Star Trek Online（スタートレック・オンライン）は、SFドラマ『スタートレック』を原作とするWindows・MacintoshおよびXbox One・PlayStation 4用MMORPG。開発・運営はアメリカの販売はATARI。なお2011年5月にATARIがCryptic Studiosを売却した事により、2012年1月からはこれを買い取ったが運営している。エンターテインメントソフトウェアレイティング委員会でのレイティングは「T」（13歳以上対象）。なお特に注記の無い限り、年月日の記述はPSTを基準とする。

 概要 
2004年9月に制作発表が行われ、当初はが開発を担当、マイケル・オクダやジョン・イーブスなども参加して2009年初頭にサービスを開始する予定であったが、契約上のトラブルからPerpetual Entertainmentはプロジェクトを脱退し、その後2008年にCryptic StudiosがPerpetual Entertainmentで開発中だったデータの一部を譲渡され開発を引き継いだ。制作発表から5年半を経た2010年2月1日にようやく正式サービスが開始された。2017年3月現在のサービス地域は、北米・カナダ・フランス・ドイツ・トルコ・ポーランドだが、日本などその他の地域からもゲームに参加することは可能。

U.S.S.カークやU.S.S.マッコイなど原作シリーズの代表的な登場人物の名を冠した船が登場する。またマイルズ・オブライエンの息子キラヨシ・オブライエン、トム・パリスとベラナ・トレスの娘ミラル・パリス、サマンサ・ワイルドマンの娘ナオミ・ワイルドマンなど原作シリーズの若い世代の人物も登場する。

スポックが「ケルヴィン・タイムライン（『スター・トレック (2009年の映画)』の世界）」へ去った後の元の時空（『宇宙大作戦』から続く従来シリーズの世界）はどうなったのかを描くというコンセプトに基づき、メインシナリオは『ネメシス/S.T.X』や『Star Trek:Countdown』の直接の続編として作られており、ストーリーミッションは原作シリーズのエピソードと関連したものが多く、ドラマや映画で放置されていた伏線の回収も試みられている。映像作品のみならず、小説などのシリーズ作品の内容も包括している。また『スター・トレック』に始まる一連のリブート映画「ケルヴィン・タイムライン」シリーズ（前日談である『Star Trek:Countdown』を含む）とは制作会社同士が協力した姉妹作品的な関係にあり、本作のオープニングムービーの冒頭が『Star Trek:Countdown』のダイジェストであったり、『Star Trek:Countdown』でデータ大佐がU.S.S.エンタープライズE艦長時代に着ていた制服のデザインが本作の基本制服として採用されていたりと、関連性を持たせる仕掛けが随所に見られ、2016年7月6日実装の大規模拡張第三弾「Agents of Yesterday」からは本格的なクロスオーバーが展開し、一部の登場人物（0718大尉）や宇宙船（コンスティテューション級・ヴェンジェンス級（旧称ドレッドノート級）など）が本作に登場している。なお本作におけるオリジナル要素はCBSの許諾・監修を受けた上で実装されており、例えばU.S.S.エンタープライズFのクルー構成はCBSの意向が反映されている。

ゲーム情報サイト「Massively」の企画にて47.6%という得票率で2位以下に大差をつけ「Best Launch of 2010」を受賞したのを初め10部門中5冠を達成、2010年にアメリカでサービスが開始されたMMOの中で最も高い評価を得た。また映画・ドラマ・ゲームのノベライズやスピンオフノベルのコンテスト「2014 Scribe Awards」（Comic-Con International内のイベント）に、本作のリードシナリオライターであるクリスティン・トンプソンによるU.S.S.エンタープライズFをメインにしたスピンオフショートノベル『Mirror Image（Part1、Part2）』（『Star Trek Magazine』#44と#45に掲載）がノミネートされた。

2013年5月21日、新エキスパンション「Legacy of Romulus」が追加され、ロミュラス人でのプレイが可能となった（詳細は後述）他、多くの要素が追加された。

2014年9月1日、10月実装予定の「Delta Rising」で使用可能となる新規宇宙船8種類と各種新規アイテム類を詰め合わせた有償の追加パック「Delta Rising - Operations Pack」の先行予約販売が開始された（期間限定価格$124.99）。

2015年2月27日に本作に初期から関わり続けてきたレナード・ニモイが死去した事を受け同日中に本作の製作総指揮であるスティーブン・リコッサが公式サイトに追悼コメントを発表、同年3月5日にはゲーム中のバルカン星の地上マップなどにミスター・スポックの記念碑が設置された。

2016年7月6日実装の大規模拡張「Agents of Yesterday」のエピソードで、時間エージェントとなったプレイヤー（23世紀の宇宙艦隊士官）が2270年から2409年までの歴史を31世紀の時間エージェントであるダニエルスから教わるシーンにおいて、これまでのスタートレック・シリーズのTVドラマや映画の様々なシーンを撮影したスチル（『新スタートレック』U.S.S.エンタープライズDがボーグキューブと対峙するシーン、『スタートレック:ディープ・スペース・ナイン』ドミニオン戦争の艦隊シーン、『スタートレック:ヴォイジャー』U.S.SヴォイジャーがDS9に停泊しているシーン、『スタートレック：ファーストコンタクト』フェニックス号が外装をパージしてワープナセルを展開しているシーンなど）が大量に使用された。従来映像作品の内容をCGで再現するのではなく、実際のスチルがゲーム中に登場したのは初めての事である。

2016年9月2日、EUCL3Dとの提携により登場する全宇宙船クラスの模型（ゲーム中のあらゆるカスタマイズを再現可能）のオーダーメイド販売が決定（詳細は後述）。しかしEUCL3Dの事業終了で頓挫。

2016年9月6日より、家庭用ゲーム機（Xbox OneおよびPlayStation 4）移植版のサービスを開始。主にライティングのクオリティなどグラフィック精度がアップした他、ゲームパッドでの操作に対応したユーザーインターフェースの変更などが行われている。なおアップデートパッチ配信過程に大きな差異があるため、PC版と家庭用ゲーム機移植版はサーバーが別個に分けられており、異なるプラットフォームのプレイヤー同士が一緒にプレイする事は出来ない。

2017年3月より、CBSが運営している『スタートレック』シリーズ公式サイト内に本作の特設コーナーが設けられている。

2018年2月20日、Mixed Dimensionsとの提携により本作に登場する500種類以上の宇宙船クラスの模型（ゲーム中のあらゆるカスタマイズを再現可能）のオーダーメイド販売が決定（詳細は後述）。同年3月15日より販売を開始。

2018年10月9日、シーズン15「Age of Discovery」より、TVドラマのスタッフとの共同製作による『スタートレック:ディスカバリー』シーズン1のサイドストーリーを配信開始。

2019年8月4日、イーグルモス社より本作に登場するオリジナルデザイン宇宙船の塗装済み完成品模型+設定マガジン『スタートレックオンライン・オフィシャル・スターシップ・コレクション』の創刊が発表された（詳細は後述）。

2019年11月27日、オデッセイ級（U.S.S.エンタープライズFのクラス）が『スタートレック:ピカード』の前日談コミック『StarTrek: Picard Countdown』に登場。本作オリジナルデザインの宇宙船が「スタートレック」シリーズの他作品に登場したのはこれが初めてである。しかし、『ピカード』で描かれた24世紀末の歴史と本作の歴史はリンクしていない。

2022年3日4日、『スタートレック:ピカード』シーズン2エピソード1「スターゲイザー（The Star Gazer）」にサザーランド級・リライアント級・ガガーリン級・ロス級が登場
。本作オリジナルデザインの宇宙船が「スタートレック」シリーズの映像作品に登場したのはこれが初めてである。

 システム 
プレイヤーは惑星連邦宇宙艦隊（25世紀もしくは23世紀）、クリンゴン帝国防衛軍、ロミュラン共和国軍のいずれかの勢力（詳細は後述）を選び、キャラクターを作成する。なお、キャラクタークラスとしてTactical（戦術士官）・Engineering（技術士官）・Science（科学士官）を選択でき、これにより各種スキルだけでなくシナリオ選択肢にも幅が生じる。

プレイヤーの階級が上がるごと（2018年6月時点の最高レベルは65で最高階級は元帥）に搭乗可能な宇宙船の種類が増えていき（2018年6月時点ではレベル50から最高ランクであるTier6の船に乗れるようになる）、これらの宇宙船には自由に船名と登録番号を設定出来、外観・装備などのカスタマイズも可能。またプレイヤーキャラクターの外見（制服や階級章など）や個人装備などもカスタマイズ可能である。様々なスキルを持ったブリッジ士官（NPC）を、艦種毎に定められた人数だけ配置する事が出来る。

プレイヤーが移動可能な艦内施設はブリッジのみだったが、2010年7月27日のシーズン2アップデートより、作戦室・居住区（艦長私室・医療室・ラウンジバー）・機関部（機関室・科学ラボ・転送室）が追加された。

ゲームのメインとなる戦闘は宇宙戦と地上戦があり、地上戦はTPS、宇宙戦はフライトシミュレーションに近い。なおプレイヤーに課されるミッション（クエスト）の中には、戦闘を伴わないものもある。

プレイヤーはレベル60（元帥）になると艦隊司令官に任ぜられ、現在操作している以外の所有宇宙船を任務（クエスト）に派遣して報酬を得られるようになる。

 沿革 
PC版を基準に記述する。

2009年10月22日　クローズドベータテスト開始

2010年1月12日　オープンベータテスト開始

2010年2月2日　正式サービス開始（北米）

 アイコニア戦争編 

2010年3月24日　シーズン1　Common Ground　ゲーム開始時点での時勢は2409年1月。

2010年7月27日　シーズン2　Ancient Enemies

2010年12月9日　シーズン3　Genesis

2011年7月7日　シーズン4　Crossfire

2011年12月1日　シーズン5　Call to Arms

2012年7月12日　シーズン6　Under Siege

2012年11月13日　シーズン7　New Romulus

2013年5月21日　大規模拡張　Legacy of Romulus　新たにロミュラン人（所属はロミュラン共和国）でのプレイが可能に。

2013年11月12日　シーズン8　The Sphere　このシーズンの最終エピソードからゲーム中の時勢が2410年に移行。

2014年1月30日　シーズン8.5

2014年4月22日　シーズン9　A New Accord

2014年7月21日　シーズン9.5

2014年10月14日　大規模拡張　Delta Rising　U.S.S.ヴォイジャーと共にデルタ宇宙域を再探検するエピソード。『スタートレック:ヴォイジャー』のメインキャストが多数出演。

2015年4月21日　シーズン10　The Iconian War　このシーズン開始時点まででゲーム中の時間はシーズン1から約一年半が経過。

2015年7月16日　シーズン10.5　サービス開始時から続いていたアイコニアを巡るストーリーが終結。

 時間冷戦編 
2015年10月27日　シーズン11　New Dawn　時間冷戦（タイムトラベル）をテーマにした新ストーリーが開始。

2016年4月12日　シーズン11.5　Temporal Front

2016年7月6日　大規模拡張　Agents of Yesterday　『宇宙大作戦』放送開始50周年記念企画。惑星連邦の時間エージェントとなって『宇宙大作戦』の時代を冒険するエピソード（新規作成した専用キャラでのみプレイ可能）。『宇宙大作戦』のメインキャラ（一部はオリジナルキャストではない）や23世紀・26世紀・31世紀のオリジナルデザイン宇宙船が登場。「ケルヴィン・タイムライン」シリーズとのクロスオーバーも展開。

2016年10月25日　Agents of Yesterday: Artifacts　大規模なシステムアップデートを実施し、グラフィックをXbox One・PlayStation 4に準拠した高精度のものにアップグレード。

 ニューフロンティア編 
2017年1月26日　シーズン12　Reckoning　　未探査宙域とプロトマター（原物質）を巡る新ストーリーが開始。

2017年4月25日　シーズン13　Escalation　新ストーリーの追加と共に、ゲームシステム（主に戦闘関連）の大規模なアップデートを実施。

2017年7月18日　シーズン13.5

2017年10月3日　シーズン14　Emergence　ジョーディ・ラフォージ大佐とコロニー開発を進めるイベントの他、ニューフロンティア編の主敵となるハークの登場など。2018年1月からは『スタートレック:ディスカバリー』とのコラボレーションで、クロスフィールド級・ウォーカー級・サルコファガス級などの宇宙船や、衣装・携行武器などを実装。

