第11回日本フットボールリーグは2009年3月15日から同年11月29日まで行われた日本フットボールリーグ（JFL）のリーグ戦である。SAGAWA SHIGA FCが2年ぶり2回目の優勝を果たした。

 参加クラブ 
第11回JFLの参加クラブは以下の通りである。このうちFC町田ゼルビア、V・ファーレン長崎およびホンダロックが前シーズンの全国地域サッカーリーグ決勝大会からの昇格クラブである。

※前年度成績=特記なきものは第10回JFL（2008年）の成績である。
呼称正式名称所在都道府県監督主なホームゲーム会場前年度成績備考Honda FC本田技研工業株式会社フットボールクラブ静岡県　ホンダ都田サッカー場1位ガイナーレ鳥取ガイナーレ鳥取鳥取県　とりぎんバードスタジアム5位流通経済大学流通経済大学茨城県　　龍ケ崎市陸上競技場たつのこフィールド6位横河武蔵野FC横河武蔵野フットボールクラブ東京都　武蔵野市立武蔵野陸上競技場7位FC刈谷フットボールクラブ刈谷愛知県　　刈谷市総合運動公園多目的グラウンド8位ソニー仙台FCソニー仙台フットボールクラブ宮城県　　ユアテックスタジアム仙台七ヶ浜サッカースタジアム9位ニューウェーブ北九州ニューウェーブ北九州福岡県　北九州市立本城陸上競技場10位佐川印刷SC佐川印刷株式会社サッカークラブ京都府　京都市西京極総合運動公園陸上競技場兼球技場11位SAGAWA SHIGA FCSAGAWA SHIGA FC滋賀県　佐川急便守山運動場陸上競技場12位TDK SCTDKサッカー部秋田県　仁賀保グリーンフィールド13位MIOびわこ草津MIOびわこ草津群馬県　湖南市市民グラウンド陸上競技場14位ジェフリザーブズジェフユナイテッド市原・千葉リザーブズ千葉県　市原臨海競技場15位 FC琉球FC琉球沖縄県　沖縄市陸上競技場沖縄県総合運動公園陸上競技場16位Jリーグ準加盟申請審議中アルテ高崎アルテ高崎群馬県　高崎市浜川競技場17位三菱水島FC三菱自動車水島FC岡山県　岡山県笠岡陸上競技場18位町田ゼルビアFC町田ゼルビア東京都　町田市立陸上競技場関東1部1位地域決勝1位昇格（自動昇格）V・ファーレン長崎V・ファーレン長崎長崎県　長崎県立総合運動公園陸上競技場九州1部2位地域決勝2位昇格（自動昇格）ホンダロック株式会社ホンダロック サッカー部宮崎県　宮崎市生目の杜運動公園陸上競技場九州1部3位地域決勝3位（全社3位で出場権）昇格（自動昇格）
色付のチームは2009年シーズン開幕時において

 レギュレーション 

 リーグ・試合形式 
年間2回戦総当り、1チーム34試合（全306試合）を行い、勝ち点により順位を決定する。全34節を17節ごとに前期・後期に分け、前期の順位によって天皇杯の出場権が与えられる。
試合は前後半90分で行い、決着がつかなければ引き分けとなる。勝利には勝ち点3、引き分けには勝ち点1、敗北には勝ち点0が与えられる。
Jリーグ準加盟クラブのJリーグ加盟の成績面の条件は年間順位4位以上。その上でJリーグ臨時理事会の承認を得られれば次年度からJ2に参入することができる。
JFLの17位・18位は所属する地域リーグに自動降格し、全国地域リーグ決勝大会の1位・2位はJFLに自動昇格する。JFLの16位と全国地域リーグ決勝大会の3位が入れ替え戦を行う。なお、Jリーグに加盟するチームが出た場合、1チームなら16位までが残留、17位が入れ替え戦出場。2チームなら17位までが残留、18位が入れ替え戦出場となり、3チーム昇格の場合は入れ替え戦出場チームはなくなる。また、JFL加盟チームの廃部、合併等も上記降格条件に影響する可能性がある。

 天皇杯への出場枠 
前期終了時の上位4チームに第89回天皇杯の出場権が与えられる。

 強化費 
各試合において勝利チームに勝利チーム賞6万円を支払う。

最終成績
順位クラブ名試勝分負得点失点差勝点備考1SAGAWA SHIGA FC3419966236+2666Jリーグ加盟ライン（準加盟チームのみ）2横河武蔵野FC3417984834+14603ソニー仙台FC3417894930+19594ニューウェーブ北九州34161084931+18585ガイナーレ鳥取34168106537+28566町田ゼルビア34141283830+8547Honda FC34131294938+11518MIOびわこ草津34139125143+8489佐川印刷SC34145155646+104710TDK SC34144163954-154611V・ファーレン長崎34128143843-54412ジェフリザーブズ34914112637-114113ホンダロック34913123438-44014アルテ高崎34913123446-124015流通経済大学34117164155-1440 16FC琉球34115184257-1538入れ替え戦ライン17FC刈谷34710172651-2531地域リーグ降格ライン18三菱水島FC3446242869-4118

