北海道の二級水系一覧（ほっかいどうのにきゅうすいけいいちらん）では、北海道を流れる水系のうち、北海道が管理する二級水系を記述する。2012年現在、230水系、467河川ある。地形順の参考として一級水系（国土交通省管轄）も記載している。括弧内の水系名が一級水系。湖沼については、一級河川・二級河川としてカウントされるもののみ直接備考に示す。

リストの順序は、宗谷総合振興局から留萌振興局まで時計周りに、河口の位置を基準として並んでいる。島嶼部は末尾に記載している。

二級水系名流路延長(km)流域面積(km2)河川数河口のある自治体読み備考 (天塩川) 256 5,590160 天塩町 てしおがわ一級水系 クサンル川 4 4.9 1 稚内市 ウエンナイ川 7.5 3 稚内市 声問川 41.9 294.8 3 稚内市 こえといがわ 増幌川 23.6 116.7 5 稚内市 ますほろがわ 知来別川 1 猿払村 ちらいべつがわ 鬼志別川 1 猿払村 おにしべつがわ 猿骨川 3 猿払村 さるこつがわ 猿払川 60 362 5 猿払村 さるふつがわ 頓別川 65.2 800.4 8 浜頓別町 とんべつがわ 豊寒別川 12 1 浜頓別町 とよかんべつがわ エサシウエンナイ川 1 枝幸町 北見幌別川 46.5 426.4 6 枝幸町 きたみほろべつがわ 徳志別川 44 286 2 枝幸町 とくしべつがわ フーレップ川 1 枝幸町 音標川 24.5 98.4 1 枝幸町 おとしべがわ 幌内川 44 276 3 雄武町 ほろないがわ ポンオコツナイ川 3.7 2.8 1 雄武町 オコツナイ川 6 6 1 雄武町 雄武川 3 雄武町 おうむがわ 興部川 53.6 308.3 1 興部町 おこっぺがわ 藻興部川 49 277 4 興部町 もおこっぺがわ 沙留川 1 興部町 さるるがわ (渚滑川) 841,24025 紋別市 しょこつがわ一級水系 藻鼈川 41.8 227.2 2 紋別市 もべつがわ シブノツナイ川 15.4 78.2 4 紋別市 (湧別川) 871,38017 湧別町 ゆうべつがわ一級水系 佐呂間別川 90.9 870.4 15 佐呂間町 さろまべつがわサロマ湖を含む (常呂川) 1201,93057 北見市 ところがわ一級水系 卯原内川 29.4 197.8 2 網走市 うばらないがわ (網走川) 1151,38025 網走市 あばしりがわ一級水系 車止内川 4.6 2.9 1 網走市 くるまとまないがわ 藻琴川 29.8 184.1 2 網走市 もことがわ 浦士別川 36.9 187.5 1 小清水町 うらしべつがわ 止別川 188.9 2 小清水町 やんべつがわ 斜里川 54.5 565.6 6 斜里町 しゃりがわ 奥蘂別川 22 76.7 1 斜里町 おくしべつがわ 羅臼川 9.1 31.2 1 羅臼町 らうすがわ 知西別川 11.5 28.4 1 羅臼町 ちにしべつがわ 春苅古丹川 13.5 1 羅臼町 しゅんかりこたんがわ 植別川 22.3 1 羅臼町 うえべつがわ 忠類川 35.3 184.3 1 標津町 ちゅうるいがわ 標津川 77.9 671 10 標津町 しべつがわ 春別川 43.5 141.8 1 別海町 しゅんべつがわ 西別川 77.5 449.6 4 別海町 にしべつがわ 風蓮川 82.5 571.6 1 根室市 ふうれんがわ 尾幌川 45.3 228 4 厚岸町 おぼろがわ チョロベツ川 1 釧路町 春採川 4.6 5.3 1 釧路市 はるとりがわ (釧路川) 1542,51038 釧路市 くしろがわ一級水系屈斜路湖を含む 星ガ浦川 1.4 1 釧路市 ほしがうらがわ 