ハプログループZ (mtDNA)（ハプログループZ (ミトコンドリアDNA)、）とは、分子人類学で用いられる、人類のミトコンドリアDNAハプログループ（型集団）の分類のうち、「CZ」を祖先に持ち152 6752 9090 15784 16185 16260の変異を持つものである。中国北部で誕生したと考えられる。

分布
ハプログループZはフィン人、サーミ人、ロシア人、ハザーラ人、日本人、朝鮮人、中国、カムチャツカの先住民などで観察される。一部はY染色体ハプログループNと同じような拡散経路をたどったと考えられ、ウラル語族との関連が想定される。

現代の日本に於けるハプログループZの検出頻度は下記の通り：　3.4% (4/118) 東京都（JPT）、1.5%（北海道・東北・中部北陸）、1.4% (3/211）日本全国 、1.3% (17/1312) 日本人。

Yamamoto et al. によれば現代日本人に見られるハプログループZのサブタイプは以下の通り：

Z 1.5%（北海道・東北・中部北陸）
Z2 0.9%（北海道・東北・中部北陸）
Z3 0.5%（東北・中部北陸）
Z3* 0.2%（東北・中部北陸）
Z3+709 (Z3c'd*) 0.1%（中部北陸）
Z3d 0.2%（東北・中部北陸）
Z4 0.1%（中部北陸）
Z4a1a1 0.1%（中部北陸）

Li Yuchun et al. によれば現代漢族に見られるハプログループZのサブタイプは以下の通り：

Z 2.949%
Z1a 0.023%
Z1a1 0.014%
Z2 0.018%
Z3 1.823%
Z3a 0.106%
Z3a1 0.042%
Z3a1a 0.018%
Z3b 0.023%
Z3c 0.369%
Z3d 0.517%
Z4 0.798%
Z4a 0.549%
Z4a1 0.129%

系統樹
This phylogenetic tree of haplogroup Z subclades is based on the paper by Mannis van Oven and Manfred Kayser Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation and subsequent published research.

