熊本県の市町村旗一覧（くまもとけんのしちょうそんきいちらん）は、熊本県内の市町村に制定されている、あるいは制定されていた市町村旗の一覧である。なお、一覧の順序は全国地方公共団体コード順による。廃止された市町村章は廃止日から順に掲載している。

 市部 
市市旗制定有無制定日旗の色備考熊本市あり1969年8月1日地色は緑色であり、紋章は白色が指定されている八代市あり2005年8月1日地色は白色であり、紋章は指定色が指定されている2代目の市旗である人吉市あり1972年10月7日地色はジョンブリアン色であり、紋章は黒色が指定されている荒尾市ロゴタイプありロゴタイプなしあり1996年4月1日ロゴタイプありは地色は緑色であり、紋章は白色が指定され、その下部に「荒尾市」を付けるロゴタイプなしでは地色は緑色であり、紋章は白色が指定されているロゴタイプありとロゴタイプなしがある水俣市あり1949年4月1日地色は水色であり、紋章は指定色が指定されている玉名市なし地色は白色であり、紋章は指定色が指定されている2代目の市旗である山鹿市あり2005年1月15日地色はえんじ色であり、紋章は金色が指定されている2代目の市旗である菊池市なし地色は白色であり、紋章は指定色が指定されている2代目の市旗である宇土市なし地色は紫色であり、紋章は白色である上天草市地色が白色地色が青色あり2004年3月31日地色が白色の場合：地色が白色であり、紋章は指定色が指定されている地色が青色の場合：地色が青色であり、紋章は白色が指定されている地色は白色と青色がある宇城市なし地色は白色であり、紋章は指定色が指定されている阿蘇市あり2005年2月11日地色は白色であり、紋章は指定色が指定されている天草市あり2006年3月27日地色は白色であり、紋章は指定色が指定されている合志市なし地色は白色であり、紋章は指定色が指定されている

 町村部 
郡町村町村旗制定有無制定日旗の色備考下益城郡美里町あり2004年11月1日地色は白色で、紋章は緑色とオレンジが指定されている玉名郡玉東町なし地色は紫色であり、紋章は白色が指定されている南関町なし地色は緑色であり、紋章は白色が指定されている長洲町なし地色は緑色であり、紋章は白色が指定されている和水町あり2006年3月1日地色は紺色で、紋章は白色が指定されている菊池郡大津町あり1987年8月24日地色は紺色で、紋章は「つ」が白色、「つつじ」の花柄は紺色が指定されている菊陽町あり1986年3月31日地色はえんじ色で、紋章は黄色が指定されている阿蘇郡南小国町なし地色は臙脂色であり、紋章は白色が指定されている小国町なし地色は白色であり、紋章は指定色が指定されている産山村なし地色は緑色であり、紋章は白色が指定されている高森町あり1969年9月26日地色は濃紫色で、紋章は白色が指定されている西原村あり1977年8月27日地色は緑色で、紋章は白色が指定されている南阿蘇村 あり2005年2月13日地色は白色であり、紋章は指定色が指定されている上益城郡御船町なし地色は臙脂色であり、紋章は白色が指定されている嘉島町なし地色は紫色であり、紋章は白色が指定されている益城町なし地色は臙脂色であり、紋章は白色が指定されている甲佐町なし地色は緑色であり、紋章は白色が指定されている山都町あり2005年2月11日地色は白緑色で、紋章はオレンジと緑色が指定されている八代郡氷川町なし地色は白色であり、紋章は指定色が指定されている葦北郡芦北町なし地色は藍色であり、紋章は白色が指定されている津奈木町あり1990年1月1日地色は深緑色で、紋章は白色が指定されている球磨郡錦町なし地色は緑色であり、紋章は白色が指定されている多良木町あり1986年6月1日地色は臙脂色で、紋章は白色が指定されている湯前町なし地色は黄色であり、紋章は青色が指定されている水上村なし地色は緑色であり、紋章は白色が指定されている相良村なし地色は水色であり、紋章は白色が指定されている五木村なし地色は銀色であり、紋章は白色と緑色が指定されている山江村あり1979年5月17日地色は黄色で、紋章は青色が指定されている球磨村なし地色は水色であり、紋章は白色が指定されているあさぎり町あり2003年4月1日地色は白色で、紋章は指定色が指定されている天草郡苓北町なし地色は臙脂色であり、紋章は白色が指定されている