阿寒川 98 718 3 釧路市 あかんがわ阿寒湖を含む 庶路川 66.8 328.4 4 白糠町 しょろがわ 茶路川 71.4 353.7 2 白糠町 ちゃろがわ 和天別川 22.8 66.3 3 白糠町 わてんべつがわ 音別川 43.1 294 5 釧路市 おんべつがわ 尺別川 1 釧路市 しゃくべつがわ 直別川 1 釧路市 ちょくべつがわ 厚内川 1 浦幌町 あつないがわ (十勝川) 1569,010209 豊頃町 とかちがわ一級水系 長節川 1 豊頃町 ちょうぶしがわ 湧洞川 1 豊頃町 ゆうどうがわ 生花苗川 18 88.1 3 大樹町 おいかまないがわ 当縁川 36.6 2 大樹町 とうべりがわ 歴舟川 64.7 558.5 5 大樹町 れきふねがわ 紋別川 30.9 1 大樹町 もんべつがわ 豊似川 37.6 183 1 広尾町 とよにがわ 楽古川 24.7 1 広尾町 らっこがわ 広尾川 34.4 2 広尾町 ひろおがわ 猿留川 22.1 97.9 1 えりも町 さるるがわ 歌別川 1 えりも町 うたべつがわ 幌満川 24.8 159.8 1 様似町 ほろまんがわ 様似川 22.3 83.6 1 様似町 さまにがわ 海辺川 1 様似町 うんべがわ 日高幌別川 36.9 335 3 浦河町 ひだかほろべつがわ 赤川 1 浦河町 あかがわ 乳呑川 5.5 7 1 浦河町 ちのみがわ 向別川 17.2 59.9 1 浦河町 むこうべつがわ 絵笛川 1 浦河町 えふえがわ 元浦川 43.5 239.7 1 浦河町 もとうらがわ ケリマイ川 33.2 153.6 2 新ひだか町 鳧舞川 三石川 31.6 159.4 1 新ひだか町 みついしがわ 布辻川 13.6 44.5 1 新ひだか町 ぶしがわ 捫別川 1 新ひだか町 もんべつがわ 静内川 69.9 683.4 10 新ひだか町 しずないがわ染退川 真沼津川 3.6 4.8 1 新ひだか町 しんぬつがわ 新冠川 77.3 402.1 2新冠町 にいかっぷがわ 厚別川 42.8 290.7 1 日高町 あつべつがわ 慶能舞川 16.3 42 1 日高町 けのまいがわ 波恵川 22.1 55.5 1 日高町 はえがわ 日高門別川 31.1 99.8 1 日高町 ひだかもんべつがわ (沙流川) 1041,35028 日高町 さるがわ一級水系 (鵡川) 1351,27020 むかわ町 むかわ一級水系 入鹿別川 15.6 54.6 2 むかわ町 いりしかべつがわ 厚真川 52.3 382.9 3 厚真町 あつまがわ 安平川 49.8 539.2 7 苫小牧市 あびらがわ 幌内川 4.7 1 苫小牧市 ほろないがわ 苫小牧川 12.8 52 2 苫小牧市 とまこまいがわ 錦多峰川 6 1 苫小牧市 にしたっぷがわ 別々川 16.6 24.6 1 白老町 べつべつがわ 社台川 23.2 51.6 1 白老町 しゃだいがわ 白老川 26.5 178.3 3 白老町 しらおいがわ フシコベツ川 11.1 15.3 1 白老町 敷生川 22.8 136.1 1 白老町 しきうがわ ポンアヨロ川 6.4 5.5 1 白老町 登別川 16.8 53 2 登別市 のぼりべつがわ 岡志別川 8.98 1 登別市 おかしべつがわ 胆振幌別川 15.4 104.7 2 登別市 いぶりほろべつがわ 富岸川 7.8 2 登別市 とんけしがわ 鷲別川 11.3 18.1 2 登別市 わしべつがわ 知利別川 6.5 9.7 1 室蘭市 ちりべつがわ チマイベツ川 11.2 16.6 2 室蘭市 千舞鼈川 気仙川 8 10.4 1 伊達市 きせんがわ シャミチセ川 6.3 