ハプログループF (mtDNA)（ハプログループF (ミトコンドリアDNA)、）とは、分子人類学で用いられる、人類のミトコンドリアDNAハプログループ（型集団）の分類のうち、ハプログループNの子系統「R9」を祖先に持ち「249d」、「6392」、「10310」などの特徴的変異をもつもので、サブクレードは、F1、F2、F3、F4などである。

 概略 

 起源 
この型の祖系の「R9」はNから分岐した系統にあたる。

 分布 
ハプログループFは、現在東南アジア最大規模の人口を持つグループである。
高頻度で見られる地域は、ニコバル諸島（50%）・インドのアルナーチャル・プラデーシュ州（31%）・ジャワ（28%）・小スンダ列島（23%）・中国大陸の長江以南（特に雲南省のラフ族77%・広州26%）・ベトナム（26%）・ラオス・フィリピン（29%）・台湾原住民（27%）・日本（6.4%）などである。全体としてオーストロアジア系民族やオーストロネシア系民族で高頻度である。中央アジアとメラネシアでは低頻度であり、アメリカ大陸では検出されていない。北アジアでもほとんど観察されないが、例外的にケット人においては23.7%の中頻度で観察される。

 日本での分布 
日本列島では、現在、日本人の約5.34%ないし約6.4%がこのハプログループFに属している。全国に広く分布しているが、沖縄県では比較的少ない傾向にある（平取町アイヌ 1/51 = 2.0% F1b、沖縄 1/50 = 2.0% F1b、沖縄 8/326 = 2.5%、東海 16/282 = 5.7%、宮崎県 6/100 = 6.0%、北海道 14/217 = 6.5%、岐阜県立病院にて受診をした人 208/2906 = 7.16%、北九州 19/256 = 7.4%、東京（JPT) 9/118 = 7.6%、東北 28/336 = 8.3%）。

日本に於けるサブクレードに関してはF1b（41/1312 = 3.13%）、殊にF1b1a（3.2%）が多くて、日本に於けるハプログループFの大半を占めている。その次にはF1a1b（1.0%）が日本で比較的多く見られる。

 日本人トップアスリートの身体能力との関連 
近年、日本人のトップアスリートたちの身体能力とミトコンドリアDNAの研究が進むにつれ、瞬発系・パワー系の競技者群において、ハプログループFの頻度が高いことが指摘されている。これは、ハプログループFは、細胞内のCa2+濃度の調節や解糖系によるATP生成速度、筋収縮の速度に差があるのではないかと指摘されている。

