ジャパンラグビートップリーグ2008-2009は2008年9月5日から2009年1月8日までレギュラーシーズンまで行われた。

リーグ戦1位の東芝ブレイブルーパスがマイクロソフトカップも制し、2シーズンぶり4度目のトップリーグを果たした。

 参加チーム 
ジャパンラグビートップリーグ2008-2009の参加チームは下表の通りである（記載は前年レギュラーシーズンの成績上位順）。

昨シーズンの結果、リコーブラックラムズ、三菱重工相模原ダイナボアーズが地域リーグ（トップイースト11）に降格し、近鉄ライナーズ（トップウェスト）、横河武蔵野アトラスターズ（トップイースト11）が各地域リーグから昇格した。
チーム名前年成績備考三洋電機ワイルドナイツトップリーグ 1位サントリーサンゴリアストップリーグ 2位マイクロソフトカップ 優勝トヨタ自動車ヴェルブリッツトップリーグ 3位東芝ブレイブルーパストップリーグ 4位神戸製鋼コベルコスティーラーズトップリーグ 5位NECグリーンロケッツトップリーグ 6位ヤマハ発動機ジュビロトップリーグ 7位クボタスピアーズトップリーグ 8位コカ・コーラウエストレッドスパークストップリーグ 9位九州電力キューデンヴォルテクストップリーグ 10位日本IBMビッグブルートップリーグ 11位残留（トップリーグ入替戦勝利）福岡サニックスブルーストップリーグ 12位残留（トップリーグ入替戦勝利）近鉄ライナーズトップウェスト 優勝昇格（トップチャレンジ1 1位）4シーズンぶりの復帰横河武蔵野アトラスターズトップイースト11 優勝昇格（トップチャレンジ1 2位）初昇格昇格時に「横河電機ラグビー部」より名称変更

 順位表 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1
|style="text-align:left"|東芝ブレイブルーパス
||13||12||0||1||563||211||352||11||59
|rowspan="4"|マイクロソフトカップ、日本選手権へ
|- style="background-color:#ccffcc"
|2
|style="text-align:left"|三洋電機ワイルドナイツ
||13||12||0||1||584||197||387||10||58
|- style="background-color:#ccffcc"
|3
|style="text-align:left"|サントリーサンゴリアス
||13||10||0||3||482||298||184||11||51
|- style="background-color:#ccffcc"
|4
|style="text-align:left"|神戸製鋼コベルコスティーラーズ
||13||9||0||4||358||300||58||7||43
|- style="background-color:#cffcff"
|5
|style="text-align:left"|NECグリーンロケッツ
||13||8||0||5||298||309||-11||5||37
|rowspan="2"|日本選手権へ
|- style="background-color:#cffcff"
|6
|style="text-align:left"|クボタスピアーズ
||13||8||0||5||309||334||-25||5||37
|-
|7
|style="text-align:left"|ヤマハ発動機ジュビロ
||13||7||0||6||344||304||40||7||35
|rowspan="4"|
|-
|8
|style="text-align:left"|トヨタ自動車ヴェルブリッツ
||13||6||0||7||310||286||24||7||31
|-
|9
|style="text-align:left"|近鉄ライナーズ
||13||5||0||8||319||348||-29||8||28
|-
|10
|style="text-align:left"|コカ・コーラウエストレッドスパークス
||13||6||0||7||273||353||-80||2||26
|- style="background-color:#ffffcc"
|11
|style="text-align:left"|福岡サニックスブルース
||13||3||0||10||266||442||-176||9||21
|rowspan="2"|入替戦へ
|- style="background-color:#ffffcc"
|12
|style="text-align:left"|九州電力キューデンヴォルテクス
||13||3||0||10||345||451||-106||6||18
|- style="background-color:#ffcccc"
|13
|style="text-align:left"|日本IBMビッグブルー
||13||1||0||12||222||496||-274||4||8
|rowspan="4"|自動降格
|- style="background-color:#ffcccc"
|14
|style="text-align:left"|横河武蔵野アトラスターズ
||13||1||0||12||230||574||-344||4||8
|}

 プレーオフトーナメント マイクロソフトカップ 

 セミファイナル 
 2月1日 東芝ブレイブルーパス 26-7 神戸製鋼コベルコスティーラーズ
 2月1日 三洋電機ワイルドナイツ 32-22 サントリーサンゴリアス

 ファイナル 
 2月8日 東芝ブレイブルーパス 17-6 三洋電機ワイルドナイツ

 入替制度 

 自動降格 
トップリーグの結果、13位日本IBMビッグブルー、14位横河武蔵野アトラスターズのトップイーストリーグへの自動降格が決定した。

 トップリーグチャレンジシリーズ1 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1
|style="text-align:left"|リコーブラックラムズ（トップイースト11）
||2||2||0||0||135||20||115||2||10
|rowspan="2"|自動昇格
|- style="background-color:#ccffcc"
|2
|style="text-align:left"|ホンダヒート（トップウェスト）
||2||1||0||1||80||79||1||1||5
|- style="background-color:#ffffcc"
|3
|style="text-align:left"|マツダブルーズーマーズ（トップキュウシュウ）
||2||0||0||2||25||141||-116||0||0
|入替戦へ
|}

