AFCカップ2016 () は2004年に第1回大会が開催されて以来、13回目のAFCカップである。

 出場枠 
46のAFC加盟協会 (国・地域。準会員北マリアナ諸島を除く)は、AFC大会における過去4年間のナショナルチームおよびクラブの実績に基づいてランク付けされ、2015年および2016年のAFCクラブ大会の出場枠が配分されている。

地区の割り当て
出場枠の配分においては、東西2つの地区に分ける。
西アジア地区は西アジアサッカー連盟 (WAFF)、中央アジアサッカー協会 (CAFA)、南アジアサッカー連盟 (SAFF)からインドとモルディブを除いて構成される。
東アジア地区は東南アジアサッカー連盟 (AFF)と東アジアサッカー連盟 (EAFF)にインドとモルディブを付加して構成される。

出場枠の割り当て
各地域に4つのグループステージがあり (1グループは4クラブなので全16クラブ)、12枠は協会別に与えられる直接の出場権により決定、残り4枠はプレーオフで決める。
AFCチャンピオンズリーグのグループステージに出場枠を確保していない全ての協会はAFCカップにの参加する資格がある。
各地区の7位から16位までの協会は、グループステージで少なくとも1つの出場枠を獲得(AFCチャンピオンズリーグ予選プレーオフ敗者を含む)し、残りの協会はプレーオフ枠だけを獲得する 。
 東西両地区の7位と8位の4協会は1つのAFCチャンピオンズリーグプレーオフ出場枠兼AFCカップグループステージ出場枠と1つのAFCカップグループステージ出場枠を有する。
 東西両地区の9位から12位の8協会は1つのACLプレーオフ出場枠兼AFCカップグループステージ出場枠と1つのAFCカッププレーオフ出場枠を有する。
 東西両地区の13位から16位の8協会は1つのAFCカップグループステージ出場枠と1つのプレーオフ出場枠を有する。
 東西両地区の17位から23位の14協会はAFCカップ2016出場枠を有しないが、1つのAFCカップ2016プレーオフ（予選）出場枠を有する。

 協会ランキング 
2016年のAFCカップ出場枠は、2014年11月3日に発表されたアソシエーションランキング に従って、協会ごとに出場枠が割り当てられる。これはAFCチャンピオンズリーグとAFCカップの成績、ならびに代表チームの2011年から2013年までのFIFAランキングに基づいてランク付けされたものである。

確定した出場枠は、2014年12月4日に発表された。

 「GS」：グループステージ
 「PO」：プレーオフラウンド
 2016 AFCカップへの参加 参加 不参加(N)本来の出場枠を示す。地区内のプレーオフ出場クラブ数によって直接グループステージ出場に変更される

+西アジア順位協会ポイント出場枠ACLPOGSPO予選地区全体 61047.1060200 71145.4230000 812 44.3091100 914 30.58602001016 25.54701101117 25.04301101219 22.8830110132515.9110110142811.76101101529 11.4640000163010.55401101732 8.76100111835 5.24900001936 4.07100002038 3.26800002139 2.73200012246 0.0000001合計参加協会：1211173121022

+東アジア順位協会ポイント出場枠ACLPOGSPO予選地区全体 71825.0040000 82020.0771100 92118.9491100102218.1531100112316.7561100122416.0971100132615.88402001427 12.26802001531 9.00000001633 7.55401001734 5.94600002037 3.64300011939 2.73200002041 2.62500012142 2.46400002243 2.08900002344 1.55400012445 0.8040000合計参加協会：115100315318

 注釈： 

 参加クラブ 
23協会から40チームが参加する。

斜体のチームは、 AFCチャンピオンズリーグ予選プレーオフに出場し、ACLグループステージに進出できなかった場合にAFCカップグループステージ出場権を得る。彼らがACLグループステージに進出した場合、そのチームはAFCカップに出場せず、当該協会に補欠チームが用意されている場合はそのチームが替わってAFCカップに出場する。

+西アジアグループリーグ参加チーム (グループA-D)クラブ名出場資格出場回数前回出場年 イラク・プレミアリーグ2014-15 優勝1回目初 アル・クウワ・アル・ジャウウィーヤイラク・プレミアリーグ2014-15 2位1回目初 アル・ワフダートヨルダン・プロリーグ2014-15 優勝9回目2015 アル・ファイサリーヨルダンFAカップ2014-15 優勝8回目2013 オマーン・リーグ2014-15 優勝スルターン・カーブース・カップ2014-15 優勝4回目2012 ファンジャオマーン・リーグ2014-15 2位4回目2015 アル・ムハッラクバーレーン・プレミアリーグ2014-15 優勝5回目2009 アル・アヘドレバノン・プレミアリーグ2014-15 優勝7回目2012 アル・ジャイシュシリア・プレミアリーグ2014-15 優勝6回目2015 ウェストバンク・プレミアリーグ2014-15 優勝2回目2014 イスティクロルタジク・リーグ2015 優勝タジク・カップ2015 優勝2回目2015 FKアルティン・アシルトルクメニスタン・リーグ2015 優勝トルクメニスタン・カップ2015 優勝2回目2015予選プレーオフ参加チーム（プレーオフ） アル・ヒッドバーレーン・キングスカップ2015 優勝3回目2015 レバノンFAカップ2014-15 優勝2回目2004 アル・ワフダシリア・カップ2015 優勝5回目2015 パレスチナ・カップ2014-15 優勝1回目初 FKホジェンドタジク・リーグ2015 2位1回目初 バルカントルクメニスタン・リーグ2015 2位4回目2007 キルギス・リーグ2015 優勝2回目2014