2018年4月3日　シーズン14.5　スキルの追加の他、NPCを操作しその過去を追体験するという新しい試みを導入したエピソードが配信された。

2018年6月5日　大規模拡張　Victory is Life　『スタートレック:ディープ・スペース・ナイン』放映開始25周年記念企画。新たにジェムハダー（所属はドミニオン）・カーデシア人（所属は惑星連邦（25世紀）もしくはクリンゴン帝国）でのプレイが可能に。『スタートレック:ディープ・スペース・ナイン』のメインキャストが多数出演。またディープスペース・ナインの3Dモデルがより原作の設定に近い形状にアップデートされた。この3Dモデルの製作は、『新スタートレック』のデジタルリマスターや『Star Trek: Alien Domain』の製作を担当したトバイアス・リヒターによる。

 ディスカバリー編 
2018年10月9日　シーズン15　Age of Discovery　『スタートレック:ディスカバリー』とのクロスオーバー第一章。シーズン14におけるコラボでは一部の宇宙船や装備品などが登場するだけだったが、本シーズンでは新たに2250年代の宇宙艦隊の船長としてのプレイが可能となり、ストーリーラインはCBSおよび『スタートレック:ディスカバリー』の脚本家達との共同製作となる。またこのストーリーラインでは外伝コミック『Star Trek: Discovery "The Light of Kahless"』の内容も重要な要素として取り入れられている。

2019年1月23日　シーズン16　Mirror of Discovery　『スタートレック:ディスカバリー』とのクロスオーバー第二章。TVドラマでU.S.S.ディスカバリーが鏡像宇宙へ行っていた間、入れ代わりで主要宇宙に来ていたI.S.S.ディスカバリーの詳細を描く。

2019年5月14日　シーズン17　Rise of Discovery　『スタートレック:ディスカバリー』とのクロスオーバー第三章。U.S.S.ブランの最期と、ガブリエル・ロルカとエレン・ランドリーがU.S.S.ディスカバリーのクルーになるまでの詳細を描く。

2019年9月10日　シーズン18　Awakening　舞台を25世紀に戻し、（『スタートレック:ディスカバリー』シーズン1から見た）未来におけるマイセリウム胞子ネットワークを巡る戦いを描く。

2020年1月28日　シーズン19　Legacy サービス開始10周年記念アップデート。『スタートレック:ピカード』とのタイアップも兼ねており、既存のジャン＝リュック・ピカード関連アイテムのセット販売や『ピカード』作中年代の制服の配布が行われ、バーナムと『ピカード』での容姿になったセブン・オブ・ナインが登場するストーリーが配信された。また、10周年記念としてコンスティテューション級やディファイアント級など10種類の艦船が、従来のものとは別物扱いとなる「レジェンダリー」版としてセット販売される。

2020年6月30日　シーズン20　House Divided　クリンゴン帝国をフィーチャーしたシーズン。クリンゴンが主軸となるストーリが配信され、合わせて惑星クロノスやクリンゴン艦、クリンゴン人キャラクターなどのグラフィックが改良された。

 料金 
新運営会社の方針により、2012年1月17日から基本利用無料+アイテム課金モデル（F2P）に移行した。サービス会員には無料のシルバー会員と、従来の月額利用契約に当たるゴールド会員があり、シルバー会員はインベントリ枠やゲーム内通貨の所持上限額などに制約を受ける。引き続きライフタイム会員も募集している。ゴールド会員（月額）・ライフタイム会員共に、金額は後述の旧利用額と同じ。

F2P化以前は有料パッケージ+月額課金制で、パッケージは29.99アメリカドル（ダウンロード版）からで、月極契約の料金は月14.99アメリカドル、サービス終了までの一括契約である「ライフタイム契約」の料金は299.99アメリカドルである。なお、ゲームの序盤をプレイ出来る無料体験版も公開されていた。

なお、課金アイテムは、C-Store内でPerfect World Entertainmentのネットゲーム共通の課金ゲーム内通貨「ZEN」を支払って購入する。ただし、本ゲームでは生産システムの原材料となるダイリチウム結晶（プレイ中に無料入手可能）もまた通貨を兼ねており、ダイリチウム結晶でZENを「購入」して支払うことで、（かなりの時間と手間がかかるが）無料で課金アイテムを購入することも一応は可能である。

 The Foundry 
2011年3月30日に実装された、ミッション（クエスト）作成ツール。キャラクター選択画面よりこのツールを使用したミッション（クエスト）作成モードに入れる。NPCやマップ、スクリプト等を設定し作成したミッション（クエスト）は一般公開することが可能で、他のプレイヤーは公開されたミッション（クエスト）を自由にプレイし、評価（5段階、コメント添付も可能）を付けることが出来る。またこのシステムの実装に伴い、自分で作成したミッション（クエスト）のテストプレイ専用として新規キャラクタースロットが4つ追加された。なお完成度の高いものは運営によって公式にフォローされる事がある。2019年4月19日をもって廃止された。

 歴史 
作品名の記載が無い項は、本作オリジナルの出来事。

 ゲーム開始までの歴史 
 紀元前20万年頃 アイコニア帝国が滅亡（『新スタートレック』）。
 紀元元年頃　ドミニオンがハークとファーストコンタクト。
 14世紀頃　ハークがクリンゴンの母星クロノスを襲撃。
 1992年-1996年 優生戦争（『宇宙大作戦』）。
 2026年-2053年 第三次世界大戦（『スタートレック ファーストコンタクト』）。数百年後の未来からこの時代の地球を偵察しに来たナクール人の宇宙船が想定を遥かに上回る超高性能な地球の対宇宙防衛兵器により軌道上で撃ち落され、クルーはフィリップ・グリーン大佐が率いるエコテロリスト軍の捕虜になる。
 2151年-2161年 『スタートレック:エンタープライズ』
 2256年-　『スタートレック:ディスカバリー』
 2256年　クリンゴン・モカイ家が使用したマイセリウム胞子兵器の影響で、未来で未観測だった大規模な時空異常が発生する。
 2264年-2269年 『宇宙大作戦』
 2270年初頭 U.S.S.エンタープライズ（スポック船長）がブヴァット・コロニーの軌道上でタイムトンネルから出現したクリンゴン・ラプターに襲撃されるが、続いて現れた未知の宇宙船（25世紀の宇宙艦隊船）と共闘して撃退に成功。ケイレブ4号星の戦いでクリンゴン帝国防衛軍が初めて遮蔽装置を実戦使用。また同戦いでクリンゴン艦隊の攻撃から僚船を庇い犠牲になるはずだった惑星連邦宇宙艦隊のコンスティテューション級U.S.S.オセアニック（NCC-1421）が、ダニエルスによる2409年へのタイムトラベルで撃沈を免れ、クルーは時間エージェントとなる。
 2332年 ネクサス・リボンを調査中だった惑星連邦宇宙艦隊のヤマグチ級U.S.S.フォレスタルが消息を絶つ。
 2363年-2371年 『新スタートレック』
 2369年-2375年 『スタートレック:ディープ・スペース・ナイン』
 2371年-2377年 『スタートレック:ヴォイジャー』
 2379年 『ネメシス/S.T.X』
 2380年 惑星連邦が量子スリップストリームドライブを完成（『Star Trek: Destiny　"Gods of Night"』）。マキに参加していた元宇宙艦隊士官ロー・ラレンが逮捕される。惑星連邦の植物学者ケイコ・オブライエンとカーデシア政府顧問エリム・ガラックの尽力により、カーデシアの食料危機問題を解決するための「アンダック計画」が成功。
 2381年 ロミュラン帝国内戦（ロミュラン人対レムス人）が激化。惑星連邦領域内でのボーグの活動が活発化し、ジャン＝リュック・ピカードがボーグ対策チームの責任者に任命され、セブン・オブ・ナインも彼のチームに加わる。ロー・ラレンが刑期を終えてベイジョー軍に出仕し、ディープ・スペース・ナインの保安部長に就任。
 2382年 クリンゴン帝国がロミュラン帝国へ侵攻。200年以上に渡る異種族間交配により純粋なアンドリア人の出生率が危機的に減少している事実が明らかとなり、種の保存のためアンドリア帝国が惑星連邦から脱退（『Star Trek Deep Space Nine: Andor "Paradigm"』）。
 2383年 惑星キトマーの管轄権を巡って惑星連邦・クリンゴン帝国・ロミュラン帝国の間で外交危機が発生、クリンゴン帝国が軍事力を行使し惑星の支配権をもぎ取る。
 2384年 コラリス3号星のオドーがラーズを「偉大なる繋がり」に誘うが拒絶される。
 2385年 ジャン＝リュック・ピカードが宇宙艦隊を退役、駐バルカン惑星連邦大使に就任（『Star Trek: Countdown』）。医学的な問題の解決によりアンドリア帝国が惑星連邦に再加盟するが、原加盟国としての地位は失墜する（『Star Trek: Typhon Pact "Paths of Disharmony"』）。ビバリー・クラッシャーがU.S.S.パスツールの艦長に就任。ウォーフが宇宙艦隊を退役、クリンゴン帝国大使に就任。
 2386年 データが大規模近代化改修を終えたU.S.S.エンタープライズEの艦長に就任（『Star Trek: Countdown』）。オドーがアルファ宇宙域でジェムハダーを率いるレマタクランにガンマ宇宙域への帰還を促すが拒絶される。
 2387年 惑星ロミュラスが近隣星系の恒星ホバスの超新星化の影響を受け消滅（『Star Trek: Countdown』）。ロミュラン帝国のドナトラ総督が乗船していたI.R.W.ヴァルドアが行方不明になる（後にボーグに襲われ同化されていた事が判明）。オリオン・シンジケートのメンバーである不滅のハッサンが組織の首領レイマスを暗殺し、代わってエメラルドの女帝ことメラニ・ディアンがシンジケートを牛耳る。
 2388年 連邦ニュースネットワークが前年の惑星ロミュラス・レムス崩壊について、バルカン政府が事前に恒星ホバスの超新星化の脅威を認識していたにも関わらずロミュラン帝国の滅亡を期待して意図的に事態を放置していた事実を暴露、バルカン政府は各方面から糾弾され、連邦加盟国の一部はバルカン星から自国大使を召還。
 2390年 アルファ宇宙域にウンディーネ（生命体8472）が侵入していると思しき痕跡がU.S.S.エンタープライズE（データ艦長）により発見される。
 2394年 オリオン・シンジケートが正式な属国扱いでクリンゴン帝国の傘下に入る。
 2395年 ウンディーネ（生命体8472）がクリンゴン帝国への浸透工作を開始。
 2399年 生命体8472の侵略に対する対応を巡って惑星連邦とクリンゴン帝国との意見対立が決定的なものとなり、惑星連邦・クリンゴン帝国間の平和条約「キトマー協定」が破棄され冷戦状態となる。惑星連邦初のトランスワープ・ハブが開通。
 2400年代初頭 冷戦中ながら惑星連邦とクリンゴン帝国は協力してボーグに対抗する事で合意、宇宙船と人員を拠出し合い対ボーグ特殊部隊「バトルグループ・オメガ」を設立。
 2402年 クリンゴン帝国がゴーン同盟を征服。
 2405年 クリンゴン帝国が惑星連邦内のフロミ星雲コルヴァット・コロニーに艦隊を派遣して占拠し連邦市民居住者の強制退去措置を開始したため、惑星連邦も同コロニーに宇宙艦隊を派遣してクリンゴン艦隊と交戦、惑星連邦・クリンゴン帝国戦争が勃発。
 2406年 チャコティ提督が宇宙艦隊情報局長に就任。
 2407年 ロミュラン帝国のシーラ総督が女帝を称して戴冠式を決行。
 2408年 連絡の途絶えた第236宇宙基地の調査に向かったU.S.S.エンタープライズEが待ち伏せていたウンディーネ（生命体8472）艦隊の奇襲を受け撃沈されるも、データ艦長以下クルーの大多数は生還。