 1月11日 マツダブルーズーマーズ 25–60 ホンダヒート（コカ･コーラウエスト広島スタジアム）
 1月17日 リコーブラックラムズ 81–0 マツダブルーズーマーズ（秩父宮ラグビー場）
 1月25日 ホンダヒート 20–54 リコーブラックラムズ（近鉄花園ラグビー場）

以上の結果、1位リコーブラックラムズ、2位のホンダヒートがトップリーグに自動昇格、3位マツダブルーズーマーズのトップリーグ入替戦への出場が決定した。

 トップリーグチャレンジシリーズ2 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ffffcc"
|1
|style="text-align:left"|豊田自動織機（トップウェスト）
||2||2||0||0||161||57||104||2||10
|入替戦へ
|-
|2
|style="text-align:left"|NTTコミュニケーションズ（トップイースト11）
||2||1||0||1||157||41||116||2||6
|rowspan="2"|
|-
|3
|style="text-align:left"|三菱重工長崎（トップウェスト）
||2||0||0||2||24||244||-220||0||0
|}

 1月11日 三菱重工長崎 24–120 豊田自動織機（コカ･コーラウエスト広島スタジアム）
 1月17日 NTTコミュニケーションズ 124–0 三菱重工長崎（秩父宮ラグビー場）
 1月25日 豊田自動織機 41–33 NTTコミュニケーションズ（近鉄花園ラグビー場）

以上の結果、1位豊田自動織機のトップリーグ入替戦への出場が決定した。

 トップリーグ入替戦 
規定により、トップリーグ11位福岡サニックスブルースがトップチャレンジ2・1位の豊田自動織機と、トップリーグ12位九州電力キューデンヴォルテクスが、トップチャレンジ1・3位のマツダブルーズーマーズと入替戦を行った。
 2月14日 福岡サニックスブルース 38–22 豊田自動織機（レベルファイブスタジアム）
 2月14日 九州電力キューデンヴォルテクス 31–10 マツダブルーズーマーズ（レベルファイブスタジアム）

入替戦の結果、福岡サニックスブルース、九州電力キューデンヴォルテクスのトップリーグ残留が決定した。

 表彰 
2008-2009シーズンの年間表彰式は、2009年2月9日に実施された。

 チーム表彰 

 TOP LEAGUE 優勝チーム 
 チーム名備考優勝東芝ブレイブルーパス準優勝三洋電機ワイルドナイツ第3位サントリーサンゴリアス第3位神戸製鋼コベルコスティーラーズ

 フェアプレーチーム賞 
チーム名備考三洋電機ワイルドナイツ（2年ぶり3回目）

 ベストファンサービス賞 
チーム名備考神戸製鋼コベルコスティーラーズ（5年連続5回目）

 TOP LEAGUE 功労賞 
チーム名備考近鉄ライナーズ（初受賞）

 個人表彰 

 トップリーグMVP 
氏名所属チーム備考デイビッド・ヒル東芝ブレイブルーパス（初受賞）

 新人賞 
氏名所属チーム畠山健介サントリーサンゴリアス

 最多トライゲッター 
氏名所属チーム備考北川智規三洋電機ワイルドナイツ14トライ（3年連続3回目）クリスチャン・ロアマヌ東芝ブレイブルーパス14トライ（初受賞）

 得点王 
氏名所属チーム備考デイビッド・ヒル東芝ブレイブルーパス226得点（11T/60G/17PG）（初受賞）

 ベストキッカー 
氏名所属チーム備考デイビッド・ヒル東芝ブレイブルーパス171得点（60G/17PG）（初受賞）

 ベストホイッスル 
氏名備考相田真治（3年ぶり2回目）

 マイクロソフトカップMVP 
氏名所属チーム備考廣瀬俊朗東芝ブレイブルーパス（初受賞）

 ベストフィフティーン 
ポジション氏名所属チーム備考PR1平島久照神戸製鋼コベルコスティーラーズ（初受賞）HO青木佑輔サントリーサンゴリアス（2年ぶり2回目）PR3畠山健介サントリーサンゴリアス（初受賞）LO大野均東芝ブレイブルーパス（3年連続4回目）LOダニエル・ヒーナン三洋電機ワイルドナイツ（初受賞）FLスティーブン・ベイツ東芝ブレイブルーパス（初受賞）FLルーベン・ソーンヤマハ発動機ジュビロ（初受賞）NO8ホラニ龍コリニアシ三洋電機ワイルドナイツ（2年連続2回目）SH田中史朗三洋電機ワイルドナイツ（2年連続2回目）SOデイビッド・ヒル東芝ブレイブルーパス（初受賞）WTB小野澤宏時サントリーサンゴリアス（4年連続5回目）WTB北川智規三洋電機ワイルドナイツ（3年連続3回目）CTB霜村誠一三洋電機ワイルドナイツ（2年連続2回目）CTBライアン・ニコラスサントリーサンゴリアス（2年ぶり2回目）FB吉田大樹東芝ブレイブルーパス（初受賞）