16.3 1 伊達市 気門別川 14.2 47.9 1 伊達市 きもんべつがわ 長流川 46.8 472.9 5 伊達市 おさるがわ洞爺湖を含む 板谷川 1 洞爺湖町 いたやがわ ベンベ川 5 4.8 1 豊浦町 弁辺川 貫気別川 36.9 237.6 2 豊浦町 ぬっきべつがわ 小鉾岸川 10.6 42.1 2 豊浦町 おふきしがわ 礼文華川 8.4 23.3 1 豊浦町 れぶんげがわ 長万部川 24.7 112 2 長万部町 おしゃまんべがわ 紋別川 1 長万部町 もんべつがわ 国縫川 14.4 49.4 1 長万部町 くんぬいがわ 遊楽部川 28.5 351.8 2八雲町 ゆうらっぷがわ 野田追川 27.2 121.5 1 八雲町 のだおいがわ 落部川 27.4 126.4 1 八雲町 おとしべがわ 鳥崎川 20.8 72.4 1 森町 とりざきがわ 茅部中の川 1 森町 かやべなかのがわ 折戸川 30.7 236 2 鹿部町 おりとがわ 磯谷川 1 函館市 いそやがわ 大舟川 2 函館市 おおふながわ 矢尻川 1 函館市 やじりがわ 古武井川 1 函館市 こぶいがわ 尻岸内川 1 函館市 しりきしないがわ 原木川 1 函館市 はらきがわ 熊別川 1 函館市 くまべつがわ 戸井川 1 函館市 といがわ 汐泊川 20.7 140.6 1 函館市 しおどまりがわ 松倉川 20.1 43.5 5 函館市 まつくらがわ 亀田川 23.6 93.1 1 函館市 かめだがわ 小田島川 5.5 1 函館市 おだじまがわ 常盤川 6.8 16.0 3 函館市 ときわがわ 久根別川 21.4 120.5 6 北斗市 くねべつがわ 大野川 28.6 124.3 4 北斗市 おおのがわ 戸切地川 22.8 63.5 1 北斗市 へきりちがわ 流渓川 7.4 26.5 1 北斗市 りうけいがわ 茂辺地川 20.6 95.5 1 北斗市 もへじがわ 佐女川 1 木古内町 さめがわ 木古内川 14.8 119.7 2 木古内町 きこないがわ 森越川 1 知内町 もりこしがわ 中の川 8.1 9.1 2 知内町 なかのかわ 重内川 1 知内町 おもないがわ 知内川 34.7 220.7 7 知内町 しりうちがわ 福島川 10.8 56.4 3 福島町 ふくしまがわ 白符川 6.5 6.0 1 福島町 しらふがわ 吉岡川 1 福島町 よしおかがわ 及部川 13.2 38.7 1 松前町 およべがわ 大松前川 6.5 6.5 1 松前町 おおまつまえがわ 茂草川 18.4 28.8 1 松前町 もぐさがわ 小鴨津川 18.5 30.6 1 松前町 こがもつがわ 大鴨津川 16.5 45.1 1 松前町 おおかもつがわ 石崎川 1 上ノ国町 いしざきがわ 天野川 28.6 297.0 6 上ノ国町 あまのがわ 田沢川 9.9 14.3 1 江差町 たざわがわ 厚沢部川 43.5 491.7 11 江差町 あっさぶがわ 姫川 22.3 52.8 3 乙部町 ひめがわ 相沼内川 15.5 65.8 1 八雲町 あいぬまないがわ 見市川 15.4 70.3 1 八雲町 けんいちがわ 平田内川 1 せたな町 ひらたないがわ 臼別川 1 せたな町 うすべつがわ 小川 1 せたな町 こがわ 上古丹川 3.3 5.2 1 せたな町 うえんこたんがわ 砥歌川 1 せたな町 とうたがわ 太櫓川 34.6 199.7 5 せたな町 ふとろがわ (後志利別川) 80720 29 せたな町 しりべしとしべつがわ一級水系 馬場川 17.3 32 1 せたな町 ばばがわ 新甫川 6 4.1 1 島牧村 しんぽがわ 千走川 22.5 75.8 1 