 ゲーム開始後の歴史 
 2409年 1月、惑星連邦領ヴェガ星系にボーグ艦隊が来襲、住民の救出作戦が実行されるが多くの住民が取り残されたまま星系はボーグに征服される。デワ3号星にロミュラン共和国政府が樹立。U.S.S.エンタープライズF就航、同名の宇宙船としては史上初めてアンドリア人が艦長に任命される。2256年からクリンゴン・モカイ家の一部がタイムトラベルして来る。
 2410年 オペレーション・デルタライジング始動、デルタ宇宙域を再探査。ウンディーネ（生命体8472）の大艦隊が地球およびクロノスへ侵攻、惑星連邦・クリンゴン帝国間の戦争が終結しキトマー協定が復活。8月、アンドロメダ銀河に潜伏していたアイコニア人が天の川銀河に対し侵攻を開始しアイコニア戦争が勃発するが、同年の内に講和が成立。時間冷戦の表面化。ルカリ初の深宇宙探査船L.S.S.レスカヴァが就航。ゼンケシ連合が周辺惑星の「浄化（生息する生命体の殲滅）」を開始し、アルファ宇宙域同盟およびケンタリ連合と戦争状態に突入。アルファ宇宙域ロタネヴ星系にネクサス・リボンが出現。復活したハークの大群がベイジョー星を襲撃、惑星軌道上で防衛に当たったDS9が破壊される。
 2423年 ジェイク・シスコが24世紀末から25世紀初頭にのかけての戦争を扱った戦史レポート「The Needs of the Many」（スピンオフ小説『Star Trek Online: The Needs of the Many』として現実に出版されている）を発表。
 26世紀前半頃 クリンゴン帝国が惑星連邦に加盟。（『スタートレック:エンタープライズ』）
 2555年 プロシオン5号星の戦いで、惑星連邦を中心としたアルファ・ベータ宇宙域連合軍が異次元から現れた球体創造者（テューテリア人）の侵略軍を破る。（『スタートレック:エンタープライズ』）
 28世紀前半頃 天の川銀河においてアイコニア滅亡後の20万年間で最大の恒星間組織となる「銀河連合」が発足。
 2769年 タイムライン保護とタイムトラベル規制を謳った恒星間条約「時間協定」が締結される。（『スタートレック:エンタープライズ』）

 プロローグ 

 惑星連邦宇宙艦隊編（改訂前） 
地球暦2387年の惑星ロミュラス崩壊以降、アルファ・ベータ宇宙域の情勢は極めて不安定となり、地球暦2399年には惑星連邦・クリンゴン帝国間の和平協定であるキトマー協定が破棄され、戦争に突入する。宇宙域中の種族を巻き込んで戦乱が激化する中、地球暦2409年に惑星連邦領ヴェガ星系にボーグの大艦隊が来襲する。現地駐留の艦隊に勤務していた新米少尉であるプレイヤーは、大破した友軍艦の生存者救助・逃げ遅れたコロニー住民の救出・残存ボーグ船の掃討などの功績をクイン元帥に認められる。2階級特進して大尉となった上に軽巡洋艦の艦長を任される事になり、指揮官として戦争と宇宙探査に臨んでいく……。

 惑星連邦宇宙艦隊編（改訂後） 
2409年、宇宙艦隊アカデミーの卒業を迎えたプレイヤーは友人たちと喜びを分かち合い、Masc Taggart大佐の指揮するミランダ級軽巡洋艦（艦名はプレイヤーが決定する）での訓練航行に出発する。Taggart艦長によって副長に任じられ意気揚々と任務に励むプレイヤーであったが、貨物船ブレイク・イーヴン号のクワーク船長からの救難信号を受けた事から事態は急転する。救助のため現地に向かったプレイヤーらを待ち受けていたのは、私掠のため罠を張っていたクリンゴンのネグヴァー級戦艦I.K.S.Chotであった。プレイヤーらの宇宙船は奇襲を受けてたちまち防御シールドがダウン、転送でクリンゴン戦士が続々と乗り込んで来て、船内で激しい白兵戦が繰り広げられる。迎撃の指揮を執ったプレイヤーはからくもクリンゴン戦士らを撃退するが、ブリッジに侵入して来た敵によってTaggart艦長が拉致され捕虜となってしまう。遮蔽した船から通信を送り、部下に降伏を命じるようTaggart艦長を脅す様子をプレイヤーらに見せ付けるクリンゴンのKadek艦長。しかしTaggart艦長は脅迫に屈せず、プレイヤーを自分に代わる艦長に任命し、自分のコミュニケーター信号をロックして光子魚雷を撃つよう命じたため、Kadek艦長に刺し殺されてしまう。崩れ落ちるTaggart艦長の姿を見たプレイヤーはElisa Flores上級戦術士官に光子魚雷の発射を命じ、放たれた魚雷はTaggart艦長のコミュニケーター信号を追跡して遮蔽中のI.K.S.Chotを直撃、甚大な被害を受けたI.K.S.Chotは逃走を開始する。プレイヤーらは救難信号を受けて駆けつけて来たノーグ艦長のキメラ級重駆逐艦U.S.S.キメラと共にこれを追って撃沈し、Taggart艦長の敵を討ったのであった（この展開は、地上での探索行動、艦内での白兵戦、そして宇宙戦闘のチュートリアルを兼ねている）。

ノーグ艦長の指示により一旦地球へ帰還する事になったプレイヤーらであったが、地球への帰路でJay Yim艦長のノーブル級巡洋戦艦U.S.S.キトマーから緊急の支援要請を受け、U.S.S.キメラと共にU.S.S.キトマーと合流すべくPollux星系へ向かう。惑星の衛星軌道上で空間異常の調査を行った3隻は、なんとボーグのトランスワープコンジットを発見してしまう。驚きも冷めやらぬ内に、コンジットから続々とボーグ艦隊が姿を現し、その一部はベガ星系に向かって飛び去っていった。プレイヤーらはU.S.S.キメラとU.S.S.キトマーに殿を任せ、ベガ星系にボーグの侵略を知らせるため急ぎその場を離れる。

幸運にもボーグ艦隊に先んじてベガ星系に到着したプレイヤーらは現地の行政府に避難命令を発するが、途中で妨害により通信が途絶えてしまう。ボーグ艦隊が星系に到着したのだ。惑星の住民を救うべく、ボーグの先遣隊を掻い潜り何とか地上に転送上陸したプレイヤーらであったが、時既に遅く、続々と空から降下してくるボーグの同化船、そしてボーグドローンとなり襲い掛かってくるかつての住民たち。ドローン達を倒し、無事な住民を転送収容しながら市街地を進むプレイヤーらは、地上に留まって避難誘導を続けていたWilla Post行政長官らを救助する（プレイヤーがEngineeringの場合、惑星に上陸・戦闘をすることなく宇宙空間にとどまったままで通信を復旧させることが可能）。

その後、プレイヤーらはボーグの転送妨害装置を破壊し可能な限り住民の救助活動を行うが、ボーグ本隊のワープサインが星系に迫り、撤退せざるを得なくなってしまう。船に戻ったプレイヤーらは星系からの脱出を図るが、星系にはスフィアやキューブなどボーグの主力艦が次々に姿を現し始めていた。孤立無援で苦戦を強いられるプレイヤーらであったが、U.S.S.キメラにU.S.S.キトマー、James Kurland艦長のU.S.S.ディファイアントなどが駆けつけ、彼らと共にボーグの包囲網を突破する事に成功した。プレイヤーらは「君達は出来る限りの事をした」というノーグ艦長の言葉を胸に、ボーグ艦に囲まれ惑星ごと同化されつつあるベガ星系を後にするのだった。
ようやく地球に帰還を果たしたプレイヤーは、スターベース1の司令官Jorel Quinn元帥に迎えられる。Quinn元帥はプレイヤーの類稀な指揮能力を賞賛し、プレイヤーに対して正式に大尉の階級とTaggart艦長が遺したミランダ級宇宙船の艦長職を与える。こうしてプレイヤーは、宇宙艦隊の艦長として波乱万丈のキャリアをスタートさせた。

 クリンゴン帝国防衛軍編 
2409年、プレイヤーはJurek艦長率いるB'rel級Bird-of-Prey（艦名はプレイヤーが決定）の第二副長を勤めていた。ホロデッキでの地上戦訓練を終えたその夜、艦は連邦の捕虜（セクション31の工作員）を護送する任務を受けた。
しかし、その捕虜引渡しの場を連邦艦USSムサシが、そして連邦の突入隊が襲う。白兵戦で突入隊を返り討ちにしたプレイヤーが拾った連邦のメッセージには、Jurek艦長自らが連邦艦を手引きする内容が記されていた。その報を受けたDoran副長はプレイヤーに捕虜の尋問を命じ、その返答しだいではクリンゴンの「名誉の掟」に基づいて艦長に果し合いを申し込むことを決める。その捕虜の返答は「艦長との取引が自分のビジネス」という、連邦らしい名誉のかけらもないものであった。そしてプレイヤーは、艦長に返り討ちにされたDoran副長の敵討ちをもかねて、連邦の強大さに恐れをなしてクルーと帝国を裏切った艦長を討ち果たし、増援艦隊と共にムサシをも撃沈し、新艦長の座でクリンゴン戦士らしく仁王立ちを決めるのであった。

しかし、その捕虜Franklin Drakeとのくされ縁によって、プレイヤーは帝国の存亡にかかわる陰謀へと巻き込まれていく。

 ロミュラン共和国編 
2409年1月（惑星連邦編プロローグの二週間前）。ロミュラン人（もしくはレムス人）難民であるプレイヤーは、他の惑星社会から孤立したVirinat星のコロニーで警備員として働き、平和に暮らしていた。しかしコロニー建設十周年を祝う祭の夜、突如としてロミュラン帝国秘密情報機関タルシアーと未知の種族"エラチ"の連合艦隊がコロニーを襲う。友人のTovanと協力して住民をシャトルで避難させ、何とか軌道上のTOS時代のバード・オブ・プレイ（T'liss Light Warbird）まで辿り着いたプレイヤーだったが、非武装のコロニー船を救助している最中、タルシアーのデイダリデックス級戦艦に捕捉されてしまう。まさに撃沈されようとしたその時、コロニーからの救難信号を傍受した「ロミュラン共和国」を名乗るTemer司令官率いる小戦隊が駆けつけ、彼らの支援によりからくもタルシアー艦隊を退却させるが、コロニーは破壊され廃墟と化す。事情を知ったTemer司令官の厚意で生き残ったコロニー住民はロミュラン共和国に受け入れてもらえることになり、共和国艦隊と合流。そこで帝国の支配から離れ、自由なロミュラン人社会を築くべく戦う人々の存在を知り、プレイヤーはTovanと共に共和国軍に志願するのだった。

