フォーティナイナー系（フォーティナイナーけい、Forty Niner Line）は、馬（主にサラブレッド）の父系（父方の系図）の1つ。
フォーティナイナー自身はアメリカ合衆国で種牡馬入りしリーディングサイアーに輝いたが、その前に日本に輸出されていたため、その後は有力種牡馬を輩出することができなかった。
アメリカに残されたG1優勝馬の多くも日本に輸出されたため後継種牡馬を残すことが難しかったが、G1未勝利のディストーテッドヒューマーがアメリカリーディングサイアーに輝くなど、競走実績に関わらず父系を広げている。

 サイアーライン 

Darley Arabian 1700
Bartlet's Childers 1716
Squirt 1732
Marske 1750
Eclipse 1764　　　---←エクリプス系へ戻る
Potoooooooo 1773
Waxy 1790
Whalebone 1807
Sir Hercules 1826
Birdcatcher 1833
The Baron 1842
Stockwell 1849
Doncaster 1870
Bend Or 1877
Bona Vista 1889
Cyllene 1895
Polymelus 1902
Phalaris 1913　　　---←ファラリス系へ戻る
Sickle 1924
Unbreakable 1935
Polynesian 1942
Native Dancer 1950　　　---←ネイティヴダンサー系へ戻る
Raise a Native 1961　　　---←レイズアネイティヴ系へ戻る
Mr.Prospector 1970　　　←---ミスタープロスペクター系へ戻る
 *フォーティナイナー 1985　　　---↓フォーティナイナー系（改行）

---↓フォーティナイナー系---

 *フォーティナイナー Forty Niner 1985 → アドマイヤホープ 2001
Apprentice 1990
Madrileno 1998
Aranes 2000
Alado 2005
Koko Mambo 2006
Cartwright 1990
Dalhart 1990
Fraser River 1990
Heather's Prospect 1990
Niner Bush 1990
Plantagenet 1990
Pro Prospect 1990
Tactical Advantage 1990
 *トワイニング Twining 1991 → フサイチアソート 2005、ノンコノユメ g 2012
 *クリストワイニング 1997
Top Hit 1998
Personal Touch 2000
 *エンドスウィープ End Sweep 1991 → スイープトウショウ 2001、ラインクラフト 2002
 *サウスヴィグラス 1996 → コーリンベリー 2011
スパロービート 2005
ナムラタイタン 2006
カイロス 2010
キングプライド 2012
スマートアヴァロン 2012
サブノジュニア 2014
ヒガシウィルウィン 2014
ヒロシゲゴールド 2015
ステッペンウルフ 2016
ムーンヴィグラス 2016
Chilling Sweep 1996
Musical Sweep 1996
Silky Sweep 1996
 *プリサイスエンド Precise End 1997
One Way Flight 2003
ヴェリーハード 2006
グロリアスノア 2006
 *スウェプトオーヴァーボード Swept Overboard 1997
ヒデサンジュニア 2004
パドトロワ 2007
ダンシングプリンス 2016
レッドファルクス 2011
カフジテイク 2012
オメガパフューム 2015
Trippi 1997
Gold Standard 2013
Chimichuri Run 2015
Wild Coast 2016
Jet Dark 2017
Charles Dickens 2018
Alysweep 2000
スマートギルド 2002
アドマイヤムーン 2003
ハクサンムーン 2009
レオアクティブ 2009
ダイシンサンダー 2011
ストーミーシー 2013
セイウンコウセイ 2013
ファインニードル 2013
Flight Forty Nine 1991
Former 1991
Forty Won 1991
Inflate 1991
Luhuk 1991
Avanzado 1997
Roaring Camp 1991
Upping the Ante 1991
Announce 1992
On Target 1992
Ore Grade 1992
Rich Man's Gold 1992
Lido Palace 1997
Vineyard Haven 2006
Sutters Pond 1992
Takkatamm 1992
Yale Twentyniner 1992
Aggie Southpaw 1993
Apotheosis 1993
Distorted Humor 1993 → Funny Cide 2000
Senor Amigo 2000
Terrell 2000
 *フォーティナイナーズサン Fourty Niners Son 2001
Distorted 2002
Flower Alley 2002
 *アイルハヴアナザー I'll Have Another 2009
It's No Joke 2002
Da Stoops 2003
Sharp Humor 2003
Any Given Saturday 2004
Hoppertunity 2011
Regal Ransom 2006
Drosselmeyer 2007
Maclean's Music 2008
Cloud Computing 2014
Complexity 2016
Drain the Clock 2018
Jackie's Warrior 2018
Pathfork 2008
Jimmy Creed 2009
Power World 2009
Fortify 2010
Arghad 2012
Khozan 2012
Wait 2014
Editor's Note 1993
Exetera 1993
Forty Ninth Street 1993
Gold Fever 1993
Ide 1993
J P Hamer 1993
Master Bill 1993
Roar 1993
Royal Merlot 1993
Signal 1993
Silver Finder 1993
Banker's Gold 1994
Cyberspace 1994
Finest Hour 1994
Gold Case 1994
Thunder Lad 1999
Despreciado 2000
Was My Case 2000
Jules 1994
Peace Rules 2000
Mercer Mill 1994
Mr. Sutter 1994
Orchid's Devil 1994
Quarry 1994
Rodney Square 1994
 *フィールドアスカ 1994
 *ヤシマジャパン 1994
ロードアヘッド 1994
 *コロナドズクエスト Coronado's Quest 1995
Al Jadeed 2000
Governor Vasquez 2000
Winged Foot Willie 2000
Stored 2001
Quest of the King 2002
Awesome Gambler 2004
セレスハント 2005
Baquero 1995
Emancipator 1995
Esperero 1995
Fiend 1995
Tailings 1995
West Acre 1995
Creative 1996
Ecton Park 1996
Kahuna Jack 1996
Out of the Crisis 1996
Quaker Ridge 1996
Reparations 1996
Secreniner 1996
カオリハイパー 1998
タガノフォーティ 1998
ビワシンセイキ 1998
Sunday Break 1999
Never on Sunday 2005
キネティクス 1999
クーリンガー 1999
マイネルセレクト 1999
ユートピア 2000
フォーティダンサー 2001
エクラヴァンクール 2004
ブリーズフレイバー 2007

サイアーライン上は種牡馬入りした馬、→印の後は牝馬などの非種牡馬の代表産駒の一部を示す。また、日本調教馬における太字はG1級競走の勝ち馬を示す。