 系統樹 
ハプログループFのサブクレードの系統樹は、マニス・バン・オーブンとマンフレッド・カイザーの論文に基づく。

F
F1 東南アジア・インドシナ半島など。（最も広範囲かつ高頻度で検出される型）
F1a'c
F1a
F1a1
F1a1a ベトナム、インドネシア、ウズベキスタン、中国（0.162%）、台湾、メキシコ、オランダ
F1a1a1 カンボジア（クメール 8.7%）、ベトナム、タイ王国、ラオス、マレーシア（ジャハイ族）、シンガポール、インドネシア、インド（ニコバル人）、中国（0.042%）、台湾
F1a1b 日本（1.0%）、韓国、中国（0.051%）
F1a1c 中国（0.452%）、カザフスタン、日本（0.3%）、パキスタン（パンジャーブ）、モンゴル、ロシア（ブリヤート）、タイ王国（モーケン）
F1a1d 台湾（タオ族、ブヌン族、ツォウ族、ルカイ族、パイワン族）、タイ王国、中国（0.618%）、フィリピン、ベトナム、カンボジア、マレーシア、シンガポール
F1a2 ベトナム、中国（0.180%）、タイ王国
F1a2a (F1a2+C16465T) 中国（トン族等）、ベトナム（Thai族）、タイ王国（Mon族）
F1a2a1 (F1a2a+G7444A) 中国
F1a2a1a (F1a2a1+A8659G) タイ王国（Nyaw族・プータイ族）
F1a2a2 (F1a2a+A9053G!) 中国（湛江市漢族）
F1a2b (F1a2+C5191T) タイ王国（クイ族・コンムアン・中部タイ人）、中国（傣族・貴州省漢族）
F1a2b1 (F1a2b+T16224C) タイ王国（Hmong族）
F1a2b1a (F1a2b1+G7853A) タイ王国（Hmong族）、ベトナム（Hmong族）
F1a2b1a1 (F1a2b1a+G8902C) タイ王国（Hmong族）
F1a2b2 (F1a2b+C13599T) タイ王国（タイユアン族）
F1a3
F1a3a フィリピン（パラワン島バタク族・バターン州アエタ族・アバクノン語話者）、台湾、中国（0.046%）
F1a3a1 (F1a3a+A16129G!!+G16390A) 台湾
F1a3a1a (F1a3a1+T8705C+A16284G) 日本（中部北陸地方・計0.1%、愛知県・東京都）、韓国、中国（吉林省朝鮮族）
F1a3a1b (F1a3a1+G3531A) 台湾（ブヌン族・プユマ族等）
F1a3a2 (F1a3a+C150T+C4011T+T16189C!) フィリピン（イバタン族）
F1a3a3 (F1a3a+C15452T) フィリピン（イバタン族）、台湾
F1a3a3a (F1a3a3+G14323A) 台湾（アミ族・ブヌン族・ツォウ族等）
F1a3a3a1 (F1a3a3a+A5432G) 台湾（ツォウ族）
F1a3a4 (F1a3a+T11899C) インドネシア（バンジャルマシンバンジャル族）
F1a3a5 (F1a3a+A8985G) 台湾（プユマ族・アミ族等）
F1a3a6 (F1a3a+T10463C) 中国（河南省漢族1人・上海市漢族1人・山東省漢族1人・浙江省漢族1人・江蘇省漢族1人・計0.023%）
F1a3a7 (F1a3a+G4113A) フィリピン
F1a3a9 (F1a3a+G15148A) フィリピン、マレーシア、インドネシア
F1a3+T318C 中国
F1a3+T318C+G54C+A8718G
F1a3b (F1a3+T318C+G54C+A8718G+G53A+C13044T) 中国（0.120%）、台湾、カザフスタン
F1a3c (F1a3+C10223T) タイ王国（フアン族・タイダム族）、中国（漢族）
F1a3c1 (F1a3c+C868T) タイ王国（タイダム族）
F1a3c2 (F1a3c+C3116T) タイ王国（タイユアン族）
F1a3c2a (F1a3c2+A1037G) タイ王国（パローン族）
F1a3c3 (F1a3c+T8618C) タイ王国（タイユアン族・中部タイ人）
F1a3d (F1a3+T8618C) 中国（湖北省漢族1人・計0.0046%）
F1a3e (F1a3+C11860T) タイ王国（中部タイ人）
F1a3e1 (F1a3e+G5252A) 中国（ウイグル族）
F1a3f (F1a3+A15322G) 中国
F1b
F1b1
F1b1a 日本（3.2%）、朝鮮民族、中国（0.106%）、アメリカ合衆国
F1b1a1
F1b1a1* 日本（0.3%）、韓国、中国
F1b1a1a 日本（2.3%）、韓国、アメリカ合衆国（黒人）、中国（0.046%）
F1b1a2 日本（0.5%）