 惑星連邦時間局編 
宇宙歴6147.4（西暦2270年）、宇宙艦隊中尉であるプレイヤーが乗務するパイオニア級宇宙船は、遭難した科学調査船の捜索中、タウラス3号星に墜落している科学調査船の残骸を発見する。Isaac Garrett船長の命により、Tarsi少尉やMears少尉ら上陸班を率いて惑星に降り生存者の捜索にあたったプレイヤーは、現地の未開文明種族タウラス人の襲撃をかわしながら数人の科学者を救助するが、思いがけずクリンゴン人にも襲われる。生存者達をシャトルで母船に連れ戻ったプレイヤーらを待っていたのは、コールが率いるクリンゴン小艦隊の攻撃だった。科学調査船が遭難・墜落したのは、クリンゴン艦隊の待ち伏せ攻撃を受けたためだったのだ。パイオニア級宇宙船はクリンゴン小艦隊の波状攻撃を突破する途中、D9級戦艦と交戦しているジェームズ・T・カーク船長のコンスティテューション級U.S.S.エンタープライズと遭遇、協力して戦いD9級戦艦を撃退した。パイオニア級宇宙船とU.S.S.エンタープライズは共に地球軌道基地に帰還し、二隻のクルー達は基地のバーラウンジで勝利の酒を酌み交わした。Garrett船長に呼び出されたプレイヤーは、彼が提督に昇進して船を降り基地勤務になった事、彼の後任に自分が指名された事を知らされる。こうして大尉に昇進したプレイヤーは、Garrett提督から託されたパイオニア級宇宙船の船長となった。そしてその船のクルーの中に、ハンター少尉と名乗る31世紀の時間エージェント・ダニエルスの姿があった。
ダニエルスによって時間冷戦の存在を知らされたプレイヤーは、彼の導きによりクリンゴン人やロミュラン人を操りU.S.S.エンタープライズの破壊とカーク船長の殺害を目論む未来人（テューテリア人）の企みを次々と阻止していく。やがてコール率いるクリンゴン艦隊が惑星連邦領のケイレブ星系に侵攻、プレイヤーはGarrett提督のコンスティテューション級U.S.S.ヨークタウンを旗艦とする艦隊に加わりケイレブ星系に向かい、ケイレブ4号星の軌道上で両軍が激突。当初は宇宙艦隊が優勢だったが、後退するクリンゴン艦隊を追撃して星系から完全に追い出そうとしたところ、遮蔽を解除して現れた多数のクリンゴン艦に取り囲まれ袋の鼠となり、全船がトラクタービームで鹵獲されてしまう。プレイヤーは起死回生の策として自身のパイオニア級宇宙船を捕らえているコール船長のD7級I.K.S.コロサスに転送で侵入し、コールが未来人と名誉について口論している隙をついて破壊工作に成功、自由になったプレイヤーのパイオアニア級宇宙船は他のクリンゴン艦のトラクタービームエミッターを破壊し、僚船を救出していく。しかし多勢に無勢である事に変わりなく、Garrett提督は艦隊に撤退を命じ、殿を買って出たプレイヤーのパイオニア級宇宙戦はクリンゴン艦隊から集中砲撃を浴びる。僚船がワープで撤退を始め、最後にGarrett提督の旗艦が「我々は貴船の犠牲を決して忘れない」というメッセージを残して去って行った後、プレイヤーのパイオニア級宇宙船は遂に撃沈され、宇宙の藻屑となった。と思われた瞬間、プレイヤーはダニエルスと共に奇妙な部屋（タイムライン観測室）にいた。ダニエルスはこれまでタイムラインの保護に尽力してきたプレイヤーの素質を認めてその死を惜しみ、プレイヤーとそのクルーの命を助けてこれからは時間エージェントとして共に働いてもらいたいと言う。ダニエルスの申し出を受け未来の歴史についてレクチャーを受けたプレイヤーは、気が付くと地球軌道上のスターベース1の中に立っていた。近くにいた宇宙艦隊士官がプレイヤーの服装を珍しがり、ホロノベルでも楽しんでいたのかと問う。そこはプレイヤーが戦死するはずだった時から139年後、西暦2409年の未来世界だった。

 ドミニオン編 
2410年、ハークの脅威がガンマ宇宙域を席巻する中、ジェムハダーであるプレイヤーは長老ドゥカンレックスによる能力試験で優秀な成績を修め、創設者オドーが率いる艦隊の一翼を担うファーストに任命される。直ちにワームホールを通過してベイジョー星系へ向かい、ハークに襲われているゼンケシ・スターベースからアーン・ゼン・タラーク提督（正体は女性創設者）の救出に成功。ドミニオンとアルファ宇宙域同盟との協調路線を整えるため、プレイヤーは創設者オドーの命令により惑星連邦もしくはクリンゴン帝国へと派遣され、「勝利こそ我が命」のモットーを胸にハークとの戦いに赴いていく。

 惑星連邦宇宙艦隊編（ディスカバリー） 
2256年、連星系における外交的失敗により、第一次惑星連邦・クリンゴン帝国戦争が勃発、初戦でブレット・アンダーソン提督率いる宇宙艦隊は大敗を喫する。その数週間後、宇宙艦隊アカデミー四年生のプレイヤーは、イヴリン・サヴェアなどの同級生達や一学年後輩のシルビア・ティリーと共に、アントン・シェイファー大佐が指揮するマラコウスキー級軽巡洋艦に乗務しての訓練航海に出発、副長に任じられる。バルカンへ向かう途中、民間輸送船S.S.フォーチュナのシラノ・ジョーンズから救難信号を受信、救助に向かう。しかしこれはクリンゴン・モカイ家の罠で、プレイヤーらの船は奇襲を受けクリンゴン兵の侵入を許してしまう。保安部を率いて船内のクリンゴン兵の排除に成功するプレイヤーがブリッジに戻ったのも束の間、ブリッジにまで乗り込んできたクリンゴン兵にシェイファー船長が連れ去られる。遮蔽装置の使用により見えない船から映像通信を送り、シェイファー船長に降伏を命じるよう迫るモカイ家の女当主ジュラだったが、自分のコミュニケーター信号をロックして光子魚雷を撃つよう命じたため、激高したジュラに刺し殺されてしまう。崩れ落ちるシェイファー船長の姿を見たプレイヤーはサヴェアに光子魚雷の発射を命じ、放たれた魚雷はシェイファー船長のコミュニケーター信号を追跡して遮蔽中のクゥグ級I.K.S.ルカラを直撃、甚大な被害を受けたI.K.S.ルカラは逃走を開始する。プレイヤーらは救難信号を受けて駆けつけて来たシカー・シュラン船長のシェパード級U.S.S.セブロヴァと共にこれを追い詰めるも、あと一歩のところで取り逃がす。

U.S.S.セブロヴァは連絡の途絶えたジャネット・デュラント船長のニミッツ級U.S.S.タイコンデロガを捜索中であり、プレイヤーは地球に帰還する前にシュラン船長の指揮下に入り協力する事になる。セレス星系のアルカニス・アームでU.S.S.タイコンデロガを発見したプレイヤーらは、空間異常の調査を支援中、遮蔽したクリンゴン船を発見してしまう。続々とクリンゴン艦隊が姿を現し、その一部はコルヴァン星系に向かって飛び去っていった。プレイヤーらはシュラン船長の命を受け、U.S.S.セブロヴァとU.S.S.タイコンデロガに殿を任せ、コルヴァン星系にクリンゴンの侵略を知らせるため急ぎその場を離れる。プレイヤーらは、クリンゴンの先遣隊に襲撃されているコルヴァン2号星コロニーからスマイス長官の協力を得て住民を退避させるが、クリンゴンの本体が到着し、行く手を阻まれる。しかし間一髪のところへ救援に駆け付けたデブ・アンダーウッド船長のクロスフィールド級U.S.S.グレン、U.S.S.セブロヴァ、U.S.S.タイコンデロガ、マラコウスキー級U.S.S.ミヤモトと協力してウリンゴン艦隊の撃破に成功する。一時的ではあるもののコルヴァン星系を確保したプレイヤーらは地球へ帰還。ケンジントン提督はプレイヤーの類稀な指揮能力を賞賛し、プレイヤーに対して正式に大尉の階級とシェイファー船長が遺したマラコウスキー級宇宙船の船長職を与える。こうしてプレイヤーは、宇宙艦隊の船長としてクリンゴンとの戦争に身を投じていく。

その後、プレイヤーらはシュラン船長やデュラント船長と共にケンジントン提督の下でスターベース1防衛戦に参加。序盤の戦いを乗り切るものの、尽きる事の無いクリンゴン・モカイ家の攻勢の前にスターベース1の放棄が決定される。基地クルーの退避中、突如現れたモカイ家の旗艦I.K.S.ルカラが現れ謎の兵器を使用、プレイヤーらは強烈な閃光に包まれる。気付くと、プレイヤーは奇妙な部屋（タイムライン観測室）に倒れており、ダニエルスと名乗る男性に助け起こされる。ダニエルスによると、I.K.S.ルカラが使用したマイセリウム胞子兵器の影響により大規模な時空分裂が生じ、その影響範囲にいたプレイヤーとそのクルーやモカイ家の者達は25世紀に飛ばされてしまったのだという。マイセリウム胞子兵器はタイムラインにとって極めて危険な存在であり、この危機を解決するためダニエルスから協力を要請されるプレイヤー。公式にはスターベース1の戦いで戦死したと記録されているプレイヤーは、惑星連邦時間調査局が用意した新たな身分で25世紀の世界に潜入し、モカイ家のジュラを追う。

 プレイヤーが参加可能な勢力とプレイ可能な種族 

 惑星連邦宇宙艦隊 
本拠地はバルカン・セクターの地球。

初期に選択可能なプリセット種族は、地球人、バルカン人、アンドリア人、ボリア人、トリル人、ベタゾイド、ベンザイト人、ベイジョー人。

この他にキャラクタークリエイトによってプレイヤーが全く新しい種族を作成する事も可能。またC-Storeで別途料金を支払う事によって、クリンゴン人、フェレンギ人、テラライト人、パクレド人、カイティア人、ライジェル人・カーデシア人を作成出来るようになる。

なお各種特典の一部として、ソーリア人と解放ボーグ（集合体から切り離され自我を取り戻したボーグドローン）を作成可能になるというものがあった。解放ボーグはC-Storeで別途料金を支払う事によってブリッジクルー（NPC）としてのみ使用可能。

すべての宇宙艦隊船は船体表面に惑星連邦の国章を大きくペイントするようになっている。

原作シリーズとの違いとしては、組織が完全に軍隊化され事実上の惑星連邦宇宙軍となっており、艦船の種別も軍艦のものに変わっている（「探査船」だったアキラ級が「護衛艦」になっている等）。またそれに伴い艦隊の基本方針が変更され、鹵獲や捕縛など任務上必要な場合以外には敵船は撃沈し敵兵も殺害する。このため、個人携行武器はデフォルトで「殺傷」設定になっている。なお宇宙艦隊に随行する陸戦隊として、MACOが存在する（原作シリーズでも宇宙艦隊とは別に惑星連邦の地上部隊が存在していたが、本作ではこれが地球連合時代から存続しているMACOであるとされている）。

ただし、MMORPGの常として、上官から命じられる任務（ミッション）には従うことなく拒否・あるいは無期限保留することができ、また任務に成功して功績を挙げて昇進する（プレイヤーレベルが上昇する）ことはあっても、失敗して処罰・降格されることはない。また、制服や武器、果てはDutyOfficerや艦船まであらゆるアイテムを私費購入して上官の許可なく装備することができるなど、別な意味で軍隊色は薄い。

 クリンゴン帝国防衛軍 
本拠地はクロノス・セクターのクロノス。

初期に選択可能なプリセット種族はクリンゴン人の他、クリンゴン帝国の勢力下にあるゴーン人、オリオン人、ノーシカン人。この他にキャラクタークリエイトによってプレイヤーが全く新しい種族を作成する事も可能。またC-Storeで別途料金を支払う事によって、トリル人・カーデシア人を作成出来るようになる。なお、ゴーン人とノーシカン人には女性キャラクターが存在しない。

なお各種特典の一部として、レシア人と解放ボーグ（集合体から切り離され自我を取り戻したボーグドローン）を作成可能になるというものがあった。解放ボーグはC-Storeで別途料金を支払う事によってブリッジクルー（NPC）としてのみ使用可能。

元々軍隊なので原作シリーズとの大きな差異はないが、一部の艦船が脱出ポッドを搭載するようになっている。

 ロミュラン共和国軍 
本拠地はニムバス・セクターのニューロミュラス（旧デワ3号星）。

初期に選択可能なプリセット種族は、ロミュラン人とレムス人。この他にキャラクタークリエイトによってプレイヤーが全く新しい種族を作成する事も可能。

2013年5月21日実装の「Legacy of Romulus」で追加された新勢力。略称は「RRF」。他の二勢力とは異なりプレイヤーキャラクターは初め軍人ではなく勢力とは無関係な一般市民であり、チュートリアルを兼ねたプロローグを終えた後で共和国軍に志願、大尉待遇で採用されるという流れになる。キャラクターの兵科は他勢力と同様にタクティカル・エンジニアリング・サイエンスに分かれているが、船の種類はウォーバードのみであり、各階級毎に選べる船も基本1種＋有料バリエーション1種のみとなっている。独自のフリートシステムが用意されておらず、ストーリーの進行によって惑星連邦かクリンゴン帝国のどちらかと同盟を結ぶ（保護下に入る）ことによって、選択した勢力に依存したフリートシステムを利用可能になる。他の二勢力よりもストーリー性が重視されており、初期に配属される数人のブリッジ・オフィサー達にはバックストーリーが設定されている。プロローグの内容の関係上、惑星連邦編やクリンゴン帝国編とは若干ゲーム中での時系列が異なる。なお船名の前に付く接頭詞は帝国で使用されている「I.R.W」ではなく、「R.R.W.」である。