 Z
 Z* – タイ王国 (チエンラーイ県プーラン族）
 Z5 – 日本 (愛知県)
 Z-T152C!
 Z1 (TMRCA 15962.5 [SD 4819.2]年前、TMRCA 16,346 [99% CI 20,466 - 12,762]年前)
 Z1a – ロシア（コリャーク、ブリヤート、カルムイク、ハカス、ショル、アルタイ人）、カザフ、キルギス、中国（ヒンガン盟・フルンボイル市・シリンゴル盟モンゴル族、ウイグル族、漢族 0.023%)、トルコ、ウズベキスタン（アラブ人）(TMRCA 6316.6 [SD 2851.2]年前、TMRCA 6,280 [99% CI 7,649 - 5,067]年前)
 Z1a1 – イタリア、ハンガリー (アヴァール人骨)、ドイツ、スエーデン、カザフ、ブリヤート、中国（ウイグル族、キルギス族、漢族 0.014%）(TMRCA 4634.1 [SD 2678.4]年前)
 Z1a1a – ロシア（ハカス・ノガイ・ウドムルト・クラスノダール地方・アバザ人・チェルケス人等)、フィンランド、ノルウェー、スエーデン、エストニア、ウクライナ人
 Z1a1a* – ノルウェー、フィンランド、スエーデン（ノールボッテン県・ヴェステルボッテン県サーミ人）、ロシア（コミ人、 チェリャビンスク州)、イエニセイ川下流域ケット人）
 Z1a1a1 (Z1a1a+G4491A) – フィンランド (東スオミ州)、 エストニア (ラプラ県)
 Z1a1a2 (Z1a1a+C9693T) – ロシア（ウドムルト人）
 Z1a1a3 (Z1a1a+G499A) – ロシア (チェリャビンスク州、ノヴゴロド州)、 ポーランド
 Z1a1a4 (Z1a1a+C5206T) – ロシア(チェリャビンスク州)
 Z1a1b – ロシア（サハ共和国エヴェンキ・ドルガン）
 Z1a1b* – ロシア（タイミル半島ガナサン、インディギルカ川下流域ユカギール)、サハ共和国エヴェン)、イエングラ川流域・ニュクジャ川流域エヴェンキ）
 Z1a1b1
 Z1a1b1* – ロシア（イルクーツク州ブリヤート）
 Z1a1b1a – 中国（ウイグル族）
 Z1a2 (TMRCA 4774.2 [SD 3062.4]年前)
 Z1a2* – ウリチ
 Z1a2a – ロシア（イテリメン・コリヤーク）
 Z1a2a* – ロシア（カムチャツカ地方エヴェン、アナディル川上流域ユカギール）
 Z1a2a1
 Z1a2a1* – ロシア（カムチャツカ地方エヴェン、サハ共和国スレドネコリムスク管区ベレゾフカ村エヴェン)
 Z1a2a1a – ロシア（カムチャツカ地方エヴェン、ハバロフスク地方マヤ川流域ネルカン村エヴェンキ）
 Z1a3 (TMRCA 2400 [95% CI 1250 <-> 4300]年前)
 Z1a3* – ロシア（アナディル川上流域ユカギール、サハ共和国エヴェン、ニュクジャ川流域エヴェンキ、ヤクート）
 Z1a3a (Z1a3+A9151G)
 Z1a3a* – ロシア（カムチャツカ地方エヴェン・マガダン州エヴェン）
 Z1a3a1 (Z1a3a+C8997T) – ロシア（コリマ川下流域ユカギール、サハ共和国ベレゾフカ村エヴェン)
 Z1a3b (Z1a3+G9145A) – ロシア（サハ共和国ベレゾフカ村エヴェン)、ヤクート）
 Z1a4 (Z1a+G5231A) (TMRCA 3500 [95% CI 1800 <-> 6300]年前)
 Z1a4* – ハンガリー（今より約1200年前の人骨1体 ERS9945053）、ロシア（Tuba、テレウト）、中国（ウイグル族）
 Z1a4a (Z1a4+C10160T) – 中国（ウイグル族）
 Z1a4b (Z1a4+A16219G) - ロシア（イルクーツク州ブリヤート）
 Z1a4b1 (Z1a4b+A9368G) - 中国（バルガ族）
 Z1b – ロシア（トファ人）
 Z1b1 (G251A) - ロシア（トファ人）、中国（バルガ族）
 pre-Z2 (Z+A3145G+A8188G+C14668T) 韓国、中国（山東省漢族1人・計0.0046%）(TMRCA 5,215 [99% CI 8,282 - 2,949]年前）
 Z2 (pre-Z2+T15184C) – 日本 (東京都・愛知県等、北海道地方・東北地方・中部北陸地方・計0.9%) (TMRCA 3700 [95% CI 1600 <-> 7400] ybp)、中国（山東省漢族2人・四川省漢族1人・計0.014%）
 Z2a (Z2+A8521G) 日本（東京都等）
 Z3 – China (Shanghai, Dengba, Xinjiang Uyghur, etc.), Singapore, Malaysia, Thailand (Lao Isan in Chaiyaphum Province), Vietnam, Uyghur, Evenk (Sakha Republic), Mongol (Hohhot, Tongliao, Chaoyang, Chifeng, Jiangsu), Buryat, Kalmyk, Altai Kizhi, Kyrgyz, Kazakh, Tajik, Azerbaijan, North Ossetian, Romania, USA (TMRCA 15,836 [SD 4,397] ybp)