 廃止された市町村旗 
市郡町村市町村旗制定有無制定日廃止日旗の色備考飽託郡北部町なし1991年2月1日 - 河内町（著作権存続）なし - 飽田町（著作権存続）なし - 天明町あり1975年9月16日地色は紺色であり、紋章は黄色が指定されている球磨郡上村あり1973年7月4日2003年4月1日地色は緑色であり、紋章は黄色が指定されている 免田町あり1982年1月25日地色は海老茶色であり、紋章は白色が指定されている 岡原村（著作権不明）なし地色は青色であり、紋章は白色が指定されている 須恵村（著作権不明）なし地色は緑色であり、紋章は白色が指定されている 深田村（著作権存続）なし地色は海老茶色であり、紋章は輪の部分は黒色で、矢印の部分は金色が指定されている 天草郡大矢野町なし2004年3月31日地色は青色であり、紋章は白色が指定されている松島町なし - 姫戸町なし - 龍ヶ岳町なし - 下益城郡中央町（著作権存続）なし2004年11月1日 - 砥用町なし - 葦北郡芦北町なし2005年1月1日 - 田浦町（著作権存続）なし - 宇土郡三角町なし2005年1月15日 - 不知火町（著作権存続）なし - 下益城郡松橋町なし - 小川町なし - 豊野町あり1968年9月26日地色は臙脂色であり、紋章は白色が指定されている豊野村旗として制定され、町制施行後に継承された山鹿市あり1984年5月地色は臙脂色であり、紋章は白色が指定されている初代の市旗である鹿本郡鹿北町なし - 菊鹿町（著作権存続）なし - 鹿本町なし - 鹿央町（著作権存続）なし - 阿蘇郡一の宮町あり1981年11月15日2005年2月11日地色は臙脂色であり、紋章は白色が指定されている阿蘇町あり1998年3月2日地色は濃紫色であり、紋章は白色が指定されている波野村なし - 蘇陽町あり1972年12月7日色は緑色であり、紋章は白色が指定されている 上益城郡矢部町あり1955年2月1日色は臙脂色であり、紋章は白色と黄色が指定されている清和村あり1956年7月1日色は臙脂色であり、紋章は白色が指定されている阿蘇郡白水村なし2005年2月13日 - 久木野村なし - 長陽村なし - 菊池市なし2005年3月22日地色は臙脂色であり、紋章は白色が指定されている初代の市旗である菊池郡七城町あり1989年3月22日地色は紫色であり、紋章は白色が指定されている旭志村（著作権存続）なし - 泗水町あり1970年10月1日地色は青色であり、紋章は白色が指定されている八代市あり1970年8月17日2005年8月1日地色は白色であり、紋章は濃緑色が指定されている初代の市旗である八代郡鏡町なし地色は緑色であり、紋章は橙色・縁部分は白色が指定されている東陽村あり1971年11月1日地色は濃紺色であり、紋章は白色が指定されている千丁町なし地色は緑色であり、紋章は白色が指定されている坂本村あり1967年6月1日地色は青色であり、紋章は白色が指定されている泉村あり1969年12月20日指定されていない慣例として地色は臙脂色であり、紋章は白色が指定されている竜北町なし2005年10月1日 - 宮原町（著作権存続）なし - 玉名市あり1954年7月18日2005年10月3日地色は黄緑色であり、紋章は白色が指定されている初代の市旗である玉名郡岱明町なし - 横島町（著作権存続）なし - 天水町（著作権存続）なし - 菊池郡合志町なし2006年2月27日 - 西合志町なし - 玉名郡菊水町（著作権存続）なし2006年3月1日 - 三加和町なし - 本渡市あり1954年12月22日2006年3月27日地色は水色であり、紋章は白色が指定されている牛深市あり1954年10月20日地色は紫色であり、紋章は白色が指定されている天草郡有明町あり1966年11月15日地色は紺色であり、紋章は白色が指定されている御所浦町あり1973年11月1日地色は藍色（海の色）であり、紋章は白色が指定されている倉岳町なし - 栖本町あり1993年6月24日地色は紺色であり、紋章は白色が指定されている新和町（著作権存続）なし - 五和町なし - 天草町なし - 河浦町なし - 下益城郡富合町なし2008年10月6日地色は臙脂色であり、紋章は白色が指定されている城南町なし2010年3月23日地色は緑色であり、紋章は白色が指定されている鹿本郡植木町あり1980年1月1日地色は海老茶色であり、紋章は白色が指定されている