 アルファ宇宙域同盟 
ボーグや生命体8472などデルタ宇宙域からの侵略に備え、2409年に惑星連邦・クリンゴン帝国・ロミュラン共和国・カーデシア連合が中心となって結成した軍事同盟。ジェノーラン・ダイソン球に置かれた同盟司令部が統括し、その下にアルファ宇宙域同盟軍を有する。結成当初は加盟国それぞれの思惑もあり一枚岩とはいかなかったが、アイコニア人による天の川銀河全体に対する軍事侵攻を受けて目的通り機能し始めた。なおこの同盟はアイコニア戦争終結後も維持されており、同盟国間で領域や資源を巡るトラブルが発生した場合は対話によって解決を図る努力がなされている。また28世紀に成立した恒星間共同体「銀河連合」の母体にもなった。

ストーリーの進行で惑星連邦対クリンゴン帝国という当初の枠組みが解消され全勢力共通の敵となる大きな勢力が登場した事により、シーズン8からプレイヤーは上述のいずれの勢力に所属していたとしてもこの同盟の一員として行動していく事になる。

 時間艦隊 
タイムラインを守るため、時間冷戦に関わりタイムトラベル技術を持つ23世紀から31世紀までの様々な種族が参加して時代を超え結成した特殊部隊。28世紀のニューキトマー星（位置はガンマ宇宙域）を囲むリング型宇宙ステーション内に置かれた時間作戦司令部が統括する。各時代へ派遣されタイムラインの保護・修正を行う事が任務。複数のナンバリング艦隊から構成されており、例えばU.S.S.ディファイアントC（後述）は第5時間艦隊に所属している。なお時間艦隊総旗艦は26世紀のU.S.S.エンタープライズJ（後述）である。

ストーリーの進行で時間冷戦がテーマとなり様々な時代を旅するエピソードが主流となった事で、シーズン11からプレイヤーは上述のいずれの勢力に所属していたとしてもこの艦隊の一員として行動していく事になる。

 惑星連邦時間局 
31世紀における惑星連邦の機関。29世紀の時間統合委員会が拡大したもの。時間冷戦（時間戦争）を戦う当事者組織の一つで、タイムラインの保護を目的として様々な時代へ時間エージェントを派遣している。29世紀頃までのタイムシップはウェルズ級のようなあくまでもタイムランの調査を目的とする船が主流だったが、時間冷戦が本格的な戦争に発展した事を受け、31世紀の時間局では他勢力のタイムシップと渡り合えるだけの十分な戦闘能力を持ったタイムシップ（クロノス級・エターナル級・ウロボロス級など）を多数保有している。

2016年7月6日実装の「Agents of Yesterday」で追加された新勢力。23世紀の惑星連邦宇宙艦隊の船長がダニエルスによって時間エージェントにスカウトされ時間冷戦（時間戦争）を戦っていくというストーリーであるため、新規に専用キャラクターを作成する必要があり、選択可能な種族も23世紀で惑星連邦の主流だった地球人・バルカン人・アンドリア人・テラライト人に限られる。

 ドミニオン（オドー艦隊） 
本拠地はガンマ宇宙域のエンプレサ星（位置の詳細は不明）。

初期に選択可能なプリセット種族は、ジェムハダー。またC-Storeで別途料金を支払う事によって、ジェムハダーヴァンガード（後述）を作成出来るようになる。

2018年6月5日実装の「Victory is Life」で追加された新勢力。ロミュラン共和国軍と同様、専用の初期エピソード終了後に惑星連邦（25世紀）かクリンゴン帝国かを選択し、以降はその勢力への派遣要員として活動していく。ストーリーの関係上、初期レベルが60に設定されている。

 惑星連邦宇宙艦隊（ディスカバリー） 
2250年代の惑星連邦の組織。本来の任務は宇宙探査だが、クリンゴン帝国との戦争勃発により多くの構成員が戦場へ送られ、散っている。遮蔽装置を搭載した宇宙船を持つクリンゴン帝国に劣勢を強いられ、防戦一方となっている。

2018年10月9日実装の「Age of Discovery」で追加された新勢力。『スタートレック:ディスカバリー』時代（2250年代）の惑星連邦宇宙艦隊の船長となり、スターベース1撤退戦やモカイ家によって引き起こされた時空分裂危機などドラマの舞台裏で起きていた出来事を体験していく内容となっている。この勢力でプレイするためには専用キャラクターを作成する必要があり、選択可能なプリセット種族は地球人・バルカン人に限られるが、この他にキャラクタークリエイトによってプレイヤーが全く新しい種族を作成する事も可能。なお2250年代のストーリーミッションについては、25世紀およびTOSの惑星連邦キャラクターでも「歴史シミュレーション」という体裁でプレイする事が出来る。

 その他の勢力 

 旧ロミュラン諸勢力 
スポックらの失策で防げなかった2387年の惑星ロミュラス消滅により、バルカン人との再統一実現どころかロミュラン人としての統一も失われてしまい、いくつかのグループに分裂した。中には惑星連邦と友好関係を築くグループもあり、ジロック大使を筆頭に引き続きバルカンとの平和的再統一を諦めていない者も多い。

 ロミュラン帝国 
レイター3号星に拠点を移し存続したロミュラン帝国。指導者は惑星ロミュラスの消滅を惑星連邦の責任と考え復讐を果たそうとする女帝シーラ（ナターシャ・ヤーの娘）。情報機関タルシアーが台頭して政府による統制が不可能になっており、アイコニア人と結託して様々な策謀をめぐらせている。レムス・惑星連邦との戦いに敗れタルシアーが壊滅した事、ロミュラン共和国から戦犯として手配されていた女帝シーラがアイコニア戦争後に共和国に出頭した事などから、国家として著しいダメージを受けたにも関わらず、評議員達がシーラの後釜を狙って権力争いを始めたため多くの軍人・国民が愛想を尽かしてロミュラン共和国に流出し始めている。帝国海軍では全将兵の約65％が既に共和国に亡命しており、帝国は瓦解しつつある。

 レムス 
ロミュラス崩壊とともに双子星のレムスも崩壊し、その後はハーコナ星系を拠点にロミュランからの独立戦争を続けていた。戦況は不利だったが、惑星連邦の援助を受けて2409年に独立を達成。その後はロミュラン共和国に合流し、主に軍事面で貢献している。また宇宙艦隊に入隊する者も現れている。

 ウンディーネ（生命体8472） 
アイコニア人に征服され、その復讐の先駆けとしてアルファ宇宙域への本格的な侵略を開始し、その変身能力を活かして既に何人かの惑星連邦やクリンゴン帝国の有力者と入れ替わっている。また領域内に地球を模倣した前哨基地（テラドーム）を建造済み。

 ボーグ 
トランスワープ・ハブにおけるU.S.S.ヴォイジャーとの攻防以降およそ30年間沈黙していたが、惑星連邦への侵略を再開。ボーグ・クイーンとは別に、「マーナス」という個人名を持つ女性ドローンを現地司令官に据えている。

 ドミニオン 
ガンマ宇宙域のドミニオンとアルファ宇宙域の種族とは表立って敵対関係にはない。しかし固形種を敵視するラーズがジェムハダーの残党を組織し戦争を再開しようとしている。アルファ宇宙域ではオドーと共に派遣された「100人の子供たち」の一部が集まり、オライアス3号星の地表に「新しい繋がり（New Link）」を形成しているが、惑星連邦とは相互不可侵協定を結んでいる。ボルタ人のエローンによると、オドーはガンマ宇宙域のどこかで「偉大なる繋がり（Great Link）」と共にいるらしい。ドミニオン戦争後、惑星連邦とは長く交流が途絶えていたが、2409年にドミニオン戦争当時からタイムスリップしてきたジェムハダー艦隊がDS9を占拠した事件の平和的解決に協力した事から外交関係が復活し、翌年にアイコニア人が太陽系を攻撃した際には艦隊を派遣して地球の防衛に尽力した。その後ハークを巡る騒乱の中で女性創設者グループとオドーグループの間で対立が生じるが、女性創設者がハークによって殺害された事でオドーの単独指導体制となり、その下で惑星連邦への加盟準備を開始した。

 ジェムハダーヴァンガード 
創設者となったオドーの管理の下で製造・育成された特殊なジェムハダーの事。通常のジェムハダーよりも心身共に精強で、最精鋭と看做され多くがオドー艦隊に属し「オドーの先鋒」と呼ばれ有名を馳せている。また通常のジェムハダーと異なり単に盲目的に命令に従うだけでなく、不当な命令を拒否したり、命令を待たず自己の判断で行動するなどの能力を持つ。

 カーデシア 
文民指導者ギローラ・ルソルなどの活躍で惑星連邦とは比較的友好的な関係にある。しかし領域内には「真実の道」が跋扈している。カーデシア軍および中央司令部はドミニオン戦争後に解体され、カーデシア防衛隊（通称CDF）に改組されている。2409年時点のカステランはクワークの元恋人、ナティマ・ラング教授。

 真実の道 
元はベイジョーとの和平に反対するカーデシアのテロ組織だったが、ドミニオン戦争後はジェムハダーの残党やドミニオン派のカーデシア人を糾合し、一大軍事勢力になっている。ガロア級などのカーデシア軍艦をジェムハダーが指揮している場合がある。指導者はかつてジャン＝リュック・ピカードを捕らえ拷問にかけたガル・マドレッド。

 ヒロージェン 
アルファ宇宙域に進出。24世紀ではひたすら獲物を追い掛け回すだけだったが、人質をエサに救助部隊を誘き寄せたり、人工的に造り出したワームホール内に罠を仕掛けるなど、トリッキーな「狩り」を行うようになっている。ベータ宇宙域では一部のヒロージェンがロミュランの傘下に入っている。

 フェレンギ連盟 
グランドネーガス・ロムの指導の下、惑星連邦と同盟関係にある。男女問わず宇宙艦隊に入隊する者も増えている。惑星連邦の領域内ではデコラ級マローダーが行き来しており、行商のような商業活動をしている。

 ブリーン同盟 
ドミニオン戦争後も惑星連邦との対立は続いている。デフェリ人の遺産を狙って彼らの領域を侵略したことから再び惑星連邦と交戦状態になる。

 ソリア連合 
時空テクノロジーを駆使してタイムラインを無視した歴史改変行動を続けている。2410年のアイコニア戦争終結後には、未来人から奪った超兵器トックス・ウタットを使用しタイムラインに反してナクール人の母星を滅ぼした。その理由は2268年にナクール人がソリア人のコロニー艦隊を襲撃して数千人の子供を虐殺した事に対する報復であったが、この2268年のナクール人による攻撃はそもそも2410年に母星を滅ぼされた事に対する報復であるという、タイムパラドックスであった（後に惑星連邦の時間エージェントの活躍により解消）。数百年間にも渡りタイムトラベルを用いて利己的に多くのタイムライン改変を行ってきた種族であるが、このタイムパラドックスへの直面が原因となり28世紀の中頃にはタイムトラベル規制に賛成の立場をとっている。

 オリオン・シンジケート 
ENT・TOSの時代から、奴隷売買で悪名高かった星間犯罪組織。政治的には中立だったが、「エメラルドの女帝」と呼ばれるリーダー、Melani D'ianのもとクリンゴン帝国と交渉、正式な政治勢力として傘下に加わった。なお、オリオン人PCとの直接関係はない。

 デフェリ人 
ブリーンと領域を接している種族。調和を何よりも尊び争いを嫌う文化を持った平和的種族で、領域内の古代遺跡を狙ったブリーンの侵略を受け惑星連邦・クリンゴン帝国に援助を求めている。なおこの古代遺跡をデフェリ人の学者はトコン帝国の物ではないかと考えていたが、後にプリザーバー（ヒューマノイド種族の共通祖先）の保存施設である事が判明した。