 備考 
クラブ名太字はJリーグに準加盟し、かつ2010年度からのJリーグ加盟意思を表明していたクラブ
斜体は、前期終了時に上位4位に入ったことにより第89回天皇杯本戦出場シード権を獲得したクラブ
ニューウェーブ北九州のJリーグ加盟と三菱水島FCのJFL脱退が決定したため、FC琉球は残留。代わってFC刈谷が入れ替え戦出場となる。（下記レギュレーション変更参照）

 個人記録 

 得点ランキング 
順選手名得点所属 得点王 塩沢勝吾17佐川印刷SC 2 中村元15SAGAWA SHIGA FC木下真吾MIOびわこ草津 4 新田純也11Honda FC鶴見聡貴ガイナーレ鳥取久保田圭一アルテ高崎

 個人表彰・ベスト11 
Pos選手名所属 最優秀監督 中口雅史SAGAWA SHIGA FC GK 水原大樹ニューウェーブ北九州 DF 冨山卓也SAGAWA SHIGA FC旗手真也金守貴紀横河武蔵野FC MF 山根伸泉SAGAWA SHIGA FC大沢朋也佐野裕哉ニューウェーブ北九州太田康介横河武蔵野FC吉野智行ガイナーレ鳥取 FW・MVP 中村元SAGAWA SHIGA FC FW・得点王 塩沢勝吾佐川印刷SC 新人王 伊賀貴一Honda FC

優秀レフェリー賞：岡宏道
フェアプレー賞 ：流通経済大学サッカー部

 ハットトリック 
JFL選手所属節対戦相手試合結果日付出典 有光亮太 前期 6節三菱自動車水島FC5 - 2 (A)4月19日 大槻紘士佐川印刷前期 12節3 - 1 (H)5月23日 塩沢勝吾前期 14節三菱自動車水島FC4 - 1 (H)6月7日 原賀啓輔前期 14節TDK SC4 - 0 (A)6月7日 塩沢勝吾佐川印刷後期 10節三菱自動車水島FC4 - 2 (A)9月23日
Note: (H) – ホーム (A) – アウェイ

 入れ替え 

 JFL→J2 
2010年度からのJリーグへの加盟申請を行っていた準加盟クラブについて11月30日のJリーグ臨時理事会で審議が行われ、4位のニューウェーブ北九州のJリーグ加盟が正式に承認された。

5位のガイナーレ鳥取については成績面での不備から加盟は見送られた。

町田ゼルビア、V・ファーレン長崎に関しては2010年度からの加盟申請を行わなかった ため、審議対象とはされなかった。

 JFLからの脱退 

11月2日に三菱自動車水島FCが成績に関わらずJFLから脱退することがリリースされた。

なお、中国サッカーリーグが来年度の同クラブの受け入れ拒否を表明した事もあって、2010年から岡山サッカーリーグ1部に参加する事が決まった。

 レギュレーション変更 
Jリーグ加盟及びJFL脱退により2チーム減少したため、JFLと地域リーグ間の昇降格のレギュレーションが以下のように変更された。
順位チーム変更前変更後JFL16位FC琉球入れ替え戦（vs地域決勝3位） JFL残留JFL17位FC刈谷地域リーグ自動降格 入れ替え戦（vs地域決勝3位）JFL18位三菱水島FC脱退地域決勝1位松本山雅FCJFL自動昇格 JFL自動昇格地域決勝2位日立栃木ウーヴァSC地域決勝3位ツエーゲン金沢入れ替え戦（vsJFL16位） 入れ替え戦（vsJFL17位）

 地域リーグ→JFL 
第33回全国地域サッカーリーグ決勝大会の結果、1位の松本山雅FC、2位の日立栃木ウーヴァSCがJFLへの自動昇格となった。

 入れ替え戦 
レギュレーション変更により、JFL17位のFC刈谷と第33回全国地域サッカーリーグ決勝大会3位のツエーゲン金沢が入れ替え戦を行う事となった。入れ替え戦の実施は2006年シーズン以来となる。
ホーム・アンド・アウェー方式で2試合行う。
各試合ごとに勝利チームに勝点3、引分の場合は両チームに勝点1を与え、2試合の勝点合計が多いチームを勝利チームとする。
2試合の勝点で並んだ場合は得失点差の多いチームを勝利チームとする。
得失点差でも並んだ場合は第2戦終了後に15分ハーフの延長戦を行い、それでも勝敗が決しない場合はPK戦で勝利チームを決定する（アウェーゴールルールは採用されない）。

1勝1分でツエーゲン金沢のJFL昇格、ならびにFC刈谷の地域リーグ（東海社会人サッカーリーグ1部）降格が決定した。