+東アジアグループリーグ参加チーム (グループE-H)クラブ名出場資格出場回数前回出場年 傑志香港プレミアリーグ2014-15 優勝6回目2015 南華香港シーズンプレーオフ2014-15 優勝7回目2015 ヤンゴン・ユナイテッドミャンマー・ナショナルリーグ2015 優勝4回目2014 エーヤワディー・ユナイテッドジェネラル・アウン・サン・シールド2015 優勝4回目2015 ジョホール・ダルル・タクジムマレーシア・スーパーリーグ2015 優勝3回目2015 セランゴールマレーシア・スーパーリーグ2015 2位5回目2014 モフン・バガンIリーグ2014-15 優勝3回目2009 ベンガルールFCインド・フェデレーションカップ2014-15 優勝2回目2015 タンピネス・ローバースSリーグ2015 2位8回目2014 バレスティア・カルサSリーグ2015 4位2回目2015 ニュー・ラディアントディヴェヒ・リーグ2015 優勝8回目2015 マジヤモルディブFAカップ2015 優勝4回目2015 セレスユナイテッド・フットボールリーグ2015 優勝2回目2015 カヤUFLカップ2015 優勝1回目初 ラオ・トヨタラオ・プレミアリーグ2015 優勝2回目2015

クラブ名出場資格出場回数前回出場年予選参加チーム (地区の区別なし) キルギス・リーグ2014 3位1回目初 バングラデシュ・プレミアリーグ2013-14 優勝1回目初 パキスタン・プレミアリーグ2014-15 優勝1回目初 ベンフィカ・デ・マカオマカオサッカーリーグファーストディビジョン2015 優勝1回目初 ホルムホンモンゴル・プレミアリーグ2014 優勝1回目初 ブータン・ナショナルリーグ2014 優勝1回目初

 補欠クラブ 
ACLプレーオフ出場クラブがグループステージに進出した場合の補欠クラブを以下に示す。なおACL東アジア地区8位、11位は補欠クラブを申請していなかった。

+ACL西アジア地区8位協会補欠チームチーム出場資格出場回数 アル・ジャジーラ2014-15ヨルダンリーグ2位2回目 

+ACL東アジア地区9/10/12位協会補欠チームチーム出場資格出場回数 ヤダナボンミャンマーナショナルリーグ2015 2位2回目 パハンFAマレーシア・スーパーリーグ2015 3位4回目 ウォリアーズ2015シンガポールプレミアリーグ 5位4回目

注釈

 日程 
2016年度のAFCカップの日程は以下のとおりである（組み合わせ抽選会はすべてマレーシア・クアラルンプールのAFCハウスにおいて行われる）。

区分節抽選日第1戦第2戦予選2015年6月29日2015年8月11-15日予選プレーオフプレーオフ抽選なし2016年2月9日グループステージ第1節2015年12月10日2016年2月23-24日第2節2016年3月8-9日第3節2016年3月15-16日第4節2016年4月12-13日第5節2016年4月26-27日第6節2016年5月10-11日決勝トーナメントラウンド162016年5月24-25日準々決勝2016年6月9日2016年9月13日-14日2016年9月20日-21日準決勝2016年9月27日-28日2016年10月18日-19日決勝2016年11月5日

 予選 
予選の組み合わせ抽選会は、2015年6月29日にクアラルンプールのAFCハウスにて行われた。

 グループA 
開催地 : (UTC+6)

|}
は予選プレーオフに進出

 グループB 
開催地 : (UTC+6)

|}
はグループステージに進出（東地区の出場枠の変動のため）

 予選プレーオフ 
プレーオフの組み合わせは2015年12月4日に発表された。

 組み合わせ 

 プレーオフ1 
 アル・ヒッドがグループステージ・グループAに進出。

 プレーオフ2 
 がグループステージ・グループBに進出。

 プレーオフ3 
 アル・ワフダがグループステージ・グループCに進出。

 プレーオフ4 
 がグループステージ・グループDに進出。

 プレーオフラウンド 

|-
!colspan=3|西地区

|}

注釈

 グループステージ 

 抽選 
組み合わせ抽選会は2015年12月10日に、クアラルンプールのAFCハウスにて行われた。その模様はAFCの公式YouTubeチャンネルでライブ配信された。