 デヴィディア人 
再び生命エネルギーを狙い、惑星連邦とクリンゴン帝国との中立地帯に出現。23世紀中頃の過去（つまり、TOSの時代）をターゲットとしている。

 エラチ（ヴァーティアン） 
「Legacy of Romulus」から登場する新敵対勢力。『スタートレック:エンタープライズ』シーズン1エピソード12「言葉なき遭遇（Silent Enemy）」に登場した、音声言語を持たず、痩せた長身でタコのような頭をしている種族である。母星はガンマ・ヴァーティス4号星。コミュニケーション不可能なため正式な種族名は不明だが、宇宙艦隊は彼らの母星の英語名にならって「ヴァーティアン」、またはロミュラン人は「エラチ」という推定仮称をつけている。異種族ヒューマノイドを自分達に似せて生物学的に改造し兵士として使役するという習性を持ち、宇宙で異種族ヒューマノイドに遭遇すると有無を言わさず襲撃して改造に適合性があるかどうかを綿密なスキャンを行って調査する。改造された者は元の人格を失ってしまうという点ではボーグと似ている。また改造に耐えられなければ死亡する上、改造が完了した者を元に戻す方法は25世紀でも発見されていない。ロミュラン帝国タルシアーと協力関係にありその強大な軍事力を提供、各地のコロニーを襲って住人を誘拐しては人体実験を行っている。一般的な宇宙船の他、『宇宙戦争』に登場したトライポッドに似た地上都市侵攻用の大型機動兵器や、蜘蛛のようなロボット兵器を使用する。後にアイコニア人に仕えている事が判明。なお本作では当初、次項で述べる第三次亜空間生命体と同種という設定になっていたが、『スタートレック:エンタープライズ』シリーズのノベル『Star Trek Enterprise: Rise of the Federation "A Choice of Futures"』において母星などの詳細設定が登場したため、それに合わせて本作での設定も変更されている。

 第三次亜空間生命体（ソラナエ） 
『新スタートレック』シーズン6エピソード5「謎の第3次亜空間（Schisms）」に登場した、カスタネットを鳴らすような音で会話し、フジツボのような目に亀のような嘴を持つ種族。第三次亜空間に生息し体組成はソラノジェン分子で構成されている。コミュニケーション不可能なため正式な種族名は不明だが、宇宙艦隊により「ソラナエ」という推定仮称がつけられており、彼らの生息する亜空間へのゲートウェイが発見されたダイソン球は「ソラナエ・ダイソン球」と呼んでいる。アイコニア人に仕え、亜空間に存在するアイコニア人のゲートウェイ基地（ヘラルド艦隊の待機保管場所でもある）の管理を担当しており、本作ではその一つ「保管施設Z98」が登場する。

 プリザーバー 
天の川銀河で最初の知的生命体であり、天の川銀河のヒューマノイド種族の共通祖先。『新スタートレック』ではホログラム映像のみの登場で絶滅が示唆されていたが、本作では少数ながら保存ポッドに入っていた生存者が存在する設定になっている。しかし2410年に復讐に燃えるアイコニア人に保存施設を発見され、わずかに残っていた生存者も皆殺しにされてしまった。

 アイコニア人 
プリザーバー（ヒューマノイド種族の共通祖先）が最初に創り出した完璧な知的生命体。プリザーバーが種としての寿命を迎えた後にその後継者として天の川銀河全域を支配していたが、20万年前に突如滅亡を遂げ、惑星連邦の宇宙考古学では宇宙の謎の一つとなっている。24世紀の宇宙考古学では一般に「アイコニア帝国」と呼ばれているがアイコニア人自身はこのような名称を使用した事が無く、彼ら自身は政体を「The Whole」と呼んでいた。時空の位相変異を認識する事が出来ず、また特異な精神構造のためタイムトラベルに耐えられないという弱点がある。
20万年前では
ヒューマノイドで体は全体的に細く長身、肌は青みがかった乳白色をしており体毛は無い。地球人でいうところの頬骨からこめかみの辺りに、切れ長の目が左右それぞれ三つずつ縦に並んでおり、鼻は無く口は非常に小さい。基本的に外見の個体差が無い種族で皆同じ容姿をしているが、M'Taraなどの指導者や各行政分野の責任者は一般市民とは違い目立つ装身具を身に着けている。あらゆる知識と技術を持ちながら高い知性によって平和を重んじる種族で、他の後進種族を教え導く事を種族の存在意義としていた。母星のアイコニア星には多くの後進種族が知識・智恵・技術を授かろうと訪れていたが、アイコニア人はこれらの「ギフト」を悪用する可能性が高いと推定される一部の後進種族には門戸を閉ざしていた。この為に一部の後進種族から反感を買い、大規模な反乱を招く結果となってしまった。アイコニア人は不穏な動きを察知し備えようとしていたが手遅れで、宇宙戦力を持たずわずかな保安員と対空砲しかないアイコニア星は反乱軍艦隊による衛星軌道からの絨毯爆撃と上陸部隊による無差別攻撃で廃墟と化し、長く繁栄を誇ったアイコニア文明は滅亡した。本来はこの大虐殺でアイコニア人は絶滅するはずだったが、異なる時空（未来）からやって来た不思議な旅人（プレイヤー）の親切に助けられ12人のアイコニア人が生き残った。この生き残り達は後にロミュラン共和国の母星となるデワ3号星を経てアンドロメダ銀河に逃れ、20万年をかけて軍備を整え復讐の時を待った。なお作中には女性しか登場しないが、性差が無い種族なのか女性しか存在しない種族なのかは不明である。
25世紀では
復讐の念に囚われたアイコニア人の姿は壮麗さを失い、体は黒く染まり目だけが異様に輝いている。復讐の手始めとして2380年代に流動空間を制圧して生命体8472を支配、彼らを使って惑星連邦とクリンゴン帝国を仲違いさせた。その後もロミュラン帝国（タルシアー）や第三次亜空間生命体、バードワーなどを使って天の川銀河の各領域に紛争の種を撒き、2410年には遂に自ら大軍勢を率いて本格的な天の川銀河の征服に乗り出した。個人個人が専用の旗艦を持っており、それぞれの旗艦のリアクターとリンクする事で不死身の肉体となっているため、この時代のアイコニア人を殺害するにはまず専用旗艦のリアクターを破壊もしくは停止させる必要がある。『Star Trek Magazine』第27号（2010年6月29日号）で初めてその姿が公開された際は四脚の歩行器のような乗り物に乗っていたが、結局これは作中には登場せず代わりに生身で空を飛んで移動している。

 ヘラルド 
アイコニア人に仕えているヒューマノイド種族。元々はアイコニア星固有の原始生物だったが、アイコニア人によって知性化された。アイコニア人とは遺伝的に近い生物であるため外見はよく似ているが彼女達より体格が良く、地球人でいうところの眉間辺りと顔の真ん中にスペード型の呼吸孔があるのが相違点。またアイコニア人と同じく外見上の個体差が無い。一人のアイコニア人が複数のヘラルドを抱えており、主人の執事を務めたりまた仕事のサポートをする事が役目である。基本的にとても礼儀正しく温厚な性格をしている。単なる従者という訳ではなく、アイコニア人とヘラルドは種族としてパートナー同士の関係にあり、強い絆で結ばれている。20万年前のアイコニア星では、事故で負傷してしまった自分のヘラルドを献身的に介抱するアイコニア人の姿が見られる。20万年前のアイコニア滅亡後、アイコニア人の復讐を遂行する兵士となった。体はアイコニア人と同様に黒く変色しており、やはり空を飛ぶ。ただし、生存数が少ないためいわば軍における高級将校の立場で、膨大な数のアンドロイド兵士を指揮して戦う。なお作中には男性しか登場しないが、性差が無い種族なのか男性しか存在しない種族なのかは不明である。

 時間解放戦線 
2769年に惑星連邦の主導で締結されるタイムトラベル規制恒星間条約「時間協定」に反対する勢力が結成した軍事同盟。テラン帝国以外の参加種族は私利私欲ではなく、惑星連邦の独善的な倫理観の押し付けからの解放や自己防衛のため、また宇宙平和を求めて戦っているが、対立している「時間艦隊」側からはテロ組織と認定されている。

 テューテリア人 
後に球体創造者（『スタートレック:エンタープライズ』のシーズン3に登場）として知られるようになる種族。クレニム人と共にアルファ宇宙域同盟に協力しアイコニアと戦ったが、アルファ宇宙域同盟が圧倒的に不利な戦況を打破するために行ったクレニム時空兵器によるタイムライン改変が失敗し、改変後のタイムラインではテューテリア人の母星は過去にボーグに同化されていた事になり、種族としてはほぼ絶滅してしまった。僅かな生存者はクレニム人の協力を得て位相変動空間へ逃れ復讐の機会を伺い、やがてデルフィック領域を生み出す球体創造者となってズィンディを操り地球を攻撃する事になる。

 クレニム人 
『スタートレック:ヴォイジャー』シーズン4「時空侵略戦争（前後編）（Year of Hell, Part I・II）」に登場した時空テクノロジーに優れた種族。デルタ宇宙域で強力な帝国を築いていたが、アイコニア人から技術供与されたバードワーの侵略により2409年時点で既に帝国は崩壊し、生存者達は時空テクノロジーを使って位相変動空間に身を潜めバードワーやアイコニアの追撃をかわしている。アルファ宇宙域同盟と接触して対アイコニア戦争に参加、時空テクノロジーを提供して時空兵器船K.I.S.アノラックスを建造、戦争を勝利に導いた。しかしその後、一部のクレニム人はタイムトラベル規制に関してアルファ宇宙域同盟と意見が対立し、K.I.S.アノラックスを用いた時空侵略を開始する。

 ナクール人 
『スタートレック:エンタープライズ』シーズン4「時間冷戦（前後編）（Storm Front, Part I・II）」に登場した時間冷戦の有力種族。2410年にタイムラインに反してソリア人によって滅ぼされた母星の復活を悲願としているがその手段はタイムトラベルしか有り得ないため、惑星連邦が主導するタイムトラベル規制に反発して時間冷戦の端緒を開いた。時間冷戦におけるナクール人の暗躍の例としていくつかのショートストーリーが公式サイトに掲載されており、17世紀の日本でヒカル・スールーの祖先「すうるう吉太郎」という武士が仲間達と力を合わせて鬼（に間違われたナクール人の時間エージェント）を倒す『Steel and Karma』、19世紀のイギリスで活動した連続殺人鬼「切り裂きジャック」はナクール人の犯罪者であったとする『The Demon of Whitechapel』などがある。なお惑星連邦の時間エージェント（プレイヤー）の活躍によりタイムラインが修正された事で31世紀では母星が復活しており、ナクール人の戦いは終わりを迎えた。

 ヴォルゴン人 
『新スタートレック』シーズン3エピソード19「大いなるホリディ（Captain's Holiday）」に登場した、ライサで休暇中のジャン＝リュック・ピカード大佐に「トックス・ウタット」を求めて接触した種族。惑星連邦が開発した「トックス・ウタット」を大量破壊兵器とみなし、回収・破壊してその脅威から宇宙の平和を守るために戦っている。

 テラン帝国 
鏡像宇宙において「同盟」から独立したテラン人らが結成した勢力。リータ提督やスマイリー（マイルズ・オブライエン）の息子ジェームズ・オブライエンに率いられる。惑星連邦宇宙艦隊のものと同型の宇宙船を多数保有しており、こちら側の宇宙へ艦隊を侵入させ発光体を強奪するなどの活動を行っている。艦隊旗艦はオデッセイ級I.S.S.エンタープライズF（後述）。時間冷戦の存在を知ってからは反時間協定側に加わり、主要宇宙の征服を目論んで他の参加種族を利用している。

