ジャパンラグビートップリーグ2009-2010は2009年9月4日から2010年1月9日までレギュラーシーズンが行われた。

リーグ1位は三洋電機ワイルドナイツであったが、プレーオフトーナメントではリーグ3位の東芝ブレイブルーパスが優勝した。なおこの年からプレーオフは協賛スポンサーがなくなり、単に「トップリーグプレーオフトーナメント」の名称に変更された。

 参加チーム 
ジャパンラグビートップリーグ2009-2010の参加チームは下表の通りである（記載は前年レギュラーシーズンの成績上位順）。

昨シーズンの結果、日本IBMビッグブルー、横河武蔵野アトラスターズが地域リーグ（トップイーストリーグ）に降格し、リコーブラックラムズ（トップイーストリーグ）、ホンダヒート（トップウェスト）が各地域リーグから昇格した。
チーム名前年成績備考東芝ブレイブルーパストップリーグ 1位マイクロソフトカップ 優勝三洋電機ワイルドナイツトップリーグ 2位サントリーサンゴリアストップリーグ 3位神戸製鋼コベルコスティーラーズトップリーグ 4位NECグリーンロケッツトップリーグ 5位クボタスピアーズトップリーグ 6位ヤマハ発動機ジュビロトップリーグ 7位トヨタ自動車ヴェルブリッツトップリーグ 8位近鉄ライナーズトップリーグ 9位コカ・コーラウエストレッドスパークストップリーグ 10位福岡サニックスブルーストップリーグ 11位残留（トップリーグ入替戦勝利）九州電力キューデンヴォルテクストップリーグ 12位残留（トップリーグ入替戦勝利）リコーブラックラムズトップイースト11 優勝昇格（トップチャレンジ1 1位）2シーズンぶりの復帰ホンダヒートトップウェスト 優勝昇格（トップチャレンジ1 2位）初昇格

 順位表 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1 
|style="text-align:left"|三洋電機ワイルドナイツ
||13||12||1||0||534||175||359||59
|rowspan="4"|プレーオフトーナメント、日本選手権へ
|- style="background-color:#ccffcc"
|2
|style="text-align:left"|サントリーサンゴリアス
||13||11||2||0||570||195||375||58
|- style="background-color:#ccffcc"
|3
|style="text-align:left"|東芝ブレイブルーパス
||13||10||0||3||436||276||160||52
|- style="background-color:#ccffcc"
|4
|style="text-align:left"|トヨタ自動車ヴェルブリッツ
||13||10||1||2||394||219||175||48
|- style="background-color:#cffcff"
|5
|style="text-align:left"|神戸製鋼コベルコスティーラーズ
||13||7||1||5||343||303||40||38
|rowspan="6"|日本選手権出場決定トーナメントへ
|- style="background-color:#cffcff"
|6
|style="text-align:left"|クボタスピアーズ
||13||6||0||7||313||339||-26||31
|- style="background-color:#cffcff"
|7
|style="text-align:left"|福岡サニックスブルース
||13||6||0||7||311||371||-60||31
|- style="background-color:#cffcff"
|8
|style="text-align:left"|コカ・コーラウエストレッドスパークス
||13||7||0||6||299||448||-149||31
|- style="background-color:#cffcff"
|9
|style="text-align:left"|ヤマハ発動機ジュビロ
||13||5||2||6||311||327||-16||30
|- style="background-color:#cffcff"
|10
|style="text-align:left"|NECグリーンロケッツ
||13||4||0||9||224||280||-56||25
|- style="background-color:#ffffcc"
|11
|style="text-align:left"|近鉄ライナーズ
||13||4||1||8||218||348||-130||23
|rowspan="2"|入替戦へ
|- style="background-color:#ffffcc"
|12
|style="text-align:left"|リコーブラックラムズ
||13||4||0||9||262||422||-160||19
|- style="background-color:#ffcccc"
|13
|style="text-align:left"|ホンダヒート
||13||1||0||12||255||464||-209||10
|rowspan="2"|自動降格
|- style="background-color:#ffcccc"
|14
|style="text-align:left"|九州電力キューデンヴォルテクス
||13||0||0||13||199||502||-303||4
|}

 プレーオフトーナメント 

 セミファイナル 
 1月24日 三洋電機ワイルドナイツ 25-21 トヨタ自動車ヴェルブリッツ
 1月24日 東芝ブレイブルーパス 35-24 サントリーサンゴリアス

 ファイナル 
 1月31日 三洋電機ワイルドナイツ 0-6 東芝ブレイブルーパス

 入替制度 

 自動降格 
トップリーグの結果、13位ホンダヒートのトップウェスト、14位九州電力キューデンヴォルテクスのトップキュウシュウへの自動降格が決定した。

 トップリーグチャレンジシリーズ1 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1
|style="text-align:left"|NTTコミュニケーションズ（トップイーストリーグ）
||2||2||0||0||81||35||46||2||10
|rowspan="2"|自動昇格
|- style="background-color:#ccffcc"
|2
|style="text-align:left"|豊田自動織機（トップウェスト）
||2||1||0||1||90||38||52||3||7
|- style="background-color:#ffffcc"
|3
|style="text-align:left"|マツダブルーズーマーズ（トップキュウシュウ）
||2||0||0||2||0||98||-98||0||0
|入替戦へ
|}

