月21日654（青森市営野球場）大湊○岩手7月8日 - 7月24日683（岩手県営野球場）一関学院○秋田7月12日 - 7月25日474（こまちスタジアム）角館○山形7月8日 - 7月21日495（荘内銀行・日新製薬スタジアムやまがた）山形中央×宮城7月10日 - 7月28日724（楽天Koboスタジアム宮城）利府○福島7月8日 - 7月24日786（郡山総合運動場開成山野球場）光南○茨城7月7日 - 7月26日1005（水戸市民球場）明秀日立○栃木7月10日 - 7月24日633（宇都宮清原球場）国学院栃木○群馬7月9日 - 7月28日653（上毛新聞敷島球場）健大高崎○埼玉7月9日 - 7月27日15810（埼玉県営大宮公園野球場）聖望学園○山梨7月10日 - 7月24日362（山日YBS球場）東海大甲府×千葉7月10日 - 7月26日17011（QVCマリンフィールド）市船橋○東東京7月2日 - 7月28日1376（明治神宮野球場）東亜学園○西東京7月2日 - 7月27日1288（明治神宮野球場）東海大菅生○神奈川7月10日 - 7月31日18811（横浜スタジアム）慶応○長野7月9日 - 7月24日845（松本市野球場）松商学園○新潟7月8日 - 7月24日867（HARD OFF ECOスタジアム新潟）新潟明訓×富山7月14日 - 7月28日476（富山市民球場）富山商○石川7月14日 - 7月27日503（石川県立野球場）日本航空石川○福井7月14日 - 7月27日303（福井県営球場）福井商×静岡7月10日 - 7月27日11210（静岡県草薙総合運動場硬式野球場）袋井×愛知7月9日 - 7月30日19010（岡崎市民球場）愛工大名電○岐阜7月10日 - 7月28日687（長良川球場）大垣日大×三重7月15日 - 7月28日634（四日市市営霞ヶ浦第一野球場）津田学園○滋賀7月9日 - 7月27日522（滋賀県立彦根球場）高島○京都7月9日 - 7月25日793（わかさスタジアム京都）福知山成美×奈良7月10日 - 7月28日411（佐藤薬品スタジアム）天理×和歌山7月13日 - 7月28日391（和歌山県営紀三井寺野球場）箕島×大阪7月9日 - 7月31日1777（舞洲ベースボールスタジアム）金光大阪○兵庫7月9日 - 7月28日1629（明石トーカロ球場）明石商○岡山7月10日 - 7月25日593（マスカットスタジアム）玉野光南×鳥取7月16日 - 7月27日251（どらやきドラマチックパーク米子市民球場）米子松蔭×広島7月9日 - 7月26日928（MAZDA Zoom-Zoom スタジアム広島）如水館○島根7月13日 - 7月24日392（松江市営野球場）立正大淞南×山口7月15日 - 7月28日594（西京スタジアム）宇部鴻城○香川7月9日 - 7月25日402（レクザムスタジアム）高松商×愛媛7月13日 - 7月28日604（坊っちゃんスタジアム）新田×徳島7月9日 - 7月28日311（オロナミンC球場）鳴門渦潮×高知7月16日 - 7月27日292（高知県立春野運動公園野球場）中村○福岡7月9日 - 7月30日13410（北九州市民球場）福岡工大城東○佐賀7月9日 - 7月25日412（みどりの森県営球場）佐賀商×長崎7月8日 - 7月24日572（長崎ビッグNスタジアム）大村工×熊本7月10日 - 7月26日633（藤崎台県営野球場）九州学院○大分7月3日 - 7月25日451（別大興産スタジアム）佐伯鶴城○宮崎7月9日 - 7月27日482（KIRISHIMAサンマリンスタジアム宮崎）宮崎商○鹿児島7月2日 - 7月26日732（鹿児島県立鴨池野球場）鹿児島実○沖縄6月18日 - 7月17日634（沖縄セルラースタジアム那覇）美里工×