 ルカリ 
フェレンギ人の母星フェレンギナーに近いルカリ星系を故郷とするヒューマノイド種族。元々は後述のケンタリ人と同種で、惑星ケンターが環境汚染が原因で破滅の危機に陥った際に星から脱出した人々の末裔である。プロトマター（原物質）を平和利用している。初期ワープ文明で、初登場時はワープ2の探査機を建造するのがやっとで星系外へ出る技術は持っていなかった。2410年に恒星が突如として活動を停止してしまい滅亡の危機に瀕したが、アルファ宇宙域同盟とのファーストコンタクトによりこの危機を乗り切った。以降はアルファ宇宙域同盟のアドバイスを受けながら深宇宙探査の実現を目指し、時間冷戦の終結後にクリンゴン帝国から贈られた宇宙船L.S.S.コンコーディウム（元はゴーン同盟の駆逐艦）を用いて星系外へ進出、さらにルカリ初となるハイワープ船ホクーン級を完成し本格的な深宇宙探査へ乗り出す。なお母星系の近傍には、『新スタートレック』のパイロットエピソード「未知への飛翔（前後編）（Encounter at Farpoint, Part I･II）」に登場した巨大なクラゲ型の宇宙生物や、同シーズン4エピソード16「ギャラクシー・チャイルド（Galaxy's Child）」に登場した宇宙生物ゲクリの生息域がある。

 ケンタリ 
ルカリと共通の祖先を持つヒューマノイド種族。数百年前に環境汚染を全く考慮しない行き過ぎた科学技術の発展により惑星ケンターを滅亡に追いやった。絶滅したものと考えられていたが、2411年にルカリの深宇宙探査船L.S.S.レスカヴァによってゴンクラ星雲内のある惑星（ニューケンター）で文明を存続している事が確認された。ゼンケシ連合による大規模な侵略を受け、アルファ宇宙域同盟およびルカリと同盟を結んだ。

 ゼンケシ連合 
シーズン12「Reckoning」から登場する新敵対勢力。『スタートレック:ディープ・スペース・ナイン』などで言及されていた、ゼンケシ星系のアブ・ゼンケシ星を故郷とするヒューマノイド種族。厳格な氏族制階級社会で、国家の統治者は専制君主である。サイが直立したような姿で、体型はゴリラのように下半身に対して上半身がかなり大きい。主腕の他に、腹部から一対の小ぶりな副腕が生えているという外見的特徴を持つ。暴力を種族文明の根幹としており、性格は非常に荒々しく好戦的である。しかし科学技術は進んでおり、兵士は高性能なボディアーマーを装備している。ハークの復活を阻止するため、その尖兵であるドランズリを根絶すべくいくつかの惑星を「浄化」（惑星に生きる生命体を全滅させる事）しており、その際にはプロトマター（原物質）を利用した大量殺戮兵器を用いる。惑星連邦とは2312年の外交会談の失敗から断続的に交戦状態となっており、特に2360年代前半の戦争は大規模なものであった。また2320年代にベイジョーを侵略した事で、ベイジョーがカーデシアに援助を求め果ては占領される原因となった。

 ソーナ人 
シーズン13.5から登場する新敵対勢力。『スタートレック 叛乱』に登場した、惑星連邦のマシュー・ドワティ提督の協力のもと惑星バクーの不老長寿の力を狙いU.S.S.エンタープライズEと戦った種族。ブライアーパッチ（茨の園）と呼ばれる星雲を拠点としている。本来は地球人と酷似したバクー人と同種であるが、惑星バクーを離れて不老長寿の力を得られなくなったため、外科的な処置で無理矢理に若さを保とうとしており顔の中心付近だけ皺が伸びているなど異様な姿になってしまっている。2410年、ゼンケシ連合やクリンゴンを追放されたトーグ家と同盟を組んでいる事が判明した。

 ハーク 
『スタートレック:ディープ・スペース・ナイン』シーズン4エピソード9「カーレスの剣（The Sword of Khaless）」などで言及されていた種族。ガンマ宇宙域のハヴァス・クール星系を起源とする。巨大なカマキリのような昆虫型種族で、体組成はゲルマニウムベース、体色はメタリックな緑色。地球歴14世紀頃にクリンゴン帝国の母星クロノスを襲い破壊と略奪の限りを尽くし、奪った宝物の中にはカーレスの剣も含まれていた。その後宇宙から姿を消したためクリンゴン帝国では絶滅したものと考えられていたが、ジョドコー星系などいくつかの惑星の地下で休眠状態になっていただけであった。2410年に復活し、紙魚のような形状の超高機動小型宇宙船の大群でベイジョー星系を襲撃、圧倒的な物量で惑星連邦のDS9とゼンケシのスターベースを破壊した。本来は温和で知性的な種族だが、その強靭な肉体能力を兵士として利用しようとしたドミニオンに征服され、ジェムハダー同様にテトラセルホワイトが無いと理性を保てないように改造されてしまった。やがてドミニオンによる制御も不可能となり、本能の赴くまま天の川銀河中を荒らしまわるようになった。凄惨な戦いの果てに、オドーのジェムハダーファースト・ドゥカンレックスの自己犠牲により種族全体にテトラセルホワイトが浸透し、理性を取り戻したハークは故郷に帰って行った。

 ドランズリ 
ハークに使役されている巨大なサソリのような姿をした生命体。休眠中のハークの世話をする役目を担っている。

 デルタ宇宙域の諸勢力 
タラクシア人
かつての戦争で母星タラックスをハーコニア人に奪われた放浪種族。長らく小惑星内部の基地を拠点としていたが、コバリ星系に近い無人惑星を「ニュータラックス」と名付けて新たな故郷と定め、入植を開始している。
ボーグ協同体
ボーグ集合体から解放され自我を取り戻した元ドローン達が結成した協同体。ボーグへのレジスタンス活動として、いまだ集合体に囚われているドローン達の解放や、ボーグの被害にあっている種族の保護を目的に活動しているが、一部の種族からは新しいボーグ集合体だと誤解されてしまっている。
ヴォス
全長130kmを超える超巨大要塞艦を擁する非常に強力な勢力である。ソーリア人やゴーン人、カーデシア人などと同様のレプティリアンであり、哺乳類を下等とみなしている。ダイソン球やアイコニアの技術を巡り、アルファ宇宙域同盟軍と紛争状態にある。なお同じレプティリアン系の種族であるトゥレイとは同盟関係にあってトゥレイ母星防衛戦線に参加しており、ここで初めてアルファ宇宙域同盟軍と協力してバードワーと戦った。
バードワー
『スタートレック:ヴォイジャー』シーズン6エピソード7「亜空間制圧戦争（Dragon's Teeth）」でU.S.S.ヴォイジャーのクルーによってコールドスリープから目覚めさせられた種族。技術的に900年も遅れた種族であったが、アイコニア人から最先端技術を与えられ非常に強力な軍事力を持つ。2409年時点で既にクレニム帝国を征服し、コバリとトゥレイの母星を陥落寸前にまで追い込んでいる。配備している軍艦はいずれも強力で、亜空間トンネルを出入りする上に、船体側面に多数の艦砲を備え敵艦の後方に炸裂弾を撃ち込み後部シールドに甚大なダメージを与える機能を持つ特殊な砲艦も有している。なお種族の総意としてアイコニア人に仕えている訳ではなく、一部の支配層が秘密裏にアイコニア人からブルーギルを与えられ同胞を扇動している。
コバリ
他種族の死体に遺伝子ウィルスを注入して蘇生させコバリ人に改造するという方法で繁殖を行う珍しい種族。バードワーの攻撃で領域の全てを失い、アルファ宇宙域同盟軍の力を借りて母星の主要都市をかろうじて守っている状況であるが、バードワーの攻撃にはある正当な理由が存在しこれをコバリが隠蔽していたため、アルファ宇宙域同盟軍との間に軋轢が生じている。
トゥレイ
900年前にバードワーの宿敵だった種族。ヴォスの保護を受けている。バードワーの攻撃で領域の全てを失い、不本意ながらアルファ宇宙域同盟軍の力を借りて母星の主要都市をかろうじて守っている状況である。現在の状況はバードワーを目覚めさせた惑星連邦（キャスリン・ジェインウェイ指揮のU.S.S.ヴォイジャー）の責任だと考えている。
オクタンチ
かつてボーグに母星を滅ぼされた放浪種族。ボーグに激しい憎悪を抱き、ボーグを殺すことこそが宇宙平和に繋がる正義の道だと信じている。その信念がもはや狂信的なレベルに達しており、ボーグ集合体への抵抗活動を行っているボーグ協同体までも敵視しウィルス兵器を用いた攻撃を加えている。
ニューラル・パラサイト
『新スタートレック』シーズン1のエピソード25「Conspiracy（恐るべき陰謀）」に登場した、ヒューマノイドの神経系に寄生する知的生命体。母体種はエイリアンを骨格だけにしたような外見で、兵隊種はクワガタに似た形状の頭部を持つ青紫色のダニのような外見をしている。デルタ宇宙域のある種族に寄生して支配を広げている事が分かり、新たな脅威となる。なお『新スタートレック』では伏線が放置されたままでその後のシリーズにも登場しなかったが、『スタートレック:ディープ・スペース・ナイン』関連のノベライズでは「ブルーギル」という種族名でトリル共生体の邪悪な亜種とされており、トリル共生体が宿主の人格と共存するのに対してブルーギルは宿主の人格を完全に乗っ取り支配する。本作ではアイコニア人が配下の種族をコントロールするために用いる生体兵器という設定になっている。

 プレイヤーが搭乗可能な宇宙船 
宇宙船はクラスと1～6のTier(等級)で分けられており、Tierの数字が高いものほど基礎ステータスが高く装備やブリッジクルーの枠が多くなる。
Tier1～5の宇宙船は一定レベルごとに1隻支給される。
Tier5や6の中にはロックボックスやプロモーションボックスを開封した時に低確率で出現する(所謂ガチャの当たり)ものもある。
課金アイテム艦は、一度購入すれば全てのキャラクターで利用できる。レベルが低いキャラクターの場合は武器スロットなどがレベルに応じて制限される。

 惑星連邦宇宙艦隊 
ゲームシステム上、プレイヤー艦の登録番号は自由に（NCC-100～999999の範囲内）つけられる為、ゲーム内設定でのネームシップより若いナンバーの同級艦が存在してしまう事がある。C-Storeで別途料金を支払う事によって「NCC」を「NX」に変更する事が出来る。
また、プレイヤーが使用出来ないクラスの艦船と一部のNPC船は、艦隊登録番号が重複しているものがある。
なお、同クラスの艦（課金アイテム艦を除く）はゲーム上の性能は同一で、スターベースのシップヤードでパーツを自由に組み替える、船体全体を別クラスと交換するなどの外見上のカスタマイズが行える。
以前は25世紀初頭より古いクラスの艦(ミランダ級、コンスティテューション級など)も最新型の艦と同じようなディテールが施されていたが、アップデートにより原典に近い姿になった。

 Cadet（プレイヤーレベル1～5）・Lieutenant（6～10）が搭乗可能な艦 
Light Cruiser
軽巡洋艦。
Miranda class
U.S.S.リライアント、U.S.S.サラトガに代表されるクラス。ゲーム開始時に支給されるタイプ。
Shi'Kar class
ミランダ級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.シカー。
サービス開始以来25世紀の艦としてデザインされていたが、2022年6月のアップデートで24世紀半ばの艦としてデザインし直された。
Centaur class
U.S.S.ケンタウロスに代表されるクラス。
Constitution class
U.S.S.エンタープライズ(TV版)に代表されるクラス。GameStopでコレクターズエディションを購入した場合の特典。長らく課金アイテムであったが、アップデートでダイリチウムで入手できるようになった(課金アイテムバンドルにも引き続き含まれる)。

Light Escort
軽護衛艦。
Federation NX class Starship Replica
C-Storeで別途料金を支払う事によって使用可能になる特殊なクラス。歴史学者ジェフリー・パチェッリの協力を得て、ユートピアプラニシア造船所が企画・建造した地球連合宇宙艦隊NX級のレプリカ。船体外縁部に脱出ポッドを搭載しているなどシステムは最新のものだが、企画スタッフのこだわりにより鹵獲兵器はトラクタービームではなくグラップラーを装備している。また企画の一環として当時使用されていた制服も復刻された。オリジナルは、NX-01エンタープライズ、NX-02コロンビアに代表される。

Light Science Vessel
軽科学船。
Oberth class
C-Storeで別途料金を支払う事によって使用可能になる特殊なクラス。シールド性能等を一時的に強化出来る特殊なプラズマ・マニフォルドを搭載している。

