2009年の全日本F3選手権（2009ねんのぜんにほんF3せんしゅけん）は、2009年（平成21年）4月4日 - 5日に富士スピードウェイで開幕し、9月26日 - 27日にスポーツランドSUGOで閉幕した全16戦による2009年シーズンの全日本F3選手権である。

 前年度からの変更点 

 ナショナルクラスの全日本選手権化 
2008年は日本自動車連盟（JAF）管轄の全日本選手権クラスと、全日本F3協会規定でのナショナルクラスで開催されたが、2009年からはナショナルクラスも日本自動車連盟管轄の全日本選手権に承認された。そのため、クラス区分が変更となり、全日本選手権クラスが全日本F3選手権Cクラス、ナショナルクラスが全日本F3選手権Nクラスと名称が変更となった。

 予選方式の変更 
2007年まで採用されていた第1ラウンド公式予選15分間、インターバル10分間、第2ラウンド公式予選15分間の方式に戻ることになった。またCクラスとNクラスは常に同時にコースインし、タイムアタックすることになった。

 ポイントシステム 
エントリー台数の減少などによりポイント配分が変更され、ポイント得られる順位が6位までとなった。
決勝順位P.P.1位2位3位4位5位6位F.L.獲得ポイント110753211

 タイヤメーカーの変更 
1988年からワンメイクメーカーとなっていたブリヂストンから、2009年からの2年間はハンコックタイヤへと変更になった。

 エントリーリスト 
Car-No.クラスドライバーチームエンジンエンジンチューナー1C マーカス・エリクソンPETRONAS TEAM TOM'STOYOTA 1AZ-FEトムス2C ケイ・コッツォリーノTODA RACINGMUGEN HONDA MF204C戸田レーシング5N 久保田克昭ハナシマレーシングTOM'S TOYOTA 3S-GEハナシマレーシング7N 山本尚貴HFDP RACINGTOM'S TOYOTA 3S-GEトムス8N 小林崇志HFDP RACINGTOM'S TOYOTA 3S-GEトムス12C 安田裕信ThreeBond RacingTHREEBOND NISSAN SR20VE東名エンジン18N 関口雄飛（第1-14戦） 山本龍司（第15,16戦）AIM SPORTSTOM'S TOYOTA 3S-GEハナシマレーシング19N 黒田吉隆ACHIEVEMENT by KCMGTOM'S TOYOTA 3S-GEトムス20N アレキサンドレ・インペラトーリACHIEVEMENT by KCMGTOM'S TOYOTA 3S-GEトムス22N 千代勝正TEAM NOVATOM'S TOYOTA 3S-GEトムス23N 佐藤公哉TEAM NOVATOM'S TOYOTA 3S-GEトムス33C 岩崎祐貴NOW MOTOR SPORTTOYOTA 1AZ-FEトムス36C 井口卓人PETRONAS TEAM TOM'STOYOTA 1AZ-FEトムス37C 国本雄資PETRONAS TEAM TOM'STOYOTA 1AZ-FEトムス62C 嵯峨宏紀DENSO Team Le BeaussetTOYOTA 1AZ-FEハナシマレーシング77N 野呂立（第1,2,7,8,11,12,15,16戦） 小泉洋史（第3-6,9,10,13,14戦）シーエムエスモータースポーツプロジェクトTOM'S TOYOTA 3S-GEハナシマレーシング