 Z3a – China (Mongol, Xibo, Deng, etc.), Kazakh (TMRCA 12,900 [95% CI 9,000 <-> 18,000] ybp)
 Z3a1
 Z3a1a
 Z3a1a - Nepal (Newar, Magar, Tharu, Eastern Nepal, Kathmandu)
 Z3a1a* – Lachungpa, Lepcha
 Z3a1a1 – China
 Z3a1a2 – Gallong, Dirang Monpa, Thailand (Khon Mueang in Mae Hong Son Province), Vietnam (Hà Nhì)
 Z3a1b – Yakut
 Z3a2 – Lachungpa
 Z3a2a – Lachungpa
 Z3a3 – Thailand (Palaung in Chiang Mai Province, Lawa in Mae Hong Son Province)
 Z3b (Z3+G9055A+G12501A) – 中国（Deng族）(TMRCA 8100 [95% CI 14200 <-> 4200] ybp)
 Z3b1 (Z3b+C16287T) 中国（Deng族）
 Z3b2 (Z3b+T146C!) インド（Gallong族）
 Z3b3 (Z3b+T7378A)
 Z3c'd (Z3+G709A)
 Z3c'd* - ロシア（ヤクート）、中国（河南省漢族）、日本（中部北陸地方・計0.1%）
 Z3c – アルタイ人、中国 (通遼市モンゴル族、漢族 0.369%)、カンボジア (シェムリアップ州)、ベトナム、日本（TMRCA 8,200 [99% CI 10,154 - 6,487]年前）
 Z3c1 (Z3c+T15300C) イラン、中国 (タシュクルガンタジク自治県キルギス族）
 Z3c2 (Z3c+C5424T)
 Z3c3 (Z3c+T9813d）
 Z3d – 中国（漢族 0.517%）、モンゴル、韓国、日本 (東北地方・中部北陸地方・計0.2%)（TMRCA 10,187 [99% CI 12,055 - 8,503]年前）
 Z3d* 中国（モンゴル族・黒竜江省ダウール族・重慶市等）
 Z3d1 (Z3d+A9494G) 中国
 Z3d2 (Z3d+T3396C) キルギス
 Z3d2a (Z3d2+A3405G) シンガポール
 Z3d2a1 (Z3d2a+C13654T) 台湾
 Z3+G11696A – China, Korea
 Z3+G11696A+C16380T - China
 Z3+G11696A+T454C - China
 Z3+T8227C – China
 Z3+T8227C+A13629G - China
 Z3+T8227C+T4363C - Korea
 Z3+T8227C+T4363C+A12996G - China (HGDP She people)
 Z3+T8227C+T4363C+A12996G+T773C - Pakistan (HGDP Hazara)
 Z3g (Z3+G7337A) - 日本（東京都）、中国（漢族 内モンゴル自治区1人・北京市1人・上海市1人・四川省1人・浙江省1人・計0.023%）、カザフスタン
 Z3+A13105G! - China (Barghut from Inner Mongolia)
 Z3+A13105G!+A13434G - China (Han from Henan, etc.)
 Z4 – China (Suzhou, Mongol in Shandong, etc.), Thailand (Phuan in Suphan Buri Province), Philippines, Uzbekistan, Kazakhstan, Kalmyk, Khakas, Karanogai (TMRCA 16665.5 [SD 4320.0]年前)
 Z4a – 中国（Han from Hunan and Denver, 内モンゴル自治区・遼寧省・黒竜江省・河北省・河南省・山東省モンゴル族、ダウール族、ウイグル族等）、日本（東京都）、アメリカ合衆国
 Z4a1 – 中国 (漢族 0.129%、包頭市・シリンゴル盟モンゴル族)
 Z4a1a (Z4a1+A5894G) 中国（チベット自治区出土の今より約2000年前の人骨Sangdalongguo_2018M6）、インドネシア
 Z4a1a1 (Z4a1a+A3520G+T7270C+T8654C+A11719G+C16294T) 日本（東京都等、中部北陸地方・計0.1%）、韓国
 Z4a1a2 (Z4a1a+C5288T) 中国（貴州省ミャオ族・湖南省漢族・雲南省漢族）
 Z4a1b (Z4a1+T3394C) 中国（武漢市漢族等、漢族 0.051%）
 Z7 (Z+T2352C+C2780T+T4363C+T8598C) ネパール（TMRCA 10900 [95% CI 17000 <-> 6500]年前）
 Z7a (Z7+G4841A) ネパール、パキスタン（バルティ人）
 Z7a1 (Z7a+C7466d) インド（Dirang Monpa族）
 Z7a2 (Z7a+A16212G) 中国（ラサ市チベット族・山南市チベット族・ティンリ県チベット族）
 Z7b (Z7+A4026G) ネパール