F1b1b　ロシア（シベリア先住民のケット・トゥヴァ・トファ・ヤクート・エヴェン、コーカサス先住民のアディゲ、ペルミ州のロシア人等）、トルコ、カザフ、キルギス、アフガニスタン（タジク）、中国（ウイグル、ダウール、漢族[0.018%]等）
F1b1c 中国（イ族、漢族[0.162%]等）、ベトナム（ラチ族、ロロ族）、ネパール、パキスタン、ウズベキスタン（カラカルパク）、グルジア、ロシア（ハムニガン、ブリヤート、バシコルトスタン）
F1b1d 日本（0.2%）、韓国
F1b1e ロシア（ヤクート、ブリヤート、ハムニガン、カラノガイ）、トルコ、キルギス、モンゴル、中国（ウイグル、ダウール、オロチェン、漢族[0.180%]等）
F1b1f ロシア（エヴェンキ、ヤクート、ブリヤート）、中世のハンガリー（アヴァール）、トルコ、カザフスタン、モンゴル、中国（ウイグル、漢族[0.032%]）
F1b1g (F1b1+C3533T+G13759A+A15398G) アゼルバイジャン
F1b1h (F1b1+A8774G) ロシア（ロシア人）、クロアチア、トルコ、トルクメン、キルギス、ハンガリー（中世の人骨）
F1c ミャンマー、韓国、中国（0.711%）、日本（0.1%）、パキスタン、バングラデシュ、インド、ウクライナ
F1d 香港、シンガポール、ミャンマー、ネパール、台湾、中国（0.512%）、北マケドニア、日本（0.2%）、南アフリカ
F1d2 (F1d+G5460A) 香港、ネパール
F1d1'3 （F1d+T146C!） 日本、中国、阿史那皇后
F1d1 中国（0.065%）、日本
F1d1a (F1d1+A16284G) 中国（チベットや北京等）、ネパール、ミャンマー、タイ王国、南アフリカ
F1d3 (F1d+T146C!+A16309G) 中国、台湾、シンガポール、日本、北マケドニア
F1e 中国（0.568%）、日本（0.2%）
F1e1 中国（0.078%）
F1e1a 日本（0.1%、東北地方及び中部北陸地方）、中国（漢族 江西省1人・安徽省1人・上海市1人・江蘇省1人・計0.018%）
F1e1b (F1e1+A238G) 中国（貴州省ミャオ族）
F1e2'3
F1e2 中国（0.037%）、タジキスタン（キルギス族）
F1e3 中国（0.254%）、香港、ベトナム、タイ王国、ラオス
F1f ミャンマー、ベトナム、タイ王国、カンボジア、中国（0.323%）、インドネシア
F1g 中国（0.669%）、ネパール、タジキスタン（キルギス人）、パキスタン（コー人）、インド（パールシー）、サウジアラビア、ロシア（ハカシヤ）、ベトナム（キン族、フラ族）、タイ王国（タイ・ルー族、Mon族）
F1g1 中国（0.249%）、ベトナム（ヤオ族、Hmong族）、タイ王国（Hmong族）
F2
F2a
F2a(xF2a1) 中国（1.02%）、台湾、日本（0.5%、九州・沖縄地方以外全国）、カザフスタン、ベトナム（パテン族）、カナダ、ハンガリー（今より約1030年前の人骨）
F2a1 中国（0.448%）、香港、台湾、ベトナム（Phu La族）、タイ王国（ラフ族、リス族）、マレーシア、シンガポール、日本（0.1%、中部北陸地方）
F2b 中国（0.383%）、台湾、ネパール、ベトナム、タイ王国、シンガポール、ロシア（ヤクート、チェルカン、トゥバ、ブリヤート）
F2c 中国（0.360%）
F2c1 中国（0.152%）、日本
F2c+A761G カザフスタン
F2c2 中国（0.042%）、キルギス
F2d 中国（0.443%）、シンガポール、カザフスタン、日本（0.1%、九州地方）
F2e 中国（0.125%）、ベトナム（キン族、ヤオ族）、タイ王国（フアン族、ユアン族・コンムアン）、シンガポール
F2f 中国（0.157%）、韓国、日本（0.1%、関東甲信越地方及び東北地方）、パキスタン（ハザーラ）、アゼルバイジャン（タリシュ）、ロシア（バシキール）、ポーランド
F3 (旧名 R9a) スマトラ・中国（1.038%）・ボルネオ・フィリピン・台湾など。
F3a タイ王国、中国 (0.905%)、日本（0.1%、中部北陸地方）
F3a1 タイ王国、中国（0.628%）、ベトナム
F3b 中国（0.111%）、日本（0.3%、中部北陸地方・近畿地方・九州地方）、タイ王国
F3b1 レユニオン、フィリピン、台湾、インドネシア、中国（0.028%）、アメリカ合衆国、フランス、スペイン
F4 中国（0.831%）
F4a
F4a1
F4a1a 台湾、中国（0.245%）、日本（0.1%、中部北陸地方）、カナダ（ケベック州）
F4a1b 韓国、中国（0.157%）、日本
F4a2 中国（0.175%）、台湾、タイ王国、ラオス、カンボジア
F4b フィリピン、中国（0.166%）、台湾（特に原住民）、シンガポール、タイ王国、マダガスカル、アメリカ合衆国