島牧村 ちはせがわ 泊川 22.7 101.1 1 島牧村 とまりかわ ホンベツ川 9.8 10.7 1 島牧村 床丹川 3.5 2.5 1 島牧村 とこたんがわ 大平川 22.2 59.6 1 島牧村 おおひらがわ 折川 18.2 43.9 2 島牧村 おりかわ 歌島川 5.5 10.1 1 島牧村 うたじまがわ 朱太川 43.5 361.7 9 寿都町 しゅぶとがわ (尻別川) 1261,64040 蘭越町 しりべつがわ一級水系 野束川 11.6 47.4 1 岩内町 のずかがわ 堀株川 27.4 262.5 8 共和町 ほりかっぷがわ 玉川 1 泊村 たまがわ 盃川 1 泊村 さかずきがわ 古宇川 1 神恵内村 ふるうがわ 積丹川 17 75.1 1 積丹町 しゃこたんがわ 美国川 16.8 61.8 1 積丹町 びくにがわ 古平川 27.1 154.7 2 古平町 ふるびらがわ 沖村川 1 古平町 おきむらがわ 湯内川 1 余市町 ゆないがわ 梅川 1 余市町 うめかわ ヌッチ川 14.4 37 1 余市町 余市川 50.2 455.1 7 余市町 よいちがわ 登川 1 余市町 のぼりがわ 畚部川 11.6 20.3 1 余市町 ふごっぺがわ 蘭島川 8.1 15.9 2 小樽市 らんしまがわ 塩谷川 9 16.3 1 小樽市 しおやがわ 勝納川 10.5 32.1 1 小樽市 かつないがわ 朝里川 13.8 56.8 1 小樽市 あさりがわ 星置川 8 14.8 2 小樽市 ほしおきがわ 新川 10 194.7 17 小樽市 しんかわ (石狩川) 26814,330464 石狩市 いしかりがわ一級水系 旧知津狩川 3.5 4.6 1 石狩市 きゅうしらつかりがわ 正利冠川 17 1 石狩市 まさりかっぷがわ 望来川 22.9 47.6 1 石狩市 もうらいがわ 厚田川 29.8 136.5 1 石狩市 あつたがわ 濃昼川 5.7 19.9 1 石狩市 ごきびるがわ 浜益川 22.3 133.6 3 石狩市 はまますがわ 群別川 15.7 33.9 1 石狩市 ぐんべつがわ 幌川 48.7 1 石狩市 ほろがわ 岩老川 4.3 3.3 1 増毛町 いわおいがわ 暑寒別川 26 99.2 1 増毛町 しょかんべつがわ 永寿川 4.5 2.6 1 増毛町 えいじゅがわ 箸別川 17.6 47 1 増毛町 はしべつがわ 信砂川 20.7 123.9 1 増毛町 のぶしゃがわ (留萌川) 4427013 留萌市 るもいがわ一級水系 小平蘂川 61.7 465.2 7 小平町 おびらしべがわ 温寧川 1 小平町 おんねがわ 古丹別川 60.3 412 8 苫前町 こたんべつがわ 羽幌川 57.3 269.3 2 羽幌町 はぼろがわ 築別川 35.3 169.4 3 羽幌町 ちくべつがわ 茂築別川 24.3 57.4 1 初山別村 もちくべつがわ セタキナイ川 8 18.1 1 初山別村 初山別川 18.8 51.3 1 初山別村 しょざんべつがわ 茂初山別川 1 初山別村 もしょさんべつがわ 風連別川 1 初山別村 ふうれんべつがわ オタコシベツ川 1 遠別町 遠別川 62.5 362.1 2 遠別町 えんべつがわ ウツツ川 29.1 79 2 遠別町 大沢川 4.8 1 礼文町 おおさわがわホロナイ川・礼文島 タネトンナイ川 6 9.5 1 利尻町 利尻島 白水川 2.7 1.8 1 奥尻町 しらみずがわ奥尻島 球浦川 1.9 0.9 1 奥尻町 たまうらがわ奥尻島 烏頭川 6 5.7 1 奥尻町 ぶしがわ奥尻島 赤石川 1 奥尻町 あかいしがわ奥尻島 青苗川 2 奥尻町 あおなえがわ奥尻島