第39回社会人野球日本選手権大会（だい39かいしゃかいじんやきゅうにほんせんしゅけんたいかい）は、2013年（平成25年）10月28日から11月7日にかけて京セラドーム大阪で行われた社会人野球日本選手権大会である。

 概要 
 前年から社会人野球の日程見直しが行われている中、今大会は前回大会よりも約1週間開幕日が早められた。10月6日から開かれる第6回東アジア競技大会に日本代表が派遣されたことから、主に都市対抗で活躍した選手を中心として大会直前に主力がチームを離れざるをえなかった。
 対象大会では、JR東日本とJR東海が2大会を制した。また、JR東海のほか三菱重工神戸、日本生命、新日鐵住金かずさマジック、Honda熊本は対象大会優勝枠として初めて本大会に駒を進めた。都市対抗からは51年ぶりの連覇を果たしたJX-ENEOSが、クラブ選手権からは2度目の優勝を遂げた和歌山箕島球友会が出場権を得た。
 本戦では、前年夏から3季連続優勝のJX-ENEOSと3季連続準優勝のJR東日本が本命視されていたが、JX-ENEOSは1回戦で、JR東日本は2回戦で姿を消し、早々と本命不在となったトーナメントは混戦模様となった。地元関西勢はベスト8に3チームが残ったもののいずれも準々決勝で敗退。決勝戦では勝負強さと活発な打線で2大大会初の決勝に進出した新日鐵住金かずさマジックと、準決勝までの4試合のうち3試合で零封した富士重工業が対戦。投手戦の末に先制点を守り抜いた新日鐵住金かずさマジックが初優勝を遂げた。なお広域複合企業チームがいわゆる社会人2大大会を制したのもこの回が初のことだった。最高殊勲選手賞には3試合に登板し（うち先発1試合）、奪三振率13.06を記録した岡本健が選ばれた。
 この年から準々決勝以後の衛星放送での中継は前年まで行ってきたGAORAに代わり、J SPORTSから生中継された。（決勝戦はこれまでと同じくNHK BS1との並列放送）

 予選 

 出場チーム 
 都市対抗野球と東北大会でJX-ENEOSが優勝したため、所属する関東地区の最終予選枠が1枠増。
 静岡大会とベーブルース杯でJR東海が優勝したため、所属する東海地区の最終予選枠が1枠増。
 岡山大会と四国大会でJR東日本が優勝したため、所属する関東地区の最終予選枠が1枠増。
代表枠チーム出場回数日本選手権対象JABA大会（推薦枠を含む）優勝チーム枠（基本13→実勢10）都市対抗野球優勝東北大会優勝JX-ENEOS8大会連続19回目クラブ選手権優勝和歌山箕島球友会5大会ぶり3回目北海道大会優勝NTT西日本2大会連続15回目日立市長杯優勝三菱重工神戸3大会ぶり19回目東京スポニチ大会優勝Honda2大会連続17回目静岡大会優勝ベーブルース杯優勝JR東海2大会連続12回目長野大会優勝新日鐵住金かずさマジック3大会連続7回目京都大会優勝日本生命2大会連続30回目岡山大会優勝四国大会優勝JR東日本2大会連続6回目九州大会優勝Honda熊本2大会連続12回目
代表枠チーム出場回数地方予選大会からの出場枠（基本19→実勢22）北海道室蘭シャークス3大会ぶり3回目東北七十七銀行2大会連続8回目北信越バイタルネット2大会連続5回目関東富士重工業2大会ぶり14回目関東東京ガス5大会ぶり7回目関東明治安田生命2大会ぶり3回目関東JFE東日本3大会連続7回目関東日本通運6大会連続16回目関東セガサミー2大会ぶり2回目東海トヨタ自動車10大会連続13回目東海西濃運輸2大会連続15回目東海ヤマハ2大会ぶり21回目東海東邦ガス7大会連続7回目近畿パナソニック19大会連続34回目近畿日本新薬6大会連続16回目近畿新日鐵住金広畑5大会連続12回目近畿大阪ガス2大会ぶり17回目中国JFE西日本5大会連続8回目中国三菱重工広島2大会連続13回目四国四国銀行2大会ぶり21回目九州JR九州6大会連続10回目九州九州三菱自動車2大会ぶり5回目

 大会 

 トーナメント 

 1回戦 
第1試合（10月28日） - 延長13回（※12回からタイブレーク）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 計バイタルネット 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2西濃運輸 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1
勝：田中大　敗：前田

第2試合（10月28日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計ヤマハ 0 0 0 0 0 3 0 0 0 3新日鐵住金かずさマジック 0 0 0 0 0 0 1 0 3x 4
勝：中根　敗：小沢　本：柳（ヤマハ）、山縣（かずさ）

第3試合（10月28日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計新日鐵住金広畑 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0日本通運 1 4 0 1 0 0 0 0 X 6
勝：井口　敗：永岡

第4試合（10月29日） - 延長12回（※12回からタイブレーク）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 計Honda熊本 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1JFE西日本 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
勝：平田　敗：陶山

第5試合（10月29日） - 延長12回（※12回からタイブレーク）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 計JFE東日本 0 0 0 0 0 1 0 0 5 0 0 4 10NTT西日本 1 2 0 3 0 0 0 0 0 0 0 3 9
勝：福井　敗：松田

第6試合（10月29日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計JX-ENEOS 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0パナソニック 0 0 0 1 0 0 0 0 X 1
勝：秋吉　敗：三上

第7試合（10月30日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計東邦ガス 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0東京ガス 0 0 0 0 0 0 0 0 1x 1
勝：吉原　敗：小椋　本：遠藤（東京ガス）