 1月16日 マツダブルーズーマーズ 0-43NTTコミュニケーションズ（コカ･コーラウエスト広島スタジアム）
 1月23日 豊田自動織機 55-0 マツダブルーズーマーズ（近鉄花園ラグビー場）
 1月30日 NTTコミュニケーションズ 38-35 豊田自動織機（秩父宮ラグビー場）

以上の結果、1位NTTコミュニケーションズ、2位豊田自動織機がトップリーグに自動昇格、3位マツダブルーズーマーズのトップリーグ入替戦への出場が決定した。

 トップリーグチャレンジシリーズ2 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ffffcc"
|1
|style="text-align:left"|横河武蔵野アトラスターズ（トップイーストリーグ）
||2||2||0||0||110||40||70||2||10
|入替戦へ
|-
|2
|style="text-align:left"|NTTドコモレッドハリケーンズ（トップウェスト）
||2||1||0||1||160||29||131||2||6
|rowspan="2"|
|-
|3
|style="text-align:left"|中国電力（トップキュウシュウ）
||2||0||0||2||17||218||-201||0||0
|}

 1月16日 中国電力 17-81 横河武蔵野アトラスターズ（コカ･コーラウエスト広島スタジアム）
 1月23日 NTTドコモレッドハリケーンズ 137-0 中国電力（近鉄花園ラグビー場）
 1月30日 横河武蔵野アトラスターズ 29-23 NTTドコモレッドハリケーンズ（秩父宮ラグビー場）

以上の結果、1位横河武蔵野アトラスターズのトップリーグ入替戦への出場が決定した。

 トップリーグ入替戦 
規定により、トップリーグ11位近鉄ライナーズがトップチャレンジ2・1位の横河武蔵野アトラスターズと、トップリーグ12位リコーブラックラムズが、トップチャレンジ1・3位のマツダブルーズーマーズと入替戦を行った。
 2月13日 近鉄ライナーズ（トップリーグ11位）28-8 横河武蔵野アトラスターズ（トップチャレンジ2・1位）（近鉄花園ラグビー場）
 2月13日 リコーブラックラムズ（トップリーグ12位） 59-12 マツダブルーズーマーズ（トップチャレンジ1・3位）（秩父宮ラグビー場）

入替戦の結果、近鉄ライナーズ、リコーブラックラムズのトップリーグ残留が決定した。

 表彰 
2009-2010シーズンの年間表彰式は、2010年2月1日にグランドプリンスホテル新高輪で実施された。

 チーム表彰 

 TOP LEAGUE 優勝チーム 
 チーム名備考優勝東芝ブレイブルーパス準優勝三洋電機ワイルドナイツ第3位サントリーサンゴリアス第3位トヨタ自動車ヴェルブリッツ

 フェアプレーチーム賞 
チーム名備考コカ･コーラウエストレッドスパークス（初受賞）

 ベストファンサービス賞 
チーム名備考神戸製鋼コベルコスティーラーズ（6年連続6回目）

 個人表彰 

 トップリーグMVP 
氏名所属チーム備考大野均東芝ブレイブルーパス（初受賞）

 新人賞 
氏名所属チーム眞壁伸弥サントリーサンゴリアス

 最多トライゲッター 
氏名所属チーム備考小野澤宏時サントリーサンゴリアス14トライ（初受賞）

 得点王 
氏名所属チーム備考田邉淳三洋電機ワイルドナイツ191得点（4T/48G/25PG）（初受賞）

 ベストキッカー 
氏名所属チーム備考田邉淳三洋電機ワイルドナイツ171得点（48G/25PG）（初受賞）

 ベストホイッスル 
氏名備考相田真治（2年連続3回目）

 プレーオフトーナメントMVP 
氏名所属チーム備考立川剛士東芝ブレイブルーパス（初受賞）

 ベストフィフティーン 
ポジション氏名所属チーム備考PR1川俣直樹三洋電機ワイルドナイツ（初受賞）HO堀江翔太三洋電機ワイルドナイツ（初受賞）PR3畠山健介サントリーサンゴリアス（2年連続2回目）LO大野均東芝ブレイブルーパス（4年連続5回目）LO眞壁伸弥サントリーサンゴリアス（初受賞）FLスティーブン・ベイツ東芝ブレイブルーパス（2年連続2回目）FL劉永男三洋電機ワイルドナイツ（初受賞）NO8菊谷崇トヨタ自動車ヴェルブリッツ（初受賞）SHジョージ・グレーガンサントリーサンゴリアス（初受賞）SOデイビッド・ヒル東芝ブレイブルーパス（2年連続2回目）WTB小野澤宏時サントリーサンゴリアス（5年連続6回目）WTB北川智規三洋電機ワイルドナイツ（4年連続4回目）CTB霜村誠一三洋電機ワイルドナイツ（3年連続3回目）CTBライアン・ニコラスサントリーサンゴリアス（2年連続3回目）FB田邉淳三洋電機ワイルドナイツ（2年ぶり2回目）