 スケジュールおよび勝者 
ラウンド決勝日開催サーキットレース周回優勝者ポールポジションファステストラップCクラスNクラスCクラスNクラスCクラスNクラス第1戦4月4日 富士スピードウェイ15周井口卓人関口雄飛マーカス・エリクソン関口雄飛マーカス・エリクソン小林崇志第2戦4月5日21周井口卓人関口雄飛井口卓人関口雄飛マーカス・エリクソン関口雄飛第3戦4月25日 岡山国際サーキット18周井口卓人関口雄飛安田裕信佐藤公哉マーカス・エリクソン関口雄飛第4戦4月26日25周安田裕信佐藤公哉国本雄資関口雄飛ケイ・コッツォリーノ佐藤公哉第5戦5月16日 鈴鹿サーキット12周マーカス・エリクソンアレックス・インペラトーリマーカス・エリクソンアレックス・インペラトーリ国本雄資小林崇志第6戦5月17日17周国本雄資山本尚貴国本雄資アレックス・インペラトーリ井口卓人関口雄飛第7戦6月27日 富士スピードウェイ15周国本雄資山本尚貴国本雄資アレックス・インペラトーリマーカス・エリクソン山本尚貴第8戦6月28日21周マーカス・エリクソン佐藤公哉マーカス・エリクソンアレックス・インペラトーリ国本雄資アレックス・インペラトーリ第9戦7月11日 鈴鹿サーキット12周国本雄資アレックス・インペラトーリケイ・コッツォリーノ山本尚貴マーカス・エリクソン小林崇志第10戦7月12日17周マーカス・エリクソン山本尚貴マーカス・エリクソン山本尚貴マーカス・エリクソン山本尚貴第11戦8月8日 ツインリンクもてぎ14周マーカス・エリクソン山本尚貴マーカス・エリクソン山本尚貴マーカス・エリクソン山本尚貴第12戦8月9日20周ケイ・コッツォリーノ山本尚貴ケイ・コッツォリーノ関口雄飛ケイ・コッツォリーノ山本尚貴第13戦8月29日 オートポリス14周井口卓人山本尚貴井口卓人山本尚貴井口卓人山本尚貴第14戦8月30日20周井口卓人山本尚貴井口卓人山本尚貴井口卓人山本尚貴第15戦9月26日 スポーツランドSUGO18周国本雄資佐藤公哉国本雄資佐藤公哉マーカス・エリクソン佐藤公哉第16戦9月27日25周マーカス・エリクソン山本尚貴マーカス・エリクソン山本尚貴マーカス・エリクソン小林崇志
第3,4戦以外はフォーミュラ・ニッポンと同時開催。

 シリーズポイントランキング 

 Cクラス 

 ドライバー部門 
順位Car-No.ドライバー第1戦第2戦第3戦第4戦第5戦第6戦第7戦第8戦第9戦第10戦第11戦第12戦第13戦第14戦第15戦第16戦合計11マーカス・エリクソン962111781131212271812112236井口卓人10111027657175312125R103337国本雄資577461111610327201159742ケイ・コッツォリーノ3356222R82712353366512安田裕信0041033R35R35172753662嵯峨宏紀2200R1323511531130733岩崎祐貴1127--110100020218

 チーム部門 
順位チーム第1戦第2戦第3戦第4戦第5戦第6戦第7戦第8戦第9戦第10戦第11戦第12戦第13戦第14戦第15戦第16戦合計1PETRONAS TEAM TOM'S1010103101010101010107101010101502TODA RACING33552220727103533623ThreeBond Racing00310330350351727524DENSO Team Le Beausset2200013235115311305NOW MOTOR SPORTS112700110100020218

 エンジンチューナー部門 
順位チュ-ナー名第1戦第2戦第3戦第4戦第5戦第6戦第7戦第8戦第9戦第10戦第11戦第12戦第13戦第14戦第15戦第16戦合計1トムス1010107101010101010107101010101542戸田レーシング33552220727103533623東名エンジン00310330350351727524ハナシマレーシング220001323511531130

 Nクラス 

 ドライバー部門 
順位Car-No.ドライバー第1戦第2戦第3戦第4戦第5戦第6戦第7戦第8戦第9戦第10戦第11戦第12戦第13戦第14戦第15戦第16戦合計17山本尚貴27R551011531212111212311121223佐藤公哉356117231057257112389320アレックス・インペラトーリ0330116821027727707548小林崇志827323538510351662518関口雄飛1112118010R3153R2--57622千代勝正51R23727003353R748719黒田吉隆102021121301105121818山本龍司--------------22495久保田克昭0010R00000R0R00R1977小泉洋史--010R--00--00--1977野呂立00----01--0R--001

 チーム部門 
順位チーム第1戦第2戦第3戦第4戦第5戦第6戦第7戦第8戦第9戦第10戦第11戦第12戦第13戦第14戦第15戦第16戦合計1HFDP RACING7775510105710101010103101262TEAM NOVA5551077310573573107993ACHIEVEMENT by KCMG133010572103772771754AIM SPORTS1010107000031520222545シーエムエス モータースポーツ プロジェクト000100010000000026ハナシマレーシング00100000000000001