第12回日本フットボールリーグは、2010年3月14日から同年11月28日にかけて行われた日本フットボールリーグ（JFL）のリーグ戦である。ガイナーレ鳥取が初優勝を果たした。

 参加クラブ 
第12回JFLの参加クラブは以下の通りである。このうち松本山雅FC、栃木ウーヴァFCおよびツエーゲン金沢が前シーズンの全国地域サッカーリーグ決勝大会からの昇格クラブである。

※前年度成績=特記なきものは第11回JFL（2009年）の成績である。
チーム名称（正式名称）監督所在都道府県主なホームゲーム会場前年度成績備考SAGAWA SHIGA FC　滋賀県佐川急便守山運動場陸上競技場1位横河武蔵野FC（横河武蔵野フットボールクラブ）　東京都武蔵野市立武蔵野陸上競技場2位ソニー仙台FC（ソニー仙台フットボールクラブ）　宮城県ユアテックスタジアム仙台七ヶ浜サッカースタジアム3位ガイナーレ鳥取　鳥取県とりぎんバードスタジアム5位町田ゼルビア（FC町田ゼルビア）　東京都町田市立陸上競技場6位Honda FC（本田技研工業株式会社フットボールクラブ）　静岡県ホンダ都田サッカー場7位MIOびわこ草津　滋賀県東近江市布引グリーンスタジアム8位佐川印刷SC（佐川印刷株式会社サッカークラブ）　京都府京都市西京極総合運動公園陸上競技場兼球技場9位ブラウブリッツ秋田　秋田県仁賀保グリーンフィールド秋田市八橋運動公園陸上競技場10位TDKサッカー部からチーム移管V・ファーレン長崎　長崎県長崎県立総合運動公園陸上競技場11位ジェフリザーブズ（ジェフユナイテッド市原・千葉リザーブズ）　千葉県市原臨海競技場12位ホンダロックSC（株式会社ホンダロック サッカー部）　宮崎県宮崎市生目の杜運動公園陸上競技場13位アルテ高崎　群馬県高崎市浜川競技場14位流通経済大学FC　茨城県龍ケ崎市陸上競技場たつのこフィールド15位流通経済大学サッカー部のクラブ化FC琉球　沖縄県沖縄市陸上競技場沖縄県総合運動公園陸上競技場16位Jリーグ準加盟申請審議中松本山雅FC（松本山雅フットボールクラブ）　長野県松本アルウィン北信越1部4位地域決勝1位（全社1位で出場権）自動昇格栃木ウーヴァFC（栃木ウーヴァフットボールクラブ）　栃木県栃木市総合運動公園陸上競技場関東1部1位地域決勝2位自動昇格「日立栃木ウーヴァSC」から名称変更ツエーゲン金沢　石川県石川県西部緑地公園陸上競技場津幡運動公園陸上競技場北信越1部3位地域決勝3位入替戦勝利2010年4月9日に準加盟申請したが継続審議
色付のチームは2010年シーズン開幕時において、

 レギュレーション 

 リーグ・試合形式 
年間2回戦総当り、1チーム34試合（全306試合）を行い、勝ち点により順位を決定する。全34節を17節ごとに前期・後期に分けて行う。
試合は前後半90分で行い、決着がつかなければ引き分けとなる。勝利には勝ち点3、引き分けには勝ち点1、敗北には勝ち点0が与えられる。
Jリーグ準加盟クラブのJリーグ加盟の成績面の条件は「年間順位4位以上」かつ「準加盟チームの中で上位3チーム」。その上でJリーグ臨時理事会の承認を得られれば次年度からJ2に参入することができる。新たに後者の条件が加わったのは、この年は準加盟チームが4チームあり、JリーグがJ2のチーム数（2010年時点で19チーム）を最大22チームと想定していたため。
JFLの17位・18位は所属する地域リーグに自動降格し、全国地域サッカーリーグ決勝大会の1位・2位はJFLに自動昇格する。JFLの16位と全国地域サッカーリーグ決勝大会の3位が入れ替え戦を行う。なお、Jリーグに加盟するチームが出た場合、ならびにJFL加盟チームの廃部、合併等があった場合には条件が変更される（後述）。

 天皇杯への出場枠 
前期終了時の上位3チームに第90回天皇杯の出場権が与えられる。

 強化費 
各試合において勝利チームに勝利チーム賞5万円を支払う。

 年間順位 
順位クラブ名試勝分負得点失点差勝点備考1ガイナーレ鳥取3424556431+3377J2加盟2SAGAWA SHIGA FC34171166935+34623町田ゼルビア34194117144+27614Honda FC34185115243+9595V・ファーレン長崎34158115038+12536佐川印刷SC34158115446+8537松本山雅FC34157124841+7528ブラウブリッツ秋田34149115441+13519ツエーゲン金沢34148124641+55010FC琉球3414614515104811MIOびわこ草津34137145156-54612横河武蔵野FC34128143438-44413ホンダロック341012123639-34214ソニー仙台FC34119143442-84215栃木ウーヴァFC34710174175-3431 16ジェフリザーブズ3479183155-243017アルテ高崎3478192851-2329入れ替え戦18流通経済大学FC3454253380-4719地域リーグ自動降格