SmallCraft
シャトル・ランナバウト・宇宙戦闘機など。なお、艦載機（Carrier Pets）としてCarrier・Escort Carrier・Flight-Deck Cruiserに搭載、宇宙戦闘に参加させることも可能な艇もある。
Type-8
「新スタートレック」以降に搭乗する人員輸送用のシャトル。艦載可能。なお、艦載機として使用できないレアアイテム「Type-8 Starfleet Shuttlecraft」も存在する。
Danube class
U.S.S.リオグランデに代表されるクラス。艦載可能。
Captain's Yacht
艦長専用艇。プレイ開始から400日が経過したプレイヤーに対してプレゼントされる。艦載機としての使用は不可。
課金アイテム艇
Delta class
デルタ・フライヤーを量産化したシャトル。艦載機としての使用は不可（艦載機としてのデルタ・フライヤーが別に存在する）
Class F
「宇宙大作戦」に登場する旧世代シャトル。艦載機としての使用は不可。
Tal'Kyr Support Craft
課金アイテム艦「D'Kyr Science Vessel」付属の小型艇。艦載可能。
Yellowstone Class Runabout
艦載可能。
Type-10 Shuttlecraft
艦載可能。
Aeon Timeship
艦載機としての使用は不可。
Peregrine Attack Fighter
艦載可能。
Stalker Stealth Fighter
課金アイテム艦「Caitian Atrox Carrier」に搭載される超高性能戦闘機（他のCarrierには搭載不可）。
Ferengi Na'Far
連邦・クリンゴン・ロミュランで使用可能。
Voth Heavy Fighter
連邦・クリンゴン・ロミュランで使用可能。

 Lieutenant Commander（プレイヤーレベル10～19）が搭乗可能な艦 
Cruiser
巡洋艦。
Constitution class （Refit）
U.S.S.エンタープライズA（劇場版）に代表されるクラス。
Excalibur class
コンスティテューション級（Refit）をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.エクスカリバー（NCC-94547）。
Vesper class
エクセルシオール級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.ヴェスパー（NCC-92109）。

Escort
護衛艦。
Saber class
U.S.S.イェーガーに代表されるクラス。
Rapier class
セイバー級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.レイピア（NCC-94004）。
Ushaan class
セイバー級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.ユーシャーン（NX-93771）。

Science Vessel
科学船。
Nova class
U.S.S.イクワノックス、U.S.S.ロードアイランドに代表されるクラス。
Aurora class
ノヴァ級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.オーロラ（NCC-91270）。
Quasar class
ノヴァ級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.クエーサー（NX-93071）。

 Commander（プレイヤーレベル20～29）が搭乗可能な艦 
Heavy Cruiser
重巡洋艦。
Cheyenne class
U.S.S.アワニーに代表されるクラス。
Stargazer class
コンステレーション級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.スターゲイザー（NCC-2893）の後継艦、U.S.S.スターゲイザーA（NCC-2893-A）。
Dakota class
シャイアン級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.ダコタ（NX-91211）。

Advanced Heavy Cluiser
上級重巡洋艦。
Excelsior Class
U.S.S.エクセルシオールに代表されるクラス。

Heavy Cruiser refit
C-STOREで有償購入できる重巡洋艦。
Constellation Class
U.S.S.スターゲイザーに代表されるクラス（詳細は後述）。

Heavy Escort
重護衛艦。
Akira class
U.S.S.サンダーチャイルドに代表されるクラス。
Oslo class
ノルウェー級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.オスロ（NCC-79719）。
Zephyr class
スチームランナー級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.ゼファー（NX-92880）。

Research Science Vessel
科学調査船。
Olympic class
U.S.S.パスツールに代表されるクラス。「オリンピック級」か「ホープ級」かの議論のあったクラスだが、「オリンピック級」が正式な名称とされた。
Hope class
ネームシップはU.S.S.ホープ（NX-90320）。
Horizon class
ネームシップはU.S.S.ホライゾン（NX-94441）。

Advanced Research Science Vessel
上級科学調査船。
Nebula Class
U.S.S.サザーランド、U.S.S.ファラガットに代表されるクラス。

 Captain（プレイヤーレベル30～39）が搭乗可能な艦 
Exploration Cruiser
巡洋探査船。
Galaxy class
U.S.S.ギャラクシー、U.S.S.エンタープライズDに代表されるクラス。
Celestial class
ギャラクシー級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.セレスティアル（NCC-92247）。
Envoy class
ギャラクシー級とソヴェリン級の中間のようなデザイン。ネームシップはU.S.S.エンヴォイ（NCC-94002）。

Tactical Escort
戦術護衛艦。
Defiant class
U.S.S.ディファイアント、U.S.S.ヴァリアントに代表されるクラス。「護衛艦」と呼称されているが、実態は「戦艦」である。
Vigilant class
ディファイアント級をリニューアルしたデザインのクラス。ディファイアント級の成功を受けて開発された宇宙艦隊初の公式「戦艦」。ネームシップはU.S.S.ヴィジラント（NCC-94794）。
Gallant class
ディファイアント級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.ギャラント（NX-93881）。

Long Range Science Vessel
長距離科学船。
Intrepid class
U.S.S.ヴォイジャー、U.S.S.ベレロフォンに代表されるクラス。
Cochrane class
イントレピッド級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.コクレーン（NX-95400）。
Discovery class
イントレピッド級をリニューアルしたデザインのクラス。イントレピッド級の成功を受けて開発された。ネームシップはU.S.S.ディスカバリー（NCC-85527）。

 Rear Admiral（プレイヤーレベル40～49）が搭乗可能な艦 
Assault Cruiser
強襲巡洋艦。
Sovereign class
U.S.S.エンタープライズEに代表されるクラス。
Noble class
試作艦NX-91001を経て完成された、ソヴェリン級強化改良型の最初のクラス。ネームシップはU.S.S.ノーブル（NCC-91288）。
Majestic class
ソヴェリン級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.マジェスティック（NX-93500）。
Imperial class
C-Storeで別途料金を支払う事によって追加されるデザイン。ネームシップはU.S.S.インペリアル（NX-95700）。

Advanced Escort
上級護衛艦。
Prometheus class
U.S.S.プロメテウスに代表されるクラス。
Phoenix class
プロメテウス級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.フェニックス（NX-95560）。
Cerberus class
プロメテウス級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.ケルベロス（登録番号はグラフィックの表示バグのため不明）。
Hephaestus class
C-Storeで別途料金を支払う事によって追加されるデザイン。

Reconnaissance Science Vessel
偵察科学船。
Luna class
U.S.S.タイタンに代表されるクラス。
Sol class
ルナ級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.ソル（NCC-89931）。
Polaris class
ルナ級をリニューアルしたデザインのクラス。ネームシップはU.S.S.ポラリス（NCC-92515）。
Comet class
C-Storeで別途料金を支払う事によって追加されるデザイン。ネームシップはU.S.S.コメット（NCC-95524）。

Star Cruiser
宇宙巡洋艦。Exploration Cruiserの上位タイプ。ソヴェリン級より大型で、ソヴェリン級とイントレピッド級を合わせたようなデザイン。
Avenger class
ネームシップはU.S.S.アヴェンジャー（NCC-95792）。
Vanguard class
ネームシップはU.S.S.ヴァンガード（NCC-94996）。
Emissary class
ネームシップはU.S.S.エミッサリー（NCC-96003）。
Nomad class
C-Storeで別途料金を支払う事によって追加されるデザイン。ネームシップはU.S.S.ノーマッド（NCC-95789）。
Odyssey Class
正式サービス開始2周年記念イベント内の限定クエスト報酬。ネームシップはU.S.S.オデッセイ（NCC-97000）。

Fleet Escort
高速護衛艦。円盤部は機動戦士ガンダムに登場したアッガイの頭部に似ている。
Hermes class
ネームシップはU.S.S.ヘルメス（NCC-95208）。
Gryphon class
ネームシップはU.S.S.グリフォン（NCC-94996）。
Dervish class
ネームシップはU.S.S.ダーヴィッシュ（NX-98010）。
Maelstrom class
C-Storeで別途料金を支払う事によって追加されるデザイン。ネームシップはU.S.S.メイルシュトローム（NCC-95812）。

Deep Space Science Vessel
深宇宙科学船。イントレピッド級に似ているが、船体の下部にデフレクター盤を搭載したモジュールがぶら下がっている。
Trident class
ネームシップはU.S.S.トライデント（NCC-95581）。
Oracle class
ネームシップはU.S.S.オラクル（NCC-95527）。
Destiny class
ネームシップはU.S.S.デスティニー（NX-95600）。
Nimbus class
C-Storeで別途料金を支払う事によって追加されるデザイン。ネームシップはU.S.S.ニンバス（NCC-95777）。

 Vice Admiral（プレイヤーレベル50～）が搭乗可能な艦 
Dreadnought Cruiser
大型巡洋戦艦。
Galaxy class （Refit）
C-Storeで別途料金を支払う事によって使用可能になる特殊なクラス。「新スタートレック」のラストエピソードに登場した仮想未来のU.S.S.エンタープライズDと同じタイプで、3基のワープナセル・フェイザーランス・フェイザーキャノン・遮蔽装置を装備。巡洋艦系統の宇宙艦隊船の中で唯一、デュアルキャノン系の武装を装備出来る。

Exploration Cruiser Retrofit
改造巡洋探査船。
Galaxy class
C-Storeで別途料金を支払う事によって使用可能になる特殊なクラス。円盤部分離機構搭載型。なお、ゲーム中で特殊なミッションを繰り返しクリアすることによって蓄積されるポイントと引き換えでも入手可能。

Long Range Science Vessel Retrofit
改造長距離科学船。
Intrepid class
C-Storeで別途料金を支払う事によって使用可能になる特殊なクラス。アブレイティブ・アーマー（展開式装甲）装備型。なお、ゲーム中で特殊なミッションを繰り返しクリアすることによって蓄積されるポイントと引き換えでも入手可能。

Tactical Escort Retrofit
改造戦術護衛艦。
Defiant class
C-Storeで別途料金を支払う事によって使用可能になる特殊なクラス。遮蔽装置搭載型。なお、ゲーム中で特殊なミッションを繰り返しクリアすることによって蓄積されるポイントと引き換えでも入手可能。

Advanced Heavy Cluiser Retrofit
改造上級重巡洋艦。
Excelsior Class （Refit）
C-Storeで別途料金を支払う事によって使用可能になる特殊なクラス。U.S.S.エンタープライズBに代表される。なお、ゲーム中で特殊なミッションを繰り返しクリアすることによって蓄積されるポイントと引き換えでも入手可能。

Advanced Research Science Vessel Retrofit
改造上級科学調査船。
Nebula Class （Refit）
Magellan Class
C-Storeで別途料金を支払う事によって使用可能になる特殊なクラス。アクティブ・タキオン・センサー搭載型。単独でタキオン探知グリッドを展開し遮蔽船を発見可能。なお、ゲーム中で特殊なミッションを繰り返しクリアすることによって蓄積されるポイントと引き換えでも入手可能。

Multi-Vector Advanced Escort
多方向上級護衛艦。
Prometheus class
Phoenix class
Cerberus class
Hephaestus class
C-Storeで別途料金を支払う事によって使用可能になる特殊なクラス。船体が3つのセクションに分離するマルチベクター・アサルトモード（多方向攻撃モード）を搭載。なお、ゲーム中で特殊なミッションを繰り返しクリアすることによって蓄積されるポイントと引き換えでも入手可能。

Heavy Escort Carrier
艦載機運用能力を持つ戦闘に特化した大型艦。
Armitage class
Akira class
Oslo class
Zephyr class
Thunderchild class
C-Storeで別途料金を支払う事によって使用可能になる特殊なクラス。なお、ゲーム中で特殊なミッションを繰り返しクリアすることによって蓄積されるポイントと引き換えでも入手可能。

Carrier
宇宙空母。
Caitian Atrox Carrier
C-Storeで別途料金を支払う事によって使用可能になる宇宙空母。専用の超高性能戦闘機「Stalker Stealth Fighter」を搭載している。なお、ゲーム中で特殊なミッションを繰り返しクリアすることによって蓄積されるポイントと引き換えでも入手可能。