第8試合（10月30日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計JR九州 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0富士重工業 0 0 0 0 1 0 0 0 X 1
勝：東明　敗：井上第9試合（10月30日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計セガサミー 0 0 1 0 0 1 0 0 1 3日本生命 0 0 2 1 2 1 0 1 X 7
勝：柿田　敗：浦野

第10試合（10月31日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計三菱重工神戸 0 0 1 0 0 1 0 0 0 2トヨタ自動車 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1
勝：守安　敗：祖父江

第11試合（10月31日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計七十七銀行 1 0 0 0 5 0 0 1 0 7四国銀行 1 0 0 0 0 0 1 0 0 2
勝：相原　敗：小野哲

第12試合（10月31日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計JR東日本 0 6 0 0 0 0 1 0 0 7大阪ガス 0 0 0 0 0 0 3 0 1 4
勝：吉田　敗：緒方　本：土井（大ガス）

第13試合（11月1日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計室蘭シャークス 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0JR東海 0 0 0 0 0 0 0 2 X 2
勝：秋葉　敗：瀬川

第14試合（11月1日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計三菱重工広島 0 3 0 0 0 0 0 0 0 3九州三菱自動車 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
勝：鮫島　敗：徳田

第15試合（11月1日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計和歌山箕島球友会 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0Honda 2 0 0 0 0 1 0 0 X 3
勝：福島　敗：三宅悠

第16試合（11月2日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計明治安田生命 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1日本新薬 1 0 1 0 1 0 0 3 X 6
勝：榎田　敗：松山

 2回戦 
第1試合（11月2日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計日本生命 0 0 0 0 1 2 0 1 2 6JFE東日本 3 0 0 0 1 4 0 0 X 8
勝：小原　敗：柿田　本：内藤（JFE東）、井上（日生）

第2試合（11月2日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計バイタルネット 0 0 0 0 0 0 2 0 0 2新日鐵住金かずさマジック 0 0 0 0 2 0 1 0 X 3
勝：中根　敗：中島

第3試合（11月3日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計Honda熊本 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1パナソニック 0 1 0 2 1 0 1 0 X 5
勝：藤井　敗：平田　本：井上和（パナソニック）

第4試合（11月3日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計東京ガス 0 0 0 3 0 0 0 0 1 4JR東日本 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
勝：難波　敗：片山第5試合（11月3日） - 延長11回
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 計日本通運 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 3富士重工業 0 0 0 2 0 1 0 0 0 0 1x 4
勝：東明　敗：樋口裕　本：松本雅（日通）

第6試合（11月4日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計三菱重工神戸 4 3 0 0 0 0 0 0 1 8七十七銀行 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
勝：守安　敗：相原　本：横山、黒川（以上三菱神戸）

第7試合（11月4日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計三菱重工広島 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1JR東海 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
勝：鮫島　敗：菅野

第8試合（11月4日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計Honda 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1日本新薬 0 0 1 0 0 1 0 0 X 2
勝：滝谷　敗：櫻田

 準々決勝 
第1試合（11月5日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計JFE東日本 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0新日鐵住金かずさマジック 0 1 5 1 0 0 0 1 X 8
勝：山川　敗：鹿沼

第2試合（11月5日） - 延長11回
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 計東京ガス 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2パナソニック 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
勝：吉原　敗：秋吉第3試合（11月5日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計三菱重工神戸 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0富士重工業 3 0 0 2 0 0 0 0 X 5
勝：柳沢　敗：安井

第4試合（11月5日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計三菱重工広島 0 0 0 0 0 3 0 0 0 3日本新薬 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
勝：森脇　敗：榎田

 準決勝 
第1試合（11月6日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計新日鐵住金かずさマジック 0 0 0 0 3 0 0 0 0 3東京ガス 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1
勝：加藤　敗：難波　本：田中（かずさ）第2試合（11月6日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計三菱重工広島 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0富士重工業 0 0 0 0 0 0 1 0 X 1
勝：東明　敗：野上

 決勝 
決勝（11月7日）
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計富士重工業 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0新日鐵住金かずさマジック 0 0 0 0 0 1 0 0 X 1
勝：加藤　敗：畠山
（新日鐵住金かずさマジックは初優勝）

 表彰選手等 
表彰選手所属最高殊勲選手賞岡本健（投手）新日鐵住金かずさマジック敢闘賞東明大貴（投手）富士重工業打撃賞田中健（内野手）新日鐵住金かずさマジック首位打者賞船引俊秀（内野手）14打数7安打　打率.500富士重工業特別賞鮫島優樹（投手）三菱重工広島優秀賞投手岡本健新日鐵住金かずさマジック中根久貴東明大貴富士重工業畠山太石川歩東京ガス難波剛太鮫島優樹三菱重工広島森脇伸行秋吉亮パナソニック守安玲緒三菱重工神戸榎田宏樹日本新薬捕手山縣有輔新日鐵住金かずさマジック唐谷良磨富士重工業國本剛志三菱重工広島一塁手佐々木陽新日鐵住金かずさマジック黒田雅和東京ガス二塁手吉野翔太日本新薬三塁手船引俊秀富士重工業吉川佳祐JFE東日本遊撃手田中健新日鐵住金かずさマジック遠藤一星東京ガス外野手島影竜馬新日鐵住金かずさマジック米田真幸林稔幸富士重工業内藤大樹JFE東日本石上輝幸三菱重工神戸指名打者内田秀行新日鐵住金かずさマジック金森宏徳JFE東日本

 同大会の記録 
 1試合最多奪三振　15
 三菱重工広島・鮫島優樹が2回戦・対JR東海戦で記録。
 毎回奪三振
 三菱重工広島・鮫島優樹が2回戦・対JR東海戦で記録。