参加する32チームは4チームずつ8組に分かれる。同一協会に所属するチームが同じグループに入ることはない。グループリーグはラウンドロビン方式で6試合を戦う。

カントリーポットの抽選結果が以下の通りである
地区ポジションカントリーポットA1, B2B1, C2C1, D2E1, F2F1, G2G1, H2H1, E2E3, F4F3, G4G3, H4

括弧内の打ち消しされたクラブは抽選時のクラブである
地区グループ1234A アル・ワフダート アル・アヘド FKアルティン・アシル アル・ヒッド B アル・ファイサリー イスティクロル C アル・クウワ・アル・ジャウウィーヤ アル・ワフダ D アル・ムハッラク ファンジャ アル・ジャイシュ E タンピネス・ローバース セランゴール セレス F 傑志 バレスティア・カルサ ニュー・ラディアント カヤG モフン・バガン 南華 ヤンゴン・ユナイテッド マジヤH ジョホール・ダルル・タクジム ベンガルールFC ラオ・トヨタ エーヤワディー・ユナイテッド

 順位決定方法 
各グループの上位2チームがラウンド16に進出する。勝ち点は勝利3、引き分け1、敗退0として計算を行う。各グループで勝ち点が同点のチームが2つ以上ある場合は、以下の順に比較して順位を決定する。

当該チーム同士の対戦における、勝ち点の多少
当該チーム同士の対戦における、得失点差
当該チーム同士の対戦における、ゴール数の多少
当該チーム同士の対戦における、アウェーゴール数の多少
1から4を、(全ての順位が決まるまで)繰り返し適用する。決められない場合は、下記6以降を適用
当該チームのグループ全試合における、得失点差
当該チームのグループ全試合における、ゴール数の多少
ここまで参照し、それでも2クラブが差がつかず、さらにその両方が同じ試合会場にいる場合は、PK戦を行う
警告および退場処分になった回数をポイント化（警告＝1ポイント、2回目の警告による退場＝3ポイント、いわゆる一発退場＝3ポイント、警告に続いて退場＝4ポイント）し、ポイントの少ない方を上位とする
AFCランキング(国・協会別)の順位の高い方の所属チームを上位とする

 西地区 

 グループA 

|}

 グループB 

|}

注釈

 グループC 

|}

注釈

 グループD 

|}

注釈

 東地区 

 グループE 

|}

 グループF 

|}

 グループG 

|}

 グループH 

|}

 決勝トーナメント 

 トーナメント表 

 ラウンド16 
ラウンド16では各グループの1位が同ゾーン他グループの2位と対戦する。各グループ1位のチームがホーム開催権を持つ。

|-
!colspan=3|西地区

|-
!colspan=3|東地区

|}

 西地区 

注釈

 東地区 

 準々決勝 
準々決勝から決勝までの組み合わせ抽選会は、2016年6月9日に行われた。準々決勝から決勝までの組み合わせ抽選では、異なるゾーンのチームは決勝まで対戦することはなく、「カントリー・プロテクション（同一協会所属で2チーム以上が勝ち残った場合、当該チーム間の対戦を避ける）」は適用されない。

|-
!colspan=5|西地区

|-
!colspan=5|東地区

|}

 西地区 

二試合合計スコア 5 - 1でアル・クウワ・アル・ジャウウィーヤが準決勝進出

二試合合計スコア 3　- 0でアル・アヘドが準決勝進出

注釈

 東地区 

二試合合計スコア 3 - 1でジョホール・ダルル・タクジムが準決勝進出

二試合合計スコア 1 - 0でベンガルールFCが準決勝進出

 準決勝 

|-
!colspan=5|西地区

|-
!colspan=5|東地区

|}

 西地区 

二試合合計スコア 4 - 3でアル・クウワ・アル・ジャウウィーヤが決勝進出

 東地区 

二試合合計スコア 4 - 2でベンガルールFCが決勝進出

 決勝 

|}

AFCカップ2016 優勝アル・クウワ・アル・ジャウウィーヤ初優勝

 得点ランキング 

※予選とプレーオフの記録は除外する。

注: 太字の選手は所属チームが敗退していないことを示す。
順位選手所属得点 1 ハンマーディー・アフマド アル・クウワ・アル・ジャウウィーヤ 12 2 アドリアン・ガジャルド セレス 8 3 モフド・サフィク・ラヒム ジョホール・ダルル・タクジム 7 T4 ルフィーノ 傑志 6 ジェジェ・ラルペフルア モフン・バガン ムアマドゥ・ドラメ アル・アヘド クリストファー・チゾバ エーヤワディー・ユナイテッド ラジャ・ラフェ アル・ワフダ 9 ファン・マルティン・ルセロ ジョホール・ダルル・タクジム 5 T10 ランディング・ダルボエ 4 コーネル・グレン モフン・バガン フランシスコ・ワグスレイ アル・ワフダート マルセロ・フェルナンデス ヤンゴン・ユナイテッド マフムード・ワーディ