 備考 
クラブ名太字はJリーグに準加盟し、かつ2011年度からのJリーグ加盟意思を表明していたクラブ
斜体は、前期終了時に上位3位に入ったことにより第90回天皇杯本戦出場シード権を獲得したクラブ

 個人記録 

 得点ランキング 
順選手名得点所属 得点王 御給匠27SAGAWA SHIGA FC 2 松田正俊24ブラウブリッツ秋田 3 勝又慶典18町田ゼルビア 4 木島良輔16 5 有光亮太13V・ファーレン長崎高橋駿太栃木ウーヴァFC

 個人表彰・ベスト11 
Pos選手名所属 最優秀監督 松田岳夫ガイナーレ鳥取 GK 小針清允 DF 旗手真也SAGAWA SHIGA FC喜多靖ガイナーレ鳥取石井雅之Honda FC MF・MVP 服部年宏ガイナーレ鳥取 MF 美尾敦ガイナーレ鳥取山根伸泉SAGAWA SHIGA FC中村元 FW 勝又慶典町田ゼルビア松田正俊ブラウブリッツ秋田 FW・得点王 御給匠SAGAWA SHIGA FC 新人王 奈良輪雄太SAGAWA SHIGA FC 敢闘賞 実信憲明ガイナーレ鳥取

優秀レフェリー賞：篠藤巧
フェアプレー賞 ：佐川印刷SC

 ハットトリック 
JFL選手所属節対戦相手試合結果日付出典 塩沢勝吾4 佐川印刷前期 5節8 - 2 (H)4月11日 田中靖大前期 7節5 - 2 (A)4月25日 御給匠SAGAWA SHIGA FC後期 3節佐川印刷3 - 0 (H)7月17日 柿本倫明4 後期 5節ジェフリザーブズ5 - 1 (H)7月31日 御給匠4SAGAWA SHIGA FC後期 15節流経大FC7 - 0 (H)11月13日 高橋駿太4 後期 16節4 - 1 (H)11月20日
Note: 4 1試合4得点 (H) – ホーム (A) – アウェイ

 入れ替え 

 JFL→J2 
2011年度からのJリーグへの加盟申請を行っていた準加盟クラブについて11月29日のJリーグ臨時理事会で審議が行われ、1位となったガイナーレ鳥取のJリーグ加盟が正式に承認された。7位の松本山雅FCについては成績面での不備から加盟は見送られた。

一方、予備申請を行っていた3位の町田ゼルビアに関してはホームスタジアムの不備 が、5位のV・ファーレン長崎に関してはホームスタジアムの不備と財務面の問題 が指摘されており、結果的に2011年度からの本申請を見送ったため、審議対象とはされなかった。町田は「成績面でのJ2昇格条件を満たしながら昇格できなかった準加盟クラブ」の第1号となった。

 レギュレーション変更 
Jリーグ加盟により1チーム減少したため、JFLと地域リーグ間の昇降格のレギュレーションが以下のように変更された。
順位チーム変更前変更後JFL16位ジェフリザーブズ入れ替え戦（vs地域決勝3位） JFL残留JFL17位アルテ高崎地域リーグ自動降格 入れ替え戦（vs地域決勝3位）JFL18位流通経済大学FC地域リーグ自動降格地域決勝1位カマタマーレ讃岐JFL自動昇格 JFL自動昇格地域決勝2位AC長野パルセイロ地域決勝3位三洋電機洲本入れ替え戦（vsJFL16位） 入れ替え戦（vsJFL17位）

 JFL→地域リーグ 
レギュレーション変更により、JFL18位チームのみが地域リーグへ自動降格する事となった。これにより、流通経済大学FCの地域リーグ（関東サッカーリーグ1部）自動降格が決定した。自動降格が適用されたのは、2002年シーズン以来となる。

 地域リーグ→JFL 
第34回全国地域サッカーリーグ決勝大会の結果、1位・カマタマーレ讃岐と2位・AC長野パルセイロのJFL自動昇格が決定した。

 入れ替え戦 

レギュレーション変更により、JFL17位のアルテ高崎と第34回全国地域サッカーリーグ決勝大会3位の三洋電機洲本が入れ替え戦を行う事となった。
ホーム・アンド・アウェー方式で2試合行う。
各試合ごとに勝利チームに勝点3、引分の場合は両チームに勝点1を与え、2試合の勝点合計が多いチームを勝利チームとする。
2試合の勝点で並んだ場合は得失点差の多いチームを勝利チームとする。
得失点差でも並んだ場合は第2戦終了後に15分ハーフの延長戦を行い、それでも勝敗が決しない場合はPK戦で勝利チームを決定する（アウェーゴールルールは採用されない）。

この結果、対戦成績を1勝1分としたアルテ高崎のJFL残留、ならびに三洋電機洲本の地域リーグ（関西サッカーリーグ1部）残留が決定した。JFLチームが入れ替え戦でJFL残留を決めたのは2002年シーズンのジヤトコサッカー部以来8年ぶり2チーム目である。